基序
- 囊状幼虫病病毒衣壳蛋白肝素结合基序鉴定及其抗感染作用分析
p2）的肝素结合基序（heparin-binding motif），并测定该基序肽及其衍生肽的抗SBV 感染活性，以期为阐明SBV-GAG 相互作用奠定基础及基于此相互作用开发治疗SBV 感染的多肽提供参考。1 材料与方法1.1 病毒、菌株及质粒 SBV样品［8］和大肠埃希菌K88菌株由重庆市畜牧科学院兽医兽药研究所提供；表达载体pGEX-4T-1 和大肠埃希菌BL21（DE3）由生工生物工程（上海）股份有限公司提供。1.2 主要试剂及仪器 肝素琼脂糖珠购
中国生物制品学杂志 2023年12期2024-01-02
- EPIYA 基序与幽门螺杆菌感染相关胃病关系的研究进展
列（EPIYA 基序）。下面本文就EPIYA基序与Hp 感染相关胃病的关系作一简要综述。一、EPIYA 基序的概述Hp 存在多种毒力基因，其基因型多样，不同基因型在致病性上存在差异。目前，关于Hp研究比较广泛的毒力基因之一是位于Cag 致病岛（CagPAI）的CagA。而CagPAI 是一个40 kb 的染色体 DNA 区域，它编码的IV 型分泌系统（T4SS）可将CagA 易位到宿主细胞，随后被宿主细胞激酶磷酸化［4-5］。每个Hp 感染者的胃黏膜都定植
新医学 2023年10期2023-12-09
- 两株GI.1型和GI.2型兔出血症病毒RdRp基因的克隆与分析
保守的氨基酸序列基序：4个在手掌域的基序(基序A、B、C和D),1个在拇指域的基序(基序E),2个在手指域的基序(基序F和G)[11]。这些短功能基序具有高度保守的氨基酸序列,基序B、D、E和F参与核苷酸识别和配位,基序B和G协调模板和引物结合,基序A和C执行核苷酸结合的催化作用[12]。RHDV RdRp不只发挥复制酶的作用,还具有能与细胞内膜相互作用从而改变高尔基体结构的能力[13],因此RdRp可能在复制复合物的建立过程中发挥关键作用。RHDV主要由
浙江农业学报 2023年6期2023-08-07
- 植物登陆过程中exocyst复合体的演化
、进化分析、保守基序分析、高级结构预测和比较,进而研究它们的进化规律;并以拟南芥为陆生植物代表分析其特有的Exo70G家族蛋白的亚细胞定位及其在干旱胁迫和盐胁迫中的表达。在植物登陆过程中,exocyst内部亚基并没有发生显著变化,而表面亚基的数量和结构发生了显著改变,特别是Exo70亚基,其基因大量复制、分化产生多个类群,包括陆生植物特有的类群GroupⅢ(Exo70G),其基因在干旱胁迫和盐胁迫下高表达,可能对于植物抗干旱胁迫和盐胁迫具有重要的价值。本研
南京农业大学学报 2023年3期2023-05-29
- 新冠病毒药物研发新靶点—LLQY 基序
LQY-756 基序在S 蛋白的合成、加工及病毒组装和感染的过程中发挥着关键作用。有研究发现，SARS-CoV-2 S 蛋白前体在内质网中合成后转运至高尔基体，被高尔基体中的Furin 蛋白酶切割形成S1 和S2 两个亚基，并通过非共价键作用结合形成成熟的S 蛋白并参与病毒颗粒的组装。其中，S1 亚基主要与人血管紧张素转化酶2（hACE2）受体结合，S2 亚基将S 蛋白锚定在病毒膜上，同时介导病毒—细胞的融合过程。在S2 亚基的N 端存在跨膜丝氨酸蛋白酶2
中国预防兽医学报 2022年6期2022-12-29
- 鼠伤寒沙门菌伴侣蛋白Hfq与小RNA GcvB结合位点的初步分析
结合偏好型的富U基序；利用λ-Red同源重组酶系统构建相应序列的突变或截短菌株；利用噬菌体转导技术构建相应的hfq或gcvB基因缺失菌株以及lacZ基因融合菌株；通过qRT-PCR检测不同重组菌株gcvB基因的转录水平；通过β-半乳糖苷酶试验检测不同重组菌株oppA基因的蛋白水平，最后分析Hfq与GcvB富U基序的作用关系，为阐明STM Hfq与GcvB的作用机理提供理论依据。1 材料与方法1.1 主要实验材料MA7455菌株(STM LT2/pKD46)
畜牧兽医学报 2022年11期2022-11-29
- 龙眼全基因组和转录本序列SSR位点的鉴定
布特征、不同长度基序的SSR分布规律等，并对单、双子叶植物及无患子目等不同种的植物进行全基因组水平的SSR位点鉴定和比较，总结SSR位点的一般规律和物种特异性.本研究旨在为龙眼的真实杂交种鉴定、遗传多样性研究、遗传图谱构建和分子标记辅助育种提供重要数据库支撑，对其他物种SSR位点的深度挖掘和鉴定也提供参考和方向.1 材料与方法1.1 RNA提取、RNA文库构建与测序选取龙眼不同时期的花芽、叶芽、果实进行转录组测序，每个处理设计3个生物学重复.采用天根RNA
福建农林大学学报（自然科学版） 2022年4期2022-11-01
- 鼠伤寒沙门氏菌LT2 Hfq与fadL、ompN、ybfM mRNA 5′UTR结合位点的预测与验证分析
