乌头汤治疗腰椎间盘突出症作用机制的网络药理学研究

2024-06-01 02:50王淑江龙胜利
医学信息 2024年9期
关键词:分子对接网络药理学腰椎间盘突出症

王淑江 龙胜利

基金項目:贵州省中医药管理局中医药、民族医药科学技术研究课题(编号:QZYY-2023-149)

作者简介:王淑江(1997.7-),男,贵州安顺人,硕士研究生,主要从事中医骨伤科学(脊柱外科方向)研究

通讯作者:龙胜利(1969.7-),男,贵州榕江人,本科,主任医师,硕士生导师,副院长,主要从事脊柱外科方面的研究

摘要:目的  利用网络药理学与分子对接技术探讨乌头汤治疗腰椎间盘突出症(LDH)的作用机制。方法  使用TCMSP筛选出乌头汤的有效活性成分和靶点信息,并将其转换为相应的基因名;从GeneCard和OMIM数据库中获得LDH的靶点,利用Venny图获得二者共同靶点。利用Cytscape构建“中药-活性成分-疾病靶点”及PPI网络图,利用R软件进行GO和KEGG富集分析,最后对有效活性成分与关键靶点进行分子对接。结果  获得乌头汤治疗LDH的有效活性成分151个、共同靶点52个。网络图结果显示,核心活性成分包括槲皮素、山奈酚、木犀草素等,关键靶点包括IL6、TNF、AKT1、IL1B、VEGFA、MMP9等。KEGG通路主要涉及AGE-RAGE、IL-17、TNF等信号通路。分子对接结果显示,有效活性成分与关键靶点之间结合性良好。结论  乌头汤通过多成分、多靶点、多通路来治疗LDH,可为乌头汤后续临床应用及研究提供依据与思路。

关键词:乌头汤;腰椎间盘突出症;网络药理学;分子对接

中图分类号:R285                                   文献标识码:A                                 DOI:10.3969/j.issn.1006-1959.2024.09.003

文章编号:1006-1959(2024)09-0016-07

Network Pharmacology Study on the Mechanism of Wutou Decoction

in the Treatment of Lumbar Disc Herniation

WANG Shu-jiang1,LONG Sheng-li2

(1.Guizhou University of Traditional Chinese Medicine,Guiyang 550002,Guizhou,China;

2.Guiyang Fourth People's Hospital,Guiyang 550007,Guizhou,China)

Abstract:Objective  To explore the mechanism of Wutou decoction in the treatment of lumbar disc herniation (LDH) by using network pharmacology and molecular docking technology.Methods  TCMSP was used to screen out the effective active ingredients and target information of Wutou decoction, and convert them into corresponding gene names; the targets of LDH were obtained from the GeneCard and OMIM databases, and the common targets of the two were obtained by Venny plot. Cytscape was used to construct a "Chinese medicine-active ingredient-disease target" and PPI network diagram, and R software was used to perform GO and KEGG enrichment analysis. Finally, molecular docking of effective active ingredients and key targets was performed.Results  A total of 151 effective active components and 52 common targets of Wutou decoction in the treatment of LDH were obtained. The results of the network diagram showed that the core active components included quercetin, kaempferol, luteolin, etc., and the key targets included IL6, TNF, AKT1, IL1 B, VEGFA, MMP9, etc. The KEGG pathway mainly involved AGE-RAGE, IL-17, TNF and other signaling pathways. The results of molecular docking showed that the binding between the effective active components and the key targets was good.Conclusion  Wutou decoction treats LDH through multi-component, multi-target and multi-pathway, which can provide basis and ideas for the follow-up clinical application and research of Wutou decoction.

Key words:Wutou decoction;Lumbar disc herniation;Network pharmacology;Molecular docking

腰椎间盘突出症(lumbar disc herniation, LDH)是指以腰椎间盘退变、纤维环破裂、髓核突出压迫神经根而引起以腰腿部疼痛为主要症状的一种疾病[1]。该病发病率为20%~30%,且呈不断上升和年轻化发展趋势,如不加以干预,将会影响患者生活质量[2,3]。目前对于LDH的治疗主要分为手术和保守两种,由于手术具有创伤大、术后易复发、患者难以接受,且干预率高等特点,大多数情况下建议患者采取保守治疗[4,5]。LDH属于中医“痹证”“腰痛”等范畴。《素问·痹论》曰“所谓痹者,各以其时,重感于风寒湿之气也”,认为痹证的发生与风寒湿邪之间密切相关。乌头汤作为历代医家治疗痛痹的经典方,具有温经散寒、除湿止痛的治疗效果。吴健放等[6]运用乌头汤加味对LDH患者进行治疗,结果显示其疗效确切。虽然乌头汤对于LDH的治疗具有明确效果,但作用机制尚不明确,原因可能为乌头汤所含活性成分偏多且复杂有关,因此对其作用机制阐释困难。基于此,本研究借助网络药理学分析解乌头汤治疗LDH的机制,以期为药物临床应用及后续研究提供依据与思路。

