甜果螨全线粒体基因组测序与分析

赵亚男, 李朝品

(皖南医学院医学寄生虫教研室, 安徽芜湖 241002)

蜱螨个体微小，有着十分悠久的历史起源，据记载蜱螨约起源于4亿年前(Sunetal., 2014b)。蜱螨分布十分广泛、种类丰富、生境多样，其中许多种类与人类生活健康和农牧业的生产发展等关系密切，具有十分重要的医学和社会经济意义(Gerecke, 2010)。蜱螨在其分类地位和系统发生方面一直存在争议，目前大多数学者多认同蜱螨属于蛛形纲(Arachnoidea)的一个亚纲，其下包括真螨总目(Acariformes)和寄螨总目(Parasitiformes)，真螨总目下包括绒螨目(Trombidiformes)和疥螨目(Sarcoptiformes)，寄螨总目下包括巨螨目(Holothyrida)、蜱目(Ixodida)、中气门目(Mesostigmata)和节腹螨目(Opilioacarida)(Sunetal., 2014b)。

自1998年Ixodeshexagonus和Rhipicephalussanguineus两种硬蜱的线粒体基因组全序列被注释以来(Black, 1978)，随着现代各种生物学信息软件的不断开发和应用以及测序技术的不断发展，目前蜱螨类的线粒体基因组全序列也逐渐被测定和注释出来。相比较其他节肢动物，蜱螨类的线粒体基因组在基因结构和组成方面有着一些独特的特点，如基因的缺失与重排、碱基组成偏向性颠倒、rRNA短小以及非典型的tRNA二级结构等(Domesetal., 2008; Dermauwetal., 2009; Yuanetal., 2010a)。截至2018年12月GenBank数据库中，无气门亚目中常见的储藏物螨类仅有7种被注释，包括粉螨科(Acaridae)的4种(腐食酪螨Tyrophagusputrescentiae, 长食酪螨Tyrophaguslongior, 椭圆嗜粉螨Aleuroglyphusovatus和伯氏嗜木螨Caloglyphusberlesei)、麦食螨科(Pyroglyphidae)的2种(粉尘螨Dermatophagoidesfarinae和屋尘螨Dermatophagoidespteronyssinus)以及薄口螨科(Histiostomidae)的1种(速生薄口螨Histiostomaferoniarum)(Queetal., 2014; Sunetal., 2014a, 2014b; Yang and Li, 2015, 2016)，果螨科(Carpoglyphidae)螨类的线粒体基因组全序列尚未见报道。目前已测序的蜱螨物种线粒体基因组十分有限，远远不能满足蜱螨系统发育和分子进化研究的需要。本研究首次测得了甜果螨线粒体全基因组序列，对甜果螨线粒体基因组的基因结构和排列、碱基组成，蛋白编码基因和密码子使用情况，以及RNA基因和非编码区的结构等进行了预测分析，并在线粒体基因组水平结合已发表的真螨总目16种线粒体基因组序列对其系统发生关系进行了探讨，为真螨总目分类及果螨科线粒体基因组研究提供科学依据。

1 材料与方法

1.1 试虫

本研究所用的甜果螨样本在2017年6月至2018年6月采集于安徽省宿州市周边城市的干果商店仓库。将甜果螨样本于光镜下分离后挑入饲养料中，然后将饲养容器放于温度25±1℃，相对湿度85%±5%的人工气候箱内进行甜果螨的纯饲养，扩大甜果螨样本量。

1.2 主要试剂和仪器

Tris-HCl(1 mol/L, pH 8.0)、EDTA(0.5 mol/L, pH 8.0)、10% SDS、蛋白酶K、醋酸钠溶液(3 mol/L, pH 7.0)、4S Red Plus核酸染色剂(10 000×水溶液)均购自上海生工生物工程股份有限公司，DNA提取试剂盒为德国Qiagen公司产品、PCR反应试剂盒为中国TaKaRa公司产品，6×Loading Buffer、DNA胶回收试剂盒、DNA Marker为中国TIANGEN公司产品。主要仪器为ICYCLER梯度PCR仪(Bio-Rad)、Microfuge 22R高速冷冻台式离心机(美国Beckman Coulter)、荧光凝胶成像系统(英国SYNGENE 公司)、紫外透射分析仪(珠海黑马医学仪器有限公司)、恒温摇床培养箱(江苏金坛亿通电子有限公司)。

