亚族
- 黑果枸杞XTH转录因子家族鉴定与生物信息学分析
家族成员分为4个亚族(图3),除III A和Ancestral亚族不含有LrXTH成员外,III B亚族含有基因LrXTH2,LrXTH13和LrXTH14,其余成员则位于I/II亚族。同时I/II亚族的XTH蛋白数量较多,共有16名成员,AtXTH1,AtXTH2,AtXTH3和AtXTH11基因则被归入Ancestral亚族。同时在系统发育树中部分XTH基因形成了相关姐妹对,如LrXTH14和NtXTH47,LrXTH1和NP_001 234369.2
草地学报 2023年10期2023-11-02
- 植物bHLH转录因子调控铁稳态的研究进展
录因子家族之一，亚族丰富［11］，拟南芥、水稻中的所有bHLH家族成员可分为32个亚族，其中拟南芥中包含的bHLH家族成员有162个，水稻中包含167个［12］。bHLH蛋白是一个真核转录因子家族，调节与细胞分化和发育有关的一系列基因的表达［13］。bHLH家族以其高度保守的碱性/螺旋-环-螺旋结构域命名，bHLH结构域由大约60个氨基酸残基组成，分为两个区域，一个是碱性区，通常由13-17个氨基酸组成，位于氨基酸序列的N端，负责二聚化和参与DNA与E-b
生物技术通报 2023年7期2023-08-15
- 普通烟草GATA 转录因子家族鉴定及基因表达分析
构特征可分为两个亚族，其中GATA1-3 为一个亚族，GATA4-6为另一亚族［5］。有研究表明，动物中GATA转录因子与细胞的增殖分化以及动物个体的生长发育有着密切联系［2］，其中GATA1-3与动物细胞的造血功能密切相关［6］，而GATA4-6在动物心脏形成过程中发挥重要作用［7-8］。与动物的GATA转录因子家族不同，真菌中大多数的GATA蛋白仅包含单个锌指结构域，通常分为两大类：一类GATA蛋白是带有17个残基的Ⅳa 型锌指（C-X2-C-X17-
烟草科技 2023年1期2023-02-21
- 植物ABC转运蛋白功能研究进展
物ABC分为8个亚族(ABCA～ABCG和ABCI)，植物中未发现ABCH 亚族成员，但存在一类特殊的细菌类型 ABC 转运蛋白，被命名为 ABCI 亚族[1]。目前，研究较多的为 ABCG、ABCB和ABCC[18]。ABC 转运蛋白参与植物体中多种重要的转运过程，其转运功能需要NBD和TMD的共同参与。由于NBD的高度保守性和每个亚族结构的相似性，导致其转运功能具有专一性，也具有相似性。2 ABC转运蛋白功能2.1 ABCA亚族迄今为止，在人类基因组中
西北农业学报 2023年1期2023-02-15
- 菠萝R2R3-MYB基因家族S20亚族的鉴定
一步细分为22个亚族[5]，其中S20亚族包括MYB2、MYB62、MYB78、MYB108、MYB112和MYB116，与植物逆境胁迫响应、衰老及后续的细胞凋亡过程有关。拟南芥AtMYB2参与缺氧反应调控，能与缺氧响应基因上游的MYB结合位点(MBS)结合并诱导相关基因的表达[8]；桉树EgMYB2能与木质素合成相关的肉桂酰辅酶A还原酶(CCR)以及肉桂醇脱氢酶(CAD)基因的启动子结合，调控木质素生物合成和次生细胞壁形成[9]。AtMYB62受低磷信号
西北农林科技大学学报（自然科学版） 2022年12期2022-12-07
- 黑莓果实发育过程中蔗糖磷酸合成酶基因的表达分析
4个SPS基因亚族[5]中，除了D亚族仅存在于单子叶植物中[6]，其他亚族成员在单、双子叶植物中均有发现。A亚族广泛存在于植物的各个组织中，B亚族主要存在于植物的生殖器官，C亚族主要存在于植物的成熟组织中。目前，在拟南芥(Arabidopsisthaliana)中共发现4个SPS基因，分别为SPSA1、SPSA2、SPSB和SPSC，其中SPSA1主要在光合作用合成蔗糖过程中发挥重要作用[7]，SPSA1参与花粉末期蔗糖合成[8]，SPSA1和SPSA2
南京林业大学学报（自然科学版） 2022年1期2022-11-29
- 茎用莴苣2个WRKYⅢ亚族转录因子基因的克隆与表达
KY家族分为3个亚族Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ，其中WRKYⅡ亚族可以进一步分为Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe[9-10]。与WRKYⅠ和WRKYⅡ相比，WRKYⅢ亚族含有C2HC锌指结构(C-X7-C-X23-H-X1-C)，同时在植物进化过程中，WRKYⅢ亚族被认为是3个亚族中适应性最强、最先进的亚族[11]。研究表明，WRKY蛋白在生物胁迫(如害虫、病原感染)、非生物胁迫(如干旱、盐、低温、高温、活性氧等)、激素和生长发育调控中发挥重要作用[11-13]。目前已在多种
西北植物学报 2022年10期2022-11-26
- 杨梅全基因组的GATA转录因子鉴定、功能及进化分析
