2014―2015年美国密歇根州弗林特市用水安全发生危机期间,在杰纳西郡暴发了2起嗜肺军团菌病。在第二次暴发期间,收集了10份来自临床的嗜肺军团菌分离株,及第二年收集的103份源于自来水的嗜肺军团菌分离株,提交给杰纳西郡实验室进行全基因组的序列比对。记录了来自临床和自来水分离出的嗜肺军团菌株的遗传多样性。分离株来自1个分支(3个临床分离株,3个来自弗林特医院自来水的分离株,1个来自弗林特住宅的自来水分离株,及参考的巴黎菌株)具有高度的相似性(2-1062个单核苷酸多态性),所有嗜肺军团菌均为序列1型,血清组1型。血清组6型分离株属于2518型序列,在弗林特医院的水样中广泛分布,但与临床分离株无相似之处。弗林特自来水中的嗜肺军团菌株在暴发后具有多样性,与某些致病菌株相似。
侵袭性B族链球菌(GBS)仍然是全球引发婴儿疾病和致死的主要原因。2015年1月1日至2017年12月31日,我们在中国18家医院对3月龄内的婴儿进行GBS阳性培养的前瞻性和回顾性实验室监测。GBS总发病率为0.31 (95%CI0.27-0.36)例/1000例活产;参与研究医院的发病率在0-0.76例/1000例活产。GBS导致的病死率为2.3%。我们估计中国每年由GBS导致13 604例病例和1 142例3月龄内的婴儿死亡。GBS分离株中最常见的是III型(占61.5%)和克隆复合体-17(占40.6%)。加强主动监测和实施预防策略,如:给孕产妇接种GBS疫苗,需要在中国开展进一步调查来预防GBS感染等。
印度尼西亚东雅加达区属于家禽感染H5N1病毒的高发地区。在2011年10月至2014年9月期间,我们收集有流感样病例的门诊患者和有严重急性呼吸道感染(SARI)住院患者的呼吸道标本,用来筛查季节性流感病毒和甲型禽流感(H5N1)病毒的感染。结果显示有31% (1 875/6 008)的流感样病例患者和15% (571/3 811)的严重急性呼吸道感染患者检测出流感病毒阳性。历时3年的监测中均检测到甲型流感病毒(H1N1)pdm09、甲型流感病毒(H3N2)和乙型流感病毒,流行季节从11月至次年5月。尽管28% (2 850/10 135)的病例患者报告与家禽有直接接触,但仅发现1例严重急性呼吸道感染患者感染了甲型禽流感H5N1病毒。因此,在高危家禽接触患者中开展有针对性的筛查(例如:最近到过活禽市场或与病禽、死禽密切接触史者)将是对这类环境中H5N1病毒更有效的常规监测策略。
鼻咽部肺炎球菌(肺炎链球菌)定植密度的增加与侵袭性肺炎球菌病有关,但影响肺炎球菌密度增加的因素尚不清楚。通过调查秘鲁无症状幼儿鼻咽部样本的肺炎球菌密度及后续发生急性呼吸道疾病(ARI)之间的关系。在无呼吸道症状期,当检测到呼吸道病毒时,肺炎球菌的总密度(包括所有的血清型)显著高于未检测到病毒时(P<0.001)。通过校正分析,肺炎球菌密度的增加与随后发生急性呼吸道疾病的风险呈显著相关(P<0.001),而无症状病毒检测与后续发生急性呼吸道感染的风险较低相关。研究表明,在无症状期鼻咽部病毒和肺炎球菌之间的相互作用可能与随后导致的急性呼吸道感染疾病有关。呼吸道病毒和肺炎球菌之间的交互作用,宿主和环境间受潜在因素的影响,以及它们在急性呼吸道感染发病和肺炎球菌传播中的作用需开展进一步研究。
百日咳的复燃被认为是由于疫苗免疫能力的减弱和百日咳博德特氏杆菌逃避疫苗诱导的免疫适应机制有关。人体循环中的百日咳杆菌与百日咳疫苗生产中使用的菌株具有典型的基因差异。缺乏黏附素的百日咳菌株在使用无细胞疫苗(aP)的国家中普遍流行,这表明了对循环细菌实施强化aP的选择。为证实这一假设,需要对使用全细胞疫苗国家中的含黏附素的百日咳杆菌的感染率进行系统研究。我们使用2000―2017年间阿根廷布宜诺斯艾利斯市的百日咳杆菌流行病学数据和分子特征。该地区免疫规划使用无细胞疫苗接种。自2002年以来,百日咳病例的发病率约4年暴发一次;大多数病例发生在1岁以下的婴儿。在分析的百日咳菌株中,90.6% (317/350)含有ptxP3-ptxA1-prn2-fim3-2等位基因。免疫印迹和测序技术仅检测到2个缺乏黏附素的百日咳杆菌分离株。阿根廷百日咳杆菌黏附素缺乏株的低流行率表明,aP疫苗可能导致百日咳杆菌黏附素基因的表达缺失。
肠病毒D68 (EV-D68)可引起呼吸道感染和神经症状。在美国俄亥俄州中部,通过比较2014年和2018年两次EV-D68暴发和2016年散发的住院儿童临床表现,并使用PCR和测序技术进行种系发生学的比较。在两次暴发期间,受感染的儿童出现呼吸道症状并导致因哮喘住院人数增加。从儿科重症监护病房较低入院率可以看出,2018年EV-D68的呼吸道疾病的暴发似乎没有往年的严重。然而,2018年受EV-D68感染的患儿出现严重神经系统症状的发病率高于2014年。在2016年的同一时期,我们没有发现EV-D68的患者增加,也没有发现与哮喘相关的入院显著增加。种系发生学分析表明,2018年分离出的EV-D68与2014年分离出的EV-D68在B分支内的聚类不同,可能与感染不同的EV-D68亚分支有关。
在临床上,西尼罗河病毒(WNV)可导致严重的神经系统疾病。目前尚无治疗西尼罗河病毒感染的方法,但抗西尼罗河病毒多克隆人抗体已经在动物模型中初见疗效。将免疫球蛋白高滴度抗WNV抗体的免疫球蛋白产品Omr-IgG-am与静脉注射免疫球蛋白(IVIG)和生理盐水进行比较,用来评估其在北美洲开展的I/II期、随机、双盲、多中心研究中的安全性和有效性。在2003-2006年间,共有62名住院患者随机接受Omr-IgG-am、标准IVIG或生理盐水治疗(3∶1∶1)。主要结局是要求药物使用中的安全性。次要结局为该病的发病率和死亡率,采用4种标准化的认知和功能状态评估进行测量。研究人群的死亡率为12.9%。在接受Omr-IgGam治疗的组与接受IVIG或生理盐水治疗的组在安全性或有效性方面均无显著差异。
2018年,西班牙通过尿抗原检测发现了一例可能由血清3组菌株引起的嗜肺军团菌肺炎的院内感染病例。虽然不能从呼吸样本中分离出军团菌,但分子学方法提示病房内的水槽及水龙头可能是感染来源。
我们通过分析台湾暴发的微孢子虫角膜结膜炎后的两批环境样本,结果显示传播路线为从停车场到洗脚池再到游泳池,并表明雨季洗脚池中堆积的泥浆可能是一个传播微孢子虫的危险因素。