1.3 基因组DNA的提取

挑取约500只甜果螨成螨采用传统的酚氯仿抽提法和试剂盒提取法(Klimov and Oconnor, 2009; Sunetal., 2014a, 2014b; Queetal., 2016)进行甜果螨总基因组DNA的提取，试剂盒的具体提取方法参照说明书。

1.4 引物设计和PCR扩增

参考节肢动物或螨类线粒体基因的通用引物(Websteretal., 2004; Simonetal., 2006; Dermauwetal., 2009)，PCR扩增甜果螨线粒体cox1,cob,rrnS和nad4-nad5基因的部分序列，再用试剂盒进行产物的胶回收纯化，并将回收产物连接到载体pMD19-T上，用克隆试剂盒进行克隆，把阳性克隆产物送至上海生工生物技术有限公司进行双向测序。根据上述获得的目的基因序列，分别设计特异性上、下游引物进行Long-PCR扩增。扩增出大片段目的序列后，进行产物纯化再送去步移法测序，直至完全测出线粒体全基因组序列。普通PCR反应体系(25 μL): 上下游引物(5 μmol/L)各1 μL, 10×Buffer 2.5 μL,模板基因组DNA 100 ng, MgCl2(2.5 mol/L) 2.0 μL,Taq DNA聚合酶(5 U/μL)1 U和dNTPs(2.5 mmol/L each) 1.5 μL, 加无菌水补足。反应条件： 95℃预变性5 min; 95℃变性30 s, 50～58℃退火30 s,72℃延伸60 s, 循环34次; 72℃终延伸10 min。Long-PCR反应体系(50 μL): 引物(25 μmol/L)各1 μL, LA-PCR Buffer Ⅱ(Mg2+plus) 5 μL, 模板DNA浓度为100 ng, dNTPs(2.5 mmol/L each) 8 μL, LA Taq酶(5 U/μL) 0.5 μL，加无菌水补足。PCR反应条件: 94℃预变性60 s; 98℃变性10 s, 退火和延伸于同一温度条件下进行，55～60℃ 5 min，循环34次; 72℃延伸10 min。本研究所使用及设计的引物序列见表1。

表1 本研究所用的PCR引物Table 1 PCR primers used in this study

1.5 序列分析

先用SeqMan软件及人工辅助进行各目的序列的组装拼接，并进行人工校正，得到甜果螨线粒体基因组全序列，然后与其他无气门亚目(Astigmata)螨类的同源区段进行对比，并结合SEQUIN 9.0查找蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)，最终确定甜果螨的13个蛋白质编码基因。接着利用tRNAscan-SE 1.21(http:∥lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE)(Lowe and Eddy, 1997)和软件ARWEN进行二级结构的构建和鉴定。上述软件未能预测的tRNA，则与已鉴定的其他无气门亚目螨类的tRNA序列(Masta and Boore, 2008; Sunetal., 2014a, 2014b; Yang and Li, 2015, 2016; Queetal., 2016)进行比对，然后进行人工手动查找并绘制二级结构图。对tRNA进行注释时应遵守以下几点(Sunetal., 2014b)：①氨基酸接受臂长度应为7 bp；②至少应有一个T臂或D臂形成；③反密码子和反密码子臂应与其他无气门亚目已测序螨类高度保守。然后与其他蜱螨线粒体基因组序列进行比对，确定rRNA基因和最大非编码区(控制区)序列的位置。用软件Mfold Server在线构建非编码区的二级结构，优选最低的自由能(Sunetal., 2014b)。用软件MEGA 6.0和DAMBE 5.0.59(Xia and Xie, 2001; Tamuraetal., 2013)统计序列长度、碱基组成等信息，其中核苷酸组成偏向性参考(Irwinetal., 1991)计算: AT偏倚值=(A-T)/(A+T); GC偏倚值=(G-C)/(G+C)。最后将甜果螨线粒体全序列提交到GenBank。

1.6 系统发育分析

利用新测得的甜果螨线粒体全基因组以及GenBank中已报道的16种真螨总目的线粒体基因组中13个蛋白质编码基因的核苷酸序列，以绒螨目的柑橘全爪螨Panonychuscitri和苹果全爪螨Panonychusulmi为外群，疥螨目的15个物种为内群，采用最大似然法(maximum likelihood, ML)构建系统发育树。利用Clustal X(Larkinetal., 2007)对核苷酸序列进行比对后，用Modeltest 3.7软件计算得出建树的最适核苷酸替代模型为GTR+I+G。以MEGA 6.0重复计算1 000次，构建ML系统发育树及算得检验各分支节点的bootstrap置信值。

