干旱耐受型和敏感型玉米应答干旱的比较转录组学分析

刘春妮，宋明桂，陈思远，邱志旭，马 闯

(西北农林科技大学 生命科学学院 生物信息学中心，农业部西北旱区玉米生物学与遗传育种重点实验室，陕西 杨凌 712100)

作为固着生物，植物的生长与发育常需要应对干旱、涝渍、冷害、寒害、干热风等不良环境胁迫。干旱是影响植物地理分布、农作物产量和品质的主要环境因子之一[1]。玉米是一种主要的农作物，其产量和品质常受到干旱的影响。玉米在生长中期遭遇干旱，易造成花期不遇，结实率降低；在灌浆期遭遇干旱，会使籽粒发育受到抑制，籽粒体积变小，籽粒中蛋白质、脂肪酸、淀粉等成分的含量发生改变[2]。研究玉米响应干旱胁迫的分子机制有助于开拓人们对自然的认识，为创制抗旱耐旱玉米新品种提供理论指导和知识储备。

转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)是近年来快速发展的一项高通量测序技术，一次实验可获得数以百万计的序列片段以及所有基因和转录本的表达水平，已成为解析植物应答干旱、冷害等各类环境胁迫的分子机制的重要技术手段[3-16]。利用干旱敏感型玉米自交系B73为材料，在正常和干旱条件下对不同时期的玉米组织进行转录组测序， Kakumanu等[13]发现，玉米子房部位分生组织较叶有更多的基因应答干旱胁迫；Thatcher等[14]发现选择性剪接(alternative splicing)产生的转录本转换(transcriptional switch,TS)事件是玉米响应干旱胁迫的一种重要方式。利用丰富的干旱相关转录组学数据，Miao等[15]构建了一个B73玉米干旱应答基因的共表达网络，并鉴定出与干旱响应密切相关的基因网络模块。这些以干旱敏感型B73玉米自交系为材料的转录组学研究，为理解玉米应答干旱的分子机制提供了重要信息。近年来，在高粱等物种上的研究表明，干旱敏感型和耐受型两种基因型的组学数据比较可为干旱应答机制的研究提供更多的信息[16]。在玉米中，干旱胁迫条件下对两个亚热带基因型的幼苗进行转录组测序，发现耐旱基因型HKI1532中表达受干旱显著影响的基因数目(1 708)明显多于干旱敏感基因型HKI1532(1 291)[17]。以干旱耐受型Ye8112和敏感型Mo17玉米自交系为研究对象，通过转录组学比较分析找到多个响应干旱的候选基因和代谢通路(植物激素信号转导、氨基酸的生物合成和氮代谢等)[18]。Han21是我国科学家选育出的一个干旱耐受型玉米自交系，在苗期表现出较强的耐旱性[19]。在干旱胁迫下，Han21受影响的N6A RNA甲基化区域较B73更多，Han21的根系发育较B73更加健壮[20]。Jin等[21]利用基因芯片技术开展了干旱耐受型玉米Han21和干旱敏感型玉米Y478应答干旱的转录组学比较分析，但研究对象仅局限于17 555个探针对应的约14 850个转录本。随着玉米参考基因组序列质量的不断提高以及基因注释能力的不断提升，数万条以前遗漏的转录本得以重新注释[22]。截至2020年2月底，国际知名植物基因组数据库Ensembl Plants(https://plants.ensembl.org)[23]已注释出39 498个可编码蛋白质的玉米基因以及对应的131 496个转录本。更加完善的基因注释信息为同时在基因和转录本层面深入挖掘干旱耐受型和敏感性玉米自交系响应干旱的转录组差异提供可能。

本研究利用RNA-Seq技术刻画出干旱敏感型(B73)和耐受型(Han21)玉米自交系在正常和干旱胁迫下的转录组图谱，利用生物信息学方法对来自B73和Han21的转录组进行比较分析，鉴定出一批差异表达基因以及转录本转换事件，并进一步富集分析了差异表达基因的功能，为理解玉米应答干旱胁迫的分子机制提供依据。

1 材料与方法

1.1 材 料

玉米B73和Han21种子，由本实验室在西北农林科技大学曹新庄试验农场繁种获得。

1.2 试验材料的制备

玉米B73和Han21种子发芽后，种植于对照条件(白天28 ℃/夜间26 ℃，光照16 h/黑暗8 h，田间持水量80%)和干旱处理(白天28 ℃/夜间26 ℃，光照16 h/黑暗8 h，田间持水量40%)的人工培养箱中。14 d后，取叶片样本(每个处理各3个生物学重复)迅速放至-80 ℃液氮保存。

