房树志,房远
中国人民解放军第264医院,山西 太原 030001
RNA家族可分为编码RNA和非编码RNA两大类,而其中非编码RNA包括长链非编码RNA(lncRNA)、核 糖 体 RNA(rRNA)、转 运 RNA(tRNA)、核小RNA(snRNA)及微小RNA(miRNA)等。有一类特殊的非编码RNA,不存在5′和3′端,呈闭合环状结构,这就是环状RNA(circular RNA,circRNA)[1]。20世纪 70年代,环状 RNA 在病毒中首次被发现,随后在真核细胞中也发现环状RNA的存在,但由于技术水平限制,环状RNA被认为是垃圾分子、“暗物质”[2]。随着科学技术的发展,尤其是二代测序技术的应用,人们发现环状RNA在真核细胞中广泛存在,并具有一定的生物学功能。
由于其特殊的环状结构,环状RNA不具有5′端帽子结构和3′端polyA尾,不易被核酸外切酶RNaseR降解,与其他非编码RNA相比可以更稳定地存在[1,3]。大部分环状RNA由外显子形成,少数来源于内含子或内含子片段,然而同一个基因序列既可以转录成线性RNA,又可以转录成环状RNA。大部分环状RNA定位于细胞质中,少数定位于细胞核内,具有很强的组织、时序和疾病特异性[1,4]。如ciRS-7在脑组织中高表达,而在其他组织中表达量很低。多数环状RNA为高度保守序列,仅有少数在进化上不保守[5]。
多数环状RNA能在转录或转录后水平发挥调控作用,少数只能在转录水平发挥作用[1]。环状RNA可以充当miRNA分子海绵,与miRNA相互作用。2014年,发表在《Nature》上的一篇文章首次证实了环状RNA具有特异性结合miRNA的功 能[2]。 环 状 miRNA ciRS-7(circularRNA sponge for miR-7)上有超过70个miR-7的结合位点;进一步功能研究发现ciRS-7能够强烈抑制miR-7的活性,进而激活miR-7的下游基因;并且,还发现环状RNA SRY-9可以作为miR-138的分子海绵[6]。这表明环状RNA作为miRNA的分子海绵可能是一个普遍现象。此外,环状RNA还可以通过竞争性调控经典RNA剪接、与snRNA或RNA合成酶Ⅱ相互作用等功能,参与转录及转录后调控[7-8]。
研究显示,在多种癌症组织与癌旁正常组织中,环状RNA的表达存在差异,说明环状RNA可作为新兴肿瘤生物标志物,并可能参与肿瘤发生发展过程中的基因调控。
Fu等[9]采用高通量测序技术获得环状RNA在肝细胞癌中的表达谱,并通过q-PCR技术证实环状RNA hsa_circ_0004018在肝细胞癌中的表达量明显低于癌旁正常组织;并且,hsa_circ_0004018的低表达与一些临床指标存在相关性,如血浆AFP、肿瘤直径、分化和TNM分期等;更为重要的是,从肝炎组织到肝硬化组织再到肝癌组织,hsa_circ_0004018的表达量呈梯度降低,在肝癌组织中的表达量明显低于前两者,说明hsa_circ_0004018存在肝细胞癌阶段特异性表达特征。
Li等[10]通过对比101对胃癌组织与癌旁正常组织中环状RNA水平,发现hsa_circ_002059的表达量在胃癌组织中明显降低(P<0.001)。在36对术前术后胃癌患者血浆中,环状RNA hsa_circ_002059的表达水平也明显不同,ROC曲线下面积可达到0.73。更重要的是,hsa_circ_002059的表达与胃癌关键临床指标有很强的相关性,如远处转移(P=0.036)和TNM分级(P=0.042)。因此,Li等指出环状RNA has_circ_002059可作为一种新型的稳定的生物标志物,并在胃癌的临床诊断中得到应用。
Xuan[11]通过基因芯片分析技术,对比了4对食管鳞状细胞癌组织及癌旁正常组织中环状RNA的表达,发现在698个被检测到的环状RNA中,302个在癌症组织中呈上调趋势,396个在癌组织中呈下调趋势。随后,作者通过qRT-PCR技术进一步检测明显上调的环状RNA hsa_circ_100855,结果显示hsa_circ_100855在癌症组织与癌旁正常组织中的表达存在明显差异,并且在TNM 3~4期和颈淋巴结转移或分化差的病人中的表达量更高,说明hsa_circ_100855可以作为预测、诊断食管鳞状上皮癌生物标志物。
