二代测序技术诊断鹦鹉热衣原体肺炎1 例并文献复习

童卫泉，李 宁，方秋雁（通讯作者）

（浙江大学医学院附属第四医院呼吸与危重症医学科 浙江 义乌 322000）

1.病例资料

患者，男性，72 岁，农民，因“发热3 d，咳嗽、胸闷气急1 d”。于2020 年10 月21 日就诊于浙江大学医学院附属第四医院急诊科。3 d 前患者无明显诱因下出现发热，乏力，程度轻未就医。2 d 前患者自觉发热程度加重，于当地卫生院就诊，查血常规：白细胞9.28×109/L,CRP 30.3 mg/L，予头孢西丁静滴2 d，同时予中药口服治疗，具体药物不详。治疗后病情无好转，患者出现高热，遂来我院急诊就医。当时测体温39.0 ℃，白细胞计数6.4×10-9/L，中性粒细胞百分比81.1%，C 反应蛋白144.6 mg/L，降钙素原定量3.157 ng/mL，肺部CT 示：右肺上叶感染考虑，左肺下叶小结节；右侧少量胸腔积液。予对乙酰氨基酚片口服退热后自觉症状稍好转，转入呼吸与危重症医学科病房继续治疗。

入院查体：体温38.7 ℃，心率110 次/分，呼吸25 次/分，血压141/87 mmHg，神志清，精神差，体型消瘦，皮肤巩膜未见黄染，浅表淋巴结未及肿大，鼻导管吸氧，呼吸稍急促，右中上肺呼吸减低，余肺呼吸音粗，未闻及干湿性音，心界正常，心律齐，未闻及病理性杂音，腹平软，无压痛、反跳痛，肝脾肋下未及，肾区无叩击痛，双下肢无水肿，神经系统病理征阴性。自述近几日有厌油腻症状。既往体健，无结核、乙肝及过敏史、无吸烟酗酒等不良嗜好。转入呼吸与危重症医学科后，考虑患者发热为肺部炎症所致，予经验性使用哌拉西林钠他唑巴坦钠4.5 g 静脉滴注8 h 一次抗感染，辅以化痰护胃等对症治疗。次日，患者炎症指标CRP、PCT 继续升高，仍出现39.5 ℃的高热。患者肺部感染明确，且病情较重，因病原学不详，予留取痰及血标本后，并于当日行支气管镜检查提示右上叶尖段开口稍狭窄，余支气管均通畅，未见新生物。留取肺泡灌洗液送华大基因病原体基因二代测序（next generation sequencing, NGS）检测。调整为莫西沙星氯化钠注射液0.4 g 静脉滴注1 次/d 联合亚胺培南西司他丁钠0.5 g 静脉滴注6 h 一次抗感染。期间检测呼吸道病原体IgM 抗体、血清抗核抗体、血管炎系列、G 试验、GM 试验均阴性。痰培养及血培养均阴性。10 月26 日肺泡灌洗液病原微生物高通量基因检测测序结果提示：鹦鹉热衣原体（序列数：1295）和白色念珠菌（序列数：288），进一步询问病史，患者表示发病前3 d 有死鸡接触史，结合患者肺泡灌洗液测序结果，考虑为鹦鹉热衣原体所致的较严重肺炎，予加用盐酸多西环素胶囊0.1 g 口服每日二次联合亚胺培南西司他丁钠0.5 g 静脉滴注6 h 一次抗感染，患者体温恢复正常，炎症指标下降。2020 年11 月2 日复查胸部CT 提示：肺部病灶部分吸收，病情好转，予抗生素降阶梯为莫西沙星片0.4 g 口服1 次/d 联合多西环素胶囊0.1 g 口服每日二次抗感染治疗，患者生命体征平稳，一般情况可，炎症指标降至正常范围予带药出院。2021 年1 月11 日患者复查肺部CT：右肺上叶少许炎症，对照前片（2020 年11 月2 日）明显吸收。

2.讨论

鹦鹉热衣原体是一种革兰阴性需氧细胞内寄生的人畜共患病原体[1]。主要宿主为鸟类，受感染的鸟类通常无症状，少数可能出现发冷，厌食和腹泻等症状，其粪便、鼻腔分泌物可携带及传播病原体，人类常因接触带病原体的分泌物或吸入受污染的气溶胶而患病[2]。鹦鹉热衣原体的宿主不仅限于鹦鹉，其他鸟类也可以传播，因此也常被称为鸟病。该病患者与人之间的传播少见，不需要隔离和药物预防，但疾病症状表现多种多样以及低特异性使该病诊断困难。鹦鹉热衣原体致病通常潜伏期一般在5 ～15 d 左右，隐匿起病，并突然导致多种临床综合征，早期诊断和早期治疗可明显降低该病的病死率。据统计，鹦鹉热衣原体感染大多以不明原因的发热，肺部炎症常为首发表现，发展至重症肺炎时，病死率较高。

