应用LC3B-PLA2研究Atg4B对LC3B的切割作用

2017-11-06 01:24洪甜闫志风张立徐小洁叶棋浓
生物技术通讯 2017年4期
关键词:印迹质粒引物

洪甜,闫志风,张立,徐小洁,叶棋浓

1.军事医学科学院 生物工程研究所,北京 100850;2.中国人民解放军总医院 妇产科,北京 100853;3.总参警卫局 卫生保健处,北京 100017

应用LC3B-PLA2研究Atg4B对LC3B的切割作用

洪甜1,闫志风2,张立3,徐小洁1,叶棋浓1

1.军事医学科学院 生物工程研究所,北京 100850;2.中国人民解放军总医院 妇产科,北京 100853;3.总参警卫局 卫生保健处,北京 100017

目的:构建带Myc标签的LC3B-PLA2基因的真核表达质粒,获得LC3B-PLA2融合蛋白,并应用LC3B-PLA2研究Atg4B对LC3B的切割作用。方法:以本实验室保存的乳腺文库为模板,PCR扩增获得LC3B序列,与PLA2G10拼接后插入pCMV-Myc载体,用构建的重组质粒转染HEK293T细胞,Western印迹检测融合蛋白的表达,用LC3B-PLA2与Atg4B共转染的方法检测Atg4B对LC3B的切割作用。结果:菌液PCR、重组质粒双酶切及测序均表明重组质粒构建成功,Western印迹结果表明融合蛋白在HEK293T细胞中获得表达,LC3B-PLA2真核表达蛋白能够应用于Atg4B对LC3B切割作用的研究。结论:构建了pCMV-Myc-LC3B-PLA2真核表达质粒,LC3B-PLA2融合蛋白在Atg4B对LC3B切割作用的研究中至关重要,为进一步研究Atg4B在自噬过程中的作用奠定了基础。

LC3B-PLA2;Atg4B;自噬;重组质粒

自噬是进化上保守的,通过溶酶体依赖途径,分解多种蛋白质、大分子化合物和细胞器等,避免细胞积累未折叠蛋白和衰老细胞器,起着类似“管家”的功能。自噬还可以在营养不充足的条件下,维持细胞ATP的合成[1-3]。通过对酵母基因的分析,绝大多数自噬相关基因(autophagy-re⁃lated gene,ATG)已被确定。自噬失调能导致多种疾病,包括多种肿瘤和神经系统疾病,也与组织缺氧和细菌感染有关[4-6]。自噬发生时,pro-LC3B(酵母自噬相关蛋白Atg8的人同源体)被半胱氨酸酶Atg4B切割掉C端的5个氨基酸残基,形成激活形式的LC3B-Ⅰ,在自噬前体膜上,LC3B-Ⅰ进行PE修饰形成LC3-Ⅱ,Atg4B还可以使LC3-Ⅱ去酯化,使LC3B在自噬过程中得以重复利用[7-10]。尽管自噬研究越来越深入,但是对细胞中Atg4B活性的检测依然不够全面,Atg4B上游激活因子、下游抑制因子、转录后调控都有可能调节Atg4B的半胱氨酸酶活性,因此,亟待建立检测Atg4B活性的实验方法。在此,我们拟构建重组质粒pCMV-Myc-LC3B-PLA2,通过计算融合蛋白LC3B-PLA2的被切割程度,在细胞内检测Atg4B的半胱氨酸酶活性,为进一步研究Atg4B在自噬过程中的作用奠定基础。

1 材料和方法

1.1 材料

人胚肾HEK293T细胞由本室传代培养;质粒pCMV-Myc为本实验室保存;VigoFect转染试剂、Western印迹发光检测试剂盒购自威格拉斯生物技术有限公司;限制性内切酶EcoRⅠ和NotⅠ、T4DNA连接酶、PCR相关试剂均购自TaKaRa公司;质粒提取试剂盒和胶回收试剂盒购自Promega公司;新生牛血清购自浙江天杭生物科技有限公司;DMEM购自Gibco公司;胰酶购自Amersco公司;Flag-HRP、Myc-HRP和β-actin-HRP单克隆抗体购自Sigma公司;引物和 PLA2G10(43~165)片段由博迈德科技发展有限公司合成。

