公立医院的改革,主要问题是管办分开还是不分开。研究者都比较主张管办分开,也就是卫生行政部门和公立医院分开。医院组成大的医疗集团,卫生行政部门只负责行政、准入等管理。现在上海、成都都已经开始这样做,就是把医院和卫生行政部门分开,成立医管局,将医院法人化,进行集团化运作。这样就可以整合辖区内的医疗资源,降低成本。而卫生部的思路是,公立医院是公益性质的,所以要既管又办,改革的方向是收支两条线。但这样的方向不免让医院又回到了计划经济时代,所以很多医院才不愿意充当公立医院改革的试点单位。如果管办不分开,那民营医院以及其他机构办的医疗机构,就很难进入市场,进入市场后生存也很困难,因为医疗管理部门,在面对自己办的公立医院和私立医院时,不可能做到完全公平。