高通量测序诊断鹦鹉热衣原体肺炎六例并文献复习

任阳 沈一丹 王梅 王雷 李锋，2

鹦鹉热衣原体是一种胞内寄生的革兰阴性病原体，生物学特性介于细菌与病毒之间，也是一种动物传染性细菌，具有宿主广泛和传播途径复杂等特点[1]。其在全球许多国家和地区都有发现，鸟类、家禽、家畜及野生动物均可感染，经气溶胶吸入或密切接触可发生人畜传染，具有很强致病性，临床症状多样，不具有特异性。病原菌经肺吸入后，首先入血在肝脾单核巨噬细胞系统内增殖，再血行播散至全身器官，表现为肺、肝、脾、肾脏及中枢神经系统累及，可引起非典型性肺炎、败血症、心内膜炎和脑膜炎等[2]，临床症状变异较大，可以长期无症状，或以肺部受累为主要表现。肺部受累有时也可仅表现为不明原因发热，更甚者出现呼吸窘迫和呼吸衰竭，因而临床快速确诊对指导治疗具有重要意义。

目前，鹦鹉热衣原体检测方法有以下几种：病原分离鉴定、免疫荧光法、间接血凝抑制试验、补体结合试验、酶联免疫吸附试验、常规PCR，以及荧光定量PCR等[3]。高通量测序(high-throughput sequencing)又名下一代测序(next generation sequencing，NGS)，是一种新型的微生物检测技术，具有通量高和成本低的特点。其通过序列比对能够快速、准确地鉴定出微生物种属特点，广泛应用于宏基因组检测未知病原的研究领域[4]。笔者对6例鹦鹉热衣原体肺炎患者肺泡灌洗液送检NGS，以快速诊断，并为临床抗感染治疗提供了明确方向，最终患者均获得良好转归，现报道如下。

临床资料

一、病史资料

例1患者，男，60岁，因“间断发热3 d”于2020年12月30日收治入院。患者3 d前受凉后出现咳嗽、咳痰，病程初期主要表现为白痰，体温最高38.5 ℃。外院予以对症治疗(具体用药不详)，症状不能缓解，进一步加重，表现为咳黄痰，量多，伴活动耐量下降、喘息、气短，体温达39 ℃，发热时伴肌肉酸痛，遂于我院门诊就诊。胸部CT扫描提示右肺大片渗出斑片影，白细胞计数、C反应蛋白(C-reactive protein，CRP)、降钙素原(procalcitonin，PCT)明显升高。起病以来，患者精神略差，胃纳略差。入院后积极完善支气管镜检查，肺泡灌洗液行宏基因组二代测序(mNGS)，先后使用利奈唑胺、莫西沙星、替加环素、多西环素抗感染治疗2周，症状缓解；复查胸部CT扫描，显示肺部病灶较前吸收好转。

例2患者，男，42岁，因“反复发热1周，咳嗽咳痰4 d”于2021年1月11日收治入院。患者1周前无明显诱因出现发热，体温最高39.8 ℃，伴畏寒，4 d前出现咳嗽、咳痰，黄色黏痰，伴头痛、流涕，无明显胸闷气急。于外院予莫西沙星联合头孢米诺抗感染，奥司他韦抗病毒及化痰等对症治疗。患者于2021年1月11日凌晨3时出现头痛，后出现烦躁，意识障碍，急行头颅MRI未见明显异常。后患者意识转清，对答切题。复查炎症指标较前降低，胸部CT扫描显示左下肺炎症较前加重，左侧胸腔积液较前增多；入院后征得家属及患者本人同意排除禁忌后积极完善支气管镜检查，肺泡灌洗液行mNGS，继续予以莫西沙星抗感染治疗10 d，症状缓解；复查胸部CT扫描，显示肺部病灶较前吸收好转。