染色体上均有第Ⅰ亚族基因的分布；第Ⅳ亚族的成员全分布于“CM025855.1”号染色体上，且该染色体上的MrGATA基因密度最高，共包含了来自Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ亚家族的8个基因.表1 MrGATA转录因子家族信息2.2 杨梅MrGATA转录因子的结构域比对及分类为了进一步揭示MrGATA转录因子的基序组成，利用MEME鉴定MrGATA转录因子的保守基序(图1)，所有的MrGATA转录因子都存在motif1基序，即GATA结构域.并且各基序在4类亚族之间的分布存
福建农林大学学报（自然科学版） 2022年5期2022-10-08
- 黄花蒿Dof基因家族鉴定及在GA-UV处理下对青蒿素生物合成的影响＊
C2.1外的所有亚族中，其中C3亚族的所有序列均显示为细胞外定位，这可能与其参与调控的功能机制密切相关[27]。表2 黄花蒿Dof家族基本信息2.2 黄花蒿Dof家族系统进化分析将AaDof 蛋白序列与36 个拟南芥Dof 序列及部分水稻和番茄[5,8]中报道的Dof 序列进行同源对比，并以邻接法构建系统发育树。聚类结果显示AaDof序列易与自身聚为一支，具有较高的保守性，此外较多与番茄Dof 序列聚为一支，显示二者进化更为相似。依据Lijavetzky
世界科学技术-中医药现代化 2022年5期2022-09-29
- 二穗短柄草CYP72A亚族成员表达分析及亚细胞定位
0被归类为同一个亚族。CYP72基因家族是CYP450中参与次生代谢的最大的酶类族群之一，CYP72A属于CYP72基因家族中的一个亚族，在被子植物中十分保守。二穗短柄草(L.)植株矮小、生育期短、基因组小，与小麦()等禾谷类作物的亲缘关系较近，且二倍体二穗短柄草(2=10)的基因组与拟南芥()的基因组大小相仿，拥有草类植物种类中最简单的基因组，因此被作为小麦研究的理想模式植物。有研究表明，CYP72A亚族氧化酶参与多种代谢途径。苜蓿()CYP72A67是
江苏农业科学 2022年17期2022-09-24
- 谷子GRAS转录因子家族的全基因组鉴定、表达分析及标记开发
的N末端序列在各亚族间差异较大。在同一亚家族中，SiGRAS蛋白质的氨基酸序列表现出高度一致性(图2)。注：外显子和内含子分别用黑色方框和黑色线条表示，UTR用浅灰色方框表示。不同颜色代表不同的结构域。Note: Exons and introns were indicated by dark boxes and dark lines respectively, UTRs were indicated by light grey boxes. Differ
核农学报 2022年9期2022-09-21
- 基于转录组数据的生姜ZoWRKY基因家族鉴定及逆境响应分析
蛋白可分为Ⅰ和Ⅱ亚族，其中亚族Ⅰ含有2个WKRY结构域，其他亚族含有1个WKRY结构域[9]；结合C端锌指结构域的差异，又可分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ亚族，其中Ⅱ亚族又细分为Ⅱ-a+Ⅱ-b、Ⅱ-c和Ⅱ-d+Ⅱ-e 亚组[10]。WRKY转录因子广泛参与植物系统发育[11-12]、逆境应答[13-14]和转录激活[15-16]等过程。LbWRKY3基因参与枸杞（Lycium barbarum L.）果实生长发育调控[17]；CaWRKY40和CaWRKY6在辣椒（Cap
作物杂志 2022年4期2022-09-13
- 甜瓜Trihelix转录因子的鉴定与生物信息学分析
和SIP1等5个亚族。此家族每个亚族的结构域都十分保守，每个α螺旋均有1个保守的色氨酸。每个亚族间却不同，GT-2亚族的N、C端分别有1个Trihelix保守结构域，GT-2C、SH4及GT-1亚族中的Trihelix结构域内部疏水区都有1个色氨酸残基。GTγ亚族中有1个第四α螺旋和N端Trihelix结构域，SH4亚族无前者，即(F/Y)-(F/Y)-X-X-(L/I/M)-X-X-(L/I/M)保守序列，其余Trihelix亚家族均含有此结构域。异亮氨
江苏农业科学 2022年16期2022-08-26
- 黄芩MYB转录因子家族全基因组鉴定与分析
MYB可分为4个亚族：1R-MYB、2R-MYB(R2R3-MYB)、3R-MYB和4R-MYB，R2R3-MYB是数量最多、功能也最为广泛的亚族[5-7]。MYB转录因子是目前研究较多的转录因子家族，广泛参与调控植物的生长发育、抗逆胁迫、次级代谢产物的积累。已报道研究中，MYB参与调控植物黄酮类成分合成的报道居多，如苹果(Malusdomestica)MdMYB9和MdMYB11都能与花青素合成酶(Anthocyanin Synthetase，ANS)、
世界中医药 2022年13期2022-08-24
- 甜橙TIFY基因家族的鉴定及其在成花诱导中的表达分析
L和PPD共4个亚族[1-3]。其中TIFY亚族只包含TIFY结构域；JAZ亚族包含TIFY和Jas结构域；ZML亚族包含TIFY、CCT和ZML结构域；PPD亚族包含TIFY、PPD和一个不完整的Jas结构域[4]。TIFY基因最早在拟南芥中发现，因其含有TIFY保守结构域并参与花序发育而得到确认[5]。目前，牵牛花[6]、桃[7]和番茄[8]等植物中的TIFY基因已被陆续鉴定出来，并对其调控植物成花相关功能进行了深入研究。Kim等[6]利用转基因技术将
