错义
- 利用AlphaMissense准确预测蛋白质组的错义突变
观察到的绝大多数错义突变具有未知的临床意义。研究人员开发了AlphaMissense，这是一种基于AlphaFold的新AI模型，它在人类和灵长类物种变异群体频率数据库上进行了微调，用于预测错义突变的致病性。通过结合结构背景和进化保守性，AlphaMissense在广泛的遗传和实验性基准测试中实现了最先进的预测，而且完全没有明确地在此类数据上进行过训练。基因的平均致病性分数也可以预测其细胞的重要性，能够识别现有统计方法不足以检测的短的必需基因。作为一种研究
广东药科大学学报 2023年5期2023-12-30
- 新疆维吾尔自治区妇女宫颈感染人乳头瘤病毒16型E4和L2的遗传变异分析
酸变异,包括4种错义变异和7种同义变异,其中错义变异分别为:A2541C(1/72,1.39%)、G2621C(1/72,1.39%)、A2636C(3/72,4.17%)和T2703G(1/72,1.39%)。氨基酸改变分别为:苏氨酸替换为脯氨酸(T25P)、谷氨酰胺替换为组氨酸(Q51H)、谷氨酸替换为天冬氨酸(E56D)、亮氨酸替换为缬氨酸(L79V)。常见同义变异为nt2520(T-C)(28/72,38.89%)、nt2546(C-T/A)(70
安徽医科大学学报 2023年11期2023-12-12
- KCNQ2基因相关癫痫临床表型与基因型相关性研究
变(无效突变)和错义突变。无效突变是那些导致蛋白严重畸形并导致功能丧失和单倍功能不足的突变[8-9],包括截短突变(无义和框移)、经典剪接位点突变(标准±1或2)、起始密码子突变或单/多外显子缺失。癫痫表型的谱系潜在范围从轻度癫痫如局灶性癫痫到严重的发育性癫痫性脑病。将癫痫的表型分为轻表型与重表型。轻表型包括肌阵挛癫痫、全面性癫痫、良性婴儿性癫痫、良性新生儿癫痫、良性新生儿-婴儿癫痫和早发型癫痫;重表型包括癫痫合并神经系统发育障碍、癫痫合并孤独症、发育性癫
河南医学研究 2023年20期2023-11-08
- 新生儿高胆红素血症与UGT1A1基因突变的关系研究
共发现TATA 错义突变47 例，观察组35 例，对照组12 例，观察组的TATA（TA）6/7 错义突变基因分布、基因频率均高于对照组，差异无统计学意义（P＞0.05）。见表2。在UGT1A1基因第1 外显子区共发现P229Q 错义突变8 例，其中观察组7 例，对照组1 例，观察组的P229Q（TA）6/7 错义突变基因分布、基因频率均高于对照组，差异无统计学意义（P＞0.05）。见表3。在UGT1A1基因1 外显子区共发现G71R 错义突变33 例，其
分子诊断与治疗杂志 2023年9期2023-10-26
- MITF致病性突变与Waardenburg综合征临床表型相关性分析
变类型进行分类：错义突变、无义突变、移码突变、剪切突变、插入突变、缺失突变。表型描述：依据研究中描述的临床表型进行描述以及分类。根据WS 表现出的主要临床特征，大致分为三类，虹膜颜色改变（Heterochromia irides；Normal），皮肤色素异常改变，头发颜色改变（Abnormality of the hair；Normal）。其中，进一步将皮肤色素异常分类，分为面部雀斑（Freckles），皮肤脱色素白斑(hypopigmentation)，
中华耳科学杂志 2023年2期2023-05-22
- 胃底腺来源腺癌的临床病理学特征及基因分析
例显示GNAS 错义突变，其中1 例同时发生GNAS 错义突变和NCOR2整码插入变异，1 例同时发生GNAS、KMT2D 错义突变；另有1 例显示ZFHX3 整码缺失、KRAS、HRAS、PIK3CA 错义突变，1 例显示HRAS、TP53 错义突变。1 例GA-FGM 显示BRAF、TP53、KMT2A、ATM 错义突变。3 讨论胃底腺型腺癌是一种罕见的低度异型性腺癌，发病率＜0.01%[3]。大多数无幽门螺杆菌感染，也可见于幽门螺杆菌根除治疗后或少数
中国医药导报 2023年5期2023-03-21
- 染色体2q33.1 区域遗传变异影响肺癌易感性机制研究
一个外显子区域的错义变异rs3769823（c.41A ＞ G,p.Lys14Arg）可引起caspase-8 的氨基酸序列改变，是潜在的致病性变异。基于上述结果，研究团队运用分子生物学实验，分别从体内、体外水平探究caspase-8 突变型（caspase-8K14R）对肺癌细胞功能的影响，发现caspase-8K14R 对TRAIL 相关凋亡信号通路具有调控作用。该研究探讨了错义变异rs3769823 在肺癌发生中的作用，并阐明其影响肺癌发生的生物学机
中国肿瘤临床 2022年23期2022-12-29
- 11 例原发性肾性糖尿患儿SLC5A2 基因变异分析