例3患者，男，69岁，因“发热、咳嗽1周”于2020年12月 2日收治入院。患者1周前无明确诱因出现畏寒、发热，体温高达39.8 ℃，伴有咳嗽，咳痰，痰少不易咳出；有恶心，呕吐胃内容物。于外院行胸部CT扫描，提示左肺炎症，给予莫西沙星抗感染治疗后仍有反复发热，出现痰中带血。2020年12月2日于我院复查胸部CT扫描，提示左肺病灶较前增大。起病以来，患者精神略差，胃纳略差，不易入睡，入院后积极完善支气管镜检查，肺泡灌洗液行mNGS，先后予以莫西沙星、比阿培南、阿奇霉素抗感染治疗，症状好转；复查胸部CT扫描，显示肺部病灶较前吸收好转。

例4患者，女，69岁，因“间断发热6 d”于2022年1月9日收治入院。患者6 d前无明显诱因出现发热，伴食欲下降、恶心、厌油，畏寒、寒颤、出汗，伴有乏力，未监测体温，无腹痛腹泻，无明显咳嗽咳痰，未予以重视。病程中患者纳差、乏力症状加重，遂于外院就诊。经查血生化指标存在肝功能异常，遂于我院肝病科进一步诊治。起病以来，患者急性病面容，精神萎靡，呼吸急促，左肺可闻及湿啰音，入院后监测体温达39.5～40.2 ℃，伴畏寒寒颤，炎症指标升高，胸部CT扫描提示肺部感染性病变，遂转至呼吸科继续住院治疗。经积极完善支气管镜检查，肺泡灌洗液行mNGS，先后予以美罗培南、莫西沙星、多西环素抗感染治疗，症状好转；复查胸部CT扫描，显示肺部病灶较前吸收好转。

例5患者，女，56岁，因“反复高热伴咳嗽咳痰2周余”于2021年12月29日收治入院。患者2周前无明显诱因出现发热，体温最高40 ℃，伴咳嗽，咳黄痰，偶有胸闷气促，无胸痛、咯血，无腹痛、腹泻。外院查血常规显示白细胞计数为12.7×109/L、中性粒细胞百分比为86%、CRP为79.4 mg/L；新型冠状病毒核酸检测阴性；胸部CT扫描显示右肺下叶团片状影；考虑肺部感染，予头孢噻肟抗感染及对症支持治疗。2021年12月14日复查胸部CT，显示右肺下叶病灶较前明显增大。2021年12月15日行支气管镜检查，见右下叶气管黏膜炎性改变；肺泡灌洗液mNGS检出鹦鹉热衣原体；改予莫西沙星抗感染治疗。2021年12月24日复查胸部CT，显示左肺上叶及右肺多发感染，较前部分吸收，部分新发。住院期间患者反复高热伴咳嗽，咳黄痰，无明显缓解。2021年12月27日加用亚胺培南-西司他丁抗感染治疗，效果欠佳，遂于我院进一步诊治。起病以来，患者精神萎靡，纳差，乏力，入院经积极完善支气管镜检查，肺泡灌洗液行mNGS，先后予以高流量吸氧，以及美罗培南、莫西沙星、多西环素、伏立康唑抗感染治疗，症状好转；复查胸部CT扫描，显示肺部病灶较前吸收好转。

例6患者，男，63岁，因“反应迟钝伴行走不稳4 d余”于2021年12月27日收治入院。患者4 d前无明显诱因出现反应迟钝，答非所问，伴行走不稳，持物不稳，肢体无力；偶有发热，体温39.2 ℃，肢体抖动，头晕不适；言语较少，不爱活动，食欲较差，夜间睡眠较差，梦魇明显；无黑蒙晕厥，无言语含糊，无饮水呛咳，无肢体麻木，症状持续未见好转，遂于我院神经内科门诊就诊。起病以来，患者精神萎靡，呼吸急促，嗜睡。入院后患者仍有发热，体温高达40.2 ℃，心率波动在110～120次/min，呼吸频率为20～28次/min；血气分析提示氧合指数下降达急性呼吸窘迫综合征，符合全身炎症反应综合征表现；完善胸部CT扫描，提示肺部感染性病变；遂转至呼吸科进一步治疗。经完善支气管镜检查，肺泡灌洗液行mNGS，先后予高流量吸氧，西维来司他钠抗炎，美罗培南和莫西沙星抗感染治疗3周，症状好转；复查胸部CT扫描，显示肺部病灶较前吸收好转。

