李琳,喻超,潘耀振,陈玲,邓路,雷林翰,孙诚谊*
(贵州医科大学附属医院 肝胆外科,贵州医科大学 肝胆胰脾重点实验室,贵州省肝胆胰脾疾病研究所,贵州 贵阳 550004)
胰腺癌(pancreatic cancer,PC)是世界上最常见的癌症之一,中位生存期仅3~6个月,5年生存率不到5%[1]。尽管手术技术方法和辅助药物治疗取得了长足的进步,但过去40年中关于PC的预后没有明显改变,死亡率接近发病率[2]。PC的高致死率主要源于其生物学行为,早期转移且缺乏早期发现的标志物等特性都导致PC在发生早期很难被发现[3],因此发掘早期诊断的标志物对于PC的诊断和治疗至关重要[4]。基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinases,MMPs)是能够降解几乎所有类型细胞外基质的酶,它们在生理过程中发挥着广泛的作用,例如癌症进展等[5]。已有研究表明基质金属蛋白酶28(matrix metalloproteinase 28,MMP28)可能参与癌症的发生发展,并且与癌症的转移机制相关[6-7]。磷酸肌醇3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)信号转导途径是人类癌症中最常改变的途径之一,在驱动肿瘤的发生和发展中起着至关重要的作用[8-10]。PI3K信号级联反应的过度激活是人类癌症中最常见的反应之一,在细胞内信号转导对细胞外刺激物的响应起关键协调作用[11],但目前有关MMP28在PC中的作用和机制研究还比较缺乏。本文通过对MMP28进行生物信息学分析,观察可能生物学过程及其通路,并通过实时荧光定量核酸扩增检测系统(real-time quantitative PCR detecting system,qPCR)和免疫印迹实验(Western blot)实验验证MMP28在PC细胞中的作用与机制,报告如下。
1.1材料
1.1.1细胞株与主要试剂 人PC细胞株PANC-1细胞为中山大学肿瘤防治中心惠赠,胎牛血清(fatal bovine serun,FBS)、胰蛋白酶及培养基(dulbecco's modified eagle medium, DMEM)购自美国Gibco公司,RNA提取试剂Trizol购自美国Invitrogen公司,B淋巴细胞瘤-2(B-cell lymphoma-2,BCL2)、叉头框转录因子1(forkhead box O1,FOXO1)和细胞程序性细胞死亡因子4(programmed cell death 4,PDCD4)引物购自上海生工生物工程公司,相应WB一抗购自美国proteintech公司,MMP28转染试剂(包括MMP28对照试剂、MMP28下调试剂及MMP28上调试剂)购自广州锐博生物公司,逆转录试剂盒和SYBR Premix ExTaq试剂盒均购自日本TaKaRa公司。
1.1.2主要仪器 CFX96 Bio-Rad荧光定量PCR仪购自美国Bio-Rad公司,ChemiDocTMTouch bio-rad化学发光成像系统购自美国Bio-Rad公司。
1.2方法
1.2.1生物信息学分析 利用cBioPortal网站在线分析TCGA数据库(http://www.cbioportal.org/),选择胰腺导管腺癌数据库PAAD,数据类型选择mRNA表达谱,根据TCGA数据库分析结果,选取与MMP28相关的基因中相关系数较大(Person系数>0.5)的基因进行生物信息学分析。GO富集分析包括与MMP28相关的细胞组成(cellular component,CC)分析、生物过程(biological process,BP)分析及分子功能(molecular function,MF)分析,KEGG富集分析与MMP28相关的通路分析,并通过GEPIA网站(http://gepia.cancer-pku.cn/)分析MMP28与其互作基因之间的关系。
1.2.2细胞培养及分组 PANC-1细胞培养于10%FBS的DMEM培养基、37 ℃的5%CO2恒温恒湿培养箱,将PANC-1细胞消化铺于培养瓶中、105个细胞/瓶;铺板6 h后,将细胞分为MMP28对照组(NC组,给与MMP28对照试剂)、MMP28下调组(si-MMP28组,给与MMP28下调试剂)及MMP28上调组(U-MMP28组,给与MMP28上调试剂),待48 h后取细胞进行其他实验。
1.2.3qPCR检测BCL2、FOXO1及PDCD4 mRNA的表达 选择各组处于对数生长期的PANC-1细胞,提取总RNA,依照逆转录试剂盒的说明分别将样品逆转录为cDNA,再选择GAPDH作为内参,使用SYBR Premix ExTaq试剂盒进行qPCR实验以检测BCL2、FOXO1及PDCD4 mRNA的表达。
