家蚕浓核病病毒和血液型脓病病毒PCR诊断方法的建立及应用

2024-03-13 02:31蔡冬冬李建岗刘伽均胡晓亮田志革
四川畜牧兽医 2024年2期
关键词:家蚕双重引物

叶 斌,蔡冬冬,李建岗,范 毅,罗 毅,刘伽均,胡晓亮,田志革*

(1.成都市动物疫病预防控制中心,四川 成都 610041;2.四川省动物疫病预防控制中心,四川 成都 610041;3.宜宾学院农林与食品工程学部,动物多样性与生态保育宜宾市重点实验室,四川 宜宾 644000)

家蚕血液型脓病也被称作家蚕核型多角体病,是由家蚕血液型脓病病毒(BmNPV)引起的亚急性传染性疾病[1]。该病毒是一种DNA病毒,属于杆状病毒科、核型多角体病毒属、蚕核多角体病毒种,病毒粒子呈长杆状。它是最早被我国科学家发现的一种主要危害家蚕的病原体,早在12世纪的中国农业文献中就已有该病的记载[2]。在家蚕中主要以食下感染和皮肤创伤感染两种方式传播。当病毒进入蚕体后,主要寄生于皮肤上皮及脂肪等组织细胞的细胞核中。一旦家蚕患上血液型脓病后,体色就会变成乳白色,身体发生肿胀等现象[3]。近年来,家蚕血液型脓病成为发病最多、最普遍的传染性蚕病之一,危害程度极高。

家蚕浓核病由家蚕浓核病病毒引起,由于与大蜡螟DNV 相似,将其称为BmDNV[4]。家蚕浓核病病毒(BmDNV)属于细小病毒科、浓核病毒属,无囊膜,病毒粒子呈球形,基因组为4.0~6.5 kb,且为正负链单分子ssDNA,正链和负链包被在不同的衣壳蛋白中[5]。家蚕感染BmDNV后食欲会减退,出现空头症状,将蚕的体壁撕开,可观察到肠内空虚,几乎没有桑叶片,只有黄绿色半透明的消化液[4]。BmDNV具有很强的感染能力,对蚕的毒性非常强,少量病毒,都会引起蚕发病,给养蚕户带来严重的经济损失。

临床上一般通过血清学检测、症状观察和显微镜检查进行粗略地诊断,这些诊断方法存在操作复杂、耗时长、灵敏度低,或者判断不准确的问题。因此,本试验拟建立能够检测单个病原的单重PCR 方法和同时检测两种病原的双重PCR 方法,为BmDNV 和BmNPV的快速检测提供技术支持。

1 材料与方法

1.1 病毒基因合成 连接有家蚕血液型脓病病毒(BmNPV)ie-1基因和浓核病病毒(BmDNV)ORF2 基因片段的质粒,由北京擎科生物科技有限公司合成,原始浓度为100 ng/μL,于-20 ℃冰箱保存。

1.2 主要试剂Premix Taq DNA聚合酶,DL2000 DNAMarker;琼脂粉,TAE缓冲液(50倍);EB替代染料等为国产分析纯。

1.3 引物设计 查阅相关参考文献选定BmDNV的ORF2 基因和BmNPV 的ie-1 基因作为病毒检测的基因,在NCBI 官网上分别下载相关基因序列,通过Mega 4.0软件进行同源序列比对,找到其保守区域。根据找到的保守区域位置,在Oligo软件上分别进行BmDNV 和BmNPV的引物设计,并通过Oligo 软件上的Analyze 程序进行检测,确定BmDNVORF2 基因片段扩增的最终引物和BmNPVie-1 基因片段扩增的最终引物(表1)。从Oligo软件中导出设计的最终引物,送往北京擎科生物科技有限公司合成。

表1 BmDNV和BmNPV基因片段扩增引物信息

1.4 BmDNV、BmNPV 单 重PCR 体 系 的 优化BmDNV、BmNPV单重PCR反应体系为20μL:Premix TaqDNA 聚合酶10μL,上下游引物(10 μmol/L)各1.0 μL,DNA模板1.0 μL,ddH2O补足20 μL。PCR反应条件:95 ℃预变性5 min;94 ℃变性30 s,50 ℃退火30s,72 ℃延伸30 s,共30 个循环;72℃终延伸10 min。在此基础上,对BmDNV、BmNPV 单重PCR 扩增反应的温度条件进行优化。PCR 结束后,取5 μL PCR 扩增产物于2%琼脂糖凝胶中电泳鉴定,然后将获得的目的片段胶回收后送往公司测序鉴定。

1.5 BmDNV、BmNPV 单重PCR 方法特异性的检测 使用已经建立的针对BmDNV 的单重PCR方法,分别对BmNPV、BmDNV 的DNA 进行扩增,扩增体系见1.4,同时以ddH2O 为空白对照,检测BmDNV单重PCR反应的特异性。同理,使用建立的BmNPV单重PCR方法,分别对BmNPV、BmDNV 的DNA 进行扩增,扩增体系见1.4,同时以ddH2O 为空白对照,检测BmNPV 单重PCR 反应的特异性。