1.3 cDNA文库的获得

利用RNAiso Plus提取玉米叶片样本完整RNA。用带有Oligo(dT)的磁珠通过A-T碱基互补配对与mRNA的ployA尾结合的方式富集mRNA。随后以mRNA为模板，利用六碱基随机引物(random hexamers)、缓冲液、dNTPs和DNA polymerase Ⅰ合成cDNA，并利用 AMPure XP beads进行纯化。最后经PCR富集得到cDNA文库。

1.4 转录组测序与预处理

文库构建完成后，利用Illumina HiSeq平台(美国圣地亚哥Illumina公司)测序并产生2×122 bp的初始数据(raw reads)。利用FastQC (version 0.11.4)[24]检测RNA-Seq初始数据的质量。利用Trimmomatic (version 0.33)[25]去除低质量reads和测序接头，高质量测序数据通过HISAT2 (version 2.1.0)[26]比对至玉米B73参考基因组序列(APGv4)上。比对参数为“--min-intronlen 20-max-intronlen 10000-k 20-p 3”，比对结果以BAM文件输出。从BAM文件中提取能够唯一比对到玉米参考基因组的reads(uniquely mapped reads)信息进行后续分析。玉米B73参考基因组序列(APGv4)及其对应的基因注释信息(APGv4.38)从Ensembl Plants数据库[23](ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-38/gff3/zea_mays/Zea_mays.AGPv4.38.gff3.gz)下载。玉米转录因子的注释信息从植物转录因子数据库PlantTFDB(http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn)[27]下载得到。

1.5 基因和转录本的表达估计

将提取出唯一比对的reads数据输入StringTie (version 1.3.4d)[28]，计算每组样品中基因和转录本的表达水平TPM(transcripts per kilobase million)值。

1.6 差异表达分析

对于给定的一组样品，利用featureCounts (version 2.0.0)[29]计算样品中每条蛋白编码基因的reads数量。将reads数量输入edgeR (version 3.7)[30]鉴定差异表达基因。本研究利用单因素差异表达分析策略(即B73-DS-B73-WW，Han21-DS-Han21-WW)分别鉴定B73、Han21玉米自交系苗期干旱胁迫下的差异表达基因，利用双因素差异表达分析策略(即(Han21-DS-Han21-WW)-(B73-DS-B73-WW))同时考虑不同玉米品系(B73和Han21)、不同试验条件(对照(WW)和干旱(DS))下的差异表达基因。差异表达基因的确定需满足以下两个标准：不同样本中归一化的测序数目的变化倍数≥2(fold change≥2)；经FDR(false discovery rate，错误校验率)校正的P值≤0.05 (FDR-adjustedP-value≤0.05)。

1.7 基因功能富集分析

利用R包topGO[31]进行基因功能(gene ontology,GO)富集分析。topGO自动从Ensembl Plants数据库中获取玉米B73参考基因组中所有注释基因的功能注释信息，然后利用费舍尔精确检验方法(Fisher’s exact test)检查每个GO术语(GO term)中基因的富集程度，并计算出对应的统计显著性水平(P-value)。以P-value≤0.05及包含基因的数目大于3为标准选择基因功能显著富集的GO术语。

1.8 转录本转换事件的鉴定

转录本转换(transcriptional switch,TS)是指在不同试验条件下，来自同一条基因的两条转录本的相对表达地位发生转换。将对照(WW)和干旱(DS)条件下的转录本表达丰度TPM值输入deepTS[32]，利用其中的“Pairwise transcriptome comparison”功能模块及默认参数,鉴定B73在正常和干旱胁迫、Han21在正常和干旱胁迫、正常条件下B73和Han21、干旱胁迫下B73和Han21发生的TS事件。

