(1)原文中图2为甘氨酸脱氢酶(glycine dehydrogenase,GLDC) 蛋白的Western blot检测图,图中有两个突变体,突变一为无义突变(表达提前终止),突变二为错义突变,在Western blot结果中不应该是大小相同的条带。
(2) 原文中多处有“c.1296C>G(p.Ser419 STer)”写法,其中STer是什么意思?是否正确?
感谢读者对我们文章的关注,并指出文章存在的不足之处。针对读者提出的问题,我们已核实并做出如下回复。
回答(1):经读者问题提醒,我们翻看了预实验的凝胶电泳图(图1),发现考马斯亮蓝染色后,突变一泳道在红色箭头处有一蛋白表达条带,其分子量约为50~70 kDa,现我们推测该条带应为GLDC基因c.1256C>G(p.S419X)无义突变的蛋白表达条带,但由于当时本人对“无义突变导致蛋白翻译提前终止,蛋白分子量减小”这一现象认识不足,在Western blot实验中未对该条带进行后续实验,也未在文章中呈现。
原文中呈现的Western blot图(图2),突变一泳道与pMCV-GLDC对照、突变二泳道蛋白条带大小一致,且颜色深度相似,我们推测c.1256C>G(p.S419X)无义突变生成的截短蛋白对H293T细胞中的野生型GLDC蛋白可能存在负反馈调节,使野生型GLDC蛋白表达量增多,因此产生了原文图中的结果,原文也就按实际实验结果图进行了呈现,但其具体机制尚不明确,有待深入研究。
图1 预实验GLDC蛋白的检测考马斯亮蓝染色后照片 突变一为c.1256(p.S419X),突变二为c3006C>G(p.C1002W),红色箭头所指为一蛋白表达条带,其分子量约为50~70 kDa,推测该条带应为GLDC基因c.1256C>G(p.S419X)无义突变的蛋白表达条带。
图2 GLDC蛋白的检测 突变一为c.1256(p.S419X),突变二为c.3006C>G(p.C1002W)。突变一和突变二的GLDC蛋白表达高于空白对照和空载对照;与pMCV-GLDC对照相比,无明显变化。
回答(2):原文中多次出现的“c.1256C>G(p.Ser419STer)”中的“STer”为书写错误,应更正为“c.1256C>G(p.Ser419Ter)”。
GLDC基因编码体内甘氨酸裂解酶系统(glycinelyase system,GCS)的P蛋白亚基,约70%的非酮性高甘氨酸血症由该基因异常所致。野生型GLDC蛋白含有1 020个氨基酸(NP_000161),分子量大小约为113 kDa,文章中GLDC基因c.1256C>G变异属于无义突变,导致编码的GLDC蛋白提前终止(p.S419X),故产生截短蛋白,大小约45 kDa。因此在细胞实验中,Western blot检测GLDC蛋白表达水平时应注意观察野生型及突变体所在位置。一般构建野生型及突变体表达质粒时应带有Flag或Myc等标签,探讨突变对蛋白表达水平的影响时,利用标签抗体进行检测。
作者提供了考马斯亮蓝染色的PAGE凝胶图片,观察到了截短的GLDC蛋白,并推测了野生型GLDC表达水平升高的原因,解释尚且合理。
关于突变的书写规范,请参考人类基因组变异协会 (Human Genome Variation Society,HGVS)的规则,该规则是目前学术界所公认的突变命名规则。原文中无义突变可表示为p.Ser419Ter或p.Ser419*。