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(1.中南大学湘雅药学院药理学系,湖南 长沙410078;2.心血管研究湖南省重点实验室)
1976年首次发现,一些植物的类病毒由单链共价闭合的RNA分子构成[1],提示存在环状RNA(circular RNA,circRNA)。随后Hsu等[2]在电子显微镜下观察到人HeLa细胞质中也存在circRNA。由于circRNA的表达量很低,一度被视为是RNA异常剪接的产物,没有受到重视。直到陆续发现circRNA广泛存在于各种不同的后生动物(例如人、小鼠、斑马鱼、线虫、果蝇以及植物)[3],才逐渐意识到其可能具有重要的生理功能。circRNA在不同的组织器官中均有分布,十分稳定,不易降解,在进化过程中保守性强[4]。circRNA在基因表达调控方面发挥着重要作用,也是人类疾病的重要标志物。
circRNA是一类不具有5′末端帽子和3′末端poly(A)尾巴,由共价键形成闭环结构的RNA分子[5]。经典的RNA检测方法只能分离具有多聚腺苷酸尾(polyA)结构的线性RNA分子[6]。不同于线性RNA分子,circRNA不具有poly(A)尾巴,长久以来大多数circRNA都隐藏在转录组多聚腺苷酸化RNA分析的“雷达侦测”之下[7]。近来,为了在基因组水平鉴定circRNA,研究者提取总RNA之后,同时去除核糖体RNA和线性RNA,富集circRNA进行测序,从而检测到更多种类的circRNA。circRNA的调控作用贯穿基因调控的全过程,从mRNA转录、剪接到RNA降解和翻译。目前应用最广泛的筛选circRNA的方法主要有2种,包括高通量测序和芯片分析。
circRNA由线性RNA反向剪接而来,主要来自蛋白质编码基因的外显子,也可由内含子区、非翻译区、基因间的基因座和已知转录本的反义序列得来[7]。
根据其来源主要分为3类:
(1)外显子环状RNA(Exonic circRNAs,ecircRNA)。Jeck等人[4]提出ecircRNA主要通过两种模式形成:第1种是套索驱动环化,通过外显子跳读所介导。第2种是内含子配对驱动环化,直接反向剪接而来。在此机制中,外显子上下游的侧翼内含子序列中包含反向重复ALU元件,介导ecircRNA的形成[8]。除了ALU元件之外,成环外显子侧翼内含子序列中还富集着反向互补配对序列(reverse complementary matches,RCMs),影响circRNA的产生,双链RNA蛋白酶参与该过程,并且敲低基因编辑基因ADAR(adenosine deaminases acting on RNA)1后,ecircRNA的表达显著增加[5]。
此外,RNA结合蛋白也可介导ecircRNA的形成。 RBM20是一种RNA结合蛋白,可涉及多种心脏特异性基因的编辑过程,包括Titin基因。Titin基因的I-band区可形成许多ecircRNA,其中一些ecircRNA可以动态调控扩张型心肌病, RBM20突变会影响该区域ecircRNA的形成,诱导心肌病的发生[9]。 RNA结合蛋白FUS参与RNA的许多生物合成过程,可以与ecircRNA反向剪接位点两侧的内含子结合,调控ecircRNA的产生[10]。
(2)外显子-内含子环状RNA(exonic-introniccircRNA,EIcircRNA)。EIcircRNA与ecircRNA的形成机制相同,外显子成环后,还有内含子保留在外显子之间,这样的circRNA被称为 EIcircRNA。 EIcircRNA主要在细胞核内与U1snRNP相互作用,顺式调控其亲本基因的转录[11]。
(3)内含子环状RNA (circular intronic RNA,ciRNA)。CiRNA仅仅由内含子组成,其生物合成依赖于一个共有基序,该基序包括5′剪接位点附近的一个7nt的富含GU的元件和分支点附近的一个11nt的富含C端的元件。大多数ciRNA存在于细胞核内,与细胞质circRNA有不同的作用方式。CiRNA不与miRNA结合发挥“海绵作用”,但也会影响基因的转录过程。如基因ankrd52的内含子形成ci-ankrd52,大量富集于ankrd52的转录起始位点,正向调控RNA聚合酶II的功能,有效促进ankrd52的转录[12]。