异，其中有10种错义变异、1种缺失变异、3种剪接变异（表1）。ACMG指南进行变异蛋白的致病性预测，结果均为VVS（临床意义未明）。见表2。表1 11例PRG患儿临床资料及SLC5A2基因变异分析表2 ACMG指南进行变异蛋白的致病性预测错义变异中，c.655G>A（p.A219T）、c.736C>T（p.P246S）、c.1540C>T（p.P514S）为前期文献已报道的致病变异，其余c.482C>T（p.S161F）、c.505G>A（p.A 169
临床儿科杂志 2022年12期2022-12-28
- 不同栖息环境的两种啮齿动物Vkorc1基因多态性
20.0对不同错义突变位点的分布频数进行χ2检验，比较错义突变位点在不同县(市、区)的差异，P＜0.05为差异有统计学意义。2 结果2.1 捕获率及样本占比本研究共在山西省的18个县(市、区)捕获啮齿动物613只(表3)。在农田和果园中，共捕获511只啮齿动物(未捕获到黄胸鼠)，LIS捕获率最低(6.85%)，XIX最高(14.77%)；在养殖场共捕获102只家栖类啮齿动物，HNY捕获率最低(0.37%)，LIC最高(7.22%)(表3)。经形态学标准和
兽类学报 2022年6期2022-12-19
- 抑癌基因TP53突变状态与三阴性乳腺癌病人预后的研究
种突变类型，包括错义突变、移码突变、无义突变和剪切突变等[5]。既往研究中，TP53基因突变对于乳腺癌的生存预后影响不一[6]，尤其不同突变类型对于早期TNBC病人的预后影响尚不明确。本文旨在研究TNBC病人TP53基因体系突变的频率和类型及其与临床病理特征的关系，并对TP53突变与无复发生存（relapse-free survival,RFS）、生存（overall survival,OS）和远处无复发生存（distant relapse-free su
外科理论与实践 2022年5期2022-11-10
- 胃底腺型胃肿瘤11例分子遗传学特征分析
S和2例KRAS错义突变，其中2例同时发生GNAS、KRAS错义突变(图1)；2例FGFR错义突变，1例TP53错义突变，1例BRCA1错义突变；1例APC、KRAS、NRAS、FGFR同义突变，1例MSH6、BRCA1同义突变；1例CDK4扩增，但拷贝数仅1.4，予以忽略。1例泌酸腺腺瘤未见GNAS、KRAS、TP53突变。11例均未检出融合基因，且CTNNB1、BRAF、PIK3CA、HER-2、MLH1、MSH2、PMS2基因均未检出变异(表1)。表
临床与实验病理学杂志 2022年9期2022-11-04
- ASPM基因缺陷致新生儿小头畸形6例病例系列报告并文献复习
探讨失功能变异和错义变异对发育迟缓的影响。计数资料采用卡方检验和Fisher确切概率法进行比较。P2 结果2.1 CNGP数据库中ASPM基因P/LP变异携带频率 图1显示，在HGMD和ClinVar数据库收录的ASPM基因致病变异分别为224个位点和203个位点。2个数据库共同收录155个位点；表1显示，在CNGP数据库中携带的ASPM基因复合杂合P/LP变异12个位点。12个P/LP变异均为失功能变异，其中无义变异4个、移码变异7个、剪切位点变异1个。
中国循证儿科杂志 2022年4期2022-10-07
- 肝豆状核变性家系ATP7B基因错义和同义突变
发展，越来越多的错义和同义突变被相继报道，正确识别同义突变对疾病的早期诊断、治疗及预防具有重要意义。最近,Wang等人[5]研究表明,同义突变c.4014T>A和错义突变R919G，可导致ATP7B基因转录本中外显子跳跃，形成截断的蛋白质，进一步提高了对WD发病机制的认识。本研究分析了一例临床诊断肝豆状核变性患者，对先症者及其家系内成员ATP7B基因进行了测序，探讨突变位点的临床意义，分析了致病基因在该家系的遗传规律。1 资料与方法1.1 一般资料:选取2
宁夏医学杂志 2022年5期2022-06-17
- 不明原因新生儿高胆红素血症与UGT1A1基因突变的关系*
入突变和G71R错义突变，亚洲地区的黄种人常见为第1 外显子区G71R 错义突变为主[2-5]，欧美地区高加索人及Gilbert综合征常见为启动子区TATA盒插入突变为主[6-9]。本研究旨在探讨不明原因新生儿高胆与UGT1A1基因编码启动子区TATA盒和第1外显子区基因突变类型的关系，以便为明确不明原因新生儿高胆的病因及诊治提供遗传学依据。1 对象与方法1.1 研究对象选取2021 年1～12 月在广西环江毛南族自治县人民医院新生儿科和产科住院的新生儿，
广西医科大学学报 2022年5期2022-06-07
- SLC6A1基因变异相关儿童癫5例病例系列报告
)，例3～5均为错义变异，物种保守性分析显示第460、362及550位氨基酸在不同物种间高度保守，分别用SIFT、PolyPhen-2、MutationTaster和PROVEAN软件对这3种错义变异进行蛋白功能预测，显示均为有害变异。例2和3的基因变异位点均为尚未见报道的新变异位点。3 讨论文献复习及数据库检索显示，目前报道98种SLC6A1基因变异，其中错义变异最常见，其次为无义变异、剪接变异及片段缺失或插入，1例染色体易位。截短突变由于蛋白质翻译提前
