NGS检出微小微单胞菌肺炎1例及文献复习

肖 华，周 晨，蔡 峰，戈霞晖

(上海市第七人民医院，上海200137)

微小微单胞菌(Parvimonas micra,P.micra)是一种存在于口腔、胃肠道、呼吸系统和女性生殖系统黏膜上的革兰阳性厌氧球菌。P.micra最初也称为微小消化链球菌(Peptostreptococcus micros)，直到2006年被重新分类为小单胞菌属[1]，即微小微单胞菌(Parvimonas micra)。微小微单胞菌是慢性根尖性牙周炎最常见的致病菌之一[2]。此外，该细菌还与脑膜炎[3]，宫颈和脑脓肿[4-5]，感染性心内膜炎[6]，椎间盘感染[7]，肝脓肿[8]，背痈[9]等疾病有关。然而，由于微小微单胞菌实验室鉴定困难，很少有关于微小小单胞菌引起口腔以外感染的文献报道。现就上海市第七人民医院2020年7月21日收治的1例通过高通量测序(next generation sequencing,NGS)方法确诊微小微单胞菌性肺炎的病例进行报道，对其临床特征、诊断及治疗进行分析总结，并通过复习相关文献提高对于微小微单胞菌引起的口腔以外感染的警惕性，提高临床诊断水平，制定安全、有效的诊疗方案。

1 临床资料

患者女性，35岁，因“咳嗽、咳痰伴左侧胸痛4天”于2020-07-21入院；缘于入院前4天出现咳嗽，咳痰，痰色黄，可咯出，伴左侧胸痛，胸痛呈持续性，可忍受，于深呼吸时加重，无畏寒发热，无胸闷，无咯血、紫绀，无夜间盗汗、午后潮热，无乏力，无反酸、嗳气、恶心、呕吐，无腹痛、腹泻，无尿频、尿急、尿痛，患者胃纳欠佳、睡眠一般，无明显消瘦，7月17日就诊于我院急诊，查血常规：白细胞数12.69×10^9/L，中性粒细胞75.4%，淋巴细胞17.0%，C-反应蛋白37.65 mg/L；凝血功能：D-二聚体1.45 mg/L↑；肌钙蛋白I 0.002 ng/ml，胸部CT示“左肺下叶肺炎；右肺中叶、左肺支气管扩张伴感染，右肺下叶支气管炎；左侧胸腔少量积液”，静滴3天“头孢呋辛、莫西沙星”后左侧胸痛稍有好转，仍咳嗽咳痰，遂拟肺炎收入院。患者18岁时发现有支气管扩张症，间断咳嗽咳痰加重，经抗感染治疗后好转。入院查体：T 37℃，P 82次/分，R 20次/分，BP 110/82 mmHg。神志清晰，精神一般，步入病房，呼吸平稳，胸廓无畸形，两侧呼吸运动度基本对称，语颤一致，叩诊呈清音，双肺呼吸音粗，两肺可闻及湿啰音。心律齐，各瓣膜区未闻及病理性杂音。入院指末血氧饱和度为96%(未吸氧)。

入院后予哌拉西林他唑巴坦钠、莫西沙星静滴抗感染。肺动脉CT血管增强(CTPA)：肺动脉未见明显异常，左下肺炎症较前进展；患者胸痛症状加重，咳嗽、咳痰改善不明显，更改为抗生素为比阿培南、莫西沙星静滴。患者胸痛缓解，仍咳较多黄脓痰。完善支气管镜检查见：左支气管炎性改变；行支气管肺泡灌洗术，灌洗液送检。7月28日肺泡灌洗液：一般细菌涂片找到革兰阳性杆菌、革兰阴性杆菌；送检高通量测序(next generation sequencing,NGS)提示微单胞菌属(微小微单胞菌，Parvimonas micra)，序列数699，相对丰度73.5%；痰培养：铜绿假单胞菌(+++),左氧氟沙星、环丙沙星耐药。7月29日患者左侧胸痛症状部分缓解，咳嗽、咳痰减少，出现痰中带暗红色血丝，反复问诊患者回忆起发病前1周有呛咳史，查体见龋齿，复查胸部CT左下肺肺炎进展，查胸部B超见左侧中量胸腔积液，考虑微小微单胞菌感染，加用左奥硝唑抗感染；患者有支气管扩张症，痰培养铜绿假单胞菌(+++)，结合药敏更改莫西沙星为异帕米星；比阿陪南继续使用。行超声引导下左侧胸腔积液穿刺置管闭式引流术引流胸水。患者胸痛缓解，咳嗽咳痰逐渐减少，精神状况好转，胃纳睡眠改善，白细胞、中性粒细胞百分比、C反应蛋白、降钙素原等炎症指标恢复正常，复查胸部CT左下肺炎症明显吸收，好转出院。