2 结果

2.1 甜果螨线粒体基因组结构和基因排列

甜果螨线粒体基因组全长为14 060 bp，为典型的闭合双链DNA分子，共由37个基因组成，包括13个蛋白质编码基因(PCGs)、22个tRNA基因和2个rRNA基因(GenBank登录号: MN073839)。其中，主要编码链(majority strand, J-strand)编码26个线粒体基因，分别为9个蛋白质编码基因(cox1,cox2,atp8,atp6,cox3,nad3,nad4L,nad4和nad5)、15个tRNA基因(trnD,trnG,trnR,trnM,trnS2,trnP,trnY,trnK,trnN,trnV,trnW,trnH,trnF,trnA和trnL2)和2个rRNA基因(rrnS和rrnL)。其余11个线粒体基因(trnC,nad1,nad6,trnT,trnS1,trnQ,trnI,nad2,trnE,cob和trnL1)由次要编码链(minority strand, N-strand)编码。此外，甜果螨线粒体基因组还包括1个大的非编码区(large non-coding region, LNR)(表2)。

2.2 甜果螨线粒体基因组的碱基组成

甜果螨线粒体基因组的碱基含量A为28.9%，T为41.3%，C为14.9%，G为14.9%，存在明显的AT偏好性(表3)。甜果螨J链的AT偏倚值(-0.265)和GC偏倚值(0.010)与其他蜱螨亚纲的种类存在一定差异，13个蛋白质编码基因的AT偏倚值和GC偏倚值见表2。

2.3 甜果螨线粒体基因组蛋白质编码基因和密码子使用情况

甜果螨线粒体基因组全序列中13个PCGs长10 823 bp，约占线粒体基因组全序列(14 060 bp)的76.98%，共编码3 607个氨基酸。其中，nad5(1 635 bp)序列最长，atp8(156 bp)序列最短。有关蛋白质编码基因的起始密码子使用方面，12个PCGs的起始密码子为ATN(表2)，剩下的一个PCG(nad2)则使用非标准起始密码子TTG；12个PCGs中有5个PCGs(cox1,atp8,nad1,nad6和nad5)的起始密码子为ATT，6个PCGs(cox2,atp6,cox3,nad4L,nad4和cob)以ATG为起始密码子，nad3以ATA作为起始密码子。在终止密码子使用上，13个PCGs中有11个PCGs以TAA作为完整的终止密码子，nad4和nad2基因则使用不完整的终止密码子T。

甜果螨线粒体基因组13个PCGs的相对同义密码子使用频率(relative synonymous codon usage, RSCU)见表4。从表4可以看出，第2位点为U和第3位点为U或A的6个密码子(UUU, AUU, UUA, AUA, UCU和GUU)使用频率较高，占全部密码子的37%，与表3中PCGs的密码子第3位点的AT值较高相一致。

从表4还可看出，密码子UUU以及相对同义密码子使用频率在62个编码无脊椎动物线粒体氨基酸的密码子中最高(1.64)，数量高达328；而密码子CGC以及相对同义密码子使用频率则最低(0)，数量为0。此外，蛋白质编码基因的氨基酸组成与密码子的使用偏向关系密切，表4中甜果螨线粒体基因组所有蛋白质的氨基酸组成中，L(亮氨酸，Leu)、I(异亮氨酸，Ile)和F(苯丙氨酸，Phe)这3种氨基酸数量相对较高，这3种氨基酸总量占全部氨基酸的32.30%，数量最低的Q(谷氨酰胺， Gln)仅占1.08%。

2.4 甜果螨线粒体基因组的rRNA基因和tRNA基因

在甜果螨线粒体基因组全序列中成功识别出了与其他螨类序列具有同源性的rrnS基因(657 bp)和rrnL基因(1 008 bp)(表2)，其中rrnS基因位置在trnN与trnV之间，rrnL基因位置在trnV与trnW之间。两个rRNA基因均位于J链，且与最大的非编码区(LNR)均不相邻，rrnS基因和rrnL基因的AT含量分别为69.5%和73.5%(表3)。

表2 甜果螨线粒体基因组结构Table 2 Organization of the mitochondrial genome of Carpoglyphus lactis

J: 主要编码链Majority strand; N: 次要编码链Minority strand. 基因间隔负值示相邻基因重叠。The negative value of the intergenic length indicates overlapping of adjacent genes.