中国循证儿科杂志 2022年2期2022-05-26
- SLC6A1基因变异相关儿童癫5例病例系列报告
)，例3～5均为错义变异，物种保守性分析显示第460、362及550位氨基酸在不同物种间高度保守，分别用SIFT、PolyPhen-2、MutationTaster和PROVEAN软件对这3种错义变异进行蛋白功能预测，显示均为有害变异。例2和3的基因变异位点均为尚未见报道的新变异位点。3 讨论文献复习及数据库检索显示，目前报道98种SLC6A1基因变异，其中错义变异最常见，其次为无义变异、剪接变异及片段缺失或插入，1例染色体易位。截短突变由于蛋白质翻译提前
中国循证儿科杂志 2022年2期2022-05-26
- 略阳乌鸡开产日龄遗传参数估计和FSHR基因序列变异与开产日龄的关联性分析
SHR基因内3个错义突变与略阳乌鸡开产日龄的关联性，旨在定量评估遗传效应对开产日龄的决定性及开产日龄与各时期产蛋数间的遗传关系，筛选与开产日龄存在显著关联性的分子标记，为略阳乌鸡开产日龄育种方案的制定和分子辅助育种方法的建立奠定理论基础。1 材料与方法1.1 略阳乌鸡的养殖和表型数据采集略阳乌鸡作为一个地方品种，未受系统选育。该品种维持了较大的表型变异性和遗传多态性，是开展经济性状QTL定位的理想群体。本研究所用样本为略阳乌鸡蛋用系二世代675只母鸡。这些
中国农业大学学报 2022年6期2022-05-16
- 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)变异的研究进展
2的S蛋白中发生错义突变，原来在614号位编码天冬氨酸(D)的残基突变为甘氨酸(G)。该突变株于2020年1月28日在德国巴伐利亚州的一次小规模疫情中首次被发现，随后在欧洲流行，不断扩散传播到北美洲、大洋洲、南美洲和亚洲[3,14]。但有研究基于GISAID上共享的SARS-CoV-2基因组序列，回顾病毒样本发现1月下旬在中国的广州、四川和上海已经出现这种突变[14]。在2020年3月之前，D614G突变株仅占全球公布病毒株测序序列的不到10%，综述3月，
中国人兽共患病学报 2022年2期2022-03-18
- 15例Wiskott-Aldrich综合征患儿的临床特点及基因突变分析
。最常见的类型为错义突变(7例)，均位于外显子1～4号，其中4例为XLT(WAS评分2分)，3例为典型WAS(WAS评分3分2例，4分1例)。8例非错义突变位于外显子5～11号，表现为剪接突变、缺失突变、无义突变等，临床表型均为典型WAS(WAS评分4分4例，5分2例，3分2例)。典型WAS患者的比例，错义突变组显著低于非错义突变组(42.8%vs100%,P=0.026)；WAS≥4分患者的比例，错义突变组也显著低于非错义突变组(14.3%vs75%,P
福建医科大学学报 2021年3期2021-11-15
- 中国汉族心肌病患者FLNC 基因变异的家系研究
了许多FLNC的错义突变，DCM 及ACM 患者中发现的则多为截断突变，这表明不同类型的FLNC突变可能存在不同的致病机制。然而中国汉族人群心肌病患者携带FLNC突变的变异谱仍不明确，其基因型-表型的关联性也值得进一步探究和讨论。资料和方法入组人群2018 年至2020 年就诊于复旦大学附属中山医院的150 名无血缘关系的汉族HCM 患者和50 名DCM 患者被纳入研究。成年人HCM 的临床诊断标准与以往文献一致：一个或多个左室心肌节段的最大室壁厚度≥15
复旦学报(医学版) 2021年5期2021-10-13
- ADGRV1基因突变致常染色体不完全显性遗传癫痫1例并文献复习
GRV1基因杂合错义突变癫痫患者的临床资料进行分析，对ADGRV1基因进行测序，同时与人类基因突变数据库(HGMD)中其他携带ADGRV1基因突变的癫痫患者的突变信息、临床表型相结合进行分析，以探讨ADGRV1基因在癫痫中的致病性及致病规律。1 临床资料患儿，男，14岁。8岁时开始频繁出现点头症状的肌阵挛性发作，发作时无意识障碍，多发生于激动或劳累后、晨起时，偶尔出现全面强直-阵挛性发作(GTCS)。患儿认知功能和精神状态均正常。脑电图表现为弥漫性的棘-慢
精准医学杂志 2021年4期2021-09-22
- 单倍型异基因造血干细胞移植治疗PRF1基因突变成人原发性噬血细胞性淋巴组织细胞增多症一例
T450M)纯合错义突变，且该突变与致病相关。追问其家族史，父母为近亲结婚。患者送检PRF1基因检测，结果示纯和错义突变c.1349C>T，导致所编码氨基酸发生突变(苏氨酸突变为甲硫氨酸)。患者父母行基因检测也存在PRF1基因杂合错义突变，且存在表达蛋白改变。而患者姐姐存在杂合同义突变，无表达蛋白改变(图1)。最终诊断：原发性HLH。配型检测提示其胞姐为HLA 5/10相合，后行单倍体异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)。移植后检测未发现PRF1基因
