宏基因组第二代测序技术监测病原体序列数指导肺孢子菌肺炎治疗一例

严家丽 景玉婷 蔡俊翔 张伟铮 许银姬

A～D 治疗前(6月27日)CT平扫示双肺多发磨玻璃影和斑片状高密度影，小叶间隔增厚 E～H 治疗后(7月4日)CT平扫示双肺病灶较前明显吸收，双肺散在斑片状磨玻璃影图1 治疗前后胸部CT对比

图2 肺泡灌洗液涂片见耶氏肺孢子菌(六胺银染色，×1 000)

2 讨 论肺孢子菌肺炎是由耶氏肺孢子菌引起的呼吸系统真菌感染性疾病，一般见于人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者。近年来, 非HIV感染的免疫缺陷人群(包括肿瘤患者、器官移植受者、免疫抑制剂使用者)的肺孢子菌肺炎发病率呈上升趋势[1]，且非HIV感染的肺孢子菌肺炎患者病情较HIV感染者进展更快，病死率更高[2]。本病例为淋巴瘤化疗后患者，其血糖控制欠佳，细胞免疫功能低下，为肺孢子菌肺炎感染的高危因素。结合其出现呼吸衰竭和影像学特征，考虑该病例为重症病例。

肺孢子菌肺炎无特异性症状和体征，患者往往因发热、呼吸困难、咳嗽、咳痰就诊。疾病早期影像学检查可能无异常，但随后迅速发生恶化，典型的表现为双侧弥漫性间质浸润，后进展为双侧实变。典型的影像学改变可指导高危患者的初始治疗，但不能作为病因诊断。诊断肺孢子菌肺炎的金标准仍然是在肺泡灌洗液、痰标本中发现病原菌。但肺孢子菌培养困难，PCR检测对实验室、技术人员的要求较高；且PCR只能对高度怀疑的病原体进行针对性的扩增检测，而临床上重症或复杂的感染往往合并多种致病病原体。因此，使用PCR诊断肺孢子菌肺炎的方法并未得到普及。

LDH是与细胞损伤或细胞死亡相关的非特异性指标，肺孢子菌肺炎患者LDH水平升高与肺组织损伤有关。在艾滋病相关的肺孢子菌肺炎患者中，LDH阴性结果可用于排除诊断[3]，亦可用于疗效观察和预后判断[4-5]。

NGS通过与数据库进行比对分析快速检测临床样本中包括病毒、细菌、真菌、寄生虫在内的多种病原微生物。对于重症或复杂感染的患者，NGS可以作为其重要的辅助诊断依据[6]。本例患者出现呼吸衰竭，病情危重，尽早查找到致病菌对于指导抗感染治疗意义重大。虽然，痰涂片找到肺孢子菌可明确诊断肺孢子菌肺炎，但NGS的诊断灵敏度明显高于显微镜检查。本病例治疗2周后复查，肺泡灌洗液涂片未找到肺孢子菌，但是NGS仍可检测到高水平的肺孢子菌序列数。

NGS报告中检出序列数是指匹配到该病原体的序列数目，与标本中病原体的载量负荷、核酸提取量、人源序列比例有关。序列数越高，检测到的病原体的可信度越高。在排除背景菌、污染，以及定植菌的情况下，可考虑为致病病原体。在本病例的诊治过程中，NGS技术不仅提供了诊断依据，通过对不同治疗阶段的肺泡灌洗液NGS，发现随着患者的症状改善，耶氏肺孢子菌检测序列数呈进行性下降。直至NGS检测序列数降至8时，患者症状基本缓解，实验室检查结果恢复正常。Ai等[7]也报道了类似的结果，提示通过NGS技术动态监测治疗过程中的病原体序列数，具有评估病情进展和疗效的作用，如有条件可作为治疗疗程的辅助指导工具。

利用NGS动态监测病原体序列数可能成为观察肺孢子菌肺炎疾病进展、决定治疗疗程的可靠方法，尤其是当临床症状与影像学不相符时。但是，NGS费用较高且多数患者无法耐受多次支气管镜检查，故临床应用时需根据病情酌情使用，对于轻症患者，无需动态观察。