吴小霞
(琼台师范学院 数理系,海南 海口 571100)
·综 述·
人类抗病毒因子APOBEC3H的研究进展
吴小霞
(琼台师范学院 数理系,海南 海口 571100)
人类22号染色体编码了7个具有抗反转录病毒和抗反转录元件功能的胞嘧啶脱氨酶,可以使病毒反转录过程中产生的负链DNA上的胞嘧啶脱氨基变成尿嘧啶,导致正链DNA上出现G→A的突变,即APOBEC3。APOBEC3都有一个或两个催化域,而每个催化域都有保守基序HX1EX23- 24CX2- 4C。APOBEC3H是唯一一个含有Z3 APOBEC脱氨酶域的蛋白。在外周单核细胞,肝脏、皮肤等不同组织均已检测到APOBE3H的单倍型,包括HapⅠ、HapⅡ、HapⅢ、HapⅣ、HapⅤ、HapⅥ和HapⅦ。不同的APOBEC3H单倍型具有不同的抗病毒功能。APOBEC3H可显著地抑制HIV- 1的复制,优化APOBEC3H的体内表达水平,可成为一种治疗HIV- 1的新对策。
载脂蛋白BmRNA催化样蛋白; 载脂蛋白BmRNA催化样蛋白3H; 病毒感染因子; 综述
人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus type 1,HIV- 1)是反转录病毒,在宿主细胞内利用反转录酶将病毒RNA反转录为cDNA,cDNA进入细胞核被整合到细胞染色体,因宿主不能有效控制HIV- 1复制,导致宿主CD淋巴细胞减少及免疫功能的紊乱,产生获得性免疫缺乏综合征(acquired immune deficiency syndrome,AIDs)[1]。人类22号染色体编码7个载脂蛋白BmRNA催化样蛋白3(apolipoprotein B mRNA editing enzyme- catalytic polypeptide like3,APOBEC3),即APOBE3A、APOBEC3B、APOBEC3C、APOBEC3DE、APOBEC3F、APOBEC3G及APOBEC3H[2- 3]。它们利用其胞嘧啶脱氨酶活性将HIV- 1反转录产生的负链cDNA中的C脱氨基变为U,导致正链DNA上出现G→A突变,从而使基因组发生超突变,因此具有强大的抗反转录病毒和抗反转录元件的功能[2- 6]。另外,APOBEC3还能对抗人T细胞白血病病毒(human T- cell leukemia virus,HTLV)、乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)、丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)、人类乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)、人疱疹病毒(human herpers viruses,HHV)等引起的感染[7]。APOBEC3G是第一个被发现的APOBEC3成员[8],APOBEC3H是APOBEC3家族最特殊的成员。APOBEC3H在细胞内表达较少,一旦APOBEC3H表达,可使HIV- 1的感染性降低150倍[2],这说明APOBEC3H具有极为强大的抗病毒功能,若优化APOBEC3H的体内表达水平,可为HIV- 1的治疗提供新的对策。已有研究显示APOBEC3也对癌症治疗有一定作用。这些都说明研究并揭示APOBEC3H的特征将为人类治疗这些疾病带来新的希望。
人类APOBEC3H基因位于22q13.1,位于APOBEC3G的基因下游,编码6个外显子。由于最后一个外显子上的早熟终止密码子(premature termination codon,PTC)严重破坏了mRNA的表达,导致APOBEC3H在活体细胞中表达较弱,而修复PTC后却在培养细胞中检测到大量的APOBEC3H[2]。
人类APOBEC3H具有单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),在此基础上产生了5个单点氨基酸多态性,分别为N15△、R18L、G105R、K121D和E178D,使APOBEC3H产生了突变体,目前已检测出7个单倍型。在人类外周血、单核细胞、肝脏、皮肤等[4]不同组织均检测到APOBEC3H单倍型,命名为HapⅠ(NRGKE)、HapⅡ(NRRDD)、HapⅢ(△RRDD)、HapⅣ(△LRDD)、HapⅤ(NRRDD)、HapⅥ(△LGKD)和HapⅦ(NRRKE)[4]。HapⅠ在人群中普遍存在,HapⅡ主要是在非洲血统的人群中被发现,HapⅢ和HapⅣ人群中都有分布,但出现的频率较低,而HapⅤ可在来自亚洲、非洲及高加索的人群中发现,HapⅥ在亚洲人群中出现,HapⅦ主要是在欧洲的高加索人群中发现[7,9- 10]。
