古菌_参考网

上海交通大学团队揭示深古菌与早期地球协同演化历史

订更新了現有的深古菌物种分类体系，探究了不同深古菌类群的生态地理分布和代谢潜能的差异，并通过分子钟定年方法揭示了深古菌与早期地球的协同演化历史，相关研究成果于2023年7月5日发表在《科学进展》（Science Advances）上。深古菌（Bathyarchaeia）是现代地球上丰度最高的微生物类群之一，然而由于难以培养等问题，目前对于深古菌的系统分类仍然较为混乱，对其生态地理分布、代谢功能、起源和演化历史尚缺乏系统研究。该团队通过构建迄今为止最为全面的

科学 2023年4期2023-08-17

古菌群落视角评估某退役铀尾矿库的治理效果

坝土壤中的细菌和古菌群落结构进行考察，筛选出了5种耐铀菌属。Yan 等[12]使用变性梯度凝胶电泳法（DGGE）分析了我国东南某铀厂尾矿的土壤微生物多样性，发现铀尾矿中土壤的放射性核素分布规律对微生物多样性有深远的影响。Sánchez-Castro等[13]从位于法国的Bessines-sur-Gartempe 铀尾矿库分离出2 种耐铀菌株，并评估了它们在铀生物修复中的潜能。此外，Radeva 等[14]调查了位于保加利亚的“Sliven”铀矿废料堆和“B

农业环境科学学报 2023年6期2023-07-13

河流原位自生古菌对四醚脂类古温度代用指标的影响

 650500)古菌膜脂类化合物（isoprenoid GDGTs，isoGDGTs）广布于海洋和陆地环境，其碳链具有独特的类异戊烯烃结构，且与甘油分子以醚键形式相连，常被认为来源于氨氧化奇古菌膜脂[1-2].IsoGDGTs 包含多种化合物，主要是依次含有0～3个五元环的GDGT-0、GDGT-1、GDGT-2、GDGT-3，及具有4 个五元环和1 个六元环的泉古菌醇（Crenarchaeol，Cren）及其异构体（Crenarchael′，Cren′）

云南大学学报（自然科学版） 2023年3期2023-06-14

互花米草定植的养殖尾水处理人工湿地中古菌群落的组成与分布

水处理人工湿地中古菌群落的组成与分布谭 莹1, 胡越航1, 钱云霞1, 郭安南2,3*（1.宁波大学 海洋学院, 浙江 宁波 315832; 2.宁波大学 食品与药学学院, 浙江 宁波 315832; 3.浙江省动物蛋白食品精深加工技术重点实验室, 浙江 宁波 315832）为探究凡纳滨对虾养殖尾水处理过程中互花米草湿地的净化效果和沉积物古菌群落的组成与分布, 基于16S rRNA基因的高通量测序技术, 从沉积物环境因子、古菌群落结构和多样性、环境因子与古

宁波大学学报（理工版） 2023年3期2023-05-26

腌制盐中可培养嗜盐古菌多样性研究

海地区盐场中嗜盐古菌的多样性得到了系统而深入的研究[4-8]。虽然有研究表明食用盐中含有丰富的嗜盐古菌[9-11]，但是只有少量的研究报道涉及食用盐中嗜盐古菌的多样性[12-13]。我国是食用盐生产大国，原料来源多样，包括海水、地下盐矿和内陆盐湖。在盐的生产过程中，原料中的大部分嗜盐古菌被捕获在盐晶体中并且能够长期存活。本研究以我国不同产地、不同来源的腌制盐为研究对象，采用高盐培养基进行分离纯化，基于16S rRNA基因序列判断菌株分类学地位，并对不同腌制

江苏调味副食品 2022年3期2022-11-03

呼伦贝尔草甸草原土壤古菌群落多样性高通量分析

究的热点[3]。古菌域是不同于细菌域与真核生物域的独立生命域，也是微生物的重要组成部分。土壤细菌和土壤真菌的群落结构、多样性以及在维持土壤肥力和可持续发展方面的研究已开展多年，但是古菌在土壤中的生物多样性及功能近些年才被关注。目前国内古菌群落研究可见于水生态系统[4]、农田土壤[5-6]等，关于草甸草原土壤古菌研究尚未有报道。本研究采用高通量测序技术（High-throughput sequencing，HTS），分析了不同利用方式下呼伦贝尔草甸草原土壤古

饲料博览 2022年5期2022-10-28

变油为气，“榨干”废弃油田

代谢为甲烷气体的古菌。油田中的油藏分布是不均匀的，以现有的开采手段，无法以较低成本完全开采出油田中所有的油藏。不过，如果借助古菌将石油转化成甲烷，就可以尽可能地利用废弃油田的油藏。不过，古菌靠自己是无法代谢长链烷烃的，要代谢这些复杂有机物，古菌还需要某些细菌的帮助。这种相互合作的代謝模式被称为互营代谢。