2 结果与分析

2.1 玉米自交系苗期干旱胁迫下的转录组整体分析

在对照(WW)和干旱(DS)条件下，Han21和B73玉米自交系在苗期的叶片样本，经过RNA-Seq测序之后，得到初始reads。这些reads经过FastQC和Trimmomatic质控之后，每个样本最终获得4千万～6千万条高质量reads(表 1)。将过滤后的RNA-Seq数据分别与玉米B73参考基因组序列进行比对，来自B73自交系的样本数据的整体比对率为96.47%～97.13%，其中能与参考基因组序列唯一比对的reads比例为92.31%～93.86%；来自Han21自交系的样本数据的整体比对率相对降低，为86.66%～87.89%，其中能与参考基因组序列唯一比对的reads比例为83.66%～84.77%(表 1)。后续分析均使用唯一比对到基因组的reads。

表1 12组RNA-Seq数据比对信息Table 1 Mapping information of 12 sets of RNA-Seq

Spearman相关性分析基因的表达值显示每种条件下3个生物学重复样本间的相关系数较高(0.95～0.97)，而样本间的相关系数相对较低(0.90～0.96)。从整体上看，B73和Han21在WW和DS条件下基因表达的分布略有差异(图1-A)。具体到表达基因的数目，干旱导致B73和Han21幼苗叶片组织中基因表达数目的增加。B73玉米自交系在WW和DS条件下分别有20 450和21 775条基因表达(TPM≥1)；Han21玉米自交系在WW和DS条件下分别有21 858和21 980条基因表达(图1-B)。此外，每种条件下都存在一定数目(94～623)的条件特异表达的基因。

图1 正常和干旱条件下Han21和B73玉米自交系苗期的转录组整体分析Fig.1 Transcriptome analysis of Han21 and B73 maize inbred lines at seedling stage under WW and DS conditions

从PlantTFDB数据库共下载得到2 708个玉米转录因子，涉及到125个转录因子家族，其中105个家族的转录因子在至少一个试验条件下有表达(TPM ≥ 1)。在表达的转录因子数目方面，有57个转录因子家族在B73、Han21玉米自交系的WW和DS条件下存在表达基因数的差异(图1-C)。以AP2转录因子家族为例，B73玉米自交系在WW和DS条件下表达的转录因子数目分别为77和97个，Han21玉米自交系在WW和DS条件下表达的转录因子数目分别为92和94个。

2.2 玉米自交系苗期干旱胁迫下的单因素差异表达

两种玉米自交系(B73、Han21)在WW和DS条件下基因的差异表达情况见表2。

表2 B73、Han21自交系在WW和DS条件下基因的差异表达Table 2 Differential expression analysis of B73 and Han21 inbred lines under WW and DS conditions

受到干旱胁迫后，干旱敏感型玉米自交系B73中有917个基因表达水平发生显著变化，其中表达量显著上调的基因有798个，表达量显著下调的有119个；干旱耐受型玉米自交系Han21中有2 832个基因表达水平发生显著变化，其中表达量显著上调的基因有1 556个，表达量显著下调的有1 276个(表2)。

分析发现,285条基因同时在B73和Han21中被鉴定为差异表达基因。GO富集分析的结果(表2)表明，这285条差异表达基因主要富集在类黄酮的合成和代谢(GO:0009813，flavonoid biosynthetic process；GO:0009812，flavonoid metabolic process)、应激响应(GO:0009628，response to chemical；GO:0009628，response to abiotic stimulus)、氧化还原过程(GO:0055114，oxidation-reduction process)等生物学过程。B73特异的632条差异表达基因主要富集在系统获得抗性(GO:0009627，systemic acquired resistance)、细胞壁代谢过程(GO:0044036，cell wall macromolecule metabolic process；GO:0042546，cell wall biogenesis；GO:0010383，cell wall polysaccharide metabolic process；GO:0070592，cell wall polysaccharide biosynthetic process等)、应激响应(GO:0042221，response to chemical；GO:0009719，response to endogenous stimulus)等生物学过程中。Han21特异的2 547条差异表达基因主要富集在光合作用(GO:0015979，photosynthesis；GO:0009768，photosynthesis,light harvesting in photosystem I；GO:0009765，photosynthesis,light harvesting；GO:0019684，photosynthesis,light reaction等)、非生物刺激响应(GO:0009628，response to abiotic stimulus；GO:0009416，response to light stimulus等)、碳水化合物代谢过程(GO:0016052，carbohydrate catabolic process；GO:0005975，carbohydrate metabolic process)等生物学过程。

