文献管理软件在期刊论文中的应用调查与输出结果分析

■甘可建 刘清海 吴淑金

1)中山大学肿瘤防治中心Chinese Journal of Cancer编辑部，广东省广州市东风东路651号 5100602)《中山大学学报(医学科学版)》编辑部，广东省广州市中山二路74号 5100803)广东省医学学术交流中心《实用医学杂志》编辑部，广东省广州市惠福西路 510180

由于参考文献在科技论文中的重要作用，国家标准部门以及编辑出版行业学会越来越重视论文参考文献的引用，作者也越来越重视参考文献的书写。参考文献是论文的辅助部分，其著录错误一直被编者诟病。早在20世纪，杨树桐等[1]就提到了参考文献的著录错误问题，并将其分为项目不全、顺序不符、姓名错误、刊名错误、符号错误五种错误。然而，20余年过去了，参考文献的错误仍然是编辑出版人员的研究热点之一[2-4]。为了提高文后参考文献的准确性，结合现代计算机与网络技术的发展，相应的文献管理软件应运而生。EndNote、NoteExpress、Reference Manager、ProCite等是目前使用较多的国外软件[5-7]，而NoteExpress以及医学文献王等是应用较多的国产软件[6]。随着网络技术的发展，在线的文献管理软件也逐渐普及。刘清海等[6]在2011年提出，可以利用EndNote软件提高编辑的工作效率，并介绍了EndNote的使用方法。迄今为止，文献[6]的下载次数已经超过1000次，可见编辑出版同行非常重视利用现代技术提高工作效率，也重视提高参考文献的规范性和准确性。然而，作者来稿中文献管理软件使用率的研究鲜有文献报道；编辑在利用文献管理软件时应当注意哪些方面，也鲜有论述。本文初步调查作者来稿中的文献管理软件使用情况，认真分析使用文献管理软件后参考文献的规范化程度与准确率，总结编辑在利用文献管理软件时应当注意的问题。

1 调查对象与方法

按照方便取样的原则，选取ChineseJournalofCancer最近8期刊登的50篇论文，《中山大学学报(医学科学版)》最近4期刊登的99篇论文以及《实用医学杂志》最近2期刊登的95篇论文为研究样本。逐篇打开论文的Word文档，点击文后参考文献，观察是否显示为统一的灰底块域，如是，则认定该篇文章使用了文献管理软件，再点击右键，选择Edit Field，可知该篇论文使用的文献管理软件类别，例如EndNote显示为ADDIN EN.REFLIST，而NoteExpress则显示为ADDIN NE.Bib。统计使用的文献管理软件的种类及其数量，以便分类分析。利用EndNote X7和NoteExpress 3.2中山大学图书馆版，规范化使用EndNote和NoteExpress的论文的文后参考文献格式，EndNote文献模板按照《中山大学学报(医学科学版)》的要求设计[6]，NoteExpress直接从系统中提取《中山大学学报(医学科学版)》模板，人工逐篇核对规范化情况，分析汇总软件输出结果的错误，统计2种软件对中英文文献规范不足或错误的情况，提出相应注意事项。统计分析采用SPSS 13.0软件，以卡方检验分析各组分布，检验水平α=0.05。

2 结果与分析

244篇研究样本都是包含参考文献的已发表论文，其中使用文献管理软件的论文共74篇，占样本总数的30.3%。上述三种杂志发表论文使用文献管理软件的比例分别为50.0%，35.4%，14.7%，使用的文献管理软件主要为EndNote和NoteExpress(表1)。将三种杂志按照使用与未使用文献管理软件进行卡方检验，皮尔森卡方值χ2=21.27，概率P<0.001，说明三种杂志发表论文中使用文献管理软件的比例不同。ChineseJournalofCancer的软件使用率最高，为50.0%；其次为《中山大学学报(医学科学版)》，软件使用率为35.4%；《实用医学杂志》的软件使用率仅为14.7%。在244篇调查论文中，使用EndNote的论文共43篇，占样本总数的17.6%，占使用文献管理软件样本总数的58.1%；使用NoteExpress的论文共25篇，占样本总数的10.2%，占使用文献管理软件样本总数的33.8%；而EndNote和NoteExpress的使用比例约为1.7…1，二者合计占使用文献管理软件样本的91.9%，其他软件6篇仅占8.1%。

