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差异表达基因

  • 基于转录组学探讨当归芍药散对db/db小鼠肾脏保护作用的潜在机制
    录组学；差异表达基因；活血利水〔中图分类号〕R256.5         〔文献标志码〕A          〔文章编号〕doi：10.3969/j.issn.1674－070X.２０24.06.006Potential mechanism of Danggui Shaoyao Powder on renal protection indb/db mice based on transcriptomicsHUANG Qiuqing， LI Liu， LI

    湖南中医药大学学报 2024年6期2024-07-12

  • hsa-miR-1293正向调控双硫死亡基因SLC3A2促进肺腺癌发展
    肺腺癌；差异表达基因；免疫细胞浸润；生物信息学[中图分类号] R734.2      [文献标识码] A      [DOI] 10.3969/j.issn.1673-9701.2024.16.019Hsa-miR-1293 positively regulates SLC3A2， a disulfide death gene and promotes the development of lung adenocarcinomaSUN Meiling， M

    中国现代医生 2024年16期2024-07-07

  • 毛锤角细蜂寄生对黑腹果蝇转录组的影响
    294个差异表达基因，其中上调基因98个，下调基因196个；对差异表达基因进行G0和KECC功能富集分析，并探究寄生对寄主免疫相关基因表达的影响，发现毛锤角细蜂可能属于免疫逃避型寄生蜂。研究结果可为黑腹果蝇的生物防治提供参考。关键词：毛锤角细蜂；黑腹果蝇；转录组；差异表达基因；功能富集；生物防治中图分类号：S476.3 文献标识号：A 文章编号：1001-4942（2024）04-0118-06果蝇是温带及热带地区广泛存在的一类农业害虫，可为害多种瓜果蔬菜

    山东农业科学 2024年4期2024-06-28

  • 基于RNA-Seq技术对不同品种猪排卵前卵泡差异表达基因的筛选与注释
    卵泡组织差异表达基因。［方法］采集淮猪和大约克猪各3头的排卵前卵泡，提取RNA，个体独立建库。采用RNA测序技术以及GO和pathway方法对所获序列进行显著性富集分析。［结果］测序后，获得的淮猪clean reads数分别为 85 958 912、91 701 082、84 448 828，其中有效Reads数分别达到98.39%、98.59%、96.04%；获得的大约克猪clean reads数分别为87 914 166、80 480 542、85 9

    安徽农业科学 2024年11期2024-06-23

  • 基于转录组的茎用莴苣抽薹相关差异表达基因分析
    抽薹期的差异表达基因。结果表明，茎用莴苣种质资源1号在产品器官收获期和抽薹期的差异表达基因数量为6 754个，茎用莴苣种质资源3号在产品器官收获期和抽薹期的差异表达基因数量为5 444个。基因本体（GO）功能富集分析结果表明，差异表达基因主要富集在结合、催化活性、细胞过程、代谢过程、细胞解剖实体等GO条目中。京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析结果表明，茎用莴苣种质资源1号和茎用莴苣种质资源3号分别有133条和129条KEGG代谢通路，其中有1

    江苏农业学报 2024年4期2024-06-04

  • 转录组测序分析外源水杨酸诱导茶树热激蛋白基因的响应
    树叶片内差异表达基因数量分别为9 360个、3 399个、596个、115个，外源水杨酸处理后各时间点均发生差异表达的基因共604个。KEGG功能富集结果显示，处理后6 h时富集于植物激素信号转导、植物-病原菌互作、核糖体、剪接体和碳代谢通路上的差异表达基因数量分别为95个、73个、121个、94个、154个。差异表达基因中有12个热激因子基因、40个热激蛋白基因和12个WRKY家族转录因子基因上调表达。处理48 h后，无上调表达的热激因子基因，但仍有28

    江苏农业学报 2024年4期2024-06-04

  • 基于高通量基因表达数据库及生物信息学对坐骨神经痛差异表达基因的分析研究
    经痛相关差异表达基因（DEGs），分析其生物学功能，为临床治疗坐骨神经痛提供参考。方法 通过GEO数据库获取坐骨神经痛基因芯片（GSE124272）数据集，经仙桃学术软件异质性分析获取坐骨神经痛相关DEGs，对坐骨神经痛相关DEGs进行基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）的通路富集分析。借助Cytoscape软件实施蛋白质互作网络（PPI）分析获取关键基因，经转录因子调控网络专用数据库（TRRUST）确定关键基因的主要调节转录因子及相应

    大医生 2024年5期2024-05-09

  • 真菌诱导子调控紫草素合成的分子机制探究
    菌试验组差异表达基因1 735个；立枯丝核菌试验组差异表达基因1 043个。GO（gene ontology）分析发现，2个试验组差异表达基因主要富集在细胞过程、细胞组分中膜和分子功能中催化活性等生物学过程。KEGG（kyotoencyclopedia of genes and genomes）分析发现，2个试验组在植物与病原菌互作、植物激素信号转导途径和苯丙素合成等通路均有大量差异表达基因富集。2个试验组差异表达情况相同的转录因子主要包括bHLH、AP2

