TGFA基因rs 11466285多态性与东北地区非综合征性唇腭裂的关系

胥威 卢永平

·实验研究·

TGFA基因rs 11466285多态性与东北地区非综合征性唇腭裂的关系

胥威 卢永平

目的 探讨转化生长因子α基因rs11466285位点与东北地区非综合征性唇腭裂的发病关系。方法 采用基因芯片检测166例患者(病例组)和150例正常志愿者(对照组)rs11466285的基因型, 并进行χ2分析。结果 基因型和等位基因在病例组与对照组中比较均有显著性差异(P＜0.01)。结论 中国东北人群转化生长因子α基因rs 11466285多态与非综合征性唇腭裂的发病密切相关。

非综合征性唇腭裂；转化生长因子；多态性

非综合征性唇腭裂(NSCL/P)是一种常见的颌面部先天性畸形, 全世界的发病率约为1/500～1/2500［1］。本研究将探讨转化生长因子α(TGFA)基因rs 11466285多态性与东北地区非综合征性唇腭裂的发病关系。

1 资料与方法

1.1 一般资料 非综合征性唇腭裂患者166例(病例组),正常志愿者150例(对照组)。均为东北地区人, 并签署了知情同意书。

1.2 方法

1.2.1 DNA提取、纯化、PCR扩增及延伸 将收集到的5 ml外周血, 提取基因组DNA。PCR总体系为20 μl(1×PCR buffer, 0.125 mM dNTPs, 0.4 μM 引物, 0.05 units Ex Taq, 2.5 ng基因组DNA)。反应条件为94℃ 10 min；94℃ 30 s, 5794℃30 s, 7294℃ 30 s, 35个循环；最后7294℃延伸3 min。PCR产物纯化以去除多余的dNTPs和引物。特异性引物延伸体系为15 μl ［5 μl PCR产物, 0.375 μl dATP+0.375 μl dTTP+0.375 μl dGTP + 0.375 μl Cy3-dCTP, 0.02U VentR (exo-) DNA 聚合酶, 0.025 μM特异性引物］。反应条件为9494℃ 3 min； 9494℃ 30 s, 5594℃30 s, 7294℃ 45 s, 35个循环；最后7294℃延伸3 min。

1.2.2 杂交与检测分析 杂交：预先将探针点至在醛基修饰的玻片上。将延伸反应产物混合好阳性对照标记物及杂交液同制作好的芯片杂交反应, 杂交仪60℃杂交1 h。杂交后分别在 2×SSC/1% SDS 洗6 min, 1×SSC/0.2% SDS洗6 min, 0.6×SSC洗3 min, 蒸馏水洗3 min。检测分析：GenePix 4000 B共聚焦激光扫描仪扫描芯片。读取每条探针的荧光信号强度值。基因型通过计算每个SNP的等位基因分数(AF)读取, AF按照下列公式获得：等位基因B/(等位基因A+等位基因B)。AF＜0.4为等位基因A纯合子, 0.4≤AF≤0.6为杂合子AB, AF＞0.6为等位基因B纯合子。

1.3 统计学方法 所有数据均采用SPSS18.0软件进行统计分析。计数资料采用χ2检验。P＜0.05为差异具有统计学意义。

2 结果

2.1 基因分型 对照组的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。为验证基因芯片检测结果的准确性, 随机挑选10%的样本进行直接测序, 二者结果完全一致。

2.2 病例对照分析 病例组与对照组等位基因和基因型的频率分布情况及比较, 结果见表1。rs 11466285基因型和等位基因频率在病例组与对照组中进行比较, 结果差异均有统计学意义(均为P=0.001)。

表1 基因型和等位基因的频率在对照组和病例组的分布情况及对比分析［n(%)］

3 讨论

TGFA基因研究最多的是TaqI、RsaI、C3296T、Primer P、BamHI和PrimerK等位点［2］。目前, rs 11466285多态性与非综合征性唇腭裂的相关性研究非常少, 中国人群的更少。该SNP位点位于基因的3’非编码区, 该区域转录成350个多聚腺苷酸的反义mRNA片段。如果该反义mRNA片段通过与TGFA基因rs 11466285SNP相互作用来调节TGFA的表达, 那么该SNP很可能与非综合征性唇腭裂发病相关。本研究运用病例-对照法分析了rs 11466285多态与中国东北非综合征性唇腭裂的发病关系。

沈亚等［3］研究中国南方人群rs 11466285多态与非综合征性唇腭裂的关系时, 得到了矛盾的结果, 单体型相对风险分析其与发病密切相关, 核心家庭传递不平衡检验其与发病不相关。本研究以中国东北人群为实验对象, 发现基因型和等位基因的频率在病例与对照中均有显著性差异, 且病例组等位基因C频率为19%,高于对照组的9%, 说明携带等位基因C与非综合征性唇腭裂的发病密切相关。

［1］ van den Boogaard MJ, Dorland M, Beemer FA, et al.MSX1 mutation is associated with orofacial clefting and tooth agenesis in humans.Nat Genet, 2000, 24(4):342-343.

［2］ Machida J, Yoshiura K, Funkhauser CD, et al.Transforming growth factor-alpha (TGFA) : genomic structure, boundary sequences, and mutation analysis in nonsyndromic cleft lip/palate and cleft palate only.Genomics, 1999, 61(3):237-242.

［3］ 沈亚, 程璐, 万伟东, 等.非综合征性唇腭裂与干扰素调节因子6和转化生长因子α单核苷酸多态性的相关性.中华检验医学杂志, 2007, 30(12):1349-1353.

Relation between polymorphism of TGFA gene rs 11466285 and non-syndromic cleft lip and palate in Northeast China

XU Wei, LU Yong-ping.Liaoning Provincial Research Institute of Family Planning, Shenyang 110031, China

Objective To explore the relation between transforming growth factor α gene rs 11466285 and non-syndromic cleft lip and palate in Northeast China.Methods The detection by gene microarray was applied in showing the genotype of rs 11466285 in 166 patients (case group) and 150 healthy volunteers (control group).X2 analysis was also used in the detection.Results There was statistically significant difference of genotype and allele between patients and control group.Conclusion The relation between transforming growth factor α gene rs 11466285 and non-syndromic cleft lip and palate in Northeast China is closely correlated.

Non-syndromic cleft lip and palate; Transforming growth factor; Polymorphism

10.14163/j.cnki.11-5547/r.2015.02.181

2014-09-12］

出生缺陷干预新技术的研究-唇腭裂易感基因检测芯片的研制(项目编号：2009225007-7)

110031 辽宁省计划生育科学研究院