大自然探索 2022年5期2022-07-11

海洋古菌

润月李猛走近古菌地球的生命多姿多彩，以前人们主要根据细胞核的有无把生命分为真核生物（由真核细胞构成，有细胞核）和原核生物（由原核细胞构成，无细胞核，但有拟核）。我们人类以及动物、植物都是真核生物;而细菌因为没有细胞核，所以属于原核生物。近年来，科学家们发现地球上还生活着一群神奇的微生物，它们既有和细菌类似的细胞结构和代谢方式，也有与真核生物类似的遗传转录系统。1977年，美国科学家卡尔·乌斯（CarlWoese）首次将这类微生物定义为古菌，区别于细菌和

知识就是力量 2022年6期2022-06-16

这项成果登上了《自然》杂志

现一种新型产甲烷古菌。三年前的某一天，胜利油田石油工程技术研究院微生物所专家林军章从孤岛油田带回一瓶地下水采样，里面含有各种微生物、古菌。这很平常，微生物所的科研人员经常收集、培养、研究这些菌样，从中发现一些有益于石油开采的细菌，加以培养放大，为微生物采油做贡献。“但是没有想到，这里面竟然含有一种从未发现过的全新古菌，完全打破了传统认知，有望让一些濒临枯竭的老油田起死回生。”林军章说。这一最新研究成果，近日登上了世界著名的《自然》杂志。最新发现这种来自油藏

中国石油石化 2022年4期2022-03-22

神秘古菌有望“复活”老油田

含有各种微生物、古菌之类的。这很平常，微生物所的科研人员经常收集、培养、研究这些菌样，从中发现一些有益于石油开采的细菌之类的，加以培养放大，为微生物采油做贡献。“真的没有想到，这里面竟然含有一种从未发现过的全新古菌，完全打破了传统认知，有望让一些濒临枯竭的老油田起死回生。”林军章说。中国科学家发现古菌生产甲烷全新途径北京时间2021年12月23日凌晨0时，世界著名《自然》杂志在线发表中国科学家团队的最新研究成果。由农业部沼气科学研究所、中石化微生物采油重点

中国科技纵横 2022年1期2022-03-10

盐渍海带盐中可培养嗜盐古菌多样性、胞外酶活及拮抗作用探究

41000)嗜盐古菌是一类需要高盐维持生长的古菌，是古菌的一个重要类群，属于古菌域(Archaea)的广古菌门(Euryarchaeota)嗜盐菌纲(Halobacteria)[1]。嗜盐古菌的分布广泛，主要生活在盐湖、盐碱地、盐矿、海水、晒盐池、盐井和高盐食品等高盐环境中[2-3]。作为极端微生物，嗜盐古菌在生命适应极限条件的理论研究和特殊生物活性物质应用领域具有重要的研究价值。1880 年，Farlow 在研究腌制鳕鱼夏季变红现象时，发现变红部位有球状

微生物学杂志 2022年5期2022-03-09

微生物驱动钒还原机制研究获新进展

P 的结果发现，古菌Methanosarcina 与细菌Anaeromyxobacter 和Geobacter 是驱动系统中钒还原的关键微生物，其中Anaeromyxobacter 是首次被发现具有钒还原能力。宏基因组分析结果表明，钒还原细菌和钒还原古菌通过不同的钒还原机制介导钒还原过程。Anaeromyxobacter 和Geobacter 主要利用硝酸盐还原酶NarG 和NapA进行呼吸还原钒，而Methanosarcina 则通过耦合厌氧甲烷氧化进行

钢铁钒钛 2022年6期2022-02-09

注射350万年前的细菌，他真能长生不老？

种350万年前的古菌没什么副作用，而且可能具有长生不老之效。于是，他将这种古菌注射到自己的身体里，竟然没事。这种古菌真的是长生不老之药？给自己注射350万年前的细菌，竟然没事俄罗斯科学家布罗奇科夫是一个讲话轻声细语、总是面带笑容的老教授，也是莫斯科国立大学永冻土学系的主任。但他其实是一名疯狂的科学家。2009年，科考人员在西伯利亚北部一处地方发现了一头被深埋的猛犸象。布罗奇科夫在其头部发现了一种至今已有350万年且仍然存活的古菌。他被这一发现所吸引，从此便

新传奇 2021年43期2021-11-21

渤海S油田油藏硫酸盐还原古菌分析

出来的硫酸盐还原古菌只有属于广古菌门的极端嗜热菌——古球菌(Archaeoglobus)，它能以硫酸盐和硫代硫酸盐为电子受体而利用脂肪酸(C4～C8)[16-17]。尽管古菌在地下生物圈的占比很小[18]，但其所具备的硫酸盐还原功能可追溯至生命起源的早期，亦不可忽视。本研究通过高通量测序技术，对渤海S油田油藏内源古菌的群落组成和多样性进行分析，构建硫酸盐还原功能基因的分子进化树，并且比较油田H2S治理井与非治理井之间古菌群落组成的差异，以期证实古菌对油藏环