西北农业学报 2022年7期2022-07-22
- 油菜F-box-LRR基因全基因组鉴定与核盘菌诱导应答分析
box-LRR 亚族分为61、19、16个[16,33～35]。经济作物苹果、梨中分别含有517 和226个F-box基因，其中F-box-LRR 亚族分别为34 和3个[34,36]。数以百计的F-box基因存在于各种植物中，这使其成为植物最大的基因家族之一，然而还没有对F-box-LRR亚族进行单独分析。油菜是我国重要的油料作物，菜籽油是我国主要的食用油，同时也是重要的饲料蛋白来源[2,37]。随着油菜基因组计划的持续推动，目前已获得了油菜不同品种（D
中国油料作物学报 2022年3期2022-07-08
- 黑果枸杞GRF转录因子家族鉴定与生物信息学分析
Fs被分成 7个亚族(Ⅰ～Ⅶ)，Ⅰ亚族含有LrGRF1和LrGRF5，Ⅱ亚族含有LrGRF9，Ⅲ亚族没有含有LrGRF基因，Ⅳ亚族含有LrGRF4，LrGRF7，LrGRF11和LrGRF13，Ⅴ亚族含有LrGRF3和LrGRF12，Ⅵ亚族含有LrGRF8，LrGRF10和LrGRF14，Ⅶ亚族含有LrGRF2和LrGRF6。同时还表明IV亚族和Ⅶ亚族的GRF蛋白数量较多，分别有15和13名成员，没有水稻和玉米GRF蛋白则被归入Ⅰ，Ⅴ和Ⅵ亚族。此外，在系统
草地学报 2022年6期2022-07-08
- 毛果杨ZHD家族全基因组水平鉴定及在干旱胁迫下的表达分析
可以分成 7 个亚族 (Ⅰ～Ⅶ)[5，8，12]，PtrZHD不同亚族中即包括单子叶植物又包括双子叶植物，表明该基因家族的分化早于单双子叶植物的分化。图1 毛果杨、拟南芥、水稻和大白菜ZHD家族系统进化树Figure 1 Phylogenetic tree of ZHD protein family in P. trichocarpa， A. thaliana ， O. sativa and B. rapa ssp. pekinensis2.3 PtrZH
浙江农林大学学报 2022年3期2022-06-28
- Sox基因家族在水生动物性腺发育中的功能研究进展
为A～K 11个亚族，被报道参与调控胚胎、性腺及神经系统的发育，以及心脏、血管和骨骼的发生等多项生长发育过程[3]。本文对Sox基因家族的发现、鉴定及分类进行了概述，并对其在水生动物性腺发育中的功能研究进展进行综述，以期为更好地研究水生动物Sox基因家族调控方式和具体功能提供参考，为深入研究并进一步完善水生动物的性腺发育调控机制提供基础资料。1 Sox基因家族的发现与鉴定最早得到鉴定的Sox基因家族成员是SRY(Sry)基因即Y染色体上的性别决定基因，现已
生物学杂志 2022年3期2022-06-20
- 单叶蔷薇bZIP转录因子家族鉴定与表达分析
IP蛋白分为12亚族(图1)。在Dröge-Laser等[1]研究的进化树中，ATbZIP72单独组成M亚族，但是在单叶蔷薇与拟南芥共同构建的进化树中，ATbZIP72被分入E亚族中。不同亚族单叶蔷薇的基因数目不同，最大的S亚族和A亚族具有9个成员。J亚族不含单叶蔷薇bZIP蛋白，推测这些蛋白质在单叶蔷薇进化过程中丢失。2.3 单叶蔷薇bZIP转录因子家族保守序列、基因结构与启动子分析单叶蔷薇bZIP转录因子家族的基序分布和基因结构分析结果见图2。在10个
西北农林科技大学学报（自然科学版） 2022年6期2022-06-14
- 芹菜TCP基因家族全基因组鉴定、进化分析和表达研究
CP基因分为两大亚族：ClassⅠ亚族（PCF或TCP-P）和ClassⅡ亚族（TCP-C）[9]。这两类蛋白之间最显著的区别是在I亚族蛋白的碱性区域相对于Ⅱ类蛋白缺失了4个氨基酸。根据氨基酸序列的差异，Ⅱ亚族蛋白又可进一步分为CIN和CYC/TB1两个亚类，尤其是在TCP结构域的碱性区域。随着多个物种基因组测序的完成，越来越多的TCP转录因子家族相继被挖掘和鉴定。研究表明，TCP基因在植物生长发育的许多生物学过程中发挥着重要作用，包括种子萌发[10]、叶
四川农业大学学报 2022年2期2022-05-11
- 人参bZIP基因家族生物信息学分析
重要调控作用；A亚族成员/（）、（）、/（）参与干旱胁迫和盐胁迫调控，推测与A亚族成员具有同源关系的、、、在干旱胁迫和盐胁迫条件下具有相似调控作用。人参；；生物信息学；基因家族；盐胁迫；干旱胁迫作为成员众多的转录因子家族，在植物领域研究较为透彻[1]。该基因家族对植物的生长发育有重要调节作用，参与植物次生代谢和非生物胁迫的调控[2-3]。通过前人研究成果发现，在拟南芥、陆地棉、花生、小麦、番茄等植物中分别含有75、151、112、156、70个基因成员[4
中草药 2022年9期2022-05-06
- 桃NAC家族基因生物信息学分析及其响应低温胁迫的表达特征