基因(ARN)n基序缺失基础上再分别进行hfq基因缺失，通过β-半乳糖苷酶活性分析可以反映基因表达含量的变化，探究缺失区域对该基因产生的作用.本试验将利用5′RACE技术探究fadL、ompN、ybfMmRNA 5′UTR基因转录起始位点；筛查fadL、ompN、ybfMmRNA 5′UTR可能的Hfq结合位点(ARN)n基序；利用λ-red同源重组技术构建不同(ARN)n完整基序突变的lacZ基因融合菌株；利用噬菌体转导技术构建相应的hfq基因缺失菌株；
福建农林大学学报（自然科学版） 2022年5期2022-10-08
- 秋茄WRKY基因家族的生物信息学分析
WRKY蛋白保守基序、基因结构和染色体定位分析使用MEME(http：//meme-suite.org/tools/meme)对71个秋茄WRKY蛋白进行保守基序预测，允许保守结构域重复出现，保守性基序的数量限制为10，分别命名为基序1～基序10。利用 Tbtools工具绘制KcWRKY蛋白保守基序、基因结构和基因染色体定位图。1.5 蛋白互作网络和启动子顺式作用元件分析将秋茄WRKY蛋白作为研究对象，选定模式植物拟南芥作为物种参数，在 STRING( h
江苏农业科学 2022年14期2022-07-29
- 棉花SRS 基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析
统进化及基因保守基序进行研究， 对家族基因之间的进化关系进行共线性分析， 并分析SRS基因在棉花不同发育时期的胚珠和纤维、 不同组织及在多种胁迫处理下的表达模式， 相关研究结果有助于进一步研究棉花SRS 蛋白在生长发育过程中的作用。1 材料与方法1.1 棉花SRS 基因家族成员的全基因组鉴定为了鉴定SRS基因家族成员，从公共数据库（http://cotton.hzau.edu.cn/EN/download.php）下 载棉花基因组序列和基因注释文件[26]
棉花学报 2022年2期2022-07-07
- 普通烟草CCCH 类锌指蛋白家族的全基因组鉴定和表达分析
个保守CCCH 基序[4]，CCCH 基序最初被定义为CX6～14-C-X4～5-C-X3～4-H（X 代表任意氨基酸）[5]，但后续在拟南芥和水稻中发现了不同于原始分类的CCCH 基序[6]，因此，CCCH 基序被定义为C-X4～15-CX4～6-C-X3～4-H[6]。不同植物包含有相同的CCCH 基序[7]，并且C-X7-8-C-X5-C-X3-H 为最常见的基序[8]。TZF（Tandem CCCH zinc‐finger）蛋白通常包含有串联重复的
河南农业科学 2022年4期2022-07-06
- 玉米YUCCA家族基因的特征分析
染色体位置、保守基序和复制方式等。本研究结果为了解玉米YUC基因的特征提供有用信息。1 材料与方法1.1 ZmYUC基因结构及保守基序分析利用GSDS软件(http://gsds.cbi.pku.edu.cn)分析ZmYUC基因的外显子/内含子结构[9]。利用MEME软件(http://meme.nbcr.net/meme/)分析ZmYUC基因的保守基序[10]。1.2 ZmYUC基因的染色体定位和基因复制方式分析从玉米B73序列数据库中检索到ZmYUCs
农业与技术 2022年10期2022-06-01
- 番木瓜WRKY转录因子家族基因鉴定及其响应短孢炭疽菌侵染的表达分析
eme)进行保守基序预测[28]。在植物基因组网站(http：//plants.ensembl.org/index.html)下载CpWRKY各成员起始密码子上游2 000 bp的启动子序列，通过软件PlantCARE[29](http//bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/)进行顺式作用元件在线预测和分析。1.4 短孢炭疽菌侵染后CpWRKY家族基因的表达分析1.4.1 差异表达基因的筛
西北农林科技大学学报（自然科学版） 2022年5期2022-05-16
- 带TRS基序突变的新型冠状病毒威胁更大
首次报道了TRS基序是冠状病毒的尿苷酸特异性RNA 内切酶（NendoU，常表示为NSP15）的酶切位点，NSP15的酶切作用是实现冠状病毒跳跃式转录的分子基础，并提出了NSP15对冠状病毒复制和转录的负反馈调控模型。由于冠状病毒的跳跃式转录与重组都需要依赖NSP15的酶切作用，即共享一个分子机制，冠状病毒可在其生存周期中随时发生重组，成为导致其反复暴发的最主要因素。在随后的研究中又发现了NSP15蛋白酶切位点与RNA甲基化的相互关系，特别是TRS发卡结构
南方医科大学学报 2022年3期2022-04-13
- 甜菜M14品系BvM14-UNG基因克隆及生物信息学分析
糖基化酶根据特征基序可以分为UDG超家族和螺旋-发夹-螺旋-GPD糖基化酶（Helix-Hairpin-Helix-GPD glycosylases，HHH-GPD）超家族，HHH-GPD超家族具有标志性的螺旋-发夹-螺旋和甘氨酸/脯氨酸（Gly，G/Pro，P）富含环，其后是一个保守的天冬氨酸（Asp，D）。UDG超家族根据保守的基序和结构相似性又可以分为UDG-F1、UDG-F2、UDG-F3、UDG-F4和UDG-F5共5个亚家族。UDG-F1以大肠
