进化树
- 陕西省野生拟黑虫草的多基因分子生物学鉴定
多数单基因系统进化树在某些关键节点上的支持率较低、聚类可信度不高,因而仅依靠单基因进行物种的分类鉴定存在一定的局限性[4]。多基因涵盖的信息比单基因多,通过联合多个DNA片段构建的多基因系统进化树能更可靠地反映物种之间真正的系统发育关系[5-6],也能明显提高进化树的分辨率和可信度[7]。如今,多基因联合分析也被广泛地用于虫草菌分类地位的鉴定中[8-9]。Sung等[10]利用核糖体大亚基LSU和小亚基SSU、RNA聚合酶Ⅱ大亚基RPB1和小亚基RPB1及
西北植物学报 2023年11期2023-12-05
- 基于专利分析的食品加工产业技术预测方法创新与应用探索
——发明问题解决理论（TRIZ）视角
状信息模型，即进化树，意在通过系统分析食品开发过程中遇到的问题，提出科学有价值的食品产品发展方向，得到切合实际、创新性较强的最终产品。2 基于TRIZ 理论的专利预测方法2.1 传统的产品专利预测方法当前，国内外研究多采用社会网络分析方法，从专利拥有者、发明人协作网络和专利引文网络等方面对专利信息进行挖掘，并对专利质量、技术预测、行业间知识流动、技术评价和企业核心技术进行深入研究。到目前为止，关于专利技术发展状况方面的研究主要包括技术扩散、技术发展趋势预测
科技管理研究 2023年18期2023-11-13
- 枳漆酶基因家族鉴定及其响应盐胁迫的表达分析
otif；系统进化树分析结果显示，20个枳LAC基因家族成员与17个拟南芥LAC基因家族成员共分成7个亚组，20个枳LAC基因家族成员分布在其中的6组；20个枳LAC基因家族成员与拟南芥LAC基因间存在19对共线性关系；启动子区域含有24种顺式作用元件，其中厌氧诱导元件、干旱响应元件和茉莉酸甲酯响应元件数量最多；16个枳LAC基因在盐胁迫下显著上调表达，推测枳漆酶基因参与了盐胁迫响应。关键词：枳；漆酶基因；进化树；顺式作用元件；盐胁迫中图分类号：S188+
江苏农业科学 2023年9期2023-06-04
- 埃可病毒18 型构象表位的生物信息学研究
E18 的分子进化树,确定进化分支和决定进化分支的标志性氨基酸突变(分支突变);最后探索分支突变与表位以及病毒受体结合位置的关系,分析表位在E18 分子进化过程中的作用.研究结果可为E18 的监测和预警提供参考.1 材料与方法1.1 E18 结构蛋白的序列和结构特征分析从RCSB PDB 数据库[26](https://www.rcsb.org)和NCBI Nucleotide数据库[27](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuc
宁波大学学报（理工版） 2023年1期2023-01-30
- 云南省大理市啮齿动物携带冠状病毒和戊型肝炎病毒的调查
序列分析及系统进化树构建 通过DNAstar Lasergene软件包进行序列拼接、剪切。利用NCBI在线BLAST工具进行相似性比对分析。从GenBank中下载相近序列，使用ClustalX2进行序列比对。系统进化树构建使用MEGA-X，选择最大似然法(Maximum Likelihood，ML)进行1 000次bootstrap重复，核苷酸替代模型选择最优模型，自展值大于70%为可靠进化分支。CoV和HEV进化树基于部分RNA依赖的RNA聚合酶(RNA
中国人兽共患病学报 2022年8期2022-08-30
- 森林草莓bHLH家族基因的鉴定与分析
上分布得最少。进化树结果显示，森林草莓的bHLH家族可以进一步被分为12个亚家族，其中第Ⅰ、Ⅲ亚族的成员较多。森林草莓bHLH家族基因的表达模式分析结果显示，有73个FvbHLH基因与花的发育相关，有28个FvbHLH基因与果实的发育相关，其中FvbHLH97/36/55/39/42/52/26/44/68/54对森林草莓花的整个发育过程都尤为重要，而FvbHLH57/59/66/78/100/15/17/46则在果实发育中起到主要的调控作用。 关键词：森
江苏农业科学 2022年2期2022-02-15
- 宁夏人腺病毒临床标本的首次全基因组序列分析
似然法系统发育进化树，Bootstrap设置为1 000。使用SplitsTree[14]（版本号4.18.2）默认设置构建全基因组网状进化树。使用Simplot[15]（版本号3.5.1）进行重组分析，窗口大小设置为5 000，步长设置为100。2 结果2.1 实时荧光定量PCR检测结果对该幼儿咽拭子标本中的病毒核酸进行实时荧光定量PCR检测，检测结果显示人腺病毒核酸DNA阳性（CT值为21.11），证明该咽拭子标本为腺病毒阳性。2.2 核酸序列的同源性
宁夏医科大学学报 2022年12期2022-02-15
- 15 株湖南省猪圆环病毒2 型全基因组测序与遗传进化分析
