碱基
- 例谈基于PCR的基因定点突变技术
物的5端引入突变碱基，或者增加或减少一个或多个碱基，通过PCR大量扩增突变DNA。两种思路相比较而言，第二种能更为准确地实现基因的定点突变，故下文主要讨论第二种思路。3 基于PCR的基因定点突变技术3.1 重叠延伸PCR重叠延伸PCR需要设计两对引物：上游引物a、突变引物b以及下游引物d、突变引物c。其中突变引物b和c加入了突变碱基，且具有重叠区域，如图1所示，引物中突变碱基处用“·”表示。第一、二轮PCR时（即图1中PCR1和PCR2）分别用引物a、b和
中学生物学 2023年2期2023-05-30
- 基于位置信息的DNA 序列特征提取＊
更好地保留序列中碱基的信息，本文提出了一种基于碱基距离和相关性的特征提取方法。以H1N1、H5N1、COVID-19 等6 种病毒作为研究对象，将DNA序列转化为特征向量，并用KNN 算法对冠状和非冠状病毒进行分类。实验结果表明该方法能提高分类的准确率。据估计地球上约有1000 万～1 亿种生物，如此庞大的数据使得生物分类面临着巨大挑战[1]，因此DNA 序列的分类成为了人们的研究热点，也是当前生物信息学的主要研究任务之一。特征提取是DNA 序列分类研究中
数字技术与应用 2023年1期2023-02-19
- 碱基编辑技术的新进展及在耳蜗中的应用前景
均不能完美地将单碱基突变序列修复为野生型序列[2～5]。近年研究通过改进CrispR/Cas9技术，即在Cas9酶的基础上，融合1个碱基脱氨酶基团并降低Cas9酶中剪切酶的活性，研发一种酶可以人为诱导单个突变基因复原而不切除DNA双链，该项研究技术即为碱基编辑(base editing)[6]。腺苷酸碱基编辑酶(adenosine base-editing enzyme, ABE)和胞嘧啶碱基编辑酶(cytidine base-editing enzyme
听力学及言语疾病杂志 2022年4期2022-12-06
- 基于CRISPR/Cas系统的DNA碱基编辑研究进展
diting1 碱基编辑系统简介点突变是自然界中最常见的基因突变类型。根据人类基因组变异数据库ClinVar分析，超过半数的人类遗传疾病是由点突变引起［9］。在作物遗传育种上，点突变也是许多重要农艺性状遗传变异的基础。将高效、精准的核苷酸替换应用于基因治疗，可以从根本上治愈点突变引起的人类遗传疾病；应用于作物育种，可以简化并加快育种进程，可见开发高效精准的碱基替换工具十分重要。2016年，哈佛大学David R. Liu团队在原有CRISPR/Cas9基础
生物技术通报 2022年6期2022-07-22
- 大豆非同义SNP相邻碱基组分分析
00～2000个碱基就有一个SNP，在一些高频的区域，甚至能达到每300个碱基一个SNP[1-2].由于SNP在基因组中的高密度，使其成为一种理想的分子标记，并已被用于构建人类遗传分析图谱和人类复杂疾病性状的研究[3-5].SNP在植物中也广泛存在，例如在水稻基因组中的发生率接近1/268[6].根据SNP在基因中的位置，可将其分为基因编码区SNP(coding SNP，cSNP)、基因内含子区SNP和基因调控区SNPs(regulatory SNPs，r
南阳师范学院学报 2022年4期2022-07-12
- 参照多重PCR片段分析法进行实时荧光PCR法对ABCB1三等位基因测定结果读取方法的确定
理，数据分析采用碱基峰位图中对应的研究峰位进行对比分析。2 结 果2.1 实时荧光PCR法与多重PCR片段分析法读取结果139例样本中，包括120例等位基因及19例三等位基因。实时荧光PCR法与多重PCR片段分析法对120例等位基因样本的读取结果完全一致。两种方法对19例三等位基因样本的读取结果见表1。表1 实时荧光PCR法与多重PCR片段分析法对三等位基因分析结果2.2 三等位基因读取结果的确定采用实时荧光PCR法测定19例ABCB1三等位基因的结果，以
四川精神卫生 2022年2期2022-05-09
- 紫芽六堡茶转录组SSR位点序列分析
NA，以1～6个碱基为核心序列，具有多态性高、重复性好、稳定性高等特点，随着现代分子技术的发展，SSR技术已广泛应用于植物分子辅助育种、种质资源遗传多样性、绘制遗传图谱等方面的研究中。毛娟等利用30对茶树核心SSR引物，对3个代表性的野生和栽培大理茶居群进行遗传分析。陈春林等从紫娟茶树转录组 46 041 条单基因簇(unigene)中筛选出57 976个SSR位点，并对SSR序列的分布特征进行了分析，筛选出44对高质量引物。班秋艳等对陕西及临近8个省份1
江苏农业科学 2022年3期2022-03-03
