微卫星
- 蕨麻cpSSR序列特征分析
SA软件分析其微卫星分布规律。结果显示，在叶绿体基因组中共检测到34个散在重复序列，22个分布在LSC区，10个分布在IR区，2个分布在SSC区。使用MISA 共注释到92个SSR位点，平均每1 820 bp出现1个SSR位点。SSR主要分布在LSC区（79.07%），重复序列主要以单碱基为主，占总数量的86.05%。微卫星长度平均为12 bp，大多数长度为10 bp，说明蕨麻中重复基元较短的微卫星变异速率较快。关键词 蕨麻；叶绿体基因组；微卫星中图分类号
安徽农业科学 2023年12期2023-07-17
- 粉尘螨多态性微卫星标记的开发与评价
提供数据支持。微卫星标记是以重复单位(1～6 bp)的核苷酸序列首尾相连为核心序列，由于基本核心序列的重复次数不同，因而存在多态性。微卫星标记两端的序列保守，可用于设计特异性引物。微卫星标记具有数量丰富，在基因组中分布广，多态性丰富，呈孟德尔共显性，检测快速方便等优点，常用于评估物种的遗传多样性和遗传分化、构建基因组连锁图谱等。目前，微卫星标记技术广泛应用于螨类研究，但关于螨类微卫星的报道多集中于农业螨类，尘螨微卫星相关报道较少。本研究应用二代测序技术开发
皖南医学院学报 2022年6期2023-01-12
- 翘嘴鲌生长激素受体1 基因内含子1、2 中微卫星多态性及与生长性状的关联分析
端启动子区的微卫星，发现均与生长具有一定的相关性。目前已开发了一些翘嘴鲌的微卫星标记[8,9]，开展了翘嘴鲌GH-IGFs 轴相关基因及微卫星的研究[10-12]。刘士力等[13]以翘嘴鲌转录组中获得的mRNA 为基础，获得了ghr1 和ghr2 的部分基因序列。经过初步研究，发现其中4 个多态性微卫星位点与生长性状具有一定相关性。ghr1 中内含子1、2序列较长，当时没有对其内含子1、2 中微卫星进行实验。本试验进一步研究其中8 个微卫星位点的遗传多样
水产学杂志 2022年3期2022-07-01
- 绿鳍马面鲀全基因组微卫星分布特征
264005)微卫星(Microsatellites)标记,也称为简单重复序列(Simple sequence repeats, SSRs),其广泛、随机地分布在真核生物的基因组中,具有多态性水平和杂合度较高、共显性遗传、易于PCR扩增且可重复性高等特点,现已广泛应用于生物育种[1]、种质鉴定及亲权鉴定[2-4]、基因定位[5]等多个研究领域。传统的微卫星标记开发方法存在步骤繁琐、覆盖率低等问题,尤其对于缺少遗传背景信息的物种,大规模开发微卫星标记面临诸多
烟台大学学报（自然科学与工程版） 2022年3期2022-06-30
- 斑点叉尾全基因组微卫星分布特征分析*
210023)微卫星又称简单序列重复(simple sequence repeats, SSRs)，广泛分布于真核、原核生物以及病毒中，是由1～6 bp碱基为单元重复串联而成的DNA序列。根据核心序列的排列差异，又分为完整型和不完整型(Morgante, 2001)。其中，完整型指重复序列中不存在其他碱基或重复序列的情况，不完整型指重复序列中存在错配情况。目前，对微卫星的研究主要集中于完整型(郑燕等, 2012)，因其具有多态性高、共显性遗传等特点，目前被
渔业科学进展 2022年2期2022-04-11
- 基于转录组西施舌微卫星标记开发及隐种鉴定
要解决的问题。微卫星序列，又称简单重复序列(SSR)，广泛存在于真核生物基因组内，具有多态性高、保守性高、共显性遗传、检测方便等特点[10]，已广泛应用于遗传图谱构建、数量性状位点定位、群体遗传学、进化遗传学、种质鉴定与辅助育种等研究领域[11-12]。在物种鉴定方面，微卫星已经成功应用于四大家鱼[13]、黄颡鱼属(Pelteobagrus)[14]和扇贝[15]等水产生物的物种鉴别。来自转录组的微卫星标记不仅具备上述特点，还与基因功能直接关联，相应的微卫
水产科学 2022年2期2022-03-20
- 瓦氏黄颡鱼全基因组微卫星的分布特征及其定位的初步研究
210023微卫星 (Microsatellite) 又称简单重复序列(Simple sequence repeats, SSRs)，是指以少数几个核苷酸 (1～6个) 为基本单位串联重复的DNA序列。在真核生物和原核生物基因组中均有分布[1-3]，甚至在病毒基因组中也有发现[4]。利用微卫星核心序列的差异性以及侧翼序列的保守性设计特异性引物，通过PCR扩增出多态性微卫星片段，可筛选出功能分子标记或探究种间以及种内不同群体的遗传多样性[5]。微卫星在群体
南方水产科学 2022年1期2022-03-02
