分子对接
- 基于网络药理学研究补阳还五汤治疗脊髓损伤的作用机制
網络药理学、分子对接验证补阳还五汤治疗脊髓损伤的作用机制。方法 通过TCMSP、SymMap、PubChem、Swiss Target Prediction数据库筛选补阳还五汤的活性成分和靶点。从OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库检索脊髓损伤的靶点。通过venny软件获取补阳还五汤与脊髓损伤的交集靶点。用Cytoscape软件构建补阳还五汤治疗脊髓损伤的活性成分-靶点网络。通过DAVID数据库对共同靶点进行基因本体论和京都基因与基
中国现代医生 2024年1期2024-01-17
- 分子对接阐明草甘膦与水稻醛酮还原酶（OsALR2）的作用及QsALR2的表达纯化
稻；草甘膦；分子对接；原核表达；包涵体变复性；酶活测定草甘膦（glyphosate）是一种重要的除草剂，具有内吸传导性强，广谱，药效好，靶向性高，环境兼容性高等优点。草甘膦以植物叶绿体中5-烯醇丙酮酰莽草酸-3-磷酸合成酶（5-enolpyruvate shikimate-3phosphate synthase，EPSPS）为靶标。EPSPS是莽草酸代谢途径的第6个酶，负责催化磷酸烯醇式丙酮酸（PEP）和磷酸莽草酸（S3P）生成5一烯醇式丙酮酰莽草酸-3-
植物保护 2023年6期2023-12-28
- 基于网络药理学和分子对接探讨宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的作用机制
网络药理学和分子对接技术，探究宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、TCMID数据库筛选宣肺润燥解毒方活性成分，利用有关数据库筛选新冠肺炎相关靶点。以Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络，并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果 筛选出宣肺润燥解毒方有效成分3019个，潜在靶点525个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、木犀草素、汉黄芩素与关键靶点ATK1、TNF、TP53具有良好亲和
右江医学 2023年7期2023-08-10
- 威灵仙-白花蛇舌草药对抗癌作用机制研究
关键靶点进行分子对接验证.关键靶点为ESR1，重要活性成分为槲皮素、阿魏酸和恩贝林，这三种药物的活性成分均与疾病靶点蛋白有着较好的结合性.威灵仙-白花蛇舌草药对可能对治疗癌症疾病起着重要作用.关键词：网络药理学；威灵仙；药对；癌症；分子对接[ 中图分类号 ]S[ 文献标志码 ] AMechanism of Couplet Medicines of Clematis chinensis Osbeckand Hedyotis diffus
牡丹江师范学院学报（自然科学版） 2023年3期2023-08-09
- 金钱菇中降血压肽的纯化和磁性脂质体分离鉴定
其结构，利用分子对接分析其结合血管紧张素I转化酶（angiotensin-I converting enzyme， ACE）的能力。结果表明：对金钱菇提取液用透析、超滤的方法进行纯化后，蛋白含量由37.67%提高至51.18%，多糖含量由26.80%降低至6.90%，ACE抑制率由61.83%提高至79.77%，纯化后更有利于分离降血压肽；用MA-IML粒子吸附分离出金钱菇纯化液中的降血压活性组分，经反相高效液相色谱法分析其为单一组分，该组分为五肽，其氨基
广西科技大学学报 2023年3期2023-07-17
- 基于生物信息学及分子对接研究天牛止眩胶囊治疗原发性高血压的潜在活性成分及分子机制
生物信息学及分子对接，探讨天牛止眩胶囊治疗原发性高血压（essential hypertension，EH）的潜在活性成分及分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台、BATMAN-TCM平台筛选天牛止眩胶囊的活性成分及药物靶点，使用GeneCards、PharmGkb、TTD、DrugBank检索EH的疾病相关靶点，采用Cytoscape3.8.0软件构建“药物–成分–靶点”网络图，应用STRING平台进行蛋白质–蛋白质相互作用分析，使用R软件包
中国现代医生 2023年16期2023-07-04
- 基于网络药理学探讨益气补肺颗粒对肺癌的免疫调节机制
Dock进行分子对接。结果 益气补肺颗粒含有潜在活性成分129个，主要成分包括3-甲氧基光甘草定、甘草酚、菜豆醇、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、豆甾醇。调节肺癌相关免疫功能的潜在靶点137个，核心靶点主要有信号转导及转录激活蛋白3（signal transduction and activator of transcription 3，STAT3）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（rac-alpha serine/ threonine-protein kinase
中国现代医生 2023年15期2023-07-04
- 基于生物信息学分析艾叶治疗慢性荨麻疹的分子机制