本次调查所选取的三种刊物中，ChineseJournalofCancer为中山大学肿瘤防治中心主办刊物，1982年创刊，2010年改为英文版，吸纳国际编委，接收国际来稿，致力于科学引文索引(SCI)收录；2014年被SCI正式收录，同年与德国Springer出版公司合作，并由其旗下BioMed Central出版。ChineseJournalofCancer在稿约中建议作者尽量采用EndNote或Reference Manager作为参考文献录入与规范化软件，提供了相应的软件下载链接与文献著录格式。选取ChineseJournalofCancer2015年的稿件进行分析，使用文献管理软件的比例达到50%；分析近1年编辑处理的稿件(包括尚未刊登的稿件，不在本文分析之列)，使用EndNote软件管理文献的比例越来越高。文献管理软件使用比例较高的为英文软件EndNote，占比38%，而中文软件NoteExpress，占比仅为6%。究其原因，可能与稿约要求以及作者群体的属性有关。ChineseJournalofCancer要求来稿为英文稿件，因此，作者的英语水平普遍较高；但是，因为该刊很大一部分作者仍然是中国人，由于母语习惯，仍然有6%的作者采用了中文版的软件NoteExpress管理文献。进一步统计分析显示，ChineseJournalofCancer50篇论文中，11篇为国外来稿，其中4篇采用了文献管理软件，7篇未采用，与国内的39篇中的21篇采用文献管理软件，18篇未采用文献管理软件的结果相比，χ2=1.049，P=0.306，尚不能认为国内外作者使用文献管理软件的比例有明显不同。

本次调查所选取的另外两种中文刊物《中山大学学报(医学科学版)》和《实用医学杂志》，均为国内精品科技期刊，都曾经获得“百种中国杰出学术期刊”称号，但二者皆未在稿约时或在网站上的有关栏目提示作者采用文献管理软件，这也可能是两种中文期刊文献管理软件使用率略低于调查中的英文刊物(χ2=11.518，P=0.001)的原因之一。从主管部门角度分析，《中山大学学报(医学科学版)》为国家级刊物，《实用医学杂志》为地方级刊物。与英文期刊相比，中文期刊采用文献管理软件的比例较低，分别为35.4%和14.7%；而这两种中文刊物相比，《中山大学学报(医学科学版)》软件使用率略高(χ2=10.915，P=0.001)。虽然选取的两种中文期刊皆为精品科技期刊，但《中山大学学报(医学科学版)》占据知名高校的优势，稿件作者中高校及其附属医院的作者比例较高，作者群体更接近知识更新点，接受新知识也更快，这可能是二者采用文献管理软件不同的原因之一。

3 软件输出结果分析

初步浏览以上74篇采用了文献管理软件的论文，除去6篇使用非EndNote或NoteExpress软件的论文，其余论文不论其是否已经参照投稿杂志的模板要求设计文献模板，全部论文均以《中山大学学报(医学科学版)》为模板参数进行规范化检验，EndNote点击Update Citations and Bibliography，NoteExpress点击“格式化”，初步查看软件的输出效果。结果显示，EndNote和NoteExpress两种软件的输出效果都很理想，尤其是EndNote输出的英文文献，因为系统中并无《中山大学学报(医学科学版)》的模板，因此规范化前的样式多样，而经规范化后，每一条参考文献的作者数量、姓名的大小写与缩写、多于3名作者的“et al”处理以及题名后的“[J]”标志、刊名的缩写规范、年卷期等的具体信息与符号等信息都非常准确。几篇综述稿件中参考文献数量近百篇，其中多为英文文献，原格式参照外文期刊Vancouver格式的居多，更新后，数秒就可以完成模板转换，极大地提高了编辑的工作效率，使编辑加工参考文献的工作不再枯燥无味。NoteExpress的输出效果也较为理想，各方面基本都规范完全，但是NoteExpress为中文软件，系统中有几百种中文刊物的模板，基本以中华人民共和国国家标准《文后参考文献著录规则》(GB/T 7714-2005)为准，因此，更新前的论文文献已经基本到达要求，导致更新工作主观成效不明显。

