高通量测序
- 不同水曲柳褐斑病病级叶片的微生物多样性
叶片，采用高通量测序技术，测定并分析水曲柳叶片微生物群落结构和物种组成。3组样品感病前后共得到1 026个真菌分类操作单元（Operational Taxonomic Unit ，OUT）及322个细菌OUT。在细菌中，变形菌门和放线菌门为优势菌门；鞘氨醇单胞菌属、醋酸杆菌属、短根瘤菌属等为主要优势属。在真菌中，担子菌门和子囊菌门为优势菌门；维希尼克氏酵母属、壳针孢属、汉纳酵母属为优势菌属。3组样品细菌多样性及群落结构无明显差异，真菌多样性及群落结构差异性
森林工程 2024年1期2024-01-19
- 利用高通量测序检测新疆野苹果上的病毒
疆野苹果；高通量测序；苹果茎沟病毒新疆野苹果Malus sieversii又名赛威氏苹果，是珍贵的野生种质资源，集中分布在我国新疆伊犁的巩留县、新源县和霍城县的野果林中。近年来，新疆野苹果的保护逐渐引起了人们的重视。然而，目前新疆野苹果上植物病毒的侵染情况仍不清楚。苹果褪绿叶斑病毒（apple chlorotic leaf spot vi-rus，ACLSV）、苹果茎沟病毒（apple stem groovingvlrus，ASGV）、苹果茎痘病毒（app
植物保护 2023年6期2023-12-28
- 阿尔泰银莲花根际土壤微生物多样性研究
MiSeq高通量测序技术对野生和栽培阿尔泰银莲花根际土壤微生物的群落组成和多样性进行探究。结果表明：（1）野生阿尔泰银莲花根际土壤的真菌多样性显著高于栽培阿尔泰银莲花（P<0.05），而细菌多样性差异不显著（P>0.05）；NMDS分析结果显示，野生和栽培阿尔泰银莲花根际土壤真菌群落结构差异更显著。（2）细菌9 566个可操作分类单元（OTUs）涉及39门127纲315目500科886属，真菌2 670个OTUs涉及15门57纲138目293科597属。在
广西植物 2023年8期2023-09-21
- 不同连作年限栝楼根际土壤微生物群落多样性分析
真菌ITS高通量测序。土壤理化性质测定结果表明，与连作2年的栝楼根际土壤样本相比，连作4年的栝楼根际土壤样本中有机碳含量下降；与对照土壤样本和连作2年的栝楼根际土壤样本相比，连作4年的栝楼根际土壤样本阳离子交换量（CEC）下降，说明土壤保肥能力已下降。细菌群落α多样性分析结果显示，栝楼连作对细菌群落的影响相对较小。细菌群落结构分析结果表明，与对照土壤样本相比，栝楼连作根际土壤中一些具有重要功能的细菌门相对丰度下降。与对照土壤样本相比，连作2年和连作4年的栝
江苏农业学报 2023年5期2023-09-19
- 基于高通量测序的磷石膏上芒草内部细菌多样性分析
，等.基于高通量测序的磷石膏上芒草内部细菌多样性分析[J].南方农业，2023，17（11）：25-29.摘 要 为了探究磷石膏堆渣上野生芒草（Miscanthus Sinensis）植株及种子内部微生物组成情况，给今后磷石膏堆渣无害化处理、利用提供一定的依据，以贵州省开阳县露天磷石膏堆场上生长芒草植株及种子为试验材料，通过高通量测序技术分析芒草植株及种子内部微生物多样性。结果共获得123 363条有效序列，通过聚类获得274个OTUs，属于17个门42个
南方农业·上旬 2023年6期2023-09-03
- 农药使用对土壤微生物多样性的影响研究
本研究采用高通量测序技术分析不同农药使用条件下土壤微生物群落结构变化。结果表明，农药使用导致土壤微生物多样性降低，功能丰富度减少，群落结构发生改变。尤其是在长期、大量使用农药情况下，对土壤微生物造成不可逆的破坏。研究还发现，合理使用农药和采用生物农药可以降低对土壤微生物多样性的影响，从而保护土壤生态系统。关键词：农药使用；土壤微生物多样性；高通量测序；群落结构；生态系统保护引言：农业生产中广泛使用农药以确保高产，但对环境和生态系统产生的潜在影响越来越受到关
吉林蔬菜 2023年3期2023-08-28
- 红豆杉健康与感叶枯病针叶内生微生物多样性
Miseq高通量测序技术来探究人工林与天然林东北红豆杉（Taxus cuspidata）健康针叶与感叶枯病的病葉之间内生真菌和细菌群落结构的差异。结果表明，红豆杉针叶感病前后真菌的OTU （Operational Taxonomic Units）变化较小，细菌的OTU变化较大，天然林比人工林具有更多的真菌OTU数，细菌OTU数差距较小。4组样品中共有相同的真菌OTU 9个，占真菌OTU 总数的9.37%，4组样品中共有相同的细菌OTU 34个，占细菌OTU
森林工程 2023年4期2023-08-08
- 菌肥对设施芹菜产量及土壤细菌群落结构的影响
vaSeq高通量测序技术，分析“1 500 kg·hm-2化肥（CK）”“1 500 kg·hm-2微生物菌肥+750 kg·hm-2化肥（T1）”“3 000 kg·hm-2微生物菌肥+750 kg·hm-2化肥（T2）”三个处理对土壤细菌群落结构多样性的影响，从而探寻适宜的菌肥量。结果表明，从Chao1指数和Shannon指数看出，T1和T2处理对土壤细菌丰度和多样性具有一定程度的抑制作用，且T1处理更明显；从PCA分析可知，T1、T2处理与CK处理间