临床内科杂志 2021年6期2021-08-19
- 钠离子通道相关基因突变致儿童癫痫 17例的临床特征及致病基因谱
变。其中 7例为错义突变（c.5657G＞A、c.4633A＞G、c.5348C＞T、c.4216G＞C、c.1499G＞A、c.2837G＞A、c.3176A＞T），1例为移码突变（c.3483delA）。3例（例2、4、7）携带变异为国际已报道变异（c.4633A＞G、c.5348C＞T、c.2837G＞A），余 5例为未报道的新突变。见表1。2.2.2 SCN1B 基因突变病儿临床表型特点 1例SCN1B 基因突变病儿起病年龄为 7岁 3月龄，发作表
安徽医药 2021年6期2021-06-17
- 普通人群间隙连接蛋白β2基因编码区突变分析▲
elAT；7种为错义突变，包括良性变异4种(c.79G>A、c.341A>G、c.11G>A、c.608T>C)和致病性错义变异3种(c.109G>A、c.557C>T、c.139G>T)。 各种变异体数量及其基因频率见表2。表1 84例GJB2基因突变者的检测结果 表2 GJB2基因突变位点及基因频率3 讨 论耳聋基因GJB2全长12513 bp，含2个外显子，其中编码序列全长681 bp，位于2号外显子，仅有1个开放读码框。Sanger测序可以准确检测
广西医学 2021年1期2021-03-18
- 结节性硬化症伴癫痫发作患者基因突变类型与临床表型相关性研究
(11.8%)、错义突变16例(47.0%)。TSC2基因突变51例(60.0%)，分别为：剪切突变3例(5.9%)、移码突变19例(37.3%)、无义突变1例(1.9%)、错义突变25例(49.0%)及大片段缺失3例(5.9%)。上述不同突变类型在TSC1及TSC2基因分布中无统计学差异(χ2=6.575，P=0.160)，但可见TSC1及TSC2基因均以移码突变及错义突变的突变率较高(见表1)。表1 TSC1/TSC2基因突变类型2.3 TSC1/TS
中风与神经疾病杂志 2020年9期2020-10-15
- 饲喂动物油脂对鸭FMO3基因不同基因型表达水平的影响
究表示FMO3的错义突变发生在第二外显子、第六外显子和第七外显子.所以本研究根据NCBI上北京鸭FMO3的基因序列设计引物(表1)，引物合成由北京擎科生物技术有限责任公司进行.运用PCR技术扩增FMO3第二、第六和第七外显子，将PCR产物送测序公司进行测序.采用MEGA6软件对不同个体测序片段进行序列比对，并结合MEGA6软件对差异碱基测序图进行比较分析，去除可能存在的误判，确定突变位点基因型，计算基因型频率和基因频率.表1 鸭FMO3基因错义突变检测引物
甘肃农业大学学报 2020年3期2020-07-21
- SCN1A基因突变类型与Dravet综合征患儿临床特征的相关性
变类型主要表现为错义突变、截断突变(剪切突变、无义突变、大片段缺失/重复、移码突变),而错义突变多集中在门孔区(S5-S6)、电压感受区(S4)[5]。相关研究指出,临床对SCN1A突变类型的识别已超过1 200种,其中>900种突变类型和DS发病有关,但针对SCN1A突变类型和DS临床特征是否有关仍缺乏报道[6]。基于此,本研究对SCN1A基因突变类型与Dravet综合征(DS)患儿临床特征的相关性进行分析,以指导临床早期识别和诊治。1 资料与方法1.1
山西医科大学学报 2020年6期2020-07-14
- 一个中国Usher综合征2型家系中USH2A基因的2个新的致病突变
中的A。1.3 错义突变异致病性预测及分析使用了几种不同的计算机软件，如SIFT和PROVEAN(http:∥provean.jcvi.org/genome_submit_2.php)、PolyPhen-2(http:∥genetics.bwh.harvard.edu/pph2/)和MutationTaster(http:∥www.mutationtaster.org/)来预测错义变体的致病作用。使用Clustal Omega(https:∥www.ebi
同济大学学报（医学版） 2020年3期2020-06-26
- 着色性干皮病两例ERCC2和ERCC5基因突变分析
r 软件对2 个错义突变c.1805G＞A 和c.2453C＞T 进行功能预测，均分别为“有害”、“很可能损害”和“致病性”，显示其可能致病。Mutation Taster 软件对无义突变c.586C＞T 预测为“致病性”，可产生截短蛋白，影响蛋白功能。PolyPhen⁃2软件显示分析c.1805G＞A、c.2453C＞T 及c.586C＞T 突变所在位点均在不同物种间高度保守。表1 ERCC2和ERCC5基因Sanger测序引物序列图3 例1着色性干皮病
中华皮肤科杂志 2020年4期2020-06-05
- 原发性开角型青光眼致病基因的筛查