人体APOBEC3H单倍型具有不同的细胞稳定性,在3种稳定的HapⅡ、HapⅤ和HapⅦ中,HapⅡ和HapⅤ在人群中出现最频繁[11]。Refslan等[12]发现稳定的/不稳定的表型是原发CD4+T细胞内源APOBEC3H蛋白的本质属性,以依赖感染病毒的Vif蛋白的自然变异的方式产生抗HIV- 1感染的不同抵抗力。稳定/不稳定APOBEC的地理分布与一个重要的高/底功能的Vif氨基酸残基的分布有关。
Cagliani等认为在非洲之外由于自然选择产生了大量的减弱酶稳定性的突变,如105G;而N15△在所有人群中性进化[13]。这可能是由于古老非洲环境中的选择压力保持了APOBEC3H的多样性,包括HapⅡ[7,9,13]。尽管HapⅠ稳定性不高,离开非洲使人们陆续暴露于新的病原体环境中,感染会促进HapⅠ的传播[7,9,13]。
APOBEC3蛋白都有1个或2个具有保守基序HX1EX23- 24CX2- 4C[10,13](X为任意氨基酸)的胞嘧啶脱氨酶域(cytidine deaminase domain,CDD)。CDD与Zn离子合作,His和Cys与一个Zn离子结合,而Glu被认为在催化作用中起到了启动子触发器的作用[10,13]。根据二者之间氨基酸的结合特异性将APOBEC3分为3类:Z1(APOBEC3A、APOBEC3B与APOBEC3G的C末端CDD)、Z2(APOBEC3C、APOBEC3B和APOBEC3G的N末端CDD,APOBEC3D和APOBEC3F的C末端CDD与N末端CDD)和Z3(APOBEC3H)。APOBEC3蛋白以单体、二聚体和寡聚复合物的形式出现[6,13]。APOBEC3H是APOBEC3家族唯一一个有Z3型Zn离子结合域的蛋白[6,13- 14]。
APOBEC3H的Z3域与其他APOBEC3蛋白的Z1域和Z2域的序列对比显示有28%~43%的相似性,与APOBEC3C的Z2域及APOBEC3F的C末端CDD有更高的序列相似性,与APOBEC3D的N末端CDD相似性较低[5]。事实上,APOBEC3H的特征更类似于双域蛋白APOBEC3G和APOBEC3F的N末端CDD[5,14]。APOBEC3G和APOBEC3F的N末端CDD在包装进入病毒粒子过程中结合病毒RNA而起重要作用,但是却没有酶活性。由于APOBEC3H只有一个域,所以它能与RNA结合,也能与底物结合,具有酶活性[5]。
APOBEC3H似乎同时利用脱氨酶依赖和非依赖性机制来靶向逆转录过程并限制HIV- 1复制[5]。胞嘧啶脱氨酶可抵抗HIV- 1是因为它们具有使其包装进入HIV- 1而产生抗病毒功能的特殊的RNA结合活性。Wang等[3]发现APOBEC3H病毒粒子的包装不依赖胞嘧啶脱氨酶域,而是依赖于一个基序YYFW。YYFW基序用一种RNA依赖的方式结合HIV- 1的核衣壳,而一个Y112A的突变完全破坏病毒粒子的进入。
APOBEC3H独特的YY(F/Y)W基序结合7SLRNA可使其有效地进入HIV- 1病毒粒子,APOBEC3H HapⅡ也具有强大的抗病毒功能是因为可以被有效地包装进入病毒粒子,可结合的宿主小RNAs有7SL和Y RNAs[4]。YY(F/Y)W基序的关键氨基酸W115A突变,导致APOBEC3表达水平降低并削弱了对7SLRNAs的亲和力,减弱了病毒粒子的包装而降低了抗病毒功能。APOBEC3H HapⅠ对宿主小RNAs的结合力较低,所以降低了病毒粒子进入的速率,导致抗病毒功能大大下降[4]。
APOBEC3H HapⅢ和HapⅣ的SNP ΔN15丧失了与RNAs结合的功能,APOBEC3H HapⅡ Δ15N也不能包装进入HIV- 1的病毒粒子或表现抗病毒功能。APOBEC3H单倍型具有不同的细胞定位,这与它们不同的RNA结合力有关[7,15]。因此,与Pol- Ⅲ RNA例如7SLRNA的结合是人类APOBEC3胞嘧啶脱氨酶强大抗病毒功能的一个保守的结构。