中国农学通报 2022年4期2022-03-02
- 功能化自组装肽水凝胶在细胞培养中应用
多肽链时增加功能基序，或者在多态水凝胶结构中嵌入生长因子、转化因子等细胞因子，从而满足不同细胞生长需要。1 自组装肽水凝胶概述早在20世纪90年代，就有研究人员在酵母蛋白中发现一种天然蛋白序列Zuotin，其具有β折叠结构，能自发形成三维网状结构［7］。科学家们从中受到启发，利用氨基酸的基本特性，根据需要设计出不同的多肽链形成特殊的二级结构，在合适的条件下，通过范德华力、疏水作用、π-π堆积力等相互作用，使得其能自发形成复杂的三维结构。在此基础上，自组装肽
生物加工过程 2022年1期2022-02-23
- Genome-wide identification of the aquaporin gene family in wheat and their roles in salt and drought stress response
aAQPs的保守基序和基因结构分析3.4 Sequence analysis of TaAQP proteinsIn general, two highly conserved Asn-Pro-Ala (NPA) motifs generate electrostatic repulsion of protons and form water pores, and ar/R selectivity filters are essential for the
长江大学学报(自科版) 2021年5期2021-11-12
- 茶树CsIQD基因家族的鉴定和表达模式分析
7结构域内含3个基序，分别是1-8-14基序、IQ基序和1-5-10基序，同时这3个基序都有1~3个重复[6]。IQD家族不是单一基因，它是一个多基因家族，组成其家族的成员众多，在多种植物中表达，因此推测IQD基因家族的成员能在植物中发挥广泛的作用。IQD家族最早发现于拟南芥和水稻当中[6]，水稻包含29个IQD基因，拟南芥中包含了33个IQD基因，这33个IQD被分为Ⅰ、Ⅱ、II和Ⅳ四个亚家族。IQD1是在拟南芥中发现的第一个IQD家族的基因，IQD1基
特产研究 2021年5期2021-10-14
- 棉花UGPase 基因鉴定与生物信息学分析
分析和蛋白质保守基序分析根据各基因组基因位置文件，利用数据处理工具TBtools[20]绘制基因结构；利用序列分析工具MEME[21]（http://meme-suite.org/, v5.1）分 析 上 述19 个物种的UGPase 蛋白中的保守基序。 参数设置：基序最大发现数量为25，基序最大长度为50 nt（Nucleotide，核苷酸）。1.4 同源基因鉴定及Ks 值分析利用蛋白序列同源性分析工具OrthoMCL[22]。（参数设置：E值≤1e-5
棉花学报 2021年4期2021-09-14
- 甘薯全基因组WRKY转录因子的基因鉴定与逆境胁迫表达分析
WRKY蛋白保守基序分析使用MEME[21]对82个甘薯WRKY蛋白进行保守基序预测，保守性基序的数目限制为10，分别命名为基序1～基序10。1.8 WRKY基因的抗逆表达模式分析从SRA数据库分别下载蔓割病菌[16]和低温胁迫下的甘薯转录组数据[32]，将82个甘薯WRKY基因序列与甘薯转录组进行比对，提取基因在不同处理组和对照组中的表达信息。应用DESeq2对数据进行标准化处理，数据筛选的Padj设为小于0.05，只保留以2为底差异表达倍数的对数(lo
西北农林科技大学学报（自然科学版） 2021年9期2021-09-10
- 甜荞根转录组SSR位点特征分析
分布、重复类型、基序种类和重复次数等特征，并基于检索到的SSRs设计全部的引物,筛选了与黄酮类物质合成相关的SSR引物。1 材料与方法1.1 SSRs扫描基于甜荞品种丰甜1号根系转录组高通量测序数据,利用Misa软件在默认参数下对长度大于200 bp的Transcripts序列进行了SSR位点扫描,筛选标准为:单核苷酸重复次数≥10；二核苷酸重复次数≥6；三至六核苷酸重复次数≥5；将相距20个碱基以内的SSR位点视为复合型位点。利用Excel 2019对获
江西农业学报 2021年8期2021-09-08
- NaV1.5钠通道C末端IQ基序的重组质粒构建及蛋白制备
AM）结合的IQ基序［1-5］。IQ基序是细胞内Ca2+调节NaV1.5的关键元件，是耦合EFhand结构域和CAM与Ca2+相互作用的分子开关［6］。钙离子作为细胞生长中的第二信使，参与多种生理过程，如钙稳态调节、心脏传导和基因表达等［7］。同时，编码基因SCN5A突变导致NaV1.5通道结构或功能异常，引起心肌细胞动作电位除极期间通道表达水平降低，进而引发多种心血管系统疾病，如长QT综合征（long QT syndrome，LQTS）、Brugada综