ys) 该变异为错义突变，即染色体位置Xp11，参考序列NM_017745.5，第15 外显子，cDNA水平的第5003 位碱基C变成了碱基G，预计会使蛋白水平的第1668 位的氨基酸Ser变成了氨基酸Cys，发生了Ser1668Cys杂合突变；HGMD数据库未见文献报道，ESP6500siv2_ALL、千人基因组（1000 g 2015aug_ALL）和dbSNP147 数据库均未见收录。BCOR基因如发生病理性变异可引起小眼畸形综合征，通常呈X连锁显性
安徽医专学报 2020年1期2020-03-17
- p53 突变与结肠癌的研究进展
绑定结构域发生错义突变时，p53 会突变成促癌基因。但值得注意的是，p53 突变成促癌基因有以下两种方式，一种是错义突变的过程中发生原有野生型p53 功能的缺失，另外一种错义突变的发生增加了具有促癌功能的基因。近年来的临床和基础研究显示，p53 的错义突变在肿瘤的发生和发展的作用十分复杂，本文就近几年来p53 突变（包括获得致癌性突变和丢失野生型功能突变）在结肠癌中作用的临床和基础研究结果进行综述。1 结肠癌的可能发生机制1.1 结肠癌与突变基因大部分的
岳阳职业技术学院学报 2020年2期2020-02-22
- Dubin-Johnson综合征分子遗传学研究进展
达68个，包括：错义突变、无义突变、剪接突变、调节突变、删除/缺失突变、插入突变、小插入-缺失突变、复杂重排突变，其中绝大多数是碱基置换突变导致的错义突变和无义突变，见表1。表1 Dubin-Johnson综合征编码基因ABCC2突变类型续上表突变类型核苷酸改变突变位点蛋白质改变参考文献错义/无义c.298C>TExon.2p.R100*Shoda(2003)HepatolRes27:322Xiong(2015)Science347:1254806c.37
中国妇幼健康研究 2019年11期2019-12-06
- MKRN3基因与儿童中枢性性早熟
移码突变，17个错义突变和2个无义突变[6-7]。最近，刘璐等人在2个散发病例和5个家系病例中发现4种新的基因突变，分别为：c.1138G>A(p.Glu380Lys )、c.1420T>A (p.Leu474Met)、c.673C>G (p.Leu225Val)、c.1071C>G(p.Ile357Met)[5](详见表二)Macedo D对健康和中枢性早熟女孩进行甲基质谱分析，也发现在CPP患者启动子区域的4个罕见突变4-nt deletion (c.
中南医学科学杂志 2019年6期2019-12-05
- 两种错义突变p.Glu502Lys和p.Gly542Ser所致遗传性Ⅻ缺陷症家系的分析
lu502Lys错义突变，同时在14号外显子均存在c.1681 G＞A杂合突变，导致p.Gly542Ser错义突变。家系分析表明先证者父亲及儿子为c.1561G＞A杂合突变，母亲为c.1681 G＞A杂合突变。先证者及家系成员FⅫ基因第1外显子启动子区46C/T多态性位点基因型均为CT型。基因检测结果见表2和图1。表1 FⅫ缺陷症家系凝血指标检测结果Table 1 The coagulation indices of the hereditary coag
分子诊断与治疗杂志 2019年2期2019-03-26
- 更正：碱基编辑系统研究进展
对小鼠基因引入了错义突变，并将ABE7.10包裹到双反式剪接的AAV病毒系统中，对基因进行了无义突变，建立了杜氏肌营养不良的小鼠疾病模型”现更正为“Jin-Soo Kim实验室率先利用ABE7.10对小鼠基因引入了错义突变，并将ABE7.10包裹到双反式剪接的AAV病毒系统中，递送到小鼠模型中进行无义突变的较正，成功治疗了杜氏肌营养不良的小鼠疾病表型。”由此给读者带来的不便，作者深表歉意！DOI: 10.16288/j.yczz.19-316
遗传 2019年10期2019-03-02
- 科技
性状耳大小的重要错义突变，为进一步研究调控猪耳大小的分子机制提供了重要信息，并为猪品种遗传资源多样性研究提供了重要参考。相关研究成果在线发布在 《动物遗传学（Animal Genetics）》上。我国拥有76个地方猪种，耳大小和形态具有丰富多样性，耳大小已经成为了品种特异性标志之一。该团队在猪5号染色体上定位了4个影响猪耳大小的关键候选基因，利用末端快速扩增技术得到基因的cDNA全长序列，其中WIF1基因在猪耳中的表达量最高。通过进一步研究，发现了位于编码
中国饲料 2019年7期2019-01-10
- 基于机器学习开发的危害性预测软件对罕见错义突变的预测评估
AP主要针对罕见错义突变的预测，为了公平评估，本文主要评测不同危害性预测软件对罕见错义突变的预测；在收集的致病突变位点中也发现错义突变占了致病SNP位点的绝大部分。1 材料与方法1.1 致病位点和中性位点测试数据集收集两份独立测试数据集用于评测整合型突变危害性预测软件的效果，测试集1：ClinVar数据集，致病和中性的突变位点来源于ClinVar数据库[13，14](variant_summary.txt.gz文件，下载于ClinVar FTP，数据更新时
