《太湖流域管理条例》主要围绕五个方面作出制度安排

一是让太湖流域居民“有水喝、喝好水”。为了保障流域内居民饮用水安全，条例强化了地方政府在饮用水水源保护方面的责任，要求地方政府建立饮用水水源日常巡查和监测制度，优先保障居民生活饮用水。

二是让太湖流域水资源“合理配置、科学保护”。为了规范流域水资源配置和保护，条例规定流域水资源调度要遵循统一实施、分级负责的原则，首先满足居民生活用水需要，并维持太湖合理水位；要求地方政府加强水功能区的监测和治理，健全节水、清淤和地下水保护制度，定期组织清淤和疏浚，禁止擅自开采承压地下水。

三是让太湖流域水环境能够“由浊变清，由清变美”。为了强化流域水污染防治措施，条例明确要求建立流域排污总量控制制度；规定在太湖周边及主要入太湖河道两岸等重点区域，禁止新建、扩建化工、医药等项目，禁止违法新建排污口或者水上餐饮设施；要求地方政府推进农业面源污染治理和船舶污染防治，减少化肥和农药的使用量，合理确定水产养殖规模，禁止运输剧毒物质和危险化学品的船舶进入太湖；要求地方政府对污水处理设施进行脱氮除磷技术改造，明确5年内流域主要城乡生活污水要实施统一收集和集中处理。

四是让太湖水域面积“不受蚕食、不再萎缩”。为了加强防洪抗旱与水域岸线保护，条例明确禁止擅自占用水域岸线兴建建设项目，凡兴建建设项目导致水域面积缩小或者行洪、调蓄能力降低的，要采取补救措施；临时占用水域、滩地的，要及时恢复原状；禁止在太湖圈圩或者围湖造地，严格控制联圩并圩。

五是让太湖流域治理措施“有保障、有监督”。为了确保太湖保护和治理的措施落到实处，条例完善了保障机制和监督措施，要求地方政府调整经济结构，优化产业布局，严格限制高耗水、高污染建设项目，合理建设生态防护林，加强对湿地和水生生物资源保护；对减少排污的企业和农民实施扶持；建立行政区域间的生态效益补偿机制；建立地方政府水资源保护和水污染防治目标责任考核制度。