上述6例患者入院时情况、流行病学史及既往史具体见表1。

表1 六例患者临床特征及治疗转归情况

二、临床检查结果

6例患者中有4例于我院就诊时均已在院外进行广谱抗生素治疗，其中，病例2和病例3症状反复已超过1周，病例5症状反复外院已治疗2周，但仍存在症状缓解不明显、胸部CT扫描显示肺部病灶进展。入院完善流感病毒抗原检测、隐球菌抗原检测、自身抗体谱检测、抗核抗体谱检测、体液免疫检测、结核分枝杆菌涂片及培养、结核感染T细胞检测、血培养、尿培养，均未见明显异常；完善腹部及心脏彩色多普勒超声检查，未见脓肿及心脏赘生物等。6例患者血常规、凝血功能、肝肾功能等检查部分指标结果见表2。5例患者白细胞计数正常，1例患者白细胞计数稍升高，中性粒细胞计数、CRP、PCT、Fg、D-二聚体等指标均有升高，CD4细胞计数有轻度下降。病例1、病例5和病例6气短症状明显，据血气分析计算氧合指数有所下降，遂予以高流量改善氧合指数。

表2 六例患者实验室相关检查结果

三、肺泡灌洗液mNGS结果

6例患者行支气管镜检查，肺泡灌洗液(送至南京诺微因生物)行mNGS，结果回报均为鹦鹉热衣原体(表3)。病例1、病例2和病例3虽然序列数不高，考虑到NGS对于胞内菌和后壁微生物检出率低，以及NGS检测存在较高敏感度及特异度，同时结合临床症状及影像学表现，需要考虑其为致病病原体可能。

表3 六例患者肺泡灌洗液行宏基因组二代测序结果

四、胸部CT影像学表现

鹦鹉热衣原体肺炎与衣原体肺炎影像学有相似之处，胸部CT扫描常表现为单侧病变，轻者以磨玻璃影为主，重者可出现大片实变，多叶段表现；可见支气管充气征及囊性改变，也可合并少许胸腔积液；有部分病例出现粟粒样播散灶及引流区域淋巴结肿大等表现；病灶恢复期可出现纤维条索影等。鹦鹉热衣原体肺炎影像学表现虽无明显特异性，但仍有一些特点，比如：实变趋向于肺野外侧(靠近胸膜)更严重；胸腔积液量一般较少；即使是危重症也极少出现空洞。典型影像学表现见图1～6。

图1～6 鹦鹉热衣原体肺炎患者发病时及治疗2周后胸部CT扫描影像学表现。图1为60岁男性患者，因“间断发热3 d”收治入院，胸部CT扫描可见右肺大片渗出斑片影。图2为56岁女性患者，因“反复高热伴咳嗽咳痰2周余”收治入院，胸部CT扫描可见左肺上叶及右肺多发感染。 图3为63岁男性患者，因“反应迟钝伴行走不稳4 d余”收治入院，胸部CT扫描可见两肺上叶及左肺下叶弥漫感染， 双侧少量新发胸腔积液。 图4为图1患者，经治疗2周后，胸部CT扫描可见右肺多发炎症，双侧少量胸腔积液，较前稍好转。图5为图2患者，经治疗2周后，胸部CT扫描可见两肺多发感染，纵隔多发稍大淋巴结，对比前片病灶部分吸收。图6为图3患者，经治疗2周后，胸部CT扫描可见两肺上叶及左肺下叶弥漫感染，双侧少量胸腔积液，较前好转

五、治疗转归及随访

6例患者起病后先后使用多种广谱抗生素抗感染治疗，患者在mNGS结果回报后均调整使用大环内酯类抗生素继续抗感染治疗。治疗14 d后复查胸部CT扫描，均显示肺部病灶明显好转，转归良好。后期随访过程中未出现复发病例。病例4、病例5、病例6针对肺部病变，行肺组织穿刺活检术，病理检查提示慢性炎症，为均一的间质性纤维化，符合慢性非特异性间质性肺炎，其中，病例6后续继续予以糖皮质激素治疗，其他患者复查胸部CT扫描，显示好转后终止相关治疗。

