病原学宏基因测序诊断难治性肺炎1例并文献分析

陈玉简，詹少锋

(1.广州中医药大学顺德医院呼吸科，广东 佛山 528300；2.广州中医药大学第一附属医院呼吸与危重症，广东 广州 510405)

0 引言

鹦鹉热衣原体是引起难治性肺炎的病原体，也可引起上呼吸道感染和慢性支气管炎等。主要通过呼吸道传播，由于传统病原微生物技术的局限性，例如：检测周期长、灵敏度低、阳性率低，往往难以准确鉴别细菌，导致临床误诊、漏诊和延误治疗。近年来，基于二代测序技术的宏基因组测序技术(mNGS)以其高通量、覆盖范围广、速度快、灵敏度高等特点，在病原微生物鉴定方面具有独特的优势，独立于传统的分离培养，需要特殊的引物。本研究分析广州中医药大学顺德医院借助mNGS确诊的1例难治性鹦鹉热肺炎患者，并对相关文献进行复习，旨在提高临床对本病的认识和鉴别诊断水平，应提高临床人员对使用mNGS鉴定复杂传染病病原微生物的认识。患难治性肺炎患者由于自身的免疫力下降，抵抗力减弱，极易在治疗好转的基础之上，身体会再次感染到其他病原微生物，例如细菌和支原体，导致患者的肺脏会反复的感染，同时患者会出现明显的高热、刺激性干咳，伴随一些例如呼吸困难等情况[1]。宏基因组测序是利用高通量测序技术和生物信息分析技术对样本中的所有病原体进行基因测序分析。它可以高效、快速、准确地获取样品中的所有微生物信息[2]。随着技术的不断发展，宏基因组测序在临床传染病的诊断和治疗、病原体的检测和预防等方面越来越普遍。使用。。本文对mNGs确诊的1例难治性肺炎患者的诊疗结果，并进行文献分析，现报道如下。

1 病历简介

患者，女，68岁，急性病程，因“发热、咳嗽3天，突发意识丧失3小时”于2020-11-25就诊于广州中医药大学顺德医院。现病史：(患者家属代诉)患者于11-22日受凉后开始出现发热寒战，最高体温38.5℃，伴咽痛、流清涕，咳嗽咳痰，痰量少色白，尿频尿急尿痛，25日中午约11点许，被家属发现患者晕倒在地，当时患者意识模糊，对答欠清晰，伴小便失禁，口中无发出异响，无口吐白沫，无肢体抽搐，无恶心呕吐，遂由家属送我院急诊。查体：体温39.6℃，双肺呼吸运动对称，节律正常，触觉语颤正常，无胸膜摩擦感，双肺叩诊清音，双肺呼吸音粗，未闻及干湿性啰音。双侧瞳孔等大等圆，对光反应灵敏，双侧瞳孔直径2.5mm。辅助检查：WBC 14.98×109/L，NEU 14.45×109/L,LY 0.28×109/L，超敏C反应蛋白＞5mg/L， C反应蛋白 281.58mg/L，头颅CT：左侧基底节腔隙性脑梗塞，必要时头颅MRI检查。入院后予高流量氧疗、先后予头孢替安+环丙沙星、哌拉西林钠他唑巴坦+环丙沙星抗感染及化痰退热等治疗。患者仍反复发热、血氧偏低，间有乱语，于11-28号凌晨转ICU进一步治疗。转入后予无创通气，哌拉西林舒巴坦联合左氧氟沙星抗感染、奥司他韦抗病毒，化痰、雾化平喘、护胃、预防深静脉血栓、营养支持、免疫支持等治疗。11-28号夜间患者呼吸急促，血氧下降，予气管插管接呼吸机辅助通气，11-29号患者呼吸、氧合仍较差，呼吸机参数要求高(FiO2100%，PEEP 18cmH2O)，考虑患者ARDS，予镇静镇痛肌松，机械通气控制呼吸，并予俯卧位通气，停用哌拉西林他唑巴坦，改亚胺培南联合左氧氟沙星抗感染、继续奥司他韦抗病毒治疗；11-30号行左侧胸腔穿刺置管引流术，引出淡黄色胸水。12-01号患者发热症状改善、感染指标好转，予停用左氧氟沙星，逐步下调呼吸机参数及肌松用量；12-03号患者痰及胸水宏基因检测回报有鹦鹉热衣原体，予停用亚胺培南西司他丁及奥司他韦，改莫西沙星联合多西环素抗感染治疗，继续予每天俯卧位通气。12-05号因患者仍反复高热，体温最高40℃，加用舒普深联合多西环素、莫西沙星抗感染治疗，患者呼吸、氧合继续改善，12-06号复查头颅CT见左侧中耳乳突炎，副鼻窦炎，胸部CT提示双上肺渗出稍有吸收，下肺仍见斑片状实变影，12-07号予停用肌松药，暂停俯卧位通气，继续逐步下调呼吸机参数；12-08停用镇静药，患者神志嗜睡，可点头示意；12-11号查凝血示PT，19.10sec；APTT，44.60sec，予补充维生素K；12-12予停用舒普深及低分子肝素，复查凝血功能好转。12-13号复查胸部CT示：1、双肺炎症，双肺上叶病变较前略进展，下叶病变较前稍吸收。2、右侧少量胸腔积液。12-14号顺利脱呼吸机并拔除气管插管，序贯无创通气，12-15号改文丘里高流量给氧，12-16号改鼻导管中流量给氧。现患者精神好转，无发热，呼吸平顺，生命体征平稳，病情相对稳定，治疗前后CT片对比图(图1和图2)。