生物信息学及分子对接技术，分析艾叶治疗慢性荨麻疹（chronic urticaria，CU）的分子机制。方法 从GEO数据库下载CU的基因芯片数据集，利用R软件筛选出差异表达靶点，从中药系统药理学数据库（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database，TCMSP）、药物靶标识别平台（Pharm Mapper）等数据库获取艾叶的化学成分、药物靶点，运用GENEMANIA平台及R软件，对药物
中国现代医生 2023年15期2023-07-04
- 基于网络药理学和分子对接探讨杜仲-牛膝药对治疗强直性脊柱炎机制
网络药理学和分子对接探讨杜仲-牛膝药对治疗强直性脊柱炎（AS）的关键靶点和分子机制。方法 利用TCMSP数据库检索杜仲-牛膝药对的活性成分，预测其对应靶点；利用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD、PharmGkb数据库检索AS疾病相关靶点，利用Uniprot数据库将预测靶点和疾病靶点名称标准化后筛选出交集靶点，利用Cytoscape3.9.1绘制并分析中药-成分-靶点-疾病网络图。将共同靶点导入STRING数据库获得蛋白质互作网络并利用
云南中医中药杂志 2023年4期2023-06-26
- 基于网络药理学与分子对接探讨痰热清注射液治疗COPD的作用机制
有效成分进行分子对接。结果 得到有效化学成分107个，药物靶点1722个，COPD靶点6525个，最终获得核心靶点1327个。痰热清注射液治疗慢阻肺主要成分为香豆素、咖啡酸、6-氨基己酸等，关键靶点为TP53、HSP90AA1、SRC等。结论 本研究初步揭示了痰热清注射液多成分，多靶点，多通路治疗慢阻肺得到潜在机制，为痰热清注射液的基础及临床研究提供了依据。关键词：痰热清注射液；慢性阻塞性肺疾病；网络药理学；分子对接中图分类号：R563.3 文献标志码：A
云南中医中药杂志 2023年4期2023-06-26
- 基于网络药理学和分子对接探讨银杏叶调控铁死亡抗帕金森病的潜在机制
）富集分析。分子对接结果证明银杏叶活性成分与关键靶点对接良好。结果 经筛选共得到27种银杏叶活性成分以及209个潜在的蛋白作用靶点，PD靶点有1827个，调控铁死亡基因有259个，三者交集的靶点有18个。通过PPI网络分析共得到HMOX1、TP53、EGFR、JUN、HIF1A、VEGFA、PTGS2等7个关键靶点。主要涉及通路有流体剪切应力和动脉粥样硬化、化学致癌-活性氧、MAPK通路等。结论 银杏叶调控PD中铁死亡途径可能与HMOX1、TP53、EGF
右江医学 2023年4期2023-06-23
- 基于网络药理学与分子对接探讨玉屏风散治疗过敏性鼻炎-哮喘综合征的作用机制
网络药理学及分子对接技术探讨玉屏风散治疗过敏性鼻炎-哮喘綜合征（CARAS）的作用机制。方法首先通过TCMSP数据库检索搜集玉屏风散的化学成分和药物靶点。从GeneCards、Online Mendelian Inheritance in Man（OMIM）和DrugBank数据库搜集过敏性鼻炎和哮喘治疗相关靶点，构建韦恩图并得到疾病与药物的交集靶点。使用Cytoscape构建单味药-活性成分-潜在作用靶点网络，筛选关键活性成分，然后以STRING构建PP
云南中医中药杂志 2023年5期2023-06-17
- 基于网络药理学和分子对接探讨补肾活血复方治疗心绞痛机制
药理学方法和分子对接试验来探讨补肾活血复方治疗心绞痛的有效成分、作用靶点及作用通路。方法首先利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）查找补肾活血复方的药物成分和药物靶点，并使用UniProt数据库对检索的药物靶点进行过滤筛选。然后通过GeneCards数据库、pharmGKB数据库、TTD数据库、Drugbank数据库检索来得到心绞痛的疾病靶点。最后将补肾活血复方的药物靶点与心绞痛的疾病靶点取交集，从而得到补肾活血复方治疗冠心病的作用靶点。利用Cy
云南中医中药杂志 2023年5期2023-06-17
- 基于网络药理学及代谢产物分析白首乌对乙醇性肝损伤的作用机制
网络药理学及分子对接技术阐述一年生、多年生白首乌代谢产物对乙醇性肝损伤的作用机制。使用液相色谱-飞行时间质谱分析白首乌提取物的化学组成，通过PubChem数据库及文献查找方法筛选出具有生物活性的成分，预测成分靶点、获取疾病靶点并通过构建蛋白质-蛋白质互作网络，筛选关键成分及核心靶点，最后对交集靶点进行富集通路分析与分子对接及可视化处理。经过筛选发现，白首乌含有25种已认证的生物活性因子，其在多年生白首乌中的含量显著高于一年生白首乌（活性成分有20种）；一年
江苏农业科学 2023年9期2023-06-04
- 基于指纹图谱和网络药理学的苍耳子质量标志物预测分析
心靶点，再用分子对接方法预测分析苍耳子Q-Marker生物活性。结果 建立了10批苍耳子饮片的指纹图谱，确认了18个共有峰，通过苍耳子对照品指认了其中8个峰，分别为原儿茶醛、新绿原酸、绿原酸、隐绿原酸、咖啡酸、3，4-二咖啡酰奎宁酸、3，5-二咖啡酰奎宁酸和4，5-二咖啡酰奎宁酸。经网络药理学分析，以上8种成分关联29个核心靶点与20条关键通路，与苍耳子抗炎、抗肿瘤等作用密切相关，可作为苍耳子药效活性成分。分子对接结果显示该8种成分与其对应的核心靶点之间均
湖南中医药大学学报 2023年3期2023-05-30
- 虱螨脲对棉铃虫叶酸一碳库代谢途径的影响
酸饲喂试验和分子对接技术分析了虱螨脲对棉铃虫叶酸一碳库代谢途径的影响。结果表明，棉铃虫幼虫差异基因数量随虱螨脲处理后时间的延长而增多，主要富集在叶酸一碳库、氧化还原活性、几丁质结合、氨基酸合成、嘌呤合成与代谢以及离子跨膜运输等途径上，其中叶酸一碳库代谢通路在处理后0.5 h极显著富集（P=6.35×10-5）。棉铃虫幼虫的叶酸含量随着虱螨脲处理后时间的延长而显著降低，处理后24 h叶酸含量为4.53 μg/100 g，约为对照组的1/2;用含叶酸的饲料饲喂
