基于数据库挖掘CCDC58基因在肝癌中的表达及其临床意义

王 军 王语晴 王 辉

(武汉大学基础医学院 武汉 430071)

肝细胞肝癌(Hepatocellular carcinoma，HCC)为世界范围内常见的恶性肿瘤之一，全球范围内每年新发病例85万以上，病死人数超过70万，在所有因癌症死亡病例中肝癌位居第2位[1]。近年来，虽然HCC的诊治已取得显著进展，但HCC的总体疗效不佳，预后极差的状况并未得到根本性的改变。目前HCC的诊断多依赖于影像学技术，缺乏有效的早期诊断、预后监测指标。虽甲胎蛋白(α-fetoprotein，AFP)为HCC的辅助诊断、预后评估最常用的标志物，但其诊断灵敏度、特异性不佳，且在预后评估中的价值有限[2]。故寻找新的有诊断、预后评估价值的标志物，对HCC的早期诊断、预后监测意义重大。卷曲螺旋结构域(coiled-coil domain containing，CCDC)家族蛋白可介导多种蛋白质之间的相互作用，具有DNA结合蛋白、糖类结合蛋白等功能，还可形成骨架蛋白、运动蛋白等蛋白质骨架的通用结构域[3]。在肿瘤中，该家族蛋白可通过调节肌动蛋白微丝骨架的聚合，在细胞侵袭、迁移中发挥重要作用。多项研究结果证实[4～5]，CCDC在恶性肿瘤中呈异常表达，在肿瘤细胞的转录因子调节、肿瘤细胞增殖、侵袭、转移中均具有重要的作用。CCDC58为人体宿主细胞编码的蛋白质，含卷曲螺旋结构，位于人类3号染色体上，但目前CCDC58在HCC中的表达及其临床意义的报道较为少见。本研究结合通过挖掘TCGA、Oncomine、The Human Protein Atlas等数据库中CCDC58的mRNA、蛋白表达水平，并分析该基因与预后的相关性，现报道如下。

1 资料与方法

1.1 Oncomine数据库中数据获取

本次研究中，从Oncomine数据库中获取数据设定检索条件如下：(1)在Gene栏输入B3GAT3；(2)再依次选择Analysi Type-Differential Analysis-Cancer vs Normal Analysis；(3)在Cancer Type栏选择Liver Cancer；(4)在Data Type栏，选择mRNA；(5)在Sample Type栏中，选择Clinical Specimen。

1.2 TCGA数据库中的数据获取

从TCGA的Gene Expression Profiling Interactive Analysis(GEPIA)数据库(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)中设定检索条件如下：(1)Single Gene Analysi选项，点击GoPIA！(2)Expression DIY选项，选择Profile；(3)输入基因名CCDC58，Dataset选择LIHC，Plot Width选择200，其余默认；(4)在Survival栏中，选择Overall Survival及Disease Free Survival(RFS)；(5)在Datasets Selection(Cancer name)栏中，选择LIHC，点击Plot。

1.3 The Human Protein Atlas数据获取

The Human Protein Atlas数据库中设定检索条件如下：(1)在检索栏输入CCDC58，点击Search；(2)Tissue栏中，选择Liver，即可获得CCDC58在HCC中的表达的免疫组化图。

1.4 统计学分析

2 结果

2.1 CCDC58在肿瘤及对照组织中表达

在38例肝癌组织中CCDC58 mRNA表达量高于19例正常肝组织(P<0.001，图1A)，CCDC58在HCC中呈阳性表达(图1B)。

图1 CCDC58在肝细胞肝癌及正常肝脏中的表达

2.2 CCDC58不同表达量的HCC患者预后比较

在182例HCC患者中，CCDC58高表达组的总生存率、无进展生存率均显著低于低表达组(P<0.001，P=0.0062，图2A、2B)。

图2 CCDC58不同表达量的HCC患者预后

3 讨论

既往的研究认为[6]，含有螺旋线圈结构域(CCDC)基因与不同肿瘤存在关联。CCDC家族蛋白已鉴定出63个结构基序，涉及细胞分裂、药物排出、基因表达调控、药物运输、膜融合等多种生物学过程[7]。CCDC58为CCDC家族中的一种，高通量相互作用研究中发现，该蛋白与AFG3L2、AIFM1、SCO1、细胞色素C等膜间隙蛋白有相互作用。CCDC58的功能尚未完全阐明，但CCDC58水平升高被认为是子宫内膜增生、肝及尿路上皮癌的不利预后因素[8]，故CCDC58可能参与了肿瘤的发生、发展，但其具体作用仍有待进一步研究。

本研究首先在Oncomine数据库中获取了38例肝癌组织及19例正常肝组织中CCDC58 mRNA表达量，结果表明，肝癌组织中CCDC58 mRNA表达量显著高于正常肝组织。进一步在The Human Protein Atlas数据库中挖掘CCDC58的蛋白表达水平，结果表明，在HCC组织中，CCDC58呈阳性表达。但该数据库未收录正常肝组织的CCDC58的免疫组化结果，故CCDC58蛋白再正常肝组织中的表达情况还有待证实。

为探讨CCDC58表达量与HCC患者预后的关系，笔者通过TCGA数据库调取CCDC58总生存率、无进展生存率的数据，结果表明，在182例HCC患者中，CCDC58高表达的HCC患者的总生存率、无进展生存率均显著低于CCDC58低表达的HCC患者。这说明CCDC58可作为肝癌预后评估的潜在分子标志物。由于目前尚缺乏CCDC58与HCC的文献报道，故本研究中的结果仅从数据库角度获取了HCC中CCDC58表达量及与预后的关系的相关信息，CCDC58是否与肿瘤直径、分级、肿瘤转移、耐药等存在关系有待进一步研究证实。

综上所述，TCGA、Oncomine等数据库中的数据表明，CCDC58 mRNA在HCC组织中高表达，CCDC58可作为HCC预后判断的指标，可作为后续临床、基础实验的数据支持。