1.2.4Western blot检测Akt和磷酸化蛋白激酶B(phosphorylase protein kinase B,p-Akt)的蛋白表达 选择各组处于对数生长期的PANC-1细胞,提取细胞总蛋白,根据蛋白定量结果进行电泳、转膜、封闭、孵一抗、洗膜、孵二抗、洗膜及曝光,用Image Lab软件分析所得条带的灰度值,检测Akt和p-Akt的蛋白表达量。
1.3统计学分析
2.1MMP28的生物学功能
根据TCGA数据库分析结果选取与MMP28相关的基因中相关系数较大(P>0.5)的基因进行GO富集分析,CC结果显示MMP28与细胞外泌体、膜转运及细胞黏附功能相关(图1A);BP结果显示MMP28可能与细胞黏附、细胞与细胞间黏附及表皮发生发展相关(图1B);MF结果显示MMP28可能与Ca2+结合及结构分子活性相关(图1C)。
2.2MMP28的信号通路
根据TCGA数据库分析结果,选取与MMP28相关的信号通路中相关性前10的信号通路进行分析,结果显示MMP28可能参与多种和癌症发生发展相关的信号通路,包括黏着斑信号通路和PI3K-Akt信号通路。见图2。
注:A为与MMP28相关的细胞组分图,B为与MMP28相关的分子功能图,C为与MMP28相关的生物学过程图。
图2 生物信息学分析MMP28的信号通路
2.3MMP28对PI3K-Akt信号通路的影响
通过GEPIA网站分析结果显示,MMP28与BCL2、FOXO1及PDCD4等信号分子呈负相关关系(图3A、3B及3C);qPCR结果表明,与NC组相比,si-MMP28组PANC-1细胞的BCL2、FOXO1及PDCD4 mRNA表达水平上调,U-MMP28组PANC-1细胞BCL2、FOXO1及PDCD4表达水平下降,差异均有统计学意义(P<0.05,图3D)。
注:A、B、C分别为MMP28与BCL2、FOXO1、PDCD4表达的关系,D为3种基因表达的直条图;(1)与NC组比较,P<0.05。
2.4MMP28对PI3K-Akt信号通路活性的影响
与NC组比较,si-MMP28组PANC-1细胞的p-Akt蛋白表达水平上调,U-MMP28组PANC-1细胞的p-Akt蛋白表达水平下降,差异均有统计学意义(P<0.05)。见图4。
注:(1)与NC组比较,P<0.05。
PC因其极高的病死率一直是医学研究攻克的一个难点,无论是早期诊断、治疗,提高患者的生存时间和生存质量都是学者们持续研究的目标[12-14]。目前已有大量研究探索PC的发生机制并力图找到可应用的靶点[15-16]。本研究为了探索MMP28在PC中的作用机制,首先通过富集分析MMP28在PC中可能有关的细胞成分、生物学过程和分子功能,分析结果可以看出MMP28与膜转运相关;与细胞黏附功能也相关;与结构分子活性相关,经过系统分析表明MMP28应参与PC的侵袭转移过程。通过对MMP28的进一步分析,发现已有研究表明MMP28可作为胃癌侵袭转移的独立预后标志物[6]。进一步富集分析发现MMP28可能参与的信号转导通路,发现MMP28可能参与与PI3K-Akt转导通路。PI3K-Akt转导通路是在癌症发生发展过程中极其重要的一个通路[17-19]。Wei等[20]通过研究表明可以部分通过PI3K/Akt/mTOR和PI3K/Akt/GSK-3β信号通路调节PI3K的活性以促进自噬并抑制上皮间质转化。Yang等[21]研究发现用4-甲基亚磺酰基-3-丁烯基异硫氰酸酯处理的肺癌细胞表现出对PI3K-Akt信号通路的显著抑制;Wang等[22]发现SOX9/miR-203a轴对PI3K/Akt途径的激活作用及其在癌症中的作用。这些都表明PI3K-Akt信号通路是癌症的发生发展过程中及其重要的信号转导通路。
为探索MMP28是否参与PI3K/Akt信号转导通路,首先在GEPIA网站中搜索MMP28与之相关的PI3K信号通路上的信号分子,结果显示MMP28与BCL2、FOXO1及PDCD4等信号分子呈负相关关系,而BCL2、FOXO1及PDCD4都参与PI3K-Akt信号转导通路[23-26]。进而通过检测3组PANC-1细胞中的BCL2、FOXO1及PDCD4表达情况,发现与前面分析的结果相同,MMP28与BCL2、FOXO1及PDCD4等信号分子呈负相关关系。为进一步验证MMP28参与PI3K-Akt信号转导通路,通过WB来验证Akt和p-Akt在不同分组中的表达情况,结果表明3组PANC-1细胞Akt的蛋白表达基本相同,p-Akt的蛋白表达则不同。与NC组相比,U-MMP28组PANC-1细胞p-Akt的表达减少,si-MMP28组PANC-1细胞p-Akt的表达增加,这表明MMP28与Akt的激活相关,参与PI3K-Akt信号转导通路,也表明了MMP28可能与癌症的增殖、分化及凋亡等相关。
综上所述,本研究通过生物信息学分析并结合相关实验表明MMP28在PC细胞相关肿瘤信号通路PI3K-Akt信号通路的激活过程中发挥重要作用,MMP28通过调控该通路中Akt的磷酸化水平,进而调控下游靶基因的表达,但是相关机制还有待进一步研究。