3.1充当“miRNA海绵” microRNAs(miRNA)是小非编码RNA分子,一般长度为20~25 nt,通过介导靶基因降解或限制靶基因翻译,从而抑制靶蛋白的表达[13]。circRNA可发挥竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,CeRNA)作用,竞争性结合miRNA,解除miRNA对其靶基因的抑制作用,反过来促进靶基因的表达[14-15]。因此,miRNA分子海绵作用是circRNA最重要的作用机制之一[16-19]。circRNA与mRNA在细胞质中竞争性与miRNA结合,影响基因的调控[4]。
CiRS-7/CDR1as是小脑退行性相关肽(CDR1)基因的反义转录本[20],与miR-7(包括miR-7a和miR-7b)有超过70个保守结合位点,可作为分子海绵有效抑制miR-7活性。CiRS-7/CDR1as稳定富集在细胞质中,导致miR-7不能作用于靶基因,使靶基因表达水平增高[17]。除了ciRS-7,还有一些circRNA可作为有效的“miRNA海绵”,如circ-SRY与miR-138在小鼠有18个结合位点,可是两者在人体中却不结合[16]。此外,在食管鳞癌组织中,circ-ITCH可以与亲本基因ITCH竞争性结合miR-214、miR-7和miR-20a,促进其靶基因ITCH的表达[21]。circ-HIPK3来源于HIPK3基因的2号外显子,与9个不同的miRNA共有18个结合位点,能抑制多个miRNA的活性来调控细胞增殖[22]。
3.2调控基因转录尽管大多数circRNA存在于细胞质,部分circRNA在细胞核内也能检测到。RNA ciankrd52,ci-mcm5和ci-sirt7在细胞核内聚集不含有miRNA反应元件。敲低丰度最高的ci-ankrd52导致线性mRNA ankrd52显著下调,但对其他上游和下游基因没有影响,表明ciRNA顺式调控其亲本基因的表达。CiRNAs和Pol II的延伸复合物之间存在相互作用,这可能是ciRNAs调控基因转录的潜在机制[12]。
circRNA调控基因转录的另一个机制是与U1snRNP直接且稳定地相互作用[23]。在EIciRNA中,保存的内含子有一个U1snRNP结合位点。使用RNA-DNA双荧光原位杂交发现EIciRNA,U1 snRNP,Pol II和宿主基因启动子之间存在多重相互作用。尽管circRNA会干扰其同源线性mRNA的形成,一旦生成EIciRNA,它们可以反过来增加自身以及相应线性转录本的表达[11]。
3.3调控蛋白质生成circRNA可以与Pol II和AGO蛋白相互作用,充当蛋白调控者,影响蛋白质的定位、种类和储存RNA结合蛋白(RNA binding proteins, RBP)[24]。circMbl拥有剪切因子muscleblind(MBL)结合位点,通过与MBL结合反过来调控circMbl的形成,这是一种复杂的蛋白质自身调节机制[25]。circ-Foxo3能与蛋白质CDK2 和P21结合,形成三元复合体,调控细胞周期进程[26]。
3.4翻译蛋白质circRNA自被发现以来一直被定义为非编码RNA。事实上,大多数circRNA来源于蛋白编码序列和开放阅读框,并且存在于细胞质中,因此早有研究者怀疑circRNA可能翻译蛋白质。1995年就有文献报道,某些circRNA拥有内部核糖体插入位点(internal ribosome entry site,IRES),可以进行翻译[27]。构建一个包含IRES的circRNA转染到细胞中,可以翻译出功能性蛋白质[28]。circ-FBXW7是抑癌基因FBXW7的第 3、4 外显子环化形成的一个circRNA,可翻译一个185氨基酸大小的蛋白质-FBXW7-185aa。FBXW7通过泛素化途径调控原癌基因c-Myc的稳定性,而FBXW7-185aa可以协同母基因FBXW7,降低c-Myc的蛋白表达,促进c-Myc的泛素化降解,从而抑制胶质瘤的发生[29]。这些研究打破了“circRNA属于非编码RNA”的传统认识。
最近有研究表明,circRNA即使没有IRES和翻译时所需的特定序列(“帽子”结构和poly-A“尾巴”),也能翻译成蛋白质[30]。然而,外源性circRNA可以进行翻译,却还没有证据表明内源性circRNA也能进行翻译。
