位点
- 基于SSR 标记的山茶属位点组合品种鉴别能力分析评价*
SSR 分子标记位点在品种类群通用性、扩增结果重复性和位点多态性信息含量（polymorphism information content, PIC）等方面参差不齐并且差异较大，而多态性高、重复性好、通用性强等的SSR 位点是应用分子标记辅助植物品种鉴别的基础，因此SSR 分子标记位点的筛选尤为重要。前人对品种鉴别能力的分析评价往往是基于单个位点，而单个位点对品种的鉴别效率不高，多个位点组合可能会达到更好的品种鉴别效果，因此开展SSR 位点组合品种鉴别能力
林业科学 2023年8期2023-10-19
- 基于小波变换算法实现刀位点可控误差预处理研究
2]。这就需要刀位点采取有序性序列分布，使其具有高可靠性。并通过平顺性处理使加工质量得到提升的同时降低加工成本[3,4]。Douglas等[5]提出Split方法，达到了曲线平顺性目的，然而较难处理曲线曲率较大情况。赵等[6]提出平顺插补算法，实现了加工轨迹曲率的平顺过渡，但算法复杂且难以控制误差。S.Mallat等[7]提出多分辨分析概念，为小波变换函数的建立奠定了基石。Daubechies等[8]构造正交小波变换基函数，促进了小波变换分析系统理论初步构
电子测试 2022年16期2022-10-17
- DNA脱碱基位点的检测方法及其生物学研究进展
，AP）形成AP位点损伤［1-7］（图1A），据报道，平均每天每个哺乳细胞至少会产生10 000个内源性AP位点［2，8］。当DNA暴露于外源性物质如酸、烷化剂、电离离子或紫外线后［9-12］均会使DNA脱去碱基并生成AP位点［13］（图1B）。另外AP位点也是碱基切除修复（Base excision repair，BER）途径的关键中间体［14］，如活性氧引起DNA氧化损伤的标志物8-羟基-2′-脱氧鸟嘌呤核苷（8-OHdG）经BER中特殊糖基化酶的切除
分析测试学报 2022年9期2022-09-21
- HCN气体在金属Cu、Zn表面吸附的密度泛函研究
)表面上不同吸附位点的吸附性质. 通过分析对比吸附能，电子态密度以及电荷转移情况，得到HCN在Zn、Cu不同表面上最稳定的吸附构型. 本文的研究对于Cu、Zn催化机理的研究和金属催化剂性能的改进具有重要意义.2 计算方法及模型本文中所有的理论计算均采用Materials-Studio(MS)软件包中的DMol3软件包完成. 采用广义梯度近似(GGA)中的Perdew-Burke-Ernzerh(PBE)交换关联势描述电子交换相关作用. 构建2×2的超晶胞，
原子与分子物理学报 2021年6期2021-12-27
- 镍基单晶高温合金多组元置换的第一性原理研究
Al中的相择优和位点择优占位行为，对分析其在γ-Ni和γ′-Ni3Al中的强化机制至关重要。目前研究人员主要采用基于密度泛函理论(DFT, density functional theory)的第一性原理方法研究Ni3Al中元素的位点择优，其中倾向于占Ni位的元素较少，大多数元素优先占据Al位。Wu等[7]计算发现，Mo、Re、Ta、W、Ti、Nb、Cr、Y均倾向于占Al位。Zhou等[8]、Yu等[9]和Liu等[10]通过对比原子探针和扫描电镜试验结果
上海金属 2021年6期2021-12-02
- 基于信息熵的肿瘤样本纯度估算研究∗
测序数据识别差异位点结合EM算法来评估肿瘤纯度；Infinium⁃Purify［8，12］利用秩和检验识别DNA甲基化差异位点并结合高斯核密度函数计算肿瘤纯度。不难发现，目前利用甲基化数据评估肿瘤纯度的方法多是基于信息位点的选择。选择信息位点是指在肿瘤样本和正常样本中甲基化程度出现差异的CpG位点，差异越显著越有可能被识别为信息位点。尽管目前根据肿瘤和正常组织甲基化水平差异确定差异甲基化位点的方法已经得到了很好的研究，但不同的信息位点选择方法对肿瘤纯度的估
计算机与数字工程 2021年10期2021-11-08
- SSR-based hybrid identification, genetic analyses and fingerprint development of hybridization progenies from sympodial bamboo (Bambusoideae, Poaceae)
P27)扩增的位点对A、E及其34个E×A 杂种聚类分析的树状图Table 2 Fingerprints of 34 hybrids from E × A cross using alleles detected from SSR primers of P8, P20 and P27表2 利用SSR引物P8，P20和P27扩增的位点构建34个E×A 杂种的指纹图谱2.2.2 Identification of E × C hybrids, genetic
