生物信息学
- 花榈木生物碱合成关键酶基因OhpLDC和OhpCAO1的克隆与分析
CAO1。生物信息学分析结果表明，OhpLDC 和OhpCAO1 编码的蛋白质相对分子质量分别为4.63×104和8.44×104，均无跨膜区域和信号肽。OhpLDC编码的氨基酸序列具有保守的底物结合位点Phe340，分析发现OhpLDC与豆科植物中的LDC基因在进化上具有较近的亲缘关系。 OhpCAO1 编码的氨基酸序列中具有保守结构域“NY-Y”，以及3个组氨酸保守位点，与狭叶羽扇豆的 CAO1 亲缘关系最近。本研究结果为
江苏农业学报 2023年8期2024-01-30
- 木薯FRK1类似基因的分离及表达分析
类似基因；生物信息学；表达分析果糖激酶（fructokinase，FRK）是植物细胞中果糖磷酸化的主要催化酶、变构酶和高效酶，其国际系统分类编号为EC2.7.1.4，是植物糖代谢的“控制阀”，在植物生长发育过程中主要调控植物的糖代谢、生长发育和响应生物/非生物胁迫等作用，是一种必不可少的不可逆酶[1]。目前，已有20多种植物分离鉴定出FRK基因[2]，如甜菜直根[3]、大豆[4]、马铃薯块茎[5]、番茄果实[6-7]、豌豆、菠菜叶片、水稻、苹果、玉米、百合
热带作物学报 2023年8期2023-09-20
- 全国中学生生物学联赛“生物信息学”试题分析
开始新增了生物信息学的相关内容。目前，对生物学联赛的“生物信息学”试题研究较少，通过对近八年（2015-2022）中学生物学联赛“生物信息学”试题的归纳梳理，明晰了此类试题的命题特点，且分别针对概念理解类、技术方法类、图标解析类与综合应用类样题进行了解读。据此，研究提出了注重现有课堂教学内容的广度拓展与深度进阶、强化统计学知识应用、以组学和系统生物学视角引领生命现象理解的教学建议。［关键词］ 生物学联赛；生物信息学；试题分析；中学生物学全国中学生生物学竞赛
中小学班主任 2023年16期2023-08-30
- 基于R语言的医学院生物信息学课程教学探新
数据专业；生物信息学；教学探新；R语言；项目式教学1 生物信息学介绍生物信息学（Bioinformatics） 是一门以计算机为工具，研究生物信息采集、处理、存储、传播，分析和解释等方面的新兴交叉性学科，是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核心领域之一[1]。随着高通量测序技术的快速发展，生物医学数据的快速积累，当前，我国对生物数据分析人才的需求日益激增，如何培养复合创新型生物类专业人才成为医学院校急需解决的问题[2]。
电脑知识与技术 2023年19期2023-08-26
- 甜荞花青素合成相关基因FeR2R3-MYB的克隆与表达分析
该序列进行生物信息学分析，以及利用 qRT-PCR 分析FeR2R3-MYB基因在北早生和红花甜荞中的表达特征。结果表明：（1）FeR2R3-MYB基因全长 831 bp，编码 276 个氨基酸，蛋白的相对分子质量为 30.95 kD，理论等电点（pI）为 8.73，蛋白的不稳定指数为 69.64，属于不稳定蛋白，总疏水值为-0.679，整条肽链呈现亲水特性。（2）FeR2R3-MYB 具有典型的 R2R3-MYB 结构域，属于 R2R3-MYB 亚家族
广西植物 2023年7期2023-08-20
- 菠萝SLF/SFB基因家族全基因组鉴定与表达分析
本研究通过生物信息学方法从菠萝基因组中筛选鉴定出21 个SLF/SFB 家族基因（AcSLF1～AcSLF21），各AcSLF 基因在N 端具有F-box 保守结构域，其氨基酸长度、理论等电点、分子量存在较大差异，编码氨基酸序列大小范围为242～612 aa，分子量为27.778～69.070 kDa，其中18 个AcSLFs 蛋白偏碱性，总体蛋白稳定性较差，预测18 个AcSLFs 蛋白亚细胞定位于细胞核中，蛋白二级结构60%以上由α-螺旋和无规则卷曲组
热带作物学报 2023年7期2023-08-14
- 基于GEO数据库筛选滤泡性甲状腺癌关键基因及生物信息学分析
本研究利用生物信息学方法探索FTC发生发展的关键基因、发掘FTC的致病机制及治疗靶点。方法 从基因表达综合数据库（gene expression omnibus，GEO）下载基因芯片GSE82208，利用R软件分析以获得差异表达基因（differentially expressed genes，DEGs），利用数据库注释、可视化和综合发现（database for annotation，visualization and integrated discov
中国现代医生 2023年21期2023-08-11
- 萝卜VQ1基因的克隆与序列分析
进行测序和生物信息学分析。结果表明，RsVQ1开放阅读框长861 bp，编码286个氨基酸残基，相对分子量为31.3 kD，理论等电点为6.49，脂肪指数为62.69，为不稳定的亲水性蛋白，无跨膜结构和信号肽。RsVQ1蛋白主要由无规则卷曲结构构成，预测其可定位于细胞核。系统发育分析表明该蛋白与十字花科作物VQ蛋白存在较高同源性。本研究为RsVQ1的表达和基因功能研究奠定了基础。关键词 萝卜；VQ1基因；基因克隆；生物信息学中图分类号 S631.1 文