个被划分为12个亚族(Ⅰ～Ⅻ)，每个亚族的成员数量为1～22。其中，第Ⅹ亚族成员数量最少，只包含1个基因；第Ⅰ亚族成员数量最多，包含22个基因。为了鉴定的结构多样性，分析了单个基因序列中的外显子-内含子数量。结果(图1-B)显示：19个基因没有内含子，除026外均处于第Ⅷ和第Ⅸ亚族中；其余基因至少包含1个内含子(005、017、023、034、069、071、086、091、092、095)，最多包含9个内含子(029)。同一亚族内的基因内含子数量和长度基
浙江农业学报 2022年4期2022-04-27
- 家蚕Fox转录因子在精巢中的表达特征及BmFoxL2在精巢发育中的功能初探
性，可分为19个亚族：FoxA～FoxS(Weigeletal., 1989; Kerschneretal., 2014)。不同Fox蛋白已被证明在哺乳动物和昆虫的组织发育和先天免疫等多种生物学过程中发挥关键作用。在黑腹果蝇Drosophilamelanogaster中，FoxN3(CHES-1-like)的过表达会导致精巢形态异常，并抑制精子发生的过程(Yuetal., 2016)。甜菜夜蛾SpodopteraexiguaSeFox蛋白结构与家蚕BmFo
环境昆虫学报 2022年1期2022-03-24
- 甜橙SPL基因家族的鉴定及其在成花诱导中的表达分析
Ls被划分成8个亚族，同一亚族CsSPLs的基因结构较为相似，如CsSPL1、CsSPL8和CsSPL14同属S9亚族，均含3个长度相似的外显子，证明亲缘关系近的CsSPLs具有较保守的基因结构。CsSPLs的蛋白序列含有10个保守性较强的Motif(图3)。除CsSPL5只含Motif 1和Motif 3外，其余CsSPLs均含有Motif 1、Motif 2和Motif 3。此外，CsSPL10、CsSPL12和CsSPL15还含有Motif 4～Mo
西北植物学报 2022年1期2022-03-09
- 大豆PP2C家族基因鉴定与响应盐胁迫的转录组分析
基因被分为13个亚族(A～E、F1、F2、G～L)，另外有7个未被分组。亚族A的PP2C蛋白在ABA信号网络中发挥重要作用，参与调节生理过程和胁迫响应，例如干旱、极端温度和盐胁迫等。正常条件下，拟南芥亚族A中的PP2C蛋白能够与SnRK2s蛋白激酶结合抑制其活性；而在植物响应非生物胁迫时，PYR/PYL蛋白能够耦合脱落酸(abscisic acid，ABA)，进而结合亚族A中的PP2C蛋白，使其释放SnRK2s蛋白激酶，进而激活下游转录因子以适应逆境胁迫。
浙江农业学报 2022年2期2022-03-03
- 大豆HSP20基因的鉴定及表达分析
的同源性。在各个亚族中，成员数量不一，CI有26个成员，CⅡ有2个，CⅢ有2个，P有7个，ER有6个，MI有4个，MⅡ有2个，Po有3个，未知功能的UN1亚族有2个，UN2有2个，UN3有13个。大多数GmHSP20基因分布在细胞质或细胞核中，少量分布在细胞器内。图2 GmHSP20基因进化树2.3GmHSP20基因启动子原件分析为了研究GmHSP20基因在进化过程中的多样性变化，对基因结构进行分析，结果（图3左）表明，家族基因在结构上较为保守，虽然56个
湖南农业科学 2021年12期2022-01-19
- 高粱GRAS基因家族全基因组鉴定及其对烯效唑的响应
种之间，GRAS亚族分类不同，如早期拟南芥(Arabidopsis thaliana)、水稻和玉米的GRAS蛋白可根据结构差异分为8个亚家族[4]，即DELLA、SCR、LS、PAT1、HAM、SCL3、SHR和LISCL亚家族，后来随着基因组学研究的深入，GRAS家族又被分为10～16个亚族[11-12]。不同的亚族参与的生理生化反应各不相同，如DELLA是赤霉素(GA)信号通路的负调控因子，当接收到细胞外GA信号时会在细胞核降解，并传递出GA正常的信号
河北农业大学学报 2021年5期2021-11-10
- 海岛棉GH9基因家族成员鉴定及分析
为A、B、C三个亚族[1]。A亚族N端有一个跨膜区域，是膜结合蛋白。在拟南芥中，GH9A (KOR) 是纤维素合酶复合体的重要成分[2-3]。在杨树[4-5]和陆地棉[6]中沉默KOR显著减少结晶纤维素含量。可见，GH9A参与植物细胞壁纤维素生物合成。B亚族通常包含信号肽，是分泌蛋白，在植物GH9基因家族中数量最多，具有复杂多变的功能。沉默拟南芥GH9B1(CEL1) 造成细胞壁褶皱，同时伴随减少的纤维素和木质素含量[7]。在水稻中，OsGH9B8、OsG
中国农业科技导报 2021年9期2021-09-30
- 马铃薯StSnRK2基因家族的鉴定与表达分析
因成员分为不同的亚族。ExPASy网站（http://web.expasy.org/protparam/）[31]可用来计算StSnRK2基因成员的氨基酸数量、分子量和等电点（pI）等指标。利用本地MEME工具（版本4.11.2，http://alternate.meme-suite.org/tools/meme）采用Perl 语言来搜索马铃薯StSnRK2 家族成员序列中的保守基序[31,37]。通过在线软件（PG2C，http://mg2c.iask.