皖西学院学报 2018年5期2018-11-19
- 1例遗传性凝血因子V缺乏症家系的基因分析
基因存在1个杂合错义突变G16088C(Asp68His)；8个单核苷酸多态性(SNP)位点突变，杂合错义突变A38529G(Arg485Lys)，纯合错义突变A58668G(Met1736Val)、A45888G(Lys830Arg)、A45909G(His837Arg)、A46088G(Lys897Glu)、纯合同义突变C45523T(Ile708Ile)、T45550C(Asn717Asn)、A45616G (Ser739Ser)；先证者妹妹的基因型
重庆医学 2018年14期2018-06-20
- 中国134例黑色素瘤患者P16INK4a、CDK4和CCND1基因突变及其临床意义
6INK4a基因错义突变11例，突变率为8.2% (11/134)，其中肢端型、黏膜型黑色素瘤P16INK4a基因突变率分别为10.8% (4/37 ) , 8.0%(7/87)。经外周血淋巴细胞DNA重复上述测序证实，以上突变均不是遗传性突变。局灶性黑色素瘤(Ⅰ-Ⅱ期)P16INK4a基因突变频率为8.7%(4/46)，转移性黑色素瘤(Ⅲ-Ⅳ期)P16INK4a基因突变频率为8.0%(7/88)。P16INK4a的编码序列覆盖1α、2、3号外显子，1α外
基础医学与临床 2018年2期2018-01-29
- SFTPC突变致儿童间质性肺病伴家系外显不全3例并文献复习
)linker区错义突变65例中有5例成人，其中3例成人家系均有家族史；3)BRICHOS区错义突变27例中有6例成人；ILD：间质性肺病；CPI：婴儿慢性间质性肺炎；CIP：慢性间质性肺炎；DIP：脱屑性间质性肺炎；NSIP：非特异性间质性肺炎；UIP：普通型间质性肺炎；PAP：肺泡蛋白沉积症；hPAP：遗传性肺泡蛋白沉积症；BPD：支气管肺发育不良；Hch：羟氯喹；NO：一氧化氮；ECMO：体外膜肺氧合；GGO：磨玻璃样变；PF：肺纤维化；FPF：家族
中国循证儿科杂志 2017年6期2018-01-23
- 血液肿瘤患者IDH1/IDH2基因突变发生率及其血液病分布特点研究
实验共发现了7个错义的突变基因，其中2个为IDH2基因突变，4个为IDH1基因突变；还有2个IDH1同义突变。4个IDH1的突变类型是：199M、R132C、R131D及R132H，前3个突变患者都出现在3例急性髓系的白血病患者中，最后1例出现在急性淋巴细胞的白血病患者中。2个IDH2的错义突变类型是：P167R和R172K，这2例也都出现在急性髓系的白血病患者中。在发生IDH1错义基因突变的4例患者中，其体内白细胞的计数明显升高，且患者年龄均大于60岁。
实用癌症杂志 2017年6期2017-07-01
- 新生儿非酮症性高甘氨酸血症1例
子上均有一个新的错义突变：c.2198 C＞T（p.Ala733Val）。该基因突变在人类突变数据库尚未见记载，经保守性分析，该区为高度保守区域，怀疑是致病突变，见图4。图1 患儿头颅CT平扫：脑白质密度减低（箭头所示）图2 患儿振幅整合脑电图图3 血氨基酸串联质谱图图4 患儿父母甘氨酸脱羧酶基因（GLDC）测序结果2 讨论非酮症性高甘氨酸血症（nonketotic hyperglycemia，NKH）是一种累及神经系统发育的常染色体隐性遗传病，有文献通过
神经损伤与功能重建 2017年2期2017-04-08
- GFM1突变所致儿童急性肝衰竭1例：质疑GFM1错义突变位置决定临床表型
例：质疑GFM1错义突变位置决定临床表型尤艺杰1Agnès Rötig2王建设目的 报告GFM1突变所致疾病的临床特征及验证基因型和临床表型关系。方法 回顾性分析1例门诊就诊的GFM1基因突变儿童的临床及基因突变资料，结合文献归纳GFM1基因突变的临床特点，构建编码线粒体翻译因子G1(mtEFG1)空间结构图，检验GFM1基因错义突变位置与临床表型关系的假说。结果 患儿，女，6个月28 d。生长发育迟缓，急性肝衰竭。体格检查：反应差，嗜睡，全身皮肤黏膜黄染
中国循证儿科杂志 2016年5期2016-11-26
- 先天性巨结肠患儿平面细胞极性通路核心基因的突变筛查
出3个基因的9个错义突变，全部为杂合突变(图1)，阳性率为10.8%。6例患儿发现CELSR3基因5个错义突变位点，分别为：c.7724A> (H2575R)、c.6613G>A(A2205T)、c.1961C>T(T654M)、c.2230G>A(V744M)、c.8615C>G(A2872G)，其中2例患儿(HSCR0031和HSCR0048)同时出现c.1961C>T(T654M)错义突变，且突变位点位于CELSR3基因编码蛋白的一个Cadherin
安徽医科大学学报 2016年10期2016-11-25
- 家族遗传性异常纤维蛋白原血症家系的基因型分析