南方农业·上旬 2023年5期2023-07-30
- 抗病和感病香蕉品种根系内生细菌群落结构与多样性
NA，利用高通量测序技术对香蕉根系内生细菌16S rRNA基因V3～V4区进行测序分析，通过Fastp和Flash软件对原始测序序列进行质控、拼接，利用RDP classifier和Silva数据库对序列进行比对、注释，采用Excel 2010对数据进行整理统计，运用DPS 7.0进行差异显著性分析。【结果】随着香蕉的生长发育和枯萎病的越发严重，抗病品种中蕉9号在生长过程中相对感病品种威廉斯B6表现出极显著（P0.05）。2个品种根系细菌群落在发病初期和严
南方农业学报 2023年2期2023-07-22
- 哈茨木霉对商洛烟区植烟土壤细菌多样性的影响
处理，通过高通量测序技术探究施用哈茨木霉对各处理土壤细菌多样性、菌落结构及理化指标的影响。结果表明，哈茨木霉菌剂的施用降低了土壤细菌群落结构的α多样性指数，与常规施肥相比，增加了放线菌门（11.06％）的丰度，减少了变形菌门（4.03％）、绿弯菌门（2.28％）及酸杆菌门（1.71％）的丰度，土壤全氮和速效钾含量显著提高，分别提高14.2％和37.1％。表明在植烟土壤中施加哈茨木霉菌肥可进一步优化植烟土壤细菌群落结构，提高土壤肥力。关键词：木霉；根际土壤；
安徽农业科学 2023年6期2023-07-04
- 黑老虎内生真菌及根际土壤真菌的群落结构与生态功能分析
采用ITS高通量测序技术对成熟黑老虎（根、茎、叶）内生真菌及根际土壤真菌群落结构、多样性和生态功能进行了分析。结果表明：（1）从12个样品中共获得2 241个可操作分类单元（OTU），涉及10门、41纲、95目、212科、367属，内生真菌（根、茎、叶）和根际土壤真菌OTU数分别为386、536、258、1 435个，其中共有的OTU为18个。在门水平上，黑老虎内生真菌及根际土壤真菌优势群落均为子囊菌门和担子菌门，其中子囊菌门在叶和茎中占比分别高达96.9
广西植物 2023年5期2023-06-18
- 基于高通量测序分析高粱紫斑病叶片的微生物组成及多样性
采用ITS高通量测序（扩增子测序）技术对已感染紫斑病（A和B）和未感染紫斑病（CK）的高粱叶片进行检测，以明确其真菌的群落组成及多样性。结果表明：高粱紫斑病病叶中真菌菌群组成丰富，总共检出820种真菌，3个样品共同拥有的为155种，所有菌群分属于9门29纲60目122科和206属。3份样品Shannon指数分别为3.98、4.67、4.11，按大小排序为B>CK>A。同时，含量排名靠前的属之间亲缘关系比较复杂，且没有出现前人报道的高粱尾孢 Cercospo
山地农业生物学报 2023年2期2023-06-14
- 镇巴腊肉生产过程中微生物组成及多样性变化
要：基于高通量测序技术，对镇巴腊肉加工过程不同阶段的微生物种群组成进行鉴定和分析，同时对细菌表型及相关功能进行预测。结果表明：镇巴腊肉生产加工过程中，真菌丰度大于细菌丰度，并随着发酵时间及加工工艺变化，微生物群落存在明显的演替；镇巴腊肉中丰度最高的细菌为厚壁菌门（Firmcutes）和变形菌门（Proteobacteria），优势细菌属随着加工步骤推进由原料肉样品中的大肠-志贺氏菌属演替为腌制时期和熏制时期的葡萄球菌属（Staphylococcus）、嗜
肉类研究 2023年5期2023-06-11
- 广西喀斯特地区毛唇芋兰根内与根际土壤真菌群落组成分析
MiSeq高通量测序技术，分析了大新（DX）和龙州（LZ）两个样地（简称两地）毛唇芋兰根内和根际土壤的真菌组成。结果表明：（1）两地的毛唇芋兰根内和根际土壤真菌多样性很丰富，根际土壤真菌多样性均高于根内，主根的真菌多样性高于走茎。（2）通过测序共获得有效序列118 040条，207个可操作分类单元（OTUs）涉及8门19纲42目86科123属。（3）担子菌门（Basidiomycota）真菌是两地毛唇芋兰根内真菌的共同优势菌群，涉及胶膜菌科（Tulasne
广西植物 2023年3期2023-05-30
- 甘蔗植株茎部内生细菌群落组成对不同配方缓释肥的响应
内生细菌；高通量测序中图分类号：S566.1 文献标识码：A甘蔗（Saccharum officinarum L.）作为一种重要的糖料作物，在世界各地被用作生物燃料和可再生生物能源[1]。中国是世界第三大甘蔗生产国，自1993 年以来，广西一直是中国最大的甘蔗生产和制糖省份[2]。由于甘蔗的生育期长达一年以上，使用常规化肥（尿素等）和复合肥等化学肥料，需要在7 月前再追肥2～3 次才能满足甘蔗的生长需求[3]。同时，甘蔗仅追施常规化学肥料，会导致甘蔗生长后
热带作物学报 2023年3期2023-05-30
- 珍稀野生大王杜鹃根际土壤细菌群落结构分析