中国医科大学学报 2021年8期2021-09-02
- 基于高原鼠兔简化基因组数据的微卫星引物开发
中，单核苷酸重复基序最多，数量为3 260个，占总位点的46.15%；其次为二核苷酸重复基序，数量为2 710个，占总位点的38.37%；三核苷酸、四核苷酸和五核苷酸重复基序数量分别为535、256、40个，分别占总位点的7.57%、3.62%和0.57%；六核苷酸数量最少，仅有5个，占总位点的0.07%。在完全重复型SSR位点中，六核苷酸类型重复基序平均长度最长，可达到31 bp；单核苷酸类型重复基序的平均长度最短，为12 bp。在这些SSR位点中，单核
野生动物学报 2021年3期2021-08-03
- 芥蓝Aux/IAA家族基因生物信息学与表达分析
亚细胞定位和保守基序（motif）分析利用在线软件Wolf（https://wolfpsort.hgc.jp/）对Aux/IAA基因家族进行亚细胞定位；使用在线软件MEME（http://meme-suite.org/）将预测的基序数目设置为20，对芥蓝Aux/IAA基因家族的保守基序进行预测与分析。计算基序的期望值（E），如果E＞0.05，说明此结构域未到达显著水平，并统计E＜0.05 的基序数目。随后，将预测数目修改成统计的基序数值再进行一轮预测，得到
浙江大学学报（农业与生命科学版） 2021年3期2021-07-10
- 禾谷炭疽菌内吞相关蛋白找寻及其生物信息学
中含有NPFxD基序的蛋白参与内吞靶向信号过程，该信号在实现含有特征化弗林蛋白酶样蛋白酶Kex2p胞质结构域的嵌合蛋白过程发挥重要作用[4]。同时，真菌的包被网格蛋白囊泡(CCV)广泛存在于细胞中，并形成质膜的区域，该区域可浓缩具有不同受体的大细胞外分子，不同受体则负责配体的低密度脂蛋白、生长因子、转铁蛋白和抗体等受体介导的内吞作用[5]，并通过CCV摄取的蛋白质通常具有内吞靶向信号，可直接掺入新囊泡中[6]。表 1 禾谷炭疽菌中NPFxD基序蛋白的基本信
科学技术与工程 2021年13期2021-06-24
- 密叶红豆杉SSR位点分布特征及分子标记开发
2.2.1 重复基序次数分布特征密叶红豆杉转录组中各SSR 重复基序类型及数量统计结果（表1）。密叶红豆杉中SSR 重复类型从单碱基到六碱基重复均有分布，重复基序比较丰富，共有126 种。但不同重复基序的SSR位点数量相差较大，从4 到60 种不等，其中以三核苷酸重复基序类型的重复基序数量最多，为60种；其次是四核苷酸重复基序类型的重复基序，为25 种。单核苷酸、二核苷酸、五核苷酸、六核苷酸重复基序类型的重复基序数分别为4、8、10、19 种，其中单核苷酸
中南林业科技大学学报 2021年4期2021-04-22
- 转录组荔枝Dof 基因家族的鉴定及其表达
C 单锌指结构，基序中的4 个Cys 残基和1 个Zn2+共价结合，Dof 蛋白的DNA 结合域与不同植物的启动子DNA 结合具有特异性，识别AAAG 或互补序列CTTT 基序作为核心序列元件[2]，但是南瓜Dof 蛋白AOBP 为例外，AOBP 蛋白特异识别AGTA 序列[3]。位于C−末端的转录调控结构域的氨基酸序列不具有保守性，导致Dof 蛋白在植物生长发育过程中的功能的多样性。自从第一个Dof（ZmDof1）基因在玉米中克隆以来[4]，迄今为止从单
热带生物学报 2021年1期2021-04-15
- 动物多肽与钠通道选择性互作的微基序空间等电点
器动力机制的功能基序，期待为开发钠通道门控类阻滞剂提供新的思路和见解，为治疗功能获得性与缺失性突变类疾病提供途径。钠通道亚型(如Nav1.2、Nav1.4、Nav1.5和Nav1.7)的冷冻电镜颗粒结构显示：每个亚型的电压传感器都能根据膜电压的改变而变化[3]。此外，α亚基还与β亚基共同调节膜定位、电压依赖性以及通道门控动力学[4，5]。迄今，钠通道特异性的动物多肽PaurTx3(Phrixotoxin)，Pn3a(μ-theraphotoxin-Pn3a
延安大学学报（自然科学版） 2021年1期2021-04-12
- 基于表面等离子体共振(SPR)技术实时分析RGD基序与整联蛋白的相互作用
高度保守的RGD基序(精氨酸-甘氨酸-天门冬氨酸)，该基序是病毒粒子与细胞表面整联蛋白结合引起感染的主要结合位点。尽管RGD依赖的整联蛋白受体通过RGD基序识别配体，但FMDV-VP1蛋白G-H环中VP1侧面的氨基酸残基在FMDV感染中同样起重要作用。如RGD依赖性整联蛋白αvβ5和α5β1并未充当FMDV的受体[6]。VP1 S154D突变导致Asia1 型FMDV使用猪整联蛋白受体αvβ6和αvβ8的能力增加，从而增加了其在宿主细胞中的复制水平，增强了
畜牧兽医学报 2021年1期2021-03-01
- 基于转录组的三月李及其红肉突变体Expansin基因家族鉴定及分析