植物保护 2023年2期2023-05-30
- 基于网络药理学和分子对接探究涤痰汤治疗冠心病的作用机制
学；冠心病；分子对接；作用机制冠心病（coronaryheartdisease，CHD）是一种缺血性心肌病，CHD可引起管腔狭窄或闭塞，导致心肌缺血、缺氧或坏死。CHD中医又称“胸痹心痛”，出自《灵枢·经脉》，由多种原因引起瘀血、寒凝、痰浊、气滞痹阻心脉。痰浊是气机失调或血行不畅引发的病理产物，近现代医家多从痰浊辨证治疗胸痹心痛，杨关林教授团队研究结果表明，痰浊贯穿于胸痹心痛的整个病程[1]。涤痰汤出自明代董宿《奇效良方》卷一，具有补虚豁痰，清热利气之功，
中国医药科学 2023年7期2023-04-25
- 基于超高效液相色谱-质谱技术及网络药理学和分子对接探讨柴芍胃炎颗粒治疗慢性胃炎的有效成分及潜在作用机制
网络药理学；分子对接慢性胃炎（chronicgastritis，CG）指不同病因引起的各种慢性胃黏膜炎性病变，临床上以上腹部疼痛、饱胀、烧灼感、反酸嗳气、食欲不振等症状多见，是一种常见病，“十人九胃病”，据世卫组织统计，胃病的发病率高达80%，且日趋年轻化，故而胃病已成世界之殇。而CG位居胃病之首，病情反复，影响患者生活质量，甚至导致胃癌的发生。在我国，基于内镜诊断的CG患病率在90%左右[1]。胃病的病机多为胃气阻滞，胃失和降，不通则痛。若情志不畅，肝郁
中国医药科学 2023年7期2023-04-25
- 大明胶囊治疗高脂血症的网络药理学分析及分子对接验证研究
；靶点预测；分子对接高脂血症是由于脂肪代谢或转运异常而导致的血浆中脂质结构紊乱[1]。高脂血症是心血管疾病发病和病死的主要危险因素。他汀类是血脂异常的首选治疗药物，尽管他汀类药物治疗对心血管事件有积极作用，但患者的依从性往往较差[2]。因此，探索不良反应较低且作用有效的降脂药物具有重要意义。中药治疗高脂血症具有疗效确切、毒性相对较低、成本低等优点，因此得到越来越多人的关注。大明胶囊是经国家食品药品监督管理局批准的具有活血化瘀作用的中成药。大明胶囊由6味中药
中国医药科学 2023年7期2023-04-25
- 广玉兰内酯抗脓毒症潜在靶点的筛选与鉴定
配确定;通过分子对接软件鉴定广玉兰内酯抗脓毒症的潜在靶点，然后对潜在靶点进行作用通路分析。结果 广玉兰内酯成药性良好，其口服生物利用率为63.71%，药物相似度为0.19;在DRAR-CPI和Swiss Targetprediction软件中共筛选到150个潜在靶点，有9个与脓毒症相关的靶点，通过分子对接软件鉴定ELANE、S100A9、G6PD、ACE2、PTGS2和CASP3为广玉兰内酯抗脓毒症的潛在靶点，肿瘤坏死因子信号通路和5-羟色胺能突触为其作
中国现代医生 2022年17期2022-07-18
- 基于网络药理学和生物信息学的小青龙汤治疗哮喘和慢性阻塞性肺疾病的“异病同治”机制分析
核心靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出小青龙汤治疗COPD和哮喘的作用靶点95个，筛选出19个核心作用靶点。富集分析结果显示共涉及82条信号通路及120种生物过程、16种分子功能、21种细胞组分。GEO芯片验证显示NR3C1、HSP90AA1、TNF、CASP3、AKT1、PTGS2、TLR4、EGF、IL1B、HRAS在COPD和哮喘与健康样本之间具有明显的表达差异，绘制中药-化合物-靶点网络图后，进一步对Degree值前5的靶点进行分子对接，结果显示
湖南中医药大学学报 2022年6期2022-07-02
- 基于网络药理学和分子对接技术探讨芪苈强心胶囊治疗慢性心力衰竭的作用机制
網络药理学和分子对接技术探讨芪苈强心胶囊治疗慢性心力衰竭的作用机制。方法 利用BATMAN-TCM平台检索芪苈强心胶囊的化学成分和靶点，通过GeneCards、OMIM、DisGeNET以及NCBI数据库获得慢性心力衰竭相关的靶点，利用PERL软件将中药和疾病的基因进行合并，得到交集基因，构建“中药-疾病”靶点数据库，利用Cytoscape 3.7.2绘制“中药-疾病-有效成分-靶点”网络图，筛选出核心有效成分;利用STRING数据库构建蛋白质相互作用（p
湖南中医药大学学报 2022年6期2022-07-02
- 基于分子对接与网络药理学探讨苏黄止咳胶囊治疗咳嗽变异性哮喘的作用机制
目的：通过分子对接与网络药理学技术，深度发掘苏黄止咳胶囊主要活性成分，明确其作用靶点与信号通路，分析其治疗咳嗽变异性哮喘（CVA）多靶点、多通路的干预作用机制，阐明苏黄止咳胶囊（SH）的药效物质基础及作用机制。方法：依托于网络药理学技术与分子对接技术，从SH中筛选活性化合物，并对其通路进行分析。结果：筛选得到75个活性化合物，其中麻黄与前胡所含化合物占比最多，各为16种，其余依此为紫苏子13种、枇杷叶11种、五味子7种、牛蒡子5种、地龙4种、紫苏叶3种。
世界中医药 2022年10期2022-07-02
- 基于网络药理学及分子对接探讨半夏-藿香抗新型冠状病毒肺炎作用机制
集分析，获得分子对接证据支持。结果：半夏-藿香药对有效活性成分24个，关键靶点45个，共富集出生物过程、细胞组分和分子功能条目443条，通路103条。分子对接结果显示在半夏-藿香药对中，与3CLpro结合最好的是β-谷甾醇;与血管紧张素转换酶2结合最好的为槲皮素。结论：半夏-藿香药对关键化合物可能从结构上作用于严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）入侵及从多成分多靶点多通路抑制细胞因子风暴，广谱抗病毒、抑菌及免疫调节，干预网状激活系统起到