表3 甜果螨线粒体基因组核苷酸组成Table 3 Nucleotide composition of the mitochondrial genome of Carpoglyphus lactis

表4 甜果螨线粒体基因组中13个蛋白质编码基因相对同义密码子使用情况Table 4 Relative synonymous codon usage of 13 protein-coding genes in the mitochondrial genome of Carpoglyphus lactis

RSCU: 相对同义密码子使用频率Relative synonymous codon usage.*终止密码子Stop codon.

图1 推导的甜果螨线粒体基因组tRNA基因二级结构Fig. 1 Predicted secondary structure of tRNA genes in the mitochondrial genome of Carpoglyphus lactis A与T及C与G标准碱基配对键用直线表示，G与U的配对键用点号表示。The standard base pairing bonds of A and T, and C and G are represented by straight lines, and the pairing bonds between G and U are indicated by points.

通过与已测序的几种无气门亚目螨类(椭圆食粉螨、伯氏嗜木螨、粉尘螨和屋尘螨)线粒体基因组的相关序列进行同源性比对分析，并借助在线软件ARWEN和tRNAscan-SE1.21进行预测，得到了22个tRNA基因的序列，有关tRNA基因的位置见表2。从表2可以看出，甜果螨线粒体全基因组的22个tRNA基因的长度在45～61 bp范围之间。在预测得到的tRNA基因的二级结构中，其中绝大部分tRNA基因的二级结构不能折叠形成典型的后生动物的三叶草结构，只有trnK基因序列的二级结构能折叠成典型的三叶草结构，其余21个tRNA的二级结构均为非典型(图1)，trnC,trnD,trnE,trnF,trnG,trnH,trnI,trnL1,trnL2,trnM,trnN,trnP,trnQ,tnrT和trnW15个tRNA基因的二级结构为可变茎(variable arm)及配对臂缺失，呈TV-loop结构。trnA,trnR,trnS1,trnS2,trnV和trnY这6个tRNA基因的二级结构则缺失D臂，其中trnR,trnY,trnV和trnA基因的二级结构不仅缺少D臂，且预测推断出的T臂比较短(2 bp配对的臂)。在甜果螨线粒体全基因组预测的22个tRNA基因二级结构中，共发现51处碱基错配，其中26处错配为G·U配对。在氨基酸接受臂中，仅trnS2,trnW和trnL2这3个tRNA基因的氨基酸接受臂完全配对(7 bp)，剩余19个tRNA基因都有碱基错配的现象(1～3 bp不等)。此外，11个tRNA基因(trnG,trnR,trnC,trnP,trnK,trnV,trnW,trnH,trnQ,trnL1和trnL2)可形成5 bp长的完全配对的反密码子臂，而其他tRNA基因的反密码子臂则存在1～2个碱基错配。

2.5 甜果螨线粒体基因组非编码区

甜果螨线粒体基因组全序列共有2段比较长的非编码区序列(>50 bp)，其中较短的一段(68 bp)位于trnW与nad1之间，存在一个能形成茎环的二级结构(茎为13 bp，环为15 bp)(图2: A)，另一段最大的非编码区(LNR)(303 bp)位于trnF与trnS1之间，A+T含量为88.4%，明显高于其他基因区域的A+T含量值(表3)。通过与其他几种无气门亚目螨类的序列比对发现，甜果螨线粒体基因组LNR存在(AT)n这种类似微卫星的序列，在AT重复序列的下游，包含短的回文序列(5′-ATGTA和TACAT-3′)。此外，还发现一个由连接环AATTTAAA连接起来的稳定的茎环结构(图2: B)。

2.6 系统发育分析

基于真螨总目17个种的13个蛋白编码基因利用最大似然法构建的系统发育树，结果如图3所示，17种真螨总目总体分为疥螨目和绒螨目两类，其中疥螨目又分为甲螨亚目(Oribatida)和无气门亚目(Astigmata)，无气门亚目又包括粉螨总科(Acaroidea)、薄口螨总科(Histiostomatoidea)、痒螨股(Psoroptidia)，甲螨亚目则包括高等甲螨总股(Brachypylina)和甲螨总股(Mixonomata)。其中粉螨总科、薄口螨总科、痒螨股、高等甲螨总股聚成一支，与甲螨总股构成姐妹群。薄口螨总科与粉螨总科构成姐妹群，bootstrap为66。薄口螨总科与粉螨总科聚成一簇，与痒螨股构成姐妹群，bootstrap为100， 而甜果螨则属于无气门亚目粉螨总科， 与椭圆食粉螨A.ovatus构成一支。