- 瓦氏黄颡鱼全基因组微卫星的分布特征及其定位的初步研究
、分析，探索了各碱基重复类型的丰度及其规律，并且对外显子区含有微卫星的基因进行了GO注释和KEGG富集，进一步探究了微卫星在瓦氏黄颡鱼全基因组中的潜在功能，为今后黄颡鱼属群体的微卫星筛选、遗传多样性分析等研究积累参考资料。1 材料与方法1.1 基因组序列基于本实验室前期瓦氏黄颡鱼基因组测序和组装，确定其基因组大小为663.53 Mb，Contig N50为14.02 Mb，scaffold N50为26.78 Mb，contig长度锚定率为99.79%，定
南方水产科学 2022年1期2022-03-02
- 巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组微卫星分布特征分析
中统计出1～6个碱基重复的完整型微卫星,使用EXCEL统计分析出各碱基类型的数量和分布情况,分别列出其分布特征和占比情况. 搜索标准参考MISA默认参数设置,即要求单碱基重复≥10次,二碱基重复≥6次,三、四、五、六碱基重复≥5次. 经过前期的大量研究可知,以此标准搜索全基因组微卫星得出的结果最优[9]. 根据起始碱基顺序的差异及碱基互补配对原则,对属于同一类别的微卫星进行同类合并,如三碱基AAT,可以与之兼并的有ATA、TAA、TTA、TAT和ATT.2
南京师范大学学报（工程技术版） 2021年3期2021-10-22
- 花斑无须鲶(Ageneiosus marmoratus)全基因组微卫星分布特征研究
)是指以1～6个碱基为基本单位重复串联组成的DNA序列[1],在真核、原核生物以及病毒基因组中均广泛分布[2-3]. 微卫星具有共显性遗传、多态性信息丰富和易于检测等特点,在物种保护[4-5]、种质资源评价[6]、种群遗传多样性研究[7-12]、亲缘关系鉴定[13]及物种鉴定[14]等方面的应用越来越广泛.花斑无须鲶(Ageneiosusmarmoratus)隶属于脊椎动物亚门(Vertebrata)、辐鳍鱼纲(Actinopterygii)、鲇形目(Si
南京师范大学学报（工程技术版） 2021年2期2021-10-20
- 美国红枫转录组SSR序列分析
，是由1～6 个碱基为重复单位组成的串联重复DNA 序列，具有多态性高、重复性好、标记数量多等特点，是林木遗传育种研究中的一种辅助育种方法[7-9]。随着现代分子生物学技术的飞速发展，SSR 技术也被广泛应用于植物分子辅助育种、遗传图谱的绘制以及种质资源遗传多样性等方面的研究。周宵等[10]基于木本油料植物光皮树叶片转录组数据，筛选出12 538 个SSR 位点，并根据正交实验研究出SSR-PCR 反应体系最佳组合。张振等[11]从红松转录组中41 476
中南林业科技大学学报 2021年7期2021-07-30
- 文蛤转录组中微卫星位点生物信息分析
微卫星序列的重复碱基类型分析文蛤SSR位点碱基重复数量统计见表2。单碱基重复序列在文蛤转录组中所占比例最高（33.89%），其次为三、四碱基重复序列占比（分别为25.45%、24.84%），二、五碱基重复序列占比再次之（分别为11.88%、3.79%），六碱基重复序列占比最低（0.15%）。每种重复碱基类型的分布密度情况为：四碱基＞三碱基＞单碱基＞二碱基＞五碱基＞六碱基；SSR发生频率大小依次为：单碱基＞三碱基＞四碱基＞二碱基＞五碱基＞六碱基。表1 文蛤转
海洋渔业 2021年2期2021-05-12
- 基因“字母表”扩充后的生命
都是用同样的4个碱基“字母”来建造的：A、T、C和G。它们在DNA的双螺旋“梯子”上，遵循互补配对的原则，即A与T配，C和G配。但事实上，还有其他一些有机分子也可以做DNA的碱基。不久前，一位美国生物学家已经制造出2个人工的碱基。它们也能跟大自然中搭建DNA的酶愉快地合作。这样，碱基“字母”一下子扩充到了6个。现在，他又进一步把人造碱基整合到活的大肠杆菌的DNA上，培育出首批碱基“字母表”扩充后的生命。我们知道，DNA上的碱基最终用途是指导合成各种氨基酸。
科学之谜 2021年2期2021-04-25
- 云斑白条天牛COI基因拼接方法及序列比较的实验设计
59KB，含不同碱基的图谱。seq 格式文件较小，仅为1KB，含碱基序列。1.3 基因序列拼接和分析软件利用DNAStar 软件的SeqMan 程序拼接基因序列，利用MegAlign 程序比对序列。2 实验过程2.1 Seq 序列文件的拼接打开DNAStar 的SeqMan 程序，输入2 个seq 序列文件，将2 个序列进行拼接，拼接后序列长度716 bp。点击菜单栏Contig 的Strategy View，打开Strategy窗口（图1），勾取Conf