世界中医药 2022年10期2022-07-02
- 基于网络药理学与分子对接探讨“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性的作用机制
网络药理学和分子对接方法探讨中药“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性（AMD）的作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取中药黄芪、当归的有效成分与作用靶点，使用Uniport数据库进行基因ID的注释，在GeneCards、OMIM数据库中查找AMD的相关基因。使用Cytoscape 3.7.2将药物-关键有效成分-疾病靶点网络可视化，在String数据库平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，再利用Metascape基因本
世界中医药 2022年7期2022-06-02
- 基于分子对接技术双靶向PTP1B和GSK3β潜在活性小分子的发现
：目的 运用分子对接技术筛选出特异性作用于糖尿病双靶向PTP1B/GSK3β靶点的潜在活性小分子，为降糖药物的研究与开发提供依据和思路。方法 以PTP1B和GSK3β配体结合区域的晶体机构作为靶点，运用分子对接技术从小分子Specs和Chemdiv数据库中筛选双靶向PTP1B/GSK3β的小分子复合物的蛋白结构，删除晶体水分子，运用AutoDockTools以晶体小分子为质心定义对接的活性位点。结果 经过叠合与PTP1B/GSK3β对接打分，并进一步对潜在
健康之家 2022年11期2022-05-30
- 靶向野生型和S94A突变型Enoyl-ACP还原酶潜在活性小分子的发现
：目的 运用分子对接技术发现靶向野生型和突变型S94A Enoyl-ACP还原酶的潜在活性小分子。方法 选取野生型（WT）和S94A突变型（S94A）Enoyl-ACP还原酶蛋白作为受体，运用Autodock vina从Specs和Chemdiv商业数据库中筛选具有抗结核潜力的双靶向野生型和S94A突变型Enoyl-ACP还原酶活性小分子。结果 与野生型和S94A突变型Enoyl-ACP还原酶结合亲和力排名前2300的小分子共12个。结论：小分子AK-96
健康之家 2022年7期2022-05-30
- 基于网络药理学探讨炙甘草汤治疗心律失常的作用机制
dock在线分子对接工具对蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络中的核心蛋白与核心化合物分子进行分子对接。结果：筛选出171个化合物及4 090个靶点，得到关于心律失常疾病靶点435个;PPI结果显示，Degree值排名前6的基因分别为：INS、KCNH2、SCN5A、CAV3、GJA1、TNNI3;拓扑分析显示Degree排名前5的基因分别为：EGFR、HSPA8、NTRK1、ESR1、HSP90AA1;分子对接结果显示：炙甘草汤的大多数活性成分和关键靶点
世界中医药 2022年6期2022-05-24
- 基于网络药理学和分子对接探讨补阳还五汤治疗糖尿病脑病的作用机制
药理学方法和分子对接技术，探讨补阳还五汤有效成分治疗糖尿病脑病潜在作用机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中科院化学专业数据库筛选出补阳还五汤有效化学成分及其靶点，通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库收集糖尿病脑病靶点，运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图并通过Cytoscape 3.8.0软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用ClusterProfiler程序包进行基因本体（
世界中医药 2022年5期2022-05-22
- 基于网络药理学与分子对接探讨土茯苓治疗银屑病的作用机制
银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论：土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子（TNF）信号通路等相关靶点起到治疗寻常型银屑病的功效，本研究初步揭示了土茯苓治疗寻常银屑病的潜在活性化合物与可能作用机制。关键词 土茯苓;银屑病;网络药理学;分子对接;克银方Pharmacological Mechanism of Rhizoma Smilacis Glabrae in Treating Psoriasis Vulga
世界中医药 2022年5期2022-05-22
- 基于网络药理学及分子对接探讨杜仲叶防治骨质疏松的作用机制
網络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选，使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库、治疗靶点数据库（TTD）对骨质疏松症的对应靶标进行筛选，将中药靶基因与疾病靶基因相交集，将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络，使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质