安徽农学通报 2023年10期2023-07-29
- 科研实践融进生物信息学课程教学研究
［摘 要］生物信息学作为一门新崛起的学科在医学本科生科研能力培养中具有重要作用。生物信息学课程符合新时代对医学本科生科研能力培养的要求，是医学研究的实用工具，可拓展学生科研能力。当前生物信息学教学上也存在不足，比如课时和内容不均衡、理论和实验不同步、学生的认识存在偏差、教材匮乏、网络教学缺失等。教师通过挖掘数据库、对比软件分析和模拟数据等科研实践能够进一步提高生物信息学的教学质量，这样学生能够在课题研究过程中加深对已学知识的理解，将所学知识运用于实践中。科
大学教育 2023年5期2023-07-28
- 基于生物信息学方法双芯片联合分析阿尔茨海默病海马相关差异基因的研究
茨海默病；生物信息学；GEO数据库；海马；铝致认知障碍中图分类号：R749.1 文献标志码：A DOI：10.3969/j.issn.1003-1383.2023.06.003A study on the analysis of differentially expressed genes in the hippocampus of Alzheimer's disease based on bioinformaticsCHEN Jiayin， ZHONG
右江医学 2023年6期2023-07-14
- 甜瓜GRAS家族全基因组的鉴定与表达分析
AS家族；生物信息学；表达模式中图分类号：S652.01文献标志码：A文章编号：1002-1302（2023）11-0053-07GRAS转录因子可以调控基因的转录［1］，其名称来自GAI、RGA、SCR［2］。GRAS蛋白由400～770个氨基酸残基组成［3-4］，C端区域可以分为5个基序：LHRI、LHRII、VHIID、PFYRE、SAW，其中VHIID是GRAS蛋白的核心结构，含有非常保守的P-N-H-D-Q-L单位，以L-R-I-T-G结尾［5］
江苏农业科学 2023年11期2023-07-10
- CYP74A2在白粉菌诱导月季对甜菜夜蛾产生抗性中的功能及其生物信息学分析
74A2作生物信息学分析，利用转录组测序获得的差异表达基因进行功能富集分析。结果表明，α-亚麻酸代谢产生的茉莉酸是白粉菌诱导月季产生对甜菜夜蛾抗性的主要挥发性成分之一，发现该通路中共有5个CYP74A2差异表达基因，分别是LOC112173678、LOC112172343、LOC112172188、LOC112173396和LOC112169957。采用qRT-PCR验证CYP74A2基因的功能，利用NCBI、KEGG等数据库找到CYP74A2同源蛋白并结
江苏农业科学 2023年11期2023-07-10
- 基于生物信息学及分子对接研究天牛止眩胶囊治疗原发性高血压的潜在活性成分及分子机制
目的 利用生物信息学及分子对接，探讨天牛止眩胶囊治疗原发性高血压（essential hypertension，EH）的潜在活性成分及分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台、BATMAN-TCM平台筛选天牛止眩胶囊的活性成分及药物靶点，使用GeneCards、PharmGkb、TTD、DrugBank检索EH的疾病相关靶点，采用Cytoscape3.8.0软件构建“药物–成分–靶点”网络图，应用STRING平台进行蛋白质–蛋白质相互作用分析，使
中国现代医生 2023年16期2023-07-04
- 基于生物信息学分析艾叶治疗慢性荨麻疹的分子机制
芯片挖掘、生物信息学及分子对接技术，分析艾叶治疗慢性荨麻疹（chronic urticaria，CU）的分子机制。方法 从GEO数据库下载CU的基因芯片数据集，利用R软件筛选出差异表达靶点，从中药系统药理学数据库（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database，TCMSP）、药物靶标识别平台（Pharm Mapper）等数据库获取艾叶的化学成分、药物靶点，运用GENEMANIA平台及R软
中国现代医生 2023年15期2023-07-04
- 高良姜黄酮醇合成酶基因的生物信息学分析
序列，通过生物信息学分析软件对该基因及其编码蛋白进行序列分析，探讨其编码蛋白的理化性质、亲/疏水性、高级结构、保守功能域以及系统发育关系，并运用fragments per kilobase of exon per million reads mapped （FPKM）法计算该基因在高良姜不同组织中的表达差异。获得的高良姜FLS基因含有1005 bp的开放阅读框，编码含有334个氨基酸的蛋白质。编码蛋白的序列分析发现，高良姜FLS蛋白分子量约为38.2 kD
中国民族民间医药·下半月 2023年3期2023-06-27