- 巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组微卫星分布特征分析
工繁殖[3].微卫星又称简单序列重复(simple sequence repeats,SSRs),是指以1～6 bp核苷酸为基本重复单位组成的重复序列,在自然界的各种生物基因组中均有分布[4]. 微卫星因具有易于检测、多态信息含量高、高效稳定、分布广泛等优点,已被广泛应用于鱼类种群遗传多样性分析[5-6]、遗传育种[7]、亲子鉴定[8]等研究中.目前巨魾全基因组已完成测序,Scaffold N50=3 129 371 bp,Contig N50=1 854
南京师范大学学报（工程技术版） 2021年3期2021-10-22
- 花斑无须鲶(Ageneiosus marmoratus)全基因组微卫星分布特征研究
210023)微卫星(microsatellite)是指以1～6个碱基为基本单位重复串联组成的DNA序列[1],在真核、原核生物以及病毒基因组中均广泛分布[2-3]. 微卫星具有共显性遗传、多态性信息丰富和易于检测等特点,在物种保护[4-5]、种质资源评价[6]、种群遗传多样性研究[7-12]、亲缘关系鉴定[13]及物种鉴定[14]等方面的应用越来越广泛.花斑无须鲶(Ageneiosusmarmoratus)隶属于脊椎动物亚门(Vertebrata)、辐鳍
南京师范大学学报（工程技术版） 2021年2期2021-10-20
- 鲤鱼(Cyprinus carpio)全基因组微卫星分布特征研究
274000)微卫星DNA,又称为简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs),是广泛存在于真核、原核以及病毒基因组中[1-2]的1～6个碱基串联重复,随机分布于基因间区、基因的内含子区和编码区等区域. 微卫星由高突变性的核心序列和较为保守的侧翼序列两部分组成,具有杂合率高、分布均匀和共显性遗传等特点,研究人员通常在微卫星侧翼序列设计引物对微卫星序列进行PCR扩增,以探究物种的遗传多样性和筛选功能标记等. 作为优良的第二代分子标
南京师大学报（自然科学版） 2021年3期2021-10-20
- 利用荧光PCR-毛细管电泳法评价微卫星不稳定性检测国家参考品
曲守方 黄杰微卫星（microsatellite，MS）是细胞基因组中以少数几个核苷酸（多为1～6个）为单位短串联重复的DNA 序列。微卫星不稳定性（microsatellite instability，MSI）是DNA复制时DNA错配修复（mismatch repair，MMR）功能缺陷，使微卫星重复序列的错误未得到纠正而引起微卫星序列长度发生变化的现象[1]。微卫星不稳定性可以分为3类：微卫星高度不稳定（microsatellite instabil
分子诊断与治疗杂志 2020年5期2020-06-28
- 失效航天器姿态接管的SDRE微分博弈控制
控制。其中多颗微卫星如何通过分布式协同来实现失效航天器的姿态接管和长期的姿轨协同控制，仍有很多理论和方法问题需要解决。多颗微卫星对失效航天器姿态接管控制问题的解决方案包括集中式控制和分布式控制等[8]。文献[9]通过任务分配方法实现了多机器人的集中式控制，但是集中式控制依赖中央控制个体，容错性差，更适合控制中心可靠的场合。分布式控制通过个体之间信息的交互实现运动行为的协同，具有灵活性好、容错性高和容易拓展等优势。传统的分布式协同控制[10-12]基于相对运
宇航学报 2020年2期2020-03-13
- 基于转录组测序的大熊猫多态性微卫星标记筛选
，2016)。微卫星标记称为简单重复序列(simple sequence repeats，SSRs)或短串联重复序列，由核心序列和侧翼序列组成，其中核心序列由1～6 bp核苷酸序列组成，在真核生物基因组中分布广泛。微卫星标记多态性含量丰富、易检测、小片段或者降解的DNA都能因含有足够的微卫星而进行PCR扩增，同时微卫星的检测在种间、种外都能进行(张正义等，2017)。作为分子生物学中最常用的一种遗传标记(Maetal.，2004；Selkoe & Toon
四川动物 2020年1期2020-02-27
- 微卫星不稳定结直肠癌的临床病理特征及生存预后分析
的发生发展与微卫星不稳定（MSI）、甲基化异常以及染色体不稳定密切相关[2]。近年来，多数研究表明微卫星不稳定患者的临床病理特征独特且预后良好[3]。故而，本研究以我院收治的30 例CRC 患者作为研究对象，根据其微卫星状态分为微卫星稳定组和微卫星不稳定组两组，对其临床病理特征以及生存期进行对比分析，具体研究如下：1.资料与方法1.1 一般资料选择我院收治的30 例结直肠癌患者作为研究对象，其均属于腺癌，治疗方案相同，均知情同意。根据微卫星状态将患者分为
