差异基因
- 宫颈癌辐射敏感性差异基因的筛选及免疫相关性分析
敏感性的相关差异基因并进行表达验证以及免疫相关性分析，以期为宫颈癌的治疗提供新思路。1 材料与方法1.1 宫颈癌辐射敏感性差异基因的筛选1.1.1 数据来源及处理 从Gene Expression Omnibus（GEO）数据库（https：//www. ncbi. nlm. nih.gov/geo/）中下载基因表达数据集GSE6213、GSE166466、GSE6791、GSE64217，分别基于平台GPL2895，GPL23126，GPL570 及GP
山东医药 2023年29期2023-11-23
- 基于GEO数据库筛选胶质母细胞瘤相关差异基因及信号通路*
生发展相关的差异基因,为疾病的机制研究寻找新的靶标和研究思路[5-6]。胶质母细胞瘤属于多基因疾病,其发生和恶性进展与遗传因素密切相关[7]。因此,本研究拟通过基因表达谱数据库(GEO)筛选出胶质母细胞瘤相关的差异表达基因,探讨这些潜在致病基因与胶质母细胞瘤患者诊断、预后的相关性,为寻找新的标志物指明方向。1 资料与方法1.1资料来源 本研究对GEO数据库进行检索,选择“human”为物种类别,检索关键词设定为“Glioma”,分析对象为GSE31262基
国际检验医学杂志 2023年20期2023-11-01
- 利用数据库解析高原红细胞增多症与肺动脉高压基因表达差异的关联性*
筛选出共同的差异基因和信号通路,但因目前数据库中关于HAPH相关基因的数据太少,本文就HAPC与PH的基因差异进行比较和分析,旨在为进一步探讨HAPC与PH之间发病机制的异同及关联提供理论依据。1 材料与方法1.1数据来源 使用GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)对以人类为研究样本的HAPC与PH基因数据进行检索,获取GSE29977[9]、GSE53408[10]、GSE703[11]、GSE113439[1
检验医学与临床 2023年13期2023-07-14
- 生信筛选肝癌患者TACE治疗效果相关基因
E无反应组的差异基因,富集分析出相关的基因功能和信号通路,寻找可能作为预后基因的关键基因,为肝癌TACE治疗提供新的思路。资料与方法1．数据来源和差异基因的筛选:GSE104580微阵列表达数据集包含来自GEO数据库,包括81例TACE有反应患者和66例TACE无反应肝癌患者肝癌组织的数据,命名为为TACE反应组和TACE无反应组。下载数据格式为MINiML。使用R软件的Limma软件包(版本:3.40.2)研究mRNA的差异表达。AdjustedP1或l
医学研究杂志 2023年5期2023-06-09
- 基于生物信息学方法分析银屑病病理机制中的调节网络
差异分析；对差异基因进行富集分析了解差异基因的生物学功能与途径；利用数据库预测差异基因靶向的TF群与miRNA群并构建TF-miRNA-mRNA网络图来识别银屑病相关基因的关键基因、miRNA和TF。1.1 数据来源 从GEO上下载银屑病表达谱数据集(GSE41662与GSE166388)。GSE41662数据集包含24名银屑病患者的病变皮肤和非病变皮肤样品，该数据集对每名患者进行2次活检，分别进行病变皮肤样品与非病变皮肤样品的收集，将获得的48个皮肤样品
遵义医科大学学报 2023年2期2023-03-02
- 基于生物信息学方法筛选颈动脉粥样硬化进展的Hub基因及相关通路的研究
出相关疾病的差异基因。然而，独立的微阵列分析常导致假阳性率。本研究从基因表达公共数据库(GEO)中下载关于研究早期和晚期颈动脉粥样硬化的2个微阵列数据集(GSE43292[5]、GSE28829[6])，再将原始数据进行一系列预处理后，筛选出与颈动脉粥样硬化进展相关的差异基因。再对差异基因进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析以寻找潜在的信号通路。然后，利用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络数据库(STRIN
中国临床保健杂志 2022年5期2022-11-23
- 基于生物信息学筛选WT关键基因
数据预处理与差异基因的筛选GEO2R是GEO数据库自带的在线分析工具。GEO2R提供了一个简单的界面，允许用户执行复杂的基于r的GEO数据分析，以帮助识别和可视化差异基因表达[5]。利用geo2r对WT组织样本和非癌组织样本中的表达基因进行差异分析并制作火山图。下载geo2r分析后的数据，设置adj.p.Val2为截取值筛选出差异基因。1.3 基因本体论(Gene Ontology，GO)分析和信号通路(Pathway)分析DAVID(The Databa
云南医药 2022年5期2022-11-01
- 多杀性巴氏杆菌脂多糖刺激羊支气管上皮细胞后的转录组测序与分析