- 基于生物信息学分析TGFBI基因在头颈部鳞癌中的表达及其预后意义
颈部鳞癌；生物信息学；预后中图分类号：R739.6 文献标志码：A DOI：10.3969/j.issn.1003-1383.2023.02.002Analysis of expression of TGFBI gene in head and neck squamous cell carcinoma and its prognostic significance based on bioinformaticsHU Tinga， LU Shilib
右江医学 2023年2期2023-06-25
- 马鹿mtDNACytb基因的生物信息学分析
序列，应用生物信息学方法对马鹿Cyt b基因编码的蛋白质进行理化性质、结构和相关功能的预测分析，了解马鹿mtDNA Cyt b基因的结构、功能和表達特性.结果表明：马鹿Cyt b编码的蛋白质为疏水性蛋白质，推测相互作用的蛋白质包括LOC100524873，UQCRC1，UQCRQ，ND1，MT-ND2，COX1，COX2，COX3，ND4H和CYC，功能与电子运输、耦合质子运输以及泛醌-细胞色素c还原酶活性有关；二级结构主要为无规则卷曲，有2个潜在的N-糖
牡丹江师范学院学报（自然科学版） 2023年1期2023-06-13
- 类风湿关节炎患者与药源性胃黏膜损伤的生物信息学分析
目的：利用生物信息学分析类风湿关节炎患者与药源性胃黏膜损伤的关系。方法：通过GeneCards、OMIM、TTD、pharmGKB、drugbank数据库检索“rheumatoid arthritis”“drug induce gastric mucosal injury”，获取类风湿关节炎及药源性胃黏膜损伤2个疾病基因，制作韦恩图获取2个疾病的共同基因，将共同基因导入STRING进行PPI网络分析、GO功能富集及KEGG通路分析。结果：通过检索不同数据库
风湿病与关节炎 2023年5期2023-06-13
- 基于MOOC模式的高效“生物信息学”教学改革及应用探讨
补充。针对生物信息学MOOC教学模式改革问题，本文就专业课程的建设优势和人才培养优势，探讨高校环境下生物信息学MOOC模式，分析该方式人才培养的可行性，为完善生物信息学教学模式改革提供参考。随着人类基因组的破译，生物大数据的积累，我国正进入生命科学时代。生物信息学是新兴交叉学科，体现了与信息技术交叉融合。目前科学发展现状对传统的生物信息学教学模式提出了新要求，因此，生物信息学课程需要突破传统的教学模式，在医学和农业科学领域培养生物信息技术高层次人才。高等教
吉林蔬菜 2023年2期2023-06-08
- 基于生物信息学的酒精性肝病关键基因筛选及验证
目的 利用生物信息学方法探索酒精性肝病（alcoholic liver disease，ALD）潜在的关键基因并通过实验验证，为寻找ALD潜在的生物标志物提供依据。方法 从美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）的公共基因芯片数据平台（Gene Expression Omnibus，GEO）的数据库下载两个基因表达谱芯片（GSE28619和GSE100901），利用GE
右江医学 2023年5期2023-06-07
- 荔枝分枝调控基因LcSMXL7的鉴定及功能分析
脚金内酯；生物信息学中图分类号：S667.1 文献标识码：A独脚金内酯（strigolactones， SLs）属于倍半萜烯型化合物，是一类新型植物激素[1-2]。1966 年，COOK 等[3]最先在棉花根系分泌物中发现一种可在激素水平可诱导独脚金种子萌发的物质，此后BUTLER[1]根据该物质的功能特点将其命名为独脚金内酯。除了诱导独脚金种子萌发，独脚金内酯还可促进与植物根系共生的丛枝菌根真菌的菌丝分枝形成[4]。近年来的研究表明独脚金内酯可作为信号物
热带作物学报 2023年3期2023-05-30
- 基于生物信息学构建GOPC的皮肤黑素瘤预后模型
[关键词]生物信息学；黑素瘤；预后模型；GOPC；生物标志物[中图分类号]R739.5 [文献标志码]A [文章编号]1008-6455（2023）03-0070-05Abstract： Objective To construct a golgi associated PDZ and coiled-coil motif containing （GOPC） prognostic model of cutaneous melanoma （ski
中国美容医学 2023年3期2023-05-30
- 姜曲海猪ATP2B1基因克隆、生物信息学及组织表达分析
，对其进行生物信息学分析，并探究ATP2B1基因在不同日龄姜曲海猪子宫组织的表达水平，以期为研究ATP2B1基因在姜曲海猪繁殖性能方面的作用提供参考依据，采用RT-PCR技术扩增姜曲海猪子宫ATP2B1基因CDS区序列，利用生物信息学软件对其进行分析，利用实时荧光定量PCR检测ATP2B1基因在1月龄和8月龄姜曲海猪子宫组织中的表达量。结果显示，姜曲海猪ATP2B1基因CDS区全长3 663 bp，编码1 220个氨基酸，与野猪同源性最高、亲缘关系最近。姜