1.2 LC3B、PLA2引物设计及PCR条件

根据人LC3B的CDS序列和人PLA2G10(43~165)序列合成引物 1(5'-CGGAATTCGGATGCCG TCGGAGAAGACCTTCA-3')、2(5'-CCTGCCAGTT CCAGGATCCCCACTGACAATTTCATCCCGA-3')、3(5'-GGGATCCTGGAACTGGCAGGAACTGTGGGTT GTG-3')、4(5'-ATAAGAATGCGGCCGCTCAGTCA CACTTGGGCGAGTCCGGCTCA-3')。

以乳腺文库为模板,引物1和引物2为上下游引物扩增目的片段LC3B;以合成的人PLA2G10(43~165)为模板,引物3和引物4为上下游引物扩增目的片段PLA2G10(43~165),1%琼脂糖凝胶电泳检测扩增效果。以扩增产物LC3B和PLA2G10(43~165)为模板,引物1和引物4为上下游引物扩增目的片段 LC3B-PLA2G10(43~165)。扩增程序:95℃预变性5min;95℃变性30s、62℃退火30s、72℃延伸30s,30个循环;72℃终延伸5min。用胶回收试剂盒回收扩增产物LC3BPLA2G10(43~165)(后文简写为 LC3B-PLA2)。

1.3 pCMV-Myc-LC3B-PLA2重组质粒的构建

分别用EcoRⅠ和NotⅠ双酶切目的基因LC3B-PLA2和质粒载体pCMV-Myc,目的片段直接用胶回收试剂盒回收,酶切载体经1%琼脂糖凝胶电泳后胶回收大片段;用T4DNA连接酶连接具有相同粘性末端的目的基因和空载体,连接产物转化大肠杆菌DH5α感受态,菌液PCR初步鉴定阳性克隆,提取质粒后经EcoRⅠ和NotⅠ双酶切进一步鉴定目的基因是否导入质粒载体。

1.4 Western印迹检测重组质粒的真核表达

用含双抗和10%新生牛血清的DMEM培养基培养HEK293T细胞,当细胞密度达到80%~90%时,用VigoFect转染试剂将重组质粒pCMV-Myc-LC3B-PLA2和空载体pCMV-Myc分别瞬时转染人胚肾HEK293T细胞(细胞接种于6cm皿中,配置含 4μL VigoFect转染试剂的 200μL NaCl溶液,混匀,静置5min,再将含5μg重组质粒的200μL NaCl溶液与上述含 VigoFect的 200μL NaCl溶液混匀,静置15min,将混好的400μL溶液加入6cm皿中),转染后4~6h换新培养基,24h后收细胞;RIPA冰上裂解细胞30min,加等量的2×SDS上样缓冲缓,沸水煮15min,12 000r/min离心2min,取上清进行SDS-PAGE;电转至硝酸纤维素膜上后,5%脱脂牛奶封闭15min,Flag-HRP、β-actin-HRP抗体室温孵育1h,1×TBST洗膜5min×3次,用化学发光法显影。

1.5 Western印迹检测Atg4B对LC3B的切割作用

于6cm皿中培养HEK293T细胞,待细胞密度达80%~90%时进行转染,转染方法同上,转染24h后收集细胞。转染的质粒分别为pcDNA3.0-Flag和pCMV-Myc-LC3B-PLA2共转、pcDNA3.0-Flag-Atg4B和pCMV-Myc-LC3B-PLA2共转。用RIPA冰上裂解30min,加等量2×SDS上样缓冲液,Western印迹方法同上。

1.6 统计分析

用ImageJ软件对Western印迹结果进行灰度分析,数据计算使用公式:CleavedLC3B-PLA2=DLC3B/(DLC3B-PLA2+DLC3B+DPLA2)(D为光密度)。采用双尾t检验验证Atg4B活性实验的检测是否具有统计学意义,统计学分析采用GraphPad Prism 6软件,P<0.05认为差异具有统计学意义。