生物加工过程 2021年5期2021-11-05

泥炭发酵产甲烷过程中古菌群落结构演替

影响，发现产甲烷古菌主要为甲烷杆菌属(Methanobacterium)和甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)，其中甲烷八叠球菌属相对丰度达60%，为褐煤厌氧发酵体系优势古菌菌属。贾璇等[5]研究了芦苇厌氧联产氢气-甲烷过程中古菌群落结构特征，发现产氢阶段优势古菌为unculturedMethanosarcinalesarchaeon，产甲烷阶段优势古菌为Methanoculleusbourgensis。Han等[6]研究了青海高原沼气池微生物群

化学与生物工程 2021年8期2021-08-26

玻利维亚进口盐中可培养嗜盐古菌组成分析

生物域、细菌域和古菌域三大域，并正式提出古菌(Archaea)的概念[1]。早期发现的古菌通常生活在极端环境中，地球最古老的生命可能是这些极端微生物，因此研究极端微生物对认识生命的起源及进化机制具有重要意义。嗜盐古菌是极端微生物的一大类群，广泛存在于盐矿、盐湖、海洋以及盐腌制品表面等高盐环境[2-4]。它们经过长期进化，形成了独特的细胞结构和生理代谢系统，这在环境治理、食品开发、工业和农业生产等领域有着重要的应用价值[5-8]。玻利维亚安第斯山脉地区分布有

安徽师范大学学报（自然科学版） 2021年3期2021-06-26

会仙岩溶湿地古菌和细菌群落的共现性

重要作用[1]。古菌和细菌均为土壤中广泛分布的两大微生物类群, 二者的群落结构均受到多种因素的影响, 其中, 土地利用变化带来植被、管理和土壤理化因子等的变化，都会影响到二者的群落结构, 进而对土壤中的物质循环产生影响[2]。在湿地生态系统中, 古菌、细菌群落以及古菌细菌之间存在复杂的相互作用, 在决定生态系统功能方面起着至关重要的作用。高通量测序技术结合共现网络分析方法能够为研究生态系统内部微生物之间的相互作用提供新的思路。目前, 对湿地微生物之间共现网

桂林理工大学学报 2021年1期2021-06-05

荒漠孑遗植物四合木对土壤古菌群落的影响

[12-14]。古菌过去一直被认为仅存在于极端条件下。随着在沼泽、稻田、农田等陆地生态系统中发现大量古菌的存在,其在陆地生态系统中的地位引发了重视。土壤古菌与细菌一样,在碳、氮、硫、铁等元素的生物地球化学循环中发挥重要作用[15-17]。有研究表明,植物的根和根际可以提供无氧或缺氧的微生态位,是产甲烷菌和氨氧化古菌的特殊栖息地,贡献产生温室气体甲烷以及参与基于互生的氮循环。而自然生态系统中植物定居对土壤古菌群落影响鲜有报道[17]。西鄂尔多斯地处亚非荒漠东

生态学报 2021年9期2021-06-03

棉花根际土壤古菌实时荧光定量PCR技术的建立及时空分布特征

 言【研究意义】古菌(Archaea)作为生物领域的一类具有特殊性质，其细胞核无核膜包裹，细胞核和细胞质难区分，和细菌都属于原核生物，但是在进化树上与其有亲缘关系的却是真核生物。古菌不仅耐高温、高盐、低氧、强酸、强碱，还广泛存在湖泊、土壤等普通环境中而且含量非常高[1]。棉花连作导致棉花黄萎病等土传病害发生，影响棉花产量及品质。实时荧光定量PCR技术检测不同生育时期与地区棉花根际土壤古菌数量，有利于探索根际土壤古菌与黄萎病之间的联系以及防治棉花黄萎病。【前

新疆农业科学 2021年3期2021-04-01

崔恒林：嗜盐古菌的追寻者

温才妃嗜盐古菌通常生活在不毛之地。高盐、极寒、强光，非常极端的环境下它都能坚强地存活。江苏大学食品与生物工程学院崔恒林教授和嗜盐古菌打交道20多年了，哪里有嗜盐古菌，他就赶往哪里。寂寞坚守崔恒林的实验室摆放着各种“瓶瓶罐罐”，里面装着的液体颜色深浅不一，有深粉、浅粉、水粉，有正红、深红、淡橙……“这些都是嗜盐古菌，到我的实验室里看到的全是盐。”嗜盐古菌生活在高盐环境中，这些样品都是他从全国各地的盐湖、盐矿、盐田、盐碱地收集而来。2018年7月，他去西藏多地

