混合血样DNA等位基因分型探究

2015-01-03 04:25兵,罗杨,门
四川警察学院学报 2015年1期
关键词:纯合子合子基因座

龙 兵,罗 杨,门 放

(1.四川警察学院 四川泸州 646000;2.泸州市公安局 四川泸州 646000)

混合血样DNA等位基因分型探究

龙 兵1,罗 杨2,门 放1

(1.四川警察学院 四川泸州 646000;2.泸州市公安局 四川泸州 646000)

以人体混合血样为研究对象,研究两个体混合血样的基因座等位基因分型表现。实验材料与方法∶采用Chelex-100法提取DNA,ID试剂盒进行PCR扩增,AB-3130基因自动分析仪电泳,Genemapper3.2软件进行分析。实验结果∶两个体混合血样的基因座等位基因可表现为4个等位基因,3个等位基因,2个等位基因或1个等位基因。随着混合比例差距的增大,量少个体的等位基因峰相对于量多个体等位基因峰越来越低。当混合比例达到1∶10时,量少个体的等位基因峰很低,基本上不影响量多个体的等位基因分型。

混合样本;DNA;STR;等位基因

DNA分析已经成为公安工作中进行个体识别的重要技术,在案件的侦破和审判中发挥重要作用。对于一些特殊检材的分析,比如混合样本的分析就是目前DNA分析的一个难点[1][2]。混合检材是指被测样本来自两个或两个以上个体,常见于阴道拭子、乳头拭子、皮肤咬痕、致伤多人的凶器、指甲等[3],是检案中经常遇到的检材。对于此类检材,我们常感到十分棘手,难以进行确切的个体识别,严重影响此类案件的侦破和审判[4]。本文主要讨论了两个体混合血样的基因座等位基因分型表现。

一、材料与方法

(一)样本及DNA提取。

采取4名个体静脉血样,标记为1,2,3,4号个体。将1号个体与2号个体血样分别按照1:1,1: 2,1:10,1:50体积混合;3号与4号个体血样按照同样方法进行混合。对所用检测样本均采用Chelex-100法提取DNA[5],提取的血量为8ul。

(二)PCR扩增。

采用AB公司ID试剂盒进行PCR扩增,扩增体系为10ul。AB公司9700 PCR扩增仪扩增,PCR反应条件为95℃预变性11min,94℃变性1min,59℃退火1min,72℃延伸1min,共进行28个循环,60℃保温60min。

(三)电泳检测及分析。

PCR扩增产物采用AB公司3130基因自动分析仪电泳,Genemapper3.2软件进行分析。电泳体系为:PCR扩增产物1ul,去离子甲酰胺10ul,GS500LIZ内标1.25ul。

二、结果

当按照1:1体积进行混合时,DNA图谱中两名个体的等位基因峰高比较均衡,如图1(1号、2号个体STR分型结果见表1、表2)。当混合体积为1:2时,量少个体等位基因峰高比较明显低于量多个体。随着混合比例的增大,量少个体等位基因峰相对于量多个体等位基因峰越来越低。当混合比例达到1:10时,量少个体等位基因峰很低,基本上不影响量多个体的等位基因分型(如图2)。两个体混合样本等位基因可表现为4个等位基因(如图3),3个等位基因(如图4、5),2个等位基因(如图6)或1个等位基因(如图7)。

表一 1号个体STR分型结果

表二 2号个体STR分型结果

图一 1号与2号个体1:1体积混合血样STR分型图谱

图二 1号与2号个体1:10体积混合血样STR分型图谱

图三 1号与2号个体混合样本D8S1179基因座分型结果

图四 1号与2号个体混合样本TH01基因座分型结果

图五 1号与2号个体混合样本D3S317基因座分型结果

图六 1号与2号个体混合样本D3S1358基因座分型结果

图七 1号与2号个体混合样本TPOX基因座分型为8

三、讨论

混合样本检测是法医DNA分析的难点。尤其是随着混合个体的数量的增加,分析显得尤为困难。本实验探讨了两个体混合样本的STR基因座等位基因分型图谱。两样本混合STR图谱与该两个个体STR等位基因基因型情况密切相关。人体细胞核DNA为二倍体,一名个体STR等位基因最多为两种(杂合子为两个不同的等位基因,纯合子为两个相同的等位基因)。两个体混合样本的单个STR分型可能表现为四种情况:4个等位基因,3个等位基因,2个等位基因,1个等位基因。本次研究的1号与2号个体混合血样DNA分析的D8S1179、D21S11基因座表现为4个等位基因(1号、2号个体STR分型结果见表1、表2);TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA、D18S51、FGA基因座表现为3个等位基因;D7S820、CSF1PO、D3S1358、D5S818基因座表现为2个等位基因;TPOX基因座表现为1个等位基因。