现代园艺 2021年5期2021-03-13
- 三-(五氟苯基)咔咯锰配合物与DNA碱基的相互作用理论研究
(Ⅲ)与DNA的碱基以及碱基对的轴向配位性质进行理论计算，为实验研究提供新的理论依据.1 计算方法DNA的双链结构非常复杂，因此本文将DNA双链结构分解，选取DNA的4个碱基片段：腺嘌呤(Adenine，A)、鸟嘌呤(Guanine，G)、胞嘧啶(Cytosine，C)、胸腺嘧啶(Thymine，T)，对(TPFC)Mn(Ⅲ)与4种碱基以及A=T、C≡G碱基对的轴向配位性质进行理论研究，均以1∶1的数量比进行配位. 实验研究发现，金属咔咯与DNA的主要结合
华南师范大学学报（自然科学版） 2021年1期2021-03-09
- 应用思维进阶构建模型 例谈培养学生创造性思维
A 分子中T 占碱基总数的20%，用芥子气使DNA 分子中所有鸟嘌呤成为mG 后进行复制一次，其中一个DNA 分子T 占碱基总数的30%，则另一个DNA 分子中T 占碱基总数的比例是 （ ）A.15% B.20% C.30% D.40%【答案】D2.设起点 让思维在已知区点燃教师应依据最近发展区理论，按照从简单到复杂的科学分析方法及思维，在学生已知区中找到与新问题相类似的问题，并比较二者的异同。学生对DNA 组成、结构和复制有一定的认识和掌握，并具有对DN
教学考试(高考生物) 2020年6期2020-11-23
- CRISPR/Cas9技术介导猪基因组单碱基编辑效率的研究
or，ABE）单碱基修饰技术对猪基因组靶基因位点进行编辑效率的分析研究。设计、合成并构建4个猪基因组靶基因位点gRNA表达载体，分别与CBE或ABE共转染PK15细胞，继续培养48 h，结合二代测序技术测定单碱基替换效率和indels发生率。结果表明，单碱基编辑系统BE3和ABE7.10对猪基因组靶位点碱基修饰的活性编辑窗口主要分别为5个核苷酸和4个核苷酸;两套单碱基编辑系统主要对编辑窗口内的目标碱基进行单碱基转换而非indel;两套单碱基编辑系统对猪基因
湖北农业科学 2020年18期2020-11-23
- 常规CRISPR/Cas9系统也能进行碱基替换（2020.9.23 中国科学杂志社）
。除了基因敲除，碱基替换（例如单氨基酸突变相关疾病或性状）是基因编辑领域中另一重要的应用领域。但是，长期以来学界普遍认为，仅仅依靠Cas9的DNA切割功能及细胞自发的NHEJ修复无法进行碱基替换。要实现碱基替换，目前有以下几种技术路线。1）将含有突变的DNA模板整合在Cas9的切口处，2）单碱基编辑器，例如CBE（C到T的碱基替换）、ABE（A到G的碱基替换）等将脱氨酶与Cas9融合来实现碱基编辑，以及3）PE（prime editing）工具，利用RNA
三农资讯半月报 2020年18期2020-10-14
- 创建新型糖基化酶碱基编辑器
建出新型糖基化酶碱基编辑器（GBE），开发了可实现嘧啶和嘌呤间颠换的单碱基基因编辑系统。基于该系统，国际上首次在微生物中实现任意碱基编辑，在哺乳动物细胞中实现C-G碱基特异性颠换。相关成果日前发表于《自然—生物技术》，并已申请PCT专利。传统的胞嘧啶碱基编辑器在脱氨酶的作用下，将DNA单链上的C转变为尿嘧啶，经过多次DNA复制才转化为T。新型GBE独辟蹊径，利用细胞自身DNA修复系统直接修复该“非常规碱基”，生成特定碱基，实现碱基编辑。实验结果证明，GBE
科学导报 2020年54期2020-09-09
- DNA，RNA碱基和稀有碱基的太赫兹光谱检测
的基本遗传单位。碱基是核酸分子(包括DNA和RNA)的重要组成部分，此外，核酸中还有一些含量较少的稀有碱基，大部分是碱基的甲基衍生物。碱基是核酸信息存储和传递的基础，是生物遗传、 进化和变异的根本原因，所以研究核酸分子碱基对研究生物活性和生物行为具有重要意义[1-5]。因此，研究核酸分子碱基的光谱特征对于表征核酸分子结构的改变和核酸分子与小分子的相互作用提供参考价值。太赫兹(THz)辐射介于微波和红外之间，频率范围大概在0.1～10 THz。虽然有些太赫兹
光谱学与光谱分析 2020年8期2020-08-08
- 构建大豆单碱基替换基因编辑技术体系（2020.4.23 中国农业科学院）
现了大豆基因的单碱基替换，并获得了表型稳定的纯合突变系。该研究是大豆单碱基替换研究工作的首例报道，为精准修饰和利用单核苷酸多态性（SNP）改良大豆农艺性状提供了新技术、新方法。相关研究成果在线发表在《植物生物技术杂志（Plant Biotechnology Journal）》上。据侯文胜研究员介绍，作为一种简单有效的基因组编辑工具，CRISPR已在多种重要作物中实现了基因定点敲除、等位基因单碱基替换和外源DNA片段定点整合，但在大豆中的成功实践还很少见。该