2 结果

2.1 pCMV-Myc-LC3B-PLA2重组质粒的鉴定

以本实验室保存的乳腺文库为模板,用引物1和2扩增获得约375bp的目的片段LC3B;以合成的PLA2G10(43~165)为模板,用引物3和4扩增获得约 372bp的目的片段PLA2G10(43~165)(图1)。以扩增得到的 LC3B 和 PLA2G10(43~165)为模板,用引物1和4扩增获得约747bp的目的片段 LC3B-PLA2G10(43~165)(图2)。将目的片段LC3B-PLA2G10(43~165)和载体质粒双酶切后连接转化大肠杆菌DH5α,挑菌落进行菌液PCR,PCR能扩增出近似747bp的菌落,初步认为是阳性菌落,挑阳性菌落提质粒后用EcoRⅠ和NotⅠ双酶切鉴定,以空载体为阴性对照,结果显示,酶切的重组质粒切开为2条带,分别为空载pCMVMyc和目的基因LC3B-PLA2的大小(图3),并经测序证明重组质粒pCMV-Myc-LC3B-PLA2构建成功。

图1 LC3B、PLA2G10(43~165)产物电泳图

图2 LC3B-PLA2G10(43~165)产物电泳图

2.2 Western印迹检测LC3B-PLA2在HEK293T细胞中的表达

将构建的pCMV-Myc-LC3B-PLA2质粒转染HEK293T细胞,同时转染pCMV-Myc质粒为阴性对照,24h后提取蛋白进行Western印迹,检测LC3B-PLA2融合蛋白的表达,分别孵育Flag-HRP和β-actin-HRP抗体。结果显示,转染重组质粒后,在相对分子质量约32 000处出现目的条带LC3B-PLA2,证明重组质粒pCMV-Myc-LC3BPLA2获得表达(图4)。

2.3 Western印迹检测Atg4B对LC3B的切割作用

图3 重组质粒pCMV-Myc-LC3B-PLA2双酶切电泳图

图4 Western印迹检测LC3B-PLA2的表达

分别将质粒pcDNA3.0-Flag和pCMV-Myc-LC3B-PLA2、pcDNA3.0-Flag-Atg4B和pCMV-Myc-LC3B-PLA2共转HEK293T细胞,24h后收集细胞进行Western印迹,结果显示Atg4B和LC3B-PLA2均正确表达。统计分析表明,与对照pcDNA3.0-Flag相比,当Atg4B存在时,LC3B-PLA2被更多地切割成LC3B单体(图5)。

图5 Western印迹检测Atg4B对LC3B的切割

3 讨论

细胞通过自噬降解自身蛋白和细胞器来重新生成核苷酸、氨基酸、脂肪酸、单糖、ATP,以维持代谢的正常进行,使细胞抵抗饥饿[11-14]。研究表明:自噬能够防止组织损伤,维持基因组的稳定性;自噬能够促进乳腺癌的发生;KRAS诱导的肿瘤和BRAF诱导的肿瘤更易引发自噬;自噬控制肺癌的进程;自噬通过抑制p53的功能抑制肿瘤生长;自噬减弱细胞在生命活动中对谷氨酰胺的依赖;在p53缺失的KRAS诱导的肿瘤中,自噬维持脂质的动态平衡[15-17]。自噬可以通过抑制慢性组织损伤、炎症、基因组不稳定性,抑制肿瘤的起始,还可以在营养充足的情况下维持肿瘤细胞代谢和生长生存[18-20]。

目前,4种酵母Atg4人同源蛋白已被确立,即Atg4A、Atg4B、Atg4C和Atg4D。其中Atg4B对所有LC3蛋白都具有特异性,能够切割pro-LC3,去酯化LC3-PE;而Atg4B对LC3B的切割活性和去酯化活性最高,活性最强[21-23]。在Atg4B-/-小鼠实验中,无论在正常条件还是饥饿条件下,LC3的切割和去酯化都出现了显著障碍[24]。Reed等研究发现,当Atg4B的Ser383和Ser392位磷酸化异常时,Atg4B与酯化形式的LC3的相互作用减弱,从而表现出自噬异常[25]。Ellisen等发现,当Redd1高表达时,Atg4B活性下调,pro-LC3向LC3-Ⅰ的转化减少,自噬异常,导致有缺陷的线粒体大量积累,氧化磷酸化障碍,肌肉中ATP生成减少,运动能力下降[26]。

为了有效检测Atg4B对LC3B的切割活性,我们构建了pCMV-Myc-LC3B-PLA2真核表达质粒,在HEK293T细胞中获得表达;并且发现,当Atg4B表达时,LC3B-PLA2更多地被切割形成LC3B单体,证明LC3B-PLA2是有活性的,能够用于检测Atg4B的半胱氨酸酶活性。这为进一步研究Atg4B在自噬过程中的作用奠定了基础。

[1] Shu C W,Drag M,Bekes M,et al.Synthetic sub⁃strates for measuring activity of autophagy proteases:Autophagins(Atg4)[J].Autophagy,2010,6(7):936-947.