医药前沿 2020年1期2020-02-26
- 基于磁珠富集法开发的15个三角鲂多态性微卫星标记的特性分析
角鲂至关重要。微卫星是高多态性的共显性分子标记，是鱼类遗传多样性研究的理想分子标记[3-5]。有学者将从团头鲂、鳊鱼等开发的微卫星引物跨种用于三角鲂进行遗传多样性研究[5-7]，但未见有关三角鲂微卫星分子标记开发的报道。本研究利用探针(CA)10，在三角鲂基因组PCR文库中，通过磁珠富集[8]的方法开发了15个具有多态性的微卫星分子标记，该项工作的开展将有利于三角鲂遗传多样性研究，为三角鲂的品种选育打下基础。1 材料与方法1.1 三角鲂基因组PCR文库构建
浙江农业科学 2020年1期2020-02-06
- 胃癌组织COX-2、VEGF、FGF2的表达及其与微卫星不稳定性关系的研究*
11-14]。微卫星不稳定性是一种遗传性改变，现通常将微卫星不稳定性阳性的胃癌划分为高微卫星不稳定性与低微卫星不稳定性[11，15-16]。既往对于胃癌COX-2、VEGF、FGF2的表达水平及胃癌中微卫星不稳定研究较多，但研究COX-2、VEGF、FGF2与微卫星不稳定性关系的相关性研究较少，故本研究选取确诊为胃癌的67例患者的临床资料进行回顾性研究，分析胃癌中COX-2、VEGF、FGF2的表达及其与微卫星不稳定性的关系，现报道如下。1 资料与方法1.
重庆医学 2019年19期2019-10-22
- 北京鸭群体遗传多样性及遗传资源分析
提供重要依据。微卫星标记具有DNA 多态性杂合程度高、共显性遗传、易于鉴定、检测重复性好等特点，在生物体整个基因组中广泛分布[2]。微卫星标记遗传多态性能充分反映品种进化历史[3]，广泛应用于畜禽品种的遗传多样性研究。任康等[4]采用微卫星标记研究了北京鸭群体遗传多样性。刘宏祥等[5]利用微卫星标记分析表明，马踏湖鸭、金定鸭和巢湖鸭3 个鸭群体存在明显的遗传差异。赵东伟等[6]利用微卫星标记分析表明，徐海鸡3个世代群体的遗传多样性丰富并保持了较好的遗传稳定
中国畜牧杂志 2019年5期2019-05-27
- 微卫星技术在紫貂个体识别中的应用
677000）微卫星（Microsatellite）又称短串联重复序列（Short tandem repeats，STR），是20世纪80年代发展起来的一种新型分子标记技术。真核生物基因组中广泛存在着串联重复序列，Tautz（1993） 将重复单位在1～5bp，长度为几百bp的位点称为微卫星序列[1]。微卫星由核心序列和侧翼序列组成，侧翼序列比较保守，核心序列重复数的差异则形成了微卫星高度的多态性。微卫星具有突变速率快、多态性高等特性，已经被广泛应用于生物
生物化工 2019年1期2019-04-10
- 基于Roche 454 GS FLX高通量测序的叶城沙蜥基因组微卫星特征分析
100049)微卫星(microsatellite)又称为简短串联重复(short tandem repeats，STRs)或简单序列重复(simple sequence repeats，SSRs)，Skinner等(1974)在寄居蟹Paguruspollicaris中发现微卫星DNA序列开启了对真核生物中微卫星序列的了解。直到Powell等(1996)定义了微卫星位点，认为微卫星DNA序列一般是以1～6个核苷酸为重复单位的串联重复序列，在从病毒到真核生
四川动物 2019年1期2019-02-15
- 利用高分辨率熔解曲线技术进行猪亲子鉴定的研究
低[2]。随着微卫星研究的深入，其在亲子鉴定中的应用逐渐增多。微卫星是DNA重复序列[8]，故又称简单重复序列（Simple Sequence Repeats，SSR）。 1998年，Jeffreys等[9]对SSR做了进一步探究，并使之成为新一代分子遗传标记。对SSR产物的传统检测方法是在PCR反应结束后，对扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳[10]，后发展为可以通过毛细管电泳的方法在自动分析仪上完成，提高了工作效率，但在电泳前仍需对PCR产物处理（如脱盐）
中国畜牧杂志 2018年12期2018-12-21
- 探讨微卫星不稳定结直肠癌的临床病理特征及生存预后分析