析获得的转录差异基因，并对转录差异基因进行GO功能注释和KEGG富集分析，为Pm LPS与宿主相互作用及其致病机制和疫苗的研发提供参考依据。1 材料与方法1.1 主要实验材料D 型Pm HN01 株（cp037861）和A 型Pm HN02 株（cp037865.1）由本实验室分离；LPS Extraction Kit 购自iNtRON 公司；羊支气管上皮细胞SHP-iCell-a008、双抗（青霉素/链霉素）和胰酶均购自赛百慷（上海）生物技术股份有限公司
中国预防兽医学报 2022年7期2022-10-06
- 鸡皮肤毛囊生长差异基因的生物信息学分析
e和E9me差异基因，以及E7ep/E9ep、E7me/E9me差异基因中共同上下调基因分别导入STRING version 11.5在线软件(https:∥string-db.org/)，得到蛋白互作(protein-protein interaction，PPI)网络，同时将PPI网络导入Cytoscape 3.8.2软件进行可视化。运用STRINGAPP插件计算PPI网络中各节点的拓扑参数，基于Degree选择PPI网络排名前十的关键基因，找出网络中
中国畜牧兽医 2022年9期2022-09-22
- 早发冠心病血瘀证DNA羟甲基化相关差异基因研究
羟甲基化相关差异基因表达，以期寻找PCHD血瘀证诊断和治疗的新靶点。方法 病例来自湖南中医药大学第二附属医院PCHD患者，分为PCHD血瘀证组（A组）和PCHD非血瘀证组（B组），各6例，采用DNA羟甲基化免疫共沉淀芯片技术分析两组的相关羟甲基化差异基因表达情况，并对其进行聚类分析、KEGG通路富集分析及GO功能富集分析。结果 A组与B组相比，高CpG密度启动子差异羟甲基化基因数目343个，低CpG密度启动子差异羟甲基化基因数目144个，通路富集分析得出P
湖南中医药大学学报 2022年4期2022-04-28
- Smad3与乳腺癌免疫相关基因关系研究
1.4 筛选差异基因并绘制热图和韦恩图差异基因分析主要采用R语言Limma 包实现。免疫细胞与基质细胞高低分组基因表达值分别进行比较分析,选择差异倍数大于1.0,显著性小于0.05为差异基因,绘制基因热图。另外,对免疫细胞上调与基质细胞上调取交集基因,免疫基因下调与基质细胞下调取交集基因,R语言Ven包绘制韦恩图,即获得一个上调及下调的交集差异基因列表。1.5 Smad3基因高低组差异基因1 109例肿瘤样本转录组数据,按照Smad3基因表达的中位数,将样
甘肃科学学报 2022年2期2022-04-26
- 脓毒症心肌功能障碍关键基因的筛选及生物信息学分析
据集1.2 差异基因筛选人体以脓毒症患者及健康受试者分组，小鼠以CLP 及假手术分组。使用R 软件对各组数据集进行分析，采用P-Value＜0.05、Log2FC ＞1 为显著性筛选条件，对小鼠共同差异基因进行同源转换，提取脓毒症患者与动物模型共同差异基因。见图1。图1 脓毒症心肌功能障碍差异基因筛选流程1.3 差异基因生物功能分析对脓毒症外周血及SIMD 差异基因进行基因本体（gene ontology，GO）及京都基因和基因组数据库（Kyoto enc
中国医药导报 2022年3期2022-02-16
- 基于生物信息学分析阿米巴痢疾基因表达谱的潜在生物靶标
得。1.2 差异基因的筛选差异基因筛选数据标准化后，通过R软件的limma包（Version 4.0.2）进行差异基因的分析，以P＜0.05和|log2 fold change|＞1为截断标准的基因为差异基因（Differentially Expressed Genes，DEPs）；使用Hiplot （https://hiplot.com.cn/online）在线分析工具绘制DEPs火山图。1.3 差异蛋白的功能富集分析利用Hiplot对DGEs进行富集分
生物化工 2021年6期2022-01-27
- 基于基因芯片的结直肠癌差异表达基因分析
;结直肠癌;差异基因;非编码RNA结直肠癌（Colorectal cancer）是全球范围内发病率最高的三种癌症之一，因其较高的侵袭和转移特性，结直肠癌导致死亡在癌症相关的死亡中占据第二位[1]。结直肠癌的发生和进展涉及基因调控的巨大变化，包括mRNA、miRNA和IncRNA。提供早期诊断和预后信息的生物标志物在结直肠癌治疗中具有重要意义。竞争性内源RNA（competing endogenous RNA，ceRNA）假说认为mRNA、lncRNA等转录
科学与生活 2021年24期2021-12-06
- 基于公共数据库构建甲状腺癌差异基因Cox比例风险回归模型对患者预后评估价值
与预后相关的差异基因;最后通过多因素Cox回归分析成功构建5个差异基因预测甲状腺癌患者预后的模型，并结合患者临床资料对模型进行验证，用于判断甲状腺癌患者预后，现报告如下。1 资料与方法1.1资料收集和差异分析 在GEO数据库中以“Thyroid cancer”为关键词，选取人甲状腺癌组织样本转录组数据集GSE138198和GSE50901，使用R软件及Sva功能包校正批次，利用Limma包分析差异基因，认为符合|log2(Fold Change)|>0.5
临床误诊误治 2021年11期2021-11-24
- 基于基因表达综合数据库与中医传承辅助系统分析气虚血瘀型脑梗死的中医药防治策略