江苏农业科学 2023年8期2023-05-23
- 葫芦科作物抗氧化基因的全基因组鉴定及分析
作用元件；生物信息学；表达谱；亲缘关系中图分类号：S188；S642.01 文献标志码：A文章编号：1002-1302（2023）08-0051-10基金项目：国家自然科学基金（编号：31972403、32102406）；广东省农业科学院中青年学科带头人项目（编号：R2020PY-JG003）；广东省农业科学院优秀博士项目（编号：R2021YJ-YB2004）。作者简介：钱玉磊（1997—），男，河南郑州人，硕士研究生，研究方向为蔬菜分子生物学。E-mai
江苏农业科学 2023年8期2023-05-23
- 生物信息专业课程体系的构建及优化
不断发展，生物信息学已经在生物学、医学及药学等多个学科表现出了强大的作用，在解决重大科学问题和社会需求方面尤为突出，生物信息学专业的人才培养至关重要。培养具有生物信息学专业技能又适合社会发展的复合型人才，已经成为当务之急。进一步深化生物信息课程的改革，构建并优化生物信息专业课程体系，对于推进基础知识的应用及拓展本科生的视野至关重要。基于全面的生物学、计算机信息科学和生物信息学方面的课程配置，通过优化实验环节和实习环节，构建了合理的实习体系，并优化实习的结构
科技资讯 2023年5期2023-04-26
- 医学研究生《生物信息学》教学方法探索*
2082《生物信息学》(Bioinformatics)是生物学与计算机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。它通过对生物学医学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析，进而达到揭示数据所蕴含的生物学意义的目的。随着医学研究的深入，分子生物学技术、计算机网络技术的快速发展，以及高通量测序技术的成熟[1]，基因组、转录组、蛋白组、代谢组、脂类组学、免疫组学、糖组学、超声组学等生物医学数据呈爆炸性增长[2]，使得生物医学研究迅速进入大数据研究时代。在
医学理论与实践 2022年17期2022-11-28
- 《生物信息学》课程的跨学科教学模式探索与实践
究的兴起，生物信息学作为一门融合了生物学、统计学及信息技术等多学科知识的交叉学科，已经逐步发展成为现代生物学和医学研究等领域的关键核心课程[1].汕头大学生物系已将《生物信息学》作为生物技术专业本科学生的必修课程.该课程是一门跨学科专业课程，具有很强的理论性和实践性，需要学生不仅具有生物化学、分子生物学等生物学知识，也要有一定的统计学和计算机基础.为了更好地完善课程设置和教学计划并探索更加合理的人才培养模式，本文以《生物信息学》的本科教学为例，对于交叉学科
汕头大学学报（自然科学版） 2022年2期2022-11-26
- ARCS模型在基于超星学习通的混合式教学中的应用
——以“生物信息学”课程为例
学科之一，生物信息学具有综合跨学科的背景，涉及生物、医疗和环境等各个领域。其课程教学不但包括理论教学，还包括上机实践操作。迄今，“生物信息学”课程已在国内大多数高校开课，其教学形式也由传统教学逐渐向在线课堂或线上线下混合教学模式转变，但在教学过程中仍存在诸多问题。其中，一个普遍的问题是，随着新技术、新模式的出现，学生在教学初期往往充满好奇心，积极性很高，但难以维持。另一方面，“机不离手”是当下大学生的新常态，而借助移动超星学习通等智慧平台，对教学模式进行改
现代信息科技 2022年11期2022-08-26
- ARCS模型在基于超星学习通的混合式教学中的应用
——以“生物信息学”课程为例
学科之一，生物信息学具有综合跨学科的背景，涉及生物、医疗和环境等各个领域。其课程教学不但包括理论教学，还包括上机实践操作。迄今，“生物信息学”课程已在国内大多数高校开课，其教学形式也由传统教学逐渐向在线课堂或线上线下混合教学模式转变，但在教学过程中仍存在诸多问题。其中，一个普遍的问题是，随着新技术、新模式的出现，学生在教学初期往往充满好奇心，积极性很高，但难以维持。另一方面，“机不离手”是当下大学生的新常态，而借助移动超星学习通等智慧平台，对教学模式进行改
现代信息科技 2022年11期2022-08-26
- 狮头鹅MAP2K1基因SNP位点筛查及生物信息学分析
位点并进行生物信息学分析。检测结果表明，在狮头鹅群体中发现1个SNP位点，为E3-63 A>G，存在3种基因型。生物信息学预测显示，MAP2K1基因突变前后编码氨基酸并未发生改变，属于不稳定不跨膜酸性亲水性蛋白，存在卷曲螺旋结构，无信号肽存在。亚细胞定位于细胞核、细胞质、细胞支架的概率分别为60.9%、30.4%、8.7%，主要在细胞核发挥生物学作用;有34个磷酸化位点，有1个N-糖基化位点，1个保守结构S_TKc，蛋白二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲组成