1资料与方法

1.1乌头汤活性成分筛选及基因名转换  运用TCMSP数据库(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform)依次检索川乌、麻黄、黄芪、白芍、甘草的化学成分。以OB≥30%、OL≥0.18为筛选条件,获得乌头汤的有效活性成分。使用TCMSP附加查找功能寻找上述5味中药的靶点信息,利用Uniprot数据库(https://www.uniprot.org/)对上述靶点进行基因名转换,从而获得乌头汤的潜在靶点。

1.2 LDH疾病靶点筛选  运用GeneCards(https://www.genecards.org/)和OMIM(https://omim.org/)数据库筛选疾病靶点,以“lumbar disc herniation”作为检索词,分别获取LDH的疾病靶点,将靶点进行汇总,对重复出现的靶点进行删除,将获得疾病靶点进行整理,以备后续使用。

1.3共同靶点筛选及中药-活性成分-疾病靶点网络构建  绘制乌头汤潜在靶点和LDH疾病靶点的韦恩图,从而获得二者共同靶点。通过构建相应网络文件,借助Cytoscape3.7.2得到“中药-活性成分-疾病靶点”网络图,根据degree值大小筛选出排名靠前活性成分,degree越大,则该活性成分重要性越强。

1.4蛋白互作(PPI)网络构建  将共同靶点导入String(https://cn.string-db.org/)数据库中进行相应设置,以“tsv”文件导出,將文件导入Cytoscape3.7.2中进行分析,绘制PPI网络。根据具体degree值筛选关键靶点,degree越大,则该靶点在治疗过程中重要性越强。

1.5 GO功能富集和KEGG通路富集分析  将共同靶点结果放入DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)数据库中进行GO功能富集与KEGG通路富集分析(P<0.05)。根据P值大小制作相应文件,利用R软件对分析结果进行图像可视化。

1.6分子对接  筛选出乌头汤治疗LDH的核心有效成分与关键靶点,利用PDB数据库(https://www.rcsb.org/)获取6个关键靶点的3D结构;Pubchem(http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)获取3个核心有效成分的2D结构。对成分及靶点进行预处理,使用Autodock Tools1.5.6进行分子对接,选择最优对接结果,最后通过Pymol2.4和Maestro11.5软件对分子对接结果进行可视化。

2结果

2.1乌头汤活性成分筛选及基因名转换  运用TCMSP数据库对5味中药进行活性成分筛选,获得川乌、麻黄、黄芪、白芍、甘草的活性成分分别为3、23、20、13、92个,见表1。使用TCMSP的“Related Targets”功能,找到川乌对应靶点6个,麻黄对应靶点368个,黄芪对应靶点325个,白芍对应靶点89个,甘草对应靶点1115个。通过UniProt数据库对靶点基因名称进行寻找、删除未找到对应基因名称的靶点后,最终获得乌头汤的潜在靶点203个。

2.2 LDH疾病靶点筛选  以“Lumbar disc herniation”为检索词,从GeneCards和OMIM两个数据库中分别获取LDH的疾病靶点,经汇总和删除重复值后,最终获得疾病靶点513个。

2.3共同靶点筛选及中药-活性成分-疾病靶点网络构建  将乌头汤潜在靶点与LDH疾病相关靶点在Venny2.1在线工具中取交集,最终获得乌头汤治疗LDH共同靶点52个,包括IL6、TNF、AKT1、PTGS2、F3等,见图1。利用Cytoscape3.7.2得到“中药-活性成分-疾病靶点”网络图,degree值排名前3的活性成分为E1、F1、MH5,即槲皮素、山奈酚和木犀草素,其degree值分别为129、57、23,推测这3种活性成分在乌头汤治疗LDH过程中发挥重要作用,见图2。

2.4 PPI网络构建与分析  将52个共同靶点放入String11.5数据库中,得到“tsv”文件,并导入Cytscape3.7.2中,得到PPI网络图,结果显示该网络由52个靶点蛋白和1566条边组成,排名前6的核心靶点分别为IL6、TNF、AKT1、IL1B、VEGFA和MMP9,其degree值分别是49、48、47、47、46、45,见图3。

