猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)是引起猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的病原,该病毒分为两个基因型(基因1 型和2 型)。基于ORF5 基因的遗传演化分析显示,基因2 型PRRSV 被划分为9 个系,目前,在中国存在5 个系,包括1、3、5、8 和9 系。1系PRRSV 进一步划分为9 个亚系,包括1.1~1.9。2012 年,1 系PRRSV(NADC30-like PRRSV,1.8 亚系)在我国出现,到2016 年,NADC30-like PRRSV 已经在我国多个地方取代高致病性PRRSV(HP-PRRSV)成为主要的流行株。2017 年,我国辽宁省出现了NADC34-like PRRSV,属于1 系中的1.5 亚系。随后,福建省和黑龙江省相继报道了NADC34-like PRRSV。那么,NADC34-like PRRSV 在我国的流行情况是怎样的?未来对我国养猪业的危害有多大?这些都是当前急需要解决的问题。
近期发表于《Transboundary and Emerging Diseases》上的一项研究,对2018 年~2019 年来自我国16个省、市和自治区的650 份疑似样品进行PRRSV 的检测和基因组序列测定。结果显示,PRRSV的检出率为41.85%(272/650),其中NADC30-like PRRSVs 的阳性检出率为54.41%(148/272),JXA1-like/CH-1a-like PRRSVs 的阳性检出率为30.51%(83/272),QYYZlike PRRSVs 的阳性检出率为7.35%(20/272),VR2332-like PRRSVs 的阳性检出率为5.51%(15/272)。共检测到6 株NADC34-like PRRSV,检出率为2.21%(6/272),检出NADC34-like PRRSV 的猪场均存在约10%~20%的流产率。氨基酸序列比对显示,NADC34-like PRRSV 的NSP2 蛋白上均存在100 个氨基酸的连续缺失。遗传演化分析显示,它们均属于1.5 亚系,而且我国的NADC34-like PRRSV 分为2 个群。重组分析结果表明,5/8 株NADC34-like PRRSV 为重组病毒,主要母本株均为IA/2014/NADC34,次要母本株为NADC30 或ISU30,重组的位置主要位于非结构蛋白NSP1~NSP2 和结构蛋白GP4~GP5。此外,即使在非洲猪瘟暴发的背景下,与2017 年相比,NADC34-like PRRSV 的检出数量和检出省份仍在持续增加,预示这类新病毒有逐步流行的可能。
该研究从是否形成独立分支、在美国的流行情况、NSP2 是否各自形成一致的缺失模式、病毒起源、早期病毒的重组模式、全基因组序列同源性、分离地点及流行情况、早期病毒是否和本地病毒发生重组、以及出现时的背景等方面,对NADC34-like PRRSV 和NADC30-like PRRSV 进行了比较,发现NADC34-like PRRSV 与NADC30-like PRRSV 相似,具有成为流行株的可能性。随着非洲猪瘟得到有效控制,生猪养殖量逐渐恢复,NADC34-like PRRSV 很有可能和本地病毒发生重组,而这类重组病毒极有可能像NADC30-like PRRSV 一样,出现大范围流行。
该论文详细研究了NADC34-like PRRSV 在我国的流行情况、基因组分子特征、重组特征以及未来NADC34-like PRRSV 在我国的流行趋势,为我国NADC34-like PRRSV 的监测和疫病防控提供了重要参考。