瘀型脑梗死的差异基因及中医药防治方剂，并分析其作用机制，为气虚血瘀型脑梗死的中医药防治策略提供理论依据。方法：采用生物信息学、数据挖掘、网络药理学等多学科交叉方法，对气虚血瘀型脑梗死的中医药防治策略进行探讨。整合基因表达综合数据库（GEO）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）、GeneCards、PubChem、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、STRING、WebGestalt、DAVID多数据库资源及Cytoscape、R语言软件工具，
世界中医药 2021年17期2021-09-28
- 脐带间充质干细胞治疗乳腺癌核心靶点的预测
取治疗疾病的差异基因，还能给出与疾病相关的生物学通路等信息。基于此种背景，本研究将通过采用GEO 数据库利用网络药理学和生物信息学的方法对所选临床实验数据进行分析，研究UC-MSCs 治疗BC 的核心靶点及差异基因，初步探索它们的作用与功能，希望能为治疗BC 提供新的方向。1 UC-MSCs 治疗BC 的材料与方法1.1 材料进入NCBI（www.ncbi.com.cn）选择GEO 数据库以“Human umbilical cord”、“Homo sapi
神经药理学报 2021年6期2021-08-08
- 基于RNA测序对肺腺癌合并肺栓塞表达谱的生物信息学分析
并PE相关的差异基因，探讨其发生的分子机制，为其早期诊断和治疗奠定基础。1 对象与方法1.1 研究对象 前瞻性研究。选取新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1～12月住院的肺腺癌合并肺栓塞患者4例为肺腺癌合并肺栓塞组，男3例，女1例；年龄范围为31～62岁，年龄(48.5±12.9)岁，中位年龄50.5岁。选取同期入院的单纯肺腺癌患者4例为肺腺癌组，男2例，女2例；年龄范围为40～75岁，年龄(58.5±15.3)岁，中位年龄59.5岁。选取同期入院的单纯肺
国际呼吸杂志 2021年11期2021-07-06
- 利用生物信息学分析方法研究糖酵解相关基因在宫颈癌组织中的表达谱
包对识别出的差异基因进行GO 功能和KEGG 通路富集分析。基于在线网站String（https://string-db.org/）构建的糖酵解相关差异基因蛋白互作网，利用cytoscape 软件中的cytohubba 插件对这些差异基因进行蛋白互作网络分析。按照degree 大于10 的标准，识别蛋白互作网络中的核心基因。2 结果2.1 筛选差异基因的结果本次研究中共筛选出76 个差异基因。其中包括54 个基于正常宫颈组织基因上调的差异基因，22 个基于
当代医药论丛 2021年9期2021-05-19
- 基于生物信息学筛选、分析和验证骨肉瘤差异基因*
数据从而找出差异基因，并通过Gene Ontology(GO)富集分析、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路分析和蛋白互作(protein-protein interactions,PPI)网络图找出最具有意义的基因，为新的治疗方案提供参考或线索。1 材料和方法1.1 基因芯片的检索和选取登录GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)，输入检索目标“osteos
肿瘤预防与治疗 2021年3期2021-04-02
- 基于生物信息学途径探究卵巢癌关键预后基因
法1. 共同差异基因的筛选：将GSE14407、GSE18520、GSE54388和GSE66957芯片数据导入R语言(https://www.r-project.org/)软件中，使用affy包对上述数据集的原始数据进行标准化处理，并运用Limma包(http：//www.bioconductor.org/package/release/bioc/html/limma.html/)对GEO芯片数据进行差异计算，筛选阈值设为校正后P2.共同差异基因的功能富
中国生育健康杂志 2021年1期2021-02-03
- 急性心肌梗死不同类型标本的共同差异基因
本中识别共同差异基因，更具普遍性意义，同时应用定量准确、重现性非常好的实时荧光定量PCR验证基因表达，更加可靠，并探讨这些基因表达差异的生物信息学意义，从而进一步扩充AMI分子致病机制基因方向的研究，为预防及诊治AMI提供新的依据。1 材料与方法1.1芯片生物分析1.1.1获取基因表达谱数据 搜索美国国立生物技术信息中心(NCBI)GEO数据库，关键词为 “Acute myocardial infarction”,“AMI”,and “Gene expre
中国老年学杂志 2021年1期2021-01-06
- 基于生信分析探讨吸烟肺腺癌患者自噬相关基因及其机制
的样本之间的差异基因。差异基因筛选标准为调整后的P2。选择数据集相交处的差异基因(GSE32863、GSE75037 和TCGA)进行后续研究。R 软件绘制热图。1.3 差异基因的富集分析 使用在线数据库DAVID 6.8 (https：//david.ncifcrf.gov)进 行 吸烟肺腺癌患者的差异基因富集分析。以人源基因为背景进行GO 基因注释和京都基因和基因组百科全书 (Kyoto Encyclopedia of Genes and Geno m