V2 根据系统进化树，可分为PCV2a、PCV2b、PCV2c、PCV2d 等8 种基因亚型[4]。1991 年，Clark 等[4]在加拿大西部地区表现断奶仔猪多系统衰竭综合征的病猪体内分离出一种PCV，发现其与PCV1 的抗原性和致病性均存在差异，因此将该病毒命名为PCV2。此后，全球多国猪场发现了PCV2 感染。1995 年，我国台湾地区首次发现PCV2 感染[5]。目前我国PCV2感染率较高，流行广泛，其中PCV2d 为优势流行亚型[6-8]。本研
中国动物检疫 2022年2期2022-02-13
- 鸡滑液支原体的分离鉴定与多位点序列分型
ST分型并建立进化树，以明确国内MS流行株所属的基因型及相互之间的进化关系，为我国养鸡业的MS防控提供科学依据。1 材料与方法1.1 病料来源 样品为来自山东、四川、河北、湖北、辽宁、安徽、江苏、黑龙江、宁夏共9省份疑似爆发MS感染鸡场的鸡腿、拭子等病料。1.2 主要试剂 氯化钠、氯化钾、磷酸氢二钠、磷酸氢二钾、硫酸镁等盐类购自国药集团，支原体培养基采用改良Frey氏培养基(购自OXOID)，辅酶购自罗氏。细菌DNA提取试剂盒和PCR mix购自北京全式金
中国兽药杂志 2022年12期2022-02-11
- 16S rRNA基因可变区与全长序列进化关系相似性分析
变区及全长序列进化树，使用层次距离矩阵算法分析了V2、V3、V4可变区与全长序列所构建的进化树之间的距离差异值，并对可变区与全长序列进化关系的相似性进行了分析。1 数据获取与预处理1.1 可变区截取与筛选原始数据采用RDP中细菌16S rRNA的全部序列。压缩文件大小为3 GB,解压后大小为76 GB，共包含约320万条16S rRNA序列，数据格式为fasta。由于V9区在实际研究中应用较少，故只选用V1～V8可变区进行相关研究。使用MEGA6软件在该序
郑州大学学报（理学版） 2022年1期2022-01-23
- 猪塞内卡病毒全基因组分析及系统进化树构建
组序列构建系统进化树。1.3 核酸替换模型的选择组成DNA的脱氧核苷酸序列的突变是促进基因进化的原动力，这种突变也被称为核酸替代。DNA序列中核苷酸替代数的估计是测定基因间进化距离的数学统计方法，是研究基因进化的基础。最基本的核苷酸序列替代模型包括p-距离模型、Kimura两参数模型和Jukes-Cantor模型以及在此基础上衍生出的一系列其他模型，如Tajima-Nei模型、Tamura 模型、Tamura-Nei 模型等[11]。在系统发育分析中，最大
现代畜牧兽医 2021年10期2021-11-13
- 基于心理旋转的小学生物进化树教学实验报告
倪锦月一、引言进化树,又称系统发育树,它以树状分支图的形式展现了地球上物种的进化历程以及亲缘关系,[1]是达尔文共同祖先说的直接体现,即地球上所有现存物种具有共同祖先,物种之间的亲缘关系体现为呈辐射状串起的进化树。[2]读懂进化树是真正理解生物进化的必要条件。[3]小学科学课程标准中列出的学习生物分类、了解动物与植物之间的相互关系以及认识生物的多样性等均是生物进化的重要内容。[4]然而生物进化的教学内容较为抽象,仅通过教师的讲解和教材中各种实例和图片的呈现
天津市教科院学报 2021年5期2021-11-10
- 自制立体生物进化树模型
生通过立体生物进化树的制作，可构建系统的生物进化知识，同时有利于将之前学习过的不同生物的知识通过进化树组合在一起。随着现代信息技术的快速发展，多媒体教具深受教师的喜爱，动画演示等辅助教学可帮助学生理解抽象知识，从而也导致了传统自制教具“相形见绌”，逐渐淡出课堂教学。自制教具虽不如多媒体教具丰富、美观，但其也有不可比拟的优势，自制教具可激发学生学习兴趣、提升动手能力、开拓创新精神。但学校里基本都是教师制作教具，且教具创新性少，主要原因是学生学业繁重、难收集制
中学生物学 2021年8期2021-11-02
- 猪源副流感病毒5型SH毒株全基因组测序及分析
序列分析及遗传进化树构建 将PIV5-SH毒株全基因组测序，测序结果进行拼接。拼接得到的病毒全基因组序列与GenBank中已登录的其他PIV5参考毒株进行序列比对及分析，应用DNAStar 6.0软件的MegAlign程序进行毒株的序列同源性比对，并使用MEGA 6.06软件中的NJ法进行PIV5全基因组序列及NP、F及HN基因进化树构建。2 结果2.1 PIV5-SH毒株序列的同源性 测得的PIV5-SH毒株基因组序列递交至GenBank，命名为SH／2
中国生物制品学杂志 2021年9期2021-09-18
- 8个玉米ZmDOFs基因对非生物胁迫响应的表达分析
OF转录因子;进化树;组织表达;非生物胁迫中图分类号：S513 文献标识码：AAbstract： The DNA-binding one finger （DOF） transcription factor family is a major family of plant-specific transcrip-tion factors containing the DOF domain. These transcription factors a