]。研究发现，微卫星不稳定在结直肠癌临床治疗及预后评估中具有显著意义[3]。该研究针对2016年2月—2018年5月于该院收治的34例结直肠癌患者的微卫星不稳定性与结直肠癌的临床病理特征及生存预后的具体关系进行探讨，以为结直肠癌的临床有效控制提供指导，现报道如下。1 资料与方法1.1 一般资料选择该院收治的34例结直肠癌患者为研究对象，根据微卫星状态进行分组，其中微卫星稳定9例，低度微卫星不稳定11例，高度微卫星不稳定14例。研究经医院伦理委员会审核批准；
系统医学 2018年19期2018-11-19
- 绿尾虹雉全基因组微卫星分布规律研究
610065)微卫星每个单元长1～6 bp，广泛分布于真核生物的基因组中，包括编码区和非编码区(Beckman & Weber，1992)。研究表明，可能是DNA复制过程中的“滑链(strand slippage)”现象造成微卫星DNA多态性信息容量较高(Levinson & Gutman，1987)。由于多态性信息丰富、易于检测、数量多、在基因组内分布均匀等优点，微卫星被作为优良的遗传标记得到了广泛的应用(Guptaetal.，1996；Pérezeta
四川动物 2018年5期2018-10-29
- 食蟹猴全基因组微卫星分布特征分析
610064)微卫星又称为简单序列重复(simple sequence repeats，SSRs)，是指由1～6个核苷酸为基本组成单元的串联重复序列［1］，广泛存在于真核生物和原核生物基因组中［2］。微卫星具有分布广、选择中性、多态性高、共显性遗传等特点，是比较理想的分子标记，被广泛应用于遗传图谱构建、个体识别、群体遗传结构分析以及疾病研究等。食蟹猴(Macaca fascicularis)分类上属猴科(Cercopithecidae)猴属物种，是被列入C
野生动物学报 2018年2期2018-06-26
- 滩羊12个微卫星基因座遗传多态性研究
750002）微卫星（microsatellite）一般由大小为2～6 bp的DNA分子组成核心序列，通常重复10～20次，首尾相接组成短串联重复 （short tandem repeat，STR），又称为简单序列重复（simple sequence repeat，SSR）。微卫星普遍存在于真核生物的基因组中，平均每10 kb就出现一个STR。微卫星因具有数量多、分布广、多态性丰富、呈共显性遗传方式以及检测快速方便等优点而备受推崇。笔者以滩羊为研究对象，在
畜牧与饲料科学 2018年4期2018-05-03
- 基于高通量测序的虾夷扇贝基因组微卫星特征分析*
虾夷扇贝基因组微卫星特征分析*倪守胜1,2,3杨 钰1,2,4柳淑芳1,2①庄志猛1(1. 农业部海洋渔业可持续发展重点实验室 中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛 266071; 2. 青岛海洋科学与技术国家实验室 海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 青岛 266071; 3. 上海海洋大学水产与生命学院 上海 201306; 4. 大连海洋大学水产与生命学院 大连 116023)为全面了解虾夷扇贝()微卫星分布频率和数量，深化对虾夷扇贝基因组的认识
渔业科学进展 2018年1期2018-04-03
- 基于de novo高通量测序的曼氏无针乌贼(Sepiellajaponica)ESTs中微卫星位点筛选与特征分析*
a)ESTs中微卫星位点筛选与特征分析*吕振明1侯 龙1龚 理1刘立芹1陈永久1郭宝英1董迎辉2①吴常文1(1.浙江海洋大学 海洋生物种质资源发掘与利用国家地方联合工程实验室 舟山 316022;2.浙江万里学院 浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室 宁波 315100)对均一化转录组测序获得的 47604个曼氏无针乌贼的微卫星序列进行分析, 结果表明, 乌贼转录组中微卫星位点丰富, 每1402nt的EST中就有一段不小于12nt长度的微卫星序列。
海洋与湖沼 2017年4期2017-12-14
- 红尾蚺和原矛头蝮基因组微卫星分布特征比较分析
原矛头蝮基因组微卫星分布特征比较分析聂虎， 曹莎莎， 赵明朗， 杜林方*(四川大学生命科学学院， 生物资源与生态环境教育部重点实验室，成都610065)本研究分析比较了红尾蚺Boaconstrictor和原矛头蝮Protobothropsmucrosquamatus基因组微卫星的分布特征，通过MISA分别鉴定出398 860个和422 364个微卫星，其长度分别为8 550 741 bp和12 243 226 bp，分别占基因组序列总长度的0.59%和0.