世界中医药 2022年5期2022-05-22
- 和胃安神方治疗失眠的网络药理学和分子对接机制研究
网络药理学和分子对接研究和胃安神方（HWASF）治疗失眠的作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP），筛选出HWASF主要有效成分和各中药靶蛋白;在生物信息综合数据库（GeneCards）搜索失眠疾病靶点;利用R语言将HWASF-Insomnia靶点取交集并绘制韦恩图，上传STRING和Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图;交集靶点投射到Metascape基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KE
世界中医药 2022年5期2022-05-22
- 壮瑶药生骨汤治疗激素性股骨头缺血性坏死的临床疗效评价及网络药理学机制初探
注释，并运用分子对接技术对其进行验证。结果 （1）共纳入5篇文献，394例患者，结果提示生骨汤可显著提高临床总有效率和综合疗效评分，降低患者空骨陷窝概率。（2）网络药理学分析得到活性成分40个，共有靶点94个，关键成分为木犀草素、去甲汉黄芩素、牵牛花色素、2’-羟基染料木素、染料木素，蛋白质相互作用网络图以及关键蛋白模块图提示壮瑶药生骨汤主要通过诱导SRC、VEGFA、MMP9、PLG、MAPK14等核心靶点起到治疗作用。（3）GO、KEGG富集分析结果显
湖南中医药大学学报 2022年4期2022-04-28
- 基于传统知识调查和网络药理学的土家药天珠散增药组方抗脑卒中效益评价研究
析，最后利用分子对接方法，对新方治疗脑卒中的机制进行初步探究。结果 土家医推荐与天珠散配伍抗脑卒中的药物中，八角枫、三角风、头晕草排名靠前;对比各候选药物预测靶点与疾病靶点网络拓扑参数，确定了天珠散加头晕草为新方最佳配伍，其中天麻为主药，延龄草为帮药，头晕草可兼为帮、客、信药;新方可通过参与一氧化氮生物合成过程调控、磷酸化的正调控、对含氧化合物的反应、神经元投射维持等生物过程，对脑卒中疾病症状进行干预;分子对接结果显示，该组方成分26-chloro-26-
湖南中医药大学学报 2022年4期2022-04-28
- 基于网络药理学探讨血府逐瘀汤中川芎-赤芍药对调节血管新生的分子机制
活性成分进行分子对接。结果 获得川芎-赤芍活性成分20种，相关靶蛋白117种，川芎-赤芍调节血管新生靶蛋白72个，其中，关键活性成分为黄芩素、鞣花酸、β-谷甾醇、豆甾醇、杨梅酮、（+）-儿茶素、阿魏酸、川芎嗪等，关键靶蛋白为蛋白激酶Bα（AKT1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、白细胞介素-6（IL-6）、P53肿瘤蛋白（TP53）、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、环加氧酶2（PTGS2）、热休克蛋白90αA1（HSP90AA1）、c-fos原癌基因蛋
中国现代医生 2022年6期2022-04-23
- 基于网络药理学和分子对接探讨柴胡大黄药对防治胆石症的作用机制
網络药理学和分子对接技术初步探讨柴胡大黄药对治疗胆石症的有效物质基础及作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索柴胡、大黄的有效活性成分及潜在作用靶点;通过GeneCards、CTD、TTD数据库得出胆石症相关作用靶点。利用Cytoscape 3.7.2软件及STRING数据库构造药物与疾病共同靶蛋白质蛋白质相互作用（PPI）网络、中药成分疾病靶点PPI网络。采用DAVID 6.8数据库及R 4.0.3软件对药物与疾病共同靶点进行
世界中医药 2022年4期2022-04-03
- 基于网络药理学和分子对接探讨柴胡大黄药对防治胆石症的作用机制
網络药理学和分子对接技术初步探讨柴胡大黄药对治疗胆石症的有效物质基础及作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索柴胡、大黄的有效活性成分及潜在作用靶点;通过GeneCards、CTD、TTD数据库得出胆石症相关作用靶点。利用Cytoscape 3.7.2软件及STRING数据库构造药物与疾病共同靶蛋白质蛋白质相互作用（PPI）网络、中药成分疾病靶点PPI网络。采用DAVID 6.8数据库及R 4.0.3软件对药物与疾病共同靶点进行
世界中医药 2022年4期2022-04-03
- 整合网络药理学和分子对接技术探讨“三药三方”核心药组防治COVID-19的分子机制研究
B-Dock分子对接软件对候选成分与关键靶点进行分子对接计算和验证。结果：“三药三方”共包含中药48味，药物四气多属温、平、寒，五味多属辛、甘、平，主要归属肺、胃、脾经，最后得到“三药三方”的核心药组为麻黄、广藿香、苦杏仁、甘草和石膏。核心药组共预测得到100个化学成分和449个靶点。通过韦恩图和PPI网络分析筛选得到77个候选靶标作用于COVID-19。富集分析得到361个GO生物学过程条目和120条KEGG通路。通过对信号通路的归类，发现核心药组参与人
世界中医药 2022年2期2022-03-05
- 麻黄-葛根药对治疗糖尿病周围神经病变的药理作用
