学科建设发展较慢。在单一校区情况下,学校学科结构稳定,管理复杂性低。形成多校区后,学科门类齐全,首先打破了原先行动单一时权力集中的大一统局面,各学科要被赋予必要的发展权力,专业面的拓宽、学科领域的拓展增加了学科建设的复杂程度;其次各校区同一学科的结构分布太散,难以融合,也给管理上带来了较大困难;再次,高层次人才是学科建设的主要载体,他们的学术水平直接关系到一所大学办学水平的高低,可以说他们是大学的支柱,是大学的核心竞争力量。高校兴办新学科尤其需要他们的力量,他们的到来能发挥旗帜性的领导作用,形成人才聚集效应,从而加快学科的建设进程,但高层次人才资源处于高校师资队伍金字塔结构的上层位置,相对匮乏。大学的基本组成单位是学科,大学的资源也主要附着在学科载体上,学科是大学管理中的重要因素,因此盘活学科、合理解决学科融合、调整学科结构分布等,成为多校区大学管理中面临的重要课题。
管理权力分配复杂。目前高校多实行校、院二级管理模式,在单校区运作情况下,学院、教师分布范围较小,相对集中,易于管理和协调;各职能部门、学院、教研室都容易形成密切的联系,上情下达、下情上传的通道都较顺畅。但高校多校区办学后,由于“战线过长”,宽跨度管理模式导致管理效率下降的问题表现突出,人力资源管理也更具复杂性和艰巨性。
高校管理中原本就存在着权力的集中与分散的矛盾,多校区的建设更加激化了这对矛盾。在我国,传统的学校管理通常是集权式的,然而面对规模庞大、校区分散的新形势,集权式管理却是不利的,会严重窒息高校的进一步快速发展。但是权力过于分散,也会使大学变得权力多中心化,给校级权力中心的调控带来较大的麻烦。
管理效率降低。一是高校合并后,管理机构重复,管理人员偏多,考虑到合并后的稳定需要,又不能大规模调整,一定程度上延缓了高校人事制度改革的步伐。二是原本单一校区管理经过若干年的发展已经处于相对稳定状态,新校区的增加打破了原有的稳定,增加了管理的复杂程度,从而降低管理效率。三是对于校级管理机构而言只能坐落在某一校区,由于地理位置的差距,相对其他校区的管理,就增加了难度。四是由于各个校区地理位置的因素,给师生员工在各校区之间的活动带来了很大的不便,交通与通信成本增加。
师生员工对学校的认同感不强。就教师与其他员工而言,对原本实力相对较弱的校区来说,教职工既有获得知名学校品牌的喜悦,也有存在受到歧视和淘汰的担心;对原本较好的校区来说,教职工则存在利益被他人分配的担心;教职工复杂的心态对管理也提出了挑战等。而学生虽考入了理想的大学,但是由于多校区的状况,仅有少数学生能够享受到原汁原味的校园氛围,新校区在一定程度上无法得到总校的历史、文化等渗透,学生欠缺总校那样长期以来一届传一届师兄师姐的“传帮带”氛围,大多数学生的心里会感觉失落。