赖小梅,李 根,陈 捷,黄豫萌,马建芳
1.1 资料 研究人群:RLS/WED是由2位RLS/WED专家根据2014年国际RLS/WED研究组(IRLSSG)诊断标准的修订版进行诊断的[2]。我们入组了原发性RLS/WED,排除了继发性RLS/WED,包括继发于帕金森病、肾功能不全、缺铁、糖尿病和周围神经病等。对照组样本招募了社区健康人群,并由RLS/WED专家进行了评估,以排除RLS/WED和原发性震颤。我们对每位入组的患者和健康人群都进行了铁蛋白的检测,铁蛋白水平降低的患者也被排除在外。IRLSSG评分量表用于评估RLS/WED的严重程度[16]。该研究得到上海交通大学医学院附属瑞金医院伦理委员会的批准。此外,所有RLS/WED的治疗病史由上海交通大学附属瑞金医院提供。所有参与者均签署知情同意书。
1.2 方法 DNA制备和基因分型:我们从每个参与者收集约2 ml血液样品,采用苯酚-氯仿-异丙醇法提取DNA[17]。通过聚合物链反应(PCR)扩增的基因片段包含:STK32B的rs10937625,CTNNA3的rs7903491,rs10822974和rs12764057以及PPARGC1A的rs17590046。扩增引物设计来自于国家生物技术信息中心(NCBI)的Primer-BLAST网站(https://www. ncbi. nlm. nih. gov/tools/primerblast/index. cgi LINK_LOC=BlastHome)。使用Sequenom MassARRAY系统上的MALDI-TOF质谱进行基因分型。使用MassARRAY系统对以下SNP和突变进行基因分型:(1)SNP位点:SCN4A的rs571210585,HAPLN4的rs781390304,USP46的rs759572548,HTRA2的rs72470545,HS1BP3的rs11680700,DRD3的rs6280rs6280,SLO17603490的rs11280700,FUS的rs387907274和rs751937417;(2)突变位点:KCNS2c. 1137T>A,NOS3c. 46G>A,NOS3c. 164C>T,FUSc. 1129C>T,TENM4c. 158G>C,TENM4c. 1421C>A,TENM4c. 1553G>A,TENM4c. 3053G>A,TENM4c. 3412G>A,TENM4c. 4100C>A,TENM4c. 4324G>A,TENM4c. 4603A>C,TENM4c. 4895G>A,TENM4c. 5287G>A和TENM4c. 7353G>A。测定设计3.1软件用于设计由MassARRAY测试的SNP的引物。这些SNP和突变的引物列于表1中,PCR的反应系统列于表2中。
表1 经测试的SNP和突变的引物
聚合物链反应(PCR)基因单核苷酸多态性Forward Primer反向引物PCR反应条件STK32BCTNNA3CTNNA3CTNNA3PPARGC1Ars10937625rs7903491rs10822974rs12764057rs17590046GTGCCCTTTATCTCCATCCCTAGGTGCTCTGATGTTGGGACCTCTCTAGGTTCTAAGGCCAATACGCAAGCCTGCACAAACAGTTGAGGTGTTGCAGAGCAGCGCTGTCAGCTCTGATTCTATTCTTGGGCTTCTTATGGGGACGGCCTAGATGTTACCGTGGGTGAATGAAACCAATTCCCGGAGCAAGTGGTCACCTGAA95 ℃ 2 min→95 ℃30 s→54 ℃ 30 s→72 ℃1 min→go to step 2for 35 times→72 ℃ 5 min
表2 PCR反应系统
统计分析:使用SAS(9.4 TS1M2版本;SAS Institute Inc. ,Cary,NC)软件包进行统计分析。t检验用于比较RLS/WED患者和非RLS/WED对照之间的年龄差异。卡方检验用于评估RLS/WED与对照之间所有SNP分布的性别、Hardy-Weinberg平衡(HWE)、基因型和等位基因的差异。通过逻辑回归进行风险分析。计算出每个SNP或单倍型的比值比(OR)和95%的置信区间(CI)。同时,我们评估了显性模型,隐性模型和显性模型。通过Cochran-Armitage趋势测试对加性模型进行了测试。通过Haploview软件(4.2版)测试了同一染色体中SNP的连锁不平衡(LD)。Haploview还测试了单倍型以及1,000,000个排列检验。R语言(版本3.3.1)用于通过Bonferroni方法校正p值。功效和样本量计算(版本3.1.2)用于计算遗传功效[18,19]。
功能预测:我们使用以下关键字搜索PubMed,Embase和EBSCO数据库:“(Restless legs syndrome)AND(gene OR polymorphism)”。我们收集了在RLS/WED中发现的所有基因名称。然后,我们使用以下关键字搜索“在线孟德尔遗传在线”(OMIM)数据库:“dopamine*”。我们将这些基因名称识别为多巴胺相关基因。该数据库,用于检索相互作用基因/蛋白质的搜索工具(STRING)(版本10.5)用于预测新基因与RLS/WED的已知基因和多巴胺相关基因之间的蛋白质-蛋白质相互作用。我们通过注释、可视化和综合发现数据库(DAVID)(v6.8)进行富集分析,评估新基因与RLS/WED的已知基因和多巴胺相关基因之间的可能关联。
这项研究招募了130例RLS/WED患者和300例健康对照。9例RLS/WED患者因低铁蛋白被排除在外。共有121个RLS/WED,最后招募了300个对照。RLS/WED患者与对照组之间在年龄和性别上无统计学差异。家族性29例RLS/WED患者(23.97%),女性63例RLS/WED患者(56.76%)(见表3)。