药理学平台及分子对接研究探讨麻黄-葛根药治疗糖尿病周围神经病变的分子机制。方法：首先在疾病靶点筛选数据库和中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索获取与糖尿病周围神经病变（DPN）相关的靶标基因及麻黄、葛根的活性成分;然后使用Excel查重获得药物与疾病的共同靶点，使用Cytoscape绘制蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图，对共同靶点进行基因本体（GO）富集分析，通过DAVID网站进行京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后用C
世界中医药 2022年1期2022-02-21
- 大柴胡汤治疗结石性胆囊炎的网络药理学研究及分子对接验证
网络药理学和分子对接的方法探讨大柴胡汤治疗胆囊炎（Cholecystitis）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索相关文献获得大柴胡汤所含中药的主要化学成分，收集其相对应的靶点;胆囊炎疾病靶点来源于GeneCards、在线人类孟德尔遗传（OMIM）、PharmGkb数据库。结合Cytoscape 3.8.0构建药物-核心靶点-有效成分网络、靶标蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。利用Bioconductor中的R包对核心
世界中医药 2022年1期2022-02-21
- 血府逐瘀汤治疗失眠障碍作用机制的网络药理学研究
網络药理学和分子对接的方法分析血府逐瘀汤治疗失眠障碍的有效成分、靶点及通路，探讨其作用机制。方法 检索TCMSP数据库，获取方剂各药物有效成分及靶点;在GeneCards等数据库中检索疾病相关靶点，获得方剂与疾病的交集靶点，并使用String数据库及CytoscapeV3.7.2构建疾病-药物-成分-靶点网络和核心蛋白互作网络;在Metascape平台对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析;选取核心成分与核心靶点分子对接。结果 总共得到血府逐瘀汤有效成分
云南中医中药杂志 2022年1期2022-02-05
- 基于网络药理学和分子对接探讨丹参治疗术后腹腔粘连的作用机制
.6工具进行分子对接。结果：共得到38种高胃肠道吸收的丹参活性成分及其相应的72个靶点基因，以及755个与PAA相关的靶点基因。Venn图结果显示，丹参活性成分与PAA共有33个交叉靶点。丹参酮ⅡA、二氢丹参内酯等成分可能是活性成分-PAA相关靶点网络的重要节点，FOS、APP、ACHE、CASP3、PTGS2可能是交叉靶点PPI网络的枢纽基因。GO富集结果表明，交叉靶点主要富集于肾上腺素受体活性、儿茶酚胺结合、G蛋白偶联胺受体活性等;KEGG通路富集分析
中国药房 2021年24期2021-12-30
- 基于网络药理学和分子对接研究芪金合剂治疗肾结石的作用机制
网络药理学和分子对接技术预测芪金合剂（黄芪、金钱草）治疗肾结石的作用机制及潜在靶点。方法 利用多个数据库获取药物有效成分、疾病靶点，取两者交集基因;使用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药-成分-靶点”调控网络，将交集靶基因导入STRING数据库，构建蛋白质相互作用网络;并对交集基因进行拓扑分析、GO和KEGG富集分析;将有效成分与核心基因分子对接，计算最低结合能，制作分子对接模型图。结果 获得黄芪有效成分21种，金钱草有效成分10种，黄芪作用靶点
湖南中医药大学学报 2021年12期2021-12-23
- 基于网络药理学和分子对接技术探讨桑梅止咳颗粒治疗COPD的作用机制
析;最后使用分子对接技术对有效活性成分和靶点进行验证。结果 经过筛选，桑梅止咳颗粒中的槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素等多个关键活性成分，可能通过作用于白介素6（interleukin-6， IL-6）、白细胞介素-1β（Interleukin-1 beta， IL-1β）、肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor， TNF）、髓过氧物酶（myeloperoxidase， MPO）、有丝分裂原激活蛋白激酶14（mitogen-activ
湖南中医药大学学报 2021年12期2021-12-23
- 基于网络药理学和分子对接技术探讨八珍汤治疗压疮的作用机制
药理学方法和分子对接技术探讨八珍汤治疗压疮的作用机制。方法 通过中药系统药理学技术平台（TCMSP）、UniProt、DrugBank数据库获取八珍汤中药物的活性成分及其潜在的作用靶点。借助OMIM数据库和GeneCards数据库检索压疮的相关靶点，获取药物与疾病的交集靶点并将其导入STRING数据库进行蛋白互作分析，通过Cytoscape 3.7.2软件将互作结果可视化。运用DAVID平台对交集靶点进行GO和KEGG富集分析，预测八珍汤治疗压疮的可能机制
湖南中医药大学学报 2021年12期2021-12-23
- 基于网络药理学和分子对接的感冒清热颗粒防治新型冠状病毒肺炎的作用机制
的受体，进行分子对接。结果：筛选出复方中化学成分共152个，相关靶点293个，其中与COVID-19共同作用的靶标有59个，与之对应有效成分共86个。核心靶点包括PTGS2、PTGS1、DPP4、F10、NOS2、TP53、TNF，关键成分包括β-胡萝卜素、槲皮素、芦丁、山柰酚、柚皮素、金合欢素、芦荟大黄素、葛根素、异鼠李素、芒柄花黄素、二氢血根碱和β-谷甾醇。应用GO富集分析得到42个GO条目，应用KEGG富集分析得到48条相关通路，其中包含细胞凋亡通路
