大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性分析

牛 元，徐 琼，王嵛德，代立兰，庄 健，赵亚兰

(兰州市农业科技研究推广中心，甘肃 兰州 730010)

密码子是生命遗传信息传递过程当中的基本单位。20种自然界中存在的氨基酸中，每种对应至少1种，最多6种密码子。同义密码子即编码相同氨基酸的密码子[1]。如果没有任何选择压力或者基因突变偏倚，则同义密码子以相同概率出现。但实际生命体中，同义密码子的使用频率存在差异，形成密码子使用偏性，即某物种或基因偏向使用同一种或几种特定的同义密码子[2]。研究表明，密码子使用偏性广泛存在于细菌、真菌、植物、动物及人类中，其影响因素有很多，如基因序列碱基组成的偏好性[3-4]、自然选择效应[5-6]、tRNA丰度[7-10]、mRNA二级结构[11-12]、氨基酸保守性[3]及每个蛋白的疏水性水平等。研究密码子使用偏性不但可以确定最优密码子，从而设计基因表达载体，提高目的基因表达量，还可以利用已知密码子使用模式来判断未知基因的表达，或者根据其与某种功能的关联程度，来预测某些未知功能基因。

蔷薇属(Rosa)是现代月季品种群的重要亲本，我国拥有诸多蔷薇属植物的基因资源和优良种质[13]。大花香水月季(R.odoratavar.gigantea)属蔷薇科蔷薇属的落叶灌木，也称巨花蔷薇，为所有蔷薇属野生种中开花最大者，具有气味芳香、花型大、耐低温等优良园艺性状，为香水月季原始亲本类型之一，是培育蔷薇科大花品种的重要种质资源[14]。月季新品种的选育主要依赖于有性杂交和自然突变中的选择，随着技术的发展，目前多利用分子标记等生物学手段达到辅助选育的目的[13,15]。大花香水月季主要分布在我国云南及缅甸、泰国及越南等与我国接壤的边境处[16]。蹇洪英[17]等通过核型分析鉴定其为二倍体；育种方面，王其刚[18]等研究了雌蕊群的授粉率和花粉管生长途径，为大花香水月季的资源保护提供了依据；孟令宁[19]等、李纯佳[20]等建立了以带腋芽的茎段为外植体的再生体系，为遗传改良奠定了基础；天然群体遗传性分析方面，邱显钦[21]、邵珠华[22-23]等分别通过表型分析、SSR分子标记等手段进行了研究，J.MENG[24-25]等通过开发微卫星分子标记，并从生物地理学和生物多样性保护角度分析了其群体结构；此外，X.L.Guo[26]等从花期调控的角度对其与多季开花的品种“月月粉”进行了比较转录组方面的研究。大花香水月季叶绿体基因组的测序现已实现，但未见有文献报道其密码子应用方面的研究。本研究通过对大花香水月季叶绿体基因组密码子使用偏性的分析，讨论影响密码子偏性形成的主要因素，了解密码子用法，为今后对外源基因进行改造，提高以大花香水月季为目的宿主的外源基因的表达效率具有重要意义。

1 材料与方法

1.1 序列获取与整理

从NCBI数据库中下载大花香水月季叶绿体基因组序列(GeneBank登录号为KF753637，序列全长156 634 bp)。根据其注释信息可知该叶绿体基因组共包含88条基因编码序列，占全长的50.92%。将下载到的88条CDS(coding DNA sequence)，剔除30条长度<300 bp及非3整数倍的序列和4条重复基因序列，筛选出54条序列用于本研究各项分析。

1.2 方法

1.2.1 密码子偏好性分析 运用软件CodonW对大花香水月季54条基因序列的ENC(有效密码子数)、GC1、GC2、GC3(密码子第1、2、3位的GC含量)、GCall(密码子总GC含量)、RSCU(密码子使用相对概率)、CAI(密码子适应指数)、CBI(密码子偏好指数)及Fop(最优密码子频率)等参数进行统计，并用SPSS21.0做相关性分析。

