医学院校科研中与心肌梗死相关基因MIAT位点筛选的研究＊

唐赛赛（通讯作者） 李宝燕 周玉明 程 林 王海凤 许梦婷 胡江波

（1.山东中医药高等专科学校，山东 烟台 264100；2.滨州医学院附属医院，山东 烟台 264100）

随着生活方式的改变，我国心肌梗死（myocardialinfarction，MI）发病率呈逐年升高，且有年轻化趋势。目前已证实MI主要危险因素包括：高血压、血脂异常、糖尿病、吸烟、超重和肥胖、年龄、性别等[1]。近年来研究发现[2]，在一些个体中，常表现出明显家族史，提示遗传因素在诱发MI发挥重要作用，而基因多态性是决定这种遗传性重要因素。因此，对某一疾病人群和正常对照人群进行单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism，SNP）对比研究，可确定SNP位点与该疾病发病风险的关系[3]，因而广泛应用于疾病遗传易感性研究。长链非编码RNA（longnon-codingRNA，lncRNA）是一类转录本长度超过200nt，位于细胞质内或胞核内功能性非编码RNA分子。但近年来研究发现真核细胞lncRNA表现出复杂调控机制，主要从表观遗传、转录及转录后调控等多方面实现调控，参与调节细胞增殖、分化等进程[4]，并在心血管疾病发生发展过程起重要作用。lncRNA可从炎症、凋亡、增殖、自噬等多方面影响动脉粥样硬化病理进程。研究表明，lncRNAs基因多态性可影响自身空间结构，改变lncRNAs表达及其调控的信号通路，而影响个体对疾病易感性。这都提示lncRNAs基因多态性可能与MI遗传易感密切相关。研究也发现，lncRNAMIAT的SNPs与日本人群MI发病风险密切相关。有关MIAT影响MI遗传易感的潜在分子机制有待深入挖掘。

位于染色体22q12.1的lncRNAMIAT（myocardialinfarctionassocia tedtranscript，MIAT）研究发现上调MIAT可促进内皮细胞迁移和增殖，进而导致病理性血管生成[5]。研究发现ST段抬高性MI病人外周血MIAT表达水平与非ST段抬高性MI病人相比明显降低，并且MIAT与CPK和TnT水平呈负相关，这提示MIAT可作为心脏早期损伤辅助诊断依据。研究表明MIAT多态位点rs230152A等位基因能显著增加日本个体罹患MI风险。我们推测MIAT基因多态性在MI发生发展过程发挥重要作用，而本项目通过对MIAT基因中国汉族人群最小等位基因频率大于20%的SNPs位点进行分型，筛选出影响MI发病风险SNPs位点，并探讨这些多态位点影响MI遗传易感的潜在分子机制。

一、资料与方法

SNP经典思路步骤是先找目的基因标签SNPs，然后挑选功能位点，但HapMap网站关闭，很多选择标签SNPs的方法不能使用，但还有千人基因组网站数据能用，本文将详细叙述如何从千人基因组网站下载某个区段位点信息导入Haploview选择标签SNPs。

1.获取基因在染色体上的位置信息，以MIAT为例，打开http：//grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index，输入基因MIAT，点击Go后进入MIAT基因信息界面，会出现MIAT在染色体上的位置。

2.将信息复制到VCFtoPEDConverter界面里，VCFtoPEDConverter是千人基因组网站自带的将vcf转换为HapMap格式在线工具，直接输入基因位置信息可转换。打开网站找到VCFtoPEDConverter把页面包括基因位置、中国汉族北京人群（CHB）等信息填写完整。点击run后等待刷新完毕，显示done，点击查看结果。下载ped和info文件，解压两个文件放入同一文件夹。

3.在Haploview里，打开ped文件，info文件也可以自动识别填入。如果提示morethantwoallelesatmarker86，去文件里找到错误的位点，将其修改过来便可。结果177个位点可100%覆盖这个基因，不需要这么多位点，Minimumminorallelefreq可设置0.05、0.1、0.2，本实验选0.20。点击RescoreMarkers。一般r2＞0.8说明两个位点是高度连锁，一个位点可以代表另外一个，点击runtagger，得到13组（其中4个没有和其他SNP高度连锁）。最后根据位点在基因上的位置一般和最小等位基因频率（MAF）大于20%选出合适的位点进行分析。结合NCBI上SNP位点在染色体的位置，挑选出位于外显子并且有转录本的SNP，结果如表2所示。

二、结果

1.染色体的位置，在千人基因组中查找到MIAT在染色体的位置是22：27042392-27072438，用于VCFtoPEDConverter。

2.MIAT的SNP，在Haploview里通过筛选获得SNP，rs763271、rs35778551、rs1981493、rs36053931这四个没有和其他SNP高度连锁。MIAT中其他高度连锁的SNP编号如表1所示。

表1 MIAT中其他高度连锁的SNP编号（MAF＞20%）

3.进一步筛选SNP，结合NCBI上SNP位点在染色体位置，挑选出位于外显子并且有转录本的MAF大于20%SNP，最终确定MIAT5个SNP位点，结果如表2所示。

表2 筛选出MIAT的基因多态性（MAF＞20%）

结语

遗传变异中最常见SNP，当排除其他混杂因素后，一个遗传标记在病例组中的频率高于对照组，即表明该遗传标记与疾病相关联，根据MI危险因素、病理机制和代谢通路等，从已知基因内部和其5’和3’端选择多个遗传标记作为研究对象，为进一步研究SNP位点与MI发病风险奠定基础。本研究从MIAT基因177个SNP位点筛选出5个检测位点分别为rs5761670、rs4280、rs9625066、rs4274、rs5997112，通过此种方法大大节省人力物力，但筛选方法不仅拘泥于此，也可使用其他方法，并且更多功能有待发掘。