早期样本标记和混和能够同时检测SARS-CoV-2和变异序列

现有的大多数严重急性呼吸综合征冠状病毒2 型（SARS-CoV-2）的诊断检测依赖于RNA 提取，然后进行定量逆转录聚合酶链式反应（RT-qPCR）分析。虽然检测中采用自动化技术改进了工序效率，应用不同的样品混和策略提高了检测能力，但在一次试验中对多个变异进行定量和测序的能力依然不足。Chappleboim等描述了一种基于多重二代测序（NGS）的方法，称为ApharSeq，将为解决这一问题提供新的思路。

在过去10 年间，二代测序（NGS）已取代RT-qPCR 和微阵列，成为研究中定量RNA 分子的首选分析方法。NGS 检测在提供重要的SARS-CoV-2 变异信息的同时，还能显著地增加检测量。当前基于NGS 的SARS-CoV-2 检测和基因分型分析成本高昂，主要原因是经过多个步骤的平行样品处理。ApharSeq 检测方法，让样品在裂解缓冲液中进行条形码标记，并在反转录前混合。研究人员以机器人工作流程的方式，将ApharSeq应用于Hadassah医院临床病毒学实验室的500多个临床样本检测，验证了该分析方法。该方法在5个数量级上呈现线性，检测限为Ct 33（～1000拷贝/mL，95%的灵敏度），特异性＞99.5%。由于将唯一分子标识符纳入该方法中，ApharSeq 提供了有针对性的高置信度基因型信息。由于采用了早期样品混合，与当前的检测方法相比，估计在高通量检测环境下，劳动力、自动化液体处理量和试剂需求量将减少到1/100 到1/10。该方案可用于同时检测其他宿主或病原体RNA靶点信息。这些结果表明，对于当前和未来的大规模的诊断挑战，ApharSeq可能是一个很有前途的方法。