国际呼吸杂志 2020年22期2020-11-30
- 干燥综合征基因差异谱的生物信息学分析
干燥综合征的差异基因，为干燥综合征的治疗提供新靶点。方法：在GEO数据库中下载并筛选干燥综合征相关的差异表达基因，利用STRING在线数据库构建蛋白与蛋白相互作用关系网络，运用Cytoscape软件筛选出关键基因，通过DAVID数据平台对差异基因进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：通过分析基因芯片GSE127952后获得406个差异基因，筛选出STAT1、MX1、IFIT1、IFIT3、ISG15等10个关键基因;G
风湿病与关节炎 2020年9期2020-11-17
- 基于高通量测序的都匀地区福鼎大白种茶树根茎叶分析
因。叶与茎的差异基因有5 595个，其中2 769个在茎中上调，2 826个下调，叶与根有9 650个差异基因，5 056个上调，4 594个下调，茎与根中有5 644个差异基因，2 938个上调，2 706个下调，并通过GO和KEGG分析，将差异基因进行功能注释和富集分析。上述结果为揭示都匀地区福鼎大白种茶参与类黄酮、茶氨酸和咖啡碱等代谢途径相关的基因提供了参考，为选育优良品种等提供了理论依据。关键词：都匀地区，福鼎大白种，根茎叶，高通量测序，差异基因中
广西植物 2020年9期2020-11-02
- 脓毒血症患者急性肺损伤的差异基因表达分析
合并ALI的差异基因进行探讨。1 材料与方法1.1 一般资料 本文患者资料来源为美国国立生物技术信息中心公共数据库,患者为匹兹堡大学医学中心ICU 中的13 例脓毒血症合并ALI患者和21例单纯脓毒血症患者。每例患者入院后48 h内取全血,提取RNA 进行基因表达谱分析和比较分析。1.2 基因芯片GSE10474数据集的下载 本研究首先从美国国立生物技术信息中心公共数据平台GEO 下载基因芯片GSE10474 数据集,其中包括13例脓毒血症合并ALI患者和
国际呼吸杂志 2020年18期2020-10-12
- 基于生物信息学分析对胶质母细胞瘤特异性生物标志物的筛查
。1.2筛选差异基因 使用在线软件GEO2R筛选GSE 116520数据集中TC、PT和Control组织两两之间的差异基因。以adj.P值2为标准来筛选差异表达基因。利用Venn图网站分析上述三组之间的差异表达基因的交叉。1.3分析转录因子和调控网络 使用在线网站X2K(Expression2Kinases)查找转录因子(Transcription factor，TF)与其靶基因之间的调控关系。选取TC vs Control与PT vs TC差异基因的交
山东医学高等专科学校学报 2020年4期2020-08-31
- 多发性骨髓瘤患者与健康人脂肪基质细胞差异的关键基因测定及分析
.gov)对差异基因进行基因聚类分析(GO聚类分析和KEGG通路分析)。肿瘤关键基因的生存预后分析由癌症数据在线分析、挖掘网站(UALCAN http：//www.ualcan.path.edu/index.html)在线分析而得。2 健康和MM患者脂肪基质细胞差异基因的筛选下载GSE133346微阵列芯片数据包，通过R语言软件对芯片进行质量监控，在确认芯片质量的情况下对芯片数据RMA法矫正。平台文件GPL570-55999对矫正后数据转换基因ID至国际通
解放军医学院学报 2020年4期2020-07-08
- 帕金森病关键基因及通路的筛选及其生物信息学分析
片数据，寻找差异基因及其关键通路。 方法 利用GEO数据库中高通量基因芯片数据库筛选出帕金森病患者与健康对照的芯片。采用GO基因功能注释和KEGG通路富集分析，筛选出帕金森病的特征基因簇和通路，并进行蛋白质相互作用网络可视化分析。 结果 筛选出15个差异基因及7个关键节点蛋白。经差异基因分析后，发现神经丝、网格蛋白包被组装及多巴胺受体信号通路富集程度最高。 结论 本研究利用生物信息学方法，从不同的角度研究帕金森病的遗传学背景，在基因层面为帕金森病的诊断学标
中国现代医生 2020年12期2020-07-04
- 原发性干燥综合征差异基因及潜在治疗药物的生物信息分析
照组织之间的差异基因，分析与pSS相关基因和信号通路，探讨pSS可能的发生机制，并利用pSS相关基因筛选潜在治疗药物，为pSS的的进一步研究提供线索。1 材料与方法1.1GEO数据集获取 基因表达综合系统(GEO)下载GSE7451[6]、GSE40611[7]、GSE127952 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE127952) 3个原发性干燥综合征基因表达数据作为分析数据集，同
临床荟萃 2020年6期2020-05-21
- 3种糖尿病肾病动物模型的共同差异基因筛选