对于转录因子，B73和Han21自交系幼苗受到干旱胁迫后，分别有80和214条转录因子基因在表达水平上发生了显著差异。转录因子家族富集分析显示，B73中主要是MYB、ARF和Aux/IAA家族的转录因子表达发生显著差异(图2-A)，而Han21中主要是LIM和Trihelix家族的转录因子表达发生显著差异(图2-B)。受到干旱胁迫时，有20个转录因子的表达水平同时在B73和Han21中发生显著变化，其中8个转录因子在B73和Han21中的表达变化模式(上调或下调)截然相反，包括3个MYB转录因子(Zm00001d030737、Zm00001d020457和Zm00001d052397)，2个Trihelix转录因子(Zm00001d054080和Zm00001d002801)(图2-C)。

A.B73中富集的差异表达转录因子家族；B.Han21中富集的差异表达转录因子家族；C.受到干旱胁迫后在B73和Han21中的表达变化模式截然相反的8个差异表达转录因子A shows enriched family of differentially expressed transcription factors in B73;B shows enriched family of differentially expressed transcription factors in Han21;C shows opposite expression patterns of eight differentially expressed transcription factors in B73 and Han21图2 B73和Han21自交系在WW与DS条件下的差异表达转录因子Fig.2 Statistical analysis of differentially expressed transcription factors in B73 and Han21 inbred lines under WW and DS conditions

2.3 玉米自交系苗期干旱胁迫下的双因素差异表达

单因素差异表达分析分别考虑了两种不同的玉米自交系响应干旱的基因表达情况。为了同时考虑干旱和品系因素对基因表达的影响，利用edgeR进行双因素差异表达分析，鉴定出1 475条表达水平显著差异的基因。GO富集分析发现这些差异表达基因主要富集在细胞壁合成(GO:0042546，cell wall biogenesis；GO:0071554，cell wall organization or biogenesis；GO:0071555，cell wall organization；GO:0009832，plant-type cell wall biogenesis等)、碳水化合物合成代谢、多糖代谢(GO:0005975，carbohydrate metabolic process；GO:0005976，polysaccharide metabolic process)等生物学过程(图3-A)。

A.B73和Han21玉米自交系中1 475条的差异表达基因GO富集结果；B.1 475条差异表达基因主要富集的脂肪酸延长通路；C.7条参与脂肪酸延长通路的表达模式；D.B73和Han21自交系受到干旱胁迫后发生差异表达的转录因子家族A shows the GO enrichment results of 1 475 differentially expressed genes in B73 and Han21 maize inbred lines under drought stress;B shows the fatty acid elongation pathway mainly enriched by 1 475 differentially expressed genes;C shows expression pattern of seven differentially expressed genes in involved in fatty acid elongation;D shows enriched families of transcription factors differentially expressed in B73 and Han21 inbred lines

利用KEGG进行代谢通路富集分析发现，这1 475条差异表达基因富集在脂肪酸延长(zma00062，fatty acid elongation)和苯丙素生物学合成(zma00940，phenylpropanoid biosynthesis)两个代谢途径中。在脂肪酸延长通路共有7条差异表达基因参与(图3-B),其中在合成长链3-氧酰基-辅酶A(long-chain 3-oxoacyl-CoA)过程中有6条差异表达基因参与，包括5条3-酮乙基-辅酶A合成酶基因(Zm00001d027904[kcs13]；Zm00001d028241[kcs28]；Zm00001d028406[kcs11]；Zm00001-d051787；Zm00001d048061)、1条脂肪酸延长酶基因(Zm00001d046444(fae2))。相关研究表明，拟南芥中3-ketoacyl CoA合成酶基因kcs20在干旱胁迫下，其表达量上升[33]，基因kcs20在干旱胁迫条件下参与了角质层蜡沉积的增加[34]。在合成长链3-羟烷基-辅酶A(long-chain 3-hydroxyacyl-CoA)过程中有基因Zm00001d017111(glossy8)参与,与B73自交系相比，受到干旱胁迫后该基因在Han21自交系的表达水平降低(图3-C)。近期的研究表明，glossy家族基因glossy6的玉米突变体干旱耐受性较野生型降低[35]。

对于转录因子，这1 475条差异表达基因中包含143条转录因子基因。转录因子家族富集分析显示，受到干旱胁迫后，B73和Han21自交系之间主要是OVATE、TCP、Trihelix、MYB、AP2、bHLH等14个家族的转录因子表达发生显著差异(图3-D)。其中，MYB家族中的部分转录因子已被报道与干旱应答相关，可调控气孔移动，控制表皮蜡质合成等过程[36]。受到干旱胁迫处理后，MYB家族的转录因子基因Zm00001d018097(myb48)表达水平下调。Wang等[37]将该基因转入拟南芥，经干旱处理后该基因在干旱胁迫响应中通过ABA信号传递，起正调控作用。