三农资讯半月报 2020年8期2020-05-13
- 基于纳米孔测序技术的PNA/λDNA测序精确度研究
万条DNA分子的碱基进行测序，它促进了人类对物种转录组测序以及基因组深度测序方法的发展，但是其试剂价格昂贵，使得第二代基因测序的成本高达几十万美元。近年来，基于单分子纳米孔技术的第三代测序方法应运而生，其主要是通过分辨4种碱基结构的细微差异而导致不同碱基在通过纳米孔时产生不同的离子阻塞电流来进行测序，测序过程不需要试剂，且测序速度比一、二代测序方法快，有望进一步降低测序成本，从而改进人类由基因缺陷引起疾病的治疗方法[2-5]。为了证明基于单分子纳米孔的第三
机械设计与制造工程 2020年1期2020-02-07
- 科学家构建大豆单碱基替换基因编辑技术体系
现了大豆基因的单碱基替换，并获得了表型稳定的纯合突变系。该研究是大豆单碱基替换研究工作的首例报道，为精准修饰和利用单核苷酸多态性（SNP）改良大豆农艺性状提供了新技术、新方法。相关研究成果在线发表在《植物生物技术杂志（Plant Biotechnology Journal）》上。据侯文胜研究员介绍，作为一种简单有效的基因组编辑工具，CRISPR 已在多种重要作物中实现了基因定点敲除、等位基因单碱基替换和外源DNA 片段定点整合，而在大豆中的成功实践还很少见
中国食品学报 2020年5期2020-01-19
- 中国科学家创建出新型糖基化酶碱基编辑器
组编辑前沿技术，碱基编辑(base editing, BE)无需产生DNA 双链断裂，也无需供体DNA 的参与，可实现靶位点的精准点突变，已成为基因编辑的重要研究方向。 现有碱基编辑器只能实现嘧啶间（胞嘧啶碱基编辑器）和嘌呤间（腺嘌呤碱基编辑器）的碱基转换，尚没有碱基编辑器实现嘧啶与嘌呤间的特异性碱基颠换。 开发新型碱基编辑技术实现碱基颠换甚至任意碱基变换，在合成生物体系构建、遗传疾病的基因治疗、生物性状修饰等领域具有重要意义。中科院天津工业生物所张学礼研
食品与生物技术学报 2020年8期2020-01-06
- 基于454 GS FLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计
星标记多态性，三碱基和四碱基重复微卫星的不易产生由于滑链错配形成影子带(O’reilly & Wright，1995)等优越性(O’connell & Wright，1997)，因此，选取部分三、四碱基重复的微卫星进行引物设计筛选，得到可用于微卫星分析的部分候选引物，以期为利用微卫星标记研究南疆沙蜥种群遗传结构奠定基础。1 材料和方法1.1 样品收集、基因组DNA提取及Roche 454 GS FLX高通量测序用于基因组测序的南疆沙蜥标本(标本号：WGXG
四川动物 2019年5期2019-09-23
- 制造前所未有的生命
，中间通过一对对碱基相连。如果把DNA看成一架双螺旋状的梯子，两条长链就相当于两边的扶栏，而碱基对相当于中间踏脚的横木。每条“横木”都由两个碱基组成，每边各出一个，碱基之间则通过氢键（一种分子间作用力）相连。碱基有4种类型，它们只能以特定的方式配对：腺嘌呤（A）配胸腺嘧啶（T），鸟嘌呤（G）配胞嘧啶（C）。碱基的序列就编码着我们基因中的信息。这些碱基的大小还不一样，嘌呤要比嘧啶大，所以每对碱基事实上是以大对小，或小对大的方式配对的。这一切构成了我们对DNA
风流一代·经典文摘 2019年8期2019-08-16
- 生命“字母表”迎来新成员
的DNA包含4个碱基，现在，美国科学家将生命“字母表”的数量增加了一倍，首次合成出包含8个碱基的DNA。应用分子进化基金会创始人史蒂文·本纳领导的团队，通过调整普通碱基——鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤和胸腺嘧啶（G、C、A、T，其中A與T配对、C与G配对）的分子结构，创建出两对新碱基：S和B、P和Z。新碱基的形状与天然碱基类似，但结合方式不同。随后，他们将合成碱基与天然碱基结合，得到了由8个碱基组成的DNA。实验表明，合成DNA似乎能像天然DNA一样存储和转录信
学苑创造·B版 2019年5期2019-06-14
- 生命“字母表”迎来4名新成员
的DNA包含4种碱基，现在，美国科学家通过调整普通碱基——鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤和胸腺嘧啶（G、C、A、T，其中A与T配对、C与G配对）的分子结构，创建出两对新碱基：S和B、P和Z。随后，研究人员将合成碱基与天然碱基结合，得到了由8个碱基组成的DNA。實验表明，合成序列与天然DNA拥有相同属性：它们采用相同的方式可靠地配对;无论合成碱基的顺序如何，双螺旋结构都保持稳定;DNA可忠实地转录成RNA。这一成果首次系统性证明了合成碱基与天然碱基可彼此识别并结合，
