张宏伟 吴 昊
(首都医科大学附属北京佑安医院感染科)
负调控因子(negative factor,Nef)作为人免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)附属蛋白之一,其基因在灵长类慢病毒,即HIV-1,HIV-2和猴免疫缺陷病毒(simian immunodeficiency virus,SIV)中高度保守,表达于病毒生活周期的早期。早期研究[1-3]表明,该基因的蛋白产物对病毒复制具有抑制作用,因而得名为“负性因子”或Nef。但随着研究的深入人们发现,Nef能够增强病毒的复制能力和感染性,促进艾滋病病情的进展[4-5]。本文对于Nef的结构特点及生物学作用进行综述如下。
HIV Nef蛋白是相对分子质量为25 000~34 000的豆蔻酰化蛋白,存在于细胞质和细胞膜上[6]。目前尚未发现Nef蛋白具有酶活性。大量研究[7-9]显示,Nef具有一些保守模体,这些模体可与细胞因子发生相互作用。因而,Nef具有衔接蛋白的功能,通过蛋白-蛋白之间的多重相互作用调节细胞的信号转导。
Nef的柔韧性相对较大,具有较大的溶剂暴露面和一些无序区。正是由于这些特点,很难获得Nef蛋白全长序列的精确三维结构。然而,采用X线晶体学以及磁共振(nuclear magnetic resonance,NMR)的方法,Nef的球形核心结构域(第54~205位氨基酸残基)已经被成功解构[10-11],此外,运用NMR光谱分析技术,Geyer M等[7]又成功解析Nef蛋白氨基端锚定结构域的结构,除氨基端豆蔻酰化基团外,部分空间排列有序。基于这些构象解析,Geyer M等[12]设计出一种预测Nef蛋白全长序列的构象的模型。在此模型中,Nef表面由许多线性排列的蛋白-蛋白相互作用结构域组成,因此,具有较大的弹性。Nef的柔性使该蛋白能够在多种构象间进行转换,其构象依其所结合的对象而定。
在1989年,两项研究[13-14]先后报道了在HIV感染的T细胞中MHCⅠ下调的现象。7年后,Schwartz O及其同事[15]发现,HIV-1 Nef是引起这一效应的附属蛋白。突变研究[8]显示,破坏Nef的含有蛋氨酸残基(R17ERM20RRAEPA26)的两亲性 α-螺旋、酸性区(E62-65)或多聚脯氨酸螺旋(P69/72/75/78)可降低它在MHCⅠ转运方面的活性,阻断Nef与MHCⅠ细胞质尾部结构域的结合。
HIV Nef降低MHC-Ⅰ中人类白细胞抗原A、B (human leukocyte antigens-A、B,HLA-A、HLA-B)在感染细胞表面的表达,从而减少病毒抗原在HIV感染细胞表面的暴露,避免HIV感染的细胞被HIV特异性细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocytes,CTL)的识别和杀伤[16]。HIV Nef不影响HLA-C和HLA-E的表达[17]。这些分子向自然杀伤(natural killer cell,NK)细胞提供适当的抑制信号,以逃逸NK细胞的杀伤。因此,Nef可在适应性和先天性细胞免疫两个方面保护HIV感染的细胞。
CD4蛋白是HIV感染的辅助受体。由于细胞膜上存在的CD4可降低新生病毒颗粒出芽和离开感染细胞的能力,减少病毒的感染性,因此,HIV感染细胞后,细胞表面的CD4对病毒具有不利影响。HIV-1通过两种蛋白即Vpu和Nef对抗这一效应[18]。目前认为,Nef对于CD4向细胞表面的转运无显著影响,但可明显缩短细胞表面CD4分子的半衰期。
Nef的这一功能可能是通过与CD4细胞质尾部结合而实现的。NMR结构分析表明[9],Nef核心结构域的疏水袋与CD4胞质尾部的13个氨基酸肽段(QIKRLLSEKKT)具有直接的相互作用。这一相互作用在体外相当弱(解离常数为1 mmol/L),但十分特异,因为肽段中双亮氨酸膜体的断裂可以破坏这种作用[9]。有研究[19]表明,全长Nef与CD4细胞质尾部结构域形成的复合体更加稳定,解离常数约为0.5 mmol/L,由此提示,Nef蛋白氨基端其他的氨基酸也参与了与CD4的相互作用。然而,体内检测到Nef与CD4的相互作用并不需要双亮氨酸模体的参与,可能还有其他因素参与这种相互作用[20]。
Nef羧基端弹性袢中有3个结构域与Nef下调CD4的能力有关,即双亮氨酸模体(EXXXLL165)和2个酸性模体(EE155和DD175)。双亮氨酸模体和双天门冬氨酸模体的作用已经明确,其中之一发生突变可完全破坏Nef的活性。
