探讨伤寒沙门菌mig-14基因在高渗应激早期对其它基因表达调控的影响

2011-12-09 12:06赵仙华
亚太传统医药 2011年12期
关键词:基因芯片沙门磷酸化

赵仙华

(丹阳市第二人民医院,江苏 丹阳 212300)

1 材料与方法

1.1 材料

1.1.1 菌株和质粒

Salmonella enterica serovar Typhi GIFU10007野生株和phoP 缺陷株,Escherichia coli SPY372λpir,Escherichia coli DH5α。

1.1.2 引物

在mig-14基因上游和下游设计两对特异性PCR引物:P1A/P1B和P2A/P2B。根据treC,eutG和otsB 基因序列设计RT-PCR引物。

1.1.3 主要试剂

限制性内切酶BglII、BamHI、T4DNA Ligase、碱性磷酸酶、Ex Taq、dNPT、Ex Taq Buffer、RNase H、X-Gal、DL2000。

1.1.4 主要仪器

PCR仪,高速冷冻离心机,凝胶成像及分析系统,核酸检测仪,电穿孔仪,电热恒温干燥箱,超纯水分离系统:PL5243(PALL),超低温冰箱,GenePix Personal 4100A 芯片扫描仪。

1.2 方法与步骤

1.2.1 基因芯片分析实验

先将伤寒沙门菌野生株和mig-14缺陷株分别接种于1mL的低渗的LB液体培养基过夜培养,次日以1:100转种于30mL高渗的LB液体培养基,培养3~4h至对数生长期。然后在冰上放置20min后离心收集菌体,按照QIAGEN RNA提取试剂盒的方法提取细菌总RNA,分析总RNA的质量;再用DNaseI消化痕量的DNA后,在-70℃条件下保存待用。随后按照文献中的方法进行RNA逆转录和cDNA荧光标记、RNA的灭活、cDNA的纯化以及芯片预杂交和数据分析的步骤。

1.2.2 RT-PCR实验

先将伤寒沙门菌野生株和mig-14缺陷株分别接种于1mL的LB液体培养基过夜培养,次日以1:100转种于30mL的LB液体培养基,培养3~4h至对数生长期,然后在冰上放置20min后离心收集菌体,按照QIAGEN RNA提取试剂盒的方法提取细菌总RNA,分析总RNA的质量,再用DNaseI消化痕量的DNA后,在-70℃条件下保存待用,随后按照文献中的方法进行RT-PCR逆转录,将反应体系放PCR仪器上扩增。

2 结果

2.1 基因芯片分析结果

采用GenePix Pro6.0软件,对全基因组芯片分析结果进行图片处理和数据分析,计算每个点杂交后不同荧光物质标记所得信号比值,以log(2)Ratio值描述结果,取-1和1(表达1倍差异)作为阈值。可以看出,mig-14缺陷后受影响的基因较多,但比值普遍较低。

2.2 RT-PCR结果

从基因芯片分析结果表中选择几个基因做实时荧光定量PCR分析,以进一步确证它们受mig-14的影响情况。RT-PCR结果与基因芯片的结果基本一致。

3 讨论

伤寒沙门菌是肠侵染性病原菌,在侵入宿主时会遭受各种环境应激。食物和小肠中的NaCl浓度分别约为50和300mM。在高渗应激早期,我们利用基因芯片技术分析mig-14缺陷株的全基因组表达变化情况,结果发现约140个基因的表达受到mig-14影响。

跨膜的甲基结合性趋化蛋白(MCPs)当感受外界的化学刺激信号时,位于细胞周质空间的MCPs蛋白区域构象发生变化,并将信号通过胞浆中的连接蛋白CheW传递给可溶性的蛋白激酶CheA。CheA自身磷酸化,将磷酸基团转移给反应调节蛋白CheY,磷酸化的CheY结合到鞭毛的传动器蛋白上,使鞭毛由逆时针运动改为顺时针运动。CheR和CheB分别是甲基转移酶和甲基酯酶,前者能将甲基团转移给MCPs,后者促使甲基团与MCPs分离。磷酸化的CheA蛋白能诱导CheB的酶活性。cheZ编码磷酸酶,使CheY-P去磷酸化。MotA和MotB位于膜上,是鞭毛传动器的定子蛋白,能引导质子跨膜运动,质子流动为鞭毛提供旋转动力。

鞭毛是沙门菌的运动器官,也是一种重要的致病因子。约有50个基因与鞭毛的结构和功能相关,按照转录等级关系将这些基因分成3类。它们编码的产物分别是鞭毛装配过程中的早中晚期产物,即:Ⅰ类基因flhDC操纵子是Ⅱ类基因的调节单元,能激活Ⅱ类基因的转录;Ⅱ类基因编码中期产物如鞭毛基底部和弯钩部以及调节子σ28因子(FliA)和σ70因子(FliZ);Ⅲ类基因主要编码的是鞭毛丝的组成部分以及和鞭毛动力相关的蛋白。属于Ⅲ类基因的有flgN、flgM、flgKL、cheZ、cheY 、cheB、cheR、cheW、cheA、motB、motA、fliC、fliDST。fliAZ与flhDC构成正反馈回路,FliZ先激活flhDC,后者又激活fliAZ。与Ⅱ类基因共表达的FlgM是抗σ28因子,能干扰FliA对Ⅲ类基因的激活表达作用。而在鞭毛基底部和弯钩部装配完成之后,FlgM能通过生长的鞭毛被分泌到胞外,去除对FliA的阻抑作用。flgK、flgL 和 fliD 编 码 HAP1,HAP2and HAP3,它们与FliC蛋白单体输出到胞外及聚合形成鞭毛丝有关。FliS是FliC特异性的伴侣分子,在胞质溶胶中阻碍鞭毛素各亚单位的聚合,能与FliC蛋白C末端无规则区结合,促使FliC蛋白C末端形成稳定的α螺旋结构,有利于FliC输出到胞外。FlgN是Ⅲ型分泌系统的分子伴侣,能与FlgKL相互作用,形成传感装置。当感受到鞭毛装配过程进入中期时,FlgN能阻碍FlgM 的翻译过程,从而释放FliA,促进FliA对Ⅲ类基因的激活作用。FlgT不仅是Ⅱ类基因的负调节因子,也是FliD的分子伴侣,能与FliD结合,防止FliD寡聚化,更有利于FliD从鞭毛特异性的Ⅲ型分泌系统输出。

本次芯片实验结果中除了cheY、motB和fliT没有明显表达变化外,其他Ⅲ类基因和fliAZ在mig-14缺陷株中均表达量下调。因此推测mig-14可能对鞭毛装配的中晚期以及鞭毛的运力有正调控作用。芯片分析结果还显示,在mig-14缺陷株中pagP表达量降低,而ybjX表达量增高,这两个基因菌与细菌拮抗抗菌肽的杀伤作用有关。沙门菌的somA与大肠埃希菌中的ybjX有较高的同源性,沙门菌中也有ybjX基因,其功能未知。SomA蛋白是msbB的抑制因子,因此推测ybjX可能与msbB有相似的作用。

本实验只是通过基因芯片分析,对伤寒沙门菌mig-14基因在高渗应激早期对其他基因表达调控的影响进行了初步探讨,有关mig-14的功能还有待进一步研究。

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