群落结构：高通量测序中图分类号：S685.21：Q938.1 文献标识号：A 文章编号：1001-4942（2023）03-0095-06杜鹃属（Rhododendron L.）是杜鹃花科（Eri-caceae）最大的一个属，杜鹃属植物通常被称为杜鹃花，目前全世界约有千余种，广泛分布于亚洲、欧洲和北美洲，主产东亚和东南亚地区。我国拥有最为丰富的野生杜鹃花资源，西南地区更是杜鹃花多样化和多度中心，约有410种，但由于分布狭窄、生境遭受破坏、种群繁衍困难等原因
山东农业科学 2023年3期2023-05-30
- 新生儿基因筛查在遗传性疾病中的应用进展
快速发展，高通量测序（next generation sequencing，NGS）等基因检测技术在遗传性疾病筛查诊断领域有极高的应用价值，特别是在新生儿疾病防治方面。新生儿基因筛查旨在早期发现新生儿患遗传性疾病风险，为临床诊断和治疗提供依据。本文综述新生儿基因筛查作为一级筛查在基因表型明确的单基因遗传性疾病（遗传性耳聋、脊髓性肌萎缩症、地中海贫血、原发性免疫缺陷及进行性假肥大性肌营养不良等）中的应用、作为二级筛查联合生化筛查在遗传代谢性疾病中的应用及其在
中国现代医生 2023年9期2023-05-26
- 澳洲坚果种植地土壤固氮微生物群落结构和多样性
qPCR和高通量测序技术对固氮相关基因（nifH）进行检测，探究农业果园经营形式下土壤固氮微生物的群落结构、多样性及其影响因素。结果表明，种植地pH值在5.0左右，属于典型的酸性土。综合分析发现，澳洲坚果园种植地带养分含量明显升高，并且种植区域养分含量也存在较大差异，说明土壤肥力分布不均。与未种植区域相比，种植区域固氮细菌（相关基因nifH）群落丰富度和多样性指数均呈下降趋势。变形菌门（Proteobacteria）为含nifH基因的固氮细菌群落优势菌门，
江苏农业科学 2023年8期2023-05-23
- 基于高通量测序的黑柄乳菇菌塘细菌多样性分析
对象，采用高通量测序技术，结合生物信息学对来自于黔西南州不同地区的5个菌塘土壤的细菌组成及丰度进行研究。结果表明：黑柄乳菇菌塘菌群分属于9个门27个属，菌塘中主要门有变形菌门、酸杆菌门、放线菌门和浮霉菌门;主要属有伯克氏菌属、缓生根瘤菌属、Gp1、Gp2、Gp3、假单胞菌属和WPS-1 genera incertae sedis。五个采集点菌塘中的菌群丰富，多样性指数水准高，但因各个菌塘生境不同使得每个菌塘的优势菌属丰度有差异。关键词 黑柄乳菇;菌塘;高通
南方农业·上旬 2022年6期2022-07-07
- 冷藏小龙虾优势腐败菌的筛选鉴定及细菌群落结构和多样性分析
属水平上，高通量测序法最终确定气单胞菌属（Aeromonas sp.）及希瓦氏菌属（Shewanella sp.）是小龙虾腐败末期相对丰度最大的2 种优势腐败菌;同时，高通量测序结果表明，随着贮藏时间的延长，小龙虾微生物群落丰富度、多样性及均匀度不断下降，这与腐败末期优势腐败菌的大量增长及生长繁殖过程中抑制其他种类微生物有关。关键词：冷藏小龙虾;优势腐败菌;传统培养基法;高通量测序;微生物多样性Screening and Identification of
肉类研究 2022年6期2022-07-06
- 高通量测序技术分析鸭皮中耐热菌群
周，通过高通量测序分析鸭皮的微生物多样性情况。结果表明：60 ℃热处理的鸭皮中主要菌属为假单胞菌属（33.52%）和不动杆菌属（18.55%），70 ℃热处理的鸭皮中主要菌属为不动杆菌属（18.46%）、狭义厌氧梭菌属18（12.41%）、变形杆菌属（11.04%）、假单胞菌属（10.17%）、狭义厌氧梭菌属7（8.62%），80、90 ℃热处理的鸭皮中优势菌属为狭义厌氧梭菌属18，相对丰度分别为63.04%和84.11%，100 ℃热处理组优势菌属为芽
肉类研究 2022年5期2022-06-28
- 天然东北红豆杉林土壤细菌多样性研究
要：利用高通量测序方法研究不同林龄的东北红豆杉林根际及非根际土壤细菌多样性，同时测定土壤养分（总有机质、全氮、全磷及全钾）含量。通过对土壤细菌多样性及其与土壤养分之间关系的研究，得到红豆杉林根际与非根际土壤微生物的结构和土壤养分因子对土壤微生物多样性的影响等信息，从而对天然东北红豆杉的保护提供理论支持。结果表明，东北红豆杉不同林龄之间、根际与非根际之间土壤肥力均差异显著（P关键词：东北红豆杉;高通量测序;土壤养分;土壤微生物;细菌多样性中图分类号：S71
森林工程 2022年3期2022-06-15
- 基于高通量测序的带鱼肌肉组织转录组微卫星信息分析
目的】通過高通量测序平台对带鱼肌肉组织进行转录组测序，从海量数据中查找微卫星（SSR）位点并进行生物信息学分析，为科学制定带鱼种质资源保护对策和管理措施提供参考依据。【方法】基于Illumina HiSeqTM 2500高通量测序平台对采自浙江舟山近海的带鱼肌肉组织进行转录组测序，经FastQC和Trimmomatic进行数据质量评估和过滤后，使用Trinity组装、去冗余得到Unigenes，再运用Micro-Satellite（MISA）挖掘SSR信息