1.2.2 中性绘图分析 将各基因的GC3为横坐标，GC12(GC1和GC2的平均值)为纵坐标作图，分析密码子3个不同位点碱基组成间的相关性，判断密码子偏性的主要影响因素。若GC12与GC3显著性不相关，说明第1、2 位与第3 位碱基组成差异较大，密码子偏性更多受选择影响。反之，若两者显著相关，同时回归系数接近1，说明3个位点碱基组成相似，密码子偏性主要受突变影响[27]。

1.2.3ENC绘图分析 将各基因的GC3、ENC值分别作为横、纵坐标，分析密码子偏性受碱基组成的影响。理论ENC值的计算方法为：ENC=2+GC3+29/(GC32+(1-GC3)2)，理论值代表仅由碱基组成决定其偏性。基因分布在标准曲线之下较远位置，说明该基因密码子偏性受选择因素影响；而在标准曲线上或附近分布的基因， 其偏性仅受突变影响[28]。

1.2.4 对应性分析 为阐明在密码子使用模式上不同基因的变异趋势，基于RSCU值，应用codonW软件进行对应性分析。所有基因经软件处理后，分布于一个58维(58个同义密码子)的向量空间中，根据基因间值的变异及向量的情况，可判断密码子偏性的主要影响因素。密码子使用的最大变化差异量体现在第1轴，随后副轴依次降低。基因在第1、2轴之间的分散程度，代表了密码子的主要变化趋势。以第1、2轴分别作横、纵坐标作图，图中每个点(基因)的分布，可作为其密码子使用模式的判断依据[29]。

1.2.5 PR2-plot分析 选择4种密码子编码的氨基酸进行密码子第3位上4种碱基组成情况的分析，以G3/(G3+C3)|4作为横坐标，以A3/(A3+T3)|4作为纵坐标作图，图的中心点(A=T且G=C)发出的矢量表示偏性的方向和程度[30]。

1.2.6 最优密码子分析 鉴定大花香水月季叶绿体基因组的最优密码子，须结合高频率密码子和高表达密码子。根据软件计算得到的RSCU值，将>1的密码子确定为高频密码子。以ENC值为偏好性标准，分别选择两级10%的基因，建立高低偏性库，将△RSCU>0.08的密码子视为高表达密码子。最终将同时满足2种条件的密码子定义为大花香水月季叶绿体基因组的最优密码子[31]。

2 结果与分析

2.1 密码子偏好性分析

大花香水月季叶绿体基因组的54条DNA编码序列的碱基组成与ENC值，由codonW计算得出(表1)，得到其密码子3个碱基平均GC含量为38.54%，第1位GC含量为47.09%，第2位为39.55%，第3位为38.54%。可以看出密码子不同位置的GC含量并非平均分布，分布趋势为第1位最高，其次为第2位，第3位最低。因此，在大花香水月季中，叶绿体基因组的密码子使用频率以A/T结尾的高于以G/C结尾的，这与叶绿体基因组富含AT的特征相符合。

ENC的理论值范围是21～61，其值表示密码子偏性的强弱[28]。值为20时，偏性最强，即同义密码子完全偏倚，值为61时，代表完全没有偏倚。从表 1中可以看到，54个基因的ENC值取值范围35.94～57.63，平均为48.40，说明该基因组密码子偏性较弱。

各位置的GC含量与ENC值的相关性分析见表2，GC1与GC2极显著相关，但GC1、GC2与GC3均不显著相关，说明叶绿体基因组密码子碱基中，第1位与第2位相似度极高，与第3位差别较大。ENC值与GC1相关性不显著，与GC2显著相关，与GC3相关性极显著，说明第2、3位碱基对密码子偏好性有影响，但第3位影响较大。

表1 依据功能分类的各基因密码子不同位置的GC含量Table 1 GC content of different positions of each gene classified according to function

