南京市第三十九中学办学六十载,以“和谐共生”为办学目标,以“明理求真”为校训,弘扬“勤学上进、文明守纪”的校风、“治学严谨、诲人不倦”的教风和“求学刻苦、做人求真”的学风。学校获得全国初中教育改革创新示范校、江苏省素质教育示范初中、南京市体育传统项目学校等称号。
学校心理健康辅导中心成立于2010 年,依托于南京市“陶老师”工作站,秉承“成长比成绩更重要,成人比成功更重要”的工作理念。中心建有团辅教室、个别辅导室、接待室、阅读等候室、悦纳室、音乐放松室等,整合多方资源,努力为学生、教师、家长提供心理健康辅导,促进学生健康成长。学校的心理健康教育工作坚持以发展性为重点,有计划地开展心理健康知识讲座、学生心理健康团体辅导,定期为家长提供家庭教育咨询,还对个别学生进行成长训练,帮助其解决学习、生活、人际交往等方面的心理问题。学校被评为全国中小学心理健康教育特色学校、江苏省中小学心理健康教育特色学校,并建有鼓楼区教师心理健康云中心。