南方农业学报 2022年3期2022-06-15
- 鼠茅草套种对不同林龄油茶根际土真菌群落的影响
根际土进行高通量测序。结果发现：覆草条件下的根际土微生物多样性更丰富，且50年生及以上林龄的根际土真菌群落多样性指数更高。在科水平上优势菌三形菌Trimorphomycetaceae在10～15年林龄的相对丰度最高;在属水平上优势菌三形菌属Saitozyma在10～15年林龄的相对丰度最高。在油茶根际土真菌群落及林龄相关性分析中陆生壶菌科Terramycetaceae相对丰度与3～5年林龄阶段正相关性最强;锥梗菌科Dissoconiaceae相对丰度与10
福建农业科技 2022年3期2022-05-18
- 不同种植模式下凤丹根际微生物群落结构和多样性分析
样性，采用高通量测序技术对采自榉树（Zelkova serrata）下种植（ZS）、娜塔栎（Quercus nattallii）下种植（QS）、露天种植（OS）的凤丹根际以及空白土壤（CK）样品土壤细菌和真菌进行测序。结果显示，与空白土壤相比，种植凤丹提高了根际微生物群落的丰富度和多样性，不同种植模式下凤丹根际微生物群落结构有所差异。3种种植模式下细菌的优势菌门均为变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、放线菌门（
江苏农业学报 2022年2期2022-05-16
- 基于16S rDNA高通量测序研究针灸对克罗恩病大鼠肠道菌群的调节作用
rDNA高通量测序并对进行物种相对丰度、alpha多样性和基因功能代谢预测分析等。结果：隔药饼灸组和电针组大鼠结肠组织病理学评分显著低于模型组（P<0.01）。与正常组比较，模型组拟杆菌门、放线菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、紫单胞菌科、普雷沃菌科、拟杆菌科、普雷沃菌属等的相对丰度升高，厚壁菌门、变形菌门、梭菌纲、梭菌目、毛螺菌科、瘤胃菌科、乳酸杆菌属等的相对丰度降低;在经过隔药饼灸和电针治疗后，上述大多数微生物相对丰度均有不同程度改善。与正常组比较，模型组肠
世界中医药 2022年3期2022-03-25
- 接种乳酸菌发酵剂对风干肠成熟过程中微生物群落动态变化及感官品质的影响
rDNA高通量测序分析，并对风干肠成品（成熟12 d）进行感官评定。结果表明：随着成熟过程的进行，样品乳酸菌数、菌落总数、肠杆菌科数、假单胞菌数和葡萄球菌数整体呈先升高后降低的变化趋势，SHI、WBL组的乳酸菌在肉馅中能够快速生长繁殖，WBL组能显著降低风干肠的菌落总数、肠杆菌科数和假单胞菌数（P关键词：乳酸菌发酵剂;风干肠;菌群结构;高通量测序;感官品质Effects of Inoculating Lactic Acid Bacterial Start
肉类研究 2022年2期2022-03-19
- 温度对克氏原螯虾肠道菌群结构的影响
要： 采用高通量测序技术，利用16S rRNA序列信息，研究了不同养殖温度条件下克氏原螯虾肠道菌群的多样性。测序结果显示：15 ℃、19 ℃、23 ℃、27 ℃、31 ℃养殖水温下，变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门为肠道主要菌门，丛毛单菌属和鞘脂单胞菌属为主要菌属。养殖水温不同，肠道优势菌群所占比例不同，丛毛单菌属在水温 15 ℃处理组占比最高，鞘脂单胞菌属19 ℃处理组占比最高。Alpha多样性分析结果显示， 23 ℃处理组克氏原螯虾肠道菌群Simpson指
江苏农业学报 2022年1期2022-03-16
- 连作烟田健株与感染根腐病烟株根际土壤细菌群落多样性研究
。关键词：高通量测序;连作烟田;细菌群落;冗余分析;根际土壤;多样性分析中图分类号： S154.36;S154.37文献标志码： A文章编号：1002-1302（2022）04-0198-07收稿日期：2021-05-26基金项目：国家自然科学基金（编号：32060445、41807524）;云南省自然科学基金（编号：202001AU070114）;广西中烟工业有限责任公司科技项目（编号：GXZYCX2019b004）。作者简介：敖金成（1984—），男，
江苏农业科学 2022年4期2022-03-11
- 灰肉红菇与其相似类群子实体下土壤真菌多样性探究
对象，采用高通量测序技术，明确土壤真菌的多样性及群落组成、优势类群及其功能。结果表明，H、JH、FH、DZ子实体下土壤真菌均匀度相似，但H丰富度最高，红菇属（H、JH、FH）土壤真菌的丰富度高于乳菇属（DZ）;H、JH、FH、DZ共有OTUs 463个，H特有121个;门水平上，H子实体下土壤真菌中子囊菌门与担子菌门丰度较JH、FH、DZ高，DZ与H、JH、FH在球囊菌门、芽枝霉门丰富度上呈极显著差异;属水平上，H子实体下土壤真菌红菇属、丝盖伞属丰度较JH
热带作物学报 2022年2期2022-03-07