世界中医药 2021年19期2021-12-16
- 基于网络药理学和分子对接的感冒清热颗粒防治新型冠状病毒肺炎的作用机制
的受体，进行分子对接。结果：筛选出复方中化学成分共152个，相关靶点293个，其中与COVID-19共同作用的靶标有59个，与之对应有效成分共86个。核心靶点包括PTGS2、PTGS1、DPP4、F10、NOS2、TP53、TNF，关键成分包括β-胡萝卜素、槲皮素、芦丁、山柰酚、柚皮素、金合欢素、芦荟大黄素、葛根素、异鼠李素、芒柄花黄素、二氢血根碱和β-谷甾醇。应用GO富集分析得到42个GO条目，应用KEGG富集分析得到48条相关通路，其中包含细胞凋亡通路
世界中医药 2021年19期2021-12-16
- 基于关键靶点及相关信号通路分析的四逆散治疗肠易激综合征分子作用机制的研究
网络药理学及分子对接方法预测四逆散治疗肠易激综合征（IBS）的分子作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选四逆散中所含药物的活性成分，应用GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库预测和筛选与IBS的相关靶点。采用Omicshare平台对药物靶点和疾病相关靶点进行匹配映射，获得关键靶点。通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络。借助Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点-疾病”网络。应用GoEast数据库对四逆散治疗IBS的关键靶
湖南中医药大学学报 2021年11期2021-11-29
- 基于网络药理学及分子对接研究参芪扶正注射液抗非小细胞性肺癌的作用机制
络药理学结合分子对接技术研究参芪扶正注射液抗非小细胞肺癌（NSCLC）的活性成分及作用机制，为临床应用提供理论依据。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（ TCMSP）获取参芪扶正注射液的活性成分及靶点，通过美国国立生物技术信息中心（NCBI）数据库获取NSCLC与正常肺组织的差异基因，并采用STRING数据库及Cytoscape构建共同靶点可视化网络图。借助DAVID数据库实现基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG） 富集分析，
世界中医药 2021年20期2021-11-29
- 基于网络药理学和分子对接探讨“杜仲-牛膝”药对治疗骨质疏松的分子机制
网络药理学和分子对接的方法探讨“杜仲-牛膝”药对治疗骨质疏松的分子机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选杜仲、牛膝含有的活性成分及作用靶点;利用GeneCards、DisGeNET和CTD数据库收集骨质疏松（OP）相关靶点基因;采用Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库进行“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的构建与分析;FunRich3.1.3软件DAVID数据库进行基因本体（GO）
世界中医药 2021年20期2021-11-29
- 基于网络药理学与分子对接探究甘草-泽泻药对治疗室性早搏的分子机制
.2软件进行分子对接。结果：共挖掘出甘草-泽泻药对相关靶点206个、PVCs相关靶点3997个，两者共有靶点159个，其中核心靶点共4个。最终富集到GO功能条目2491个，KEGG信号通路186条。将受体与配体进行分子对接，任意两者结合能均低于-7 kcal/mol，有较强的结合活性。结论：甘草-泽泻药对治疗PVCs可能是槲皮素、山柰酚、甘草酮A、柚皮素、甲素通过调控TP53、JUN、MAPK1、MAPK3等核心靶点，作用于IL-17信号通路、TNF信号通
中国药学药品知识仓库 2021年9期2021-11-08
- 基于网络药理学和分子对接探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制
網络药理学和分子对接技术，探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具（BATMAN-TCM）平台检索强力定眩片活性成分，使用Swiss Target Prediction数据库，对活性成分进行靶点预测。通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）得到高血压相关靶点，整合药物靶点和疾病靶点，获取交集靶点。使用Cytoscape软
世界中医药 2021年17期2021-09-28
- 基于生物信息学及分子对接研究温阳振衰颗粒治疗慢性心力衰竭的潜在分子机制
信息學方法及分子对接技术预测温阳振衰颗粒治疗慢性心力衰竭（chronic heart failure， CHF）的活性成分、作用靶点及相关生物学途径。方法 利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选温阳振衰颗粒的活性成分及药物潜在靶点，应用GeneCards、PharmGkb、TTD、DrugBank平台检索CHF的疾病靶点，采用Cytoscape 3.7.0软件构建“成分-靶点”网络图，运行STRING平台进行靶蛋白相互作用（protein-prot