鼠的肾小球的差异基因。筛选标准为P1.5，即|logFC|>0.585。对3种鼠模型取交集，找到共同差异表达基因。1.4富集分析为了确定共同差异基因富集的生物过程、细胞组分、分子功能以及生物途径，进行基因本体论(Gene Ontology, GO)富集和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes , KEGG)途径分析[9]，使用生物学信息注释数据库(the database for annot
医学研究生学报 2020年2期2020-03-27
- 心肌梗死后心力衰竭大鼠左心室心肌基因组学特征的生物信息学研究
）。1.2 差异基因分析 应用GEO2R 在线软件（www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/）筛选两组差异基因，并选取上调、下调倍数最显著的基因各20 个进行分析。1.3 功能及信号通路富集分析 将40 个差异基因提交至DAVID 6.8 数据库（www.david.abcc.ncifcrf.gov）进行GO 功能富集分析及KEGG Pathway 富集分析，并通过在线工具webgestalt（www.webgestalt.org）进
实用心脑肺血管病杂志 2020年1期2020-03-09
- 利用生物信息学分析鉴定鼻咽癌转移的信号通路及核心基因
细胞对比芯片差异基因进行比对获得共同差异基因。利用基因本体论（GO）和京都百科全书基因和基因组数据库（KEGG）对共同差异基因进行富集并利用 DAVIDE 在线进行分析。共同差异基因的蛋白质互作（PPI）网络由 STRING 数据库构建。Hub 基因分析通过 Cytoscape 软件中的 cytoHubba 插件制作。关键基因的生存分析通过 Kaplan Meier-plotter 数据库分析获得。GSE103611 数据集中共鉴定出差异基因共 3301
中国医药生物技术 2019年6期2019-12-23
- 基于GEO数据库分析类风湿关节炎的关键差异基因
风湿关节炎的差异基因，为类风湿关节炎的治疗提供新的靶点。方法：检索GEO数据库中关于类风湿关节炎的相关芯片，借助R语言分析差异基因，构建差异基因蛋白质-蛋白质相互作用关系（PPI），拓扑筛选关键差异基因，利用DAVID数据库对关键差异基因进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果：①检索GEO数据库确定序列号为GSE55457的芯片，利用R语言分析筛选出300个差异基因，通过String数据库构建PPI，运用自由度拓扑筛选出197个关键差异基因;②通过DAV
风湿病与关节炎 2019年10期2019-12-02
- 转录组测序研究兰州百合抗冻关键基因及途径
2.3.1 差异基因GO富集分析 将所有差异表达基因映射到Gene Ontology 数据库的各个功能分类中，计算每个分类的基因数目，与整体基因组背景相比，找出在差异表达基因中显著富集的功能分类。对上调的差异基因进行富集分析，结果（图4）发现，在细胞成分中，差异基因富集效果较明显的有细胞核，基因占比13.81%；细胞内细胞器，基因占比16.06%；面上细胞器，基因占比16.06%。分子功能中差异基因富集效果较明显的功能有钙离子结合，基因占比3.52%；离子
广东农业科学 2019年8期2019-10-10
- 棉铃虫Bt抗感品系的转录组差异表达分析
果显示，Bt差异基因主要富集在氨肽酶、蛋白酶通路，可能对抗性产生影响。该研究为解释棉铃虫Bt抗性机理、挖掘新的抗性基因提供了重要依据。关键词：棉铃虫;Bt抗性;转录组测序;差异基因中图分类号：S435.622+.3：Q786文献标识号：A文章编号：1001-4942（2019）07-0005-05Abstract Cotton bollworm （Helicoverpa armigera） is a global agricultural pest tha
山东农业科学 2019年7期2019-09-03
- 基于GEO和TCGA数据库分析促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4在结直肠癌中表达*
筛选结直肠癌差异基因，分析生存曲线，为早期诊断结直肠癌提供新的标志物及其治疗提供理论依据。1 材料与方法1.1 GEO数据库芯片筛选本研究通过检索NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),选择GEO Datasets，检索Colorectal cancer，选择Homo sapiens ，共检索出27723芯片。选择GSE21510，包含104例样本；GSE25071，包含50例样本；GSE32323，包含10例样本。3组共纳
中国应用生理学杂志 2019年3期2019-07-03
- 肥胖大鼠经Roux-en-Y胃旁路术减重后脂肪组织差异基因表达的生物信息学分析