2 讨论

微小微单胞菌是一种主要存在于口腔黏膜的条件致病菌，其直径约0.3-0.7 μm，成对或链状排列。在体外实验中，其可以与牙龈卟啉单胞菌形成网状结构，与梭杆菌结合形成玉米棒状结构[10]。其主要引起口腔感染，但特定条件下也会导致全身其他系统的感染。微小微单胞菌具有广泛的肽酶活性，可以代谢血清糖蛋白，产生氨基酸和多肽。其细胞壁成分可以刺激人类巨噬细胞释放一系列细胞因子，包括TNF-α、IL-1β、IL-6等。Yoshioka等研究发现[11]，当微小微单胞菌与伴放线嗜血杆菌内毒素结合以后，巨噬细胞释放的TNF-α可以增加48倍；因此，微小微单胞菌可以通过刺激巨噬细胞释放炎症介质或参与炎症反应。微小微单胞菌药敏试验提示[12]，其对青霉素，阿莫西林克拉维酸，碳青霉烯类，左氧氟沙星，克林霉素，强力霉素，万古霉素和甲硝唑敏感。同时，Ozok等研究发现[13]，微小微单胞菌可与具核梭杆菌组成双菌种生物膜，从而具有更强的抗药性。

微小微单胞菌通过常规的检测方法难于鉴别，但是随着MALDI-TOF MS和16S rRNA基因测序的应用，其检出率逐渐增加[14]。NGS检测方法不依赖于传统的微生物培养技术，通过被检测临床样本的DNA(RNA)与数据库进行比对分析，获得疑似致病菌和共生细菌的种属信息以及所携带的耐药和毒力基因信息，能够客观、快速地检测出临床样本中的疑似致病微生物。在我们分享的病例中，我们通过常规的细菌涂片和培养均未发现微小微单胞菌感染，经验性用药治疗对患者效果不佳，后通过支气管镜行支气管肺泡灌洗，直接从病灶中灌洗出标本送检，NGS检测到患者肺泡灌洗液中微小微单胞菌相对丰度约73.5%，明确是患者肺炎致病菌，及时调整抗生素，行胸腔置管引流，患者好转。Tsuyoshi等[14]的一项单臂研究发现，微小微单胞菌感染的患者大多是老年患者，合并有恶性肿瘤和糖尿病等疾病，感染多是在社区获得(23/25，92%)，大部分有发热症状(23/25，92%)，在其研究中咽喉部和胃肠道是微小小单胞菌最可能的细菌来源。在我们分享的病例中，患者入院前曾有龋齿和呛咳史，考虑患者微小微单胞菌肺炎感染与其牙周炎密切相关。

由于微小微单胞菌引起的感染性疾病的报道较少，我们通过文献检索，英文使用“Parvimonas micra”、“Peptostreptococcus micros”和“bacteremia”or “Infection”在pubmed数据库中检索了1980年1月1日至2020年12月1日发表的文章。中文使用“微小小单胞菌”、“微小微单胞菌”、“微小消化链球菌”等在中国知网、万方数据库中检索了1980年1月1日至2020年12月1日发表的文章。通过阅读标题、摘要或者全文方法，对文献中患者是否由微小微单胞菌引起感染进行甄别，并对所有文献进行全文阅读，以确保无重复文献。最终筛选出英文文献27篇[3-7,15-36]，中文文献4篇[8-9,37-38]，纳入文献患者的临床特征见表1。在纳入文献中，微小小单胞菌常导致椎间盘感染、口咽部感染、心内膜炎、腹腔内感染、肺部感染、胃肠道感染。其中8名患者有多重细菌感染，多重感染细菌包括：梭形杆菌、普雷沃氏菌、脆弱拟杆菌、吉氏拟杆菌、痤疮丙酸杆菌、化脓隐秘杆菌、核梭杆菌。同时文献报道病例中，微小微单胞菌感染具有良好的预后(30天死亡率，1/31，3.2%)。微小微单胞菌主要是口腔相关感染性疾病的致病菌，其引起的全身其他系统感染的报道较少，同时由于常规细菌检测难以鉴别微小微单胞菌，容易耽误微小微单胞菌相关感染性疾病的诊治。肺炎患者支气管肺泡灌洗液进行NGS检测是判别感染病原体的一项有效措施，对于怀疑厌氧菌感染接诊病人时应了解其口腔相关疾病，警惕微小小单胞菌相关感染，在常规细菌检测阴性时，经验性抗感染病情进展时可以考虑使用NGS进行检测，以便尽早做出正确的诊疗方案。

表1 文献中微小小单胞菌感染患者的临床特征