    中国农业科技导报 2024年1期2024-04-29

  • 白藜芦醇调控苹果响应轮纹病的差异表达基因分析
    转录组；差异表达基因苹果属于蔷薇科苹果属，是我国主要的栽培果树之一，同时，我国也是苹果的原生地之一，在苹果属35个种中，有24个种原生于我国。我国是世界上最大的苹果生产和消费国，苹果种植面积和产量均超过世界总量的50%，但出口量极低，仅占2.5%。而影响苹果产量和品质的重要病害之一就是苹果轮纹病（apple ring rot），该病危害果实和枝干，严重时甚至造成幼树枯死等，严重制约我国苹果产业的发展。目前对苹果轮纹病的防治主要以化学防治为主，但大量使用化学

    山东农业科学 2024年2期2024-04-27

  • 尖孢镰刀菌侵染枸杞根系的转录组分析
    2个显著差异表达基因，其中上调表达基因1 242个，下调表达基因650个；GO富集分析表明，分子功能分类的跨膜转运蛋白和ATP酶活性以及生物学过程分类的跨膜转运可能在尖孢镰刀菌致病过程中发挥了重要作用；KEGG富集分析表明，鞘脂代谢、过氧化物酶体和ABC转运蛋白是尖孢镰刀菌侵染过程的主要代谢途径。此外，通过对比分析编码碳水化合物酶与植物-病原互作相关基因在尖孢镰刀菌侵染前后的表达量，筛选到10个关键致病候选基因。关键词 转录组；尖孢镰刀菌；枸杞；差异表达基

    西北农业学报 2024年1期2024-03-28

  • 黑色素瘤外泌体基因的差异分析和ceRNA网络构建
    血外泌體差异表达基因，构建竞争性内源RNA（CeRNA）网络，寻找MEL新的分子机制。方法  从exoRBase 2.0外泌体数据库中下载21例黑色素瘤病人和118名健康人外周血RNA表达数据谱（包括mRNA、lncRNA和circRNA），利用R的limma包和Cytoscape软件找出差异表达基因，预测miRNA后构建CeRNA网络并可视化，并对CeRNA网络中的mRNA进行GO富集分析。结果  筛选出138个差异表达mRNA，135个差异表达lncR

    医学信息 2024年4期2024-03-26

  • 不同成熟度无花果比较转录组分析
    较，筛选差异表达基因，并对差异表达基因进行转录因子分析、GO 富集分析和KEGG 富集分析。【结果】通过测序共获得65 676 条Unigene序列，筛选出差异表达基因15 620 个，其中八成熟与九成熟果实有1 508 个差异表达基因，九成熟与全熟果实有11 385 个差异表达基因。GO 富集分析结果表明：八成熟与九成熟果实的差异表达基因主要富集在核糖体相关的细胞组分以及糖酵解、ADP 和ATP 代谢等过程；九成熟与全熟果实的差异表达基因主要富集在植物细

    经济林研究 2023年3期2024-01-30

  • 基于GEO数据库筛选滤泡性甲状腺癌关键基因及生物信息学分析
    析以获得差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs），利用数据库注释、可视化和综合发现（database for annotation，visualization and integrated discovery，DAVID）在线网站对DEGs进行基因本体论（gene ontology，GO）功能分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG

    中国现代医生 2023年21期2023-08-11

  • 苹果花脸症状相关基因差异表达的分析
    皮中共有差异表达基因6938 个，其中有3331 个基因显著上调，3607 个基因显著下调。通过差异表达基因功能注释分析，表明这些差异基因参与到植物激素（茉莉酸、水杨酸和生长素）合成和信号转导、苯丙烷生物合成等代谢途径。此外，转录组数据分析发现与植物防御反应相关转录因子的编码基因，如Md-WRKY18-like、MdWRKY71、MdNAC29、MdWRKY70 等在表现花脸症状的苹果果皮中显著上调，而MdERF61 等则显著下调。利用实时荧光定量PCR验

    果树学报 2023年6期2023-07-27

  • 大白菜叶片响应菌核病侵染的转录组分析
    转录组；差异表达基因中图分类号：S436.341.1 文獻标识码：A大白菜（Brassica campestris syn. rapa L. ssp.pekinensis）原产中国，属于十字花科芸薹属，是我国栽培面积最大的蔬菜作物之一。大白菜菌核病是由核盘菌[Sclerotinia sclerotiorum （Lib.） deBary]引起的一种具有土传性的真菌病害，主要危害叶片和茎秆。近年来大白菜菌核病呈逐年上升趋势，在福建省，每年12—4 月为菌核病发

    热带作物学报 2023年6期2023-07-20

  • 甘蓝型油菜响应干旱胁迫的转录组分析
    440个差异表达基因（DEGs），其中148个基因上调，292个基因下调。随机选取10个基因（上调与下调各5个）进行qRT-PCR验证，其中9个基因的qRT-PCR结果与 RNA-Seq结果相符，仅1个基因表达趋势相反，相似度可达90％，证实转录组测序结果的可靠性。结果表明甘蓝型油菜湘油15主要通过光合作用、碳代谢和渗透调节等途径调节抗旱能力，为进一步阐明油菜耐旱机制奠定了基础。关键词：甘蓝型油菜；干旱胁迫；转录组分析；差异表达基因中图分类号：S634.3