为摒除不同刊物作者来源的影响，统一选取《中山大学学报(医学科学版)》的论文，选取参考文献数量较多的几篇文献，逐一按照各刊物的格式要求进行人工核对，发现软件输出结果的不足之处，统计结果见表2。使用两种软件的论文的参考文献数量中，英文文献均远多于中文文献，使用EndNote的论文的英文文献与中文文献的比例约为10…1， 使用NoteExpress的论文的英文文献与中文文献的比例也接近5…1，二者相比，使用EndNote软件的论文的英文文献的比率更高(χ2=13.347，P<0.001)。这可能说明，使用文献管理软件的论文作者英文水平更高，知识更新较快，与国际接轨意识更高。2种软件对英文文献输出规范的结果略有不同，EndNote输出的卷期页码缺漏偏多，而NoteExpress在题名和刊名输出部分的不足略多。二者对中文文献的输出不足主要体现在责任者和卷期页码部分，而中文文献的题名和刊名极少出现错误，这可能是中文文献的题名和刊名不存在大小写和缩写的缘故。

表2 软件输出参考文献结果不足的信息统计

3.1 责任者错误分析

英文文献中有一篇文献的第一作者为机构，EndNote按照个人著者姓前名后的形式将最后一个单词缩写为单个字母，例如“Diabetic Retinopathy Clinical Research N, Wells J A, Glassman A R, et al”，其中“N”应为“Network”；另有一篇NoteExpress未按要求缩写。软件对中文文献的责任者部分错误主要为EndNote无法区分中外文文献，而将中文文献中多于3名作者的“等”字依然输出为“et al”；而NoteExpresss可以区分中英文文献，分别输出“等”或“et al”，但是输出的中文文献也存在其他错误，如将著者姓名的中文和英文混排为“Zhiqiang 郭志强 Guo，Zhengping 贾正平 Jia，Jun 马骏 Ma，等”样式。

3.2 题名错误分析

两种软件输出的英文文献结果中，均发现少量文献题名所有单词首字母均大写不当，如“Antiangiogenic and Antineuroinflammatory Effects of Kallistatin Through Interactions With the Canonical Wnt Pathway”，查询PubMed数据库发现文章题名为除首个单词、专有名词以及缩写外，所有单词应当小写，也发现有非英语的外文文献题名保留了方括号，例如“[Becaplermin gel (Regranex gel)][J]”。中文文献的题名不存在输出问题，可能是因为中文既不存在大小写问题，也不存在缩写问题，原样输出即可。

3.3 刊名错误分析

中文文献刊名不存在输出错误的问题。而英文文献主要问题为刊名缩写，例如软件输出结果为“JournalofOphthalmology”，规范著录格式应为“JOphthalmol”。虽然《文后参考文献著录规则》2005版或2015新版皆认为刊名可为全称,也可为缩写，但是一个刊物应当保持前后应一致，其他文献输出为缩写，个别文献输出为全称，即应认为不规范。

3.4 卷期页码错误分析

EndNote的输出结果中，主要问题为同时缺少卷期页码，例如输出结果为“2016:ajprenal0008802016”，查询数据库，结果发现其卷期页码为“2016,311(1):F186-194”。此外，多数英文文献存在网络出版优先于纸质出版的情况，论文作者可能当时查询到优先出版的文献，同时被软件输出为临时编码，而论文发表时数据库已经更新，但是软件未能检测出其更新，依旧按照旧的内容输出。也有部分输出结果仅有年份，而缺少卷期页码。EndNote对中文参考文献的输出错误主要为缺少卷号，而期号和页码甚少缺漏。NoteExpress的缺漏与EndNote略有不同，输出的英文文献在卷期页码方面完全正确，但是输出的中文文献则发现很多缺少卷号的情况，例如“中国糖尿病杂志, 2014, (08): 2-42.”。笔者尝试使用NoteExpress插入引文和规范参考文献，发现从中国知网(CNKI)数据库检索到的文献基本都没有卷号，需要人工补录，而从万方数据库查询到的文献则卷期号齐全。