热带作物学报 2021年5期2021-07-20
- 常见的进化树错误概念及其辨析*
物进化的本质。进化树是一种描绘生物学分类单元之间亲缘关系与物种进化历程的树状图，是学习生物进化的重要工具。正确解读进化树不仅有助于学生理解生物进化的历程和亲缘关系、构建生物学多样性知识的结构框架，而且有助于学生进一步理解生物进化的本质[2-3]。学者奥哈拉（O’Hara）曾言，“初学生物学的学生，读懂进化树的重要性等同于初学地理的学生读懂地图的重要性”[4]。更有学者认为，不具备正确解读进化树能力的学生不可能真正理解生物进化[5]。由此可见，进化树在生物进
生物学通报 2021年9期2021-07-01
- 大白菜ABCB/PGP基因家族的鉴定与分析
员，并结合系统进化树分析ABCB/PGP 基因家族的系统发育分类，以期为进一步研究大白菜ABCB/PGP 基因的生物学功能奠定一定的基础。1 材料与方法1.1 大白菜ABCB/PGP 基因家族的鉴定以拟南芥ABCB/PGP 蛋白的氨基酸序列作为种子序列在大白菜基因组数据库（http://brassicadb.org/brad/）中通过BLAST P 进行第一次比对搜索，找出候选基因。为了防止候选基因存在遗漏，再在大白菜基因组数据库进行了二次BLAST P
南方农业 2021年6期2021-05-29
- 竹类植物分蘖相关基因的生物信息学分析
比对。1.3 进化树构建与同源序列分析使用MEGA X软件对水稻、二穗短柄草、谷子、毛竹、瓜多竹、芸香竹、草本竹Olyra latifolia和Raddia guianensis的各基因比对结果进行分析，运用最大似然法（ML），设置1 000次检验构建进化树。候选基因的氨基酸序列的分子量、等电点、序列长度、脂溶性系数等信息通过网站（http://www.expasy.org）获取。在MEME（http://meme-suite.org/index.html
西南林业大学学报 2021年2期2021-05-06
- 曲霉来源的α-L-鼠李糖苷酶结构特征规律分析
-鼠李糖苷酶；进化树；代表性序列；结构特征α-L-鼠李糖苷酶（α-L-rhamnosidase，EC3.2.1.40）是一种专一性水解鼠李糖苷键的酶[1]，近年来，在食品加工特别是饮料加工中被广泛应用，如水解柚子中的苦味物质制作柚子汁，改善酿造酒及果汁的风味等[2]，此外，α-L-鼠李糖苷酶还可作为食品添加剂改变流体性质[3]。在自然界中，α-L-鼠李糖苷酶主要来源于细菌[4]和霉菌[5]，最初是从青霉菌和曲霉菌代谢生产的酶制剂中纯化得到，国外关于真菌中α
现代食品科技 2021年1期2021-01-19
- 进化树在细菌亲缘关系分析中的应用研究
的基因序列构建进化树，以确定不同生物之间的进化关系。目前，随着高通量测序（next generation sequencing，NGS）等技术的应用，大大降低了基因分析的成本，加快了基因分析的速度，为细菌进化树的构建提供了更多类型的分析和展示形式[2]。本文对进化树及其在细菌亲缘关系中的应用进行综述。1 进化树概述1.1 进化树定义进化树又称系统发生树，是描述生物体形成或进化顺序的拓扑树结构，通常是二叉树的形状，一般由一系列节点和分支组成，节点代表某个具体
检验医学 2020年12期2021-01-04
- 文冠果WRKY转录因子的生物信息学分析
因子家族的系统进化树构建文冠果WRKY 家族蛋白通过对MEGA7.0 中的ClustalW进行多序列比对，然后使用MEGA7.0 对部分文冠果和全部拟南芥WRKY 转录因子蛋白构建系统进化树。1.4 文冠果WRKY 转录因子家族的蛋白理化性质分析方法文冠果WRKY 转录因子家族的蛋白理化性质分析方法：利用ExPASy 的在线工具ProtParam 工具（https://web.e xpasy.org/protparam/）对文冠果WRKY 转录因子蛋白的氨
广东蚕业 2020年6期2020-12-16
- 16S与gyrB基因联合建树快速鉴定一株解淀粉芽胞杆菌
的方法容易出现进化树结构冲突，干扰定位的情况。利用16S与gyrB基因联合建树，以较少的序列数和进化树数实现对筛选菌株快速鉴定的方法，可提高数据的利用率，减少数据冲突，为芽胞杆菌种群的分子生物学鉴定方法开发提供参考。1 材料与方法1.1 实验材料1.1.1 土壤样本土壤样本，采集自厦门同安国家农业科技园区竹坝农场。1.1.2 培养基与试剂营养琼脂培养基，广东环凯生物科技有限公司；苯丙氨酸脱氨酶鉴定管、MR-VP鉴定管、SIM培养基(用于硫化氢和吲哚试验)等
食品与发酵工业 2020年12期2020-07-06
- 基于18S rDNA、rbcL和atpB序列的轮藻科植物的系统发育研究