中国马铃薯 2021年3期2021-08-18
- 葡萄NF-Y核因子家族的鉴定与表达分析
vNF-YC三个亚族，其中VvNF-YA包含5个核因子，命名为VvNF-YA1～VvNF-YA5，VvNF-YB包含13个核因子，命名为VvNF-YB1～VvNF-YB13，VvNF-YC包含6个核因子，命名为VvNF-YC1～VvNF-YC6。由表2可知，葡萄NF-Y核因子家族氨基酸大小为132～345 aa，VvNF-YA1氨基酸序列最长，VvNF-YB7的氨基酸序列最短。分子质量集中在14.56～37.70 ku。等电点集中在4.62～9.83，其中
西北农业学报 2021年6期2021-07-16
- 苦荞蛋白磷酸酶2C家族的鉴定及表达分析
，而PP2C的A亚族是ABA信号通路中的核心成员，参与植物逆境胁迫应答[10-12]. 苦荞的基因组测序已经完成，加快了苦荞抗逆的机制研究. 本研究参考拟南芥PP2C基因家族信息，通过生物信息学方法在苦荞中全基因组中鉴定出81个PP2C成员，并分析了理化性质、基因结构、保守结构域、保守基序分布、染色体定位、进化情况等. 同时，通过qRT-PCR对苦荞PP2C的A亚族基因组织特异性表达和ABA处理后受诱导情况进行了分析. 这些结果对苦荞PP2C基因家族的后续
四川大学学报（自然科学版） 2021年4期2021-07-15
- 烟草bZIP基因家族的鉴定及其在不同成熟度烟叶中的表达分析
家族可分为11个亚族（bootstrap≥80%），分别为A、B、C、D、E、F、G、H、I、J和S亚族，其中，由于bootstrap值太低，NtbZIP123未能归到任何一个亚族。在11个亚族中，S是最大的亚族，包含28个成员。与此同时，D、A、I和G的成员也较多，分别含有23，20，17和11个成员，这5个亚族成员的总和为NtbZIP家族成员总数的78.6%。此外，B亚族的成员最少，仅有2个，亚族J和H也仅含有3个成员。基因结构分析表明（图1b）：Nt
中国烟草学报 2021年2期2021-06-05
- 黄花蒿bZIP转录因子基因家族及光调控表达模式分析＊
调控因子，其H 亚族成员HY5 转录因子（Long hypocotyl 5）可以通过结合G-box 激活下游许多光诱导基因的表达，如青蒿中的β-pine 烯合酶基因（QH6）及青蒿素正向调节因子AaGSW1，对青蒿素底物法呢基焦磷酸酯（Farnesyl pyrophosphate，FPP）的合成也具有一定影响[13,26,27]。随着Shen 等[28]对黄花蒿核基因组数据测序的完成，黄花蒿bZIP（AabZIP）基因家族的全面分析及基因功能研究已成为可能
世界科学技术-中医药现代化 2021年1期2021-04-12
- 杜仲ARF基因家族全基因组鉴定和表达分析*
ARFs分到5个亚族。EuARF3.1、EuARF3.2和EuARF4属于Ⅰ亚族(AtARF3/4同源)，EuARF10.1、EuARF10.2、EuARF16和EuARF17属于Ⅱ亚族(AtARF10/16/17同源)，EuARF1、EuARF2.1、EuARF2.2、EuARF9和EuARF18属于Ⅲ亚族(AtARF1/2同源)，EuARF6.1、EuARF6.2、EuARF8.1和EuARF8.2属于Ⅴ亚族(AtARF6/8同源)，EuARF19.1
林业科学 2021年3期2021-04-10
- 獐牙菜亚族植物的系统发育分析
0007）獐牙菜亚族（Subtribe Swertiinae）隶属于龙胆科（Gentianaceae），全世界约500 余种，东亚和北美大陆是其多样性分布中心。獐牙菜属约有170种，以青藏高原地区分布最为丰富［1～3］。根据何廷农分类系统［2］，獐牙菜亚族包括獐牙菜属、喉毛花属（Comastoma（Wettst.）Yoyokuni）、假龙胆属（Gentianella Moench）、扁蕾属（Gentianopsis Ma）、大钟花属（Megacodon（H
植物研究 2021年3期2021-03-22
- 毛果杨GATA基因家族全基因组水平鉴定及表达分析
因，可分成4 个亚族，并且在光响应调控和叶绿素合成［13～16］、细胞分裂素响应［17～18］、花发育［19］和种子萌发［20］等多个生物学过程扮演着重要角色。毛果杨（Populus trichocarp）是第一个全基因测序并注释的木本植物，并且具有相对较小的基因组（422.9 Mb）、广泛的适应性、容易的转基因操作和较高生长速率等特点，因此其已成为研究木本植物复杂性状形成分子机制、基因功能解析、比较基因组学等分子生物学与分子遗传学研究中的模式物种［21］
植物研究 2021年1期2021-02-26
- 马铃薯StIgt基因家族的鉴定及其对干旱胁迫的响应分析
因家族可分为3个亚族, 亚族间的基因结构、蛋白保守域和顺式作用元件差别明显。干旱胁迫下的表达谱分析表明,和响应早期干旱胁迫, 在干旱2 h时即迅速上调表达。这些结果为阐明基因家族的进化关系和进一步研究其成员的功能特性提供了理论基础。全基因组; 马铃薯;基因家族; 干旱胁迫; 表达谱分析马铃薯(L.), 属茄科(Solanaceae)龙葵亚属(), 一年生植物, 是继玉米、小麦和水稻之后的世界第四大粮食作物[1]。马铃薯属于块茎类作物, 在块茎发育过程中,