T细胞受体(T cell receptor,TCR)功能的发挥需要辅助分子如CD28所传递的辅助刺激信号。研究[21]表明,TCR或CD28与配体单独结合仅能激活少量T细胞,造成一种无能状态。除下调CD4以外,Nef也能够加速辅助刺激分子CD28的内化。基因和功能研究[22]显示,Nef介导的CD28内吞作用需要衔接蛋白2(adaptor protein 2,AP2)参与,由Nef,AP2和CD28直接相互作用所引起,Nef的这一作用是一种保守现象。Nef的LL165/166和His194残基对于下调CD28具有关键作用。
CD28分子下调对于病毒的益处尚不明确,一种假说[22]认为,通过下调CD28,病毒能够阻止T细胞激活。CD28和B7分子之间、TCR/CD4和MHCⅡ类分子之间的相互作用对于稳定和维持T细胞与抗原提呈细胞(antigen-presenting cells,APCs)间紧密而又持久的相互作用,具有十分重要的意义。Nef介导的C28和CD4下调可减弱T细胞与APC细胞之间的相互作用促进,感染的T细胞进入血液循环,以及向其他APC细胞运动,从而增强病毒的传播[22]。此外,通过下调CD28,Nef可降低感染T细胞和APC之间的信号传导或干扰正常的TCR启动信号。此效应对于阻断激活诱导的凋亡十分重要。由于Nef可激活特定的下游效因子如活化T细胞核因子(nuclear factor of activated T-cells,NFAT),替代正常信号级联反应[22],因而,尽管CD28被异常下调,但感染的细胞仍能维持于激活状态,导致T细胞激活与抗原提呈脱节。
MHCⅡ蛋白表达于所有抗原提呈细胞中,发挥向CD4+T细胞提呈抗原肽的作用。在慢性感染的单核细胞中,MHCⅡ抗原提呈受到阻碍,HIV-1 Nef可影响MHCⅡ蛋白在细胞表面的定位,减少外源性肽段向CD4+细胞的提呈[23]。
Nef蛋白通过两种机制破坏MHCⅡ抗原提呈,其中包括下调成熟MHCⅡ在细胞表面的表达以及上调MHCⅡ相关的恒定链(invariant chain,Ii)在细胞表面的表达。与Ii的上调相比,成熟MHCⅡ的下调所需Nef的浓度较高[23]。双亮氨酸模体(LL165/166)和酸性模体(EDE174~176)对于Nef诱导的CD4下调和Ii上调十分关键,75和78位脯氨酸突变可阻断MHCⅠ和MHCⅡ下调,但对于Ii上调没有影响[24]。这些结果揭示Nef下调MHCⅡ的详细机制,这一功能在抑制病毒特异性T细胞免疫方面具有重要作用。
研究[24]显示,采用HeLa-CD4-LTR-β-半乳糖苷酶标志的细胞系感染试验中,Nef+HIV-1比Nef-HIV-1感染的细胞多5~20倍;在单轮感染试验中,Nef突变的原病毒DNA生产的病毒颗粒的感染性比野生型病毒株降低4~40倍。Nef缺陷株的传染性可通过在产生病毒的细胞中加入表达Nef的质粒而得以加强。
Nef可通过增加宿主淋巴细胞数量而促进病毒复制。NFAT是一种在协调T细胞激活方面发挥重要作用的转录因子。据Manninen A等[25]报道,Nef可诱导产生NFAT的生成,Nef对于T细胞的这种作用为钙/钙神经素通路所调节,并与Ras通路相协同。在静止的CD4+T淋巴细胞中,NFAT的异常表达可诱导出一种容许状态,在这种状态下,尽管缺少有关T细胞激活方面的证据,但HIV仍然可以在这些细胞中复制。
发动蛋白2对于Nef增加病毒感染性是必需的。据Massimo A等[26]报道,采用RNA干扰技术敲除发动蛋白2后可抑制Nef增加病毒感染性的能力。对于发动蛋白2敲除的细胞,外源性表达发动蛋白2可补救Nef的这一功能。Nef诱导的病毒感染性增加尚依赖于包涵素,因为在包涵素敲除的细胞或表达AP18的细胞中,Nef的这一功能明显降低,甚至完全受到抑制。
Nef可诱导感染的和未感染的免疫效应细胞发生凋亡。在感染的细胞中,Nef诱导HIV特异性细胞毒性T细胞(cytotoxiclymphocyte,CTL)自杀相关因子(factor associated suicide,Fas,CD95)和 Fas配体(CD95L)的表达,凋亡信号的激活导致HIV特异性CTL凋亡,从而出现免疫逃逸。Nef可通过c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)和核因子-κB (nuclear factor-kappa B,NF-κB)信号传导通路诱导凋亡,氨基末端豆蔻酰化破坏或R106A突变后,Nef丧失诱导凋亡的能力[27]。
Nef可增强宿主细胞耐受Fas和肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)-α介导的凋亡,改变病毒感染细胞的胞内微环境。HIV病毒可使感染T细胞表面FasL表达增加[28],促进邻近的CTL凋亡,从而保护感染的细胞。为了阻止FasL和TNF-α诱导感染的细胞发生未成熟死亡,Nef与细胞内凋亡信号调节激酶(apoptosis signal-regulating kinase,ASK1)结合,从而抑制Fas介导的细胞凋亡,保护感染细胞免于凋亡。