酸残基和HFD 基序的domain1，C 端含有一个与第二组花粉过敏原蛋白同源的多糖结合结构域[13−15]。大量研究表明Expansin 与植物细胞生长[16]、叶片生长发育[17−18]、根系发育[19−20]、果实发育和质地变化[21−26]等诸多生物学过程密切相关。此外，Expansin 还与脱落酸、赤霉素、生长素、油菜素内酯和乙烯等植物激素引起的细胞膨大和细胞壁结构改变有关[27−30]。目前，科研人员已对多种植物的Expansin基因家族进行鉴
福建农业学报 2020年9期2020-12-16
- 新研究揭示具有RK 基序的CAR-T 细胞更能有效地杀死癌细胞
在新发现的RK 基序处与T 细胞受体结合。这种结合开启了T 细胞受体，从而将T 细胞激活，使之成为杀伤细胞，从而消除威胁。Minguet 谈到这一发现时说，“我们感到吃惊的是，这种RK 基序以前从未被描述过。免疫学家研究T 细胞受体已经超过30 年了。”这些发现有助于在分子水平上在对威胁的感知和对免疫反应的激活之间建立一座桥梁，从而揭示了免疫系统的基本运作原则。T 细胞履行各种功能：当人体自身的细胞对身体构成威胁时，细胞毒性T 细胞，也就是所谓的杀伤细胞，
医药前沿 2020年31期2020-12-02
- 鼠伤寒沙门菌小RNA GcvB 靶基因筛选和验证分析
3 个不同的功能基序，R1（TGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAA）、R2（ACTTCCTGTA）和R3（TACC CTGTCTGTCCATAGTGATTAAT）[10-11]，而受这些功能基序直接调控的靶mRNA 均能与R1、R2 或R3 产生完全或部分的碱基互补配对[10-11]。另外，GcvB 在STM LT2 对数早期表达量最高，之后逐渐降低，稳定期时几乎检测不到。因此，本研究针对对数生长早期的STM LT2 进行研究[12]，利用
中国预防兽医学报 2020年8期2020-11-05
- 大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发
出来的6种SSR基序中，以单核苷酸数量最多，为96 001个，占总SSR的68.02%；其次为二核苷酸，有34 051个，占总SSR的24.12%；三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸的数量相对较少，总共有11 080个，仅占总SSR的7.86%。不同类型的SSR位点出现频率与其比例相一致，以单核苷酸的出现频率最高，达21.58%；其次为二核苷酸，为7.65%；三、四、五、六核苷酸的出现频率相对较低。大蒜转录组中不同重复类型SSR位点的平均长度存在差异，
浙江农业学报 2020年9期2020-10-14
- 通过合成生物学可改造非豆科植物进行固氮（2020.8.8 iPlants）
物通过编码赖氨酸基序（LysM）受体以识别微生物激发子近而驱动细胞内信号传导调控微生物的定植。2020年8月7日，《Science》杂志在线发表了来自丹麦奥尔胡斯大学Simona Radutoiu和Kasper R.Andersen研究组题为“Ligand-recognizing motifs in plant LysM receptors are major determinants of specificity”的研究论文。该研究以豆科模式植物百脉根为
三农资讯半月报 2020年15期2020-08-25
- 甘蔗栽培种单倍体基因组SSR位点的发掘与应用
以TG和AG重复基序的SSR引物, 分别利用4个甘蔗属材料(R570、ROC1、LA purple和SES208)和24个重要甘蔗亲本, 对SSR引物进行扩增效率验证和多态性分析。共发掘到27,241个SSR位点, 平均每个BAC片段有6.29个SSR位点, 平均密度为71.33个SSR Mb-1, 远低于高粱的平均密度(350.00个SSR Mb-1)。在重复基序中, 占比前2位的分别为单核苷酸基序(11,079个)和三核苷酸重复基序(6447个), 合
作物学报 2020年4期2020-03-23
- 杨树重金属相关异戊二烯化植物蛋白(HIPPs)基因的鉴定及表达分析
端)的异戊二烯化基序。大部分HIPPs蛋白在这两种元件之间存在甘氨酸富集区和/或脯氨酸富集区。异戊二烯化是蛋白质翻译后的一种修饰过程，异戊二烯化蛋白质的一个典型结构特点是蛋白质的C端都具有CaaX结构(C代表半胱氨酸；a代表脂肪族氨基酸；X代表C端氨基酸，通常是甲硫氨酸、谷氨酰胺、半胱氨酸、丝氨酸或丙氨酸)，此结构对于蛋白质发挥生物学功能如蛋白质与膜互作、蛋白质之间的相互作用是十分重要的[6～8]。1999年，Dykema等人首次描述并鉴定了拟南芥(Ara
植物研究 2019年6期2019-11-15
- 甜菜基因组SSR标记特征分析