科学24小时 2019年5期2019-06-11
- 生命“字母表”迎来4名新成员
的DNA包含4个碱基，现在，美国科学家将生命“字母表”的数量增加了一倍，首次合成出包含8个碱基的DNA。实验表明，合成DNA似乎能像天然DNA一样存储和转录信息。应用分子进化基金会创始人史蒂文·本纳领导的团队，通过调整普通碱基——鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤和胸腺嘧啶（G、C、A、T，其中A与T配对、C与G配对）的分子结构，创建出两对新碱基：S和B、P和Z。新碱基的形状与天然碱基类似，但结合方式不同。随后，他们将合成碱基与天然碱基结合，得到了由8个碱基组成的DN
发明与创新 2019年9期2019-03-26
- 重要食药同源植物余甘子转录组微卫星特征分析
并对其分布特征、碱基组成和变异规律进行分析，以期为下一步大量EST-SSR标记的开发提供遗传学资料，进而为余甘子遗传多样性和遗传结构的研究奠定基础，亦为余甘子野生资源的保护和合理开发利用提供参考依据。1 材料与方法1.1 试验材料本研究以云南省宾川县(25°45′59″N,100°26′29″E)野生余甘子为研究对象，于2017年6月采集余甘子植株的幼嫩叶片，立即置于液氮中，带回实验室于-80℃冰箱中保存备用。1.2 转录组测序及拼接组装余甘子总RNA的提
植物研究 2019年2期2019-03-19
- 制造前所未有的生命
，中间通过一对对碱基相连。如果把DNA看成一架双螺旋状的梯子，两条长链就相当于两边的扶栏，而碱基对相当于中间踏脚的横木。每条“横木”都由两个碱基组成，每边各出一个，碱基之间则通过氢键（一种分子间作用力）相连。碱基有4种类型，它们只能以特定的方式配对：腺嘌呤（A）配胸腺嘧啶（T），鸟嘌呤（G）配胞嘧啶（C）。碱基的序列就编码着我们基因中的信息。这些碱基的大小还不一样，嘌呤要比嘧啶大，所以每对碱基事实上是以大对小，或小对大的方式配对的。这一切构成了我们对DNA
科学之谜 2019年1期2019-03-19
- 巧用两种碱基数目之和例析双链DNA的共性和特异性
各种生物DNA的碱基组成，发现A与T的比值以及G与C的比值总是接近于1.0。沃森（J. D. Watson）和克里克（F. Crick）以此为根据构建了DNA的双螺旋模型。碱基配对的氢键和上下碱基对之间形成的碱基堆积力是构成DNA双螺旋结构的内部原因，即腺嘌呤（A）与胸腺嘧啶（T）配对，鸟嘌呤（G）与胞嘧啶（C）配对，数量上A=T,G=C。这种配对方式主要有两个根据：氢键的形成与空间的排列。DNA的双链脱氧核糖核苷酸对应部位的碱基之间的距离是1.08 nm
教学考试(高考生物) 2018年5期2018-12-08
- 遗传密码的扩展
，而组成基因组的碱基只有4种： ATGC(RNA中U替代了T)，即4种碱基的不同排列组合形成了不同的基因和基因组。遗传密码共有64个密码子，其中还包括终止密码子和简并密码子，所以，实际编码20种氨基酸的密码子不到64种。在漫长的生物进化过程中，这4种碱基的排列组合有变化，但没有更多碱基的参与，自然界的生物均是如此，概莫能外。仅凭4种碱基、64个密码子、20种氨基酸就能形成地球上那么多形形色色的生命，如果再增加一个碱基对，则可以有6×6×6=216个密码子，
生物学教学 2018年6期2018-11-30
- 串联重复序列在克莱门柚基因组中的特征研究
)被定义为，每兆碱基对含有的串联重复序列的碱基对数(bp/Mbp)，表示串联重复序列长度在总检测序列长度中所占的比例。依据图1，分别计算、分析克莱门柚基因组UI1000、UI500、UI200、5′UTR、CDS、Intron、3′UTR、DI200、DI500、DI1000区域中的串联重复序列特征。1.2 串联重复序列的检测和分析为了对健全和不完善的串联重复序列的检测，利用串联重复序列的搜索工具(Phobos version 3.3.12)。考虑所需处理
西南农业学报 2018年8期2018-09-11
- 串联重复序列在高粱基因组中的特征及分布
，并表现出种属、碱基组成等的特异性[3]。在同一物种基因组中，串联重复序列在编码区和非编码区都有分布，并且在非编码区大量存在[4]。随着计算技术的进步及高通量数据分析的出现，重复序列研究已不仅仅局限于微卫星等短重复序列(通常指1～10 bp)，中等重复序列(>10 bp)也已经被广泛研究，并且研究显示，这些重复序列在植物及绿藻的基因转录及翻译调控中扮演着重要的作用[5]。本研究利用Phytozome数据库，下载高粱全基因组及基因组注解数据，然后使用Phob