四川动物 2017年6期2017-12-12
- 虎皮鹦鹉全基因组中微卫星分布规律研究
鹦鹉全基因组中微卫星分布规律研究黄 杰1原宝东1杨承忠2*(1.商丘师范学院生物与食品学院，商丘，476000；2.重庆师范大学生命科学学院，重庆，401331)对虎皮鹦鹉(Melopsittacusundulatus)全基因组中微卫星分布特征进行了分析，查找到l～6个碱基重复类型的微卫星序列共90 346个，约占整个基因组总长度的序列(1.1 Gb)的0.41%，分布频率为82.9/Mb。不同类型微卫星中，单碱基重复类型数目最多，为50 349个，占总数
野生动物学报 2017年3期2017-11-17
- 林麝全基因组微卫星分布规律研究
林麝全基因组微卫星分布规律研究卢婷1#， 王晨1#， 杜超1， 刘姝2， 沈咏梅2， 张修月1， 岳碧松1*(1. 四川大学生命科学学院，四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室，成都610064；2.四川省药用动物工程技术研究中心，成都610081)林麝Moschusberezovskii是中国重要的资源动物，也是国家Ⅰ级重点保护野生动物。本研究使用生物信息学方法，分析林麝全基因组中完美型微卫星的分布特征。在林麝2.53 Gb的基因组序列中，共搜索到66
四川动物 2017年4期2017-07-31
- 基于转录组数据的凡纳滨对虾微卫星标记开发
据的凡纳滨对虾微卫星标记开发杨 铭1, 2, 于 洋1, 张晓军1, 王全超1, 3, 刘敬文1, 3, 李富花1, 相建海1(1. 中国科学院海洋研究所, 实验海洋生物学重点实验室, 山东青岛266071; 2. 福州市海洋与渔业技术中心, 福建福州350005; 3. 中国科学院大学, 北京100049)对虾遗传多样性和育种研究需要大量的分子标记。作者利用凡纳滨对虾()转录组测序数据, 采用MISA软件进行微卫星序列挖掘, 共获得14 767条微卫星序
海洋科学 2017年2期2017-05-24
- 乌苏里拟鲿微卫星文库的构建及分析
1)乌苏里拟鲿微卫星文库的构建及分析朱传坤1,2潘正军1,2王 辉1,2吴 楠1,2常国亮1,2丁怀宇1,2周凤建2,3(1. 淮阴师范学院生命科学学院, 江苏省特色水产繁育工程实验室, 淮安 223300; 2. 淮阴师范学院江苏省区域现代农业与环境保护协同创新中心, 淮安 223300; 3. 江苏省淮安市水产技术指导站, 淮安 223001)乌苏里拟鲿(Pseudobagras ussuriensis)又名乌苏里(Leiocassis ussurie
水生生物学报 2017年2期2017-04-12
- 320)我国蜥蜴微卫星标记的开发及其应用*
20)我国蜥蜴微卫星标记的开发及其应用*赵 丹，赵文阁，刘 鹏**(哈尔滨师范大学)微卫星属于短串联重复序列，微卫星标记是近年来分子生物学研究的重要课题之一.蜥蜴是爬行纲动物种类繁多的类群，在自然生态系统中具有重要的地位和作用.目前GenBank上公布我国共有15种蜥蜴开发出278个微卫星标记.通过分析和探讨这些微卫星标记的开发方式及应用前景，旨在为今后其他蜥蜴微卫星标记的开发和应用提供参考依据.蜥蜴；微卫星标记；基因组；开发方式0 引言微卫星又称简单重复
哈尔滨师范大学自然科学学报 2016年3期2016-12-15
- 藏羚羊基因组微卫星分析与初步验证
藏羚羊基因组微卫星分析与初步验证都玉蓉1， 2， 谭春敏3， 徐永涛1， 周智红1， 马建滨1, 2*， 郭松长4*(1. 青海师范大学生命与地理科学学院，西宁810008； 2.青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室，西宁810008； 3. 青海省三江源民族中学，西宁810001；4. 中国科学院高原生物适应与进化重点实验室，西宁810007)为明确藏羚羊Pantholopshodgsoni核DNA中微卫星分布情况和特征，利用MISA工具对藏羚羊基因
四川动物 2016年6期2016-12-09
- 利用RNA-seq技术分析棘腹蛙编码区微卫星特征
析棘腹蛙编码区微卫星特征姜玉松1， 樊汶樵1， 徐敬明2*(1. 重庆文理学院林学与生命科学学院，重庆 402160； 2. 重庆珍稀濒危水产资源保护与开发研究中心，重庆 402168)棘腹蛙Paaboulengeri的遗传研究和基因组信息比较匮乏，致使可有效利用的分子标记非常有限。以棘腹蛙RNA-seq高通量测序数据为基础进行微卫星分子标记的大规模发掘和特征分析，结果显示：在121.6 Mb的棘腹蛙转录组序列中发现微卫星位点3165个，包含于3034条C
四川动物 2016年1期2016-12-09