南京林业大学学报（自然科学版） 2021年5期2021-10-13
- 掺杂、应变对析氢反应催化剂NiP2性能的影响*
表面上P的top位点是催化活性位点的结论. 并着重分析了掺杂和应变对NiP2催化活性的影响: 1)基于常见的实验手段能产生的应变范围, 计算了1%和3%的拉伸和压缩应变的影响, 发现在NiP2上施加1%的压缩应变可以提高其HER催化性能; 2)计算了过渡金属元素及非金属元素(N, C, S)掺杂对NiP2催化性能的影响, 发现掺杂S可以显著提高P的top位点的HER催化性能, 而过渡金属元素(催化活性: Mn ＞ Mo ＞ W ＞ Co ＞ Cr ＞ Fe
物理学报 2021年14期2021-08-05
- 银杏转录组SSR位点分布及其序列特征分析
与银杏性别相关的位点，为早期银杏性别的鉴定提供了理论依据[11]，而有关SSR 位点的分布、不同基元类型的组成及其特征的详细分析等方面的研究报道却较少。分子标记被广泛应用于遗传多样性分析、遗传图谱构建和品种鉴定之中[12]。简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR）又称作微卫星标记，是一种由1～6 个碱基串联、重复不同次数才组成的重复DNA 序列。SSR 分子标记技术具有多态性高、重复性好、标记数量多、成本低廉、等位基因变异多等优
经济林研究 2021年2期2021-07-09
- 基于网络公开测序数据的K326烟草线粒体基因组RNA编辑位点的鉴定与分析
粒体RNA 编辑位点数量差异较大。目前，在绿藻中尚未发现RNA编辑位点，而在苔藓植物中发现了2 000 多个位点［7］，在裸子植物中约有500 个位点［8］，在被子植物中发现了200 到700 个位点［9-10］。烟草（Nicotiana tobacum）是一种重要的经济作物，可作为烟草工业的原料，同时也是分子生物学和基因工程研究的模式植物［11］。对烟草RNA 编辑的研究有助于深化对RNA 编辑生物学功能的认识，有益于利用RNA 编辑调控基因表达以改进烟
烟草科技 2021年6期2021-06-24
- 封闭群比格犬微卫星的筛选及初步应用∗
]用24个微卫星位点引物在12只比格犬中的研究发现有7对引物扩增结果具有较好的多态性和重复性。闫志峰等[13]用16个微卫星座位共检测到175个等位基因,平均为10.875个,平均多态信息含量为 0.6768～0.8743,群体杂合度为 0.7505～0.8807。国际动物遗传学会(International Society of Animal Genetics,ISAG)在2001—2002年首次验证不同微卫星 DNA标记在犬亲权鉴定中的有效性及可靠性,
实验动物科学 2020年5期2020-12-31
- 402例壮族孕期女性GJB3、SLC26A4基因测序结果分析
在我国主要的突变位点是c.538C＞T，而SLC26A4基因突变位点主要是c.919-2A＞G[2]。SLC26A4基因突变是引起遗传性耳聋Pendred综合征（pendred syndrome，PDS）/非综合征性前庭导水管扩大（nonsyndromic enlarged vestibular aqueduct，NSEVA）的重要基因。PDS/NSEVA是感觉神经性听力损失（sensorineural hearing loss，SNHL）谱系，通常是先天
中国医药科学 2020年19期2020-11-21
- 基于等位基因编码的遗传位点关联分析
态性,我们称之为位点.大量研究表明,人体的许多表型性状差异以及对药物和疾病的易感性等都可能与某些位点相关联[1],或和包含有多个位点的基因相关联.因此,定位与性状或疾病相关联的位点在染色体或基因中的位置,能帮助研究人员了解性状和一些疾病的遗传机理,也能使人们对致病位点加以干预,防止一些遗传病的发生.近年来,研究人员大都采用全基因组的方法来确定致病位点或致病基因[2～6].具体做法是:招募大量志愿者(样本),包括具有某种遗传病的人和健康的人,通常用1 表示病
湖南理工学院学报（自然科学版） 2020年3期2020-10-26
- 基于蚁群算法的基因位点组合与眼压数据的相关性分析