河南农业科学 2018年7期2018-08-20
- 枸杞转录组SSR分布特征分析及其与基因组SSR分布特征的比较
NA为模板，用6碱基随机引物合成第1链cDNA，然后加入缓冲液、dNTPs、DNA polymeraseⅠ、RNase H合成第2链cDNA，再用AMPure XP beads纯化双链cDNA。将处理后的cDNA先进行末端修复、加A尾并连接测序接头，再用AMPure XP beads进行选择。最后进行PCR扩增，并用AMPure XP beads纯化产物，得到最终的文库。把不同文库按照有效浓度及目标下机数据量的需求pooling后进行Illumina Hi
江苏农业科学 2018年14期2018-08-08
- 基于CRISPR/Cas9系统的单碱基基因编辑技术及其在医药研究中的应用
NA能与靶序列的碱基互补配对，Cas9蛋白作为核酸酶能切割双链DNA，靶序列3′端的前间区序列邻近基序（protospacer adja⁃cent motif，PAM）为Cas9的DNA识别位点，sgRNA与Cas9蛋白形成复合物后，通过sgRNA与靶序列的配对和Cas9蛋白对PAM的识别，该RNA-蛋白复合物精准地靶向特异的DNA位点，激活Cas9的核酸酶活性，切割靶DNA，产生双链断裂（double strand breaks，DSB）［12-13］。
中国药理学与毒理学杂志 2018年7期2018-01-21
- 单碱基编辑工具及在基因治疗中的应用及前景
on-Crick碱基配对来定位和切割一段目标核酸序列（前间隔序列）。前间隔序列附近必须有Cas蛋白依赖的短核酸序列——PAM[1]。目标核酸序列切割后通过非同源末端连接（NHEJ）或同源重组修复（HDR）可恢复DNA的完整性。CRISPR系统的出现及其在真核生物基因组编辑领域的应用[2]引发了生命科学的巨大进步，但研究大多基于非同源末端连接修复技术[3]。尽管在细胞系中，通过抑制NHEJ、优化DNA模板等方法，利用HDR的基因编辑技术取得了巨大的进步，但是
中华耳科学杂志 2018年2期2018-01-17
- 新型碱基编辑器横空出世
们开发出的腺嘌呤碱基编辑器（ABE），能将A-T碱基对转换为G-C碱基对。腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C）和胸腺嘧啶（T）是构成DNA的基本单元。这些碱基按照A-T，C-G这样配对形式，搭建起DNA的双螺旋结构。而在RNA中，胸腺嘧啶（T）由尿嘧啶（U）替代。2016年，同样发表在《自然》杂志，David Liu及同事首次报告了他们的“碱基编辑器”，通过在Cas9蛋白上安装大鼠胞苷脱氨酶APOBEC1，Cas9的“剪刀”功能会消失，不再切割DNA双
医药前沿 2018年3期2018-01-16
- 虎皮鹦鹉全基因组中微卫星分布规律研究
，查找到l～6个碱基重复类型的微卫星序列共90 346个，约占整个基因组总长度的序列(1.1 Gb)的0.41%，分布频率为82.9/Mb。不同类型微卫星中，单碱基重复类型数目最多，为50 349个，占总数的55.7%；其次是二、四、三、五、六碱基重复单元序列，分别占到总数的16.3%，13.7%，10.8%，2.9%，0.5%。单碱基微卫星中A重复类型数量最多，二碱基中AT最多，三碱基中AAT，四碱基中AAAC最多，五碱基中AAAGA最多，六碱基中AAC
野生动物学报 2017年3期2017-11-17
- 滇东南濒危植物长梗杜鹃转录组微卫星特征分析
现1个SSR。二碱基和三碱基重复为长梗杜鹃SSR主要重复单元类型，分别占SSR总数的69.25%和15.07%，187种重复基元中，所占比例最高的是(AG/CT)n(62.01%)，其次是(A/T)n(12.34%)、(AC/GT)n(4.52%)和(AAG/CTT)n(4.23%)。在SSR和CDS的交集基因中，共发现15 908个SSR位点，其中2 792个位于编码区，出现频率为0.076 SSR/kb，而非编码区为0.344 SSR/kb，在基因编码
林业科学研究 2017年4期2017-08-07
- “稳定”的半合成有机体