三期胃癌根治性术后常有复发,因此Zhang等[12]希望通过研究环状RNA这种新型的生物标志物,预测三期胃癌根治术后的复发情况。作者从3071个环状RNA中挑选46个在胃癌组织和癌旁正常组织中存在差异的环状RNA,其中8个在复发病人癌灶和癌旁正常组织中存在明显差异。在随后的队列研究中,通过单因素及多因素cox回归分析,发现4个环状RNA,即hsa_circ_101308、hsa_circ_104423、hsa_circ_104916、hsa_circ_100269的表达差异最为明显。作者依据此4个环状RNA,将胃癌病人分为高危组和低危组。在测试队列和验证队列中,高危组术后复发率明显高于低危组。因此,作者认为以这4个环状RNA为基础建立的分类方法,对于三期胃癌术后复发的早期预测有一定的指导意义。
环状RNA可以作为分子海绵结合miRNA,从而在转录后水平调节基因的表达,参与癌症的发生发展。
Li等[13]证实circ-ITCH作为miRNA分子海绵,具有多个miRNA结合位点,包括miR-7结合位点、miR-17结合位点和miR-214结合位点等。并且,这些miRNA常常与癌症有关,如miR-7表达水平的升高与食管鳞状上皮癌相关,miR-17可以作为诊断食管鳞状上皮癌的生物标志物,miR-214在卵巢癌和胃癌中表达升高,miR-216b在鼻咽癌发生中起抑制作用。此外,circ-ITCH可提高ITCH的水平,激发泛素介导的磷酸化Dvl2降解,从而抑制在癌症中发挥重要作用的Wnt/βcatenin通路。致癌基因c-Myc是Wnt信号通路的下游靶点,作者证实环状RNA circ-ITCH可以影响c-Myc的表达。
Xie[14]等发现,环状RNA circ_001569虽然不能影响miR-145的表达,但可影响其转录,从而提高miR-145下游靶点(E2F5、BAG4、FMNL2)的表达水平。E2F5、BAG4、FMNL2在结直肠癌癌组织中高表达,并在结直肠癌的发生发展中起重要作用。这些靶点通过抑制细胞周期停滞及细胞凋亡,从而至少部分上促进结直肠癌癌细胞的生长,并可以提高结直肠癌癌细胞的侵袭能力。
Zhong等[15]通过基因芯片技术,发现环状RNA circTCF25在膀胱癌中的表达与癌旁组织存在明显差异。并且circTCF25可成为miR-103a-3p、miR-107的分子海绵,而 miR-103a-3p、miR-107与13个增殖、转移及侵袭相关的靶点功能上调有关。随后,作者证实circTCF25的过表达能够下调miR-103a-3p及miR-107,提高CDK6表达,从而促进体内、外癌细胞的增殖和转移。此研究为探讨环状RNA在膀胱癌中的作用打下了基础。
Zhang等[16]发现,hsa_circ_100269在胃癌组织中的表达量明显降低(P<0.01)。随后,作者通过使用Target-Scan和miRanda预测到miRNA-630可与hsa_circ_100269结合,并发现miR-630在胃癌组织中高表达(P=0.006),与hsa_circ_100269的表达量明显负相关(r=-0.688)。Zhang等通过双萤光素酶报告系统证实miR-630是hsa_circ_100269作用的直接靶点。并且,在hsa_circ_100269表达的细胞中,miR-630表达量降低,胃癌细胞的增殖受到抑制。说明环状RNA hsa_circ_100269可通过与mi630相互作用,参与胃癌的发生发展。为环状RNA参与疾病过程机制提供了新思路。
目前,环状RNA的研究仍处于起步阶段,而癌症是一种复杂疾病,其发生发展与多种因素相关。现阶段研究表明环状RNA具有成为癌症生物标志物的潜能,并参与癌症调控。更加深入的机制研究可为癌症的诊断与治疗打开新局面。
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