讨 论

鹦鹉热衣原体肺炎属于社区获得性肺炎的一种，通过呼吸道衣原体感染主要侵入上皮细胞、分泌多种细胞因子和趋化因子诱导中性粒细胞、单核细胞、树突状细胞聚集参与免疫应答[5]。其原体在细胞外，有感染性而无代谢活性，在宿主细胞外只能短时存活，网状体在细胞内有代谢活性而无感染性。衣原体可通过原体与网状体间的相互转化延续感染周期，并长期寄生于宿主体内，引起持续性感染。临床表现缺乏特异性，与其他非典型肺炎不易区分，了解患者是否接触过鸟类、家禽也是至关重要的一点。多数患者起病表现为高热、寒颤、干咳，随着病情进展出现活动耐量下降，呼吸困难，常规抗感染治疗效果欠佳。由于衣原体培养要求高，一般实验室难以做到，因此，常规不开展相关检测[6]；同时，又因为常用诊断方法敏感度和特异度的不同，所以鹦鹉热准确的发病率和患病率难以确定。通常发现时患者胸部CT扫描已出现磨玻璃影，更甚者表现为大片实性改变。结合既往大量临床数据研究发现，肺部影像学多数可出现气腔实变、磨玻璃影、网格状影、大片实变、多叶段表现，可见支气管充气征及囊性改变，也可合并少量胸腔积液。有部分病例出现粟粒样播散病灶及引流区域淋巴结肿大等表现，有时多种形态并存，提示本病从细支气管逐步发展到周围肺小叶互相重叠的病理过程；病灶恢复期可出现纤维条索影等。

近年来，鹦鹉热衣原体的诊断需要依靠以下至少1种检测：(1)呼吸道标本分离到鹦鹉热衣原体[7]；(2)补体结合实验或微量免疫荧光法(micro-immunofluorescence，MIF)检测双份血清抗体滴度增加4倍或以上；MIF法检测到鹦鹉热衣原体的IgM≥1∶16[8]；(3)mNGS不依赖传统的微生物培养，直接对临床样本中核酸进行高通量测序[9]，再与数据库鹦鹉热衣原体常见15种基因型，包括A-G、WC、E/B、M56、MatⅠ16、CPX0308、6N、1V、Daruma-1981和R54型等，进行比对分析，能更快速、客观检测样本的病原微生物，且无须特异性扩增，尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断。考虑到NGS对于胞内菌和厚壁微生物检出率低，因此，NGS中该类微生物即使序列数不高，也要考虑为致病病原体的可能，尤其是当样本类型为外周血和支气管肺泡灌洗液等无菌体液时[10]。鹦鹉热衣原体肺炎存在一定的检测局限性，临床表现各异、无明显特异性，早期治疗效果通常较差；若能在疾病早期明确病原学依据，对早期治疗提供有意义的治疗策略，对改善患者疾病预后及缩短病程有一定的意义。近年来，依靠NGS明确病原学为临床诊断及治疗提供依据尤为重要。

鹦鹉热衣原体感染治疗主要基于细胞内活性、药代动力学及临床试验的证据。目前认为鹦鹉热衣原体肺炎治疗的一线药物选择为四环素类药物，国内尚无关于鹦鹉热衣原体体外药物敏感性试验的数据，根据临床分离出的沙眼衣原体及肺炎衣原体的相关数据，提示目前从生殖系统样本分离出的沙眼衣原体对四环素类药物耐药率较高，从呼吸道样本分离出的肺炎衣原体对大环内酯类药物耐药率较高[11]。因此，临床多选用氟喹诺酮类药物。临床上药物治疗起效较慢，发热等症状一般需48～72 h方可控制，重症患者的疗程可延长至10～14 d，短于该疗程可能导致复发。

鹦鹉热衣原体肺炎为鹦鹉热衣原体引起的急性传染性疾病，临床不常见，有接触鸟类病史和广谱抗生素治疗肺部病灶不吸收的特点，在新型冠状病毒肺炎大流行期间如出现聚集病例，也应与其进行鉴别。首先，鹦鹉热可能会在人与人之间传播，但很少见，大多为环境致病，其许多检查结果与新型冠状病毒肺炎患者相似，存在肺部磨玻璃影、短期可出现大量渗出、肺部实性改变，均可进展为重症肺炎。值得注意的是，有研究报道鹦鹉热衣原体肺炎患者的外周血淋巴细胞计数和百分比始终在参考范围内，没有低淋巴细胞血症，不同于新型冠状病毒肺炎常见的下降，这在临床鉴别诊断中具有重要价值[12]。

