通过分析1993-2005年德国克雅病监测组和2006-2016年国家人海绵状脑病参考中心记录的散发性克雅病(sCJD)患者的职业信息,了解德国医生sCJD患病情况。克雅病监测组和海绵状脑病参考中心登记的sCJD患者中职业为医生的分别有4人(0.32%,4/1 250)和13人(0.87%,13/1 491)。这些sCJD医生患者均不是神经科、神经外科、精神病科或病理科专业。1993-2005年和2006-2016年sCJD患者累积比较显示,随着时间的推移,报告的患者中医生所占比例增加。2017-2018年数据显示,以德国总人口作为对照,报告的sCJD病例中医生的比例上升(2.1%,5/239)。研究数据表明,德国医生这个职业可能增加sCJD患病风险。但是还需要更大规模的跨国研究来重复这种结果,以推测其产生的原因,并阐明这种结果是普遍现象还是该国家特有的现象。
CrAssphage是最近发现的一种与人类肠道相关的噬菌体。收集17起诺如病毒暴发疫情的粪便样本(60份)、手部样本(30份)和环境拭子样本(201份) ,用实时定量PCR检测样本中是否存在crAssphage,来验证crAssphage用于检测环境表面和手部人类粪便污染的可能性。此外,我们检测了健康人的粪便样本(173份)、呼吸道样本(113份)和动物粪便样本 (68份),并对阳性样本进一步测序。结果显示71.4%的暴发病例粪便样本、48%~68.5%的健康人粪便样本、56.2%的环境拭子样本和60%的手冲洗样本均检出crAssphage,但在人呼吸道样本和动物粪便样本中均未检出。CrAssphage基因序列可分为2个主要的遗传群。我们的数据表明,crAssphage可用于检测人类粪便对环境表面和手部的污染。
截至2020年4月2日,全球有100万人感染了严重急性呼吸综合征冠状病毒2。我们使用数学模型来调查社会距离干预在中型城市的有效性。干预措施减少了60岁以上、20~59岁成年人和19岁以下儿童6周的接触时间。结果表明,干预措施在疫情早期可延缓疫情曲线,疫情后期使流行曲线趋于平缓。干预开始得越早,疫情曲线就越滞后,而干预开始得越晚,疫情曲线就越平缓。我们注意到,社会距离干预措施到位,即使成年人之间的接触略有减少,仍可避免大量新病例增加,以及住院和死亡病例发生。然而,当干预措施结束时,疫情又出现反弹。我们的模型表明,社会距离可以为提高医疗服务能力提供关键时间,但必须与检测和追踪所有疑似病例同时进行,以减缓病毒传播。
马来西亚大多数疟疾是由诺氏疟原虫通过储存宿主猕猴引起的人畜共患感染。我们收集了28例马来西亚半岛临床感染病例的基因组序列,分析这一新出现的寄生虫的种群结构,并检测其近期适应性演变的证据。这些寄生虫都属于诺氏疟原虫的一个主要遗传群(集群3),与发生在婆罗洲人群中的基因组群(集群1和集群2)存在高度差异。 我们还观察到意想不到的局部遗传分化;除了在特定的基因组区域,大多数寄生虫属于2个具有高度多样性的亚群,其中最大的12号染色体区域存在近期定向选择的证据。令人惊讶的是,我们观察到第3个包含诺氏疟原虫感染的亚群,在基因组的大部分区域内几乎完全相同,表明单独维持的传播和近期的遗传隔离。每个亚群体都可能发生演变,并在亚洲构成更广泛的健康隐患。
2017年9月,柬埔寨暴发因生食野猪肉引起的严重旋毛虫病,33人感染,8人死亡。我们收集并分析25个患者的病历。临床症状和体征有肌痛、面部或周围性水肿、虚弱和发热。实验室检测肌酸磷酸激酶和天冬氨酸转氨酶水平增高,以及嗜酸性粒细胞增多。肌肉活检标本组织病理学检查显示无包膜的旋毛虫幼虫。旋毛虫排泄/分泌物抗原ELISA检测旋毛虫IgM和IgG均阳性。消化活检标本,分离并计数幼虫。对5S rDNA基因间隔区进行PCR和多重PCR检测,最后测序确定该寄生虫为巴布亚旋毛虫。该物种于1999年在巴布亚新几内亚发现,在泰国人群中多次暴发流行。因此,我们在柬埔寨人群中也发现了巴布亚旋毛虫线虫。
抗菌素管理工作是努力减少抗菌素耐药性的基础。为了确定给动物开抗菌药处方可能的潜在影响因素,我们分析了英国173家兽医机构自愿提供的病犬(155 732只独特的犬,281 543次会诊)和病猫(69 236只独特的猫,111 139次会诊)的电子健康记录。使用多变量混合效应logistic回归分析,发现降低系统抗菌药处方率相关的因素是客户以预防健康为主的决定: 接种疫苗[犬比值比OR=0.93, 95%CI( 0.90,0.95);猫OR=0.92,95%CI(0.89,0.95)]; 保险[狗OR=0.87,95%CI(0.84,0.90);猫OR=0.82,95%CI(0.79,0.86)];绝育狗[OR=0.90,95%CI(0.88,0.92)];经皇家兽医学院认证的操作[OR=0.79,95%CI(0.68,0.92)]。这项大型多中心宠物研究证明了预防保健和客户参与潜在促进抗菌药物的合理使用。
为了监测诺氏疟原虫感染的发病率和确定其他灵长类疟疾寄生虫是否正传播给人类,我们检测马来西亚加帛省的加帛医院收集的2013年6月24日-2017年12月31日的1 047份疟疾患者的血样。经过巢式PCR检测分析,发现845例(80.6%)患者感染诺氏疟原虫,其中815例单独感染诺氏疟原虫,30例合并感染其他疟原虫。我们注意到在2017年这种人兽共患病感染的人数大幅增加(n=284)。通过对疟原虫细胞色素c氧化酶亚基1基因序列的系统发育分析,我们鉴定出6例17~65岁的食蟹猴和诺氏疟原虫合并感染病例。诺氏疟原虫仍然是马来西亚婆罗洲沙捞越迦毗地区的一个公共卫生问题。此外,另一种猿类疟疾寄生虫食蟹猴疟疾也是人类疟疾的一个新病因。
诺如病毒是导致美国急性肠胃炎暴发的主要原因。我们测算2009-2017年期间国家疫情报告系统(NORS)报告的7 094起诺如病毒暴发的基本传染数(R0)和有效再生数(Re),并使用回归模型评估传播是否因疫情暴发环境而异。R0的中位数为2.75(四分位数间距IQR, 2.38-3.65),Re中位数为1.29 (IQR,1.12-1.74)。长期护理和辅助生活设施机构的R0为3.35(95%CI,3.26-3.45),但除了在学校、学院和大学暴发的R0为2.92(95%CI,2.82-3.03)外,其他环境的R0无显著性差异。季节上,R0在夏季最低,为3.11 (95%CI,2.97-3.25),在秋季和冬季最高。总之,在美国不同的疫情暴发环境下诺如病毒的传播几乎没有变化。
我们报告了来自意大利拉齐奥地区的严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)的系统发育和突变分析,并提供有关病毒传播动态的信息。数据分析显示,进化枝V毒株得到了有效遏制,但随后,在欧洲广泛流行的进化枝G毒株多次传入。
2019年在比利时商业家禽中,暴发H3N1禽流感病毒感染。全基因组系统发育分析显示,其起源于野生鸟类,而不是近期家禽传播。尽管被归类为一种非法定报告的禽流感病毒,但它与养殖场禽类的生殖取向和大量死亡有关。