注：ENC即有效密码子数；GC1即密码子第1位的GC含量；GC2即密码子第2位的GC含量；GC3即密码子第3位的GC含量；GCall即密码子总GC含量；类别1表示核糖体蛋白编码基因；类别2表示光合作用相关蛋白编码基因；类别3表示保守基因ycf；类别4表示遗传结构相关的基因；类别5表示其他蛋白表达基因；下同。

表2 各基因相关参数的相关性分析Table 2 Correlation analysis of gene related parameters

注：*代表P<0.05；**代表P<0.01。表4同。

2.2 中性绘图分析

大花香水月季叶绿体基因组各基因中性绘图分析见图1。GC12最小值为0.328，最大值0.540；GC3最小值0.201，最大值0.368。其中仅有ycf2基因的GC12与GC3的比值为1.03，在图中接近对角线。此外，图中其余各点均分布在对角线上方。Pearson相关性统计检验表明GC3与GC12相关性不显著，且回归系数(斜率)为0.196 1，表示在碱基组成上的变异无明显关联。由此推断，密码子的用法受突变影响较弱，可能是受到翻译选择压力的限制[27]。

图1 中性绘图分析Fig.1 Neutrality plot analysis

2.3 ENC绘图分析

从ENC与GC3的相关性分析可以看出(图 2)，大花香水月季叶绿体基因大部分都偏离了基因预期值的标准曲线，表明除由碱基突变引发的差异影响该基因组密码子偏性外，影响更多来自选择效应。ENC值相对较小的基因位于标准曲线下方，说明这种类型偏好使用特定密码子，其密码子偏性较强；而位于曲线上方的基因的ENC值相对较大，说明此类基因使用密码子具有随机性，具有相对较弱的密码子偏性。此外，ENC比值频数的分析结果表明(表3)，多数分布在-0.05～0.15，此范围内ENC的实际值与期望值相差较大。

2.4 对应性分析

以第1轴和第2轴分别为横、纵坐标，将各基因在平面中分布。其中，分布相对集中的是光合系统基因，其他基因的分布较为分散。由表4可见，第一轴与CAI、CBI呈负显著相关，相关系数分别为-0.509和-0.35，与ENC、GC和GC3相关系数分别为0.069、-0.221和0.18，但均未达显著水平。说明大花香水月季叶绿体密码子偏性的影响因素中，CAI与CBI影响较大，其他因素也有一定影响。

图2 GC3与ENC关联分析Fig.2 Analysis of relationship between GC3 and ENC

表3 ENC比值频数分布Table 3 Frequency distribution of ENC ratio

图3 对应性分析(RSCU)Fig.3 Corresponding analysis (RSCU)

2.5 PR2分析

通过PR2-plot分析，可以说明大花香水月季叶绿体基因组中4个密码子编码的氨基酸家族中第3位碱基的类别的使用情况(图4)，基因在平面图的4个区域中不均匀分布，基因较多分布在左下方图中，说明密码子第3位碱基的使用存在偏好性，嘧啶的使用比嘌呤更频繁，即从使用频率上看，T高于A，C高于G。而当密码子的使用仅由突变影响时，这4种碱基从使用频率上看是一致的。由此推断本研究中大花香水月季叶绿体基因组密码子使用模式，受突变影响的同时，还受到其他因素的影响，如选择压力等。

表4 各度量指标与第一轴的相关性Table 4 Correlation between the measurement index and the first axis

2.6 最优密码子分析

将54条CDS作为一个整体，运行codonW计算RSCU值，选出RSCU>1的密码子为高频密码子，即TTT、TTA等30个密码子为大花香水月季叶绿体的高频密码子(表 5中以下划线显示)。将codonW计算得到的ENC值大小排序，前10%(前5条基因)构成高表达基因库，后10%构成低表达基因库。分别计算密码子在2个基因库中的RSCU值，从中筛选出△RSCU≥0.08的密码子，即TTT、CTT等32个密码子为高表达优越密码子(表5中以*号表示)，其中有12个以G结尾，8个以T结尾，7个以A结尾，5个以C结尾。

