1例综合征型X连锁智力障碍33型患儿TAF1基因检测分析

贾倩芳，周福军，崔清洋

新乡医学院第一附属医院儿科，河南 卫辉 453100

智力障碍是一种开始于儿童时期的神经发育障碍，以智力低下和适应技能受限为特征，在我国发病率为2%～3%［1］。该病的发生是由环境因素及遗传因素共同作用所致，产妇教育水平低、高龄产妇和贫困等是其重要危险因素；同时，超过50%的智力障碍患者存在基因异常，以染色体畸变最为常见。智力障碍的单基因病病因包括常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传和X 连锁遗传，目前已报道100 多个基因与X 连锁遗传智力障碍有关，如BRWD3、PCDH19、TAF1、EFHC2、OGT 基因等［2］。国内关于TAF1 基因变异所致X 连锁智力障碍尚无报道。本研究回顾性分析1例综合征型X连锁智力障碍33型患儿的临床表型及遗传学特点，以期加强对本病的认识。

1 资料与方法

1.1 临床资料 患儿男，2岁10个月，因“发现言语发育落后半年余”于2020 年9 月8 日就诊。半年前曾于残联接受功能训练和理疗，无明显效果。患儿系第1 胎第1 产，足月剖宫产，出生体质量1.8 kg。父亲体健；母亲有特殊面容（眼距宽、低位耳、招风耳、鼻孔前倾、眉弓突出及塌鼻梁），智力尚可。父母非近亲结婚。

体格检查：身长80 cm，头围43.5 cm，体质量8.0 kg，发育不良。毛发偏黄，双侧眼睛鼻侧斜视，特殊面容（眼距增宽、位低耳、招风耳、鼻孔前倾、长人中、尖下巴），眉毛颜色浅淡，高腭弓，颈软。心肺腹未见异常。吞咽困难，不会坐及走路。

小儿康复科专科检查：①仰卧位：头可居于中线，追视追听欠灵活，双手可居中线位活动，双下肢屈曲；②俯卧位：被动肘支撑，可抬头，时间短；③坐位：半前倾坐；④立位：双下肢可支撑体质量，双膝反张右膝明显；⑤手抓位：上肢取物动作笨拙，意识薄弱，手眼协调，运动能力差。异常姿势：双膝反张，偶有拇指内收；四肢肌力正常，肌张力存在刺激性紧张。关节活动度检查：股角150°，腘窝角150°，足背屈角30°，围巾征不过中线，跟耳征阴性。语言及智力检查：可逗笑，偶尔可笑出声，蒙面试验不可引出，发育商44分。

辅助检查：乳酸、快速血氨、维生素D、肝肾功能、电解质及心肌酶结果未见明显异常；染色体核型分析：46，XY；甲状腺功能指标未见明显异常。头颅MRI：①颅脑发育畸形，胼胝体体部、压部缺如；②局部脑沟、脑回增多；③第三、四脑室及中脑导水管稍扩张；④双侧颞叶边缘部粗大血管影。神经肌肉功能监测：肱二头肌、内收肌表面肌电信号活动尚可。

1.2 基因检测与致病性分析方法 在获得家长知情同意后，采集患儿外周血4 mL 及其父母外周血各2 mL，EDTA 抗凝，送北京智因东方转化医学研究中心行基因检测。提取患儿及其父母基因组DNA，使用Illumina 高通量测序仪和Agilgent 公司的Sure-Select 探针富集体系进行二代基因检测。使用CASAVA1.8.2 软件将原始数据转化为可识别的碱基序列，然后进行Align 分析、SNP 分析和DIP 分析，获得靶向区域变异位点的信息。在人类基因组数据库GenBank中获得TAF1基因变异位点基因序列，在引物设计网站Primer Z（http：//genepipe. ncgm. sinica. edu. tw/primerz/ primerz4. do）设计并合成引物。对变异位点进行PCR 扩增后进行一代测序验证，排除二代测序中假阳性的位点。根据美国医学遗传学与基因组学学会（ACMG）联合美国分子病理学会（AMP）2015 年制定的“基因序列变异的解释标准和指南”进行致病性分析［3］。

2 结果

2.1 基因检测结果 基因测序发现，患儿TAF1 基因第37号外显子上的c.5439delT（编码区第5439号核苷酸缺失碱基T）核苷酸变异，属于半合子变异，该变异导致其编码的蛋白从第1813 位氨基酸开始算起，再翻译52 个氨基酸后终止；且这52 个氨基酸是移码的，序列和原来的序列不同，第53 位是终止密码子（p. Gly1813Glyfs*53），为移码变异。该变异可能导致蛋白质功能受到影响。家系验证结果显示，患儿半合子变异来自母亲，母亲为杂合变异，父亲未发现该基因位点的变异，符合X 连锁隐性遗传规律，见图1。

图1 患儿及其父母TAF1基因c.5439delT变异测序图

2.2 基因致病性结果 c. 5439delT 变异为移码变异，为致病变异（非常强致病性证据，PVS1）；c. 5439delT 变异通过比照千人基因组数据库（1000 Genomes）、人类基因突变数据库（HGMD）未见其收录（中等致病性证据，PM2）。因此c. 5439delT 变异的证据强度为“PVS1+PM2”，判断为可能导致受检者发病的致病性变异。结合患儿临床表型及基因检测分析，诊断TAF1基因c.5439delT变异所致的综合征型X连锁智力障碍33型基本明确。