科学导报 2021年2期2021-02-22

古菌新种“吃掉”石油“吐出”甲烷

吐出”甲烷气体的古菌Ca. Methanoliparum近日被中国科学家发现，有望让枯竭油藏重获“生机”。北京时间12月23日凌晨，相关成果在线发表于《自然》杂志。 众所周知，漫长岁月里，动植物遗体等复杂有机物在地下特殊环境和各类微生物的共同作用下，形成了石油和天然气等“自然的馈赠”。而在生成天然气的过程中，一类具有产甲烷功能的古菌功不可没。 古菌可能是地球上第一批生物居民。它们藏于深海、高温等极端环境，个头小到肉眼看不见，却有着不可估量的“大本领”，近年

文萃报·周二版 2021年52期2021-01-22

古菌新种“吃掉”石油“吐出”甲烷

吐出”甲烷气体的古菌Ca. Methanoliparum近日被中国科学家发现，有望让枯竭油藏重获“生机”。北京时间12月23日凌晨，相关成果在线发表于《自然》杂志。众所周知，漫长岁月里，动植物遗体等复杂有机物在地下特殊环境和各类微生物的共同作用下，形成了石油和天然气等“自然的馈赠”。而在生成天然气的过程中，一类具有产甲烷功能的古菌功不可没。古菌可能是地球上第一批生物居民。它们藏于深海、高温等极端环境，个头小到肉眼看不見，却有着不可估量的“大本领”，近年来相

文萃报·周二版 2021年51期2021-01-02

日本培养出神秘单细胞微生物

对其进行了表征。古菌构成了一个单细胞原核生物域，新近发现的阿斯加德古菌，据信为更加复杂的真核生物的祖先。但是迄今为止，学界对阿斯加德古菌生物学的理解一直局限于DNA研究，其显示存在真核细胞样基因。此次，日本海洋研究开发机构科学家井町宽之等人，经过十年的努力，分离并培养了一种阿斯加德古菌。研究小组从日本海岸的大峰脊深处收集了淤泥，之后将样本放入充满甲烷的特制生物反应器里培养。2000天后，他们分离出了包含多种微生物的混合物，再经过多年进一步地富集，得到了阿斯

发明与创新 2020年5期2020-12-20

日本培养出神秘单细胞微生物

真核生物的起源。古菌构成了一个单细胞原核生物域，新近发现的阿斯加德古菌，据信为更加复杂的真核生物的祖先。但是迄今为止，我们对阿斯加德古菌生物学的理解一直局限于DNA 研究，其显示存在真核细胞样基因。此次，日本海洋研究开发机构科学家井町宽之，以及日本产业技术综合研究所科学家延优等人，经过十年的努力，分离并培养了一种阿斯加德古菌。研究小组从日本海岸的大峰脊深处收集了淤泥，之后将样本放入充满甲烷的特制生物反应器里培养。2000 天后，他们分离出了包含多种微生物的

医药前沿 2020年15期2020-12-04

湛江湾表层水体海洋类群II古菌的基因组分析

水体海洋类群II古菌的基因组分析张家伟1，董宏坡2，毛铁墙1，欧亚飞2（1. 广东海洋大学化学与环境学院，广东 湛江 425088；2. 华东师范大学河口海岸学国家重点实验室，上海 200062）【】分析湛江湾表层水体海洋类群II古菌的基因组。通过宏基因组和比较基因组的方法，对湛江湾和其他海域的MGII古菌进化和生理代谢进行研究。湛江湾两株古菌为海洋类群II a亚型，基因组中含有多种碳水化合物酶和蛋白水解酶以及参与磷酸戊糖途径和三羧酸循环相关基因，同时具有

广东海洋大学学报 2020年6期2020-10-27

海洋氨氧化古菌及其驱动的碳氮生物地球化学循环过程研究进展*

nammox)、古菌氨氧化(archaea ammonia-oxidation)、硝酸盐异化还原到铵(dissimilatory nitrate reduction to ammonium, DNRA)以及全程氨氧化(complete ammonia-oxidation, comammox)的发现，改变了人们对微生物氮循环过程的传统认知，构建了新的氮循环网络体系[2-5]。本文主要针对氨氧化古菌(ammonia-oxidizing archaea,AOA)

中国科学院大学学报 2020年4期2020-07-13

丹江口水库上下游古菌优势菌群落结构特征分析

丹江口水库上下游古菌优势菌群落结构特征分析林亚萱 党晨原 钟思宁 王佳文 郑彤 倪晋仁†教育部水沙科学重点实验室, 北京大学环境工程系, 北京 100871; †通信作者, E-mail:nijinren@iee.pku.edu.cn采用 16S rRNA Illumina Miseq 高通量测序技术, 分析丹江口水库库区及汉江下游古菌物种组成, 并对大坝上、下游水体与沉积物中占优势的氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea, AOA

北京大学学报（自然科学版） 2020年3期2020-06-07

基于高通量测序的不同窖龄窖泥微生物结构与多样性分析

同窖龄窖泥细菌和古菌的微生物的组成和微生物多样性变化。1 材料与方法1.1 材料与试剂材料(只标注主要的)：四川成都某酒厂不同窖龄窖泥样品(5年、25年、70年)；QIAGEN PowerSoil®DNA Isolation Kit，German；无水乙醇，化学纯，国药；Na2HPO4,KH2PO4,NaCl,KCl，SIGMA-ALDRICH。1.2 仪器与设备HVE-50高压灭菌锅：Hirayama；Centrifuge 5418 台式离心机：eppe