酸至六核苷酸重复基序的丰度即重复基序的数量分别为35496个(占 SSR 位点总数的20.37%)、55396个(31.80%)、3482 个(2.00%)、58043个(33.32%)和 21801个(12.51%)，SSR 位点相对丰度即SSR位点平均发生率为 463个/Mb，二核苷酸至六核苷酸重复基序的相对丰度分别为94.26，147.10，9.25，154.13，57.89。逐条染色体分析可知，二核苷酸至六核苷酸重复基序在染色体水上丰度的平均值分别
中国甜菜糖业 2019年3期2019-10-23
- 长江刀鲚选育群体转录组EST-SSR的分布特征分析*
类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征，其中，单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型，分别占总微卫星数目的34.94%、49.47%和13.34%；不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同，其中，A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%，AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%，AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%；不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同，重复次数伴
渔业科学进展 2019年5期2019-09-27
- 可解释人类进化的 关键基因“现身”
。TF识别名为“基序”（motifs）的特定DNA代码，并借助它们与DNA结合，打开或关闭基因。以前的研究表明，不同生物体内看起来相似的TF也会与相似的基序结合，但唐纳利中心细胞和生物分子研究中心的蒂莫西·休斯团队的一项新研究表明，情况并非总是这样。休斯团队借助新计算方法的研究结果表明，TF一些子类的功能比以前认为的要多得多。研究表明，尽管黑猩猩和人类的基因组有99%相同，也有数十种TF能识别两种物种之间不同的基序，其方式会影响数百种不同基因的表达。兰伯特
科学大观园 2019年12期2019-09-10
- 云南金花茶转录组SSR的分布及其序列特征
核苷酸的主要重复基序是AG/TC，一共有8 142个，占总SSR的26.75%；其次是CT/GA，一共有7 662个，占总SSR的25.17%；而CG/GC最少，仅有32个，占总SSR的0.11%。三核苷酸的主要重复基序是CTT/GAA，一共有802个，占总SSR的2.63%；其次是AGA/TCT，一共有679个，占总SSR的2.23%；最少的是CGT/GCA，一共有87个，占总SSR的0.29%。四核苷酸的主要重复基序是AAAT/TTTA，一共有119个
中南林业科技大学学报 2019年9期2019-09-05
- 伪狂犬病病毒UL56蛋白与宿主蛋白Nedd4相互作用的研究
PPxY(PY)基序相互作用，随后进入泛素蛋白酶体途径降解[9]。通过对PRV pUL56氨基酸序列的分析，本研究发现其编码4个PY基序，以pUL56为研究对象，利用免疫共沉淀(Co-IP)及激光共聚焦试验验证PRV pUL56与Nedd4是否存在相互作用及其对Nedd4表达的调控，为探究pUL56在PRV感染过程中的功能奠定了基础。1 材料与方法1.1 病毒株、载体及细胞 PRV HeN1株(KP098534.1)由哈尔滨兽医研究所流行病学与病原监测团队
中国预防兽医学报 2019年6期2019-07-30
- DDX6突变体的构建
DX6-EQ（碱基序列第739位碱基由G突变为C，导致蛋白质序列第247位的谷氨酸（Glu）突变为谷氨酰胺（Gln）），和DDX6-△C（C端截去编码氨基酸的549个碱基，导致C端截去183个氨基酸）。突变体模式见插页图1。在表达载体pENTER的多克隆酶切位点上，DDX6-WT片段两端对应的限制性核酸内切酶位点为AsiSI和MLμL。使用AsiSl/MLμL双酶切后进行琼脂糖凝胶电泳，得到一条约7.5kb的载体pENTER片段和目的片段。目的片段分别约为
浙江中西医结合杂志 2019年4期2019-05-05
- 猪繁殖与呼吸综合征病毒M蛋白的ITIM基序对IFN-β产生的正调节作用
含ITAM激活型基序的激活型受体和含ITIM抑制型基序的抑制型受体。激活型ITAM基序介导抗病毒炎症因子分泌的信号具有双重性[9-11]，而抑制型ITIM基序主要是反向激活Ⅰ型干扰素的产生。序列分析显示PRRSV GP3、GP5和M等结构蛋白中都存在一段ITIM抑制基序，但该基序在PRRSV诱导Ⅰ型干扰素的产生过程中是否具有调节作用还不清楚。SHP-1和SHP-2都属于非受体样的蛋白酪氨酸磷酸酶，是胞内负调控分子，在细胞磷酸化调控的信号传导途径中发挥重要作
畜牧兽医学报 2018年12期2019-01-02
- 利用计算机吉布斯采样寻找基因中的motif