鹦鹉热衣原体肺炎多发于中老年人群，大多有鸟类接触史，常见的临床表现有：高热、咳嗽、咳痰、厌食油腻食物，部分患者伴有头痛肌肉酸痛。发展为重症肺炎时可出现缺氧表现如发绀、呼吸困难、烦躁甚至昏迷等情况。其影像学表现缺乏特异性，X 线胸片表现为：斑片状磨玻璃影或大片融合实变影，沿肺段分布，以下叶受累为主，右肺上叶感染灶相对少见，少数可见淋巴结肿大及胸腔积液。肺部CT 多表现为实变，磨玻璃影或沿胸膜分布的单发结节[3]。本例患者主要表现为右肺上叶病灶，为少见病灶部位，且阴影沿支气管血管束分布，分析可能与病原菌血行播散有关。

鹦鹉热衣原体肺炎的确诊目前主要依靠实验室检查，常用的检查方法有血清学抗体检测和病原学培养，一般医院的实验室很少开展鹦鹉热衣原体血清抗体的检测；至于病原学细胞培养，常用于实验研究，耗时长，不利于疾病的早诊断与治疗。基因测序技术是近年来飞速发展病原微生物精准检测方法之一。下一代测序技术（next generation sequencing, NGS），也叫高通量测序技术，是一种能将大量DNA 片段同时和独立测序，快速获取患者的病变体液及组织中病原体的核酸序列，然后比对特定的微生物数据库，从而获取患者样本中的微生物信息，具有速度快、测序病原微生物种类多的特点。与一般的实验室检测相比，NGS 直接提取样本中全部微生物的核酸进行测序，具有敏感度高、检测范围广等优势。该方法可以进行多种病原微生物的检测，是一种较为可靠的病原学补充诊断方法[4]。二代测序对少见感染、新型及复杂病原体感染的检出具有明显优势，理论上基于特定的核酸序列，可实现大多数微生物的鉴定[5]。但需注意目前病原微生物二代测序技术仍存在一定的局限性，比如检测报告中常包含一些其他定植病原微生物，给鉴别致病微生物带来干扰，此外，在测序过程中尚无统一的质控标准与规范的测序流程。值得注意的是目前尚缺乏公认的测序结果分析和判读标准。在临床实践中常出现测序结果与治疗方法之间不符的情况，需结合患者的临床特征以及其他传统检测方法加以验证。因此二代测序阳性结果的病例需结合PCR，细菌学，血清学，免疫组织化学等方法加以验证。此外，二代测序检测费用高，未纳入医保完全自费，增加了患者就医负担，因而在临床上需严格掌握使用的指针。但是另一方面，特殊病原体肺炎临床表现特异性低，容易误诊，一般检测方法难以明确病原体，常导致治疗效果不佳，二代测序技术可快速检测出鹦鹉热衣原体等特殊病原体。在原因不明的肺炎诊断中具有重要的作用。依据二代测序结果可进行精准的抗感染治疗，可减少不必要抗菌药物的使用，改善患者预后。

本例入院后行多次血、痰标本以及肺泡灌洗液培养均未明确病原体，最终肺泡灌洗液的二代测序技术检出高序列数的鹦鹉热衣原体（序列数129）和白色念珠菌（序列数288）。白色念珠菌为真菌，考虑为呼吸道定植菌，其感染的临床表现为咳白色粘痰，口腔，咽部及支气管黏膜可见散在点状白膜，部分患者可出现发热，畏寒，咳脓痰，并带有血丝，甚至有咯血，呼吸困难，肺部闻及干湿性的啰音与本病例不符，并且该患者未使用抗真菌药物体温及炎症指标下降，肺部病变吸收，故不考虑白色念珠菌感染引起的肺炎。

本例临床症状和影像学表现为较严重的肺炎，二代测序检出高序列数鹦鹉热衣原体，支持较重的鹦鹉热衣原体肺炎的诊断。目前，鹦鹉热衣原体肺炎抗菌治疗首选四环素类药物，但是近年来研究发现部分衣原体菌属已对四环素类药物耐药。因此，我们最初经验性抗感染治疗效果不佳的情况下，给予亚胺培南西司他丁联合莫西沙星抗感染治疗。待患者病情稳定后炎症指标好转逐步将抗生素降阶梯，调整为莫西沙星片联合多西环素片口服治疗。与一般的非典型肺炎表现不同，本病病变部位吸收慢，病灶吸收时间约需6 周左右，甚至最长者需20 周左右。本例明确病原体后经积极抗感染治疗体温迅速恢复正常，肺部阴影在治疗60 d 后复查肺部CT 明显吸收，也表明了本病较长的病程。鹦鹉热衣原体肺炎常规病原学方法检测困难，二代测序技术在该病例的诊治中显示出了特有的优势，相信在不久的将来二代测序技术在临床少见病原体感染的诊断方面会有很好的应用前景。