结合高频密码子和高表达优越密码子，将同时满足2种条件的密码子确定为大花香水月季叶绿体基因组的最优密码子。即最终确TTT、CTT、TCA、ACA、TAT、TAA、CAT、AAT、GAT、TGT、CGA、AGT和GGA等13个密码子，且均以A或T结尾，其中8个以T结尾，5个以A结尾。

注：图中各点代表了所研究的各个基因。G3/(G3+C3)|4置信区间(95%)为0.480±0.029，A3/(A3+T3)|4置信区间(95%)为0.445±0.021。

图4PR2bias-plot分析图
Fig.4 Analysis of PR2 bias plot

表5 大花香水月季叶绿体基因组最优密码子确定Table 5 Determination of preferred codons in chloroplast genome of Rosa odorata var.gigantea

续表5

氨基酸密码子高表达基因组数目RSCU低表达基因组数目RSCU△RSCU基因组数目RSCUCCA70.97 131.11 -0.14 2561.12 CCG∗∗60.83 40.34 0.49 1340.59 ThrACT111.07 231.92 -0.85 4291.56 ACC100.98 121.00 -0.02 2110.77 ACA∗∗∗161.56 121.00 0.56 3351.22 ACG∗∗40.39 10.08 0.31 1220.44 AlaGCT291.78 392.44 -0.66 5431.81 GCC∗∗∗120.74 30.19 0.55 1920.64 GCA140.86 161.00 -0.14 3161.06 GCG∗100.62 60.38 0.24 1470.49 TyrTAT∗271.74 191.46 0.28 6601.62 TAC40.26 70.54 -0.28 1530.38 TERTAA∗∗∗42.40 31.80 0.60 301.67 TAG00.00 21.20 -1.20 130.72 HisCAT∗71.27 81.14 0.13 3811.49 CAC40.73 60.86 -0.13 1300.51 GlnCAA241.45 191.90 -0.45 6071.54 CAG∗∗90.55 10.10 0.45 1790.46 AsnAAT∗301.46 311.32 0.14 7941.53 AAC110.54 160.68 -0.14 2410.47 LysAAA271.64 281.75 -0.11 8581.53 AAG∗60.36 40.25 0.11 2600.47 AspGAT∗∗261.68 121.20 0.48 7131.62 GAC50.32 80.80 -0.48 1660.38 GlTGAA441.40 371.64 -0.24 8601.49 GAG∗190.60 80.36 0.24 2950.51 CysTGT∗61.50 31.20 0.30 1771.51 TGC20.50 20.80 -0.30 580.49 TERTGA∗∗∗10.60 00.00 0.60 110.61 TrpTGG141.00 171.00 0.00 3791.00 ArgCGT80.76 181.46 -0.70 2911.38 CGC50.48 50.41 0.07 880.42 CGA∗181.71 191.54 0.17 2861.36 CGG∗60.57 40.32 0.25 980.46 SerAGT∗∗111.40 90.92 0.48 3271.24 AGC30.38 101.02 -0.64 1050.40 ArgAGA161.52 231.86 -0.34 3741.77 AGG∗∗∗100.95 50.41 0.54 1290.61 GlyGGT181.29 362.00 -0.71 4931.31 GGC∗100.71 80.44 0.27 1700.45 GGA∗181.29 211.17 0.12 5621.50 GGG∗∗ 100.71 70.39 0.32 2780.74

注：*代表△RSCU>0.08，**代表△RSCU>0.3,***代表△RSCU>0.5。带下划线显示的密码子表示其基因组RSCU>1，加粗显示的密码子表示其为最优密码子。

3 结论与讨论

大花香水月季叶绿体基因组密码子的使用受突变影响较弱，更多地受到如选择压力等其他因素的影响。最终结合高频密码子和高表达优越密码子，确定了TTT、CTT、TCA、ACA、TAT、TAA、CAT、AAT、GAT、TGT、CGA、AGT和GGA等13个密码子为大花香水月季叶绿体基因组的最优密码子。