中国沼气 2019年3期2019-12-06

三峡消落带土壤古菌群落组成与代谢功能预测

14）长期以来，古菌被认为仅存在于强碱、强酸或者高盐等极端环境中。当与极端环境古菌高度相似的“泉古菌”在海洋浮游生物中被发现后[1-2]，一系列后续研究无不证明古菌是地球生物圈中一类丰富且多样的微生物，广泛地分布于地球的各类环境中，改变了人们对古菌的传统认识[3-7]。数量庞大的古菌在生物地球化学过程中的重要作用远超预期。在碳循环中，产甲烷古菌产生的甲烷占全球甲烷排放量的70%[8]。除此之外，古菌还积极参与硫循环，能将二硫化碳（CS2）快速转化为硫化氢（

三峡生态环境监测 2019年3期2019-09-10

棉花长期连作对新疆农田土壤古菌群落演替的影响

齐 830054古菌（Archaea）也叫古细菌（Archaebacteria），是自然界三大生物类群之一（Martin，2005）。古菌可能是最古老的生命体，早先常被发现生活于各种极端自然环境下，如大洋底部的高压热溢口、热泉、盐碱湖等地（Martin，2005）。近年的研究表明，土壤中氨氧化是氮素转化过程的第一步也是限速环节，而氨氧化古菌在农田氨氧化过程中起着重要促进作用（Hatzenpichler，2012）。由于大多数古菌都难以被培养和分离，有关其在

生态环境学报 2019年4期2019-05-31

长江口潮滩沉积物古菌群落结构与多样性

长江口潮滩沉积物古菌群落结构与多样性李小飞1,侯立军2,刘 敏3*(1.福建师范大学,湿润亚热带生态地理过程教育部重点实验室,福建 福州 350007；2.华东师范大学,河口海岸学国家重点实验室,上海 200241；3.华东师范大学地理科学学院,地理信息科学教育部重点实验室,上海 200241)以长江口潮滩为研究对象,采用高通量测序技术,研究了潮滩沉积物古菌群落结构与多样性及其影响因素.结果表明,沉积物中古菌群落OTUs数量为900~1417,Shanno

中国环境科学 2019年4期2019-04-28

稻田土壤古菌群落组成对秸秆还田的响应

影响[6-7]。古菌是土壤微生物的重要组成部分，直接影响土壤物质循环和养分转化等[8-10]。然而由于土壤中大部分古菌很难分离培养，采用传统的土壤微生物研究方法如微生物平板培养法、变性梯度凝胶电泳（DGGE）等往往无法详细描述出土壤微生物的群落多样性和组成方面的信息[11-13]，使得对于土壤古菌生物多样性的研究仍然匮乏，有关其演替规律仍不明了。近年来兴起的现代分子生物学技术如高通量测序技术等[14-16]，为深入探究土壤古菌群落组成、功能及其适应机制提供

农业环境科学学报 2019年2期2019-03-08

辽河口芦苇湿地细菌和古菌群落周期日变化特征

口芦苇湿地细菌和古菌群落周期日变化特征李明月1,2,3,米铁柱1,2,3*,甄毓1,2,3,王勋功2,3(1.青岛海洋科学技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室,山东青岛 266071；2.海洋环境与生态教育部重点实验室,山东青岛 266100；3.中国海洋大学环境科学与工程学院,山东青岛 266100)采用实时荧光定量PCR和Illumina高通量测序技术对秋季辽河口芦苇湿地水体中一昼夜细菌和古菌群落特征进行了研究.测序共获得52802条细菌

中国环境科学 2019年2期2019-02-27

不同高程消落带古菌群落组成与分布特征

80年代提出了由古菌、细菌和真核生物组成的三域系统[1]。古菌是地球生物圈中一类丰富且多样的微生物，广泛地分布于地球的各类环境中[2-5]。据估算，土壤中古菌数量占所有微生物的比例高达12%～38%[6]。数量庞大的古菌在生物地球化学过程中起着十分重要的作用。在碳循环中，产甲烷古菌产生的甲烷占全球甲烷排放量的70%[7]。除此之外，古菌还积极参与硫循环，能将二硫化碳（CS2）快速转化为硫化氢（H2S）和CO2[8]。进行化能自养的氨氧化古菌（AOA）能将N

三峡生态环境监测 2018年3期2018-10-11

无所不在活出极限古菌：生命的第三种形式

积物样品中寻找到古菌群落，进行深入分析和研究。第三种生命形式俨然是个“四不像”与细菌和真核生物相比，大多数人可能对古菌比较陌生，古菌（Archaea）是与细菌和真核生物并列的第三种生命形式，又称古细菌、太古菌或太古生物，是原核生物中的一大类。之所以称其为“古”菌，与其在地球上的出现时间有关。“如果将地球约46亿年的年龄比作一天的话，古菌早在凌晨5点多钟就出现了，而人类则是在深夜23点58分才诞生，因此古菌的‘古，从某种意义上讲就是这类生物在地球上出现时间很