2.4 玉米自交系苗期干旱胁迫下的转录本转换

除了基因水平的表达值，RNA-Seq数据还可以用来计算转录本水平的表达值。在本研究所有的39 498个蛋白质编码基因中，14 855个被注释为多转录本基因，其中5 147个基因至少有两个转录本在4种试验条件下表达，对这5 147个基因，利用deepTS检测其在干旱胁迫时是否会发生TS事件，结果见图4。图4-A结果显示，在B73和Han21玉米自交系中分别有404和480个基因发生了TS事件。在1 475个差异表达基因中，B73和Han21分别有28和36个基因发生了TS事件。

进一步分析发现，在干旱胁迫时，部分基因在B73和Han21玉米自交系中均发生了TS事件，但是呈现出相反的转换模式。可编码Remorin 家族蛋白的Zm00001d020708基因是其中的一个代表。已有研究报道，植物特有Remorin家族蛋白在响应生物和非生物胁迫中发挥着重要作用[38]。Zm00001d020708的两条转录本Zm00001d020708_T002和Zm00001d020708_T009在遭遇干旱胁迫后，在B73和Han21玉米自交系中都发生了TS事件(图4-B)。正常条件下，Zm00001d020708_T002在B73玉米自交系中是主要表达的转录本，其表达量与Zm00001d020708基因表达量的相对表达丰度(relative abundance)在受到干旱胁迫后从0.55下降到0.13，而转录本Zm00001d020708_T009基因表达量的相对表达丰度则从0.09上升到0.40，成为该基因主要表达的转录本。在Han21中，Zm00001d020708的变化趋势则相反，正常条件下Zm00001d020708_T009是主要转录本，干旱胁迫后其相对表达丰度从0.51下降到0.13，而Zm00001d020708_T002的相对表达丰度则从0.04上升到0.52，成为Zm00001d020708的主要转录本。除了Zm00001d020708，还有70个基因在B73和Han21玉米自交系中发生了TS事件，但只有18个基因在两个自交系中发生的TS具有相同的模式，表明TS的转换模式存在品系的特异性。

除了TS的转换模式，TS事件本身也存在品系的特异性。编码EXORDIUM-like 5蛋白质的基因Zm00001d029783在受到干旱胁迫后，其转录本Zm00001d029783_T003和Zm00001d029783_T004也发生了TS事件，且只发生在Han21中(图 4-C)。Han21自交系受到干旱胁迫后，Zm00001d029783_T003相对Zm00001d029783的表达丰度从正常条件下的0.19上升到0.80，从而变成Zm00001d029783的主要表达转录本，而Zm00001d029783_T004的相对表达丰度则从0.74下降到0.20。在B73自交系中，Zm00001d029783_T004在正常和干旱条件下始终是主要表达转录本，其相对表达丰度一直维持在0.64左右， Zm00001d029783_T003的相对表达丰度始终维持在0.20左右。进一步研究Zm00001d029783_T003与Zm00001d029783_T004的结构发现，两条转录本的结构有明显差异，Zm00001d029783_T003有5个外显子，Zm00001d029783_T004有4个外显子，且两条转录本只有一个外显子的区域完全相同。比较两条转录本编码的蛋白质序列发现，Zm00001d029783_P003较Zm00001d029783_P004多一个DPBB_1蛋白质结构域。已有研究表明Expansins在细胞壁合成中发挥一定作用，其不仅会影响植物的生长发育，与植物应答非生物胁迫等也有关，而DPBB_1结构域对Expansins蛋白功能的发挥至关重要[39-40]。

A.TS基因与1 475个差异表达基因的重叠情况；B、C.B73和Han21自交系中2个特异性TS事件及发生TS的转录本与蛋白质结构A shows the overlapped genes between TS genes and 1 475 differentially expressed genes;B and C show the specific TS events in B73 and Han21 inbred lines,and the transcript and protein structures of the two TS events图4 B73和Han21玉米自交系在WW与DS条件下的TS分析Fig.4 TS analysis of B73 and Han21 maize inbred lines under WW and DS conditions