- 健康与患根腐病草莓根际•非根际与根内古菌群落多样性
MiSeq高通量测序技术，分别对根际土壤、非根际土壤及根内古菌16S rRNA基因的V3～V4区进行扩增并测序，分析健康与患根腐病草莓不同部位古细菌群落结构与多样性。[结果]健康组共鉴定出11个门、19个纲、25个目、29个科、43个属，患根腐病组共鉴定出11个门、20个纲、27个目、32个科、47个属。门水平上，所有土壤样品的优势古菌门均为奇古菌门（Thaumarchaeota）、广古菌门（Euryarchaeota）和乌斯古菌门（Woesearchae
安徽农业科学 2022年2期2022-02-19
- 基于高通量测序的白木香结香部位真菌多样性研究
对象，基于高通量测序方法，分析2个不同区域生境中4个品种白木香结香部位真菌群落结构多样性及分布规律，结合不同品种的结香特性，进一步挖掘与白木香结香显著相关的真菌类群，促进结香技术的提升。结果表明：相同生境条件下，同种白木香不同高度结香位点真菌组成结构非常相似，但不同真菌的丰度存在差异;不同区域生境下，相同品种结香部位真菌群落组成结构存在显著差异，生境差异可能是导致结香部位真菌群落结构差异的主要因素之一;同一区域生境下，不同品种白木香结香部位的真菌群落结构存
热带作物学报 2021年11期2021-12-23
- 基于转录组学的川芎嗪改善增生性瘢痕机制研究
;转录组;高通量测序;增生性瘢痕中图分类号 R 285 文献标识码 A文章编号 0517-6611（2021）23-0133-04doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2021.23.036The Mechanism of Tetramethylpyrazine in Improving Hypertrophic Scar Based on TranscriptomicsWANG Ting1，WU Dong-zhi2，WU Xue2（
安徽农业科学 2021年23期2021-12-18
- 蚯蚓粪有机肥对土壤微生物群落的影响
土壤，利用高通量测序技术研究添加了不同量蚯蚓粪有机肥的土壤中细菌和真菌多样性以及群落结构。结果表明，土壤细菌的OTU（运算的分类单位）数目随着蚯蚓粪有机肥的添加而增加，添加蚯蚓粪有机肥提高了真菌OTU数，但添加量和提高幅度没有明显趋势。同时，蚯蚓粪有机肥提高了土壤中细菌和真菌的多样性，提高幅度较高的处理分别为E20、E10。此外，从主成分分析可以看出，蚯蚓粪有机肥的施加改变了土壤真菌和细菌的群落结构。从门水平看，细菌主要菌群的丰度没有发生显著的变化，而真菌
江苏农业科学 2021年20期2021-11-19
- 玉米抗感粗缩病重要miRNA及其靶基因的诠释
摘要：借助高通量测序和生物学分析手段，筛选不同抗性品种间的差异表达miRNA，预测相关靶基因。对玉米抗、感粗缩病不同种质材料高通量测序鉴定出的差异miRNA的靶基因，在Genome、Gene Ontology等生物信息数据库中进行比对，同时做GO（Gene Ontology，简称GO）、京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，简称KEGG）富集性分析。从某些相关差异miRNA的靶基因及其作用
江苏农业科学 2021年20期2021-11-19
- 基于高通量测序的中国水仙根际土壤微生物群落组成
Miseq高通量测序技术对水仙根际土壤微生物样品的保守基因区进行测序及生物信息学分析，阐明中同水仙根际土壤的细菌、真菌和^菌群落结构组成，并对水仙根际土壤微生物的优势菌属进行深入分析。【结果】共获得优化序列175840条，基于97%序列相似度，聚类为2 680个OTUs。优势细菌类群是绿弯菌门Chloroflexi（ 30.86%）和变形菌门Proteobacteria（20.67%），真菌以子囊菌门Ascomycota（84.94%）为主，属水平上球毛壳
福建农业学报 2021年8期2021-11-15
- 高通量测序分析根结线虫对马铃薯根际土壤真菌群落多样性的影响
方法】通过高通量测序技术、土壤性质测定及生物信息学技术分析感染根结线虫马铃薯和健康马铃薯根际土壤真菌群落多样性差异。【结果】从6个土壤样品中共获得3界12门34纲77目171科332属526种的土壤真菌。对物种多样性指数分析后，发现感染根结线虫马铃薯病株与健康马铃薯植株的根际土壤真菌群落多样性和土壤性质均存在显著性差异。对6个样品进行物种组成分析后，在门水平中，感病植株根际土壤真菌Basidiomycota丰度较健康植株根际土壤真菌丰度高，Ascomyco
福建农业学报 2021年8期2021-11-15
- 高通量测序分析根结线虫对马铃薯根际土壤真菌群落多样性的影响