当混合样本DNA分析基因座表现为4个等位基因时,两名个体均为杂合子,如果我们已知一名个体的分型,容易推断另外一名个体的分型,当混合比例达到1:10时,我们从图谱上能够比较容易区分两名个体的基因座等位基因分型,如本次研究的D8S1179基因座(如图3),1号个体基因型为13-15,2号个体基因型为10-14,从1:10混合血样图谱上我们能够清晰的进行区分。

当混合样本DNA分析基因座表现为3个等位基因时,个体的等位基因组合就比较多,两名个体可能一名为纯合子,一名为杂合子,也可能两名个体均为杂合子,如本次研究的TH01基因座一名个体为纯合子(9-9),一名个体为杂合子(6-7),当混合比例达到1:10时,含量少的个体(9-9)分型峰很低(如图4)。混合样本D13S317基因座分型图谱表现为3个等位基因,两名个体均为纯合子(10-11,11-12),随着混合比例的增加,等位基因10的相对峰高逐渐降低(如图5)。

当混合样本DNA分析基因座表现为2个等位基因时,两名个体可能都为纯合子,可能一个纯合子与一个杂合子,可能两个都为杂合子。如本次研究的D3S1358基因座一名个体为杂合子(15-16)另一名个体为纯合子(16-16),随着混合比例的增加,等位基因15的相对峰高逐渐降低(如图6)。

当混合样本DNA分析基因座表现为1个等位基因时,则两名个体为相同的纯合子,如本次研究的TPOX基因座两名个体均为纯合子(8-8)(如图7)。

混合样本是法医DNA分析的一个难点问题,我们只是对两样本混合的情况进行了等位基因分型的初步研究,如何区分混合样本中各个个体的基因型将是一个长期研究的课题。

[参考文献]:

[1]吕德坚,陆惠玲,陈玉川.混合斑的DNA分型解析[J].法医学杂志,2002,18(3):185-188.

[2]Bill,P.Gill,J.Curran,T.Clayton,R.Pinchin,M.Healy,J.Buckleton,PENDULUM-a guideline based approach to the interpretation of STR m ixtures,Forensic Sci.Int.148(2004)181-189.

[3][美]布尔特尔.法医DNA分型∶STR遗传标记的生物学,方法学及遗传学[M].侯一平.刘雅诚译,北京∶科学出版社,2007.

[4]T.M.C layton,J.P.W hitaker,R.L.Sparkes,P.Gill,Analysis and intepretation ofm ixed forensic stains using DNA STR profiling,Forensic Sci.Int.91(1998)55-70.

[5]P.S.W alsh,D.A.Metzger,R.Higuchi,Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR-based from forensicmaterial,Biotechniques10(1991)506-513.

Exp loration on Allelic Classification of Mixed Blood DNA

LONG Bin,LUO Yang,MENG Fang

Target:Research on allelic classification performance of gene locus in two mixed human blood.Materials and Methods:using Chelex-100 to extract DNA,amplifying PCR in ID kit,making analysis by AB-3130 gene electrophoresis automatic analyzer and Genemapper3.2 software.Results:4 or 3 or 2 or 1 alleles can be showed in twomixed blood gene locus.With the increasing ofmixture ratio,the allele peak with less amounts becomes lower and lower than those with more amounts.When mixing proportion reaches 1:10,allele peak is lowest,basically does notaffectallelic classification in large amounts

Mixed Samples;DNA;STR;Allele

D919.2

:A

:1674-5612(2015)01-0051-06

(责任编辑:吴良培)

2014-07-11

龙 兵,(1980-),男,四川德阳人,四川警察学院刑事科学技术系副教授,研究方向:法医遗传学。

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