1.2.1 差异基因的筛选 利用R语言中“limma”包筛选差异基因[3],筛选标准为P1。1.2.2 差异基因的GO功能和KEGG Pathway富集分析 采用DAVID在线数据库(https://david.ncifcrf.gov/)对差异基因进行Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)Pathway富集分析,以P1.2.3 差异基因所编码蛋白质相互作用(protei
山西医科大学学报 2019年4期2019-04-25
- 基于GEO数据库对骨关节炎滑膜差异基因的筛选及生物信息学分析
常关节滑膜间差异基因进行分析，探索骨关节炎的发病机制。方法：从GEO数据库下载关节滑膜基因芯片数据库，利用GEO2R筛选出差异基因，DAVID 6.7数据库对差异基因进行功能GO分析及KEGG信号通路分析，String-db数据库构建蛋白之间的相互作用网络图（PPI），并采用Cytoscape 3.6.1软件获取关键靶基因。结果：GEO2R共筛选出差异基因490个，包含上调基因61个，下调基因429个，其主要涉及细胞分化、细胞生长、骨骼肌器官发育、cAMP
风湿病与关节炎 2019年2期2019-04-15
- 顺铂耐药相关基因的筛选、验证及生物信息学分析∗
方法分析共同差异基因并运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行验证，同时分析差异基因表达对患者预后的影响，旨在筛选出在不同肿瘤细胞顺铂耐药形成中共同起作用的关键基因，为临床寻找逆转顺铂耐药和改善患者预后的新靶标提供理论基础，现报道如下。1 材料与方法1.1基因芯片数据收集 从基因表达数据库GEO(www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中下载得到ID号为GSE33482的卵巢上皮癌mRNA芯片数据及ID号为GSE108214的肺腺癌mRNA芯
重庆医学 2019年1期2019-02-16
- 巨噬细胞极化相关差异基因的筛选及其在脓毒症中的潜在治疗价值
巨噬细胞极化差异基因，寻找调节脓毒症炎症反应的潜在治疗靶点，提高脓毒症患者的生存率，改善预后。1 资料与方法1.1数据来源从综合性基因表达(gene expression omnibus，GEO)数据库选取GSE5099和GSE57614 2套基因芯片数据集，其中GSE5099种属为人，芯片平台为GPL96[HG-U133A] Affymetrix Human Genome U133A Array、GPL97[HG-U133B] Affymetrix Hu
新乡医学院学报 2019年2期2019-01-31
- 干旱胁迫下谷子的转录组分析
，对筛选出的差异基因进行分析及归类。2 结果与分析2.1 不同时间处理后差异基因分析在 RNA-seq 技术中，FPKM (expected number of Fragments Per Kilobase of transcript sequence per Millions base pairs sequenced) 是每百万测序碱基中来自某一基因每千碱基长度的fragments数目，其同时考虑了测序深度和基因长度对fragments计数的影响，是目前
山东农业科学 2018年10期2018-11-05
- 肾透明细胞癌基因表达谱芯片的生物信息学分析
序数据进行了差异基因筛选，并进行了生物信息学分析，包括通路富集、蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络分析和生存分析，旨在为ccRCC分子机制研究提供基础。对象与方法一、数据下载本文从GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载ccRCC mRNA表达谱芯片GSE53757，该数据集有144个样本，其中包括72例ccRCC及72例正常肾脏组织。同时从TCGA(http
现代泌尿生殖肿瘤杂志 2018年4期2018-10-10
- 基因芯片技术检测NOB1对骨肉瘤细胞相关基因的调控作用
的基因，并对差异基因进行相关分析，为进一步研究NOB1在骨肉瘤中的功能奠定分子基础。1 材料与方法1.1 细胞株、主要试剂和仪器 Lv-shNOB1-U2OS细胞株及其相应的对照细胞Lv-shCon-U2OS细胞株由本课题组建立。RNA LabChip○Rkits、RNA 6000 nano marker、表达谱芯片配套试剂盒、Gene Expression Hybridization Kit和Gene Expression Wash Buffer Kit
吉林大学学报（医学版） 2018年5期2018-10-10
- 胃腺癌预后基因的筛选和分析
息。1.2 差异基因的筛选方法本研究中数据主要采用R语言edgeR包进行数据分析,edgeR包是bioconductor中专门用于处理RNA-seq数据的基于R语言的软件包,可对基因数据进行处理、分析。差异基因的筛选条件为差异倍数FC>1,P1.3 GO和Pathway富集方法使用DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)在线基因注释软件对差异基因进行Gene Ontology(GO)功能和Pathway生物通路富集分析,FDR1.