方法】通过高通量测序技术、土壤性质测定及生物信息学技术分析感染根结线虫马铃薯和健康马铃薯根际土壤真菌群落多样性差异。【结果】从6个土壤样品中共获得3界12门34纲77目171科332属526种的土壤真菌。对物种多样性指数分析后，发现感染根结线虫马铃薯病株与健康马铃薯植株的根际土壤真菌群落多样性和土壤性质均存在显著性差异。对6个样品进行物种组成分析后，在门水平中，感病植株根际土壤真菌Basidiomycota丰度较健康植株根际土壤真菌丰度高，Ascomyco
福建农业学报 2021年8期2021-11-15
- 木薯根域AMF群落结构特征及多样性研究
培养，利用高通量测序平台进行真菌扩增子测序，分析不同处理木薯根域AMF类群组成和多样性差异。结果表明，木薯根域土壤AMF主要为球囊霉属（Glomus）、无梗囊霉属（Acaulospora）、盾巨孢囊霉属（Scutellospora）、类球囊霉属（Paraglomus）和双型囊霉属（Ambispora）。优势属为球囊霉属和无梗囊霉属。两种土质各处理AMF属水平上无显著差异，种水平分布受土壤质地及根袋的影响，粘土AMF多样性（Simpson指数）高于砂质壤土。
农业研究与应用 2021年4期2021-11-12
- 有机肥对香蕉枯萎病及土壤主要理化性质和微生物群落的影响
NA，采用高通量测序技术，结合生物信息学分析，解析施用有机肥后香蕉根际土壤细菌和真菌群落结构组成及多样性的变化。【结果】施用有机肥提高了土壤pH值（14.85%）、全氮（25%）和全磷（19.04%）的含量，降低土壤全铁含量（2.62%），香蕉枯萎病发病率下降了75%。和对照相比，子囊菌门（Ascomycota）与壶菌门（Chytridiomycota）的相对丰度分别提高了43.84%和90.64%，变形菌门（Proteobacteria）的相对丰度则降低
福建农业学报 2021年7期2021-11-12
- 基于高通量测序技术分析不同耕作方式下水稻根际土壤真菌多样性
对象，采用高通量测序技术分析了真菌群落结构和多样性，并结合土壤环境因子进行相关性分析。结果表明：3种耕作处理水稻根际土壤中优势菌门为子囊菌门、接合菌门、担子菌门和球囊菌门，优势菌属为镰刀菌属、被孢霉属、Pyrenochaetopsis、柄孢壳属、毛壳菌属、支顶孢属、隐球菌属、Westerdykella、顶囊壳属、绿僵菌属。接合菌门和被孢霉属、支顶孢属、隐球菌属、顶囊壳属真菌相对丰度在不同处理间差异显著。Alpha多样性指数分析显示，3种耕作处理间无显著差异
热带作物学报 2021年9期2021-11-08
- 南方果园蚁巢土壤微生物群落结构特征分析
对象，采用高通量测序技术，分析蚁巢和非蚁巢土壤微生物群落的结构特征。【结果】蚂蚁筑巢虽然对果园土壤微生物多样性及丰富度无显著影响（P>0.05），但明显改变了果园土壤中细菌和真菌群落的组成与占比。蓝细菌门（Cyanobacteria）和WPS-2细菌是蚁巢土壤特有的优势细菌门，但缺失了芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和疣微菌门（Verrucomicrobia）等非蚁巢土壤中拥有的优势细菌门类;同时，与非
南方农业学报 2021年6期2021-10-09
- 外源添加木质素对农田土壤微生物的影响
量PCR和高通量测序等技术，研究木质素对土壤微生物的影响，对微生物的群落组成及多样性进行分析。[结果]定量PCR结果表明，木质素的加入减少了细菌16S rRNA基因丰度，且显著降低了真菌18S rRNA基因丰度。高通量测序结果显示，Alpha多样性分析上，细菌的空白对照多样性指数均高于木质素处理，真菌则相反，但均未达显著水平;PCoA分析表明，木质素的加入对细菌和真菌群落均产生了显著影响，不同处理间的群落结构差异较大。在门水平上对微生物群落组成分析表明，木
安徽农业科学 2021年18期2021-09-27
- 接种2种不同促生菌对番茄根菌群结构及多样性的影响
V7可变区高通量测序的方法，分析2种不同促生菌在植物根内定植情况及其对生长得到促进的植物根内生菌菌群结构和多样性的影响。结果显示：接种2株促生细菌之后，这2株促生菌在生长得到促进的植物根内的定植量无显著变化，说明促生菌接种的促生长作用并非是通过接种促生菌的定植量增加而实现。且经2种不同促生菌分别接种处理后生长得到促进的番茄根内生菌物种丰富度（Chao1指数）以及细菌多样性（Shannon指数）相对于对照以及相互之间均没有显著差异性（P>0.05），表明这2
福建农业科技 2021年6期2021-09-12
- 莠去津对谷子农田土壤微生物群落结构的影响
HiSeq高通量测序技术，分析莠去津胁迫下土壤微生物群落结构变化。由α多样性指数分析可知，莠去津降低了土壤微生物的丰富度和群落多样性，喷洒浓度越高，丰度和多样性越低;在黄土高原谷子种植区，土壤真菌主要门类为子囊菌门（Ascomycota）、接合菌门（Zygomycota）、担子菌门（Basidiomycota）、壶菌门（Chytridiomycota）、球囊菌门（Glomeromycota）;土壤细菌主要门类为变形菌门（Proteobacteria）、酸杆
江苏农业科学 2021年16期2021-09-11