ML、NJ系统进化树[18]，对系统发育树的拓扑结构的可靠性通过自展法(bootstrap, BS)进行1 000次的重复取样.使用MrBayes 3.2.5构建BI树，通过马尔科夫链(Markov Chain Monte Carlo，MCMC)随机选取进化树，以四条链(nchains=4)共运行2 000 000代，每隔1 000代保存一棵树，所得进化树的前25%被舍弃(burn-in)[21].进化树所得支持率(ML/BI/NJ)≥50%的分枝可信度较
四川大学学报（自然科学版） 2020年3期2020-06-03
- 16S与gyrB基因联合建树快速鉴定海水中的一株地衣芽胞杆菌
进行比对和构建进化树通常无法准确鉴定到种, 需要增加测序基因数并对多基因进行分析。为实现快速鉴定, 课题组对16S与基因联合建树的方法进行了研究, 将海洋来源的一株杆菌, 分别用通用引物扩增16S和基因并测序, 在GeneBank进行序列比对后, 选择各菌种保藏中心16S和基因均相似的菌株, 取16S和基因序列, 采用Paup* 4.0构建进化树。使用16S与拼接序列构建的进化树中属于同一种的菌株均很好的聚合在一枝, 种间分枝自展值均高于98, 分类结构准
海洋科学 2020年4期2020-05-13
- 进化树在专利方案生成中的应用
存发展的关键。进化树作为一种树形信息模型，能够帮助企业对现有技术进行分析，挖掘技术潜力区域，并产生新的专利方案。因此，提出一种进化树在专利方案生成中的应用方法，来帮助研发人员更好地利用进化树进行技术预测，产生专利方案，提高企业竞争力。关键词：进化树;产品研发;专利方案中图分类号：G306 文献标识码：Adoi：10.14031/j.cnki.njwx.2020.01.0100 引言随着市场机制的日趋完善，企业在激烈的市场竞争中越来越意识到知识
农机使用与维修 2020年1期2020-03-27
- 凹线仙女蚬Cytb基因片段序列分析及系统进化树初步构建
，进而构建系统进化树，探讨凹线仙女蚬的分类地位。结果显示NT数据库中未见凹线仙女蚬的Cytb基因信息。研究扩增获得的序列与蚬属其他种的Cytb基因片段有88%的相似性，与其他帘蛤目贝类的相似度77.02%～78.53%，表明扩增出的片段是凹线仙女蚬所特有的Cytb基因片段。基于Kimura′s 2-Parameter模型计算得出，3个样本个体的遗传距离仅为0～0.0016，远小于蚬属内种间遗传距离（0.002～0.114），与蚬属的遗传距离为0.127～0
福建农业科技 2020年10期2020-01-07
- 微生物进化树构建方法
杰摘要 进化树的构建是当代生命科学技术中最为重要的技术之一，可以分析未知微生物和已知微生物的亲疏关系，从而进一步获取微生物进化关系的重要证据。本文对微生物进化树的构建进行了研究，阐述了进化树的原理，梳理了相关的理论，同时全面地介绍了最常用的构建进化树的软件及其功能，详细地介绍了微生物进化树的构建方法，以期为更便捷地开展后续研究提供参考。关键词 微生物;进化树;构建中图分类号 Q393 文献标识码 A文章编号 10
现代农业科技 2019年19期2019-11-21
- 昆虫呼肠孤病毒的遗传进化分析
举100次进行进化树的构建。评估测试方法选择Bootstrap，重复次数（Replications）设为100，其他的参数设置为默认值。2 结果与分析2.1 昆虫呼肠孤病毒的RdRp进化树分析依赖RNA的RNA聚合酶（RNA dependent DNA polymerase，RdRp）是所有的RNA病毒在病毒基因组复制过程中必需的酶，因此RdRp被认为是从事病毒进化分析的最佳基因[4]。为了明确昆虫呼肠孤病毒在所有呼肠孤病毒属之间的分类地位，选取刺突呼肠孤
生物化工 2019年5期2019-11-07
- 基于Cytb基因序列的双齿围沙蚕分子鉴定
Cytb基因的进化树。结果表明：双齿围沙蚕的PCR扩增产物经测序和Blast比对后，双齿围沙蚕的Cytb基因序列长度为349 bp，与NCBI数据库双齿围沙蚕有97%～99%的相似度，并没有与其他种沙蚕具有相似度;沙蚕亚科进化树中，双齿围沙蚕与多齿围沙蚕相聚，两者相聚后再与阔沙蚕属相聚，沙蚕属与环唇沙蚕属相聚、拟突沙蚕属与刺沙蚕属相聚;研究结果初步证实了线粒体Cytb基因序列可用于双齿围沙蚕的分子鉴定。关键词：双齿围沙蚕; Cytb基因; PCR鉴定; 进
福建农业科技 2019年5期2019-09-10
- 利用“树式思维”辨析进化论教育中的常见误区
之树。如图1的进化树所示，物种A和物种B按照时间回溯，拥有共同祖先E。时间继续往后回溯，C和E拥有共同祖先F，F和D拥有共同祖先G。时间往前推进，是这棵树开枝散叶的过程，时间回溯则是寻找类群最近共同祖先的过程。进化树所包含的信息是理解类群进化历程、判断类群亲缘关系和回答其他重要生物学问题的关键，可以说几乎所有涉及到进化的问题都离不开进化树，因此全面的进化论教育应该帮助学生学会读取进化树所包含的意义，培养根据进化树的理念来思考生物学问题的习惯，树式思维理念“
生物学教学 2019年7期2019-08-01