    江苏农业科学 2023年5期2023-06-30

  • 云南独龙鸡和红原鸡卵巢组织转录组水平的比较分析
    独龙鸡中差异表达基因共有7 404个。KEGG和GO富集分析表明，差异表达基因主要富集在GTP酶激活剂活性、膜结构、泛素蛋白连接酶活性和ATP结合等过程，并参与Ras信号通路、硒化合物的代谢通路、SNARE因子在囊泡运输中的相互作用等通路。对显著性通路分析发现，独龙鸡在蛋品质和免疫抗性上具有一定优势，但在产蛋性能上与红原鸡还存在一定差距。说明NCBP1、NCBP2、TXNRD1、PTEN、ENOX1基因主要富集在抗性、产蛋性能和蛋品质相关通路中，可进一步深

    江苏农业科学 2023年5期2023-06-30

  • 金丝楸幼苗响应盐碱胁迫的生理和转录组分析
    转录组；差异表达基因；耐盐碱机制中图分类号：S722 文献标志码：A 文章编号：1001-1498（2023）01-0166-13当前，全球土地盐碱化是人类面临的主要生态危机之一，给农业生产带来了巨大损失，严重威胁人类生存。据不完全统计，全球盐碱地面积约为9.54×109hm2，约占可耕地面积的10%，而我国盐碱地面积约有9.87×108hm2，位居世界第三，大部分为土壤盐化和碱化同时存在的复合盐碱地。目前，科学合理地开发和利用盐碱地已经成为我国农业和林业

    林业科学研究 2023年1期2023-04-29

  • 转录组分析sgf73基因缺失对粟酒裂殖酵母生长代谢影响的分子机制
    714个差异表达基因，包括934个上调基因，780个下调基因;   sgf73基因敲除导致细胞代谢和跨膜转运过程异常变化;   MAPK信号通路中参与周期调控cki1，cki2和cdc25基因的下调导致sgf73Δ菌株有丝分裂时间延长； 调控细胞骨架rgf2，rho1和stt4基因的下调导致sgf73Δ菌株肌动蛋白环收缩异常.关键词： 粟酒裂殖酵母； RNA-Seq测序； sgf73基因； 差异表达基因；  MAPK信号通路中图分类号： Q343  文献标

    吉林大学学报(理学版) 2023年2期2023-04-29

  • 无瓣海桑根响应盐胁迫的转录组分析
    转录组；差异表达基因中图分类号：S728.5 文献标志码：A 文章编号：1001-1498（2023）01-0068-11土壤盐渍化现象几乎遍布所有的气候区域以及地理环境，是影响农业和林业生产的主要问题。土壤盐渍化使植物受到渗透胁迫、离子毒害、膜透性改变及生理代谢紊乱等危害，严重制约了植物的生长，是在植物生产与栽培上一个非常严峻的问题。因此，通过对植物抗盐的分子调控机制进行探析，挖掘耐盐相关基因，并应用于新种质创制和新品种选育，对于缓解土壤盐渍化问题具有重

    林业科学研究 2023年1期2023-04-29

  • 番石榴果实品质评价及黄酮类化合物合成相关基因挖掘
    品种间的差异表达基因（Differentially expressed gene， DEG），通过 GO 和 KEGG 富集分析，挖掘黄酮类化合物合成的DEG，利用实时荧光定量 PCR （Quantitative real-time PCR，qRT-PCR） 研究DEG 在不同品种间的特异性表达。【结果】 6 种番石榴试材中‘金斗香和‘胭脂红品质最优，得分较高，‘水晶和‘西瓜红较低，‘珍珠和‘红宝石居中；‘金斗香和‘胭脂红的类黄酮质量分数较高，分别为9.7

    华南农业大学学报 2023年2期2023-02-22

  • 基于转录组测序技术筛选影响蛋鸡产暗斑蛋候选基因的研究
    q技术对差异表达基因（differentially expressed genes，DECs）进行GO（gene ontology）功能注释和KECC（ kyoto encyclopediaof genes and genomes）信号通路富集。结果表明，转录组获得高质量数据108.75 Cb且所有样本Q30>97%;共筛选得到471个DECs，其中327个上调，144个下调，随机选取7个DECs进行实时荧光定量PCR（qRT-PCR）验证，表达趋势与转录

    山东农业科学 2023年12期2023-02-20

  • 高低肌内脂肪猪背最长肌关键基因表达差异分析
    q2进行差异表达基因筛选（|log2 Fold Change|≥1，FDR<0.05），采用Metascape对差异表达基因进行功能富集分析，通过MCODE筛选及鉴定出高肌内脂沉积的关键基因，并采用实时荧光定量PCR在地方猪（柯乐猪）和外种猪（杜长大猪）上进行关键基因表达量验证。【结果】从高、低肌内脂肪巴克夏群体6个文库中共鉴定出7661个基因，高肌内脂肪群体样本的脂质代谢相关基因总表达量显著高于低肌内脂肪群体样本（P<0.05，下同），其中差异表达基因有