- 磁珠富集法开发长臀鮠微卫星分子标记
集法开发长臀鮠微卫星分子标记孔 杰，蒋晓红＊，周 洲，张竹青，周 路，李道友（贵州省水产研究所，贵州贵阳550025）为长臀鮠遗传育种、种质鉴定和种苗流放等提供理论依据，采用磁珠富集法开发长臀鮠（Cranoglanis bouderius）微卫星分子标记，筛选获得阳性克隆进行分析，选取侧翼较长的序列，用Primer Premier 5.0设计合成引物。结果表明：从596个白斑中筛选获得80个阳性克隆，测序获得微卫星序列47个，其中完美型31个（66%），非
贵州农业科学 2016年7期2016-07-03
- 枣转录组序列的微卫星特征分析
枣转录组序列的微卫星特征分析魏琦琦a,b，林 青a,b，贾宝光a,b，吴 炼b，李承想a,b，张 琳a,b（中南林业科技大学 a. 经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室；b. 林学院，湖南长沙 410004）运用Illumina测序平台的RNA-seq技术对中秋酥脆枣的花、果实和枣吊进行了转录组测序，并对测序获得的Unigene进行微卫星特征分析。经序列组装和拼接，共获得34 587个Unigene，运用Misa软件分析发现12 624个微卫星。在所得
中南林业科技大学学报 2015年6期2015-12-20
- 诸氏鲻虾虎鱼转录组序列中微卫星标记的初步筛选及特征分析
鱼转录组序列中微卫星标记的初步筛选及特征分析蔡磊 余露军 陈小曲 叶惠欣 陈琳 李建军（广东省实验动物监测所广东省实验动物重点实验室，广州510663）旨在为大规模开发诸氏鲻虾虎鱼微卫星标记，采用高通量测序技术，对诸氏鲻虾虎鱼肝脏转录组进行了测序。结果共获得47 979条Unigenes，利用微卫星查找程序在47 979条Unigenes中共获得6 225个微卫星位点（12.97%），平均每7.02 kb就出现1个微卫星位点。6 225个微卫星位点由226
生物技术通报 2015年9期2015-10-25
- 大鼠全基因组微卫星分布特征研究
610064)微卫星又称简单序列重复(simple sequence repeats，SSRs)，是指1～6 bp的核苷酸为基本重复单位的串联重复序列，其长度大多在100 bp以内［1］，广泛存在于真核生物和一些原核生物的基因组中［2］。微卫星因突变速率快、多态性高等特性，广泛应用于动物个体识别［3-5］、群体遗传研究［6-7］、基因定位［8］、系统发育［9］及遗传疾病研究［10］。随着基因测序技术发展，更多物种的全基因组被测定和公布，有关动物基因组微卫星
江西农业大学学报 2015年4期2015-05-15
- 合浦珠母贝基因组微卫星富集文库的构建与分析
前的重要任务。微卫星(microsatellite)又称为简单重复序列(simple sequence repeats, SSR), 是以1～6bp的短核苷酸为基本单位, 如(AC)n、(AT)n、(CAG)n、(AGCT)n等, 首尾相连组成的串联重复序列[5]。微卫星标记具有数量多、分布广、共显性遗传、多态性丰富、结果稳定等优点, 已被广泛用于动植物的种群鉴定、选择育种、遗传多样性分析及遗传连锁图谱的构建等方面[6-8]。迄今, 有关合浦珠母贝微卫星序
海洋科学 2015年10期2015-04-11
- 中国鲎基因组微卫星富集文库的构建及分析
显得十分需要。微卫星即为简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)又称为短串联重复序列(Short Tandem Repeat, STR), 是由中央核心序列和两侧保守侧翼序列组成的, 核心序列为少数几个核苷酸(2~6个)组成的串联重复核苷酸序列。由于微卫星分子遗传标记技术所具有的易分离、共显性、多态性高、信息含量多、关联性好等优点[7], 使得其在物种遗传多样性分析研究上比其他DNA标记技术更适合, 并因此在濒危动物种群遗传学
海洋科学 2015年4期2015-04-11
- 微卫星标记及其在家畜遗传多样性中的应用
031100）微卫星标记及其在家畜遗传多样性中的应用裴智勇赵蓓蓓（山西省平遥县畜牧兽医服务中心，山西平遥031100）微卫星DNA标记是近年继RFLP之后发展起来的一种新的分子遗传标记技术。微卫星DNA标记具有数量大、分布广且均匀、多态信息含量高、检测快速方便等优点。在畜禽品种资源分类及遗传多态性评估和保存研究中，微卫星也是被广泛应用的遗传标记之一，通过对微卫星位点等位基因的突变模式研究来计算遗传距离，进行相关物种的系统进化研究以及利用微卫星位点重构系统发
中国畜牧兽医文摘 2015年2期2015-01-24
- 云南切梢小蠹微卫星的高通量发掘