- 基于PubMLST数据库分析蜡样芽胞杆菌群的遗传学
ga是生成系统进化树较常用的软件，可用于分析来自物种或种群的DNA和蛋白质序列数据[14]；Phyloviz软件是适合PubMLST数据库配套使用的可结合序列型和菌株基本信息进行多维度聚类分析的软件[15]；IQ-tree是2014年基于最大似然（maximum likelihood，ML）法推出的建树软件，具有准确、快速、灵活等特点，特别适用于大数据的系统发育分析[16-17]。ModelFinder是快速、精确的基于模式选择法的系统发育的算法。基于该大
中国酿造 2019年5期2019-06-11
- ELF3基因与植物分类系统探讨
因;植物分类;进化树中图分类号：TB文献标识码：Adoi：10.19311/j.cnki.16723198.2019.08.0961节律行为和生物钟节律行为或称周期性行为是行为随自然因素规律变化呈现的周期性。其特点为随自然因素变化而有规律的变动，并与生物钟相关。根据外界环境周期变化的不同因素，生物节律可分为：昼夜节律，与热、光、温度、风向昼夜的综合变化相一致，如：日行性、夜行性、晨昏性、蜜蜂采蜜、果蝇羽化等;月运节律，行为与日月位移引力周期性变化相一致，如
现代商贸工业 2019年8期2019-03-21
- 乌鸦说，达尔文错了
岳峰达尔文的进化树1837年，英国皇家海军帆船“小猎犬号”上，担任随船博物学家的达尔文手捧着他的日记，陷入沉思。随后，他描绘出了生物学上的第一棵被众多进化研究者奉若标杆的进化树。进化树用形象直观的图像阐释了物种形成理论，即一个物种是如何分化为多个物种的，它们之间有怎样的亲缘关系。在遗传和分化之后，由于多种原因，出现了生殖隔离，一种生物分化为两种不同的生物。从基因尺度来看，就是一个基因库变得无法和另一个基因库交流的过程。达尔文认为，从一个物种到另一个物种的演
科学之谜 2018年7期2018-10-20
- 基于拟南芥的葫芦苯丙氨酸解氨酶生物信息学分析
析及预测、系统进化树的构建，为葫芦作物PAL蛋白质研究、抗病抗逆性分析及分子辅助育种提供了参考及依据。1 材料与方法1.1 数据来源拟南芥PAL基因序列来源于TAIR网站（http://www.arabidopsis.org/），将基因用于葫芦科数据库（http://cucurbitgenomics.org/）进行BLAST比对分析，e值为1e-10.1.2 PAL基因各级结构分析及分子进化树构建采用在线软件ProtParam预测PAL蛋白序列的一级结构，
科技与创新 2018年16期2018-08-21
- 大学生对进化树的常见误解
讨论了大学生对进化树的常见错误观念，并提出了教学过程中应注意的问题。关键词：进化树；概念误解；教学注意事项中图分类号：G642.0文献标识码：A收稿日期：2017-12-31作者简介：李 菲（1985—），男，山东曲阜人，贵州师范大学生命科学学院教师，讲师，研究方向：进化生态学。在过去的一年里，我们建立了一个名为EvoBeaker的模拟软件，其可以通过模拟实验向学生教授进化生物学。我们在软件包中建立了宏观进化的实验模型，利用软件包里的进化实验模型，我们能够
教师·中 2018年4期2018-06-02
- 新型人腺病毒55型在中国10年的持续流行及其基因进化分析
件。1.4系统进化树构建和进化分析用MEGA7.0软件中邻接法(Neighbor-jioning method，NJ)和最大似然法(Maximum Likelihood method, ML)建立系统进化树，进化树可靠性估计Bootstrap值设定为1 000。使用BEAST1.8.4软件构建HAdV-55的hexon和fiber基因全长的进化树和推测病毒的核苷酸进化速率，计算方法基于用贝叶斯马尔科夫链蒙特卡洛(MCMC)分析，贝叶斯分析中使用SRD06作
中华实验和临床病毒学杂志 2018年2期2018-05-26
- 屋尘螨变应原第2组分序列多态性分析
进行序列比对和进化树构建。结果 获得Der p 2氨基酸序列共13个亚型，对Der p 2氨基酸序列进行对比，有9处氨基酸序列发生变化，构建系统进化树显示进化树中Der p 2亚型聚类成4簇。结论 der p 2氨基酸序列具有多态性，为进一步研究奠定基础。关键词：屋尘螨 Der p 2 多态性 进化树中图分类号：Q966 文献标识码：A 文章编号：1672-3791（2018）10（b）-0242-02尘螨（house dust mites）已经确定与Ig
科技资讯 2018年29期2018-03-06
- 慢性蜜蜂麻痹病毒中国株RNA1序列克隆及进化分析
全长及RdRp进化树构建目前在GenBank上公布的CBPV RNA1全基因组序列仅有3株，名称及登录号分别为：France B-441 (EU122231)、France A-79P (EU122229)、China LN（KU950353）。将本实验中得到的序列KX168412与这3株CBPV RNA1序列构建进化树，并以以色列急性麻痹病毒IAPV（EU218534）全基因组序列作为进化树外群，用Mega6分析软件中的Clustal W程序进行多重序列