    南方农业学报 2022年4期2022-07-14

  • 长日照条件下2个热带玉米自交系的转录组差异分析
    交系间的差异表达基因，为揭示热带玉米种质光周期敏感性变异机理提供理论依据，同时为采用分子辅助方法改良热带玉米种质提供新途径。【方法】以热带光钝感自交系QR273和光敏感自交系T32为试验材料，通过人工控制长日照条件（16 h光/8 h暗）对试验材料进行处理，于四叶期采集幼嫩叶片提取总RNA，利用RNA-Seq技术对不同光敏类型自交系材料进行转录组测序，同时结合生物信息学分析，筛选出不同光敏类型自交系间的差异表达基因。【结果】在长日照条件下，从玉米自交系T3

    南方农业学报 2022年3期2022-06-15

  • 1-MCP和SO2保鲜剂处理阳光玫瑰葡萄的转录组学分析
    与对照的差异表达基因数在贮藏后13周达最高值，而SO2处理与对照及SO2处理与1-MCP处理的差异表达基因数在贮藏后5周达最高值。贮藏1周和13周时，1-MCP处理与对照之间差异表达基因最多，分别为965和2881个;贮藏5周和9周时，SO2处理与对照之间差异表达基因最多，分别为3698和1628个;贮藏17周时，处理和对照两两比较获得的差异表达基因相差不大。贮藏1～5周果实内部发生细胞组分、分子功能和生物过程等方面的变化较贮藏中后期更为剧烈，且在MYB、

    南方农业学报 2022年3期2022-06-15

  • 卵形鲳鲹卵巢不同发育时期的转录组测序分析
    q筛选出差异表达基因，以GOseq和KOBAS对差异表达基因分别进行功能注释及信号通路富集分析，并采用MISA和GATK3进行SSR鉴定及SNP分析。【结果】卵形鲳鲹卵巢组织转录组测序获得的325156432条Raw reads，经过滤筛选得到317206752条Clean reads，拼接组装后得到59554条Unigenes;69.65%的Unigenes在Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot、KEGG和GO等七大数据库中注释成功

    南方农业学报 2022年3期2022-06-15

  • 2种不同生长规格墨瑞鳕肌肉组织转录组测序分析
    鳕个体间差异表达基因的表达特点，为其功能相关基因深度挖掘及分子遗传育种提供科学依据。【方法】挑选同一养殖条件下极大个体和极小个体的墨瑞鳕，构建肌肉组织cDNA文库后，采用Illumina HiSeqTM 4000测序平台对存在生长差异的墨瑞鳕肌肉组织进行转录组测序分析，获得的Unigenes在Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot、KEGG和GO等数据库中进行比对;通过FPKM及DEGseq筛选出差异表达基因，以GOseq和KOBAS对

    南方农业学报 2022年3期2022-06-15

  • 野生罗非鱼响应低温胁迫的脑组织转录组测序分析
    要功能的差异表达基因（DEGs）进行表达验证。【结果】野生罗非鱼在11 ℃时开始出现死亡个体，但在8 ℃时仍有50.0%的存活个体，说明野生罗非鱼较养殖吉富罗非鱼具有更强的低温耐受能力。在14 ℃的长时间低温胁迫过程中，养殖吉富罗非鱼脑组织中表达显著上调的差异表达基因数量约是野生罗非鱼的10倍，即养殖吉富罗非鱼的应激反应远比野生罗非鱼强烈。KEGG信号通路富集分析结果显示，养殖吉富罗非鱼和野生罗非鱼在14 ℃保持120和288 h的上调差异表达基因均富集到

    南方农业学报 2022年3期2022-06-15

  • 西方蜜蜂工蜂不同虫态发育的转录组学分析
    虫态间的差异表达基因（DEGs）进行筛选和功能注释分析，揭示与工蜂生长发育相关的信号通路，为深入解析工蜂生长发育的分子调控机理提供基础数据。【方法】以西方蜜蜂工蜂的3日龄幼虫、1日龄蛹和1日龄羽化工蜂3个虫态为研究对象，利用llumina NovaSeq 6000平台进行转录组测序，采用DESeq2筛选不同虫态样品间的表达差异基因，然后分别进行GO功能注释分析及KEGG信号通路富集分析，并通过实时荧光定量PCR进行验证。【结果】经转录组测序，在西方蜜蜂工蜂

    南方农业学报 2022年3期2022-06-15

  • 不同桑树品种响应干旱胁迫的比较转录组学分析
    07%。差异表达基因（DEGs）筛选结果显示，6个差异分组（A2 vs A1，B2 vs B1，A3 vs A1，B3 vs B1，A4 vs A1，B4 vs B1）分别筛选出3510、3399、5677、5507、5124和2734个差异表达基因;经干旱胁迫处理后，桑叶功能组基因中呈下调表达的差异表达基因明显多于呈上调表达的差异表达基因，说明桑树在生长过程中存在不同的功能基因以控制桑叶生长发育。不同抗旱性桑叶转录组测序数据中以涉及生物学过程的差异表达基