)引 言基因的多位点组合与表型的关联分析是生物信息学的研究热点，近年来的研究表明，在对复杂性遗传疾病的分析上，相比于单基因位点，多基因的多位点组合与表型的关联更为显著。然而，现有的方法仅适用于分析多位点组合与离散型表型的关联，不能分析其与连续型表型的关联。原发性青光眼属于复杂遗传病[1]，是全球第二位的不可逆性致盲眼病[2-3]，在我国，原发性青光眼(不包括先天性青光眼)的致盲率约为10%[4]。原发性开角型青光眼(primary open-angle g
北京化工大学学报（自然科学版） 2020年4期2020-10-11
- 我国科学家揭示全新DNA复制起始位点调控机制
别染色质上的复制位点，进一步招募DNA解旋酶MCM（Minichromosome maintenance）等，形成复制前体复合物，完成复制起始位点的认证。而当细胞进入复制期S期时，被认证的复制起始位点被选择性地激活使用。真核生物DNA复制起始位点的选择受DNA序列和表观遗传因素共同调控。目前，表观遗传因素对染色质上DNA复制起始位点的选择机制仍然不清楚。我国科学家发现含有组蛋白变体H2A.Z的核小体能够通过直接结合甲基化酶SUV420H1，促进核小体上的H
石河子科技 2020年2期2020-02-20
- 6株H9N2亚型禽流感病毒厦门分离株全基因序列测定与分析
传进化及关键基因位点分析，旨在进一步了解当地H9N2流行株毒力特点，并为今后的禽流感防控提供科学依据。1 材料和方法1.1 分离毒株6株分离株，其中5株分离自健康鸡群，包括2015年9月分离自某活禽交易市场的A/Chicken/Xiamen/09/2015（H9N2）（简称XM09），2015年10月分离自某养殖场的A/Chicken/Xiamen/10/2015（H9N2）（简称XM10），以及2017年分离自某活禽屠宰场A/Chicken/Fujian
中国动物传染病学报 2019年6期2020-01-09
- 合肥地区耐多药结核分枝杆菌异烟肼、链霉素及乙胺丁醇耐药相关基因位点表达研究
EMB的耐药基因位点表达情况进行更进一步探究，为应用适合合肥地区甚至更大范围快速检测MDR-TB INH、SM、EMB的耐药性提供更多的分子诊断数据。现将结果报道如下。1 材料与方法1.1 菌株来源 101株耐多药结核分枝杆菌均取自2013年1月至2017年12月在本院接受诊治的结核病患者。结核分枝杆菌标准野生对照株为H37Rv(ATCC27294)由中国疾病预防控制中心传染病控制所提供。1.2 仪器与试剂 美国ABI公司ABI7300基因扩增仪；深圳亚能
国际检验医学杂志 2019年14期2019-08-02
- 二项式通项公式在遗传学计算中的运用*
3 类：①2 个位点纯合的基因型AABB、AAbb、aaBB、aabb 4 种， 即占4/9；②1 个位点纯合1 个位点杂合的基因型AABb、AaBB、Aabb、aaBb 4 种，即占4／9；③2 个位点杂合的基因型AaBb 1 种，即占1／9。 3 对等位基因的杂合体自交后代中的27 种基因型可以分为4 类，n 对等位基因的杂合体形成的3n 种基因型可以分为n+1 种类型，用二项式展开法可以快速计算每种类型的比率。 例如4 对等位基因的杂合体AaBbCc
生物学通报 2019年3期2019-02-17
- 基因型和表现型的快速判断法
从左边数起第1个位点上A与a是按照4：4的频率出现，即A、A、A、A、a、a、a、a；第2个位点上B与b则按照2：2的频率出现，具体为AB、AB、Ab、Ab、aB、aB、ab、ab；第3个位点上C与c按照1：1的频率出现：ABC、ABc、AbC、Abc、aBC、aBc、abC、abc。即从左边数起在第1个位点上显性基因与隐性基因出现的频率为：(2)n-1：(2)n-1,在第2个位点上显性基因与隐性基因出现的频率为：(2)n-2：(2)n-2,在第r个位点上
生物学教学 2018年4期2018-11-29
- 一种改进的多聚腺苷酸化位点提取方法
骤。多聚腺苷酸化位点（Poly（A）位点）标识基因末端，准确识别poly（A）位點有利于确定成熟的mRNA。如果一个基因含有多个poly（A）位点，通过不同poly（A）位点的选择可以产生不同性质的mRNA（Alternative Polyadenylation， APA）。全基因组3末端测序技术产生了大量包含poly（A）位点信息的序列，如何从这些序列中快速有效地获取poly（A）位点成为生物学家关注的焦点。本文针对3末端测序数据，通过Perl脚本和生物
电脑知识与技术 2018年19期2018-11-01
- 唐山地区汉族人群特应性皮炎患者外周血IL-10基因多态性分析