- 临淄地区孕期女性耳聋基因筛查及耳聋基因出生缺陷干预
NA，使用高通量测序技术检测18个耳聋基因的100个位点。结果本次筛查共发现24例耳聋基因突变，突变携带率为7.95%。其中单基因杂合突变为23例，GJB2基因突变携带者12例，携带率3.97%;SLC26A4基因突变携带者11例，携带率3.64%;另有SLC26A4：IVS7-2A>G纯合突变1例。结论临淄地区孕期女性耳聋基因突变率较高，应积极开展检测以降低听障儿童的出生率。关键词：孕期女性;耳聋基因;产前;高通量测序遗传性耳聋是指由于基因和染色体异常所
医学前沿 2021年8期2021-09-10
- 应用高通量测序分析常温贮藏吴山贡鹅的细菌多样性
养技术结合高通量测序技术对常温贮藏吴山贡鹅的菌群结构进行分析，研究吴山贡鹅微生物群落的变化以及导致吴山贡鹅腐败的微生物分布。结果表明：吴山贡鹅贮藏期间pH值呈现先上升后下降的趋势，菌落总数则呈现上升的趋势，贮藏末期吴山贡鹅中菌落总数、乳酸菌、大肠杆菌和假单胞菌的数量分别达到5.76、5.21、2.13、2.96 （lg（CFU/g））;高通量测序分析表明，在门水平上，贮藏初期和中期，吴山贡鹅中的优势菌门均为变形菌门，其相对丰度分别达到88%（初期）和87%
肉类研究 2021年4期2021-08-13
- 基于高通量测序的龙胆草根际土壤真菌群落结构分析
真菌群落;高通量测序;多样性中图分类号： S154.37文献标志码： A文章编号：1002-1302（2021）12-0190-06收稿日期：2020-07-07基金项目：国家中药材产业技术体系项目（编号：CARS-21）;辽宁省科学事业公益性研究基金（编号：20180041）;辽宁省农业科技自主创新资金（编号：2019DD144221）。作者简介：高 嵩（1982—），女，辽宁大连人，博士，助理研究员，主要从事中药材道地性栽培生理研究。E-mail：gs
江苏农业科学 2021年12期2021-08-02
- 锰氧化菌激活及生物氧化锰去除乙炔基雌二醇试验研究
影响，采用高通量测序技术分析激活前后微生物群落变化，利用X射线衍射（X-ray diffraction，XRD）技术对产生的生物氧化锰进行表征，研究pH值和投加量对生物氧化锰去除乙炔基雌二醇（17α-ethinylestradiol，EE2）的影响。结果表明：pH值为7、初始Mn2+浓度为1 mmol/L时，Mn2+氧化率7 d内能达到83.3%，锰氧化菌激活效果最好。XRD结果表明：生物氧化锰主要含有MnO2、Mn3O4、Na3Mn（PO3）CO3等3种
土木建筑与环境工程 2021年4期2021-07-22
- 探讨高通量测序技术在食品微生物检测中的应用
首先分析了高通量测序技术的流程，然后主要论述了在食品微生物检测中对高通量测序技术的应用和应用前景，如宏转录组测序、全基因组测序以及16SrDNA/rRNA测序等，希望可以为相关人员提供一定的参考，将该技术在食品微生物检测上的优势进行充分发挥，保证食品安全，维护国民健康。关键词：高通量测序;检测技术;食品微生物引言：食品微生物是影响食品安全性的关键因素，从近几年市场监督部门对食品抽查结果来看，食品存在的主要问题就是超量添加添加剂以及微生物超标，两个主要问题相
锦绣·中旬刊 2021年3期2021-07-14
- 染料木素对人鼻咽癌CNE1细胞生长的抑制作用及靶点预测
影响。采用高通量测序法挖掘0（空白对照）、30 ?mol/L染料木素作用24 h后CNE1細胞中的差异基因，并通过实时荧光定量-聚合酶链式反应法（RT-qPCR）对上述细胞实验相关差异基因mRNA的表达情况进行验证。结果：与空白对照比较，12.5、25、50、100、150 ?mol/L染料木素对细胞的增殖均有显著的抑制作用（P关键词 染料木素;人鼻咽癌CNE1细胞;高通量测序;突变型p53基因;磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B通路Inhibitory Eff
中国药房 2021年10期2021-07-11
- 不同树龄沙田柚果园土壤肥力、叶片养分和土壤细菌群落的特征
测定，利用高通量测序技术对土壤细菌群落进行测序。结果表明，12个沙田柚果园土壤呈酸性，pH值、有机质含量、土壤全氮含量随着沙田柚树龄的增加而增加，不同树龄沙田柚果园土壤之间的土壤有效镁含量、有效硫含量和有效硼含量没有显著差异，树龄≥21年的沙田柚果园土壤全钾含量和交换性钙含量最高;不同树龄沙田柚果树叶片氮含量无显著差异，5～10年树龄沙田柚果树叶片磷含量、钾含量、硫含量最高，≥21年树龄沙田柚果树叶片钙含量最高，11～15年树龄沙田柚果树叶片镁含量和硼含量
江苏农业学报 2021年2期2021-06-30
- 基于高通量测序分析间作猫豆对甘蔗根际土壤微生物的影响