    南方农业学报 2022年3期2022-06-15

  • 紫肉甘薯及其突变体花青素积累差异的比较转录组分析
    素代谢;差异表达基因中图分类号：S531文献标识码：A文章编号：1000-4440（2022）02-0313-13Comparative transcriptome analysis on anthocyanin accumulation differences in purple-fleshed sweetpotatoes and their mutantsKOU Meng LI Chen ，SONG Wei-han ZHANG Yun-gang LI

    江苏农业学报 2022年2期2022-05-16

  • 基于转录组的不同火龙果品种抗性差异分析
    数据库对差异表达基因进行功能分类与富集分析。结果表明：（1） BR与EY共有14 248个差异基因，其中5 446个基因上调，8 802个基因下调。（2） 相关GO功能分析表明这些差异基因主要参与酶催化活性、细胞组分、代谢过程等，其中参与氧化还原酶活性的349个差异基因在BR中表达量上调。（3）KEGG通路分析显示，大部分差异基因富集在新陈代谢和生物合成等，其中参与角质、木栓质和蜡质生物合成的差异基因有12个，如CYP86和CER1等。参与氧化还原酶活性的

    广西植物 2022年2期2022-03-16

  • 几种鱼类胶原蛋白营养生理的初探
    原蛋白;差异表达基因中图分类号 TS 254.9文献标识码 A文章编号 0517-6611（2022）02-0180-02doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2022.02.049开放科学（资源服务）标识码（OSID）：Preliminary Study on Nutritive Physiology of Several Fish Collagen ProteinsWANG Zheng-yang1，ZHANG Ming-xiao1，

    安徽农业科学 2022年2期2022-02-19

  • 基于转录组测序技术分析山药蛋白防治糖尿病性勃起功能障碍的作用机制
    Cs中的差异表达基因，对差异表达基因进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;分析两组细胞间共同的差异表达基因，并选择6个关键基因在mRNA水平上进行验证。结果：不同剂量DOT对DIED模型大鼠体质量降低、FINS和IR升高、勃起次数减少、勃起率降低以及阴茎海绵体组织中eNOS、cGMP含量降低均有不同程度的逆转作用，其中高剂量DOT作用后DIED模型大鼠的上述指标变化均被显著逆转（P<0.05或P<0.01）。1

    中国药房 2021年23期2021-12-16

  • 酸雨胁迫下琯溪蜜柚叶片转录组差异表达分析
    分析表明差异表达基因主要位于细胞外区域;执行分子功能中催化剂活性是最为显著富集的GO term，其次是氧化还原酶活性;生物过程中差异表达基因最显著的GO term是DNA代谢过程。KEGG富集分析表明DNA复制是差异表达基因中最显著富集的Pathway，其次是次生代谢的生物合成，再次是苯丙素类合成途径。对次生代谢合成途径中4个差异表达基因[POD同T酶cg39018770和cg29001440、肉桂酰辅酶A还原酶（CCR）同T酶cglg021310.4-香

    福建农业学报 2021年7期2021-11-12

  • 蒲公英耐盐突变体‘滨蒲1号’的耐盐性研究
    4 h的差异表达基因进行分析。结果表明：（1）突变体 ‘滨蒲1号 叶片中脯氨酸含量、叶绿素含量、可溶性蛋白含量、CAT活性、POD活性、SOD活性在不同胁迫时间点均大体高于亲本;MDA含量、相对电导率低于亲本。（2）以筛选出的 10条 RAPD 引物进行cDNA-RAPD分析，共扩增出 22 条清晰的条带，差异条带10条，多态性为45.4%。（3）扩增产物片段大小在150 ～1 000 bp之间，主要为盐抑制基因片段，推测蒲公英耐盐突变体 ‘滨蒲1号 的耐

    广西植物 2021年9期2021-10-16

  • 慢性阻塞性肺疾病差异基因与中药预测的生物信息学分析
    OPD的差异表达基因，并借助差异表达基因预测治疗COPD的潜在中药药物。方法：首先通过R分析GSE27597和GSE106986基因数据，得到139个差异表达基因，对差异表达基因进行基因本体（GO）富集分析，并通过String数据库、Cytoscape软件及其插件分析得到14个核心基因，然后对核心基因进行Reactome、KEGG、PANTHER等通路注释，最后通过核心基因与医学本体信息检索平台（Coremine Medical）相互映射，筛选治疗COPD

    世界中医药 2021年14期2021-09-13

  • 凡纳滨对虾转录组测序分析及肌肉生长发育相关基因的筛选
    q2筛选差异表达基因，并基于KOG、GO、nr、COG、Swiss-Pro、KEGG和Pfam等数据库进行差异表达基因功能注释分析。【结果】经拼接组装共获得53458844条Clean reads，各样品Clean reads的Q30均在93.00%以上;Illumina测序获得的Clean reads与参考基因组的比对效率在87.75%～87.80%，说明转录组测序数据真实可靠。采用SnpEff进行SNP/InDel变异注释分析，结果显示，SNP位点中以