3 讨 论

本研究基于高质量的玉米参考基因组序列和注释数据，利用RNA-Seq技术刻画出干旱胁迫下干旱敏感型和耐受型玉米自交系幼苗期叶片中的转录组图谱，利用生物信息学方法探究了两种玉米自交系应答干旱胁迫的转录组差异，发掘出在表达层面显著应答干旱胁迫的基因，富集出差异表达基因的生物学功能以及通路信息，鉴定出一批干旱胁迫诱导的转录本转换事件，为揭示玉米应答干旱的分子机制提供了理论基础。

3.1 干旱胁迫下玉米B73和Han21自交系的转录组特点

在全部基因背景下，干旱胁迫下干旱耐受型玉米自交系Han21在基因的表达水平、基因和转录因子的表达数目等方面与干旱敏感型玉米自交系B73相差不大。但是在差异表达基因背景下，Han21中差异表达的基因数目(2 832)明显多于B73(917)。这种干旱耐受型玉米自交系有更多基因发生差异表达以响应干旱胁迫的现象与Thirunavukkarasu等[17]报道的一致。B73中的差异表达基因主要参与系统获得抗性、细胞壁代谢过程和应激响应等生物学过程，而Han21中的差异表达基因主要富集在光合作用、非生物刺激响应和碳水化合物代谢过程等生物学过程。Han21和B73中差异表达基因富集功能的差异，表明不同耐旱能力的玉米应答干旱的分子机制不同，也意味着仅使用一种自交系材料(如B73)开展玉米响应干旱胁迫分子机制的研究存在明显不足。今后，有必要利用RNA-Seq技术对不同耐旱能力的玉米进行大规模测序，进而全面地刻画玉米响应干旱胁迫的转录组图谱。

3.2 比较转录组分析识别可能与耐旱相关的候选功能基因

研究表明，包括细胞壁在内的植物组织参与植物对干旱等非生物胁迫的应答，由这些组织发出的胁迫响应信号可通过调节相关基因表达水平以维持细胞稳态[1]。本研究利用双因子分析策略，对干旱胁迫下B73和Han21玉米自交系进行转录组比较，鉴定出1 475条表达水平上表现出显著差异的基因。GO富集分析表明，这些差异表达基因主要富集在细胞壁合成、碳水化合物合成代谢、多糖代谢等生物学过程。在鉴定出的差异表达基因中发现，包括Zm00001d024630 (myb92)在内的58条基因与细胞壁合成(GO:0071554、GO:0042546、GO:0071555、GO:0009832、GO:0071669、GO:0009833、GO:0009834)有关。这一结果也得到了现有文献的支持。Geng等[41]的研究结果表明，苹果中MYB家族转录因子MdMYB88和MdMYB124可通过调节细胞壁来增强耐旱性。这一结果表明，在干旱胁迫下，不同玉米自交系材料的比较转录组分析有助于识别一批参与玉米耐旱响应的候选功能基因；同时，对这些候选功能基因的表达水平、生物学功能进行进一步分析，有助于理解玉米应答干旱胁迫的分子机制。

3.3 干旱胁迫下玉米基因发生的TS事件具有一定的品系特异性

通过选择性剪接(AS)，同一个基因可以产生多个转录本，不同转录本结构及其编码蛋白质的差异极大地丰富了基因的功能，选择性剪接方式的变化会引起不同转录本之间表达量发生相对变化，进而发生TS事件。Thatcher等[14]在全基因范围内研究可变剪接对玉米发育过程和干旱胁迫应答的影响，结果发现，选择性剪接引起的TS事件表现出很强的组织和发育时期特异性。本研究还发现，TS事件表现出较强的品系特异性。在干旱胁迫下，B73和Han21玉米自交系中检测出有404和480个基因发生了TS事件，但只有71个基因在B73和Han21中都发生了TS事件。1 475个差异表达基因中，B73和Han21分别有28和36个基因发生了TS事件，其中15个基因在B73和Han21中的TS事件呈现出相反的转换模式。TS事件的品系特异性与品系耐旱性是否相关，还有待进一步深入研究。另外，B73和Han21中的差异表达基因与TS基因重叠的比例分别有1.9%和2.4%，说明TS在响应胁迫的生物学过程中可能发挥一定的作用，提示在比较转录组分析过程中除了关注基因层面的差异，还应该重视转录本层面的变化。