密码子使用偏性是物种对基因组环境和自然进化压力的适应性选择， 影响密码子使用偏性的因素有很多，如基因序列碱基组成的偏好性、自然选择效应、mRNA二级结构、基因长度、tRNA丰度及每个蛋白的疏水性水平及氨基酸保守性等[3-12]。其中，最普遍的影响因素即密码子的碱基组成，密码子第3位上碱基突变受到的选择压力较小，因此，GC3通常被作为分析密码子使用的重要依据。本研究中中性绘图分析显示密码子第1、2位与第3位碱基组成变异无明显关联。而PR2-plot分析显示，密码子第3位碱基的使用存在偏性，嘧啶比嘌呤使用更为频繁。这与前人对陆地棉(Gossypiumhisutum)[32]和小麦(Triticumaestivum)[33]叶绿体基因组的研究结果相一致。而杨国锋[34]等对蒺藜苜蓿(Medicagotruncatula)叶绿体基因组的研究发现，密码子第3位的碱基使用频率上，T高于A，G高于C。张月荣[35]研究禾本科植物发现，第3位碱基T的使用频率高于A，G和C的使用频率相当。说明不同植物的叶绿体基因组的碱基组成存在一定差异，密码子偏好的影响因素也不同。

ENC值指基因序列中，同义密码子平均使用频率与密码子使用频率，两者偏差的量化值，取值范围20～61。参照F.Wright[28]等的研究，以35作为偏性强弱的区分标准，据此判断大花香水月季叶绿体基因组密码子偏性较弱。本研究中，确定高表达优越密码子时，基于ENC值建立了高低表达基因库。依据△RSCU值划分等级，△RSCU>0.08、0.3和0.5的分别有32、17个和6个。其中，△RSCU>0.5的6个密码子全是以A或T结尾的密码子。结合高频密码子和高表达优越密码子得到的13个最有密码子均以A或T结尾，这与蝴蝶兰(Phalaenopsisaphroditesubsp.formosana)[36]、刺五加(Eleutherococcussenticosus)[37]、陆地棉[32]和苦荞(Fagopyrumtataricum)[38]等植物叶绿体基因的密码子偏性分析结果一致，说明大花香水月季与其他双子叶植物一样偏爱使用以AT结尾的密码子。

参考文献：

[1] RÉDEI G P.Encyclopedia of genetics,genomics,proteomics and informatics[M].Berlin:Springer,2008:383.

[2] DURET L.Evolution of synonymous codon usage in metazoan[J].Current Opinion in Genetics & Devolopment,2002,12(6):640-649.

[3] ROMERO H,ZAVALA A,MUSTO H.Codon usage inChlamydiatrachomatisis the result of strand-specific mutational biases and a complex pattern of selective forces[J].Nucleic Acids Research,2000,28(10):2084.

[4] KARLIN S,MRZEK J.What drives codon choices in human genes[J].Journal of Molecular Biology,1996,262(4):459-472.

[5] SHARP P M,LI W H.An evolutionary perspective on synonymous codon usage in unicellular organisms[J].Journal of Molecular Evolution,1986,24(1/2):28-38.

[6] SHARP P M,COWE E.Synonymous codon usage inSaccharomycescerevisiae[J].Yeast,1991,7(7):657-678.

[7] MORIYAMA E N,POWELL J R.Codon usage bias and tRNA abundance inDrosophila[J].Journal of Molecular Evolution,1997,45(5):514.

[8] IKEMURA T.Correlation between the abundance ofEscherichiacolitransfer RNAs and the occurrence of the respective codons in its protein genes:a proposal for a synonymous codon choice that is optimal for theE.colitranslational system [J].Journal of Molecular Biology,1981,146(1):1-21.

[9] PERCUDANI R,PAVESI A,OTTONELLO S.Transfer RNA gene redundancy and translational selection inSaccharomycescerevisiae[J].Journal of Molecular Biology,1997,268(2):322-330.

[10] DURET L.tRNA gene number and codon usage in theC.elegansgenome are co-adapted for optimal translation of highly expressed genes [J].Trends in Genetics,2000,16(7):287.

