BHV—1 gE基因编码氨基酸序列生物信息学

林妙顺+陈成果+黄淑玲

摘 要 牛疱疹病毒Ⅰ型（ bovine herpesvirus-1，BHV-1）是牛的一种重要病原，可引起牛严重的呼吸道感染、结膜炎、脑炎、产奶量下降、子宫炎、肠炎、传染性脓疱性外阴阴道炎和流产等。以GenBank中编号为U06934.1的BHV-1 gE基因为材料分析其生物信息学，以预测其蛋白主要抗原表位，有助于建立相应的实验模型。

关键词 BHV-1 gE基因；生物信息学分析；抗原表位

中图分类号：Q517 文献标志码：A 文章编号：1673-890X（2014）21--02

1 材料与方法

1.1 BHV-1 gE编码蛋白氨基酸序列

以GenBank中编号为U06934.1的Bovine Herpesvirus 1 （type 1.1） FM glycoprotein gE，complete cds基因为材料。

1.2 gE的跨膜区预测

采用DAS服务器（Cserzo M. et al，1997）（http：//www.sbc.su.se/miklos/DAS/），将氨基酸序列输入工作区预测跨膜区。

1.3 gE蛋白二级结构预测

用SOPMA服务器（Geourjon，C. et al，1995）（http：//npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl？page=npsa_sopma.html）预测gE蛋白的二级结构。

1.4 gE蛋白亲水性、可及性、极性及柔韧性参数预测

采用Hopp&Woods亲水性参数（Hopp TP et al，1981）、Janin可及性参数（Jaint，1979）、Zimmerman极性参数（Zimmerman JM et al，1968）及柔韧性参数预测（http：//www.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl）。

1.5 gE蛋白抗原位点的预测

采用Antigenic Propensity服务器（Kolaskar AS et al.，FEBS，276，172 1990）（http：//www.imtech.res.in/raghava/bcepred/bcepred_submission.htm（l）预测其抗原位点。

2 结果

2.1 gE蛋白的跨膜区预测

采用DAS服务器gE分析，gE蛋白跨膜域位置跨膜区位于14-23、360-363、423-444残基位置之间。

2.2 gE蛋白二级结构预测

二级结构上α-螺旋 （Hh） 106 个占18.43%、伸张结构（β-片层）（Ee）119个占20.70%、β-转角（Tt） 16 个占2.78%、无规卷曲 （Cc） 334个占58.09%，β-转角趋向于突出到蛋白表面，在多肽及蛋白中易作识别位点。

2.3 gE蛋白亲水性、可及性、极性及柔韧性参数预测

采用Janin可及性参数、Zimmerman极性参数、Hopp&Woods亲水性参数对gE蛋白预测，gE蛋白 Janin可及性参数在第427-440个残基达到最大值，gE蛋白 Hopp&Woods亲水性参数422～430个残基达到最大值

2.4 gE蛋白抗原位点的预测

采用Antigenic Propensity服务器预测gE蛋白抗原位点结果如下（下划线区域都是该蛋白质的潜在抗原表位）。

1MQPTAPPRRRLLPLLLPQLLLFGLMAEAKPATETPGSASVDTVFTARAGAPVFLPGPAARPDVRAVRGWSVLAGACSPPVPEPVCLDDRECFTDVALDAACLRTARVAPLAIAELAERPDSTGDKEFVLADPHVSAQLGRNATGVLIAAAAEEDGGVYFLYDRLIGDAGDEETQLALTLQVATAGAQGAARDEEREPATGPTPGPPPHRTTTRAPPRRHGARFRVLPYHSHVYTPGDSFLLSVRLQSEFFDEAPFSASIDWYFLRTAGDCALIRIYETCIFHPEAPACLHPADAQCSFASPYRSETVYSRLYEQCRPDPAGRWPHECEGAAYAAPVAHLRPANNSVDLVFDDAPAAASGLYVFVLQYNGHVEAWDYSLVVTSDRLVRAVTDHTRPEAAAADAPEPGPPLTSEPAGAPTGPAPWLVVLVGALGLAGLVGIAALAVRVCARRASQKRTYDILNPFGPVYTSLPTNEPLDVVVPVSDDEFSLDEDSFVDDDSDDDGPASNPPADAYDLAGAPEPTSGFARAPANGTRSSRSGFKVWFRDPLEDDAAPARTPAAPDYTVVAARLKSILR575

2.5 综合分析

将各种参数和方法预测的可能有抗原表位的肽段综合分析，从表中可以发现，应用不同的预测方法，其预测的抗原表位的个数和抗原表位可能出现的肽段有所不同，其中在第427个氨基酸序列片段达到最大值，但氨基酸序列片段420至480则显示多种预测方法基本一致，具有较好的亲水性、可及性、极性及柔韧性，gE基因分子以β-转角（2.78%）出现的区域较少，α-螺旋（18.43%）较多蛋白结构比较稳定。因此，B细胞表位可能在此两片段或它们附近。

3 结语

牛传染性鼻气管炎（Infectious bovine rhinotracheitis，IBR）是由牛传染性鼻气管炎病毒（ IBRV） 引起牛的一种急性、热性、接触性传染病，以高热、呼吸困难、鼻炎、鼻窦炎和上呼吸道炎症为主要特征。又称牛疱疹病毒Ⅰ型（ bovine herpesvirus-1，BHV-1），IBRV属于疱疹病毒科（Herpesviridae）、疱疹病毒甲亚科（Alphaherpesvirinae），水痘病毒属（Varicellovirus），是牛的一种重要病原。

在机体内，疏水性残基一般埋在蛋白内部，而亲水性残基位于表面，因此蛋白的亲水部位与蛋白的抗原位点有密切的联系，最高亲水性区域常位于抗原决定簇内部或其附近。根据亲水性参数、可及性参数、柔韧性参数以及二级结构预测等综合考虑，BHV-1病毒的抗原表位大部分位于氨基酸残基420-480等区域内或其附近。

本实验通过对BHV-1 gE基因的氨基酸序列生物学分析，为下一步实验的开展奠定了良好的基础。

（责任编辑：赵中正）endprint