江苏农业科学 2022年11期2022-06-24
- 百蕊草LRR-RLKs基因的鉴定与生物信息学分析
通过测序、生物信息学分析、荧光定量PCR等技术对两条基因进行分析。结果发现，两条基因全长分别为1 278 bp与2 115 bp，分别编码425和704个氨基酸，命名为TcLRR1和TcLRR2;TcLRR1与拟南芥EFR基因一致性最高，TcLRR2与水稻Xa21一致性最高;TcLRR2具有完整的LRR-RLK蛋白结构（亮氨酸重复域、信号肽、跨膜结构域、激酶域），而TcLRR1缺乏激酶域;TcLRR1与TcLRR2在非胁迫条件下的组织表达模式一致，都在叶片
南方农业·上旬 2022年5期2022-06-16
- 基于GEO数据库探索口腔鳞状细胞癌淋巴转移的可能机制
结论 利用生物信息学筛选出口腔鳞状细胞癌发生早期淋巴转移与否的5个关键差异基因可能是其发生早期淋巴转移的关键机制，有望成为其治疗的靶点分子，为今后的研究提供新的思路。【关键词】口腔鳞状细胞癌;淋巴转移;GEO数据库;生物信息学基金项目：贵州省科技计划项目（黔科合基础-ZK[2021]一般433）口腔鳞状细胞癌（oral squamous cell carcinoma， OSCC）是一种具有不同分化程度的具有侵袭性的肿瘤，倾向于早期、广泛的淋巴结转移，是口腔
健康体检与管理 2022年5期2022-06-15
- 支气管败血波氏杆菌PRN基因CDS区的生物信息学分析
摘要：通过生物信息学软件预测分析支气管败血波氏杆菌PRN基因编码蛋白功能及其调节机制。结果表明，支气管败血波氏杆菌PRN基因CDS区编码911个氨基酸，分子式为C4 121H6 556N1 250O1 258S11，分子质量为13 196，消光系数为95 800，其理论等电点为9.64，不稳定系数为36.24，PRN蛋白的理化性质稳定;PRN蛋白有多个磷酸化位点和糖基化位点;信号肽预测PRN蛋白有1个信号肽，信号肽位置在1～34;PRN蛋白为亲水性蛋白，存
江苏农业科学 2022年10期2022-06-12
- 枣瘿蚊图尔病毒(DjTV-2a)衣壳蛋白生物信息学分析及抗原表位预测
ODEL等生物信息学软件，预测DjTV-2a衣壳蛋白的理化性质、氨基酸组成、亲疏水性、信号肽、跨膜结构、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构和抗原表位等。结果表明，DjTV-2a衣壳蛋白是由449个氨基酸构成的亲水蛋白，分子式为C 2 337H 3 607N 601O 689S 15，分子量为51.6 ku，理论等电点为5.98;主要二级结构是无规则卷曲，存在82个磷酸化位点和1个糖基化位点，无信号肽和跨膜结构;该蛋白有21个B细胞优势抗原表位和10
江苏农业科学 2022年9期2022-06-09
- 应用生物信息学技术发现化妆品保湿功效评价潜在新靶点
】化妆品;生物信息学;丝聚蛋白;功效评价【DOI编码】10.3969/j.issn.1674-4977.2022.03.017Discovery of Potential New Targets for Moisturizing Efficacy Evaluation of Cosmetics by BioinformaticsWANG Fu-xin，JIAOXiao-man，ZHAO Zhi-long，SHI Yan-tong（Liaoning Inst
品牌与标准化 2022年3期2022-05-30
- 大麦TIFY基因家族成员鉴定及表达分析
，利用采用生物信息学软件对其理化性质、保守基序、特征结构域、顺式作用元件、基因结构、系统进化及表达模式进行预测分析。【结果】从大麦中鉴定出15个HvTIFYs基因（HvTIFY1～HvTIFY15），分布于5条染色体上，且大多数基因在染色体上成簇分布。15个HvTIFYs蛋白均具有TIFY家族蛋白的特征结构域（TIFY），根据所含保守结构域的不同，可分为ZML（4个）和JAZ亚族（11个），且亲水性蛋白（14个）和偏碱性蛋白（11个）居多，但均定位于细胞核
南方农业学报 2022年2期2022-05-26
- 鼻咽癌生物信息学研究进展
指导意义。生物信息学技术已成为生命科学研究的一个重要手段，本文对近年来生物信息学技术在鼻咽癌早期诊断、分子机制研究和分子靶向治疗等方面的研究进展进行综述。关键词：鼻咽癌;生物信息学;肿瘤标志物【中图分类号】 R766.3 【文献标识码】 A 【文章编号】2107-2306（2022）09--02鼻咽癌（Nasopharyngeal Carcinoma， NPC）是一种起源于鼻咽上皮细胞的恶性肿瘤，具有极强的转移能力，已成为我国南方地区恶性肿瘤中的
中国药学药品知识仓库 2022年9期2022-05-23
- 绵羊ELOVL5基因的生物信息学分析