山西医科大学学报 2018年5期2018-06-06
- 妊娠期乳腺癌相关基因的生物信息学分析
理数据和分析差异基因：主要是按照统计学分析方式对芯片数据进行分析，首先需要将数据上传至专业软件中，通过该软件处理数据，并且使用t检验对两组数据进行分析。按照肿瘤上皮组织和正常上皮组织进行分组，之后对比分析两组样本的数据。过滤数据信息，筛选差异基因。（2）差异基因的基因本体论通路分析和富集分析：首先就是生物学信息注视数据库，在大规模基因列表当中找寻生物功能注释信息，此次筛选的差异基因上传DAVID在线软件，在其中选择基因功能注释指令，需要全面分析以上基因的细
实用妇科内分泌杂志(电子版) 2018年2期2018-01-29
- 基于高通量测序的药用植物“凤丹”根皮的转录组分析
次生代谢； 差异基因； 简单重复序列Next generation sequencing and transcriptome analysis ofroot bark from Paeonia suffruticosa cv Feng DanXIE Dongmei1，2， YU Nianjun1*， HUANG Luqi2*， PENG Daiyin1， LIU Congbin1， ZHU Yuejian3， HUANG Hao4（1 Institute
中国中药杂志 2017年15期2017-08-30
- 基于高通量测序的药用植物“凤丹”根皮的转录组分析
次生代谢； 差异基因； 简单重复序列Next generation sequencing and transcriptome analysis ofroot bark from Paeonia suffruticosa cv Feng DanXIE Dongmei1，2， YU Nianjun1*， HUANG Luqi2*， PENG Daiyin1， LIU Congbin1， ZHU Yuejian3， HUANG Hao4（1 Institute
中国中药杂志 2017年15期2017-08-30
- 紫檀芪处理对酿酒酵母基因组表达变化的影响
；酿酒酵母；差异基因；基因表达中图分类号：Q786文献标志码：A文章编号：1002-1302（2017）05-0044-02紫檀芪（3，5-二甲氧基-4′-羟基二苯乙烯）广泛存在于葡萄、广西血竭和蜂胶中，是目前研究较多的白藜芦醇天然衍生物[1-3]。紫檀芪的体外抗真菌特性比白藜芦醇高5～10倍[4]，然而对其抗菌分子机制的相关研究相对较少。本研究分析紫檀芪作用酿酒酵母基因芯片数据，为了解白藜芦醇处理对真菌基因表达变化的影响，以及为其抗真菌的分子机制提供理论
江苏农业科学 2017年5期2017-04-15
- 紫檀芪处理对酿酒酵母基因组表达变化的影响
；酿酒酵母；差异基因；基因表达中图分类号：Q786文献标志码：A文章编号：1002-1302（2017）05-0044-02紫檀芪（3，5-二甲氧基-4′-羟基二苯乙烯）广泛存在于葡萄、广西血竭和蜂胶中，是目前研究较多的白藜芦醇天然衍生物[1-3]。紫檀芪的体外抗真菌特性比白藜芦醇高5～10倍[4]，然而对其抗菌分子机制的相关研究相对较少。本研究分析紫檀芪作用酿酒酵母基因芯片数据，为了解白藜芦醇处理对真菌基因表达变化的影响，以及为其抗真菌的分子机制提供理论
江苏农业科学 2017年5期2017-04-15
- 利用生物信息学发现基因HADH与SRC为卵巢癌潜在治疗靶基因
据分析，获得差异基因。利用Cluego[2]对所有差异表达基因进行基因本体论（Gene Ontology，GO）富集分析和信号通路的富集分析（KyotoEncyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）。最后利用Cytoscape[3]对所有差异基因的编码蛋白构建蛋白相互作用网络（PPI）。2 结 果2.1 芯片数据经过检索与整理，将卵巢癌基因芯片GSE105437数据纳入研究。2.2 差异基因选择利用在线工具GEO2R 进行芯
临床医药文献杂志(电子版) 2017年97期2017-03-20
- 两个品种马骨髓基因表达谱分析