作物学报 2021年4期2021-02-05
- 辣椒CDPK基因家族的鉴定、进化与表达分析
族一般可分为4个亚族,并发生不同程度的分化扩增,其中,第Ⅳ亚族的基因数目最少,同时第Ⅳ亚族也最古老[16]。虽然对园艺作物中的CDPK基因家族研究越来越广泛,但是对辣椒CDPK基因家族的系统分析还不够全面。辣椒(Capsicumannuum)属茄科(Solanaceae)茄亚族(Solaninae Dunal)辣椒属,一年生或多年生植物,是重要的药食同源蔬菜,经济价值和社会效益极高。CDPK作为一种重要的蛋白激酶,深入研究辣椒CDPK基因,可进一步了解其对
核农学报 2021年1期2021-01-28
- 高粱LOX基因家族全基因组鉴定及表达模式分析
属于13-LOX亚族，AtLOX1和AtLOX5属于9-LOX亚族[14]。高粱(SorghumbicolorL.)是非常重要的经济作物[15]，为禾本科高粱属一年生草本植物，是典型的喜温作物，对低温胁迫较敏感，尤其在萌发期和苗期[16]。目前，高粱中关于LOX全基因组鉴定及其应答低温胁迫的研究尚未见报道。为此，对高粱LOX家族基因进行全基因组鉴定，并对其进化关系、基因结构、保守基序、不同组织及低温胁迫下的表达模式等进行分析，以期为高粱LOX基因的功能研究
河南农业科学 2020年11期2020-11-18
- 大豆胞囊线虫病抗性相关AP2/EREBP转录因子生物信息学分析
结果表明，AP2亚族蛋白质氨基酸残基数195～488，ERF亚族为122～408，DREB亚族为333～352；AP2亚族中AP2-1和AP2-3蛋白质等电点呈碱性，AP2-2和AP2-4蛋白质等电点呈酸性；ERF亚族中除ERF-4和ERF-6蛋白中等电点呈碱性，其余均呈酸性；DREB亚族中DREB-1和DREB-2蛋白质等电点分别为8.23和5.71，分别呈酸性和碱性。总体上看，蛋白质等电点在酸性范围内转录因子数量多于碱性范围，大豆胞囊线虫AP2/ERE
东北农业大学学报 2020年8期2020-09-10
- 小麦热激蛋白转录因子C家族基因的结构及其在干旱胁迫中的表达
，并且HsfC2亚族在单子叶植物中是唯一的。2.3 小麦TaHsfC基因结构及保守结构域分析对鉴定的24个TaHsfC基因进行基因结构分析，结果表明，TaHsfC1亚族基因至少含有一个内含子，其中TaHsfC1h含有两个内含子；TaHsfC2亚族基因则规律不清，其中TaHsfC2a、TaHsfC2b和TaHsfC2m含有一个内含子，其余成员则不含内含子。24个TaHsfC基因中，有7组同源基因，同源基因的结构具有相似性(图3)，其中有5组可能为A、B和D染
麦类作物学报 2020年4期2020-07-31
- 陆地棉蔗糖磷酸合成酶基因家族的鉴定及表达分析
、B 和C 三个亚族[5]，而禾本科植物还有 1 个 D 亚族[4,8]。 不同亚族间，SPS基因的表达特性差异很大。 例如，玉米SPS 基因家族的 7 个基因中，ZmSPS1、ZmSPS6和ZmSPS7 主要在叶片中表达，ZmSPS2 在叶片和 花 粉 中 高 表 达 ， 而ZmSPS3、ZmSPS4 和ZmSPS5 在各个组织均表达量很高[4]。 植物SPS家族成员不同的组织表达模式，暗示着它们在植物生长发育过程中可能起着不同的作用。目前，在多个物种中
棉花学报 2020年1期2020-04-22
- 辣椒HD-Zip基因家族鉴定、系统进化及表达分析
naceae）茄亚族（Solaninae Dunal）辣椒属一年生或多年生植物，是我国重要的蔬菜作物，近几年种植面积及产量均居世界首位（http://faostat.fao.org）。HD-Zip转录因子（homeodomain-leucine zipper，HD-Zip）是植物中特有的一类转录因子，参与调控植物光合作用、形态建成以及逆境胁迫应答等重要生长发育过程[1-2]。通过在辣椒基因组中系统鉴定HD-Zip基因家族成员，并对其染色体定位、基因结构、进
中国农业科学 2020年5期2020-03-30
- 木薯MebZIP7和MebZIP9基因的克隆及其转录活性分析
基因划分为10个亚族，分别为A-I和S亚族，其中 A亚族与ABA相关，属于脱落酸响应元件结合因子(ABF)[8]。ABF可以反式激活在启动子区含有脱落酸响应元件(ABA response element，ABRE)的效应基因，它的表达受ABA和各种胁迫诱导[9]。ABF参与ABA信号通路，ABA结合PYL后破坏了SnRK2蛋白激酶和PP2C的相互作用，进而激活SnRK2蛋白激酶使ABF磷酸化，从而调节响应ABA信号相关基因的表达[10-12]。拟南芥ABF
中国农业大学学报 2020年2期2020-03-17
- 高等植物K+吸收及转运的分子机制研究进展