3.5 其他错误分析

其他问题极少，未在表2中统计。本次调查发现有1篇文献发表于1908年，正文的引用为“关于肿瘤血管新生的研究可以追溯到100多年前，当时的德国病理学家们发现肿瘤的发生发展往往伴随着血管的增多”，其引文为“Goldmann E. The Growth of Malignant Disease in Man and the Lower Animals, with special reference to the Vascular System[J]. Proc R Soc Med, 1908, 1(Surg Sect): 1-13.”。因年代久远，笔者对其原文进行复核，结果发现PubMed数据库中著录与引文文献一致，但是下载PDF格式全文后，发现其出版年份要更早一年，引用文献实际发表于1907年，见图1。此类错误为数据库的错误，难以发现。

图1 数据库PubMed的文献发表年份(1908)与原文实际发表年份(1907)不一致的示例

4 文献管理软件使用讨论

4.1 国内医学期刊论文作者使用文献管理软件的比例偏低

按照方便取样的原则选取了三种杂志，虽然未能全面代表我国科技期刊的现状，但是选取的杂志按照其自身特点，应当基本可以分别代表我国英文医学期刊、知名高校医学学报、地方性精品医学期刊。这些杂志论文使用文献管理软件的情况略有不同，总体使用文献管理软件的比例为30.3%，其中英文医学期刊较高，软件使用率可达50%；知名高校医学期刊次之，软件使用率约为35.4%；地方性精品医学期刊软件使用率约为14.7%。由此可以推测，一般性地方期刊的软件使用率可能更低。文献管理软件不仅具有规范参考文献的功能，更重要的是，文献管理软件是基于联机检索的文献，帮助科研工作者有效地建立和管理文献数据库的题录与全文，高效地利用文献，例如标记题录优先级，标记全文的重要内容，做阅读笔记，并且可以与Word结合协助论文写作(插入引文、规范文献格式等)[8]。文献管理软件是科研写作的重要助手。研究结果表明，国内医学期刊论文作者使用文献管理软件比例偏低。结合本研究的调查对象ChineseJournalofCancer，发现该刊在稿约中明确建议作者尽量采用所推荐的2种参考文献管理软件来规范来稿的参考文献。调查结果也表明，该刊来稿使用参考文献管理软件的比例较高。因此，建议国内期刊编辑部仿照此刊，在稿约时或在网站上增加相关条目，建议作者使用文献管理软件。

4.2 主流文献管理软件的使用情况

国外的主流文献管理软件为EndNote、Reference Manager等，国内的主流软件为NoteExpress与医学文献王等[5-7]，另外，晁阳等[9]和李玖蔚等[10]还介绍了国内其他几个免费软件，例如NoteFirst和基于CNKI的E-Study(原E-learning)。调查结果表明，EndNote和NoteExpress占据了绝大部分市场，所占比例约为91.9%，其他软件所占比例仅为8.1%。王子熙[8]以主流的文献管理软件EndNote和NoteExpress为基础，认真分析了二者在联机文献检索、文献管理、文献利用等细节方面的异同点，认为软件与科技信息工作的各个环节相契合，能够将工作人员从繁琐的文献整理中解放出来，使其有更多精力投入于科技信息内容的分析和研究。实际上，每个软件都具备文献管理软件的基本功能，即联机检索文献，管理文献资料(如题名、摘要与全文)，阅读助手(如标注与笔记)，写作助手(如插入引文与规范文献)等，用于科研写作应该足够，只是部分特殊功能与人性化方面的差异，或者是联机检索功能与文献去重功能等少许差异，如NoteFirst是国内首款网络版的文献管理软件，可以实现多台电脑数据自动同步，并且满足SCI、工程索引(EI) 等收录中文论文要求和双语参考文献的格式要求等[10]。然而，在EndNote和NoteExpress的优先占有之下，其他软件难以做强做大。