科学导报 2018年14期2018-05-14

古菌研究进展

邓霏摘要从古菌的发现出发，综述古菌的分类、分布、系统进化关系、研究方法及现状，分析古菌发展存在的一些问题，对今后古菌发展的方向进行展望。关键词古菌；分类；研究方法中图分类号X172文献标识码A文章编号0517-6611（2018）28-0011-04Research Progress of ArchaeaDENG Fei（College of Bioengineering and Technology，Tianshui Normal University，

安徽农业科学 2018年28期2018-05-14

金华猪和长白猪粪便微生物移植小鼠的肠道古菌结构分析

物移植小鼠的肠道古菌结构分析肖英平1王军军2,3李天天2,3唐 标1何祥祥1李开锋1杨 华1*(1.浙江农业科学院农产品质量标准研究所，杭州310021；2.北京食品营养与人类健康高精尖创新中心，北京100193；3. 中国农业大学动物科技学院，北京100193)本试验旨在比较肥胖型的金华猪和瘦肉型的长白猪肠道古菌结构的差异，分析菌群移植小鼠肠道古菌结构。采集金华猪和长白猪的新鲜粪便，通过灌胃移植到经广谱抗生素处理过的小鼠肠道中，提取2种猪粪便及其移植小鼠

动物营养学报 2017年6期2017-06-24

瘤胃古菌C 簇研究进展

属甲烷菌，即瘤胃古菌C簇（Rumen Cluster C,RCC），为第二优势菌。目前对瘤胃Methanobrevibacter属和Methanomicrobiums属甲烷菌进行了大量研究，相比较而言，对Rumen Cluster C的研究还少，其原因在于该属甲烷菌难以采用传统的方法进行分离培养。因此，综合运用传统微生物学，不依赖于培养的分子生物学、宏基因组学和生物信息学等工具研究该类甲烷菌的生理代谢特点对调控反刍动物瘤胃发酵，抑制甲烷生成具有重要意义。本

饲料工业 2017年11期2017-04-05

模拟干湿交替对水稻土古菌群落结构的影响*

干湿交替对水稻土古菌群落结构的影响*包丽君1，2贾仲君1†（1 中国科学院南京土壤研究所，南京 210008）（2 中国科学院大学，北京 100049）干湿交替是自然界普遍存在的现象，但长期以来由于技术的限制，复杂土壤中微生物对水分变化的响应规律仍不清楚。针对我国江苏常熟湖泊底泥发育的典型水稻土，在室内开展湿润-风干以及风干-湿润各三次循环，每次循环中湿润、风干状态各维持7d，利用微生物核糖体rRNA的通用引物进行PCR扩增，通过高通量测序分析土壤古菌多样

土壤学报 2017年1期2017-02-23

生物有机肥对新整理烟田古菌群落组成的影响

机肥对新整理烟田古菌群落组成的影响苏婷婷1，徐宸2，周鑫斌1,2，谢德体11 西南大学资源环境学院，重庆市北碚区天生路2号 400716；2 中国烟草总公司重庆市公司烟草科学研究所，重庆市北碚区天生路2号 400716适宜的土壤微生物环境是烟草优质适产的必要条件，古菌对土壤生态系统碳氮循环起着非常重要作用。本研究采用定点田间试验的方法，研究了磷肥和生物有机肥连续三年配施对新整理黄壤烟田烤烟产质量与烟田古菌群落结构的影响。结果表明，新整理黄壤烟田土壤古菌群落

中国烟草学报 2016年6期2016-11-16

浓香型白酒窖泥变质前后古菌群落差异分析

白酒窖泥变质前后古菌群落差异分析于春涛1，项明1，王蕾1，许郑林1，刘振江2（1.沧州医学高等专科学校，河北沧州061001； 2.河北省宁晋县泥坑酒业有限责任公司，河北石家庄054000）窖泥是浓香型白酒的生命线，窖泥变质则为酒厂带来巨大损失。采用Illumina Miseq高通量测序DNA技术对窖泥变质前后古菌群落结构进行分析。通过构建古菌16S rDNA基因文库，结果表明，变质后窖泥共扩增出52876条序列，变质前窖泥扩增出11703条序列，古菌丰度

酿酒科技 2016年8期2016-09-09

黄河三角洲土壤古菌群落结构对盐生植被演替的响应

黄河三角洲土壤古菌群落结构对盐生植被演替的响应张玥1,孔强1,郭笃发1*,金建玲2,姜爱霞1,郭健3(1.山东师范大学地理与环境学院,山东济南 250014；2.山东大学生命科学学院,山东济南 250100；3.山东农业工程学院食品科学与工程系,山东济南 250100)采用高通量测序技术,探究黄河三角洲光板地和4种典型盐生植被类型(翅碱蓬、獐茅、白茅和罗布麻)下土壤古菌群落组成和数量分布特征,揭示其对盐生植被演替的响应.结果表明,植被覆盖有利