关，其多个多态性位点已被证实与癌症、部分传染病和炎症(包括AD)具有一定的相关性[4]。但上述IL-10基因多态性的相关研究是在不同民族人群中进行的，其结果并不一致。本研究观察了唐山地区汉族人群IL-10基因rs1554286、rs1518111、rs3021094、rs3024490、rs1800871位点的多态性，现分析IL-10基因多态性与AD发病风险的关系。1 资料与方法1.1 临床资料 选择2016年6月～2017年6月唐山市工人医院收治的唐山地
山东医药 2018年32期2018-09-26
- 应用石斛EST序列对SNP位点开发与分析1)
NP标记进行前期位点开发挖掘、再通过试验进行候选SNP位点检测验证，是SNP标记降低成本的快捷高效的开发途径之一[5]。EST(表达序列标签)是来源于功能基因表达的cDNA片段，也是识别转录区多态性的重要资源。随着研究的深入，公共数据库中EST序列以飞快的速度递增，极大地促进了以EST序列为基础的分子标记的开发，目前EST-AFLP、EST-RFLP、EST-SSR、EST-SNP等分子标记手段已经非常普遍[6]。这些基于EST序列开发出的分子标记除具有一
东北林业大学学报 2018年5期2018-06-15
- 小麦株高及其构成因子QTL定位研究
共检测到株高相关位点10个，穗长相关位点14个，倒一节间长相关位点19个，倒二节间长相关位点15个，倒三节间长相关位点17个，倒四节间长相关位点14个，倒五节间长相关位点22个，茎节数相关位点14个。所有位点中，2个株高相关位点，4个穗长相关位点，4个倒五节间长相关位点，4个倒四节间长相关位点，2个倒三节间长相关位点，1个倒二节间长相关位点，2个倒一节间长相关位点，2个茎节数相关位点在两个环境中都被检测到。【结论】共挖掘到125个与株高及各茎节间长相关的Q
四川农业大学学报 2017年4期2018-01-05
- Autotaxin蛋白修饰性位点的生物信息学预测*
化、糖基化等催化位点非常重要，可以采取生物信息学手段完成预测工作，为进一步挖掘其生物学意义提供理论基础和研究思路。1 材料与方法1.1 材料 人Autotaxin蛋白fasta格式数据来自NCBI蛋白数据库，全长 915 aa，GenBank号为：AAA64785.1。1.2 方法 Autotaxin蛋白的磷酸化位点分析分别利用软件 DISPHOS 1.3［6］、PhosphoSitePlus［7］、KinasePhos［8］、Scansite［9］、Ne
生物学通报 2017年9期2017-07-31
- CpG位点选择对焦磷酸测序法检测肝癌SMP30启动子甲基化的影响
)·论著·CpG位点选择对焦磷酸测序法检测肝癌SMP30启动子甲基化的影响莫之婧，郑顺心，周素芳(广西医科大学，南宁530021)目的 选择适宜的CpG位点用于焦磷酸测序法检测肝癌衰老标记蛋白30(SMP30)启动子甲基化。方法 提取人肝癌细胞系SMCC-7721和BEL-7404的基因组DNA，设计针对SMP30基因序列1和序列2的扩增和测序引物，焦磷酸测序法检测SMP30基因序列1和序列2中的CpG位点甲基化程度，并用Sanger测序法验证序列2中出现
山东医药 2017年9期2017-05-03
- 线粒体DNA及其基因突变与Leber遗传性视神经病关系的研究进展
tDNA某些基因位点的突变有关，突变位点不固定，包括11778、3460、14484三个主要原发突变位点和其他继发突变位点，患者通常仅有一个mtDNA位点的突变，也可同时合并多个位点的突变。Leber遗传性视神经病；线粒体DNA；基因突变；原发突变；继发突变Leber遗传性视神经病又名LHON或家族性视神经病，是青壮年致盲的主要疾病之一，15～35岁人群高发，平均发病年龄24岁，男性发病率高于女性，通常有家族遗传史[1,2]。LHON是一种主要累及视盘及视
山东医药 2017年44期2017-04-05
- embB基因突变与乙胺丁醇药敏表型及耐多药关系的研究
）embB306位点及其他突变位点与乙胺丁醇（ethambutol，EMB）的耐药表型及耐多药（multidrug resistant，MDR）的关系；分析embB基因突变与EMB药敏表型及MDR的关系。方法对临床分离的MTB采用BD MGIT 960 SIRE试剂比例法进行药敏试验，取48株EMB耐药、46株EMB敏感但耐其他药及7株四药均敏感MTB提取核酸并扩增embB基因全序列，对扩增产物进行测序分析embB基因序列，与H37Rv标准株序列比对，分析
分子诊断与治疗杂志 2017年1期2017-02-08
- 基于全自动毛细管电泳技术建立的单核细胞增生李斯特氏菌MLVA分型方法