找到最好的升聚体基序[1]。然后反复从各剩余序列的添加一个1-聚体。在每次迭代中，我们试图每个L-mer的序列中，将它添加到配置文件矩阵来计算分数找到最好的1-聚体。贪婪算法的敏感地依赖序列在通过了订单上的结果。而且，如果失败的第一多个序列，这将是最有可能完全失败。因此，我们只将贪心算法作为对照组。1.2 模序发现与Gibbs抽样[实验组]限定ICPC作为每列信息内容，ml为基序长度，SC作为序列计数和SL作为序列长度。我们试图Gibbs抽样称为motif
数字通信世界 2018年10期2018-11-12
- 基于RNA－seq数据的小麦条锈菌SSR标记开发
索，搜索的SSR基序重复单元长度为1～6个核苷酸，其限制条件为单核苷酸重复不低于10次，二核苷酸重复不低于6次，三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复不低于5次，2个SSR位点间的距离不大于100 bp则视为复合 SSR。用 Primer 3(http://primer3.sourcegorge.net)软件对搜索到的SSR位点设计引物。设计原则为引物序列中不含SSR、获得的引物序列可以比对到unigenes序列、去除可比对到不同unigenes序列的
河南农业科学 2018年1期2018-03-14
- 荞麦ARF基因家族的鉴定及生物信息学分析
保守结构域和保守基序(motif)分析利用HMMER(https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/)在线数据库对每个荞麦ARF蛋白的保守结构进行分析[24]。利用MEMM(Multiple Expectation Maximization for Motif Elicitation， http://meme-suite.org/)在线数据库分析每个荞麦ARF蛋白的保守基序，基序长度设置为6～200个氨基酸，基序个数设置为10个[25
浙江农业学报 2018年1期2018-02-27
- iRGD肽协同奥沙利铂逆转结直肠肿瘤耐药的研究进展
肽包含两个氨基酸基序，即RGD基序和R/KXXR/K基序（即CendR基序），由9个氨基酸组成，即CRGDKGPDC，易与靶肿瘤细胞表面的神经纤毛蛋白-1（neuropilin-1，NRP-1）受体结合，增加对靶肿瘤细胞膜的通透性［11-12］。静脉注射iRGD后，iRGD与在肿瘤脉管系统中特异性表达的αv整联蛋白结合，然后被水解加工成CRGDK/R，在C-末端暴露出活性的CendR基序，CendR基序与NRPS相互作用，激发穿过组织的主动容量转运系统（a
中华结直肠疾病电子杂志 2018年6期2018-01-13
- 兰州熊蜂气味受体家族鉴定及分析
基酸序列进行保守基序分析，最后利用ClustaW 2.1、TrimAl 1.2、PhyML3.0对兰州熊蜂、地熊蜂和意大利蜜蜂气味受体家族序列进行系统进化分析。【结果】共获得165个兰州熊蜂气味受体基因，包括1个非典型气味受体（olfactory receptor co-receptor，Orco）、5个假基因和159个气味受体。基因结构分析发现，气味受体家族外显子数目从4个到9个不等。其中Or 47—57的序列中外显子数量最少，为4个；Or 128—16
中国农业科学 2017年10期2017-06-15
- CpG ODN对水貂免疫增强效果的研究
5种含不同CpG基序的DNA序列，应用MTS比色法测定合成CpG ODNs刺激水貂PBMC增殖的能力，结果有11条CpG ODN对水貂PBMC有刺激活性(SI>2)；应用SI值大于5的6种CpG ODN分别与水貂伪狂犬灭活疫苗联合免疫水貂，免疫后经水貂血清抗伪狂犬中和抗体效价测定和水貂PBMC非特异性增殖效应检测，结果有3个CpG ODN序列对水貂具有较好免疫增强作用，分别是CpG-21(ATCGATTTGTCGTTATCGAT)、CpG-23(ATCGA
中国兽药杂志 2017年5期2017-06-05
- 甲壳动物表皮几丁质结合蛋白结构与功能研究进展
含有特征性的保守基序，包括RR基序、富含半胱氨酸的几丁质结合结构域、postmolt-18基序、crust-18基序等。1.1 RR基序对昆虫的研究表明，RR基序是结构性表皮蛋白中分布最广、研究最为深入的基序[2-5]，首先在烟草天蛾(Manducasexta)幼虫的表皮发现[6-7]。离体研究显示，该基序能结合几丁质，覆盖35个氨基酸残基，以发现者Rebers和Riddiford的名字命名为Rebers-Riddiford共识序列，简称RR基序。首先鉴定
水产科学 2017年4期2017-02-02
- 陆地棉NF-YB基因家族的全基因组分析
分布、进化关系、基序以及组织表达情况。结果表明:TM-1基因组中共有41个NF-YB基因家族成员,它们含有相同的CBFD_NFYB_HMF结构域,大部分定位到细胞核内;41个NF-YB基因家族成员分布在19条染色体上,其中有19组成员在A亚组和D亚组中表现为直系同源基因;进化树分为Ⅰ和Ⅱ 2个小组,每个小组成员间具有相似的基序类型和排列顺序;组织表达分析则发现,在这41个NF-YB基因家族成员中,至少有24个成员可以进行表达,且表现出一定的组织特异性。NF