2.5 GO功能富集和KEGG通路富集分析  运用DAVID数据库对药物与疾病交集靶点进行GO和KEGG分析,利用R软件对分析结果进行呈现。GO富集分析共获得503个富集结果,其中细胞组分(CC)39个,涉及细胞外区、细胞外间隙、高分子复合物等;分子功能(MF)74个,涉及酶结合、蛋白质结合、细胞因子活性等;生物过程(BP)390个,主要涉及基因表达的正向调控、炎症反应、缺氧反应等。获得KEGG通路富集分析结果共140个,其中AGE-RAGE、IL-17、TNF等信号通路在治疗LDH的研究中受到广泛关注。以P值大小作为筛选条件,选择GO排名前10及KEGG排名前20的结果进行柱状图和气泡图的构建,见图4、图5。

2.6分子对接  槲皮素、山奈酚和木犀草素为乌头汤的核心活性成分,作为核心配体备用。IL6、TNF、AKT1、IL1B、VEGFA和MMP9为关键靶点,作为核心受体备用,其蛋白PDB ID分别为1ALU、3CQU、1BKC、7Z3W、6Z3F、1GKD。将3个配体与6个受体之间进行分子对接,共有18种对接结果,其中3个核心活性成分与6个关键靶点之间结合能均小于-5 kcal/mol,说明结合性良好,且槲皮素与AKT1的结合性最强,达到-8.83 kcal/mol,见表2。对每组结合能最强的结果进行可视化,具体对接模式为:木犀草素与IL6、槲皮素与AKT1、木犀草素与TNF、山奈酚与IL1B、木犀草素与VEGFA、木犀草素与MMP9。

3讨论

3.1乌头汤治疗LDH的研究基础  乌头汤出自于《金匮要略》,为治疗寒湿痹痛的经典方。全方共有5味药物,川乌祛风除湿,温经止痛,为君;麻黄疏散风寒、发汗宣痹,为臣;黄芪益气固表,甘草、白芍缓急止痛,且甘草能够缓解川乌的毒副作用,三者为臣。全方配伍严谨,功效显著,对于LDH的治疗具有明确效果[7]。覃接龙[8]对加减乌头汤配合电针治疗腰椎间盘突出症的疗效进行观察,结果发现与单纯使用电针组相比,观察组在VAS评分、JOV评分、临床疗效方面更具优势。许力勇[9]研究发现,小针刀松解术联合乌头汤加味治疗3周后,可改善腰椎间盘突出症患者腰椎功能,减轻腰部疼痛。郭秋岩等[10]通过药效学实验证明,乌头汤能够提高痛域值,降低炎性因子表达,对于神经病理性疼痛具有治疗作用。

3.2关键活性成分结果分析  LDH的病因相对复杂,其发病与椎间盘退变紧密相关。有研究表明[11],炎性反应是加速椎间盘退变进程的原因之一。在此研究中,根据“中药-活性成分-疾病靶点”网络图显示,槲皮素、山奈酚和木犀草素度值较高,说明这3种成分在LDH的治疗过程中可能发挥重要作用。槲皮素广泛存在于黄芪、麻黄、甘草之中。研究表明[12,13],槲皮素通过抑制TNF信号通路,降低TNF-α、IL6等相关炎症介质相对表达量,减轻炎性反应;同时,其也能通过抑制MAPK/TLR4信号通路,减少炎性因子产生,最终达到减轻炎症程度的作用[13]。山奈酚来源于麻黄、白芍、黄芪、甘草之中。研究发现[14,15],山奈酚能够通过抑制MAPK通路来缓解因IL1β刺激所引起的炎症反应。同时,其还可以通过降低促炎细胞因子IL6水平和通过抑制核转录因子(NF)-κB的细胞核易位,进而增加抗炎细胞因子IL10的含量来减轻炎症。木犀草素在麻黄中含量丰富,可以通过激活AMPK-Nrf2信号,抑制H2O2诱导的炎症反应和氧化损伤,达到保护软骨细胞、减轻骨关节炎发展进程的效果[16]。且木犀草素通过减少ROS和活性氮的产生,通过介导NF-κB、MAPK及AP-1等多种炎症信号通路和减少花生四烯酸释放,达到抑制炎症细胞因子和炎癥介质表达的作用[17]。