中国蜂业 2017年5期2017-06-08
- 一种新的RNA二级结构三维图形表示及其应用
表示，构建系统进化树，进行序列间相似性的比较和分析。根据最终结果，可以很清晰地发现，AVII与LRMV两种病毒是最为相似的，另外，较大的距离值出现在了APMV与ALMV;PDV与AVII中，这说明这几种RNA二级结构明显不相似。这一研究结果与前人相似性分析的结果是十分相似的，同时，所采取的方法更加简单易于区分观察且得到的结果又是十分可靠的，因此，这些更加证明了该方法是有效的。RNA二级结构；图形表示；系统进化树；相似性近期，随着生命科学和计算机科学的快速发
生物信息学 2017年1期2017-04-10
- 福州2009—2014年甲型H1N1流感病毒株HA基因进化分析
的序列进行基因进化树分析。结果：6株分离株的HA基因推导氨基酸序列与参考株A/California/04/2009相比，2009-2014年HA1区氨基酸发生了突变，主要是位于136、145、188、189、192和193位点。结论：近几年，福州地区H1N1流感的HA基因序列与世界流行的病毒参考株具有高度同源性，并多处氨基酸发生替换而产生抗原性漂移。【关键词】 甲型流感病毒； 血凝素； 序列分析； 进化树【Abstract】 Objective：To in
中国医学创新 2017年7期2017-03-31
- 磨课促成长 复习显新意
板上画好生物“进化树”（树干及树枝，四种动物类群），请学生将图片贴在树枝上，提出生物多样性产生的原因引出课题一呈现本单元知识点，学生阅读学案上的知识点，将生疏和遗忘的知识圈出并标记一提出生物多样性的概念及内容一由物种多样性引出生物分类的依据一研究生物“进化树”右侧，植物类群，学生讨论比较生活环境、主要特征和生殖特点，小结植物进化的规律一研究生物“进化树”左侧，通过问题串，激发学生回忆动物类群的进化及特征，小结动物进化的规律一由生物“进化树”未表示出的类群引
中学教学参考·理科版 2016年8期2017-02-20
- 艾草白粉病的病原菌鉴定
定，并构建系统进化树进行分析。结果表明，艾草白粉病菌分生孢子长度平均约为34.57 μm，宽度平均约为18.36 μm，以约3～8个分生孢子串生在分生孢子梗上，附着胞少裂片对生。根据病原菌的rDNA-ITS序列（GenBank登录号为KF056818）建立进化树分析可知其与来自韩国、日本的Golovinomyces artemisiae聚在1支上，登录号分别为KJ136112、AB077654，而与同属的另外1个种亲缘关系较远。分析认为，河南周口地区的艾草
江苏农业科学 2016年8期2017-02-15
- 昆虫Allatostatin神经肽的生物信息学分析
。在4种AS的进化树中，不同种类昆虫间的亲缘关系不尽相同。其中在AS-C进化树中，除了膜翅目，完全变态类昆虫都在一个进化分支，而膜翅目和不完全变态类昆虫在一个进化分支。在AS-CC进化树中，发现鳞翅目和双翅目分别在一个进化分支上，而膜翅目、鞘翅目和不完全变态类昆虫在一个进化分支上。目前尚未找到鞘翅目昆虫的AS-A序列和膜翅目昆虫的AS-B序列。关键词：昆虫；神经肽；生物信息学；系统进化树；Allatostatin中图分类号：Q966 文献标识码：A 文章编
湖北农业科学 2016年6期2016-10-19
- 微生物抗药性进化的分子生物学证据及进化树构建方法
子生物学证据及进化树构建方法马亢，刘海滨（商丘师范学院生命科学学院，河南商丘476000）摘要：微生物的抗药性一直是困扰人类的重大问题，尤其是最近超级细菌的出现更是为人类敲响了警钟——对微生物的抗药性研究已经刻不容缓。本论述梳理了近年来微生物进化方面的分子生物学证据，并介绍了两种最常用建立进化树的生物信息学方法，从而更加直观地找出他们的进化关系。关键词：微生物；抗药性；进化；进化树DOI10.3969/j.issn.1672-6375.2016.03.02
甘肃科技纵横 2016年3期2016-08-27
- 诺如病毒河北卢龙株NHBGR59全基因组序列分析
s)序列和系统进化树的分析。结果诺如病毒河北卢龙珠HBGR59病毒全基因组全长为7 563 bp(除了PolyA尾)，病毒基因组分为三个ORFs：ORF1(5～5 098 nt)、ORF2(5 079～6 731 nt)和ORF3(6 731～7 510 nt)，其中ORF1和ORF2之间有20 bp重叠，ORF2和ORF3之间有1 bp重叠。经过全基因组序列分析发现其和基因组II基因型6(genogroup II GenotypeVI, GII.6)诺如
中华实验和临床病毒学杂志 2016年3期2016-08-09
- 一株猪繁殖与呼吸综合征病毒野毒株的基因序列分析