华北农学报 2016年5期2016-11-16
- 烟曲霉Asp f3和Asp f4线性B细胞抗原表位最小基序鉴定
细胞抗原表位最小基序鉴定石晶1，2，高岩1，2，霍克克1，季朝能1,2，唐海平3，徐万祥3，谢毅1,2，顾少华1,21. 复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室，上海 200438; 2. 上海市工业菌株工程技术研究中心，上海 200438； 3. 上海市计划生育科学研究所，国家人口和计划生育委员会重点实验室，上海 200032烟曲霉(Aspergillusfumigatus)是一种广泛存在于自然界中的条件致病菌，其产生的分生孢子被易感人群吸入后定植于
微生物与感染 2016年4期2016-09-13
- 棉属四倍体AD1与二倍体A2、D5基因组的同源SSR分析
由几个碱基组成的基序串联重复而成的DNA序列，基序长度一般为1~6 bp，总长一般大于或等于10 bp，广泛分布于动植物基因组，是重要的基因组分子标记。SSR具有多态性强、长度小、易于快速检测等特点，主要应用于动植物的分子标记开发、遗传图谱构建、基因定位等理论和应用研究[1,2]。SSR在生物进化研究中也扮演着重要角色，在大规模基因组测序开始之前，对于SSR的研究是通过PCR等实验方法获得同源位点SSR，通过检测序列长度的差异来分析物种间的遗传关系，研究范
遗传 2015年2期2015-12-02
- IQ基序突变对AtIQM1的钙调素结合活性的影响
10006）IQ基序突变对AtIQM1的钙调素结合活性的影响黄章科 张艺能 莫忠蓁 周玉萍 黄小玲 田长恩（广州大学生命科学学院 植物抗逆基因功能研究广州市重点实验室，广州 510006）旨在确定IQ基序中关键氨基酸残基突变对IQM1的CaM结合活性的影响，利用基因体外定点突变技术将LQ缺失或将L突变成S，并通过酵母双杂交分析突变蛋白iqm1的CaM结合活性。结果显示，用重组质粒pGADT7-IQM1CDS、pGADT7-IQM1Del113-114、pG
生物技术通报 2014年12期2014-03-22
- 拟南芥冷害胁迫下基因表达谱的统合分析
.1．5 启动子基序的分析利用一个基于网络的分析工具Athena［18］中的一个模块Analysis suite 来分析DEG 启动子中的顺式作用元件.2 结果与分析2．1 差异表达基因的检测经过数据的预处理和筛选，D1、D2、D3、D4 和Dm 分别保留了13 214、13 243、13 499、13 218 和12 791 个基因用以检测DEG(表1).通过比较发现，D1、D2、D3 和D4 中保留的基因不但在数量上接近，而且两两之间重叠的基因都不低于
华南农业大学学报 2013年4期2013-07-12
- AtSDG8启动子区域功能元件的分析
数据库分析启动子基序。先通过PLACE数据库对网上公布的SDG8基因上游的启动子区域上的顺式作用元件(基序)进行同源比对分析，再确定启动子区域所包含基序的种类与数量。1.2.2 表达载体的构建从SDG8基因ATG往上游，到达另一个基因之间有2 860 bp，根据这段序列，设计引物:F－TCT GGGACAAGAATCAAAGGAGT，R － TCTAGACGTA ATGCTACCTGATTCAAA。PCR扩增产物经回收后，用HindⅢ酶切，得到4个不同长度
作物研究 2012年3期2012-06-14
- 基于金钗石斛EST的短串联重复序列的挖掘
获得2 122个基序长度2～7 bp,STR长度不小于12 bp且重复次数不小于3的STR位点.其中，3 bp-STR最为丰富，而 2 bp和6 bp基序的STR位点在可表达基因中富集.金钗石斛基因组存在439个基因特异分布的STR位点，暗示这些STR位点可能与特定的功能基因共进化.金钗石斛; 短串联重复; 表达序列标签短串联重复序列(STR)，也称微卫星(microsatllite),或Simple Sequence Repeat(SSR)，是由长度为1
华南师范大学学报（自然科学版） 2011年2期2011-11-20
- 正链RNA病毒复制酶结构与功能研究进展
的包围着八个保守基序（Ⅰ-Ⅷ）的结构，其中四个基序存在于各类的聚合酶中，包括DNA依赖的RNA聚合酶（DdRp）、DNA依赖的DNA聚合酶（DdDp）和RNA依赖的DNA聚合酶（RdDp）[4-5]。在这八个保守基序中，只有五个氨基酸残基是所有聚合酶中完全保守的，它们分别是基序Ⅰ中的Lys3、基序Ⅳ中的Asp118和Asp124及基序Ⅵ中的Asp268和Asp269。当然，这三个超群的聚合酶在序列上也是有相互关系的，虽然有些氨基酸残基较为保守，比如，一个超
中国动物传染病学报 2011年5期2011-08-21