Lm)分离株的多位点串联重复序列分型(Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis ，MLVA)方法，为暴发确认和溯源检测提供实验室支持。方法 对2005—2014年间分离自食品的91株Lm进行14个可变数目串联重复序列(Variable Number of Tandem Repeats, VNTR)位点的检测，评估最优检测位点组合并分析检测结果。结果 通过采用软件分析，由LMV1、LMV2、L
中国人兽共患病学报 2015年9期2015-05-09
- 基于第二代测序数据识别肿瘤基因突变的工具比较
短read，每个位点的碱基都有测序质量。通过比较一个病人的正常和肿瘤组织样品的基因组测序数据，我们可较容易地确定肿瘤组织中发生了哪些点突变。但是样品中细胞纯度、测序错误、碱基测序质量、read比对(与参考基因组比对)，都给这个任务带来一定的挑战，特别是对设计插入和删除的点突变。许多现有的工具先过滤掉一些read和碱基，然后计算报导位点各allele序列的read数目，之后比较位点在正常和肿瘤样品中各allele的read频率。但是这些工具的验证正确率一般都
生物信息学 2014年3期2014-11-14
- 对胆囊收缩素受体A基因进行深度测序寻找精神分裂症相关位点
s1800857位点可能与精神分裂症相关，并多次被证实［11-12］。通过持续研究，多个位点被证实与精神分裂症相关，如:rs1800908、rs1799723等［13］。本研究通过对CCKAR基因进行深度测序，寻找了CCKAR基因中其他与精神分裂症相关的单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism，SNP)位点或罕见变异位点。对象和方法对象及分组2008年12月至2009年2月在东北招募的精神分裂症患者8例 (病例组)和正
中国医学科学院学报 2014年5期2014-09-09
- 含内含子的核糖体蛋白基因转录起始位点情况分析
蛋白基因转录起始位点情况分析丁雪梅（曲靖师范学院 数学与信息科学学院，云南 曲靖 655011）选取69个含内含子的核糖体蛋白基因，抽取其中每个基因转录起始位点附近长度为100个碱基的序列，发现转录起始位点为碱基A的占92.8%，给出由位点状态转移到位点后与位点相邻状态的一步转移概率矩阵P以及由位点前与位点相邻状态转移到位点状态的一步转移概率矩阵 .含内含子的核糖体蛋白基因中富含碱基A，T的序列可能有利于基因的转录.内含子；核糖体蛋白基因；转录起始位点1
赤峰学院学报·自然科学版 2013年4期2013-07-31
- 中国北方汉族群体TPH2基因5′和3′端SNP位点遗传多态性
′和3′端SNP位点检测结果244例中国北方汉族个体测序结果显示除已报道的 rs4570625（－703G/T）、rs11178997（－473T/A）、rs11178998（90A/G）、rs41317118（92999G/A）、rs17110747（93329G/A）和 rs41317114（93724G/C）6个SNP位点外，在92922位点检测到1例C/T变异（表1，图1），由于其等位基因频率小于1%，因此考虑为突变。另外，在92999G/A位点未
法医学杂志 2013年1期2013-05-19
- 官能团修饰对MOF-5的气体分子吸附影响
OF-5不同吸附位点的CO2等温室气体和部分工业废气吸附性能以及对不同气体的选择性吸附能力.结果表明,对于未修饰的MOF-5,位点I和II是主要的吸附位点,最大吸附能可达-0.25 eV.官能团修饰提高了MOF-5对CO2的吸附能力,其与官能团活性和局部位型密切相关.其中―NO2修饰使各位点的CO2吸附能力都有一定提高.同时,―NO2修饰后MOF-5对空气环境(O2,N2,H2O,CO2),工业废气环境(CO2,CO,NO,NO2, SO2,SO3)中不同
物理化学学报 2012年1期2012-12-21
- 河南汉族人群同胞兄弟短串联重复序列多态性测定
R(Y-STR)位点(DYS19、DYS385、DYS389Ⅰ、DYS389Ⅱ、DYS390、A7.1和H4)和13个常用的常染色体STR位点(CSFIPO、TPOX、THOI、F13AOI、VWA、D16S539、D7S820、D13S317、 D18S51、D3S1358、D21S11、D8S1179和D5S818)联合运用于同胞兄弟鉴定,探讨其可行性以指导实践。1 材料与方法1.1 样本来源 随机抽取来自河南汉族不同家系的80对同胞(包括 34对兄弟
郑州大学学报（医学版） 2010年2期2010-03-19