髓；表达谱；差异基因蒙古马（Mongolian horse）是我国乃至世界著名的地方品种之一，具有抗病力强，持久力好，抗严寒、耐粗饲等优点，能够适应恶劣的气候及粗放的饲养条件，可以识别毒草而不中毒，除寄生虫病和外伤，很少发生内科疾病［1］。蒙古马具有的这些优良性状与其长期生活的环境和遗传因素有着直接的关系。对于某一性状的研究，可以通过与此性状相关的组织器官入手，研究与该性状相关的候选基因或者筛选出与该性状相关的基因［2－3］。骨髓（Bone marrow）
畜牧兽医学报 2016年5期2016-07-16
- 利用cDNA阵列初步发掘橡胶树抗寒相关基因
种质材料间的差异基因有21个，其中在93-114中上调的有12个，下调的有9个。进一步对这些基因进行了功能注释。关键词 橡胶树；cDNA文库；cDNA阵列；抗寒；差异基因中图分类号 Q78；S794.1 文献标识码 AAbstract The rubber tree cDNA arrays containing 11 708 unigenes were constructed using a cold inducing cDNA library. The
热带作物学报 2016年6期2016-05-30
- 杜仲叶片不同发育时期数字基因表达谱分析
分析,共获得差异基因3 002个,其中1 764个表达量上调,1 238个下调,这些差异表达基因主要行使催化、氧化还原等功能,参与代谢过程和生物过程等;进一步Pathway富集分析发现,苯丙素类生物合成途径相关基因被富集,其中调控绿原酸合成的6个基因差异表达显著;对这些基因表达模式进行分析显示,4月中旬和9月中旬基因的表达量较高,暗示这两个时期对于绿原酸的合成具有重要作用。荧光定量RT-PCR检测6个绿原酸合成相关基因和12个随机选择的差异表达基因,验证结
西北植物学报 2016年2期2016-03-24
- 利用基因芯片技术筛选食管癌细胞侵袭转移的相关分子靶标
109-T4差异基因有80个：与母系比较，在Eca109-T4中上调表达的基因有34个，下调表达的基因有46个。经qRT-PCR验证：CXCR7在Eca109-T4中的mRNA表达量(9.86±1.38)显著高于Eca109(6.04±1.88，P0.05)无明显差异。结论基因芯片技术是一高效筛选食管癌侵袭转移相关基因的方法，CXCR7、SDC2、HSP90α1等基因可能与食管癌侵袭转移机制相关。关键词〔〕食管癌；转移；基因芯片；差异基因中图分类号〔〕R7
中国老年学杂志 2015年8期2015-12-30
- 基于文献挖掘的前列腺癌蛋白组学与基因组学差异基因的生物信息学分析
学与基因组学差异基因的生物信息学分析陈晨，曹笑歌，张立国，么安亮，刘健，康绍叁，高伟兴，韩会，曹凤宏，李治国目的通过前列腺癌(PCa)蛋白组学与基因组学文献，挖掘与PCa存在相关性并缺乏具体研究的差异基因，并分析其参与的生物过程与通路。方法计算机检索PubMed数据库，检索策略:“(prostate cancer［Title］) AND Proteomics”“(prostate cancer［Title］)AND Genomics”，时间限定为建库至20
中国全科医学 2015年32期2015-09-14
- 肥胖患者性别差异的基因表达谱数据分析
1.2.1 差异基因分析:使用qlucore omics explorer 3.0(http://www.qlucore.com/)，对数据集GDS3602进行差异基因分析，将数据集中样本按肥胖女性OF组(obese female)、肥胖男性OM组(obese male)、正常女性LF组(lean female)、正常男性LM组(lean male)进行分组，以性别分类对其进行两组比较(two group comparison)，方差过滤取值0.001，P
基础医学与临床 2015年6期2015-05-11
- SSH技术在丝状真菌功能基因筛选中的应用
SH）技术；差异基因；丝状真菌；筛选中图分类号：Q949.32；Q78 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2014）03-0500-05近年来随着分子生物学的不断发展，差异表达基因已逐渐成为功能基因组学研究的热点，分离、克隆、敲除某些具有特定功能的差异表达基因可为进一步揭示生物性状的调控机制奠定基础。目前，用于差异表达基因研究的技术主要有差异显示PCR （Differential display PCR，DDRT-PCR）、代表性差异分析PCR
湖北农业科学 2014年3期2014-07-21