3 讨论

X 连锁遗传病的发病规律为男性发病率高，而女性则为杂合携带者，一般无症状或症状比较轻。临床观察及家系连锁分析显示，X 连锁智力障碍的遗传异质性很强，目前已报道100 多个基因与X 连锁智力障碍有关。依据临床表现，X 连锁智力障碍可分为综合征型和非综合征型两类，综合征型除了智力低下外，尚有特殊面容、语言缺陷或障碍、先天性小头畸形、发育迟缓、生殖器异常；非综合征型则以认知缺陷为惟一的临床表现。本例患儿的临床表现属于综合征型X连锁智力障碍。

TAF1 基因定位于Xq13.1，基因组全长约99.74 kb，包含38个外显子，编码1872个氨基酸，其主要变异类型为错义变异。TAF1 通过其串联的bromodomain结构域识别组蛋白H4双乙酰化的赖氨酸尾部，结合到核心启动子序列启动转录，参与细胞凋亡诱导和细胞周期调控等多种生理过程［4］。动物实验显示，在斑马鱼动物模型中敲除TAF1 基因可导致视神经顶盖的相对区域减少10%，表明TAF1基因缺陷会导致神经发育障碍［5］。HU 等［6］在两个无血缘关系家系中分离出TAF1 基因错义变异，因此提出将TAF1作为智力障碍的候选基因。

TAF1 蛋白是转录因子ⅡD（TFⅡD）的最大亚基。TFⅡD 是真核细胞中RNA 聚合酶Ⅱ介导的诸多蛋白质编码基因的转录所需的DNA 结合蛋白复合物，在RNA 合成的起始过程中起关键作用。TFⅡD由TATA盒结合蛋白（TBP）和TBP相关因子（TAF）组成，TBP和TAF2基因变异与智力障碍及发育迟缓有关，伴或不伴胼胝体发育不全［7-9］。研究认为，TFⅡD 亚基在遭受破坏时可能在神经退行性疾病和发育迟缓中发挥作用［8，10］。

因目前综合征型X 连锁智力障碍33 型病例报道较少，涉及的基因变异类型包括单碱基替代变异、重复变异、缺失变异、错义变异、插入变异等（www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar）。O＇RAWE 等［5］收集了来自9个无血缘关系家系的14例综合征型X连锁智力障碍33 型患者，在TAF1 基因中发现9 种不同的半合子变异，分别为c.4010T＞C、c.2419T＞C、c.3736C＞T、c. 1514T＞A、c. 3708A＞G、c. 4549A＞C、c. 4355G＞A、c.1786C＞T 及c.2926G＞C，均为错义变异；这些错义变异采用预测软件进行致病性分析，预测结果均为有害；其中6 种变异为新生变异，3 种变异遗传自未罹患该病的母亲。此外，O＇RAWE等［5］还发现1例遗传自母亲大小约0.423 Mb 的微重复变异（包括TAF1 和Xq13.1 的其他基因）及微缺失变异（包括KANSL1 和17q21.31 的其他基因）和1 例大小约0.42 Mb 的新生微重复变异（包括TAF1 和Xq13.1的其他基因）。本例患儿为c.5439delT半合子变异，属于移码变异，与上述文献报道不同，丰富了基因变异谱。

综合征型X 连锁智力障碍33 型的临床表型个体差异较大，O＇RAWE等［5］报道的9个无血缘关系家系的14 例综合征型X 连锁智力障碍33 型患者均为男性，年龄1～16 岁，依据临床表型频率分别为粗大运动发育延迟（100%）、智力障碍（92.9%）、生后生长迟缓（92.9%）、语言发育迟缓（92.9%）、低位耳（85.8%）、肌张力低下（85.8%）、听力损伤（85.8%）、长人中（78.6%）、招风耳（78.6%）、吞咽困难（71.4%）、眶上嵴突出（71.4%）、下斜睑裂（71.4%）、尖下巴（71.4%）、高腭弓（71.4%）、长脸（71.4%）、鼻孔前倾（71.4%）、胼胝体发育不良（71.4%）、小头畸形（71.4%）、自闭症行为（71.4%）、脸颊下垂（64.3%）、斜视（64.3%）、慢性中耳炎（64.3%）及关节伸展过度（57.1%）。本例患儿的临床表型有粗大运动发育延迟（不会坐及走路）、智力障碍（发育商44 分）、生长迟缓、语言发育迟缓、低位耳、听力损伤（追听欠灵活）、长人中、招风耳、吞咽困难、尖下巴、高腭弓、鼻孔前倾、胼胝体发育不良、小头畸形、斜视及关节伸展过度（立位时双膝反张），结合患儿基因检测结果，符合综合征型X 连锁智力障碍33 型的诊断标准。在该家系中，TAF1基因变异在不同世代间存在表现度变异，患儿母亲携带与患儿相同的变异，虽有特殊面容，但智力无异常，考虑与杂合携带者临床表型轻有关。

综合征型X 连锁智力障碍33 型目前尚无特效治疗手段，主要采取对症康复治疗［11］。本例患儿就诊前曾接受功能训练和理疗，但效果差，提示康复治疗效果不肯定。

综上所述，本例综合征型X 连锁智力障碍33 型患儿具有特殊面容、智力障碍、发育迟缓的典型临床表型，结合基因检测结果及患儿家族史等信息，可基本确认c.5439delT 变异位点为患儿的致病性变异。本例患儿为国内首次报道，扩充了综合征型X 连锁智力障碍33型的基因变异谱。