650224)微卫星(microsatellite)又称简单序列重复或短串联重复，是指以1-6个核苷酸为重复单位串联组成的重复序列，由Miesfeld (1981)等在1981年首次发现。它们主要以2-3个碱基重复类型为主，广泛分布于原核生物以及真核生物基因组中(崔建洲等，2006;史洁等，2012)。微卫星不仅具有丰富的多态性、高度的杂合性和良好的稳定性，而且遵循孟德尔分离定律，呈现共显性遗传，具有容易操作和检测等优点(宋来鹏等，2008;张俊娥，201
环境昆虫学报 2014年2期2014-11-25
- 利用高通量测序技术分析核桃基因组微卫星特征1)
210037)微卫星序列(microsatellite or simple sequence repeats，SSR)是指以1～6个核苷酸为基本重复单位的串联重复序列[1]。微卫星广泛分布于各种生物的基因组中，尤其是真核生物基因组中。在群体间和不同个体间，微卫星序列均表现出很高的变异性，其在基因组中的位置决定了它的功能，能够影响包括基因调控、发展和进化等各个方面。目前，SSR分子标记技术广泛应用于植物遗传多样性分析、连锁图谱制作、疾病连锁分析和品种鉴定等方
东北林业大学学报 2014年2期2014-09-18
- 基于锚定PCR技术对10种重要农业害虫微卫星DNA位点的筛选及其特征分析
266109微卫星DNA(microsatellite DNA)一般指基因组中由短的重复单元(一般为1～6个碱基)组成的DNA串联重复序列，被称为短串联重复序列(short tandem repeats，STRs)或简单重复序列(simple sequence repeats，SSRs)。微卫星DNA广泛分布于真核生物的基因组中，在原核生物的基因组中也有少量分布(罗文永等，2003)。微卫星DNA符合孟德尔遗传模式，共显性遗传，通常具有丰富的多态性，易于
生物安全学报 2014年1期2014-08-15
- HBV相关肝细胞癌组织中CDC37基因启动子微卫星多态性及其与基因表达的关系
510515)微卫星是一种广泛存在于生物基因组中的由1～6个核苷酸组成的简单串联重复序列，又称为短串联重复序列或简单重复序列。人类基因组中二核苷酸重复序列(CA/GT)n是最为常见的微卫星形式之一，n为重复次数，通常为15～60次。微卫星具有高度的多态性和个体特异性，并且可以稳定遗传。CDC37蛋白是一种与细胞分裂周期有关的蛋白，能特异性地与未成熟的蛋白激酶结合并进而与热休克蛋白90结合，使蛋白激酶正确折叠和成熟。CDC37蛋白作为一种重要的蛋白激酶特异性
山东医药 2014年43期2014-08-15
- 云南松基因组微卫星富集文库的构建
云南松基因组微卫星富集文库的构建许玉兰1，2张瑞丽2田斌2蔡年辉2康向阳1段安安2 （1.北京林业大学 林木育种国家工程实验室，北京 100083；2.西南林业大学 国家林业局西南地区生物多样性保育重点实验室，昆明 650224）采用磁珠富集法构建云南松微卫星富集文库。云南松基因组DNA经RsaⅠ酶切，与特定接头连接，再用接头特异引物进行PCR扩增。连接扩增产物与用生物素标记的（AG）12、（AT）12、（CG）12、（GT）12、（ACG）12、（ACT
生物技术通报 2014年1期2014-03-17
- 三角帆蚌四核苷酸重复微卫星的开发及特征分析
蚌四核苷酸重复微卫星的开发及特征分析韩学凯1李家乐1，2王照旗1白志毅1（1.上海海洋大学 农业部淡水水产种质资源重点实验室，上海 201306；2.上海高校水产养殖学 E-研究院，上海 201306）用磁珠富集法和生物素标记（ATAC）5为探针构建了三角帆蚌基因微卫星富集文库。利用PrimerSelect软件对得到的微卫星序列进行引物设计并合成得到43对引物，初筛后发现有20对引物可以扩增出稳定、清晰的目的产物带。荧光标记这20对引物，然后用36只洞庭湖
生物技术通报 2014年6期2014-03-17
- 细角螺微卫星DNA富集文库构建及特征分析
有重要的意义。微卫星(microsatellites)DNA, 又称简单序列重复(simple sequence repeats, SSR)或短串联重复序列(short tanderm reapeats, STR), 由中间的核心序列与其两端的保守侧翼序列组成, 核心序列为1～6个核苷酸为重复单元的串联重复DNA序列。由于微卫星分子标记具有多态性丰富, 稳定性好, 符合孟德尔遗传和具有共显性[4]等特点, 自1984年被Tautz等[5]首次提出可用于群体
海洋科学 2013年4期2013-12-23
- 微卫星在酿酒酵母研究中的应用