。对几个有疑问的错义突变位点利用BeckmanCoulter公司的GenomeLabGeXP系统采用引物延伸法进行基因型分析。2 结果先证者纤维蛋白原基因FGA、FGB和FGG的所有外显子及侧翼序列均测通，对测序结果进行分析，没有发现碱基的插入或缺失。外显子区共发现7个单核苷酸突变位点，其中4个错义突变、2个同义突变、一个位于非编码区；内含子区先证者发现1个SNP位点，正常对照也表现为同样的碱基突变。经分析，外显子区的3个错义突变位点为可疑致病突变位点。这
中国实验诊断学 2016年9期2016-11-01
- 耳髁突综合征基因遗传学的研究现状
内)所存在的杂合错义突变，导致了ACS的发生。PLCB4及GNAI3是EDN1-DLX5/DLX6 (endothelin-1-distal-less homeobox 5 and 6)信号通路的重要传导分子，而这一信号通路对于下颌骨的发育极为重要。他们通过试验组与对照组的成骨细胞培养，发现ACS患者下游的DLX5与DLX6表达有显著的下降。Rieder等通过建立斑马鱼与大鼠动物模型，提出以下假说：可能由PLCB4与GNAI3突变所引发的“下颌骨的上颌骨化
中国美容整形外科杂志 2016年12期2016-01-15
- 10例Gitelman综合征患者SLC12A3基因的检测
变位点，包括2个错义突变：Glu429Lys,Ala264Gly；1个缺失突变：1740delC。6个已报道过的突变，其中包括5个错义突变：Cys430Gly，Asp486Asn，Ser283Tyr，Thr163Met,Arg913Gln；1个缺失突变：2877_2878delAC。10例患者中8例携带Ala264Gly纯合突变,4例携带Asp486Asn杂合突变，大部分患者为复合杂合突变。 结论：本研究共发现9个突变位点，其中3个新突变位点。Gitelm
肾脏病与透析肾移植杂志 2015年5期2015-06-09
- 肌萎缩侧索硬化家系致病基因SOD1的突变检测
一个已知的致病性错义突变c.(449 T>C)(p.Ile150Thr)。对家系中其他患者和未发病者进行验证，发现此突变在该家系中与疾病共分离。结论SOD1错义突变c.(449T>C)(p.Ile150Thr)是该肌萎缩侧索硬化家系患者发病的的原因。肌萎缩侧索硬化；SOD1；错义突变肌萎缩侧索硬化(aroyotrophic lateral sclerosis, ALS)是最常见的运动神经元疾病，发病率约每年(1～3)/10万，患病率为每年(4～8)/10万
中国产前诊断杂志(电子版) 2015年4期2015-05-05
- European Urology:具有ERBB2突变的浸润性膀胱癌对新辅助化疗更敏感
RBB2突变均为错义突变，大多具有激活该信号的作用。另外在对ERBB2的拷贝数增加进行对比时，没有发现两组间差异存在统计学意义。因此，他们推测对具有ERBB2错义突变的浸润性膀胱癌患者给予新辅助化疗能够获得更好的治疗效果。在之前的报道中，肌层浸润性膀胱癌中ERBB2的突变概率为10%左右(TCGA.Nature, 2014, 507(7492), 315-322)；而在微乳头状膀胱癌中，这一比例甚至达到40%(ROSS JS，WANG K，GAY L，et
现代泌尿外科杂志 2015年4期2015-02-21
- CYP2A13基因8种错义突变与肺癌易感性的关联研究
2A13基因8种错义突变与肺癌易感性的关联研究刘亭 李朝辉 谢章明 徐迎春 吴敏良 徐笑红 陈枢青目的 探讨细胞色素p450 2A13（Cytochrome p450 2A13，CYP2A13）基因8种错义突变与肺癌易感性的相关性。方法采用以自然人群为基础的病例-对照方法，对2007-2011年间收集的91例肺癌病例以及140例年龄和性别相匹配的正常对照者进行研究。采用等位基因特异扩增法（Allele-Specific Amplification,ASA）
浙江医学 2014年17期2014-04-13
- 人耳聋相关基因GJB3的结构特征及生物信息学分析
5 GJB3基因错义突变分析为研究GJB3发生错义突变后三维结构的改变，选择了2种错义突变（p.E183K和p.I141V）进行三维结构突变前后的比较，并分析了Anolea原子平均势能。采用同源模建软件SWISS-MODEL模建Cx31蛋白的三维结构，用VMD1.9软件对突变前后的三维结构进行可视化分析，最后通过Anolea原子平均势能图的改变评价错义突变对Cx31蛋白三维结构的影响。2 结果2.1 GJB3系统发育分析用MEGA5.05构建的Cx31的N
生物技术通讯 2013年1期2013-10-29
- 核苷（酸）类似物治疗对乙型肝炎病毒感染者聚合酶区基因变异的影响
与NA耐药相关的错义变异6例（2.0%），包括M204I3例、A181T 1例和V173L 2例。同义变异25例（8.5%），包括180位点14例、181和236位点各3例及169和180联合变异5例。二、停用NA治疗后患者发生HBV-P基因RT区变异情况 在49例曾经应用过NA治疗患者，在停药至少3月后，9例（18.4%）检测到变异位点，包括经典耐药位点的错义和同义变异（表1）。表1 停用NA治疗后9例患者发生HBV-P-RT变异及类型三、应用NA治疗期