产物进行了生物信息学分析。结果显示，绵羊 ELOVL5 基因编码737个氨基酸，其编码蛋白分子式为C1656H2448N416O415S16，其分子质量为35 335.39 Daltions，理论等电点为9.47，估计半衰期为30 h，不稳定性指数为33.35。亚细胞定位主要位于内质网中（55.6%），ELOVL5基因编码蛋白没有信号肽序列，不属于分泌蛋白。该蛋白存在多个跨膜区域，属于跨膜蛋白，存在7个保守结构域，并且为亲水性蛋白，二级结构主要以α螺旋和无
甘肃农业科技 2022年4期2022-05-10
- 甜橙 NHX 基因家族的鉴定及功能分析
基因家族;生物信息学;基因表达;顺式作用元件 中图分类号：S666.401 文献标志码： A 文章编号：1002-1302（2022）07-0035-08收稿日期：2021-10-17基金项目：国家自然科学基金（编号：32060667、32160731）;江西省教育厅科学技术研究项目（编号：GJJ190758、GJJ180758）。作者简介：杨 杰（1995—），男，山西吕梁人，硕士研究生，主要从事果树逆境生理研究。E-mail：yangjiepers
江苏农业科学 2022年7期2022-05-09
- 香梨优斑螟EPSXL基因生物信息学及表达分析
表达。利用生物信息学软件预测香梨优斑螟EPSXL基因的氨基酸序列、分析蛋白质特性和构建近缘物种进化树，并采用荧光定量PCR技术检测该基因在头、胸、腹、翅中的表达情况。发现EPSXL基因编码区长度为1 005 bp，编码334个氨基酸，具有2个保守的RRM结构域。其蛋白为碱性亲水性蛋白质，二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主，有51个磷酸化位点和2个N-糖基化位点，不存在跨膜结构及信号肽。对比发现，EPSXL氨基酸序列与脐橙螟ATSXL的序列相似性最高。在雄性香
天津农业科学 2022年4期2022-04-29
- 基于GEO数据库研究结肠癌的生物标志物
目的 通過生物信息学筛选出结肠癌中的关键基因，为结肠癌分子生物研究及早期诊断相关生物标志物筛选提供理论依据。方法 从GEO数据库中选择编号为GSE10950、GSE74602和GSE110224的基因芯片，利用R语言下载评估芯片质量，对样本进行规范化处理并筛选出差异基因（DEG），通过TCGA下载结肠癌的表达数据，验证DEG的准确性，通过DAVID在线网站对DEG进行GO分析和KEGG富集分析，通过STRING在线网站得到DEG的蛋白互作网络，利用Cyto
中国现代医生 2022年9期2022-04-28
- 基于TMT蛋白组学及生物信息学分析牦牛抗冻差异蛋白
相互作用等生物信息学分析。【结果】从牦牛耳组织中共鉴定获得21856个肽段（Peptide），其中特有肽段（Unique peptide）序列为18452个，定量获得4519个蛋白，最终筛选出144个差异蛋白，其中上调蛋白89个、下调蛋白55个。144个牦牛抗冻差异蛋白亚细胞定位到7个条目上，分别是细胞核蛋白56个、细胞质蛋白51个、质膜蛋白24个、细胞外蛋白23个、线粒体蛋白18个、细胞骨架蛋白1个和溶酶体蛋白1个;共鉴定到194个结构域。GO功能富集分
南方农业学报 2022年1期2022-04-21
- 农业类高校生物信息学课程教学现状与改革探究
国辉摘要 生物信息学是生命科学领域的一门新兴交叉热门学科，是开展生物学相关研究的工具和载体，也是农业类高校的专业基础必修课之一。随着该学科的迅猛发展，传统教学中的问题不断凸显，及时调整教学策略是改善教学质量的重要手段之一。在前期教学实践的基础上，总结了农业类高校生物信息学课程教学中存在的主要问题，并从师资队伍、课程内容、软硬件设施和基础课程建设等方面有针对性地提出了相应的改革建议，以期为该课程的教学创新和课程改革提供参考。关键词 生物信息学;农业类高校;教
安徽农业科学 2022年7期2022-04-19
- 马铃薯StASR基因的生物信息学分析及基因克隆
序列。通过生物信息学分析发现，该基因位于4号染色体上，基因長度为654 bp，编码108个氨基酸残基，其编码的蛋白质具有典型的ABA/WDS保守结构域。启动子区域分析后发现，马铃薯StASR基因含有水分响应元件MYCATERD1、冷胁迫响应元件DRECRTCOREAT和盐胁迫响应元件GT1GMSCAM4等多种与非生物胁迫响应相关元件以及马铃薯生长发育相关顺式作用元件，对其进行蛋白质互作网络的分析发现与低温、水分胁迫等基因互作。用PCR技术成功的克隆到马铃薯
甘肃农业科技 2022年3期2022-04-18
- 创新创业背景下《生物信息学》课程的教学改革与实践
三次革命。生物信息学作为一门应用性极强的交叉学科，已成为生命科学研究和智慧农业领域必不可少的工具。为响应国家对课程改革的要求，必须更新生物信息学课程教学内容、改变教学模式并增加创新课程实验。旨在通过生物信息学课程的改革，激发大学生的创新创业能力，培养符合社会需求的应用型人才。1 课程教学目标和改革1.1 传统教学目标生物信息学是一门交叉学科。该学科结合计算机技术和信息论方法来研究生命科学相关的问题，涉及到核酸、蛋白等生物信息数据的采集、存储、检索、分析等过