人员通过优化人工碱基等途径，制造出“稳定”的半合成有机体，对未来的生物医疗开发具有重要意义，也朝着创造新生命形式迈出重要一步。自然界所有生命的遗传物质由4个碱基构成，分别是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）和鸟嘌呤（G），其中A与T，C与G分别配对。此前科学家制造出两个相配对的人工碱基X与Y，并将这个新的碱基对成功插入大肠杆菌的DNA中，制造出第一个半合成有机体。但它生长缓慢，而且人工碱基X与Y无法永久性传递下去，会随着细胞的分裂很快消失。新的研究
百科知识 2017年11期2017-06-13
- 生物高考DNA计算问题汇总
的基本骨架；含氮碱基排列在内侧，两条单链上相对的碱基以氢键连接，碱基的配对是有规律的，即A一定与T配对（形成两个氢键），G一定与C配对（形成三个氢键）。例1：下图为某同学在学习DNA结构后，画的含有两个碱基对的DNA片断（其中○表示磷酸）。下列几位同学对此图的评价，正确的是（）A甲说：该图没有什么物质和结构上的错误B乙说：该图有一处错误，就是U应改为TC两说：三处错误，其中核糖应为脱氧核糖D丁說：如图说画的是RNA双链，则正确解析：选C。图中有三处错误，一
课程教育研究·新教师教学 2016年29期2017-04-10
- 基因中碱基数目的正确计算方法
，则该基因所含的碱基数是多少？学生作出的答案有18888个碱基、18894个碱基、18900个碱基、18906个碱基和18912个碱基等5种类型，为什么会出现这么多的答案呢？解答此类习题，首先要具备有关蛋白质和基因结构的5个知识要点：① 一条多肽链上氨基酸的数目等于肽键数+1；② 密码子是三联体；③ 基因的结构为DNA，是双链的；④基因末端有终止密码；⑤ 基因的前端有起始密码，在真核生物起始密码负责的在N端第一个甲硫氨酸、原核生物起始密码负责的N端第一个甲
生物学教学 2017年12期2017-02-18
- 作物基因组单碱基编辑方法研究取得重要进展
，借鉴哺乳动物单碱基编辑方法，利用Cas9变体(nCas9-D10A)融合大鼠胞嘧啶脱氨酶(rAPOBEC1)和尿嘧啶糖基化酶抑制剂(UGI)，构成了高效的植物单碱基编辑系统nCas9-PBE，成功地在三大重要农作物(小麦、水稻和玉米)基因组中实现高效、精确的单碱基定点突变。单核苷酸点突变是作物许多重要农艺性状发生变异的遗传基础。单碱基的变异会导致氨基酸替换或蛋白质翻译终止,使基因功能发生改变，从而有可能产生优良的等位基因与优异性状。传统诱变及单碱基突变筛
生物学教学 2017年8期2017-02-18
- 遗传发育所在作物基因组单碱基编辑方法研究中取得进展
异的遗传基础。单碱基的变异会导致氨基酸替换或蛋白质翻译终止，使基因功能发生改变，从而有可能产生优良的等位基因与优异性状。传统诱变及单碱基突变筛选技术（如TILLING）需要进行基因组规模的筛选，耗时、耗力且鉴定到的点突变数目和种类有限。基因组编辑技术，特别是基于CRISPR/Cas9系统的基因组编辑技术，可以在基因组靶向位点处产生DNA双链断裂（DSB），以人为提供的外源供体DNA为模板，通过同源重组（HR）介导的DNA修复途径来实现对目标基因的单碱基突变
蔬菜 2017年3期2017-02-02
- 一步获取基因定点修饰技术测序样品双峰中突变序列方法的建立
步明确具体的模板碱基改变是否有意义(移码或提前终止)，可通过扩增获取测序套峰样品的目标基因片段PCR产物，将其克隆到质粒(如T载体)，筛选阳性单克隆测序或将PCR产物进行PAGE胶纯化(片段大小差别大，至少琼脂糖充分电泳后能够实现切胶纯化)后再进行测序。克隆测序存在操作繁琐、工作量大、周期长以及费用高等问题；而切胶纯化在实际操作时又存在很多困难，其原因在于基因剪辑技术得到的新基因型在序列缺失/增加碱基数量与野生型相差不大，因此切胶纯化仅针对一部分大片段剪辑
安徽农业科学 2016年34期2017-01-10
- 新纳米技术用于检测肿瘤生物标志物
或是几百个单元的碱基链或碱基序列组成。人们发现这些碱基都具有精确排序，即使是很短一段，也与它们的功能密切相关，因此可以将其作为细胞和组织内部发生病变时的直接标志物。例如，一个被称为mRNA（微小核糖核酸）的核酸家族只有大约20个碱基的长度，但却可以作为包括癌症在内多种疾病的信号。（《科学日报》）
大众健康 2016年3期2016-05-31
- 改进CRISPR/Cas9法：成功逆转单个碱基变异
法：成功逆转单个碱基变异美国哈佛大学科学家报告了用于定位和修改DNA单个碱基，而且不在基因组中引入随机插入和缺失基因组的一种改进方法。这种新的“碱基编辑”法使用一种修饰过的CRISPR/Cas9蛋白质，使它和另外两种蛋白质一同工作，比现在修正单碱基变异的方法更高效。该方法已经被用于培养细胞，成功逆转了和疾病有关的单个碱基变异，包括晚发性阿尔茨海默症与乳腺癌。另外两个分别为德国科学家、中国科学家发表的研究，则提供了关于Cpf1酶机制和结构的新信息。（摘自：《