不同的APOBEC3H单倍型具有不同的抗病毒功能,而具有强大抗病毒功能的APOBEC3H单倍型主要分布在细胞质中[7]。Naruse等[16]报道具有功能多样性的AOBEC3H的两个单倍型N15△和G105R,与HIV- 1感染的容易程度有关。N15△或G105R突变会完全破坏APOBEC3H的表达,因此,只有HapⅡ、HapⅤ和HapⅦ可稳定表达并抑制HIV- 1复制,因为它们没有出现N15△或G105R突变。APOBEC3H与APOBEC3G具有相同的抗病毒机制。APOBEC3H可通过酶依赖的及非酶依赖的途径来抑制病毒感染,酶依赖的途径为主要途径[17]。APOBEC3H蛋白可利用其胞嘧啶脱氨酶活性,在病毒反转录过程中使新生的病毒cDNA链上dC脱氨基变成dU,导致正链DNA上出现G→A的突变,使得复制终止[2- 6,7,9- 18]。
HIV- 1基因组编码的附属蛋白Vif可以与Cullin5、ElonginB、ElonginC及RBX1等形成E3连接酶复合物,作为定位靶APOBEC3的底物识别亚基,启动病毒生产细胞内的泛素- 蛋白酶体依赖的降解[19- 20]。Zhao等[21]发现Vif上有功能的关键域对EloB/C、Cul5和CBFβ之间的联系有重要作用,是HIV- 1 Vif介导的G2/M细胞周期停滞和APOBEC3H降解所必须的,使APOBEC3H失活的HIV- 1Vif突变体不能引起G2/M细胞周期停滞。
当Vif在功能强大时,HIV- 1可对抗稳定的APOBEC3H蛋白和所有的内生APOBEC3蛋白并能大量复制。APOBEC3H的蛋白水平由于感染而增长了10多倍[12]。对比APOBEC3H与APOBEC3G的氨基酸序列发现,APOBEC3G的Vif应答基序DPDY在APOBEC3H并不保守,APOBEC3H内替换这一基序并没有降低其对HIV- 1Vif的抵抗性[5]。因此,稳定表达的APOBEC3H单倍型在人群中的分布可能比之前认为的更广泛。这也说明APOBEC3H在抑制反转座子和HIV- 1的感染中有重要作用。
Feng等[11]阐述了HapⅡ和HapⅤ搜索ssDNA底物寻找含胞嘧啶脱氨酶基序的机制,HapⅡ能利用滑行、跳跃和节间转移动作在酶- 底物相遇后连续使多个胞嘧啶脱氨基。相反,HapⅤ表现出减弱的滑行和节间转移功能,却能沿着ssDNA跳跃。HapⅤ减弱的持续性并不能导致单周期感染性实验中抑制HIV- 1复制的有效性降低,说明跳跃和节间转移对突变有效性是多余的。优化ssDNA的持续性需要β2折叠形成APOBEC3H的二聚体。这些发现支持跳跃能补偿节间跳跃缺陷的模型,也说明HapⅡ和HapⅤ利用不同的机制诱发HIV- 1突变。
总之,APOBEC3H是APOBEC3家族唯一一个Z3蛋白,利用独特的YY(F/Y)W基序结合7SLRNA可使其有效地进入HIV- 1病毒粒子,从而抑制HIV- 1的复制。APOBEC3H有N15△、R18L、G105R、K121D和E178D 5个单点氨基酸多态性,形成了具有不同抗病毒功能的APOBEC3H单倍型,已经在不同人群发现了7种,只有HapⅡ、HapⅤ、HapⅦ可稳定表达并可抑制Vif缺陷的HIV- 1。另外,APOBEC3H还可以抑制HTLV、HBV、HCV等病毒的感染。Zhu等[22]发现位于APOBEC3H外显子2的rs139293 T等位基因可能会显著降低肺癌的发病率。这说明APOBEC3H的基因突变与人体某些癌症有关。因此,研究作为人体固有免疫成员的APOBEC3H,了解APOBEC3H的结构和功能特点,可为人类寻找治疗艾滋病、癌症等的方法带来希望,也为治疗这些疾病提出一条新的思路。
[1] 利维.艾滋病病毒与艾滋病的发病机制[M].3版.邵一鸣,译.北京:科学出版社,2010:1- 27.
[2] DANG Y,SIEW L M,WANG X,et al.Human cytidine deaminase APOBEC3H restricts HIV- 1 replication[J].J Biol Chem,2008,283(17):11606- 11614.
[3] WANG X,ABUDU A,SON S,et al.Analysis of human APOBEC3H haplotypes and anti- human immunodeficiency virus type 1 activity[J].J Virol,2011,85(7):3142- 3152.
[4] ZHEN A,DU J,ZHOU X,et al.Reduced APOBEC3H variant anti- viral activities are associated with altered RNA binding activities[J].PLoS One,2012,7(7):e38771.