中国环境科学 2016年7期2016-08-25

在深海古菌中寻找生命起源

黑暗生物圈的众多古菌，有可能与地球上复杂生命的起源有关。南方周末特约撰稿张淼“人们一定还记得1866年海上发生的一件离奇的、神秘的、无法解释的怪事。不久以前，好些大船在海上碰见了一个‘庞然大物，一个很长的物体，形状很像纺锤，有时发出磷光，它的体积比鲸鱼大得多，行动起来也比鲸鱼快得多。”《海底两万里》一开篇，凡尔纳描写一种想象出来的海底怪物形象。对于深海，黑暗环境、巨大压力和奇怪生物，总让人充满了想象力。而深海的未知环境，激发了科学家极大的好奇心。自上世纪

南方周末 2016-06-162016-06-16

海洋嗜盐古菌功能物质利用的遗传工程技术研究报告

摘 要：极端嗜盐古菌是古菌域的一个重要生理类群，可以产生具有重要价值的产品，如生物可降解塑料PHBV和生物纳米材料紫膜等，但相关基础研究及生物技术亟待加强。该研究以重要海洋嗜盐古菌为材料，在基因组水平开展了其重要功能物质生物可降解塑料PHBV合成关键基因和途径的解析，以及其遗传、代谢及生物工程利用技术的研究，已取得如下研究成果：（1）完成了两株产PHA的极端嗜盐古菌的基因组注释和分析工作，通过基因敲除等手段，鉴定100多个与PHA代谢、碳源利用及调控相关的

科技资讯 2016年3期2016-05-30

现代海洋极端环境微生物的地质作用及其分子和同位素响应年度报告

深部生物圈MCG古菌的研究上取得了重要进展。MCG是迄今为止发现分布最为广泛的一类未培养古菌，被认为是海底深部生物圈中最丰富，并且最活跃的类群之一，很可能在全球物质和能量循环过程中发挥了重要的作用。课题组发现MCG古菌在系统发育上处于一个深的分支，代表了一类自然界较古老的古菌，显著不同于目前分类已确定的所有古菌门类，并提议将MCG古菌归类于一个全新的门类，命名为深古菌门（Bathyarchaeota）。这是目前首个由中国学者提议的古菌门的分类，是古菌和生命

科技资讯 2016年21期2016-05-30

高通量测序分析人工养殖成年林麝粪便古菌菌群多样性

养殖成年林麝粪便古菌菌群多样性王立志1徐谊英1蔡永华2(1.四川农业大学动物营养研究所，动物抗病营养教育部重点实验室，雅安625014；2.四川养麝研究所，都江堰611845)摘要：本试验的目的是采用高通量测序技术研究人工养殖成年林麝粪便中古菌的结构和组成，并对比不同性别之间的差异。选取12只3岁健康的林麝依据性别分为雄性组(M组)和雌性组(F组)，每组各6只。采集其新鲜粪便，提取DNA，用古菌通用引物PCR扩增古菌16S rRNA的V4～V5区，用MiS

动物营养学报 2016年2期2016-05-14

芦苇厌氧联产氢气-甲烷过程中古菌群落特征解析*

菌是一类极端厌氧古菌，位于厌氧消化食物链的最末端，是厌氧生物处理工艺中最重要的限速步骤，其群落的组成和数量的变化直接影响厌氧发酵速率和产气量[9-10]。以聚合酶链式反应(PCR)扩增为主的非培养技术的发展揭示了环境中庞大的微生物多样性[11]。PCR—变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术不仅可以研究古菌群落在时间和空间上的动态变化，还可以通过序列分析或探针杂交确定其中的种群组成[12-13]，对阐明厌氧联产过程的微生物作用机制具有重要意义。KEYSER等[1

环境污染与防治 2016年7期2016-03-13

雷竹林土壤氨氧化微生物对不同肥料的响应

AOB），氨氧化古菌（ammonia oxidizing archaea，AOA）和亚硝酸盐氧化菌催化进行，其中由铵盐氧化成亚硝酸盐的第1步过程是硝化作用的限速步骤，与土壤氮素循环密切相关，硝化细菌将氨或者铵盐氧化为硝酸盐，增加了土壤中氮元素移动性，对喜硝酸盐植物有利，但同时也增加了土壤中氮素淋失、反硝化作用还原成氮气，从而增加了土壤中氮素损失的风险，对农业生产不利[4－6]。有研究认为，基于氨氧化细菌和氨氧化古菌生态位的不同和它们在土壤生态系统大尺度范围