3.5调控蛋白质翻译一些ecircRNA有翻译起始密码子序列,使得线性转录本不能产生蛋白质,导致终产物表达下调。这种调控作用成为“基因陷阱”(mRNA traps),即circRNA调控蛋白质的翻译不是通过自身翻译蛋白质,而是经由阻断其他蛋白质的形成。在人成纤维细胞中,34%单个环状外显子包含起始密码子,表明circRNA作为“基因陷阱”的广泛作用[24]。
心血管疾病时circRNA变化情况如表1所示。对circRNA在心血管疾病中的作用的了解还很有限,研究其在心血管疾病中的作用可能揭示新的发病机制,继而发现治疗心血管疾病的新策略。
Wilson等[39]对14例人类心脏组织,25例小鼠心脏组织以及28天时间序列跨度的人类胚胎干细胞分化的心肌组织中的circRNA进行了RNA深度测序,分别在人和小鼠中发现了15 318个和3 017个心脏circRNA。这些circRNA的表达量与其同源线性RNA的表达量一致,含量最高的circRNA所对应的基因也是心肌组织特异性的基因,比如titin,RYR2和DMD基因。含量最丰富的circRNA为circSLC8A1-1。Titin基因对应高达402种不同的circRNA。心血管系统中的circRNA及其功能如表2所示。
表1 心血管疾病时环状RNA变化情况
4.1 circRNA与心肌梗死在心肌梗死小鼠心肌或低氧处理的心肌细胞中, Cdr1as和miR-7a均上调[40]。 Cdr1a在小鼠心肌细胞中过表达促进细胞凋亡,然而miR-7a过表达可逆转此过程[40]。特异性蛋白1(Specific protein 1,SP1)和聚腺苷酸二磷酸核糖聚合酶(poly ADP-ribose polymerase,PARP)都是miR-7a的靶点,而PARP和SP1过表达可以抑制缺氧条件下miR-7a诱导的细胞凋亡减少[40]。此外,Cdr1as在体内过表达增加了心肌梗死面积,PARP和SP1的表达也上调,然而miR-7a过表达能逆转这些变化[40]。
表2 心血管系统中的circRNA及其功能
circRNA是共价闭合环状结构,比其线性转录本更加稳定。由于缺乏自由端,circRNA能抵抗RNA核酸外切酶和RNase R,不易降解,可作为疾病诊断的标志物。Vausort等[41]检测了急性心肌梗死患者和健康人外周血中circRNA,通过生物信息学分析,确定了一种心肌梗死相关的circRNA-MICRA(myocardial infarction-associated circular RNA)。MICAR主要由染色体15q22上的锌指蛋白609(ZNF609)基因的外显子1形成,长874 nt。心肌梗死患者外周血中MICRA的表达水平比健康人明显要低。MICRA水平较低的患者发生左心室功能障碍的风险比较高,提示MICRA是左心室功能障碍有力的预测指标。
4.2 circRNA与心衰miR-223是心肌肥大的阳性调节因子。含胱冬肽酶富集功能域的凋亡抑制因子(apoptosis repressor with CARD,ARC)是miR-223的下游靶点;ARC转基因小鼠心肌肥大反应降低。心脏相关环状RNA(heart related circular RNA,HRCR)是最近报道的一种心脏circRNA,充当miR-223“海绵”,直接结合miR-223,抑制miR-223活性,从而增加ARC表达[43]。HRCR在心肌细胞和小鼠过表达均呈现减弱的心肌肥大反应。这些发现揭示了一个由circHRCR、miR-223和ARC组成的新的心脏肥大/心衰调控通路和治疗靶标[43]。
Werfel等[55]用去除核糖体RNA的方法建库进行RNA测序,分析了人、小鼠和大鼠不同发育阶段或生理病理状态下心脏circRNA的表达情况,发现人类心肌组织中circRNA的总体表达量要比大鼠和小鼠高。大鼠分为新出生大鼠组和成年大鼠组,两组间Slc8a1、Ttn、Eya3、Scmh1等基因对应的circRNA表达有显著差异。人和小鼠分为心衰组和非心衰组,研究发现两物种心衰组circRNA的数目与种类均高于非心衰组,例如Slc8a1和Ttn基因对应的circRNA在心衰组表达显著增加。特别地,兰尼碱受体2(ryanodine receptor 2,RYR2)基因存在于人的心脏组织中,对应的circRNA亚型超过100种。总之,circRNA与心脏生理病理过程密切相关,尤其是几个差异表达的circRNA分子对应的基因如Slc8a1、Ttn、RYR2、Eya3等,可作为进一步研究心衰的理想候选基因。