湖南中医药大学学报 2021年9期2021-09-23
- 基于网络药理学及分子对接探讨骨碎补-补骨脂药对治疗骨转移癌痛的作用机制
網络药理学及分子对接技术探讨骨碎补-补骨脂治疗骨转移癌痛的作用机制。方法 通过文献查找、TCMSP 数据库及BATMAN-TCM数据库获取骨碎补-补骨脂的活性成分及其对应的靶点，通过GeneCards数据库获得骨转移癌痛相关的靶点，利用Venn在线软件获取“化合物-疾病”共同靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-化合物-靶点-疾病”网络图，使用STRING数据库绘制核心靶点PPI网络，利用DAVID对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集
湖南中医药大学学报 2021年9期2021-09-23
- 基于网络药理学和分子对接探讨熊果酸治疗骨质疏松的分子机制
.2软件进行分子对接。结果：共挖掘出熊果酸相关靶点基因55个、OP相关靶点基因4 273个，两者共有靶点基因44个。上述共有靶点基因的PPI网络共包含节点44个、边513条，平均节点度值为23.3;核心靶点基因共24个，包括VEGFA、TP53、IL6、CASP3等。共富集到GO功能条目340个（校正后P值小于0.05），其中生物过程263个（涉及凋亡过程的负调控等）、分子功能25个（涉及蛋白质结合等）、细胞组分52个（涉及胞质溶胶等）;共富集到KEGG信
中国药房 2021年17期2021-09-22
- 基于网络药理学探讨秦七风湿方治疗类风湿性关节炎的作用机制
网络药理学;分子对接;作用机制Mechanism of Qinqi Fengshi Formula for the Treatment of Rheumatoid Arthritis by Network PharmacologyYAO Zhuoru1，2，LIU Hongbo1，2，TANG Zhishu1，2，SONG Zhongxing1，2，RUAN Kaihua1，2，XU Sining1，2，YU Jingao1，2，LIU Shijun1，2
世界中医药 2021年16期2021-09-18
- 基于网络药理学和分子对接技术探讨药对赤芍-牡丹皮治疗银屑病的作用机制
網络药理学和分子对接技术研究赤芍-牡丹皮药对治疗银屑病的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库检索赤芍-牡丹皮的化学成分及其相关靶点，利用DisGeNET数据库检索银屑病相关靶点，通过Venny 2.1.0映射得到赤芍-牡丹皮治疗银屑病的交集靶点，利用STRING数据库及Cytoscape3.7.1构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI），利用R语言进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分
世界中医药 2021年14期2021-09-13
- 基于网络药理学及分子对接探讨交泰丸治疗心律失常的作用机制
网络药理学及分子对接分析交泰丸治疗心律失常的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）与BATMAN数据库检索黄连、肉桂的活性成分和靶基因，利用GeneCards数据库检索得到与心律失常相关的靶基因，采用Cytoscape软件绘制交泰丸的“活性成分-作用靶点”网络图，采用STRING数据库构建交泰丸治疗心律失常的蛋白质-蛋白质相互作用（Protein Protein Interaction，PPI）网络图，将PPI网络图导入Cytos
世界中医药 2021年13期2021-08-26
- 基于网络药理学和分子对接探讨桃红四物汤治疗类风湿关节炎的作用机制
网络药理学和分子对接技术探讨桃红四物汤治疗类风湿关节炎的作用机制，为临床应用提供理论依据。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索桃红四物汤的有效成分及作用靶点，通过GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb、DrugBank数据库收集疾病相关靶点。运用Cytoscape 3.6.1软件构建“化合物-靶点”网络，借助STRING平台构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，并使用Cytoscape对网络进行拓扑分析，获
世界中医药 2021年12期2021-08-23
- 基于网络药理学探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制
网络药理学和分子对接方法探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）搜索四逆散中中药的活性成分与作用靶点，利用GeenCard、OMIM数据库搜索功能性消化不良的疾病靶点，利用R语言取得药物与疾病的共同靶点，通过Cytoscape3.7.2构建药物-疾病靶点网络，利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图，通过DAVID进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富
世界中医药 2021年10期2021-08-11