本次报道的6例患者均出现非特异性症状(如高热、咳嗽、不同程度的气促)，外院广谱抗生素治疗症状不缓解，影像学表现进一步进展；临床生化指标中基本都有白细胞计数及PCT大致正常，淋巴细胞和CD4+T淋巴细胞计数下降，患者的免疫受损状态进一步加速了病情进展，CRP明显升高，同时存在半数以上患者有肝功能损伤，以及低钠、低钾、低钙等电解质紊乱情况，需要注意有些病例有肺外脏器受损表现。其中，病例2及病例3均有鸟类接触史，病例2种植果园，地面有大量的鸟类粪便，病例3家中饲养鸽子。鹦鹉热衣原体的天然宿主主要是鸟类，尤其是鹦鹉和鸽子等，结合患者的白细胞计数不高及CRP明显升高，影像学的实变等特点，需要高度怀疑鹦鹉热衣原体肺炎可能，最终通过肺泡灌洗液行mNGS明确病原微生物而得以确诊。同时，6例患者均使用过莫西沙星。病例1当体温及症状出现好转后，影像学表现反而出现明显进展，为安全起见，更换了抗感染药物。病例2及病例3于院外均已使用过莫西沙星，疗效不好前来就诊，当通过mNGS确诊后再次使用莫西沙星治疗。病例2和病例6以神经系统表现为首发症状，病原体直接侵犯中枢神经系统，自身免疫功能紊乱，其自身免疫功能紊乱可能参与了中枢神经系统病变过程，目前发病机制不明确[13]；经抗感染治疗有效后神经系统症状得到可逆性改善。病例1、病例5及病例6在此次感染过程中出现重症肺炎表现，氧合指数下降，予以高流量吸氧改善氧合指数，在予以莫西沙星抗感染治疗的同时，血PCT升高，需警惕合并其他病原体感染的可能，遂经验性加用碳青霉烯类药物治疗，待肺泡灌洗液mNGS结果回报明确诊断为鹦鹉热衣原体肺炎后停用碳青霉烯类，但继续多西环素联合莫西沙星抗感染治疗。病例5为院外广谱抗感染治疗2周，但症状缓解不明显再次于我院就诊。起初予以莫西沙星等广谱抗生素抗感染治疗效果欠佳，疾病发展至重症肺炎，氧合指数下降，病程中复查患者胸部CT，发现患者存在两侧肺部感染性病变，这一点与常见鹦鹉热衣原体肺炎肺部影像学表现有所不同，但经多西环素联合莫西沙星继续抗感染治疗后肺部病灶均较前吸收。在诊治过程中，病例4、病例5及病例6分别行CT引导下肺穿刺活检术，病理结果回报考虑非特异性间质性肺炎，遂考虑感染后机化性肺炎。病例6肺部影像学显示吸收不理想，遂院外继续予以糖皮质激素口服治疗；病例4和病例5未做特殊干预治疗。本次报道的6例患者最终均取得了较好的治疗效果，但如何评价病程中的影像学变化及药物治疗的作用需进一步探索，同时，需警惕疾病进展为重症及多脏器功能障碍者。早期、及时、足疗程干预非常重要，在患者临床症状改善，但影像学检查显示病灶吸收不理想时可考虑行肺穿刺活检术，以进一步明确病理变化，为下一步治疗提供依据，并对于预后转归判断给出提示。

利益冲突所有作者均声明不存在利益冲突

作者贡献任阳：采集数据、起草文章；沈一丹：采集数据、分析/解释数据、指导；王梅：分析/解释数据、对文章的知识性内容作批评性审阅；王雷：实施研究、采集数据；李锋：酝酿和设计实验、分析/解释数据、对文章的知识性内容作批评性审阅、获取研究经费、指导、支持性贡献