4.3 circRNA与动脉粥样硬化动脉粥样硬化的易感性与INK4/ARF基因座附近的染色体9p21.3 单核苷酸多态性相关,而 INK4/ARF基因的表达能够被多梳家族蛋白(Polycomb-group proteins,PcG)所抑制。cANRIL是INK4/ARF的环状反义转录物,染色体 9p21.3 对动脉粥样硬化易感性的影响主要通过cANRIL对PcG特异性的募集所实现[44]。
长链非编码RNA(lncRNA)ANRIL(CDKN2B-AS1)位于9号染色体短臂p21区域(9p21),这个区域是人类动脉粥样硬化疾病相关的重要基因座[56]。LncANRIL表达增加导致动脉粥样硬化易感[57],而线性linANRIL可以形成circRNA。进一步研究发现ANRIL基因外显子形成的circRNA形式多样,其中外显子5、6、7所形成的circRNA表达量最高,研究者将该circRNA定义为cANRIL[45]。核糖体生物合成因子PES1(pescadillo homologue 1)在核仁中参与60S核糖体亚基的组装合成过程[58]。cANRIL结合PES1的C-末端富含赖氨酸的结构域,从而损害血管平滑肌细胞和巨噬细胞中核酸外切酶介导的前体rRNA加工和核糖体生物发生。circANRIL诱导核仁应激和p53激活,导致人血管平滑肌细胞凋亡,抑制细胞增殖,这是动脉粥样硬化的关键细胞功能。这些发现表明,circANRIL参与调控核糖体的生物合成,在动脉粥样硬化中起关键作用[45]。
4.4 circRNA与冠心病赵振舟等[34]芯片筛选冠心病患者和健康人外周血中差异表达的circRNA,发现两组共有22个circRNA有差异性表达,其中在冠心病患者血液中表达上调的有12个,表达下调的有10个。进一步研究发现hsa_circ_0124644在冠心病患者外周血中特异性和敏感度相对较高,可作为冠心病的诊断标志物。
4.5 circRNA与糖尿病心肌病糖尿病引起心肌结构和功能改变,心脏肥大和心肌纤维化[59-60]。唐春梅等[32]用circRNA芯片检测糖尿病小鼠心肌组织中circRNA的表达谱,共发现76个circRNAs表达有显著差异,其中45个表达上调,31个表达下调。研究者选取了表达显著上调的circRNA_000203进行研究,发现circRNA_000203与miR-26b-5p有两个结合位点,在心肌成纤维细胞中过表达circRNA_000203,引起miR-26b-5p的下游靶点纤维化相关基因Col1a2和CTGF的表达上调,纤维细胞标志物α-SMA的表达也增加,提示circRNA_000203能促进心肌成纤维细胞向肌成纤维细胞的转化。因此,circRNA_000203也许是糖尿病心肌病心肌纤维化的治疗新靶点。
心血管疾病是全球死亡率最高的疾病,其治疗与预后是一个重大难题。除了常规的治疗方式,目前基于基因的诊疗技术为治疗心血管疾病提供了新视角。采用疾病特异性相关的反义miRNA分子来抑制疾病,已进入临床试验阶段。在分子水平上,对miRNA的反义核苷酸链进行化学修饰可提高miRNA与细胞的亲和力,使其更有效地到达治疗靶点。而LNA-GapmeRs技术直接靶向lncRNA,与目标lncRNA结合后可迅速激活核糖核酸内切酶(RNase H),降解lncRNA。
不同于miRNA和lncRNA,circRNA能抗核酸外切酶从而可在体内稳定存在,因此更具有潜力成为基因治疗的新工具。circRNA可充当“分子海绵”,与某个特定的miRNA结合,从而抑制靶基因的表达。已有报道证实在体外人工合成的circRNA分子可靶向与丙型肝炎病毒密切相关的miR-122,进而抑制丙型肝炎病毒复制和病毒蛋白的形成,缓解疾病进展[61]。circRNA还可通过调控基因表达,蛋白质翻译和生成等机制发挥作用。因此人工合成的circRNA也可能以靶基因或蛋白质为靶点,直接作用于疾病。近年来亦有研究发现一些circRNA可通过不同途径调控心血管疾病的相关信号通路,还有许多circRNA在心血管疾病的血浆、组织与细胞中表达差异较大,这些circRNA也可能参与疾病的发生发展过程。然而,现在对circRNA生物学功能的研究还有待深入,对其生物合成和降解过程也了解有限。进一步理解circRNA在心血管疾病发生发展中的作用机制,有助于人们更好地开发出基于circRNA的诊断和治疗工具。
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