北京大学医学部创建于1912年,初创时名称为“国立北京医学专门学校”,1923年改称“国立北京医科大学校”,1927年与北京大学等八校合并为“京师大学校”,此后校名几经更迭。1952年,全国进行院系调整,北京大学医学院脱离北京大学独立建院,改称“北京医学院”。
自1955年后,学校开始招收培养研究生,此后科研成果日益增多,遂于1959年1月创办了《北京医学院学报》,为季刊。后因文革开始,于1966年第2期后停刊。为使我校科研成果得以及时报道,70年代初期,学校曾出版了不定期综合性刊物《北医通讯》进行内部交流,先后陆续报道了一些创新性研究,如“针刺阵痛原理研究”“抗生素临床药理研究”“成功抢救重度烧伤工人王世芬”及“干板照相诊断乳腺癌”等。
1973年底,国务院科教组(现教育部)决定9所重点高校(北京大学、清华大学、复旦大学、北京师范大学、北京医学院等)首先复刊学报,我校学报于1974年第一季度率先复刊,仍为季刊。1979年始,学报坚持以提高为主的办刊宗旨,强调内容的学术性,将创造性和严格严谨的学风融于办刊过程中。
1985年5月,北京医学院更名为北京医科大学,同年,学报随学校更名,改称《北京医科大学学报》, 为使大量的医教研成果得以及时报道,1987年9月,学报改为双月刊。
2000年4月,北京大学与北京医科大学合并,学报也于2001年随学校再度更名为《北京大学学报(医学版)》。