    南方农业学报 2021年9期2021-09-13

  • 肝细胞癌关键基因的生物信息学分析
    ，并筛选差异表达基因，使用在线数据库DAVID68对筛选到的DEGs进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路分析，使用在线数据库STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI），利用Cytoscape软件筛选核心DEGs，并进行GO和KEGG富集分析，使用UALCAN和KaplanGMeierplotter在线数据库筛选并验证关键基因的表达以及生存预后.研究结果表明，筛选出6个关键基因RAD51AP1、FANCI、SMC2、

    青岛大学学报(自然科学版) 2021年2期2021-09-10

  • 软腐病菌侵染下菜心叶片的转录组分析
    6个组间差异表达基因（differential expression genes， DEGs），其中对照与发病前期组间的DEGs有15 007个，6 137个上调表达，8 870个下调表达;发病前期与发病中期组间DEGs有13 118个，10 278个上调表达，2 840个下调表达;发病中期与发病后期组间DEGs有11 293个，1 790个上调表达，9 503个下调表达。DEGs的Ven图分析显示5 110个基因在每组间均存在差异，DEGs功能分析显示D

    热带作物学报 2021年5期2021-07-20

  • 玉米自交系响应高温、干旱胁迫的关键基因及通路
    旱胁迫的差异表达基因（DEGs）分别为6 966和6 272个，在高温和干旱胁迫下4个玉米自交系相同的DEGs分别是705和871个。同时响应高温和干旱的DEGs有100个。在耐旱、耐热性强的玉米自交系中鉴定出18个特异的DEGs，其中锌指转录因子、WRKY转录因子、GT转录因子和B2热激转录因子在胁迫响应中发挥关键的调控作用。KEGG通路分析结果表明，耐旱、耐热性强玉米自交响应高温干旱胁迫的DEGs富集在生物学过程、分子功能、代谢过程、遍在蛋白代谢和氮代

    江苏农业学报 2021年1期2021-03-25

  • 睡莲叶片胎生发育转录组分析
    筛选出的差异表达基因（DEGs）中，34 909个基因（48.65%）表达上调，36 850个基因（51.35%）表达下调。DEGs分析显示，随着叶片的发育，X和L上调基因和下调基因数均呈增加趋势。对L1-vs-X1、L4-vs-X4阶段的GO和KEGG功能富集分析表明，DEGs主要富集在质膜和膜相关成分、胞外区域、细胞壁等相关的细胞组分中，涉及到代谢过程、生物合成和应急响应等;Pathway代谢通路表明，DEGs主要参与到植物激素信号转导、苯丙烷类生物合

    热带作物学报 2021年12期2021-01-13

  • 基于转录组测序的西瓜果肉硬度相关基因表达分析
    个品种间差异表达基因。结果发现，‘甜王西瓜品种果肉硬度是‘京欣3号西瓜的1.9倍，表型与‘京欣3号西瓜具有显著性差异。转录组测序结果显示，与‘京欣3号西瓜相比，‘甜王西瓜样品有5 342个基因差异表达，其中2 360个基因上调表达，2 982个基因下调表达。差异基因主要注释在碳水化合物代谢、信号转导、脂质代谢等途径，其中与果肉硬度变化的候选基因主要包括果胶酯酶、果胶裂合酶、聚半乳糖醛酸酶、纤维素酶、纤维素合酶、β-半乳糖苷酶、β-葡萄糖苷酶、酸性几丁质酶、

    中国瓜菜 2020年10期2020-12-14

  • 基于RNA-Seq挖掘玫瑰冠鸡与科宝鸡胚胎期胸肌组织差异表达基因
    肌组织中差异表达基因，探讨2种鸡肌肉发育及肌内脂肪（IMF）沉积的分子遗传机理。本研究利用RNA-Seq技术对玫瑰冠鸡和科宝鸡胚胎期胸肌组织中差异表达基因（Differentially expressed genes， DEGs）进行筛选，通过GO富集和KEGG数据库对DEGs的功能进行注释与分析。结果显示：4个文库共鉴定到4 643个差异表达基因，其中玫瑰冠公鸡胸肌和科宝公鸡胸肌中有1 909个显著表达的基因，以科宝鸡为参照，929个上调，980个下调;

    江苏农业学报 2020年5期2020-12-09

  • 基于转录组测序的木薯性别决定相关基因挖掘
    492个差异表达基因（DEGs），注释到GO功能数据库中的DEGs分别为2544、1749和1807个，其中，雄蕾—雌蕾对比组的上调表达基因和下调表达基因数量均最多。以富集于生物学过程（主要为代谢过程和细胞过程）的DEGs最多，其次是分子功能（主要为结合和催化）和细胞组分（主要为细胞和细胞部分）;无论是注释到GO功能数据库的DEGs，还是注释到生物学过程、细胞部分和分子功能等主要次级分类中的DEGs，均以雄蕾—雌蕾对比组最多。3个对比组中均以参与激素信号传