1.6 BmDNV、BmNPV双重PCR方法的建立 根据建立的两种病毒的单重PCR方法,确定双重PCR方法的反应体系如下:Premix TaqDNA 聚合酶10 μL,BmDNV、BmNPV 上下游引物(10 μmol/L)各1μL,DNA 模板各1μL,ddH2O 补足至20 μL,PCR反应条件:95 ℃预变性5 min;94 ℃变性30 s,50 ℃退 火30 s,72 ℃延伸30 s,共30 个循环;最后72 ℃延伸10 min。对反应温度、引物浓度和循环数进行优化,并测定此双重PCR 方法的敏感性。PCR 反应结束后,取5 μL 扩增产物于2%琼脂糖凝胶中电泳鉴定。

1.6.1 BmDNV、BmNPV双重PCR 退火温度优化 将BmDNV、BmNPV 双重PCR 反应体系的退火温度分别设为50、52、53.9、58.3、60 ℃五个梯度,再进行PCR扩增。

1.6.2 BmDNV、BmNPV 双重PCR 引物浓度的优化 根据优化的退火温度,将BmDNV 和BmNPV双重PCR 反应体系的上下游引物浓度分别设为0.2、0.3、0.4、0.5、0.6μmol/L 五个梯度,再进行PCR扩增。

1.6.3 BmDNV、BmNPV双重PCR 循环数的优化 采用优化的退火温度和引物浓度,分别设置反应程序为25、30、35个循环,再进行PCR扩增。

2 结果与分析

2.1 BmDNV、BmNPV 单重PCR 扩增条件的优化 以BmDNV的DNA为模板进行单重PCR扩增条件的优化,结果得出:最佳循环数为30个循环,最佳退火温度为50 ℃,最佳引物浓度为0.4 μmol/L。以BmNPV的DNA为模板进行单重PCR扩增条件的优化,结果显示:最佳退火温度为50 ℃,最佳引物浓度为0.5 μmol/L,最佳循环数为30个循环。

2.2 BmDNV、BmNPV 单重PCR 方法的特异性检测 利用建立的BmDNV 单重PCR 方法对BmDNV、BmNPV 的DNA 进行扩增,结果得出此检测方法只对BmDNV有扩增(图1a)。利用建立的BmNPV单重PCR方法对BmDNV、BmNPV进行PCR扩增,结果显示此检测方法只对BmNPV有扩增,对其他体系无扩增(图1b)。

图1 BmDNV和BmNPV单重PCR方法的特异性检测

2.3 BmDNV、BmNPV 双重PCR 扩增条件的优化 以BmDNV 和BmNPV 的DNA 为模板,进行双重PCR 扩增条件的优化,结果显示:最佳循环数为30 个循环(图2a),最佳退火温度为50 ℃(图2b),最佳引物浓度为0.4 μmol/L(图2c)。

图2 BmDNV和BmNPV双重PCR扩增条件的优化

2.4 BmDNV、BmNPV 双重PCR 方法的敏感性检测 利用灭菌ddH2O 对两种病毒DNA 进行10倍梯度稀释,取每个稀释度的1 μL DNA为模板,应用建立的BmDNV、BmNPV双重PCR方法进行敏感性检测。结果表示该方法能同时检测到BmDNV(原始模板浓度100 ng/μL)和BmNPV(原始模板浓度100 ng/μL),最低检测限均为10pg(图3)。

图3 BmDNV和BmNPV双重PCR方法的敏感性检测

3 讨论

中国历来是世界上最大的茧丝生产国和出口国,我国的茧、丝生产量都占世界产量的75%以上[6],养蚕成为许多家庭的主要收入来源。随着“丝绸之路经济带”和“21 世纪海上丝绸之路”战略构想的提出,蚕丝业必将得到进一步发展[7]。但是养殖家蚕对环境有一定的要求,在密集群体饲养条件下,家蚕极易受病原微生物和其他外界因素的影响而发生各种疾病。

BmDNV 和BmNPV 是家蚕病毒病的重要病原,具有很高的传染性,一旦暴发,就会给养蚕户带来极大的损失。故早期确诊病原对于蚕病的有效防控意义重大。BmDNV 和BmNPV 的单重PCR检测方法,经证实具有较好的敏感性和特异性,基于此本试验建立了两种病毒的双重PCR检测方法,并对其反应体系进行了优化(包括退火温度、循环数、引物浓度),最终确定最佳反应条件。该方法可以更加快速和高效地检测BmDNV和BmNPV 两种病毒,为后续开发组装试剂盒并投入市场奠定了基础。

(责任编辑:曾宪春)

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