3.3关键靶点结果分析  在PPI网络中显示,IL6、TNF、AKT1、IL1B、VEGFA、MMP9可能是乌头汤治疗LDH的关键靶点。IL6作为一种常见炎症介质,与腰腿痛密切相关,通过降低机体的IL6水平可以达到减轻疼痛症状的作用[18]。IL6可以激活JAK/STAT3通路,增加COX-2和MMP-13的表达,引起椎间盘退变的发生[19]。TNF参与全身系统性炎症,而TNF-α作为TNF基因家族中的重要成员,通过加速ECM的降解、炎症反应、细胞凋亡、自噬和细胞增殖来加快椎间盘退变的过程[20]。Wang Y等[21]研究发现,抗TNF-α疗法能够有效降低椎间盘炎症反应,对椎间盘退变具有减缓作用。AKT1作为一种常见的蛋白激酶,通过多种信号通路参与炎症和细胞代谢,具有改善NP细胞退化的作用[22,23]。相关研究证实[24],AKT1与机体血管损伤有关,病理过程为血管受到腰椎间盘压迫,容易导致神经根的血液循环障碍、促使炎性水肿、酸性代谢产物产生、神经根的传导能力下降,从而引发机体腰腿痛。实验证实[25],通过抑制p38、JNK和ERK通路能够减弱IL1β诱导的NP细胞和ECM的降解和凋亡,对于椎间盘退变的治疗具有潜在应用。退变的椎间盘通过释放IL1β等炎性因子,加剧腰椎间盘突出症的发生,导致腰腿痛等症状[26]。研究证明[27],椎间盘退变的程度与血管芽的丧失和VEGFA及其受体的下调具有相关性。VEGFA的增加对椎间盘中淋巴管和血管的再生具有推动作用,能够加快椎间盘组织的修复与重建,有利于减缓椎间盘退变程度和减轻腰腿部疼痛症状[28]。MMP-9作为细胞外基质代谢过程中最为关键的酶,其表达的增加可以加速椎间盘退变进程[29]。研究发现[30],MMP9在miR-133a的调控下导致Ⅱ型胶原蛋白减少,对椎间盘退变产生严重影响。

3.4关键信号通路结果分析  KEGG通路富集分析显示,作为乌头汤治疗LDH相关通路,主要包括AGE-RAGE、IL17、TNF等信号通路。AGE-RAGE信号通路容易在糖尿病性多发性神经病中激活,该信号通路的过度表达会加剧周围神经元的退行性疾病[31]。研究发现[32],可以通过激活RAGE来引起与衰老密切联系的全身性轻度炎症。研究表明[33],AGE-RAGE信号通路的激活可能通过加速基质金属肽酶2(MMP2)的表达,从而引起椎间盘退变。IL17信号通路可以加快NF-κB通路的激活,使其释放炎性因子,帮助椎间盘中细胞因子、趋化因子和细胞外基质降解因子的产生,进而达到减缓椎间盘退变的作用[34-36]。He WS等[37]研究发现,IL17A作为IL17常见亚型之一,通过激活PI3K/Akt/Bcl-2信号通路影响细胞自噬,加快椎间盘的退变。TNF信号通路对炎症反应、细胞凋亡和免疫调节等生物学过程具有调节作用[38]。TNF是肿瘤坏死因子,具有强大的致炎作用,TNF-α作为TNF其中一个亚型,与椎间盘退变密切相关。在加速椎间盘退变、诱导NP细胞凋亡方面,TNF-α扮演着重要作用,NF-κB信号通路可以抑制SHOX2的表达并促进椎间盘退变和加剧腰痛[39,40]。

3.5分子对接结果分析  本研究结果发现,通过筛选得到的3个核心活性成分与6个关键靶点成功完成分子对接,且结合能均小于-5 kcal/mol,说明成分与靶点之间结合性良好。

综上所述,乌头汤可能通过槲皮素、山奈酚、木犀草素等主要活性成分作用于IL6、TNF、AKT1、IL1B、VEGFA、MMP9等靶点基因来调控AGE-RAGE、IL17、TNF等信号通路,通过抗炎、免疫调节等机制达到治疗LDH的作用,体现了乌头汤治疗LDH具有多成分、多靶點、多通路的作用特点,为乌头汤的临床应用及后续研究提供依据与思路。然而,本研究仅在理论上探讨了乌头汤治疗LDH的药理作用机制,其具体机制尚未探索清楚,还需后期大量实验研究加以验证。

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收稿日期:2023-06-09;修回日期:2023-06-21

編辑/杜帆

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