    南方农业学报 2020年8期2020-11-02

  • 基于转录组分析筛选牛心朴子响应低温胁迫的转录因子家族
    胁迫下的差异表达基因，筛选响应低温胁迫的转录因子家族，鉴定出牛心朴子低温胁迫响应的关键调控基因，为全面解析逆境胁迫响应分子调控网络及有效挖掘关键调控基因提供理论参考。【方法】通过高通量测序技术对低温胁迫（CT组）和常温处理（对照，CK组）的牛心朴子cDNA文库进行转录组测序分析，对差异表达基因进行功能注释和富集，鉴定出响应低温胁迫的转录因子家族，并选取4个差异表达的转录因子基因进行实时荧光定量PCR检测，以验证转录组测序结果的可信度。【结果】从CK组和CT

    南方农业学报 2020年5期2020-07-07

  • 草莓应答炭疽菌侵染的转录组分析
    127个差异表达基因。利用GO数据库对差异表达基因进行了聚类分析，结果发现差异表达基因主要聚类在光合作用、氧化还原过程、氧化还原酶活性、碳固定过程以及糖代谢过程等方面。同时，利用KEGG数据库对差异表达基因影响的通路进行注释后发现，炭疽菌侵染主要影响了光合作用、倍半萜和三萜生物途径、类黄酮生物合成、谷胱甘肽代谢和植物激素信号转导等途径中关键基因的表达水平。挑选了20个差异表达基因进行qRT-PCR，结果有19个基因的表达趋势与转录测序结果一致。本研究获得的

    植物保护 2020年3期2020-06-08

  • 玫瑰茄转录组测序及花青素合成相关基因表达分析
    399个差异表达基因（DEGs），包括65个上调基因，1 334个下调基因，且功能注释的基因有1 176个;筛选出了与花青素合成相关结构基因CHI、FLS、ANR、CHI在花萼中表达显著，FLS、ANR在花瓣中表达显著。本研究丰富了花青素相关研究，可为阐明玫瑰茄花青素合成机制提供理论依据。关键词：玫瑰茄;花瓣;花萼;转录组;花青素;差异表达基因中图分类号： Q786;S681.901  文献标志码： A  文章编号：1002-1302（2020）06-00

    江苏农业科学 2020年6期2020-05-21

  • 肝癌模型小鼠中线粒体源外泌体 基因的差异性表达分析
    线粒体;差异表达基因中图分类号：R735.7   文献标志码：A   DOI：10.3969/j.issn.1003-1383.2020.04.002Analysis of differential expression of mitochondrion-derived exosomal genes in hepatocellular carcinoma model miceLONG Xiaofang1，LI Genliang2，TANG Yulian2，

    右江医学 2020年4期2020-05-18

  • 金边鲤皮肤黑色素合成及转运相关基因表达分析
    部分共有差异表达基因，利用实时荧光定量PCR检测差异表达基因和黑色素合成相关基因的表达情况，并分析各基因间的相关性。【结果】依据转录组数据筛选获得ACT3、MYH2、TPM1、TPM2和TPM3共5个来源于心肌肾上腺素信号通路及与细胞动力相关的基因;除ACT3基因外，其余4个基因（MYH2、TPM1、TPM2和TPM3）在Y组皮肤中的相对表达量均显著低于B组和W组（PB组>Y组，其中W组的相对表达量显著高于B组和Y组。相关性分析结果显示，MC-1R和TYR

    南方农业学报 2020年2期2020-04-14

  • 外源赤霉素诱导矮生山茶恨天高植株生长的转录组分析
    转录组;差异表达基因中图分类号：S685.14文献标识码：A文章编号：1000-4440（2020）01-0047-10Abstract：Illumina HiSeq high-throughput sequencing was performed on the leaves， stem segments and shoot tips of Camellia reticulata Hentiangao treated with  mg/L0 and 800

    江苏农业学报 2020年1期2020-03-27

  • 二倍体和四倍体西瓜的转录组初步分析
    序并分析差异表达基因。结果表明，二倍体和四倍体西瓜的差异表达基因显著富集的GO term為细胞氮化合物生物合成过程、光系统、半胱氨酸型内肽酶抑制剂活性、氧化还原酶活性以及类囊体等，KEGG富集分析中发现差异表达基因在光合作用、光合作用天线蛋白、叶绿素和卟啉代谢、乙醛酸和二羧酸代谢等通路较为活跃。二倍体和四倍体西瓜中高水平差异基因大都是上调表达，氧化应激蛋白、脱落酸受体、乙烯响应转录因子等差异表达基因可能是西瓜多倍体形成的关键因子，对相关基因的深入研究有助于

    江苏农业科学 2020年24期2020-02-22

  • 基于藜麦转录组的脂肪酸生物合成途径解析
    合成， 差异表达基因中图分类号：Q945文献标识码：A文章编号：1000-3142（2020）12-1721-11Abstract：Quinoa is rich in nutrients， high in oil content and ideal in fatty acid composition. It is a potential resource for oil extract. Plant oil is mainly stored in crop