实用肝脏病杂志 2013年1期2013-09-20
- 钠离子通道基因 SCN1A、SCN2A、SCN1B 突变与癫痫
型[3]，且均为错义突变。同一家系中受累成员表现可不同，轻者仅有热性惊厥（febrile seizure，FS），重者可表现为癫痫伴肌阵挛站立不能（myoclonic-astatic epilepsy，MAE）及 Dravet 综合征（Dravet syndrome，DS）等。分析已报道的 20 个有 SCN1A 基因突变的 GEFS+ 家系（共 151 例受累者）表型及所占比例中，最常见的表型是热性惊厥附加症（febrile seizure plus，F
中国医药生物技术 2013年1期2013-01-22
- 中国X连锁无丙种球蛋白血症40例基因型表型相关性分析
例(40.0%)错义突变，13例(32.5%)无义突变,4例(10.0%)插入突变，4例(10.0%)缺失突变和3例(7.5%)剪接突变。8例位于CpG位点(R13X、R28C、R255X、R520X、R525P、R562L各1例，R525Q 2例)。40例基因突变分布于整个BTK基因编码区域，其中20例(50.0%)位于激酶(TK)区,9例(22.5%)位于PH区,3例(7.5%)位于TH区,3例(7.5%)位于SH3区，5例(12.5%)位于SH2区(
中国循证儿科杂志 2012年1期2012-01-05
- 原发性高血压患者G蛋白信号转导调节蛋白-2基因的测序分析
5各检出1个新的错义突变(K18N和Y178C)；-638A>G、-395G>C、1891-1892TC I/D和 2971G>C 以及-43A>T 和 2297A>G 之间存在连锁不平衡关系(r2≥0.8)。结论RGS2基因在新疆哈萨克族高血压患者中检出的变异位点及频率存在种族特异性，外显子区的错义突变频率较低，是否影响血压调节需进一步的功能验证。G蛋白信号转导调节蛋白-2；原发性高血压；单核苷酸多态性；错义突变；哈萨克族G蛋白家族是心血管细胞信号转导和
中国医学科学院学报 2011年2期2011-11-23
- 线粒体DNA遗传变异与人类环境适应性
洲居民中均发现有错义突变，nDNA基因的突变则表现出与地理区域相关性［2，18］。研究者继续对mtDNA遗传变异的地理区域性分布进行了更深入的研究。对从现有的2565个mtDNA序列演绎出的mtDNA进化图进行分析发现，从热带非洲单倍型L的100%到欧亚大陆M+N单倍型的140%，到寒带N单倍型的180%，进化树内部分枝的错义突变发生频率是逐渐增多的。而且，热带非洲群体的内部分枝上氨基酸变化的种内CI(氨基酸功能发生改变的重要性标志)也较北极群体有所增加。
中华肺部疾病杂志(电子版) 2011年6期2011-08-15
- 视网膜色素变性患者视紫红质基因突变分析
平衡。其中2种为错义突变，V104I仅在RP组出现，A299S在RP组及对照组中各有1例。其余5种为非编码区突变，且在对照组中也发现相应碱基突变，考虑为SNP，在NCBI－SNP数据库中进行检索，两组各SNP位点突变频率比较，差异均无统计学意义 (P＞0.05，见表2)。表2 检出的RHO基因点突变Table 2 RHO sequence alterations detected in the study图1 PCR扩增产物2%琼脂糖凝胶电泳图Figure
中国全科医学 2011年15期2011-04-20
- 钠离子通道基因SCN1A突变及其相关癫综合征
突变类型，且均为错义突变(http://www.molgen.ua.ac.be/SCN1AMutations/ Mutations/ Default.cf-m)。GEFS+家系具有遗传异质性，虽然SCN1A基因是GEFS+最常见的致病基因；但SCN1B和氨基丁酸受体γ2亚单位基因(GABRG2)基因突变也与GEFS+家系发病有关[12，16，17]；SCN2A和GABRD基因突变也分别见诸于一个GEFS+家系报道[18，19]。表1 20个SCN1A 基因
中国循证儿科杂志 2011年4期2011-01-19
- CX26不同结构域错义突变体的表达和定位*
中各选择1个致聋错义突变(表1和图1)，观察突变体蛋白在HeLa细胞的表达及定位，为进一步研究CX26致聋突变体组装、运输和定位及间隙连接通信功能奠定基础。1 材料与方法1.1实验材料 pEGFP-N1载体、HeLa细胞和大肠杆菌Top10菌种由中南大学医学遗传学国家重点实验室提供。HeLa细胞是一种很容易离体培养的细胞，该细胞没有内源性的间隙连接表达，因此被广泛应用于间隙连接蛋白功能分析的体外实验[5]。Pyrobest 酶、dNTP 和限制性内切酶Ec
听力学及言语疾病杂志 2010年3期2010-01-25