[2] Zhong Z,Sanchez-Lopez E,Karin M.Autophagy,in⁃flammation,and immunity:a troika governing cancer and its treatment[J].Cell,2016,166(2):288-298.

[3] Brown R,Kaganovich D.Look out autophagy,ubiqui⁃lin UPS its game[J].Cell,2016,166(4):797-799.

[4] Martinez J,Cunha L D,Park S,et al.Noncanonical autophagy inhibits the autoinflammatory,lupus-like re⁃sponse to dying cells[J].Nature,2016,533(7601):115-119.

[5] Perera R M,Stoykova S,Nicolay B N,et al.Tran⁃scriptional control of autophagy-lysosome function drives pancreatic cancer metabolism[J].Nature,2015,524(7565):361-365.

[6] Khaminets A,Heinrich T,Mari M,et al.Regulation of endoplasmic reticulum turnover by selective autopha⁃gy[J].Nature,2015,522(7556):354-358.

[7] Chen Y,Liu X R,Yin Y Q,et al.Unravelling the multifaceted roles of Atg proteins to improve cancer therapy[J].Cell Prolif,2014,47(2):105-112.

[8] Kaminskyy V,Zhivotovsky B.Proteases in autophagy[J].Biochim Biophys Acta,2012,1824(1):44-50.

[9] Satoo K,Noda N N,Kumeta H,et al.The structure of Atg4B-LC3 complex reveals the mechanism of LC3 processing and delipidation during autophagy[J].EM⁃BO J,2009,28(9):1341-1350.

[10]Wu J,Dang Y,Su W,et al.Molecular cloning and characterization of rat LC3A and LC3B--twonovel markers ofautophagosome[J].Biochem BiophysRes Commun,2006,339(1):437-442.

[11]Rutter G A.Cell biology.Pancreas micromanages au⁃tophagy[J].Science,2015,347(6224):826-827.

[12]Kang C,Xu Q,Martin T D,et al.The DNA damage response induces inflammation and senescence by in⁃hibiting autophagy ofGATA4[J].Science,2015,349(6255):5612.

[13]Yi C,Ma M,Ran L,et al.Function and molecular mechanism ofacetylation in autophagy regulation[J].Science,2012,336(6080):474-477.

[14]Koren I,Kimchi A.Cell biology.Promoting tumorigene⁃sis by suppressing autophagy[J].Science,2012,338(6109):889-890.

[15]Guo J Y,Xia B,White E.Autophagy-mediated tumor promotion[J].Cell,2013,155(6):1216-1219.

[16]Galluzzi L,Pietrocola F,Levine B,et al.Metabolic control of autophagy[J].Cell,2014,159(6):1263-1276.

[17]Robert T,Vanoli F,Chiolo I,et al.HDACs link the DNA damageresponse,processingofdouble-strand breaks and autophagy[J].Nature,2011,471(7336):74-79.

[18]Rosenfeldt M T,O'Prey J,Morton J P,et al.p53 sta⁃tus determines the role of autophagy in pancreatic tu⁃mour development[J].Nature,2013,504(7479):296-300.

[19]Efeyan A,Zoncu R,Chang S,et al.Regulation of mTORC1 by the Rag GTPases is necessary for neona⁃tal autophagy and survival[J].Nature,2013,493(7434):679-683.

[20]Levine B,Ranganathan R.Autophagy:snapshot of the network[J].Nature,2010,466(7302):38-40.