图2 甜果螨线粒体基因组两个非编码区的二级结构Fig. 2 Secondary structures of two non-coding regions in the mitochondrial genome of Carpoglyphus lactis

图3 最大似然法构建的基于真螨总目17个物种的蛋白质编码基因核苷酸序列的系统发育树Fig. 3 Phylogenetic tree of 17 species of Acariformes based on the nucleotide sequence of concatenated protein-coding genes using maximum likelihood method节点旁数字代表ML树的节点支持率。Numbers on nodes of the ML tree refer to bootstrap support values.

3 讨论

伴随现代各种生物学软件的不断开发和应用以及测序技术的不断成熟和发展，越来越多蜱螨类物种的线粒体基因组全序列被注释发表。本研究所测定的果螨科甜果螨的线粒体全基因组的大小介于真螨总目(Acariformes)螨类线粒体基因组长度范围(13.0～16.8 kb)之内，与数据库中已提交的无气门亚目(Astigmata)螨类线粒体全基因组的大小十分接近。碱基组成方面，从表3中可以看出，甜果螨不仅线粒体全基因组中的A+T含量值明显高于G+C含量值，且各区域基因也有明显的AT偏好性，这一特征和其他蜱螨亚纲线粒体基因组的序列具有相似性(Yuanetal., 2010b)。据统计，在全基因组水平上，无气门亚目4种螨的线粒体基因组J链的AT偏倚值和GC偏倚值表现出一致的极性：椭圆食粉螨、伯氏嗜木螨、粉尘螨和屋尘螨的AT偏倚值均为负值，分别为-0.309, -0.276, -0.253和-0.199；GC偏倚值则均为正值，分别为椭圆食粉螨0.181、伯氏嗜木螨0.118、粉尘螨0.231和屋尘螨0.194(Sunetal., 2014b)。甜果螨线粒体基因组J链的AT偏倚值和GC偏倚值分别为-0.265和0.010，和上述4种螨表现出相同的极性。这一特征与后生动物典型的线粒体基因组GC偏倚值(Sunetal., 2014b)相反。

甜果螨线粒体基因组中蛋白质编码基因有12个以ATN(ATG, ATT和ATA)为起始密码子，其中ATG的使用次数最多(6次)，非标准起始密码子TTG使用一次。在其他真螨总目螨类(粉尘螨、屋尘螨、苍白纤恙螨)线粒体基因组中也出现过非标准起始密码子(TTG, GTG和AAT)的使用(Shaoetal., 2005; Klimov and Oconnor, 2009; Edwardsetal., 2011)。终止密码子使用方面，甜果螨线粒体基因多以TAA作为完整的终止密码子，不完整的终止密码子T使用了2次，其他无气门亚目螨均有不完全终止密码子(T或TA)的使用(Sunetal., 2014a, 2014b; Yang and Li, 2015, 2016; Queetal., 2016)，有研究推测不完全终止密码子在后生动物线粒体基因组中经过转录后多腺苷酸化最终转化成终止密码子(Shaoetal., 2005)，但此过程需要用转录组学和基因组学的数据来做进一步的说明。甜果螨线粒体基因组13个PCGs中密码子第3位点的碱基含量分别为T 44.8%, A 29.5%, G 11.7%和C 14.0%，很明显密码子第3位点为T或A的占比显著高于C或G，这种情况在其他真螨总目中也存在(Sunetal., 2014b)，这可能与具有几种同义密码子的氨基酸密码子的第3位不参与反密码子的识别有关，从而第3位点的选择压力比前两个位点要小，以至于其更加容易由GC进化突变为AT。并且，线粒体基因组蛋白质编码基因的密码子使用也存在显著的偏向性，由甜果螨密码子使用情况(表4)可看出，NNT或NNA密码子使用过度，在每种氨基酸组成中该密码子使用总是起着主导的作用(RSCU>1)。与此同时，这种无气门亚目螨类线粒体基因组PCGs中密码子使用的偏向性也致使氨基酸组成比例表现出明显的差异，如苯丙氨酸(Phe)、亮氨酸(Leu)和丝氨酸(Ser)这3种氨基酸是无气门亚目螨中使用频率最高的氨基酸。