4.3 编辑使用文献管理软件的注意事项

对于期刊编辑而言，最理想的状态当然是只要作者使用到的文献管理软件编辑都会使用。然而，文献管理软件种类繁多，编辑不可能熟练掌握每个文献管理软件。但是，由上文调查结果可以看出，只要掌握了两种主流软件——EndNote和NoteExpress，那么90%以上的使用了文献管理软件的论文都可以轻松地按照刊物要求规范化。掌握两种软件比较容易做到。必须注意的是，尽管在正确设置或选择正确刊物模板后，软件输出结果基本令人满意，但是最终结果仍有不足之处，因此，编辑在加工时不能完全信任软件输出结果，最好辅以人工复核，特别是针对一些常见的容易出错的文献著录项目。依据上述分析，软件输出结果后，编辑至少还应当核查中文文献的责任者和卷期页码部分；而英文文献的责任者、题名、刊名、卷期页码部分都还可能存在问题，编辑必须再次详细浏览，以便及时发现并手动改正问题；对于待修改的文献，为防止软件再次自动格式化参考文献，编辑应当预先关闭软件的自动更新功能，将待修改的文献改为普通文本后再修改。在使用EndNote的论文中，可以先在Word文档中使用EndNote格式化参考文献，之后关闭EndNote自动更新，将Instant Formatting调整为Off，将Convert Citations and Bibliography下拉点击Convert to Plain text，从而将参考文献域转为普通文本，然后手动改正。在使用NoteExpress的论文当中，可以在Word选项卡NoteExpress中选择“去除格式化”，在弹出菜单的“去除格式化”和“清除域代码”中选择“清除域代码”，然后再手动改正保存。

虽然做了大量的统计分析工作，得到了一些有益的结论，但是由于本研究采用了方便抽样的原则，因此，代表性有所局限，只能认为是国内英文医学期刊、国内知名高校医学学报、地方性精品医学期刊的典型代表而非普通代表，所得到的论文使用文献管理软件的比例仅具有粗略代表意义而不能作为精确数字对待。另外，以点击参考文献部分是否出现灰底(即文献域)为使用文献管理软件的标准，排除了作者预先去除文献域代码的可能，即便极少有作者如此，仍然不能完全排除这种可能性，进而可能导致本调查结果进一步不精确。以上不精确性可能影响各软件的使用率，但是结论方向应当一致，相互关系并不受影响，对软件输出结果的分析也不受影响。因此，本文所得的数据仍具有典型代表意义。

5 结论

通过调查统计国内三种典型医学期刊，分析调查结果，发现国内医学学术期刊使用文献管理软件的比例偏低，总体使用率约为30.3%，英文期刊较高，文献管理软件使用率可达50.0%，知名高校医学学报次之，使用率约为35.4%，地方性精品医学期刊使用率约为14.7%。建议国内期刊在稿约时或在网站上增加有关条目，建议作者使用参考文献管理软件。在文献管理软件的使用选择上，EndNote使用率约为58.1%，NoteExpress约为33.8%，二者合计约为91.9%。未发现国外学者有更高的文献管理软件使用率。在使用软件的论文中，英文文献使用率比例较高，使用EndNote处理的英文文献与中文文献的比例高达10…1，使用NoteExpress处理的英文文献与中文文献的比例为5…1。两种文献管理软件输出的结果都基本符合文献著录规范，但EndNote输出结果的各个部分以及NoteExpress输出结果的作者与卷期页码部分偶有瑕疵。编辑不能完全信任软件的输出结果，必须再次全面把关，如需改正，最好先关闭软件的自动更新功能，将文献域转换为普通文本后再行改正保存。

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作者贡献声明：

甘可建：构思和设计研究，收集资料，撰写和修改论文；

刘清海：设计研究，收集资料，撰写和修改论文；

吴淑金：收集资料，修订论文。