[11] GU W,ZHOU T,MA J,etal.Folding type specific secondary structure propensities of synonymous codons[J].IEEE Transactions on Nanobioscience,2003,2(3):150-157.

[12] GU W,ZHOU T,MA J,etal.The relationship between synonymous codon usage and protein structure inEscherichiacoliandHomosapiens[J].Biosystems,2004,73(2):89-97.

[13] 白锦荣,张启翔,潘会堂,等.蔷薇属分子生物技术研究进展[J].西北林学院学报,2009,24(6):43-49.

BAI J R,ZHANG Q X,PAN H T,etal.Recent advances in molecular biotechnology of the genusRosaL[J].Journal of Northwest Forestry University,2009,24(6):43-49.(in Chinese)

[14] WYLIE A P.The history of garden roses [M].London:Joural of the Royal Horticultural Society,1954:555-571.

[15] 张非亚,罗玉兰,有祥亮,等.基于转录组数据的月季SSR标记开发及花色遗传性分析[J].西北林学院学报,2017,32(4):81-86.

ZHANG F Y,LUO Y L,YOU X L,etal.Development of SSR markers based on the transcriptome data of rose and analysis of flower color inheritance[J] Journal of Northwest Forestry University,2017,32(4):81-86.(in Chinese)

[16] GU C Z,ROBERTSON K P.Rosa (Rosaceae):Vol.9.[M].Beijing & St.Louis:Science Press & Missouri Botanical Garden Press,2003:339-381.

[17] 蹇洪英,张颢,张婷,等.香水月季(RosaodorataSweet)不同变种的染色体及核型分析[J].植物遗传资源学报,2010,11(4):457-461.

JIAN H Y,ZHANG H,ZHANG T,etal.Karyotype analysis of different varieties onRosaodorataSweet[J].Journal of Plant Genetic Resources,2010,11(4):457-461.(in Chinese)

[18] 王其刚,刘红明,晏慧君,等.大花香水月季的授粉率及花粉管生长途径[J].云南农业大学学报,2012,27(3):391-395.

WANG Q G,LIU H M,YAN H J,etal.Pollination rate and pollen tube growth in the gynoecium ofRosaodorataSweet var.gigantea[J].Journal of Yunnan Agricultural University,2012,27(3):391-395.(in Chinese)

[19] 孟令宁,晏慧君,张颢,等.大花香水月季再生体系的初步建立[J].云南农业大学学报,2012,27(6):870-874.

MENG L N,YAN H J,ZHANG H,etal.Prelimary establishment of the regeneration system ofRosaodoratavar.gigantea[J].Journal of Yunnan Agricultural University,2012,27(6):870-874.(in Chinese)

[20] 李纯佳,张颢,周宁宁,等.大花香水月季(Rosaodoratavar.gigantea)茎段组织培养的抗褐化研究[J].西南农业学报,2012,25(3):1047-1050.

LI C J,ZHANG H,ZHOU N N,etal.Study on anti-browning in shoots tissue culture ofRosaodoratavar.gigantea[J].Southwest China Journal of Agriculture Sciences,2012,25(3):1047-1050.(in Chinese)

[21] 邱显钦,唐开学,蹇洪英,等.云南大花香水月季居群遗传多样性的SSR分析[J].华中农业大学学报,2011,30(3):300-304.

QIU X Q,TANG K X,JIAN H Y,etal.SSR markers based genetic diversity of populations ofRosaodorataSweet var.giganteain Yunnan Province[J].Journal of Huazhong Agricultural University,2011,30(3):300-304.(in Chinese)

[22] 邵珠华,李名扬,邱显钦,等.大花香水月季天然群体表型多样性研究[J].江苏农业科学,2010(2):184-187.

SHAO Z H,LI M Y,QIU X Q,etal.Study on phenotypic diversity ofR.Odoratasweetvar.giganteaunder natural population[J].Jiangsu Agricultural Sciences,2010(2):184-187.(in Chinese)

[23] 邵珠华.大花香水月季与长尖叶蔷薇的遗传多样性研究[D].重庆:西南大学,2010.