预测得到的甜果螨线粒体22个tRNA基因的大小范围为45～61 bp，平均长度为53.0±3.69 bp，tRNA基因长度较短且多数不具备典型的三叶草结构，大多为TV-loop结构(可变臂及配对臂缺失)或D-loop结构(D臂缺失)。这种非典型的转运RNA的TV-loop结构最早在秀丽隐杆线虫Caenorhabditiselegans及猪蛔虫Ascarissuum中发现(Wolstenholmeetal., 1987)，后来在逐渐注释的真螨总目及蜘蛛目(Araneae)等物种线粒体基因组中也被大量发现。D-臂的缺失一般在后生动物线粒体基因组trnS1基因中比较常见，而比较特殊的是，已公布的真螨总目中，麦食螨科(Pyroglyphidae)、叶螨科(Tetranychidae)、恙螨科(Trombiculidea)和水螨科(Unionicolidae)的多个tRNA都为D-loop结构。此外，真螨总目某些螨(如粉尘螨)不仅缺少D臂，而且预测推断出的T臂非常短(2 bp配对的臂)，推断这些螨类的tRNA基因在现实生活中可能已同时缺失了T臂和D臂(Klimov and Oconnor, 2009)，其是否具有正常的生物学功能还需做进一步的转录组学的探究。

一般节肢动物线粒体基因组的控制区A+T含量都较高，且能形成潜在的茎环结构，可作为复制起点的识别信号等(Zhang and Hewitt, 1997)。甜果螨最大的非编码区(LNR)在各区域基因中A+T含量值最高，存在类似(AT)n结构的微卫星序列。在AT重复序列的下游，包含短的回文序列(5′-ATGTA和TACAT-3′)，这种短的回文序列在其他动物的控制区中也有发现，有学者认为可能是合成J链的识别位点之一(Sacconeetal., 1991; Yueetal., 2006)。此外，甜果螨LNR还有一个由连接环AATTTAAA连接起来的稳定的茎环结构，这种茎环结构在椭圆食粉螨、伯氏嗜木螨、粉尘螨和屋尘螨等其他无气门亚目螨类中也有发现(Sunetal., 2014a, 2014b; Yang and Li, 2015, 2016; Queetal., 2016)，因此我们推测甜果螨线粒体LNR为其线粒体基因组的控制区。大多数真螨总目螨类线粒体基因组控制区都有稳定茎环结构的形成，推测这些结构与线粒体的复制转录有关。

Domes等基于18S和核基因构建的NJ和MP树表明无气门亚目(Astigmata)+内气门亚目(Endeostigama)+前气门亚目(Prostigmata)与甲螨亚目(Oribatida)构成姐妹群(Domesetal., 2007)，支持了Grandjean等关于无气门亚目(Astigmata)系统发育位置的观点(Grandjean, 1937, 1953)。在本研究中，甲螨亚目(Oribatida)则位于系统发育树的基部位置，这与Gu等(2014)的研究结果一致。根据Lee和Wang (2016)基于13个蛋白编码基因构建的BI和ML树表明粉螨总科(Acaroidae)+麦食螨科(Pyroglyphidae)与薄口螨总科(Histiostomatoidae)构成姐妹群。而在本研究中，粉螨总科(Acaroidae)与薄口螨总科(Histiostomatoidae)的亲缘关系比麦食螨科(Pyroglyphidae)更近，与Esteban等(2018)的研究结果一致。根据Domes等(2007)的研究结果表明椭圆食粉螨A.ovatus与食酪螨属Tyrophagus的亲缘关系更近，本研究表明椭圆食粉螨A.ovatus与甜果螨C.lactis的亲缘关系比食酪螨属Tyrophagus更近(图3)。但本研究的系统发育分析仅仅基于线粒体蛋白编码基因和有限的谱系代表，在今后的研究中增加更多的物种和核基因数据对完善无气门亚目(Astigmata)的系统发育关系是很有必要的。

本研究首次测得分析了甜果螨线粒体基因组全序列，并对其系统发生关系进行了分析，为推进无气门亚目物种线粒体基因组的测序与注释以及无气门亚目分子系统学的发展积累了资料。