表3 病例和对照的人口统计表1病例和对照的人口统计信息
在SNP的相关研究中,年龄和性别匹配后在显性或显性模型中我们发现2个CTNNA3的SNP与RLS/WED有关联的趋势(rs10822974:OR=0.61,P=0.043,显性模型;rs12764057:OR=1.76,P=0.020,显性模型;OR=0.54,P=0.008,显性模型),但是Bonferroni方法校正P值后无显著差异(见表4)。此外,我们也没有发现CTNNA3中的单倍型与RLS/WED相关联(见表5)。
表4 候选基因的SNP关联以及比值比与RLS/WED风险
GeneSNPGenetic PowerRecessive Model (adjusted)bPOR95%CIOverdominant model (adjusted)bPOR95%CINumber of sample testedCaseControlCTNNA3DRD3LINGO1PPARGC1ASTK32BSLC1A2USP46rs7903491rs10822974rs12764057rs6280rs9652490rs11856808rs17590046rs10937625rs759572548rs37940870.0540.080.1340.1130.0660.1020.1280.1180.050.050.6910.3950.5720.60.0870.8520.9640.944-0.9440.891.251.250.885.870.94---0.960.49~1.620.75~2.100.57~2.730.55~1.410.77~44.690.48~1.85---0.33~2.780.8930.0430.0080.7550.2850.6720.1110.595-0.8241.030.610.541.080.770.90.620.86-1.130.65~1.640.38~0.990.34~0.850.67~1.740.47~1.250.57~1.440.34~1.180.50~1.49-0.40~3.20107114120115114117109118119112295280296294296298299290300280
在相关基因突变的研究中,我们发1例RLS/WED患者为TENM4的p.R1632H杂合子携带者,但该患者没有出现临床ET的症状,存在慢性持续性RLS/WED症状,家族史阳性。在对照组中未发现TENM4的p.R1632H。我们在对照组和RLS/WED组中均未发现其他的突变位点。
旅游电子商务的不断向前发展,越来越多的旅游电商企业加入到这一行列之中,但是大多数电商企业的盈利方式不清晰,只是一味的追寻多元化方向发展。一些新进的电商企业为了吸引游客,往往会通过降低价格的方式打开消费者市场,大打价格攻坚战,使得旅游电商市场混乱不堪。即使一些做得比较好的旅游电商企业,如携程网,虽然在机票预订和酒店预订这两个方面有着不俗的业绩,相对来说市场定位十分清晰有着自己的发展重点,但由于一些新进入该行业的电商企业利用价格战抢占市场份额,导致其盈利能力不断下降。
使用先前给出的搜索方法,将336个基因用于以下生物信息学研究(见表6)。我们没有发现使用DAVID和STRING工具在CTNNA3或TENM4与已知RLS/WED基因与多巴胺能途径之间的已知相互作用。
表6 搜索了336个基因,可用于以下生物信息学研究
据我们所知,这是首次讨论RLS/WED中原发性震颤的遗传标志物的研究。我们的研究发现CTNNA3的rs10822974和rs12764057可能与RLS/WED超显性模型相关。由CTNNA3编码的蛋白质属于vinculin/α-catenin家族。CTNNA3可以通过免疫共沉淀分析直接结合β-catenin[20]。Wnt/β-catenin信号传导的剂量可影响中脑多巴胺能神经元的神经发生[21]。Wnt/β-catenin信号传导还可诱导小鼠脊髓和后脑底板中的神经发生[22]。此外,CTNNA3还与免疫状态异常有关,例如小儿食物过敏和哮喘[23~25]。免疫学异常可以在RLS/WED患者中并不少见。IL1A和IL1B基因的多态性与RLS/WED相关[26]。某些自免性疾病患者群体中RLS/WED患病率较高,如类风湿性关节炎,银屑病和多发性硬化症等自身免疫性疾病[27~29]。
TENM4与原发性震颤有关。使用少突胶质前体细胞和斑马鱼,TENM4突变的发病机制被认为与轴突导向和中央髓鞘形成的调节有关[14]。在小鼠中,TENM4的功能是诱导中胚层,后者在脊索中进化[30]。此外,TENM4可能会影响运动神经元生长锥的引导[31]。
我们的研究存在一些局限性。首先,中国RLS/WED的患病率相对较低,因此能够招募的RLS/WED患者的数量很少。为了进一步证实我们在亚洲人群中的发现,需要增加样本量进行验证。RLS/WED中亚洲人和高加索人之间的遗传背景不同[32]。所以,也希望也在高加索地区进行类似的研究进一步验证两者之间的关系。其次,我们的研究并未检测到所有与震颤相关的必需基因突变或危险SNP,例如SCN11A[33]。
我们的结果表明,CTNNA3和TENM4可能与中国南方人群的RLS/WED相关。希望将来有更多的亚洲人群RLS/WED队列,继续探索RLS/WED的致病基因。
缩略语
6-OHDA,6-羟基多巴胺
BLAST,基本局部比对搜索工具
CI,置信区间
DAVID,用于批注,可视化和集成发现的数据库
DNA,脱氧核糖核酸
HWE,Hardy-Weinberg平衡
IRLSSG,国际RLS/WED研究小组
LD,连锁不平衡
MPTP,N-甲基-4-苯基-1,2,3,6-四氢吡啶
NCBI,国家生物技术信息中心
OMIM,人类在线孟德尔遗传
或,优势比
PCR,聚合物链反应
RLS/WED,腿动综合征/Willis-Ekbom病
SAS,统计分析系统
SNP,单核苷酸多态性
STRING,用于检索相互作用的基因/蛋白质的搜索工具