712100)微卫星DNA由短的核心序列(一般1～6bp)串联重复构成，故也被称为简单重复序列(simple sequence repeats, SSRs)，如(CA)n、(GTG)n等，其中双核苷酸重复最为常见，其次为3个核苷酸或者4个核苷酸的重复。微卫星在真核生物基因组中广泛存在且均匀分布，在酵母中，每100kb就有1.8个微卫星位点[1-2]。自酿酒酵母全基因组序列公布以后，科学家开始构建搜索酿酒酵母微卫星序列的方法，并取得显著成果[2-5]。因微卫
食品科学 2013年5期2013-08-07
- 鸡Lpin1基因5′侧翼区微卫星变异的鉴定
450002)微卫星标记由于为多等位基因标记，在基因定位、遗传多样性研究上具有重要的应用价值，开发新的鸡微卫星标记可进一步丰富鸡微卫星数据库.位于启动子区域的微卫星具有潜在重要的功能［1，2］.鸡Lpin1基因是鸡重要的脂肪沉积相关的候选基因，鸡Lpin1基因微卫星的分布特性及其5′侧翼区微卫星变异的遗传变异研究，可为进一步开展鸡Lpin1基因的表达调控研究打下基础.微卫星DNA 又称短串联重复序列(Short tandem repeat，STR)，是基因
河南农业大学学报 2013年1期2013-07-04
- 微卫星标记多态性与番鸭体尺性状的关系
地方引种饲养。微卫星又称为简单重复序列 (SSR)，一般以1～6个碱基为核心序列，首尾相连的串联重复序列。微卫星标记与其他分子标记相比，具有在基因组中数量分布广而均匀、多态性丰富、等显性遗传以及分析方法简便、快捷等优点。因此，微卫星标记目前已被广泛应用于群体遗传结构、遗传多样检测的研究中［1-10］。在过去的几年里，已经从鸭类基因组中分离到了很多多态性丰富的微卫星遗传标记［11-12］，为鸭类的微卫星遗传标记和生产性状关系的研究打下了良好的基础。本研究分析
浙江农业科学 2012年12期2012-12-24
- 花鲈微卫星标记分离及其多态性分析
1018)花鲈微卫星标记分离及其多态性分析赵 燕, 季相山, 曾勇庆, 丁 雷, 杨萍萍, 王 慧*(山东农业大学 动物科技学院, 山东 泰安 271018)该文利用FIASCO法(fast isolation by AFLP of sequences containing repeats)和GenBank数据库搜索法开发花鲈微卫星标记, 并对筛选的标记进行多态性检测。两种方法共获得54条能够设计引物的序列, 扩增结果显示15对引物具有多态性, 多态性微卫
Zoological Research 2011年5期2011-12-25
- 种间转移扩增法筛选长爪沙鼠微卫星位点
法筛选长爪沙鼠微卫星位点谭元卿，李 薇，杜小燕，路 静，吴艳花，王 超，陈振文(首都医科大学基础医学院实验动物学系，北京 100069)目的 筛选长爪沙鼠新的微卫星位点，为长爪沙鼠遗传分析提供遗传标记物。方法 从GenBank中随机选取小鼠微卫星位点引物536对，用这些引物对长爪沙鼠基因组DNA扩增，将阳性目的条带进行序列分析，找出符合微卫星序列特征的短串联重复序列。结果 536对小鼠微卫星引物在长爪沙鼠基因组中扩增出了313个阳性条带，经序列分析，确定1
中国实验动物学报 2011年1期2011-09-27
- A New Problem with Cross-Species Amplification of Microsatellites: Generation of Non-Homologous Products
15-320.微卫星跨物种交叉PCR扩增的一个新问题：扩增非同源产物岳根华1,4,*, Balazs Kovacs2, Laszlo Orban1,3,*(1.Reproductive Genomics, Strategic Research Program, Temasek Life Sciences Laboratory, Singapore; 2.Regional University Center of Excellence in Environm
Zoological Research 2010年2期2010-12-25
- 大珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选
是十分必要的。微卫星DNA是遗传多样性分析和分子标记辅助育种最适遗传标记之一。但大珠母贝的微卫星标记数量不多。Evans等[2]报道了6个多态标记和Smith等[3]报道了8个微卫星标记,远不能满足应用的需要,因此必须开发大量的微卫星标记。本实验采用生物素-磁珠富集法和探针杂交相结合的方法,构建了大珠母贝的微卫星富集文库,筛选大珠母贝的微卫星标记,为大珠母贝的遗传育种、保护生物学和种群遗传多样性等研究奠定基础。1 材料与方法1.1 材料来源用于微卫星分离的
海洋科学 2010年8期2010-03-15