该家族划分为5个亚族。亚族Ⅰ成员以拟南芥AtHAK5、水稻OsHAK5和葡萄VvKUP1等为代表；亚族Ⅱ成员以拟南芥AtKUP1、AtKUP2、AtKUP3、AtKUP6、AtKUP8等为代表；亚族Ⅲ成员以AtKUP9、AtKUP10和AtKUP11等为代表；亚族Ⅳ成员以水稻OsHAK4和OsHAK17为代表；亚族Ⅴ成员以AtKUP5、AtKUP7和AtKUP12等为代表。亚族Ⅱ和亚族Ⅲ成员在双子叶和单子叶植物中的分布都很保守，亚族Ⅰ和Ⅳ的成员则可能在植物
草业学报 2019年9期2019-09-24
- 小桐子bZIP转录因子的全基因组鉴定及表达分析
、I及S 10个亚族，其中，A亚族与S亚族研究较为广泛，而B亚族与F亚族则报道较少。文献报道，A、C、S亚族主要参与植物非生物胁迫响应过程及激素信号转导过程的调控，而D、G、H、I亚族在植物防御生物病害、种子成熟、光形态建成、氮素同化、维管系统发育等生理生化过程发挥重要作用[8]。目前，多种植物的bZIP基因家族已经在全基因组水平进行了鉴定及分析，其中拟南芥75个[3]、水稻89个[4]、玉米125个[5]、大豆131个[9]、高粱92个[10]、葡萄55
华北农学报 2019年2期2019-04-29
- 棉花SBP家族基因的鉴定与分析
Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ共8个亚族，大部分亚族同时包含了棉花和拟南芥的SBP转录因子，推测在棉花和拟南芥这2个物种分化之前，SBP转录因子已经发生了分化。在第Ⅲ亚族中，棉花有13个SBP转录因子家族成员，而拟南芥只有1个，表明从棉花形成之后，该亚家族内部SBP转录因子可能被复制了很多次。在第Ⅳ亚族内部，棉花SBP转录因子家族成员数目是拟南芥的4.5倍。在第Ⅲ亚族中，棉花SBP转录因子家族成员数目是拟南芥的13倍。棉花和拟南芥SBP转录因子在这2个亚族中数量变化差异较大，
河南农业科学 2019年3期2019-03-29
- 盐胁迫条件下杨树bZIP转录因子全基因组分析
、I、S等不同的亚族[5]。拟南芥AtbZIP39转录因子基因参与ABA胁迫信号转导途径，并且能够通过调控LEA基因的表达参与种子萌发过程[6,7]；玉米bZIP转录因子基因Opaque2与PBF蛋白互作调控种子贮藏蛋白的合成[8]。转录因子基因AtbZIP57/OBF4/TGA4通过参与水杨酸或者乙烯合成途径应答植物病原侵染反应。在应对病原体攻击反应中，植物体内的水杨酸诱导抗病相关基因的表达，TGA元件能够与抗病相关基因启动子中的as-1顺式作用元件结合
山西农业大学学报（自然科学版） 2018年8期2018-08-02
- 花生蛋白磷酸酶2C家族基因的鉴定和盐胁迫响应分析
PP2C家族的G亚族，能够调控拟南芥对盐胁迫的响应，且其调控依赖于ABA。Schweighofer等[7]报道了拟南芥中76个PP2C基因，并将它们分成10个组。Xue等[8]利用生物信息学手段从水稻和拟南芥基因组中分别分离出78，80个PP2C基因，并分别将它们分为11，13个组。拟南芥中，A亚族的9个成员中包含6个负调控ABA信号的蛋白：ABI1、ABI2、AHG1、AHG3/AtPP2CA、HAB1和HAB2[9]。在胡杨中也证实了A亚族的PeHAB
华北农学报 2018年3期2018-07-06
- 丹参3个R2R3-MYB转录因子的亚细胞定位和自激活活性分析
MYB分成22个亚族[9,15]，拟南芥和丹参的所有R2R3-MYB共分成37个亚族[16]，同一亚族的R2R3-MYB往往在代谢中发挥相似的作用[10]。Liu等[10]结合结构分析和功能分析，归纳总结不同亚族的R2R3-MYB对于植物苯丙烷代谢的影响，大多数第4亚族成员对苯丙烷代谢途径发挥抑制作用。例如，SmMYB39可抑制丹参酚酸代谢途径基因的表达，进而抑制迷迭香酸和丹酚酸B的积累[17]。因此，结构分析对于探讨MYB转录因子的功能十分有参考价值。转
西北农业学报 2018年4期2018-05-10
- 杨树MYB转录因子家族基因应答盐胁迫表达特性分析
其特点可分为4个亚族，即1R-MYB(MYB-related)，R2R3-MYB，3R-MYB和4R-MYB[3～5]。其中1R-MYB亚族类仅含有单一的MYB结构域，在不同植物中功能有所差异。如同属于MYB家族的拟南芥LHY，CCA1基因与拟南芥生物钟与激素合成调节有关[6]，蜡梅EU11603基因与植物抗逆相关，参与植物的抗逆代谢途径中ABA传导[7]；马铃薯过表达StMYB1R-1基因可加快气孔关闭速度，增强植株抗干旱能力[8]。R2R3-MYB亚族
植物研究 2017年3期2017-11-10
- 桉树焦枯病菌ABC转运蛋白的鉴定与分析
，它们分属于8个亚族。71%的转运蛋白位于细胞膜，10%位于液泡，其余部分位于线粒体、过氧化物酶体、内质网等内膜系统上。桉树焦枯病菌ABC转运蛋白包含全分子、四分之三分子、半分子及四分之一分子。根据同源性推测桉树焦枯病菌ABC转运蛋白与MDR、PDR、HMT、MPE、STE、P-FAT等几种转运蛋白具有较高相似性，同时还与核糖体合成、翻译、过氧化物酶体合成的ABC转运蛋白具有较高相似性。[结论]桉树焦枯病菌ABC转运蛋白除作为外排泵转运外源化学物质、疏水性