基因序列分析；进化树猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus，PRRSV）是一种危害当前养猪业的主要病毒之一，可引起母猪繁殖障碍，断奶仔猪发生肺炎、生长迟缓以及高死亡率[1-3]。感染猪只通过唾液、鼻分泌物、尿液、精液以及粪便排毒[4]；怀孕后期感染母猪可通过乳汁排毒；公猪精液带毒期可达90 d。PRRSV具有高度宿主依赖性，主要在猪肺泡巨噬细胞以及其他组织巨噬细胞中生长
中国动物检疫 2016年7期2016-07-25
- 结缕草ZjNAC基因的克隆与表达分析
s家族成员进行进化树分析，结合蛋白分析，QRT-PCR等的方式探索其生物学功能。实验结果表明，该基因长度为1496 bp，包含1个完整开放阅读框(ORF)，长度为1332 bp，编码449个氨基酸，该蛋白含有1个NAM结构域。与水稻的NAC类转录因子家族的系统进化树对比发现，它与OsNAC036近缘性最高，因此将该基因命名为ZjNAC036。QRT-PCR结果显示，该基因在干旱情况下表达量呈上升趋势，并且干旱处理8 h的时候，差异倍数最大，达到了50倍左右
草业学报 2016年4期2016-05-10
- 猪流行性腹泻病毒检测与S蛋白中和抗原表位基因分析
病毒；S蛋白；进化树猪流行性腹泻（Porcine epidemic diarrhea，PED）是一种由猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus，PEDV）引起的，以严重的肠炎、腹泻、呕吐、脱水和仔猪高死亡率为显著特征的猪急性高度接触性肠道传染病。自2010年底我国猪流行性腹泻疫情暴发以来，该病持续在我国流行蔓延，给养猪生产带来了巨大的经济损失。2013年，PED首次传入美国和墨西哥，2014年扩散到加拿大、多米尼加，
上海农业学报 2016年1期2016-04-07
- 布氏菌分离株16SrDNA基因遗传进化分析
SrDNA遗传进化树，确定该菌株的分类地位。方法 用BCSP31-PCR对临床分离株检测，再进行16SrDNA双向测序；从GeneBank下载标准参考菌株和与布氏菌有共同抗原细菌的16SrDNA基因序列；用Mega6.0进行序列比对并构建遗传进化树。结果 BCSP31-PCR结果显示均有223 bp扩增条带，16SrDNA测序得到单一基因序列；比对后发现有4处特异片段，经Blast比对，位于844-1224包括380 bp的片段为布氏菌独有；进化树显示布氏
中国人兽共患病学报 2015年8期2015-05-09
- 基于进化树的产品模块化粒度分析
0081)基于进化树的产品模块化粒度分析容芷君，曹云飞，钟鹏飞,陈奎生(武汉科技大学机械自动化学院,湖北 武汉，430081)针对产品模块化设计中的粒度问题，提出一种基于进化树的分析方法。通过综合考虑零部件之间的功能关系度、结构关系度和物理关系度，建立产品的原始矩阵，应用模糊聚类分析方法对其进行划分，得到传递闭包矩阵；根据不同分区阈值序列形成模块，得到一个聚类进化树，再以进化树的最长分支为基础，划分出不同的粒度等级，通过比较模块化指数MI找到其最佳粒度级别
武汉科技大学学报 2015年6期2015-03-20
- 衣壳蛋白和甲基转移酶对戊型肝炎病毒的基因分型
32绘制基因进化树，研究其进化关系。结果 HEV的基因组全长7.5 kb；而衣壳蛋白和甲基转移酶的编码序列分别为1 982 bp和545 bp，这2种蛋白的多序列比对和进化分析结果与完整基因组的分型结果相符。结论 衣壳蛋白和甲基转移酶可作为HEV的分型依据，且是一种更简便、快捷的方法。戊型肝炎病毒； 基因型； 衣壳蛋白； 甲基转移酶戊型肝炎病毒(HEV)引起的戊型肝炎是一种经粪-口途径传播的传染病，是发展中国家重要的公共卫生问题之一[1-2]。孕妇患病率
检验医学与临床 2015年11期2015-03-15
- 基于专利的技术进化树的构建与解析
拉都指出了技术进化树与生物进化树的最大区别，即技术枝条之间相互连接并生成新的实体，这反映出技术物种之间融合的普遍性。但他们提到的技术进化树是以技术制品和人造物为对象的，属于表型层次而并非基因层次。对照生物学的发展进程，根据蛋白质的序列或结构差异关系构建的分子进化树已经向我们展示出生物进化的微观图景［4］，而基因层次的技术进化树的形成和发展研究，却仍然停留在概念阶段。齐曼虽然意识到技术制品进化树的特征受到技术“縻母”影响，却并未直接对基因层次的遗传、变异等技
大连理工大学学报（社会科学版） 2015年2期2015-02-13
- 猪博卡病毒的基因分型
基酸构建的系统进化树，PBoV 均被划分为 3 个基因群，但三种氨基酸序列绘制的进化树存在差异；基因群内各病毒株的氨基酸序列同源性较高，而各基因群之间病毒株的氨基酸序列同源性非常低，基因组结构差异较大。猪博卡病毒；遗传进化分析；基因分型猪博卡病毒（porcine Bocavirus，PBoV）为细小病毒科细小病毒亚科博卡病毒属成员，基因组为单链线状 DNA，基因组约 5.0 kb，含有 3 个开放阅读框（ORFs），编码 2 个非结构蛋白 NS1和 NP1