[5] MITRA M,SINGER D,MANO Y,et al.Sequence and structural determinants of human APOBEC3H deaminase and anti- HIV- 1 activities[J/OL].Retrovirology,2015,12:3[2015- 1- 22].http://retrovirology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12977- 014- 0130- 8.
[6] IZUMI T,SHIRAKAWA K,TAKAORI- KONDO A.Cytidine deaminases as a weapon against retroviruses and a new target for antiviral therapy[J].Mini Rev Med Chem,2008,8(3):231- 238.
[7] VIEIRA V C,SOARES M A.The role of cytidine deaminases on innate immune responses against human viral infections[J].Biomed Res Int,2013,2013:e683095.
[8] SHEEHY A M,GADDIS N C,CHOI J D,et al.Isolation of a human gene that inhabites HIV- 1 infecton and is suppressed by the viral Vif protein[J].Nature,2002,418(6898):646- 650.
[9] LI M M,EMERMAN M.Polymorphism in human APOBEC3H affects a phenotype dominant for subcellular localization and antiviral activity[J].J Virol,2011,85(16):8197- 8207.
[10] HARARI A,OOMS M,MULDER L C,et al.Polymorphisms and splice variants influence the antiretroviral activity of human APOBEC3H[J].J Virol,2009,83(1):295- 303.
[11] FENG Y,LOVE R P,ARA A,et al.Natural polymorphisms and oligomerization of human APOBEC3H contribute to single- stranded DNA scanning ability[J].J Biol Chem,2015,290(45):27188- 27203.
[12] REFSLAND E W,HULTQUIST J F,LUENGAS E M,et al.Natural polymorphisms in human APOBEC3H and HIV- 1 Vif combine in primary T lymphocytes to affect viral G- to- A mutation levels and infectivity[J].PLoS Genet,2014,10(11):e1004761.
[13] GOILA- GAUR R,STREBEL K.HIV- 1 Vif,APOBEC,and Intrinsic Immunity[J/OL].Retrovirology,2008,5:51[2008- 06- 24].http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2443170.
[14] VASUDEVAN A A,SMITS S H,HÖPPNER A,et al.Structure features of antiviral DNA cytidine deaminases[J].Biol Chem,2013,394(11):1357- 1370.
[15] OOMS M,MAJDAK S,SEIBERT C W,et al.The localization of APOBEC3H variants in HIV- 1 virions determines their antiviral activity[J].J Virol,2010,84(16):7961- 7969.
[16] NARUSE T K,SAKURAI D,OHTANI H,et al.APOBEC3H polymorphisms and susceptibility to HIV- 1 infection in an Indian population[J].J Hum Genet,2016,61(3):263- 265.
[17] LI M M,WU L I,EMERMAN M.The range of human APOBEC3H sensitivity to lentiviral vif proteins[J].J Virol,2010,84(1):88- 95.
[18] CAGLIANI R,RIVA S,FUMAGALLI M,et al.A Positively selected APOBEC3H haplotype is associated with natural resistance to HIV- 1 infection[J].Evolution,2011,65(11):3311- 3322.
[19] GOURRAUD P A,KARAOUNI A,WOO J M,et al.APOBEC3H haplotype and HIV- 1 proviral vif DNA sequence diversity in early untreated infection[J].Hum Immunol,2011,72(3):207- 212.
[20] LARUE R S,LENGYEL J,JNSSON S R,et al.Lentiviral vif degrades the APOBEC3Z3/APOBEC3H protein of its mammalian host and is capable of cross- species activity[J].J Virol,2010,84(16):8193- 8201.
[21] ZHAO K,DU J,RUI Y,et al.Evolutionarily conserved pressure for the existence of distinct G2/M cell cycle arrest and A3H inactivation functions in HIV- 1 Vif[J].Cell Cycle,2015,14(6):838- 847.
[22] ZHU M,WANG Y,WANG C,et al.The eQTL- missense polymorphisms of APOBEC3H are associated with lung cancer risk in a Han Chinese population[J/OL].Sci Rep,2015,5:14969[2015- 10- 13].http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26459911.
2016- 04- 21
2016- 07- 06
吴小霞(1979-),女,山东泰安人,副教授,生物物理硕士。E- mail:redrain2003@sohu.com
吴小霞.人类抗病毒因子APOBEC3H的研究进展[J].东南大学学报:医学版,2016,35(6):1013- 1016.
Q75
A
1671- 6264(2016)06- 1013- 04
10.3969/j.issn.1671- 6264.2016.06.039