HiSeq高通量测序技术，在门和属水平上分析甘蔗根际土壤微生物群落结构，在种水平进行主成分（PCA）分析。【结果】T处理的根际土壤中全氮、全钾、水解性氮、有效磷和有机质含量均大于CK。T处理的根际土壤中细菌的丰富度和多样性高于真菌的丰富度和多样性;T处理的根际土壤中细菌丰富度高于CK，但差异不显著（P>0.05，下同），其多样性显著高于CK（P关键词： 甘蔗;猫豆;间作;根际;土壤微生物;高通量测序;群落结构中图分类号： S556.106.1
南方农业学报 2021年2期2021-06-30
- 枯草芽孢杆菌对土壤群落结构的影响
能力，采用高通量测序的方法探究枯草芽孢杆菌对土壤浸出液中真菌菌群群落结构的影响。结果表明，枯草芽孢杆菌对茄链格孢菌和灰葡萄孢菌菌丝生长的抑制率达到100%;在门分类水平上，枯草芽孢杆菌会明显改变土壤浸出液中真菌菌群的群落结构。因此，枯草芽孢杆菌可作为生防菌广泛应用。关键词 枯草芽孢杆菌;含毒介质法;高通量测序中图分类号：S476;S154.36 文献标志码：B DOI：10.19415/j.cnki.1673-890x.2021.03.084芽孢杆菌是土壤
南方农业·下旬 2021年1期2021-06-15
- 基于16s rRNA的徽派腊肉加工过程中微生物群落结构分析
规律，采用高通量测序技术对不同加工阶段的徽派腊肉中微生物16S rRNA进行V3～V4区测序，比较不同加工阶段（鲜肉、腌制中期、腌制结束、成熟中期、成熟结束）腊肉中细菌群落结构组成及多样性差异。结果表明：5 个加工阶段分别获得80 155、80 116、80 174、80 114、80 174 条有效序列;在门分类水平上，厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinomycetes）、拟杆菌门（Bacte
肉类研究 2021年3期2021-06-15
- 脾肾阳虚型狼疮性肾炎血浆外泌体miRNA表达谱的分析及意义
照组，应用高通量测序技术分析两组患者血浆外泌体miRNA表达谱的差异，应用RT-PCR技术对结果进行验证。 结果 两组的表达谱中，高显著差异的分子包括hsa-miR-127-3p及hsa-miR-4497（P[关键词] 狼疮性肾炎;脾肾阳虚;miRNA表达谱;高通量测序[中图分类号] R593.4 [文献标识码] A [文章编号] 1673-9701（2021）10-0027-04Analysis and signifi
中国现代医生 2021年10期2021-05-24
- 双歧杆菌联合左卡尼汀对菌群失调腹泻模型大鼠肠道菌群的影响
文库构建和高通量测序，并对处理后的有效数据进行操作分类单元聚类、物种注释以及肠道菌群的Alpha和Beta多样性分析。结果：造模期结束时，与空白对照组比较，模型组大鼠开始出现1级和2级粪便，肠道菌群的多样性、丰富度以及肠道中厚壁菌门/拟杆菌门比值和乳杆菌属、双歧杆菌属和阿克曼氏菌属等益生菌的丰度均显著降低（P0.05），但其肠道中乳杆菌属的丰度有一定提高，且左卡尼汀+益生菌组大鼠肠道中阿克曼氏菌属的丰度显著升高（P关键词 肠道菌群;益生菌;左卡尼汀;双歧杆
中国药房 2021年6期2021-04-27
- 基于高通量测序研究龟鳖养殖水体细菌多样性
MiSeq高通量测序技术对外塘和温室养殖水体及生化流程处理后的尾水进行细菌多样性分析。结果显示，3组样品在门水平上优势菌为变形菌门和拟杆菌门，平均占比分别为55.89% 和14.37%。在属水平上，细菌主要为不动杆菌属，尚未分类的小梨形菌科和红杆菌科。3组水样中均有大量序列不能被歸入已知的属，推测其中可能有尚未发现的潜在新种。温室和外塘2种不同养殖模式下，水体理化因子及细菌群落结构组成均存在很大差异。传统微生物分离方法筛选了52株细菌，归属于14种不同的细
安徽农业科学 2021年6期2021-04-20
- 微生物菌剂拌土对玉米农田土壤细菌群落多样性的影响
生物菌剂;高通量测序;微生物生态学中图分类号 S 154.3文献标识码 A文章编号 0517-6611（2021）05-0138-05doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2021.05.039开放科学（资源服务）标识码（OSID）：Effect of Clay Treated by Microbial Agents on Soil Bacterial Community Diversity of Maize FieldSHA Yue-
安徽农业科学 2021年5期2021-04-16
- 间作麦冬对茶园土壤理化性质及微生物群落结构的影响
rDNA高通量测序技术等，分析茶树单作、茶树—麦冬间作及茶园空地土壤（CK）的土壤养分含量、土壤酶活性及细菌群落结构多样性与丰富度差异。【结果】相对于单作，间作麦冬能显著提高茶园土壤含水量与有机质、速效氮、速效磷和速效钾含量（P关键词： 间作;细菌多样性;微生物群落结构;茶园;高通量测序中图分类号：S154 文献标志码： A 文章编号：2095-1191（2021）12-3366-09Effects
南方农业学报 2021年12期2021-04-15