Nef也可通过Bad抑制死亡信号传导,Bad是B细胞淋巴瘤/白血病2(B cell lymphoma/lewkmia-2,Bcl-2)蛋白家族中促凋亡成员之一,其表达受HIV诱导,在线粒体水平调控细胞凋亡[29]。Nef介导的磷脂酰肌醇3激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)和p21活化蛋白激酶(p21-activated protein kinases,PAK)激活可导致Bad磷酸化,引起抗凋亡蛋白Bcl-XL从Bad/Bcl-XL复合体中释放出来,增加细胞的存活和病毒的复制[29]。
此外,Nef也可通过氨基末端(1~57位氨基酸残基)直接结合肿瘤抑制因子P53,降低P53蛋白的半衰期、DNA结合能力及转录活性,从而抑制HIV-1感染的细胞发生P53介导的细胞凋亡。具体机制可能是通过激活P21激活的激酶和PI3K而阻止细胞凋亡通路。
Nef作为HIV附属蛋白之一,是相对分子质量较小的豆蔻酰化蛋白,Nef的柔韧性相对较大,具有一些保守模体,这些模体是Nef发挥多种功能的结构基础。
Nef蛋白通过下调 CD4,MHCⅠ,MHCⅡ和CD28分子的表达,在对抗宿主免疫应答方面发挥重要作用。Nef在T细胞中可启动转录,增强病毒的复制和感染性。Nef蛋白也通过抑制外源性和内源性死亡信号而促进感染细胞的存活。
在感染的细胞中Nef作为衔接蛋白募集信号传导复合体,在HIV致病机制方面发挥关键作用。
[1] Peter F.HIV nef:the mother of all evil?[J].Immunity,1998,9:433-437.
[2] Ahmad N,Venkatesan S.Nef protein of HIV-I is a transcriptional repressor of HIV-I LTR[J].Science,1988,241:1481-1485.
[3] Cheng-Mayer C,Iannello P,Shaw K,et al.Differential effects of nef on HIV replication:implications for viral pathogenesis in the host[J].Science,1989,246:1629-1632.
[4] Foster J L,Denial S J,Temple B R,et al.Mechanisms of HIV-1 Nef function and intracellular signaling[J].J Neuroimmune Pharmacol,2011[Epub ahead of print].
[5] Quaranta M G,Mattioli B,Giordani L,et al.Immunoregu-latory effects of HIV-1 Nef protein[J].Biofactors,2009,35:169-174.
[6] Jung J,Byeon I J,Ahn J,et al.Structure,dynamics,and Hck interaction of full-length HIV-1 Nef[J].Proteins,2011[Epub ahead of print].
[7] Geyer M,Munte C E,Schorr J,et al.Structure of the anchor-domain of myristoylated and non-myristoylated HIV-1 Nef protein[J].J Mol Biol,1999,289:123-138.
[8] Williams M,Roeth J F,Kasper M R,et al.Human immunodeficiency virus type 1 Nef domains required for disruption of major histocompatibility complex class I trafficking are also necessary for coprecipitation of Nef with HLA-A2[J].J Virol,2005,79:632-636.
[9] Grzesiek S,Stahl S J,Wingfield P T,et al.The CD4 determinant for downregulation by HIV-1 Nef directly binds to Nef.Mapping of the Nef binding surface by NMR[J].Biochemistry,1996,35:10256-10261.