林业科学研究 2017年4期2017-08-07
- 藻类水通道蛋白的研究进展
止，已有8个不同亚族的藻类水通道蛋白被确定出来，而且在近两年内，又有研究者从南极冰藻、条斑紫菜和羊栖菜中发现新的藻类水通道蛋白。综述了当前藻类水通道蛋白的分类和结构特征等方面的研究进展，并结合新发现的几种藻类水通道蛋白，阐述了藻类处于胁迫环境时水通道蛋白的特异性表达和所发挥的生理功能，为后续相关藻类水通道蛋白的研究奠定一定的理论基础。藻类；水通道蛋白；分类；结构特征；生理功能水通道蛋白（Aquaporins，AQPs），又称为水孔蛋白，是细胞膜上高效转运水
生物技术通报 2017年8期2017-04-12
- Ataxonomic study of the Subtribe Lathrobiina(Coleoptera,Staphylinidae) in Shanghai
)上海隆线隐翅虫亚族分类研究(鞘翅目:隐翅虫科)彭 中1, 朱建青2, 陈志兵2, 赵梅君1, 李利珍1(1.上海师范大学 生命与环境科学学院,上海 200234; 2.上海动物园,上海 200335)在中国上海隆线隐翅虫亚族的分类研究中,共鉴定出隆线隐翅虫亚族3属共3种:赤翅隆线隐翅虫Lathrobium dignumSharp,1874,黑纹伪隆线隐翅虫Pseudolathra lineataHerman,2003和翅斑细项隐翅虫Tetartopeus
上海师范大学学报·自然科学版 2016年5期2016-12-14
- 糖尿病足溃疡中趋化因子的作用及机制
的位置，分为4个亚族：(1)CXC亚族，含16个成员，用CXCL1～CXCL16表示，作用于中性粒细胞，参与急性炎性过程。(2)CC亚族，含28个成员，用CCL1～CCL28表示，作用于单核细胞、T细胞、嗜酸性粒细胞、嗜碱性粒细胞，参与慢性炎性反应和过敏调节。(3)C亚族，含2个成员，用淋巴细胞趋化因子(XCL1)、单-C模体-1β(XCL2)表示，作用于B细胞、T细胞、自然杀伤细胞、中性粒细胞，参与炎性反应。(4)CX3C亚族，只有1个成员，用CX3CL
国际内分泌代谢杂志 2015年5期2015-03-20
- 4种大戟科植物Lhca基因家族的全基因组鉴定、分类与进化分析
a1和Lhca3亚族具有较早的起源，Lhca2和Lhca6存在于陆生生物中，Lhca4和Lhca5则只存在于高等植物中；在木薯和橡胶树中，Lhca1、Lhca2和Lhca4亚族都出现了基因的扩增。大戟科植物；全基因组；Lhca基因家族；鉴定；进化分析LHCI（light-harvesting chlorophyll a/b-binding proteins of photosystem I）是植物光系统I（PSI）中与色素分子结合的一系列膜蛋白，由Lhca
中南林业科技大学学报 2014年10期2014-12-29
- 拟南芥R2R3-MYB家族第22亚族的结构与功能
MYB家族第22亚族的结构与功能樊锦涛，蒋琛茜，邢继红，董金皋河北农业大学真菌毒素与植物分子病理学实验室，保定 071001拟南芥 R2R3-MYB转录因子在拟南芥生长发育、代谢及响应生物和非生物胁迫的调控网络中具有重要作用。根据保守的氨基酸序列，R2R3-MYB转录因子被分为25个亚族，其中第22亚族包含AtMYB44、AtMYB77、AtMYB73和AtMYB70 4个基因，主要响应生物和非生物胁迫。文章从基因功能的相似性、基因表达的一致性和基因结构的
遗传 2014年10期2014-05-25
- 大戟科Lhcb基因家族的全基因组鉴定、分类与进化分析
b5和Lhcb7亚族早于单细胞的藻类中就已产生，Lhcb3和Lhcb6亚族在光合生物向陆地进化后产生，Lhcb2亚族存在于高等植物中，Lhcb8亚族则为双子叶植物所特有；Lhcb1亚族在所分析的4种大戟科植物中均出现了基因扩增，Lhcb2和Lhcb5亚族在木薯和橡胶树中出现了扩增，而Lhcb3和Lhcb6亚族仅在橡胶树中出现了扩增。大戟科植物；全基因组；Lhcb基因家族；鉴定；分类；进化分析LHCΙΙ（light-harvesting chlorophyl
中南林业科技大学学报 2013年12期2013-12-29
- 植物ATP结合盒（ABC）转运蛋白研究进展
差万别。其中部分亚族的基因只在植物的特定部位如根中表达，而有些亚族基因却在植物各部位随机表达。ABC转运蛋白有全转运子和半转运子2种[4]。全转运子的核心单元包括2个核苷酸结构域（nucleotide binding domains，NBD）和2个跨膜结构域（trans membrane domains，TMD）等4个结构域。具有亲水性的NBD结构域嵌于细胞膜而向细胞质中突出，由几个高度保守的Walker A和Walker B序列，保守性略差的H环、Q环组
浙江农林大学学报 2013年5期2013-05-29