图1 治疗前患者CT图

图2 治疗后患者胸部CT图

2 讨论

鹦鹉热衣原体是一种严格胞内寄生的革兰阴性病原体，生物学特性介于细菌与病毒之间，鸟类、家禽.家畜以及野生动物均可感染，经气溶胶吸入或密切接触可发生人畜传染，可引起肺炎，呼吸困难等症状，严重的可能导致死亡，有的呈隐性感染状态[3]。鹦鹉热衣原体肺炎的临床表现与肺炎衣原体相似，开始时有发热、寒战、头痛、出汗和许多其他常见的全身和呼吸道症状，如不适、关节痛、肌痛、咯血和咽炎[4]。文献报道鹦鹉热感染后可引起非典型性肺炎和败血症等疾病，鹦鹉热衣原体肺炎病变通常集中在单侧下肺，有时也会出现在双肺，或呈结节状.粟粒样，间质样改变[5]。鹦鹉热衣原体肺炎的临床症状多样，不具有特异性，因而临床快速确诊对指导治疗具有重要的意义。目前鹦鹉热衣原体检测方法有以下几种：病原分离鉴定，免疫荧光，间接血凝抑制试验.补体结合试验、ELISA、常规 PCR 以及荧光PCR等[6]。

二代基因组测序是近年微生物的一种新型检测技术，具有通量高的特点。通过序列比对能够快速、准确地鉴定出微生物种属等特点，广泛的应用于宏基因组检测未知病原的研究领域中，如遗传性疾病、肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原分析以及非侵袭性产前筛查等。二代基因测序目前已经广泛应用于呼吸道疾病的检测。2019年2月《宏基因组分析和诊断技术在急危重症感染应用的专家共识》mNGS在呼吸道感染患者使用中的主要适应证包括：(1)在危急情况下，必须尽快鉴定病原体；(2)特殊患者，如免疫抑制宿主，结合基础疾病和反复住院的严重感染患者，必须尽快识别病原体；(3)传统的微生物检测技术反复出现阴性反应，治疗效果不佳。好的；(4)怀疑新病原体、感染风险的临床指征；(5)怀疑感染特殊病原体；(6)长期发热和/或伴有其他临床症状、病因不明的感染。可将其概括为六字原则：“疑难、危重、特殊”。mNGS在鹦鹉热衣原体肺炎的确诊中亦有应用。邱崇荣等人通过基因二代测序确定了1例鹦鹉热衣原体肺炎；赵仁淹等利用病原体二代测序辅助诊断鹦鹉热衣原体重症肺炎一例[7-8]，证明了mNGS在鹦鹉热衣原体肺炎的确诊中的重要作用。

本例患者家中未饲养鹦鹉、鸡、鸭等，临床表现高热，无明显咳嗽、咳痰，考虑为非典型肺部感染，痰及胸水送宏基因检测，检测到鹦鹉热衣原体，随后予停用亚胺培南西司他丁及奥司他韦，改变抗生素治疗方案，随后症状、体征、胸部CT等均见好转。出院后随访，患者康复，胸部CT肺部炎症基本吸收。因此对于难治性肺炎患者行宏观基因组检测对指导临床精准化治疗合理选择抗生素具有重要的指导价值。