    广西植物 2020年12期2020-01-18

  • 生物信息学分析筛选肺腺癌靶基因及评估预后的价值
    出肺腺癌差异表达基因，对共同差异基因进行功能富集分析，通过String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，采用Cytoscape进行可视化分析并用其插件cytoHubba来筛选关键基因，采用Kaplan-Meier曲线进行总体生存分析。结果  共224个共同差异基因，其中上调基因34个，下调基因190个。共同差异基因在血管生成、白细胞调节、免疫反应等生物学过程富集。通过从PPI网络中筛选出8个关键基因，分别为IL6、VWF、PECAM1、SPP

    医学信息 2019年22期2019-12-27

  • 基于生物信息学挖掘糖尿病心肌病表达谱芯片
    C）相关差异表达基因及其功能。 方法 应用生物信息学方法分析基因表达谱数据集GSE4547。 結果 挖掘原始芯片数据，筛选到79个差异表达基因。基于基因本体论功能注释和相关通路分析，以及通过构建差异共表达基因蛋白质互作网络及模块分析后，最终获得Hk2、Col1a2、Col1a1、Col3a1、Slc2a1、Cpt1a、Slc2a4、Cd36、Ucp3、Pdk4 10个关键基因为链脲佐菌素诱导DC的关键基因。 结论 最终获得的10个关键基因可能成为未来治疗糖

    中国医药导报 2019年24期2019-10-30

  • 旱柳转录组测序及生物学分析
    果表明，差异表达基因主要调节核糖体代谢、植物激素信号转导等生物学功能。关键词：旱柳;转录组分析;盐胁迫;差异表达基因中图分类号：S718.43文献标识码：A文章编号：1000-4440（2019）02-0271-11土壤盐渍化是阻碍植物生长并严重降低植物生产力的主要环境胁迫因素之一。根据粮农组织和教科文组织的不完全统计资料，全世界约有4.0x108hm鹽碱地，而中国约有3.6x107hm。由于自然环境变化和人为因素，导致土壤退化，土壤盐碱化面积逐渐增加。盐

    江苏农业学报 2019年2期2019-09-10

  • 阿尔茨海默病相关差异表达基因及其生物信息学分析
    AD相关差异表达基因（DEGs）;使用DAVID 6.8生物信息学资源数据库进行基因本体（GO）分析和KEGG通路富集分析;使用STRING数据库和Cytoscape 3.2.1软件进行蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络分析。结果与结论：筛选出AD相关DEGs共1 478个，其中上调913个、下调565个。GO分析结果显示，DEGs主要分布于细胞质、膜、细胞外隙中，主要通过转录的正/负调节、核因子κB活性的正调节、Rho蛋白信号转导的调节、蛋白质磷酸化的调节

    中国药房 2019年24期2019-09-10

  • 双孢蘑菇6个菌株不同发育阶段的转录组分析
    量分析及差异表达基因识别，发掘新基因与共同基因的差异表达，并进行各数据库的基因功能注释。【结果】结果共鉴定到10 660个转录本，发掘新基因677个，其中237个得到功能注释。与原基期相比，6个菌株在幼菇期、采摘期和开伞期分别有49、82、73个共同差异表达基因，其中有13个是相同的基因。【结论】发现了一批在双孢蘑菇子实体不同发育阶段具有显著差异表达的基因，筛选出不同菌株不同阶段的共有差异基因，对双孢蘑菇子实体发育中重要的差异基因进行了注释与探讨。关键词：

    福建农业学报 2019年7期2019-09-10

  • 基于RNA-seq数据发掘响应干旱的谷子C2H2型锌指蛋白基因
    C2H2差异表达基因，对其进行理化性质、启动子元件等部分生物信息学分析和进化树及基因结构分析。实时荧光定量逆转录PCR（RT-PCR）验证结果表明，随机选取的4个基因在PEG胁迫前后的表达特点与表达谱数据基本一致。研究结果为后续进一步研究C2H2型锌指蛋白在谷子抗旱性中的作用以及谷子抗旱分子育种提供了理论依据。关键词：谷子;C2H2型锌指蛋白;干旱胁迫;差异表达基因中图分类号： S515.01  文献标志码： A  文章编号：1002-1302（2019）

    江苏农业科学 2019年2期2019-08-13

  • 冠心病相关基因的生物信息学分析
    ，筛选出差异表达基因（DEGs），并对差异基因进行GO、KEGG以及PPI网络分析。最后利用Webgestalt预测CHD相关的miRNA以及转录因子，并构建miRNA-TF-gene调控网络。结果：共筛选出1449个DEGs。GO功能分析发现DEGs主要参与炎症反应、细胞 - 细胞信号传导、神经肽信号通路等生物学过程。KEGG通路富集分析发现DEGs参与神经活性配体 - 受体相互作用、蛋白质的消化和吸收、维生素的消化吸收等通路。并且筛选出20个与冠心病发

    健康大视野 2018年17期2018-12-28

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