疾控系统LIMS新型冠状病毒肺炎检测信息化模块的构建及应用

王会波 刘盛田

摘要：目的 探讨LIMS新型冠状病毒肺炎疫情检测信息化模块（以下简称LIMS新冠模块）在顺義区疾病预防控制中心（SYCDC）的构建过程及应用效果，为同行利用LIMS实现新冠样本检测智能化提供参考。  方法 在新冠病毒核酸应检尽检的大背景下，SYCDC以疫情防控为契机，基于LIMS系统升级，积极开发LIMS新冠模块。结果 LIMS新冠模块应用后，日均检测量由原来的1300件增至3600件，取消了专门进行样本信息核对的8人收样专班组，检测结果反馈由原来的电话或微信沟通反馈转为登陆LIMS新冠模块查询统计，各类人群检测数据随时查看分析，数据准确性及溯源性均得到保证。 结论 LIMS新冠模块实现了实验室新冠样本检测信息化管理，提高实验室管理效能和工作的舒适度，为精准疫情防控提供数据分析及技术支撑。

关键词：LIMS;新型冠状病毒;信息化模块;构建;应用

自2019年底起， 新型冠状病毒肺炎（COVID-19）疫情席卷全球[1]，核酸检测作为病例诊断的技术支撑，在疫情防控中发挥着“一锤定音”的作用[2-5]，检测能力和效率直接影响疫情发展态势，在各级政府号召新冠病毒核酸检测“应检尽检，愿检尽检”的背景下，顺义疾控中心实验室人为核对样本、手动录入信息、人工书写原始记录的检测方式已经无法满足日均几千件的检测需求，急需开发LIMS新冠模块提高检测准确性和效率。2020年6月，顺义疾控中心LIMS新冠模块开始开发，7月中旬正式启用，本文将探讨LIMS新冠模块的构建过程及实施效果，为其他实验室进行LIMS相关项目的开发提供科学依据。

1 LIMS新冠模块功能构建

实验室信息管理系统（LIMS）是以实验室数据为基础，利用计算机网络系统，实现数据编辑、存储、分析及管理等功能[6-8]，SYCDC自2018年进行LIMS第三次的升级，2019年底验收正式运行，恰逢COVID-19国内爆发，经过需求调研，原项目开发组人员提供建设方案，确保了LIMS新冠模块开发的顺利进行。

1.1标识系统建立

疾控系统新冠样本来源除了本单位采样人员自己采集样本外，大部分样本来源于辖区内基层卫生院、第三方检测机构的复核样本，样本条码标识构建规则为样本大类-样本小类-年号-顺序号的方式够成，其中样本大类为“XG”，样本小类为各采样机构名称的拼音缩写，顺序号为每个检测机构的年度内采样量情况，预留6位数字。例如：南法信卫生院采样点的样本编号规则为：XGNFX2021000001

1.2样本采集

采样机构在采样前提前到疾控收样室领取条码，然后按照统一的新冠样本导入模板进行采样信息的填写，电子版发送到疾控收样室统一导入LIMS。

1.3 仪器接口数据自动采集的实现

1.3.1 采集的原理

新冠病毒检测所需仪器为荧光定量PCR仪，通过自带的工作站针对网络传输协议进行数据处理，谱图数据通过PDF 虚拟打印机以PDF 格式导出文件，再通过LIMS 采集到应用服务器上，并将PDF 文件解析成LIMS 能够识别的txt 文件。最后，通过每台仪器的DCU 脚本读取txt 文本中所需要的数据提取到LIMS 系统中进行自动录入，实现谱图数据的自动采集[9]。

1.3.2谱图采集意义

仪器自动采集是未来实验室自动化的关键。通过仪器数据的自动采集，减少人为录入过程中产生的差错率，提高数据的准确度。检测报告与原始记录的自动生成，减少了人工誊写的烦琐，避免了抄写可能的人工失误，使原始记录更原始、详细、准确，提高检测工作效率。

1.4检测模块构建

实验室通过登录个人的账号匹配对应的电子签名，扫码枪进行样本条码扫码后在LIMS对应位置建批，同时配置关联的仪器及试剂，PCR仪器检测完成LIMS自动进行数据采集，通过批量录入实现原始记录编辑，报告编制环节，审核人进入自己账号审核，签发人进行签发，完成采样单、原始记录、谱图、检测报告的完整归档。

1.5统计查询功能构建

新冠样本分为生物样本，主要检测人的口咽拭子、鼻咽拭子、血液、痰、便等标本;环境样本，为确诊病例及无症状感染者行动轨迹判定过程中的高风险区域样本，统计查询除了能够进行明细台账信息查询外，还设计了分时段、分标本类型的检测结果阴阳性、检测状态查询，为了数据的更好溯源，还进行了实验室所建批次的查询。同时，通过正确填写人员类别，能够精准的统计疫情防控所需的密接及次密接的检测人次及件次。

2 应用效果

2.1样本流转标准化

每个采样单位均有自己的编号规则，条码打印后，采样单位在采样前领取自己的条码，保证样本信息统一化，流转的标准化。

2.2信息录入及数据复核的多样化

样本受理信息支持录入及大批量导入两种录入模式;数据复核采用按批次及按样品两种审核方式，满足不同样本量及不同人员的习惯要求，快捷便利。

2.3档案归档及结果报告的规范化

对新冠检验结束后，自动对样本采样单、检测原始记录及谱图、检测结果报告一并归档，形成“三合一档案”，对其规范化管理，实现无纸化办公，并形成规范的检测报告模板，受控管理。

2.4数据溯源清晰化

系统时时记录操作过程，每一步骤的操作都动态记录到跟踪历史中，准确记录操作人及操作时间，便于数据的准确溯源。

2.5统计查询智能化

根据新冠样本实际采样情况，可以进行样本混采比例分析，按照采样管数和采样件数如实统计，为数据分析人员提供了极大便利;支持导出到excel表格分析，也可以利用筛选行的形式直接在系统内进行分类分析，同时提供多字段查询，实现统计查询智能化管理。

3 结束语

通过LIMS新冠模块的使用，系統自动生成样本条码，从源头开始进行标准化控制，采样人员无需手工编写样本编号，杜绝了样品标识种类繁多产生的错误，解决了检务难题[10];简化了收样及检测流程，中心为信息标准化而设置的8人收样组在LIMS新冠模块启用后撤组，节约了人力成本;通过扫码枪进行扫描录入LIMS新冠模块，取消了实验室人工录入环节，检测全流程设计为“两点控三段”，即通过样本扫描点和结果录入点控制待检、检测中和检毕三个时间段，一批次样本检测原始记录和仪器记录编制用时从40分钟缩减至10分钟，检测组从每组4人减少至每组3人，单日检测效率与之前相比提高近3倍，且检测人员检测舒适度极大提升; LIMS采样送检单模板固定使用，信息填写录入准确，实验室人员彻底从繁杂的沟通协调环节解放出来。数据的溯源性、及时性也得到极大提高，实现了样本流转标准化、统计查询智能化、记录溯源清晰化、信息核对准确化、部门沟通简单化[11]。

参考文献

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[11]刘莉治，何晖，白志军，庞杏林，黎淑端，黄愈玲，袁俊.广州市疾控系统的实验室信息化建设构建[J].广东化工，2021，48（06）：43-44.

第一作者

王会波（1975-），女，本科，北京市顺义区疾病预防控制中心，副主任技师，主要从事质量管理及疫情期间的流调访视工作。