[21]Lu Z,Yang H,Sutton M N,et al.ARHI(DIRAS3)in⁃duces autophagy in ovarian cancer cells by downregu⁃lating the epidermal growth factor receptor,inhibiting PI3K and Ras/MAP signaling and activating the FOXo3a-mediated induction ofRab7[J].CellDeath Differ,2014,21(8):1275-1289.

[22]Lu Z,Luo R Z,Lu Y,et al.The tumor suppressor gene ARHI regulates autophagy and tumor dormancy in human ovarian cancer cells[J].J Clin Invest,2008,118(12):3917-3929.

[23]Lang T,Schaeffeler E,Bernreuther D,et al.Aut2p and Aut7p,two novel microtubule-associated proteins are essential for delivery of autophagic vesicles to the vacuole[J].EMBO J,1998,17(13):3597-3607.

[24]Mariño G,Fernández A F,Cabrera S,et al.Autopha⁃gy is essential for mouse sense of balance[J].J Clin Invest,2010,120(7):2331-2344.

[25]YangZ,Wilkie-Grantham R P,YanagiT,etal.ATG4B(Autophagin-1)phosphorylation modulatesau⁃tophagy[J].J Biol Chem,2015,290(44):26549-26561.

[26]Qiao S,Dennis M,Song X,et al.A REDD1/TXNIP pro-oxidant complex regulates ATG4B activity to con⁃trol stress-induced autophagy and sustain exercise ca⁃pacity[J].Nat Commun,2015,6:7014.

LC3B-PLA2 for Measuring Cleavage Activity of Atg4B

HONG Tian1,YAN Zhi-Feng2,ZHANG Li3,XU Xiao-Jie1*,YE Qi-Nong1*
1.Beijing Institute of Biotechnology,Beijing 100850;2.Chinese PLA General Hospital,Beijing 100853;3.Guard Bureau of Health Care,Beijing 100017;China
*Co-corresponding authors,YE Qi-Nong,E-mail:yeqn66@yahoo.com;XU Xiao-Jie,E-mail:miraclexxj@126.com

Objective:To construct recombinant eukaryotic expression plasmid of LC3B-PLA2 and measure activi⁃ty of Atg4B.Methods:The fragment of human LC3B gene was obtained from a human breast cDNA library by PCR and cloned into pCMV-Myc vector together with PLA2G10.For expression analysis,HEK293T cells were tran⁃siently transfected with pCMV-Myc-LC3B-PLA2 and analyzed by Western blot.For the activity of Atg4B analysis,HEK293T cells were transiently transfected with pcDNA3.0-Flag and pCMV-Myc-LC3B-PLA2,or pcDNA3.0-Flag-Atg4B and pCMV-Myc-LC3B-PLA2,and analyzed by Western blot.Results:pCMV-Myc-LC3B-PLA2 was veri⁃fied by PCR and double-enzyme cleavage.Western blot showed that the recombinant plasmid was successfully ex⁃pressed,and the recombinant protein can measure the activity of Atg4B.Conclusion:The recombinant eukaryotic expression plasmid pCMV-Myc-LC3B-PLA2 has been constructed,and it express protein which plays a critical role for measuring the activity of Atg4B,laying a foundation for the future study of the role of Atg4B in autopha⁃gy.

LC3B-PLA2;Atg4B;autophagy;recombinant plasmid

Q78

A

1009-0002(2017)04-0490-05

2016-12-29

国家自然科学基金(81672602,81472589,81502264);北京市科技新星计划(Z141102001814055);军事医学科学院创新基金转化医学项目(ZHYX003)

洪甜(1991- ),女,硕士研究生,(E-mail)htian1025@163.com

叶棋浓,(E-mail)yeqn66@yahoo.com;徐小洁,(E-mail)miraclexxj@126.com

10.3969/j.issn.1009-0002.2017.04.016

猜你喜欢
印迹质粒引物
DNA引物合成起始的分子基础
高中生物学PCR技术中“引物”相关问题归类分析
马 浩
走进大美滇西·探寻红色印迹
成长印迹
短乳杆菌天然质粒分类
呼吸道感染样本中IFITMs引物优化
火炬松SSR-PCR反应体系的建立及引物筛选
重组质粒rAd-EGF构建并转染hDPSCs对其增殖的影响
Survivin-siRNA重组质粒对人神经母细胞瘤细胞SH-SY5Y的作用