甘肃医药 2016年5期2016-03-09
- 枣转录组序列的微卫星特征分析
得转录组序列的单碱基至五碱基微卫星中，以单碱基微卫星最多（6 314个，50.02%），并以A/T（6 217个，98.46%）为主要重复单元；二碱基微卫星（3 335个，26.42%）次之，其中以AG/CT（2 532个，75.92%）类型最多；再次是三碱基微卫星（2 871个，22.74%）；最后是四碱基和五碱基微卫星，二者仅占所有微卫星信息的0.82%。单碱基微卫星所占比例最多，为枣最优势微卫星，而且其重复单元次数的变化明显高于其他重复类型，表明单碱
中南林业科技大学学报 2015年6期2015-12-20
- 独辟蹊径 化难为易
A双链或单链某些碱基所占比率，求其他碱基占对应链的比率问题，是困扰历届学生的难点之一。利用数学推导，巧妙避开公式的易学易用的碱基比率的计算方法，可轻松帮助学生突破难点。[关键词]碱基比率计算 1DNA 12DNA碱基比率计算中，有一类已知DNA双链或单链某些碱基所占比率，求其他碱基占对应链的比率问题，它是困扰历届学生的难点之一。传统方法是利用碱基互补配对原则推论出的多个公式进行计算。但在教学过程中发现，大部分学生用起来并不能得心应手，难以理清头绪。原因是学
中学教学参考·理科版 2015年6期2015-05-30
- 基因语言多了两个字母
、T、C、G四种碱基。几十亿年来，似乎还没有什么生物对这套语言提出“异议”，但人类显然有自己的想法——2014年5月，科学家真的造出了新“字母”，更奇妙的是，它们还与原来的“语言”部分兼容，能在活细胞中复制。只靠四种碱基就能创造出如此斑斓的生物世界，新碱基将带给我们无穷的想象空间。怎样的“字母”才算新早在20世纪60年代，已经有科学家在思考：生命能否用其他“字母”书写？如果能够创造出新的基因“字母”，能否创造新的生命形式？但直到1989年，人类才获得实质性
中学科技 2015年1期2015-04-28
- 紫外光谱法研究久效磷与碱基的相互作用
核苷酸库的构建，碱基是寡核苷酸的重要组成，从微观入手研究碱基和久效磷的作用，将为核酸适体库的构建及适体的筛选奠定基础。紫外可见吸收光谱是研究小分子与碱基和DNA相互作用的一种最简便、最常用的技术，小分子与碱基的相互作用会引起特征吸收峰的红移或蓝移现象及增色和减色现象，因此通过吸收峰的变化可以判断碱基和小分子的作用程度［4－5］。童裳伦等［6］通过紫外可见吸收光谱法研究发现百草枯分子通过嵌插方式结合到小牛胸腺DNA的双螺旋结构上。何盈盈等［7］研究发现蒽与D
安徽科技学院学报 2014年5期2014-12-02
- 基于碱基间隔距离模型的多瘤病毒系统发育关系分析
12007）基于碱基间隔距离模型的多瘤病毒系统发育关系分析周立前1，李瑞1，温在义2（1.湖南工业大学计算机与通信学院，湖南株洲412007；2.湖南工业大学理学院，湖南株洲412007）DNA序列的碱基间隔距离分析方法可以对完全基因组序列进行较好地分析，但是对短基因序列分析的效果不佳。因此，在碱基间隔距离的基础上，提出了一种改进的DNA序列碱基间隔距离模型，并结合欧式距离，构建了70种多瘤病毒基因组的系统发育树。通过将所得系统发育树的拓扑结构与已有文献中
湖南工业大学学报 2014年3期2014-05-04
- DNA序列碱基组合的频率矩阵及其应用
尔科夫链，分别以碱基A，T，C和G在序列中出现的次数作为基准来构造转移矩阵，进而刻画11个物种的β-globin基因第一个外显子编码序列的差别.本文以序列的长度作为基准，基于碱基组合在DNA序列中出现的频率，构造了DNA序列的频率矩阵.1 碱基组合的频率矩阵1.1 频率矩阵的定义给定长为n的生物序列l＝l1l2l3…ln，li∈S，S＝｛A，T，C，G｝为碱基集合.记 AA在序列中出现的次数为nAA，则定义PAA＝nAA／n.同理，可分别定义PAT，PAC
华侨大学学报（自然科学版） 2013年3期2013-10-11
- 碱基互补配对原则的推论及例析
裴亚玲碱基互补配对原则是指DNA分子形成碱基对时，A一定与T配对，G一定与C配对的一一对应关系。根据碱基互补配对原则，可推出如下规律.规律一．一个双链DNA分子中，A=T，G=C，且嘌呤碱基总数等于嘧啶碱基总数，各占全部碱基数的50%，即A+G=T+C=50%。由此可知，在双链DNA分子中：a．A+G=T+C=A+C=T+Gb．(A+G)/(T+C)=1【例1】 假设在一个DNA分子的片段中，含有鸟嘌呤240个，占全部碱基数的24%，在此DNA片段中，胸腺
中学理科·综合版 2008年9期2008-10-15