中国动物检疫 2015年2期2015-01-03
- 层次聚类在进化树构建中的应用
代生物学用生物进化树来描述生物之间进化关系，两种(或者多种)生物如果在同一层节点，则表明该组生物进化距离较近(即从同一祖先进化而来的可能性较大)[1]；反之，表明这些生物之间的生物差异性较大。生物进化树可以根据其是否按照进化距离构建来分类，这样就有基于进化距离构建的方法和基于统计特征或者生物离散特征构建的方法。基于进化距离的构建方法主要有最近邻法[2]，UPGMA法等；基于统计方法的构建主要有最大似然法(Maximum likelihood)[3]；基于生
淮阴工学院学报 2014年5期2014-09-10
- 10株绿僵菌菌株分类地位的多基因系统进化分析
因和多基因系统进化树，根据形态和系统进化分析结果确定各菌株的科学分类地位。2 结果和分析2.1 形态学特征2.1.1 菌落形态将菌株接种在1/4 SDA培养基上，28 ℃培养14 d后记录菌落形态、产孢情况。观察分生孢子和产孢细胞即分生孢子梗的特征。菌落形态特征见表1。表1绿僵菌不同菌株菌落及孢子形态特征Table1CharacteristicsofcoloniesandconidiaofcollectedMetarhiziumstrains绿僵菌菌株St
植物保护 2014年5期2014-08-10
- 新德里金属β内酰胺酶-1序列和抗药性的生物信息学分析
于基因序列分子进化树的构件分析。NDM-1 [Klebsiella pneumoniae]和YP_458405.1[Erythrobacter litoralis HTCC2594] 编码基因及其上下游1000bp基因信息均来自生物信息数据库NCBI。分别下载Klebsiella pneumoniae strain 601 plasmid pNDM-OM（NCBI编号：NC_019889.1）和Erythrobacter litoralis HTCC259
生命科学仪器 2014年6期2014-04-23
- 固氮基因的分子进化分析
，构建基因分子进化树。图1 Sinorhizobium meliloti 1021 固氮基因进化树Fig.1 Phylogenetic tree of nitrogen－fixing gene in Sinorhizobium meliloti 1021图2 固氮微生物nifH 基因进化树Fig.2 Phylogenetic tree of nifH gene in nitrogen－fixing microorganisms2 结果与分析2.1 Sino
江西农业大学学报 2013年3期2013-11-05
- 鸭流感病毒HA基因遗传变异分析
同源性比较与进化树分析 将表1中病毒序列从GENBANK上下载，利用DNAStar软件比较同源性、制作进化树。2 结果2.1 鸭流感病毒HA基因同源性比较 近年我国来分离的鸭流感病毒与其他流感病毒HA基因同源性比较，见表2。表2 近年来分离的鸭流感病毒与其他流感病毒HA基因同源性比较由表2可以看出2009年分离的CY098790与Re-5的HA基因的同源性为97.3%；2011年分离的JN646713与Re-5的同源性为94%。2.2 鸭流感病毒HA基因
山东畜牧兽医 2012年8期2012-11-20
- 基于EF1-a基因对常见禾本科作物的聚类分析
，构建分子系统进化树.旨在进一步了解禾本科植物之间的进化亲缘关系，为禾本科植物种属间的分类提供确切的分子生物学依据.1 材料和方法1.1 材料本文中所有EF1-a序列信息来自NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/).本研究所用植物材料如下：水稻(OryzasativaL.)、小麦(TriticumaestivumL.)、玉米(ZeamaysL.)、大麦(Hordeumvulgare)、芒(Miscanthussinensis)、
郑州大学学报（理学版） 2012年2期2012-05-15
- 花生内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析
上构建了花生属进化树。关键词花生;内转录间隔区(ITS)序列;PCR;进化树中图分类号Q789文献标识码A文章编号 1007-5739(2009)08-0103-02内转录间隔区序列(ITS)广泛应用于被子植物系统进化研究,为禾本科、大豆属、棉属等植物的系统进化研究提供了宝贵的分子遗传学依据。花生rDNA有关研究报道较少,尽管有分离 rDNA ITS的报道,但未在此基础上进行花生属植物的系统发育分析。本研究对花生ITS序列进行分离、测序,并将其与GenBa
现代农业科技 2009年8期2009-06-29