科技资讯 2022年23期2022-04-07
- 希金斯炭疽菌中NPFxD基序蛋白找寻及其生物信息学分析
二级结构等生物信息学分析。结果表明，ChMYO1、ChGBP2蛋白亚细胞定位情况不同，前者定位在质膜，后者定位在核内;两者在亲疏水性、最高氨基酸残基和其位置等均有着一定差异;两者均无明显的信号肽序列;两者均含有无规则卷曲、α螺旋、β卷曲，而缺乏TM螺旋。此外，对多个不同真菌中NPFxD基序同源蛋白序列开展遗传关系分析，明确希金斯炭疽菌中的NPFxD基序蛋白与炭疽菌属中其他病菌中的蛋白具有较高的同源性，本研究为进一步研究炭疽菌属NPFxD基序蛋白的功能提供了
江苏农业科学 2022年5期2022-04-01
- 基于贝叶斯网络方法的基因表达谱数据研究
叶斯网络在生物信息学领域的应用。关键词：贝叶斯网络;基因;生物信息学一、引言 生物信息学是随着人类基因组计划的启动而兴起的一门新的交叉学科，主要涉及生物学、数学及计算机科学等。它的研究对象是分子生物学数据库，通过使用多种学科理论及工具，对海量的原始序列数据进行收集、存储、加工、处理、解释和传播并从中发现新的规律而获取生物学新知识，进而揭示“基因组信息结构的复杂性及遗传语言的根本规律”[1]。 随着测序技术的发展，测序成本不断降低，使得高通量测序逐渐成为
客联 2022年1期2022-03-29
- 玉米COBRA家族成员全基因组鉴定与表达模式分析
作用。通过生物信息学方法，从玉米基因组中发现了9个COBRA家族基因，并对其基因结构、系统发育和表达模式等进行了分析。结果表明，9个COBRA家族基因都含有CCVS保守结构域，并且均定位于细胞膜上。系统进化分析结果显示，该家族可以分为2个亚族，每个亚族内的基因具有相似的基因结构和理化性质。基因表达分析结果表明，所有COBRA家族成员响应多种非生物胁迫，且当植株受到紫外照射处理时，ZmCOBL1～ZmCOBL3和ZmCOBL7～ZmCOBL9这6个基因均表现
甘肃农业科技 2022年2期2022-03-23
- 油棕Δ9硬脂酰-ACP脱氢酶EgSAD基因的克隆及表达分析
用元件进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR检测SAD在2个油棕品种果实成熟期的表达特征。结果表明：非洲油棕中总不饱和脂肪酸（棕榈酸和硬脂酸）比例（55.76%～60.27%）显著高于杂交油棕（37.2%～45.43%），杂交油棕中不饱和脂肪酸（油酸和亚油酸）比例（51.61%～56.92%）显著高于非洲油棕（35.54%～38.64%）;鉴定了7个基因命名为：～和～;基因编码的肽链平均为413个氨基酸，分子量为43.41～45.92 kDa，等电点为
热带作物学报 2022年2期2022-03-07
- 玉米LEC1基因家族的鉴定与生物信息学分析
单位。利用生物信息学方法，获得了16个玉米LEC1基因。分析发现，ZmLEC1蛋白大部分都是酸性的不稳定亲水蛋白，含有1个保守结构域CBFD_NFYB_HMF及10个保守基序。通过与拟南芥LEC1基因和水稻LEC1基因的聚类分析，将玉米LEC1基因家族分为4类：ClassⅠ、ClassⅡ、ClassⅢ、ClassⅣ。经RNA-seq等分析发现，玉米LEC1家族基因具有组织特异性，响应非生物胁迫。启动子分析发现，玉米LEC1基因启动子上含有响应激素和非生物胁
甘肃农业科技 2022年1期2022-02-25
- 鸡TRAF6基因外显子区功能性SNP预测与分析
Ps，利用生物信息学软件PROVEN、SIFT、PhDSNP和SNAP2分别对nsSNPs进行功能性预测;使用IMutant2.0和Mupro对突变位点氨基酸的稳定性进行预测;此外，利用Clustal Omega和Jalview对鸡TRAF6基因编码的氨基酸序列进行多序列比对和进化位点保守性预测。使用MutPred2预测突变可能造成的影响;最后使用Sopma和SWISSMODEL软件分别预测TRAF6野生型和突变型的蛋白质二级结构和构建它们的三级结构。结果
山地农业生物学报 2022年1期2022-02-16
- 课程思政下的《生物信息学》“线上线下”混合教学模式应用研究*
6)一、《生物信息学》课程教学目标与思路随着大数据时代的来临和高通量生物技术的蓬勃发展，生物信息学这门新兴学科也已取得了迅速地进展，特别是在新型冠状病毒肺炎疫情的影响下，生物信息学的作用和地位尤显重要。本课程具有很强的交融性、实践性和多学科的高度综合性，对本科学生的生物综合基础知识、数学、统计学以及计算机能力具有较高的要求，同时这也为本科生物信息学课程创造了新的机遇与挑战。学生通过对这门课程的系统学习，不仅能够拓展其知识体系的丰富度，培养知识应用和创新思维
新教育时代电子杂志(教师版) 2022年37期2022-02-13
- 油棕脂肪酸外运蛋白基因FAX1的克隆及表达分析