[10]Franken P,Arold S,Padilla A,et al.HIV-1 Nef protein: purification,crystallizations,and preliminary X-ray diffraction studies[J].Protein Sci,1997,6:2681-2683.
[11]Grzesiek S,Bax A,Clore G M,et al.The solution structure of HIV-1 Nef reveals an unexpected fold and permits delineation of the binding surface for the SH3 domain of Hck tyrosine protein kinase[J].Nat Struct Biol,1996,3: 340-345.
[12]Geyer M,Peterlin B M.Domain assembly,surface accessibility and sequence conservation in full length HIV-1 Nef[J].FEBS Lett.,2001,496:91-95.
[13]Kerkau T,Schmitt-Landgraf R,Schimpl A,et al.Downregulation of HLA class I antigens in HIV-1-infected cells[J].AIDS Res Hum Retroviruses,1989,5:613-620.
[14]Scheppler J A,Nicholson J K,Swan D C,et al.Downmodulation of MHC-I in a CD4+T cell line,CEM-E5,after HIV-1 infection[J].J Immunol,1989,143:2858-2866.
[15]Schwartz O,Maréchal V,Le Gall S,et al.Endocytosis of major histocompatibility complex class I molecules is induced by the HIV-1 Nef protein[J].Nat Med,1996,2: 338-342.
[16]Brumme Z L,John M,Carlson J M,et al.HLA-associated immune escape pathways in HIV-1 subtype B Gag,Pol and Nef proteins[J].PLoS One,2009,4:e6687.
[17]Williams M,Roeth J F,Kasper M R,et al.Direct binding of human immunodeficiency virus type 1 Nef to the major histocompatibility complex class I(MHC-I)cytoplasmic tail disrupts MHC-I trafficking[J].J Virol,2002,76:12173-12184.
[18]Lama J,Mangasarian A,Trono D.Cell-surface expression of CD4 reduces HIV-1 infectivity by blocking Env incorporation in a Nef-and Vpu-inhibitable manner[J].Curr Biol,1999,9:622-631.
[19]Preusser A,Briese L,Baur A S,et al.Direct in vitro binding of full-length human immunodeficiency virus type 1 Nef protein to CD4 cytoplasmic domain[J].J Virol,2001,75: 3960-3964.
[20]Cluet D,Bertsch C,Beyer C,et al.Detection of human immunodeficiency virus type 1 Nef and CD4 physical interaction in living human cells by using bioluminescence resonance energy transfer[J].J Virol,2005,79:8629-8636.
[21]Arora V K,Fredericksen B L,Garcia J V.Nef:agent of cell subversion[J].Microbes Infect,2002,4:189-199.
[22]Swigut T,Shohdy N,Skowronski J.Mechanism for downregulation of CD28 by Nef[J].EMBO J,2001,20:1593-1604.
[23]Schindler M,Würfl S,Benaroch P,et al.Down-modulation of mature major histocompatibility complex class II and up-regulation of invariant chain cell surface expression are well-conserved functions of human and simian immunodeficiency virus nef alleles[J].J Virol,2003,77:10548-10556.
[24]Kimpton J,Emerman M.Detection of replication-competent and pseudotyped human immunodeficiency virus with a sensitive cell line on the basis of activation of an integrated beta-galactosidase gene[J].J Virol,1992,66:2232-2239.
[25]Manninen A,Renkema G H,Saksela K.Synergistic activation of NFAT by HIV-I nef and the Ras/MAPK pathway[J].J Biol Chem,2000,275:16513-16517.
[26]Pizzato M,Helander A,Popova E,et al.Dynamin 2 is required for the enhancement of HIV-1 infectivity by Nef[J].Proc Natl Acad Sci U S A,2007,104:6812-6817.
[27]Lee S B,Park J,Jung J U,et al.Nef induces apoptosis by activating JNK signaling pathway and inhibits NF-kappa B-dependent immune responses in Drosophila[J].J Cell Sci,2005,118:1851-1859.
[28]Lopez H,Zhang L,George N M,et al.Perturbation of the Bcl-2 network and an induced Noxa/Bcl-xL interaction trigger mitochondrial dysfunction after DNA damage[J].J Biol Chem,2010,285:15016-15026.
[29]Olivetta E,Federico M.HIV-1 Nef protects human-monocyte-derived macrophages from HIV-1-induced apoptosis[J].Exp Cell Res,2006,312:890-900.