[24] MENG J,LI D,YI T,etal.Development and characterization of microsatellite loci forRosaodoratavar.giganteaRehder & E.H.Wilson (Rosaceae)[J].Conservation Genetics,2009,10(6):1973-1976.

[25] MENG J,HE S L,LI D Z,etal.Nuclear genetic variation ofRosaodoratavar.gigantea(Rosaceae):population structure and conservation implications[J].Tree Genetics & Genomes,2016,12(4):65.

[26] GUO X L,YU C,LUO L,etal.Comparative transcriptome analysis of the floral transition inRosachinensis‘Old Blush’ andR.odoratavar.gigantea[J].Scientific Reports,2017,7(1):6068.

[27] SUEOKA N.Directional mutation pressure and neutral molecular evolution[J].Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,1988,85(8):2653.

[28] WRIGHT F.The 'effective number of codons' used in a gene[J].Gene,1990,87(1):23.

[29] MCINERNEY J O.Replicational and transcriptional selection on codon usage inBorreliaburgdorferi[J].Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,1998,95(18):10698-10703.

[30] SUEOKA N.Two aspects of DNA base composition:G+C content and translation-coupled deviation from intra-strand rule of A = T and G = C.[J].Journal of Molecular Evolution,1999,49(1):49.

[31] DURET L,MOUCHIROUD D.Expression pattern and,surprisingly,gene length shape codon usage inCaenorhabditis,Drosophila,andArabidopsis[J].Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America,1999,96(8):4482-4487.

[32] 尚明照,刘方,华金平,等.陆地棉叶绿体基因组密码子使用偏性的分析[J].中国农业科学,2011,44(2):245-253.

SHANG M Z,LIU F,HUA J P,etal.Analysis on codon usage of chloroplast genome ofGossypiumhirsutum[J].Scientia Agricultura Sinica,2011,44(2):245-253.(in Chinese)

[33] ZHANG W J,ZHOU J,LI Z F,etal.Comparative analysis of codon usage patterns among mitochondrion,chloroplast and nuclear genes inTriticumaestivumL[J].植物学报:英文版,2007,49(2):246-254.

[34] 杨国锋,苏昆龙,赵怡然,等.蒺藜苜蓿叶绿体密码子偏好性分析[J].草业学报,2015,24(12):171-179.

YANG G F,SU K L,ZHAO Y R,elal.Analysis of codon usage in the chloroplast genome ofMedicagotruncatula[J].Acta Prataculturae Sinica,2015,24(12):171-179.(in Chinese)

[35] 张月荣.禾本科叶绿体基因组密码子使用模式及紫茎泽兰叶绿体RNA编辑分析[D].陕西杨陵:西北农林科技大学,2013.

[36] 续晨,贲爱玲,蔡晓宁.蝴蝶兰叶绿体基因组密码子使用的相关分析[J].分子植物育种,2010,8(5):945-950.

XU C,BEN A L,CAI X N.Analysis of synonymous codon usage in chloroplast genome ofPhalaenopsisaphroditesubsp.formosana[J].Molecular Plant Breeding,2010,8(5):945-950.(in Chinese)

[37] 邢朝斌,曹蕾,周秘,等.刺五加叶绿体基因组密码子的用法分析[J].中国中药杂志,2013,38(5):661-665.

XING Z B,CAO L,ZHOU M,etal.Analysis on codon usage of chloroplast genome ofEleutherococcussenticosus.[J].China Journal of Chinese Materia Medica,2013,38(5):661-665.(in Chinese)

[38] 胡莎莎,罗洪,吴琦,等.苦荞叶绿体基因组密码子偏爱性分析[J].分子植物育种,2016,14(2):309-317.

HU S S,LUO H,WU Q,etal.Analysis of codon bias of chloroplast genome of Tartary Buckwheat[J].Molecular Plant Breeding,2016,14(2):309-317.(in Chinese)