对象，采用生物信息学和荧光定量PCR挖掘控制油棕脂肪酸转运的关键基因。脂肪酸外运蛋白1（fatty acid export 1， FAX1）是植物脂肪酸转运蛋白，介导细胞内脂肪酸从质体向外运输，在脂质合成中起着重要的调控作用。本研究从油棕中克隆了3个EgFAX1基因（EgFAX1-1，EgFAX1-2，EgFAX1-3），对其氨基酸长度、分子量、等电点、蛋白不稳定指数、脂肪族系数、总平均亲水性、染色体定位、基因结构、保守功能域、进化关系和表达特征进行分析。
热带作物学报 2022年1期2022-02-10
- 基于Python程序设计的生物信息学人才培养模式探析
计算思维;生物信息学;Python中图法分类号：TP391 文献标识码：A当今，生物技术是关键的前沿技术之一。随着基因测序技术的不断发展和测序数据的大量获取，生物技术科学已经进入大数据时代。面对海量的生物数据，运用计算机技术分析数据和找出基因、蛋白质编码信息等问题的生物信息学（Bioinformatics）应运而生。同时，这也对生物信息学专业学生的计算机知识和技能提出了更高的要求，特别是要求其具有一定的编程基础和编程能力，能根据自己的需要使用程序表达式在生
计算机应用文摘·触控 2022年1期2022-02-07
- “新农科”背景下生物信息学课程开设建议
迅速发展，生物信息学作为生命科学领域的重要研究手段，其重要性不言而喻。恰逢国家“新农科”建设的契机，生物信息学教学质量直接与“新农科”人才的培养密切相关。本文总结了当下生物信息学课程开设过程中存在的不足和面临的困境，并从师资组建、平台搭建、课程建设等方面提出了相应的建议，期望为生物信息学教学和人才培养提供参考。关键词：“新农科”;生物信息学;课程建设建设“新农科”已成为新时期高校农业教育改革的重要方向，以多学科深度融合为核心，以促进创新发展的实践为首要本质
科技信息·学术版 2021年3期2021-12-24
- 基于R语言的医学院校生物信息学专业统计课程教学探索
;统计学;生物信息学;教学21世纪以来，随着生物医学研究技术的蓬勃发展，生物医学相关领域，包括临床医疗、公共卫生、生物学、环境监测等，产生的多层面数据出现井喷式增长。生物医学数据的分析离不开生物医学、计算机科学、数理统计学和信息科学等多个领域的交叉融合。而生物信息学（bioinfor-matics）就是在生物组学数据爆发增长的基础上应运而生的一门新兴交叉学科。它包含了对核酸（DNA、RNA）和蛋白质的序列和结构信息的获取、整理、存储、分析和解释等多方面内容
科技风 2021年33期2021-12-24
- 目标导向驱动的生物信息学的课程设计实践
李杰摘要：生物信息学不仅是一门科学学科，更是一种重要的研究开发平台与工具，特别是在此次特殊环境的防控中发挥了重要的作用。冠状病毒基因组组装、基因注释、病毒溯源、细胞受体确定、潜在药物发现等过程中，生物信息学都可以发挥重要作用。本论文通过将学生需要学习的生物信息学知识，有机融入冠状病毒相关的研究背景中去，希望激发学生学习兴趣，使学生主动投入到服务社会、报效祖国的行动中去，在担当中历练，在尽责中成长。关键词：生物信息学;在线课堂;云战疫生物信息学可以通过对生物
三悦文摘·教育学刊 2021年46期2021-12-22
- 中粒咖啡WRKY基因家族的生物信息学分析
。该文利用生物信息学方法对中粒咖啡WRKY蛋白家族的理化特性及其分子进化进行了详细分析。结果表明：（1）CcWRKY蛋白氨基酸数量在103～994个之间，均无信号肽，推测其为非分泌性蛋白;其二级结构以无规则卷曲为最主要的结构元件，三级结构主要分为6类，其中以CcWRKY15、CcWRKY25、CcWRKY37和CcWRKY42为主要成员的D类结构最稳定。（2）保守结构域及进化树分析结果显示，中粒咖啡WRKY基因家族含有49个成员，其中的10个成员归为WRK
广西植物 2021年11期2021-12-18
- 玉木耳漆酶基因Aclac的克隆及原核表达
，对其进行生物信息学分析，并将目的基因连接至pET-28a质粒上以构建原核表达载体pET28a-Aclac，将其转化大肠杆菌BL21（DE3）中诱导表达。【结果】克隆获得的Aclac基因cDNA序列长度为1734 bp，编码577个氨基酸残基;Aclac基因DNA序列长度为2521 bp，含14个内含子。AcLAC蛋白理论分子量为64.75 kD，理论等电点为5.70，不稳定指数为34.01，无跨膜区域，存在1个信号肽，在4个铜离子结合区高度保守，且含有C
南方农业学报 2021年8期2021-12-15
- “生物信息学”课程混合式教学探索
0 引言“生物信息学”是伴随人类基因组计划发展起来的新兴交叉学科，融合了生物、数学、物理及计算机科学等多个学科，通过对生物数据的获取、存储、检索与计算分析，从而实现生命科学新知识的发掘。随着新一代测序技术的快速发展，核酸测序成本得以迅速下降，并且与多种技术结合，从系统生物学角度深入、广泛地研究生命科学各类问题，从而催生了当今生命科学领域的一个重要特征——生物和医疗数据的快速大量积累，这也大大促进了生物信息学分析工具的快速迭代发展[1]。对于生命科学领域的研
农产品加工 2021年23期2021-12-05