浙江农林大学学报 2014年3期2014-05-29

新疆富蕴地震断裂带植被恢复对土壤古菌群落的影响

子生物学的发展，古菌的分布与研究范围已从狭隘的极端环境，发展到海洋、湖泊、土壤等非极端环境，同时由古菌介导的有机碳降解转化，甲烷生成氧化，氨氧化等对全球碳、氮循环起重要作用［10］。为此本文利用末端限制性片段长度多态性(Terminal restriction fragment length polymorphism，T-RFLP)技术，对新疆富蕴地震断裂带次生植物根际土壤的古菌群落进行分析，为探究震后植被恢复与土壤微生物的关系提供科学参考。1 材料与方法

生态学报 2013年2期2013-09-11

黄河三角洲泥质沉积区表层沉积物古菌分布特征

90年代海洋浮游古菌的发现与确认改写了早期认为古菌只存在于极端环境的论断, 对于古菌的认识和研究, 都被大大地拓宽了。这三大发现更是被称为新近海洋生态学发展的三大里程碑[2-3]。古菌(Archaea)于1977年被首次当作一种生命形态来看待, 当时它们只是作为细菌中一个独特的子分支(subset), 因而被称作为古细菌(Archaebacteria)。古菌与细菌虽同属于原核生物, 但因它们之间有明确的区别, 所以两者均有独立的世系——域(Domain)—

海洋科学 2012年10期2012-10-13

印度尼西亚PadangCermin热泉古菌多样性分析

单细胞生物，称为古菌（以前叫古细菌）。古菌和细菌的不同之处在于其细胞膜脂类的化学结构、细胞壁和核糖体的结构及其对抗生素的生长敏感性［1，3］。古菌域分为广古菌门（Euryarchaeota）、泉古菌门（Crenarchaeota）、初古菌门（Korarchaeota）和纳古菌门（Nanoarchaeota）。古菌研究起步较晚，由于缺乏足够的纯培养物和16SrRNA基因的序列信息，目前初古菌门和纳古菌门的分类地位还不能完全确定，研究相对普遍的是泉古菌门和广古

海洋科学进展 2012年4期2012-10-08

嗜盐古菌噬菌体研究进展

各种环境中;而对古菌噬菌体的研究至今知之甚少，目前仅有50多株古菌噬菌体被报道，这些古菌噬菌体绝大多数来源于嗜热或极端嗜盐的环境中［2］。对于嗜盐古菌噬菌体的研究起源于上世纪70年代，Hs1是第1株被报道的嗜盐古菌噬菌体，随后Zillig及其同事对嗜盐古菌噬菌体ΦH进行了深入的研究，Dyall-Smith及Bamford领导的课题组在嗜盐古菌噬菌体研究方面也作出了巨大的贡献。然而，与细菌噬菌体研究相比较，对嗜盐古菌噬菌体的研究尚处在起步阶段，表1列出了部分

微生物学杂志 2012年2期2012-01-12

利用小亚基核糖体RNA技术分析温室黄瓜近根土壤古菌和真菌多样性

温室黄瓜近根土壤古菌和真菌多样性赵志祥1,2，芦晓飞1，陈国华1，茆振川1，杨宇红1，刘二明2，谢丙炎11 中国农业科学院蔬菜花卉研究所，北京 1000812 湖南农业大学生物安全科技学院，长沙 410128土壤古菌和真菌在温室生态系统是仅次于细菌的微生物，具有类似于细菌的重要生态功能。通过构建古菌16S rRNA和真菌18S rRNA基因克隆文库，分析温室黄瓜近根土壤古菌和真菌群落结构组成，为开发利用温室这一特殊的生态环境中丰富的微生物资源以及理解微生物

生物工程学报 2011年1期2011-09-29

海南岛东部501站位沉积物古细菌多样性研究

站位沉积物中扩增古菌16S rRNA基因构建文库, 并对得到的OTU（Operation taxonomic units）进行系统发育学分析。古菌文库由泉古生菌（Crenarchaeota）和广古生菌（Euryarchaeota）构成, 其中泉古生菌占总克隆文库的 96.8%, 由Ⅰ型海洋泉古生菌（Mraine crenarchaeotic groupⅠ,MGⅠ, 74.6%）、GROUP A（14.9%）和GROUP B（7.2%）三簇组成。广古生菌GR

海洋科学 2011年2期2011-09-24

西菲律宾海比科尔陆架深海沉积物古菌多样性研究

尔陆架深海沉积物古菌多样性研究格根塔娜1, 萨仁高娃2, 于心科2, 李铁刚2, 周伟光1(1．内蒙古农业大学动物科学与医学学院, 内蒙古呼和浩特 010018; 2．中国科学院海洋研究所, 海洋地质与环境重点实验室, 山东青岛 266071)通过构建16S rRNA基因文库, 对西太平洋西菲律宾海东板比科尔陆架5个不同层位沉积物样品中的古菌的多样性进行了研究, 并获得了465个有效克隆63个OTUs (Operational Taxonomic

海洋科学 2011年11期2011-01-12