针对疾病蛋白靶点设计药物分子,符合精准医学的原理,对于成千上万个药物分子来说,使用实体的药物进行测试需要耗费大量的财力和人力,使用虚拟筛选的技术可以大大提高药物发现的效率。互联网上有很多空闲的计算资源,这些计算资源可以通过网络进行连接并可以实施药物虚拟筛选的任务,IPv6提供了安全、可靠和稳定的网络计算环境,从而可以充分、高效的利用网络上的空闲资源进行药物虚拟筛选,大大降低药物发现的成本。
在2017年第三届下一代互联网技术创新大赛中,兰州大学基础医学院和网络安全与信息化办公室高性能计算中心提交的参赛作品“基于IPv6网络的药物虚拟筛选系统”,在全国决赛中获得了三等奖,该参赛作品基于JPPF的运行环境为药物的网络虚拟筛选提供了解决方案。
本刊对该团队成员进行了采访,让他们为我们介绍了该项目的基本情况和未来发展方向。
白启峰:目前我们团队人员有6人,整个项目依托于兰州大学基础医学院和网络安全与信息化办公室高性能计算中心。世界上已经建立了很多药物数据库,如著名的ZINC药物数据库,它其中包含了>3500万个用于虚拟筛选的药物分子,而PubChem数据库包含了>9000万个化合物,很多药物分子有待于进一步研究和开发。目前这些数据库形成了药物大数据,如何在药物大数据中找到靶向某一种疾病(如糖尿病)的药物是我们项目努力的方向。我们研究团队设计了MolGridCal这款程序,通过IPv4和IPv6将药物的虚拟筛选任务分配到网络空闲计算资源上,并根据网络的传输速度和计算机的运算能力动态分配虚拟筛选任务,从而充分利用计算资源,完成针对疾病靶点的药物筛选任务。
白启峰:今后,将进一步研究药物数据在网络传输上的加密,使得整个药物筛选系统在IPv6网络上更加稳定、安全的运行;同时能够让这个项目兼容其他药物设计软件,如UCSF Dock、Schrödinger和Molecular Operating Environment等,能够一次处理更大规模的数据。
白启峰:目前来说,医疗的某些领域越来越依赖于网络,尤其需要IPv6提供安全稳定的网络环境,比如:智慧医疗、智能穿戴、远程会诊和人工智能医疗等。这些医疗服务需要实时监控和分析诊断病人的健康状况,这个动态实时的过程对网络的要求很高;另外还有结合IPv6的数字化医疗设备、无线传感网络在医学领域也会有巨大的发展空间。
白启峰:由于传统的IPv4协议属于“尽力而为”,在网络传输的QoS上存在很多的问题,如延时、抖动、丢包等等。在医疗行业,远程医疗、远程诊断、远程护理、远程教育、远程医疗信息处理等等都需要足够的带宽来保证这些数据的传输。所以这些应用都可以在下一代互联网中部署。去年腾讯公司医疗领域的产品“腾讯觅影”落户在河北省很多医院,这是人工智能与医疗产品实现上的重大突破,这个产品就需要IPv6网络的保障。